5GHVA

Crystal structure of an inhibitor-bound syk
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
273
structure length
265
Chain Sequence
VYLDRKLLTLEDKELGSGNFGTVKKGYYQMKKVVKTVAVKILKNPALKDELLAEANVMQQLDNPYIVRMIGICEAESWMLVMEMAELGPLNKYLQQNRHVKDKNIIELVHQVSMGMKYLEESNFVHRDLAARNVLLVTQHYAKISDFGLSKALRADENYYKAKWPVKWYAPECINYYKFSSKSDVWSFGVLMWEAFSYGQKPYRGMKGSEVTAMLEKGERMGCPAGCPREMYDLMNLCWTYDVENRPGFAAVELRLRNYYYDVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of spleen tyrosine kinase in complex with novel inhibitors: structural insights for design of anticancer drugs
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Tyrosine-protein kinase SYK
total genus 79
structure length 265
sequence length 273
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2016-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5ghvA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5ghvA01
2BPMA 4NFMA 1Q3DA 3DU8A 1YOJA 4AS0A 1Q61A 3PIZA 3PPZA 2H34A 3T9IA 3QYWA 5CYIA 4RIYB 5HNGA 3REPA 3ET7A 2ITWA 5C8NA 3OXZA 3GCUA 3PIYA 3PPJA 4KS7A 4IM0A 5CF8A 5CWZA 3JPVA 3R8PA 4DITA 3F2NA 5LARA 3II5A 2J4ZA 5H8EA 3R7UA 2RL5A 3Q5ZA 3MFTA 3CGFA 4RT7A 3NSZA 2VX3A 5IMXA 4AZTA 3MBLA 2WHBA 3H30A 2VNYA 4YMJA 2IZRA 5IEYA 5GJDA 4X2GA 3E64A 4XG2A 3CCNA 3DPKA 5IDNA 4L52A 1OPJA 4UMQA 3FI2A 1IA9A 2J0MB 3DA6A 1GY3A 4A07A 3ALNA 3LVPA 3ZMMA 5M44A 4O7LA 3R8MA 4L42A 1FBNA 3VS0A 5H9BA 4YTFA 2PZ5A 5EKNA 4KIKB 4ANBA 2WTWA 3ZC6A 2XNBA 4UMPA 4XCUA 2WQNA 3FQHA 4Y46A 4CMOA 4CYJA 4CG9A 4E6AA 4MAOA 4C62A 3MA3A 4U97A 3A7FA 3CQEA 3LHJA 5G6VA 3ZEWA 4F63A 3I81A 1ZYDA 4X6QC 3KFAA 4BCOA 3U54A 3D7TB 5M4CA 4X6RA 1OL1A 3CPCA 4J98A 5HEZA 3W8QA 2B9JA 3ZBFA 2R0IA 4NM3A 4FNWA 5IMEA 5IH4A 3C5IA 1MP8A 2XIKA 3EQBA 2VTOA 3NUYA 3UIXA 1LPUA 2R64A 2R3FA 4FSTA 4LGDA 5JMSA 2Q0BA 4YNEA 4FEVA 4Z16A 4QPSA 5CT7A 4EOLA 3FC1X 3LJ2A 5HD7A 4DEGA 1OUYA 2VTTA 4HVSA 5FM2A 4LOPA 5C9CA 1P2AA 3H10A 3O7LD 3R9OA 3BEAA 4RFZA 1PHKA 5BX0A 1OL7A 1WVYA 4RJ4A 3TXOA 3OXTA 1FPUA 4IZYA 4W4YA 1PXPA 1BUHA 2OU7A 5FRIA 4WBOA 3V5LA 4C4IA 4D2SA 3S1HA 3TDWA 4IBMA 2OWBA 