5HVJA

Crystal structure of limk1 d460n mutant in complex with amp-pnp
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
305
structure length
283
Chain Sequence
RPHRIFRPSDLIHGEVLGKGCFGQAIKVTHRETGEVMVMKELIRFDEETQRTFLKEVKVMRCLEHPNVLKFIGVLYKDKRLNFITEYIKGGTLRGIIKSMDSQYPWSQRVSFAKDIASGMAYLHSMNIIHRNLNSHNCLVRENKNVVVADFGLARLMTVVGNPYWMAPEMINGRSYDEKVDVFSFGIVLCEIIGRVNADPDYLPRTMDFGLNVRGFLDRYCPPNCPPSFFPITVRCCDLDPEKRPSFVKLEHWLETLRMHLAGHLPLGPQLEQLDRGFWETYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Basis for Noncanonical Substrate Recognition of Cofilin/ADF Proteins by LIM Kinases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords LIM domain kinase 1
total genus 89
structure length 283
sequence length 305
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5hvjA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5hvjA01
4IZ7A 5CEKA 4NWMA 1UV5A 1OIQA 4NEUA 3GCSA 4RQKA 3R9DA 4AW1A 3VUGA 5IQIA 2Y0AA 3BRBA 3OC1A 4IW0A 5HE0A 3R9NA 1MRYA 2JAVA 4MXZA 3H9RA 4A9SA 2HZ4A 4M68A 3I1AA 4YJVA 1E1VA 4G9RA 3MFRA 4EKLA 3F7WA 4FV4A 4FYNA 5KZ0A 2X6EA 3HV3A 1ZY5A 1H1PA 2RFDA 5DWRA 3VVHA 2UVXA 3MTFA 4K8AA 4U9AA 4M7IA 1YKRA 5AP4A 3QZGA 3UG1A 4YU2A 4FF8A 4E4NA 2W96B 3EQDA 2PE2A 3P7CA 3UYTA 3HAVA 4JQ8A 3IDBA 3K5UA 1KV2A 4HCUA 5CANA 4AS0A 3LIJA 4MTAA 5AMNA 2YCFA 1OPJA 5L6OA 3MH2A 1ZOHA 4V04A 4DT8A 3PRFA 2VWWA 3NAYA 3EWHA 5AUVA 5TO8A 3LKMA 3FLQA 1VEBA 3C4EA 5HNGA 3EQGA 3A62A 5FEEA 3SRVB 4EQCA 5FEDA 1VZOA 4MNFA 4XG9A 5DN3A 2CKOA 4TWPA 3A99A 3ZCLA 4F6WA 5JFVA 4S31A 5FM3A 5LCKA 4HCTA 2HW6A 3MH3A 3M2WA 5IH5A 5EQYA 5FUTA 3D0EA 5A4QA 3TUCA 4DF3A 3HZTA 2JC6A 3DJ5A 4FKUA 3BGZA 2QOOA 4CFNA 4DFXE 4G3DA 4O21A 5DVRA 3G15A 4PUZA 4J8NA 1OL2A 1JVPP 2IVVA 2UZLA 4WRSA 5HO8A 5E9EA 3KN5A 3FLSA 5HTBA 3ZEPA 3OWPA 4EOQA 3ZZEA 1ZMVA 1ZY4A 2A0CX 