5HBJA

Cdk8-cycc in complex with 8-[2-amino-3-chloro-5-(1-methyl-1h-indazol-5-yl)-pyridin-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
363
structure length
342
Chain Sequence
DKMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKAVQLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFLFNSPLVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQSNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFLTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Potent, Selective, and Orally Bioavailable Small-Molecule Modulators of the Mediator Complex-Associated Kinases CDK8 and CDK19.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 342
sequence length 363
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2015-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5hbjA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5hbjA01
5L2SA 4DEHA 2Z7LA 3A99A 1A06A 3FYKX 1E1VA 5FXQA 4BHNA 3A8XA 1ZYSA 3MFSA 4CRLA 4YR8A 4X2NA 4ACCA 3OZ6A 2A2AA 3IQ7A 5AV0A 5LVMA 2GPHA 3TDWA 5DVRA 3VF9A 2QC6A 2BZIB 2C47A 2XS0A 2P55A 3HA6A 3PPJA 4M0ZA 5CVHA 2R3LA 4R77A 2GS6A 1MRVA 3DBQA 1V0PA 2W4JA 3FSKA 1GZ8A 2VWXA 2XK6A 3KVWA 3ZXZA 4MXOA 1KE5A 2RF9A 3BV2A 2XEZA 3LE6A 3QTWA 2Z7SA 4XG7A 4XMOA 2C6IA 2GQSA 1Q61A 1WBWA 4FT9A 4LFIA 4RWJA 2GNIA 1H1PA 3WI6A 4EJNA 4Q9ZA 3EB0A 2PVRA 2AUHA 3ZUUA 2E9NA 3QKLA 3R1SA 3RPOA 5EYDA 5AFVA 4IC7A 4WUNA 2VWZA 2BAKA 4JQEA 4CRSA 1TQMA 2A1AB 4EOOA 4XHKB 5DHJA 2X4FA 2CNVA 3G90X 2XK7A 1GNGA 4ENYA 2F2UA 2QOQA 4XV2A 5EQYA 3L9NA 4YLKA 2YITA 3UIMA 3NYVA 3LMIA 3NUSA 4B99A 2YIQA 2XBJA 4ACMA 4JQ8A 2VWBA 4JX3A 2PE1A 4TWOA 5FTQA 5FM3A 5I9YA 3A2CA 3PWYA 3R63A 2W5AA 4KUJA 1XH5A 3O17A 2NPQA 1REJA 3UZTA 2JFMA 1OIRA 2FSTX 3DTCA 3R7UA 3WILA 4ANMA 3C51A 4BCOA 4AZVA 4DE4A 2V62A 3TV7A 3FKNA 3FWQA 1OBGA 4LUDA 3IDCA 3FXZA 3ZRMA 2VWVA 3KF7A 3VUMA 4L3LA 1ZAOA 3I7CA 2OGVA 3TJDA 2OG8A 4V01A 2I1MA 1YDSE 4XEYA 5JZNA 3VS3A 4BFMA 2AC5A 5KKRB 3UP7A 5HU9A 3FZOA 1YXSA 3R28A 1UV5A 4JDHA 3MYGA 4M66A 4DH7A 3OXZA 5JH6A 3EHAA 5HOAA 4I5HA 4F6UA 4LGHA 5HCXA 3UO5A 1WBOA 1RE8A 