5C4LA 3DJ6A 4WT6A 1MRUA 4IB0A 2Y4IB 3R04A 4FKIA 4K6ZA 4OUCA 3OC1A 4OAUC 4DLIA 4RG0A 5CF6A 1WBVA 3ZZEA 3NW5A 3BQCA 4YR8A 2IW9A 4R5YA 3NNVA 4QYHA 5HHWA 2OIDA 4TNDA 4MCVA 4RC4A 4BYIA 2P3GX 3SXSA 4CQEA 4H05A 2O3PA 2UW9A 2BIYA 2UZDA 2X2KA 2PZYA 4I23A 4NIFB 4V05A 5EW9A 4EHGA 1PY5A 3ZDIA 4RQKA 4FSQA 3HECA 2C68A 5GHVA 2VTJA 3QBNA 1YDSE 4RJ5A 1OM1A 3BQRA 3LKMA 1GAGA 1Y6AA 4WNKA 5K4JA 1ZZ2A 2J9MA 1RDQE 2XM9A 5FXSA 4E6DA 2PVLA 5DR6A 4E8AA 1XH5A 2IVVA 2C47A 2YIRA 4DG2E 2WMXA 3Q6WA 3EQHA 3FI3A 3FDNA 3KMMA 4FTMA 4HW7A 2IZUA 4YHTA 3PXFA 4AT3A 4BRXA 3MVLA 4DE4A 3IW8A 1HOWA 4Q5EA 4QQ5A 3FSKA 2PE2A 3EQDA 3E62A 2UZBA 3RWQA 4AFEA 3MH3A 5DT4A 1X8BA 4R3PA 4A9YA 4DTKA 5J9YA 4FTAA 4D2PA 2R7IA 2ESMA 2W1DA 2KTYA 2UZWE 4PTEA 3V5TA 1G8SA 4RWLA 5EQYA 4V0GA 5IG1A 2PE1A 4CEGA 4WNOA 1OPKA 3BBTB 1KV2A 3DAEA 4CD0A 3FKNA 4QMQA 2IW6A 3RCJA 4QTCA 4R3RA 4GRBA 4H3PA 3G9NA 1YOLA 5EYDA 4GT4A 2BHHA 3O8PA 4MXXA 3Q53A 3A7GA 3KEXA 2PVYA 4GIHA 5AP5A 5AUVA 3VUMA 4CSVA 5CVFA 5L4QA 4EH3A 1ZMWA 3QTZA 4Z9LA 5FEDA 1U5RA 5HO6A 1Q4LA 3NNXA 5TE0A 4CTBA 5CU0A 4WHZA 1OECA 3QYZA 2C6KA 2X8DA 4F7JA 3UBDA 2BHEA 4BGGA 4YJTA 4H3QA 3GC9A 3OW4A 1ZOGA 3D5WA 3DJ7A 5CNNA 3ORXA 2E2BA 4LGGA 4FKLA 4NFNA 5FLFA 3LFNA 3DLSA 3EL7A 4N6ZA 4DEHA 4CLJA 2RG6A 2JDTA 4PRJA 4AG8A 4EOJA 3SAYA 2YJRA 4LM5A 2ITPA 5DOSA 4AZSA 1JBPE 3NNWA 4GU6A 4QMXA 4WD5A 1FVVA 1YXVA 3L9MA 3RK5A 1W84A 3I7CA 1WZYA 1UKHA 2AC3A 3O23A 3P7CA 4N4SA 5IISA 3NEWA 1WCCA 3OWLA 2Y8OA 4X3FA 2UVXA 3A7IA 3ETAA 2XS0A 3DQWA 4A06A 4RX8A 4D28A 2PL0A 2G15A 3F88A 4OT5A 3ZDUA 2OH4A 5EG3A 2YJSA 3AD6A 4UZHA 5TF9A 4CZYB 4UMUA 5E90A 2E9NA 5AUZA 2DQ7X 4J52A 4DFUA 2W17A 4KRCA 4HGLA 2VO7A 4GT5A 3TUBA 2QLUA 4FV9A 1H1QA 2G2IA 2YM4A 2ZMDA 4KBKA 2WMSA 1XH9A 4YZDA 4EH6A 2XBAA 3QAME 4UY9A 4BGHA 4NT4A 4AACA 4BY9E 3QQUA 4WKQA 2BTRA 3FLWA 4CRSA 5CAQA 2WMTA 2A19B 3KXHA 3F3TA 2WMAA 3R30A 3A60A 5C8KA 5ITAA 4MKCA 4CT1A 2VGPA 4FKPA 3CR0A 4NSTA 4XP0A 2WU7A 4BTJA 4D4YA 3ATTA 3KY2A 4RFMA 1TQIA 3UVPA 1UNLA 3NUXA 2OF2A 1QPJA 3OWJA 3I5NA 3F3WA 3LCKA 4FKJA 5EHLA 4EOOA 3FV8A 2BCJA 5I9UA 4O6EA 4WRGA 3EHAA 4LUEA 