3FAAA 4YP8A 2QONA 3UGCA 4NW5A 1URCA 4TTHB 5KMNA 2EB3A 3U54A 2YHVA 4CZTA 3BQCA 5AUWA 3ZDUA 2QO9A 4Y72A 5ANDA 3MJ1A 3ORZA 3TJCA 4EH4A 5B2KA 2AYPA 2VU3A 1PY5A 4BCGA 5FDPA 3CQUA 5HBHA 4FBXA 5BVFA 3EQPA 4O2PA 3HA6A 4MF0A 5HCZA 3EJ1A 4PNIA 1QMZA 1ZYSA 2RG5A 3KXGA 2JIIA 4MXYA 3V51A 5JSMA 2GS7A 3E64A 4ZTNA 1KOBA 1XQZA 3CCNA 4OAUC 4TW9A 3NSZA 4MQ1A 5EK7A 3OWLA 4HCVA 2A27A 2XCHA 4FTJA 4XRLA 2ETKA 4ZIMA 3G9NA 5K0XA 5ANEA 3MBLA 2JFLA 2PTKA 3COKA 3F3UA 3FKOA 3QRJA 4CG9A 4K1BA 4R7HA 4TYHB 2QOBA 4A9UA 3PJ2A 1SZMA 3RM6A 3DBDA 2RFNA 2R64A 3QRUA 4Y95A 4AU8A 4PNKA 4PDOA 2GQSA 3WYXA 4O38A 3FLZA 1DAYA 1XBBA 3NNVA 5IZFA 1SVEA 5E8TA 4BTKA 4C38A 4CKJA 2C6DA 2DS1A 4RQVA 5HD7A 2QG5A 5CY3A 2HELA 1K2PA 4ITJA 4EOLA 4FSYA 3TKIA 3ID6C 3AC3A 4LOPA 4YJOA 1WZYA 5D1JA 4YZNA 4GS6A 4EKKA 4YPSA 2P2HA 2J5EA 3VRYA 4O0WA 2QODA 5DRDA 5L6PA 4WA9A 4FTRA 5E1EA 1BI8A 4BCMA 5JZNA 3GOPA 3ROYA 4EWQA 4F1OA 4EZ3A 2QD9A 3UODA 2VX1A 4GMYA 1YHSA 3C5UA 3QHRA 4L8MA 3ZBFA 2XBAA 1ZARA 4B0GA 5M4UA 2C3LA 3ZSHA 4RSSA 2YCQA 4BZOA 4U7ZA 3KXZA 4FSTA 3R1YA 3B8RA 2YIXA 3LVPA 3MH0A 2HK5A 3PPZA 5L2IA 4DITA 4JG8A 3KMUA 2YM3A 4FNWA 2DQ7X 3I4BA 2JDTA 3VS1A 1O6YA 4NZWB 5TF9A 4DLIA 4V0GA 3P0MA 2R3OA 3ANQA 2VWBA 3UP7A 4AF3A 4CEGA 4UWYA 5L6WL 1KE6A 2WMXA 3NPCA 1FMKA 4LM5A 4ZSAA 2YIWA 2JDVA 2VUWA 4A9TA 2PU8A 2BKZA 1QPCA 3LHJA 3Q4UA 4PPAA 4L44A 4WG3A 4RZWA 4H3QA 3UVPA 1GZKA 4TWCA 5HI2A 3ORTA 5CS6A 3ORPA 5L2WA 2QOFA 4LRMA 3KU2A 3Q9XA 3IPHA 2ONLA 5D7VA 4DGOA 4LGDA 4I22A 2OU7A 4YJPA 3S2PA 1F5QA 4EJNA 4FSRA 3GCUA 3C0HA 4CZUA 1V1KA 4DCEA 1WAKA 4U3YA 3S4QA 4RX8A 4E73A 3QTIA 2W99B 3QGYA 4KIKB 2IWIA 2R3NA 3QZIA 2C5NA 5LVPA 5I0BA 4AT4A 1APME 4FV9A 4GJ2A 5EH0A 4O22A 1YW2A 3I7CA 1OB3A 2X9FA 4YZMA 2FUMA 2YN8A 1CKIA 1GAGA 5EDPA 4EK4A 5GIPE 2JDRA 4UZHA 3P23A 1FGKA 4GK4A 3H9FA 2VGOA 5A6NA 1QL6A 