3Q2MA 3FDNA 3IS5A 4GK2A 4V0GA 1R39A 3W18A 1JSUA 3K5UA 5A54A 4BCFA 4QTBA 3TKHA 1G8SA 4L45A 2G2FA 3UJGA 5CSWA 4J96A 5BVWA 4HW7A 4PUZA 3HZTA 4YZ9A 4GU6A 3EZRA 2A4LA 4LV8A 1YI4A 4D2SA 2XKCA 3UOLA 2PSQA 2RG6A 4QNYA 4CMTA 1B6CB 2JAMA 4YZNA 4EUTA 4FSQA 4IXPA 4OLIA 2WKMA 3WIKA 3MS9A 3AT3A 4MD7E 4WG4A 4Z3VA 2XRUA 2W06A 3ZO3A 3A7HA 1BYGA 2YM3A 5JEBA 3FZTA 4BGQA 3V51A 4ZP5A 3VBTA 4F0GA 4EZ3A 3CBLA 2QLUA 5CXHA 4D1XA 3DCVA 2X2LA 1UNHA 3SXFA 2J7TA 3QF9A 4HGTA 4QPSA 3E3BX 1PXIA 1R78A 2XK9A 3EN7A 3M11A 4TYHA 2XNNA 5A6NA 3RAIA 5IZFA 2VWIA 3MV5A 4O27B 4QD6A 2H6DA 4ZS4A 3ZSIA 5CVGA 4RVTA 3PRFA 4BYJA 3ZCLA 4A9SA 2NNWB 1KOAA 3QTQA 4UYNA 3DQWA 1F3MC 3BYUA 4XOYA 4ANLA 4RZWA 3ATSA 4PTGA 2CPKE 4PTEA 4BWXA 3TWJA 2X6DA 3BHYA 5AV2A 3NLBA 3I60A 3R02A 5KHWA 3DU8A 3RPYA 2YA9A 2R7IA 4I21A 4Q5EA 4O7YA 2UV2A 4ENXA 2R3MA 2F4JA 2PMIA 4WA9A 3FQHA 4E26A 4FG9A 3CR0A 4H58A 3VN9A 3SLSA 5IG1A 3B2WA 3MJ2A 4PRJA 4ZOGA 5AR5A 4HVSA 4P7EA 3U6IA 4LGDA 1KUTA 2C6OA 3RNYA 4IJ9A 4AW0A 3F7ZA 2WTDA 3K3JA 1NVSA 5HBHA 3IECA 3CIKA 4YTIA 3KN5A 3QQHA 3E8NA 2VTIA 4KABA 4Z16A 5A4EA 3P79A 3D14A 3KXHA 3PXFA 2I6LA 1MUOA 5CVFA 1UNGA 4G6OA 4A4OA 4C3FA 4OTHA 5IQAA 4CKJA 5LCJA 4ZJJA 1FGKA 4WKQA 1LR4A 3C0GA 1RQQA 2WGJA 4FTTA 4UXLA 4FTQA 4FEUA 1VYZA 4PPBA 4UZDA 3QLGA 4BR3A 2ITVA 2P3GX 2UW3A 5KO1A 1ZYCA 3KN6A 3NIZA 5I9ZA 5IDNA 4BTMA 2B7AA 2HYYA 2QU5A 2V7AA 4O0YA 3FZPA 1S9JA 4BCMA 3R6XA 4R1YA 2QNJA 3FY0A 1JPAA 3NRMA 4FV3A 4YURA 4B7TA 5JGDA 3D5XA 5BMMA 2X9EA 2ZV8A 4O0SA 3U9NA 3TM0A 2OXXA 5B2LA 5L6WL 3QWJA 4NTTA 3LKMA 2Z2WA 4FTAA 2ZV9A 2GSFA 4M69A 3T9TA 3F7WA 3VUIA 3KULA 3LXKA 3UZPA 3ZDIA 3N4TA 3HP5A 3CP9A 4Q2AA 5D41A 1DAWA 4RC2A 4ANOA 2EWAA 3SGCA 1H25A 4J98A 4NTSA 4ZSJA 1U54B 5BVFA 4IDVA 4X2GA 3O23A 4M7IA 3KFAA 3VBXA 5GZ8A 2CKPA 3CQEA 4O82A 1U5QA 4AGCA 2YJSA 3GCSA 4WBBB 4LL5A 5FWKK 4CVAA 4EH2A 3MI9A 3VBWA 3IOPA 2C69A 5GINE 1P14A 4I4EA 1H1RA 3T3UA 4AT4A 2CNQA 4JRNA 5K4IA 3MTFA 3UP2A 1Z9XA 2C5NA 3E8DA 5TF9A 4XG6A 4CQEA 3MH3A 1J1CA 2GHMA 2CN8A 5H2UA 4BGGA 2UW9A 2E9OA 4D2VA 3FBVA 5BUEA 3HEGA 3VAPA 4GMYA 4R3PA 4I6QA 3C5IA 5IQCA 