3TV4A 3LM0A 4YJRA 3LQ8A 3WF9A 4XV1A 4U3ZA 3SRVA 3UODA 3UG2A 3E88A 4FK6A 3KRWA 3R02A 4C38A 5L6OA 4TYHB 3SDJA 2EU9A 3FL5A 2UZTA 5AP7A 2VWZA 3M2WA 5DT3A 2P2HA 1NXKA 4E26A 4ZTLA 1AQ1A 1J7UA 3AC4A 2CCIA 1PRYA 4H39A 4G17A 3GOPA 1OIUA 1VR2A 4MEDA 5EOLA 1UKIA 3SG8A 4M12A 4FZFB 4RWKA 3RTPA 3VBVA 3FMKA 4ONAA 5TR6A 5LJJA 3L8VA 3LJ1A 3ZFMA 1UU3A 2Q83A 3GC0A 3NGAA 4P90A 5AADA 3ORLA 1ZMUA 4DH7A 4S34A 1LEZA 3KXNA 4TW9A 4M8TA 2CPKE 3FLQA 4RLKA 4BDIA 1WAKA 4RGJA 1OMWA 2GU8A 2WAJA 4WUAA 5CSHA 4EYMA 4O2PA 5JRSA 4IVCA 5AUUA 4L46A 4YTHA 3P0MA 4FKSA 5M57A 5I9ZA 3FXWA 3V8TA 2XK4A 4YTIA 2VWWA 3L9LA 4XV3A 3WF7A 3NAYA 2XH5A 4JR3A 2WMQA 4TWPA 5ACKA 3EB0A 2HIWA 3E63A 2QKRA 4J8NA 4QNAA 3O2MA 3G2FA 4O22A 2PVRA 4FT9A 4XV2A 2QKWB 1O6YA 3F3VA 3BCEA 3PSCA 4ITJA 3UMWA 4O84A 3QLFA 5E92A 2JKOA 5E8WA 5J9LA 3FUPA 5IQGA 2X1NA 4K11A 3JUHA 4A4LA 2P2IA 4PMMA 3ZO1A 5KKRC 4FE2A 2ZM4A 4J53A 4IWQA 1JPAA 2I0YA 4OBOA 4CCBA 3JS2A 4JJRA 4RVMA 4I93A 5FQDC 4B9DA 4D58A 1MQBA 3VIDA 3DB6A 3QFVA 4HNIA 1M52A 3ATSA 3R1NA 1FVTA 2HY81 5D1JA 3FE3A 3UVQA 1ND4A 4I3ZA 3NZ0A 4XLIA 5CNOA 2VWXA 1K3AA 4GKHA 4NTSA 4J95A 3EZRA 5AX9A 3W33A 2Y6MA 1JVPP 5CU2A 1FVRA 3C4CA 3ZBXA 4AZVA 4EHZA 3W55A 4TTHB 4O0WA 5ETAA 4YJSA 3TI1A 4KIOA 5KMKA 3OT3A 3GCQA 3QWKA 4EJNA 3SVVA 4XV9A 4CXAA 3O51A 3E3BX 4XBUA 3UO4A 5KMNA 4JX3A 4HPUE 4XNEA 1H0VA 3NX8A 1Z9XA 3CTJA 3H9FA 4K0YA 5JGAA 5CY3A 5LWMA 4JLCA 3W18A 4IB5A 4KB8A 4AXAA 2X4ZA 2OJ9A 2WTDA 4MXZA 4TZRA 3V3VA 1KOAA 3SA0A 5GINE 2C0IA 1B6CB 5HO8A 2FO0A 3QZIA 4BCKA 3KRJA 3OTUA 3VS7A 4X21A 4Z3VA 4HYUA 3FXZA 1E1VA 4YBKA 5HE3A 3IOKA 4PF4A 4CFNA 3JY0A 4MWIA 5HKMA 3I6WA 3E93A 5K9IA 2IZTA 2RGPA 3LMGA 4AOIA 2F2UA 2VTRA 1Q41A 2ZDTA 3MB7A 5FXRA 3UPZA 5IA3A 5L8KA 3QKMA 5KKRB 3VJOA 5C01A 2XF0A 5HBJA 3LXNA 2YIQA 4HYIA 3SC1A 2H8HA 4RQVA 4PPAA 4YBJA 1QPDA 4YO4A 1FMOE 3LFCA 3CTQA 4FT7A 3LXLA 4D2RA 3ODZX 5IUGA 1ZYLA 4QMTA 3HV4A 3C50A 3R8UA 5IA4A 2AC5A 5CVGA 4EHVA 2JBPA 2VN9A 4FKRA 1M2RA 3KULB 2DWBA 2BR1A 2QG7A 2BAQA 4X2NA 3QGYA 4W4WA 5HESA 2WOTA 1WBPA 4IW0A 3CKWA 3QUPA 5IEXA 5HQ0A 3RAWA 2JGZA 4QMNA 4FV0A 4CV8A 4QQJA 