3LFFA 5AUUA 2X4ZA 3NW5A 3UOHA 4EOMA 1VEBA 3S2PA 4IZAA 2BAJA 4GH2A 3UYSA 4CKIA 4W8DA 5CI6A 4WSYA 4YTFA 1UWHA 5FDPA 3QQGA 2G15A 2XEYA 2XNMA 4N57A 3QTRA 5HO6A 2C0TA 4R5SA 4U0IA 1Q41A 4F0FA 1ZZ2A 4Z7GA 5HNIX 3OUKA 4IQ6A 3VBVA 5JK3A 2YZLA 4PDPA 1XO2B 2Z7QA 3VS4A 4C2VA 3LMHA 3NDMA 3ORLA 4N0SA 3LCDA 4PY1A 5JFSA 3GU6A 5AA9A 3MA6A 2J5FA 4AUAA 4PNKA 1BMKA 1CM8A 5AP1A 5J1VA 2OJGA 4OR5A 4RWLA 3LZBA 3H0YA 3TNPC 1BI7A 5AP6A 4FVPA 3NUUA 1FPUA 4MBJA 3CXWA 4L3JA 5AP3A 5EK7A 4MCVA 3VS0A 5F94A 1B38A 1S9IA 4ZJIA 2VTTA 2O8YA 3DLSA 2IZRA 4ZTNA 5DMZA 3NVMB 4W4VA 3F3TA 5CF4A 1U59A 4AWIA 1Y6BA 2C0IA 4R1VA 5ETIA 4BZDA 1GZOA 2FO0A 4RMZA 4C4EA 4EI4A 1QL6A 3TZ8A 4KD1A 3PIZA 3OWPA 2CLQA 5E9EA 3MIAA 2B55A 4WUAA 2PVJA 3EQIA 1YDTE 4FSYA 4EC8A 4TTHB 2EB3A 3DAEA 2ZVAA 4D1SA 4V05A 2YAKA 3D5WA 4EL9A 3ZLWA 4HVHA 5IF1A 4P90A 5BQ0A 3QUPA 5AUTA 3DNDA 4EHGA 3QD3A 2B1PA 4K77A 4KNBA 4O0UA 5EM5A 4K18A 2W5HA 1PXKA 4O7WA 2XNEA 3DK7A 4U79A 3E8EA 3QQFA 3Q96A 2C6KA 5HD7A 4NFNA 2B9HA 4IEBA 3ZYAA 1KWPA 4K6ZA 2GNLA 4D2WA 3A8WA 3N51A 2R2PA 2CHLA 5L2IA 1XBAA 3DDPA 5J95A 3O7LB 1LEWA 5GJGA 4RIYA 1U46A 3AC2A 3OHTA 5HE1A 3S4QA 1W84A 1SVEA 1H07A 2QONA 5A4QA 3PFQA 1W98A 1MRUA 3HUBA 3NNVA 4HCTA 4KKEA 5DG5A 5BYLA 4L68A 3LQ5A 3PSDA 3NSZA 2WOUA 2ZM3A 4AX8A 1Z5MA 4E5AX 1BKXA 2YFXA 2W1ZA 4GV1A 4E3CA 4ITJA 1URCA 4YJUA 3HL7A 3PVGA 4USEA 2KULA 2Y4PA 3NR9A 4M69B 3KULB 5EDPA 3HYHA 4TN6A 3O8TA 4O0WA 4U8ZA 1ZY4A 2HZIA 4R7BA 1M17A 4XBUA 3SD0A 4BCHA 3O50A 5CAQA 5HTCA 2R3NA 4NCTA 4G3GA 4XX9A 5I5ZA 4UMTA 4R3CA 1KSWA 5EDRA 4ALUA 4IH8A 4TRLA 4L42A 1WVYA 4BDCA 1DAYA 4GK3A 2XJ2A 3EH9A 4TNDA 3V5PA 3SXRA 3COMA 1FVRA 4M68A 4L8MA 4D2PA 2WEIA 4S34A 5HE0A 4BTFA 2BCJA 3NYXA 2AYPA 2GNGA 4KKGA 3R8PA 4DGMA 2UW0A 4DGNA 5IQIA 1ZOEA 2ZV2A 3ORPA 4ZTMA 3VHEA 3LLAA 4PMMA 4ZS0A 3IW6A 3QA8A 4AA4A 3DV3A 4BCPA 3H9FA 2XZSA 3S0OA 3QBNA 5FD2A 5DR2A 4D0XA 4GIHA 2O0UA 3F69A 4PDYA 3VO3A 1DI8A 2VTAA 3UC4A 2UZWE 2A27A 3GFEA 1UU3A 3MPAA 3MH2A 4QOXA 5F20A 4O7TA 2J4ZA 1M52A 4M8TA 4MNEA 5LVPA 1LPUA 2I40A 1K9AA 2WOTA 4MH7A 3BGPA 3FLWA 4GRBA 3WBLA 5I9VA 4DGOA 