1H1PA 2CKQA 2YM6A 3HV6A 3TL8A 3HP2A 5KE0A 4MHAA 4QD6A 5AJQA 4L01A 2QU6A 3DAJA 1LP4A 3PY0A 3QD0A 3P9JA 4D9UA 3DBCA 4UWCA 4AA0A 2BILB 3O17A 5LMKA 4JR7A 3OWPA 5CEIA 2XIXA 4DGNA 4L7FA 3MY1A 4IEBA 3MJ1A 4HVDA 2R3JA 3BE2A 4FG7A 3ZRLA 1ZARA 3HA8A 4WUNA 4A4OA 2Z2WA 3BU6A 4G9RA 2EWAA 5JGBA 3LQ3A 3GP0A 4HPTE 4GU9A 2CNQA 2QR8A 3RM7A 2YCQA 2ZV7A 4LMUA 3EIDA 3LFEA 3D15A 5HG9A 1YQJA 4BBMA 1VJYA 2WQMA 5CZHA 3TJDA 3B8RA 5HICA 3BU3A 4AOJA 3K2LA 3PVBA 1B38A 3KK9A 4FTLA 4IVDA 2PVFA 2QC6A 2R7BA 3EYGA 2B9FA 3ULZA 4EHEA 5JGDA 4GK2A 3SLSA 5AMNA 4CQGA 3MGYA 1H07A 2QOKA 4FTRA 1XJDA 5HVJA 3DZQA 4EL9A 3DTWA 2PU8A 3KCKA 4IDTA 4JOAA 3QRIA 3FSFA 3KXZA 3NLBA 4RA5A 1M2PA 1TQPA 1BMKA 3I1AA 4GYIA 5HX6A 2ITQA 5A3XA 1ZYCA 1PKDA 3UP7A 2VTIA 3KN5A 4EK3A 1JQHA 1Q99A 3ORMA 2VU3A 3RZFA 2R2PA 4C4GA 5ICPA 4Y5HA 4ZK5A 2GHLA 1VEBA 2XRWA 4M13A 5CI7A 3U51A 3ZO3A 3LFDA 4BIEA 4MBJA 2JIUA 4CLIA 4EC8A 4U43A 4DH5A 3DBDA 1H27A 4R5SA 4BR3A 1YXUA 3WZEA 5FBOA 1H24A 3FHIA 3L9PA 3EZVA 4AF3A 3AMBA 4F65A 3MYGA 4FF8A 4HCUA 4NM5A 4BI2A 1IEPA 2J0KA 3MV5A 4CFMA 4IH8A 5I9WA 5BYYA 2WPAA 3LJ0A 4FIGA 3TTIA 2PULA 1IG1A 4O6LA 5AAEA 4IC8A 1YWRA 3F5PA 3R9NA 3CXWA 3S2PA 4EBWA 2BZJA 4PDYA 1ZY4A 2WIPA 3DK3A 2BDWA 4IX6A 2ZM3A 3S0OA 1Z5MA 3VUTA 5JQ8A 4X3JA 3OCSA 4CGAA 5FXQA 3TNHA 4GIIA 4L6QA 4J96A 3U9NA 5IA2A 4BDHA 5GJFA 4RIWB 5DN3A 4DAWA 4JBQA 4XBRA 1JKSA 4FKTA 5AM7A 4WG3A 4ZJIA 2X8IA 3GVUA 1S9JA 4DC2A 3LIJA 3A2CA 3A7JA 3BYVA 2HENA 3PVUA 4U80A 4O96A 5ETFA 3R2BA 2GQGA 3DBFA 2QO7A 3P86A 1JLUE 4X3FC 5CT0A 5DEWA 3DGKA 4QMOA 5HGIA 1KUTA 4PDPA 5I3OA 3TACA 2C6TA 2WTIA 1G3NA 2HZNA 2CKOA 1P14A 3COHA 1M17A 3OUNB 3QQFA 4FSRA 5EM8A 5EW3A 3NUAA 4O0RA 1OZ1A 3H9RA 2C5VA 3IDPA 1PXKA 4APPA 2B54A 5HU3A 4JDJA 1J7LA 4ZLYA 2QURA 5FBNC 3UIUA 3HDNA 3Q9ZA 3ZSGA 5HCZA 4DEIA 4QMSA 1L8TA 4D1XA 3C4XA 4CCUA 5BPYA 2VX1A 1YHWA 5HORA 2FSLX 2XYNA 5ACBC 4AX8A 2Y4PA 5LVMA 2QU5A 3FZ1A 1ERKA 5HTCA 5G1XA 2ERZE 4RBLA 3H9OA 4GVJA 3HGKA 3Q9WA 1R1WA 3EFJA 5J7HA 4PPCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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