2XJ0A 2C6LA 5IMEA 4ZMFA 2WEVA 4MYGA 4DEEA 2QHNA 4QPMA 3FYJX 3CJGA 3O96A 4F9BA 1BI8A 4FBXA 1Q8YA 2C5OA 4EQMA 4F9CA 3DBFA 3FV8A 2BROA 4EKKA 4MBLA 5BYYA 4AGUA 4DFXE 3V8SA 2X1NA 5IH4A 3HX4A 4LOQA 2UZVA 4G3CA 3D7TA 4DG2E 3KREA 1XH7A 4ERKA 4QMNA 3F61A 2SRCA 3MW1A 2ERZE 4M15A 4KRCA 4QYHA 5HBJA 2BRGA 3ALNA 4S31A 4AZEA 2GQGA 3UVRA 3F3UA 3KF4A 2W9ZB 3IKAA 3GQLA 3GU4A 4YSJA 4FV4A 4EK3A 2XCHA 4F7SA 4O7RA 3WE8A 4Y95A 1H27A 3P86A 3QYZA 5IUHA 3OCSA 4RT7A 5HICA 4XYFA 4XRLA 3DAKA 1OBDA 2W1IA 3KU2A 3E63A 4FYNA 3A4PA 3C0IA 2XIZA 5E4HA 3LFQA 2QI8A 3MVMA 3V5JA 5IQFA 2QU6A 3ZMMA 3QU0A 3MFUA 4KKHA 4A4LA 3DKCA 3FLQA 2B54A 4IX4A 4IAZA 2XIXA 2YAAA 4DFNA 5ANOA 5AR4A 3LW0A 4DTKA 2C3JA 4YO4A 1PYEA 3IW5A 4DEDA 1O9UA 3AMYA 5JGBA 3VUTA 1OKWA 4FSWA 3U8WA 4FZDB 5LMBA 4NWMA 4J1RA 1GY3A 1FVTA 4ZY4A 4X2JA 3KL8A 5HVYA 4S2ZA 1YHSA 3TKUA 4G9RA 5IQBA 2YACA 2J0IA 1Y8GA 2OJIA 4RSSA 2JC6A 1OKVA 5T68A 4H3QA 4MNFA 4RIYB 3KCFA 4C4GA 5JN2A 4G34A 3ULIA 3BLRA 3AG9A 3FL4A 3I5NA 3OT8A 2WMSA 3I6UA 4FIJA 1CKIA 4FKJA 3GC7A 2RFSA 3IPHA 4IZ5A 5EQPA 4I5PA 2YDIA 3HRFA 4NL0A 4X6RA 3V6SA 4CG9A 5LJJA 1W8CA 3Q52A 3OCBA 3MY5A 4EH4A 4BI0A 3EN9A 1HCKA 4GG5A 4FNZA 3DJ6A 1SYKA 1Q62A 3GOKA 1R0EA 4OTPA 3V6RA 3WF9A 1H0WA 3RI1A 5E90A 3UNKA 1P4FA 3R7GA 5ACBC 3ALOA 4ACGA 1H08A 2QOFA 4K2RA 4DTAA 3QCYA 4FIEA 5HVJA 3LLTA 3V5WA 3P7CA 4R78A 5HNBA 4O81A 5C26A 3FY2A 3OCGA 3O2MA 3MFRA 4ITIA 2BAQA 4IANA 4PMSA 5FG8A 3SOAA 4CFFA 4IVDA 4MTAA 5DEYA 4CFXA 1Y8YA 1OL7A 3LCOA 3UDBA 4RX8A 1Q99A 4IADA 2CCHA 2PZRA 2W7XA 2YJRA 4G5JA 3RPVA 2C3IB 1DS5A 3HMPA 1YXXA 4G9CA 5JSMA 3DFAA 3OS3A 4I6HA 3P7BA 3BGZA 1Z57A 3EJ1A 2OJFE 4DLIA 3KC3A 2ZB0A 4EONA 5BVOA 4BHZA 2G1TA 5DN3A 3JPVA 4DH3A 4MNEB 4ZY6A 3Q5ZA 4W4YA 4N6ZA 3E3PA 2WMRA 3PXZA 1IR3A 3TACA 3R9OA 3Q5IA 3BE2A 3BHVA 3BLQA 1YDRE 1FQ1B 2V22A 4XLVA 3WZEA 3WF7A 3U54A 3LFSA 4WHZA 4MQ1A 4LOPA 1ZOGA 2PZIA 3FC1X 5DIAA 5HU3A 2QO7A 2IVUA 5AV3A 2QG5A 3OMVA 4AF3A 3PA5A 3D7TB 1PXLA 3PZEA 4S30A 4EOLA 4BDBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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