2VTOA 3BLQA 4GJ3A 3ORKA 4O81A 4YBJA 4GT5A 3AXWA 4BCFA 4LV5A 3PG3A 4C3FA 1PXMA 2X4ZA 3HAMA 1M52A 4IADA 3VWAA 2JBPA 3RZBA 3NGAA 4C36A 2R3PA 4NTSA 3QF9A 3R9HA 4Z3VA 4QTBA 4CV8A 4ZY5A 4N6ZA 3BE9A 3EHAA 3AG9A 3FMMA 2UZDA 4FE2A 2E2BA 2YERA 5KMMA 2XBJA 4FZFB 3GP0A 2BRMA 3AOXA 4EOIA 2X7FA 1BKXA 1K3AA 3WF6A 3IECA 3PPJA 4Q5HA 3RPVA 3COIA 3OBJA 3P08A 2BFYA 2WGJA 2PE0A 4O1PA 3SKCA 2VO7A 1H0VA 1U54A 3HGKA 4K11A 5ETIA 3FKNA 3NUUA 3DA6A 3ZRMA 4CFUA 3HMNA 2QO2A 3CKXA 5IQCA 3BU3A 3U51A 3W2CA 4IX6A 2W1EA 1XBAA 3W8QA 4FOCA 1JAMA 3AC2A 3CR0A 4KAOA 2WZJA 4KIKA 2LAVA 4XOZA 2BROA 4ACCA 1V0OA 2ZMDA 3QHWA 3GC9A 4MBLA 2I0EA 5AP7A 3WZKA 4PTCA 4IVDA 4WKQA 5TE0A 3I0QA 5M06A 3Q5IA 1NVQA 1PJKA 1YI6A 2YA9A 4KKGA 3RK5A 3W1FA 3BU6A 3OCSA 2H8HA 1JLUE 4BZDA 3U6HA 2CSNA 2PVJA 4DEGA 3PIYA 3BHUA 5L2QA 4WUNA 4YTIA 4RVMA 3RAIA 4IAYA 3FBVA 3QQJA 2O3PA 5HLWA 2GNIA 3SOAA 1S9JA 3NW7A 4LI5A 4LQMA 2XM9A 4BWPA 5LJJA 4NW6A 4K77A 2RF9A 4XP0A 4X3FA 3GUBA 1GZNA 4FEQA 1OBDA 5E8XA 1JSUA 2ITVA 3R7IA 1XH7A 4BKJA 1ZZ2A 3W8LA 1DM2A 5JKGA 4FSWA 3MW1A 3HMIA 1IEPA 4CCUA 4HGEA 1OVEA 1S9IA 3TNIA 4E6AA 5JK3A 3CJGA 2R3IA 2WQNA 3EH9A 2Y8OA 3FI4A 3BWJA 4L3JA 1XR1A 4MHAA 4NK9A 4YTHA 4WUAA 3RWPA 4ZLOA 5J9ZA 1IA9A 4DFZE 3NYNA 4CD0A 4FMQA 2GQGA 1Q62A 3H3CA 4N70A 2HZNA 4NCTA 2IVSA 4EC9A 2J51A 4C34A 2ZV9A 3I60A 4NM7A 4WG4A 3RBWA 3CD8A 3RHXA 4O82A 1YXVA 2PVMA 4RJ7A 4EL9A 3DKFA 2W06A 3VW8A 4O2ZA 2J6MA 3ZM9A 4JG6A 3UNZA 2OJFE 1QPJA 2C0TA 2PL0A 2QCSA 2VGPA 3E8DA 3R8PA 1IASA 3COMA 3DKGA 3OXZA 4K18A 2P4IA 5FWKK 4JR3A 4EYJA 2E9VA 3AC4A 3WE8A 1DI8A 3FI8A 4I94A 4F7LA 3PY1A 1JQHA 3O17A 1XHAA 5FGKA 5KKRC 4ORKA 4AX8A 3O96A 3GGFA 3G5DA 4D4RA 3CTQA 1P4OA 4ZSLA 4KKHA 4QP6A 1Y8YA 4LV8A 1YHVA 3RINA 3JVRA 4FEUA 4FI1A 4ASEA 4QRCA 2VN9A 1PMUA 2O64A 3L9MA 2YDJA 4JAIA 5AP1A 5HLPA 3A4OX 3BELA 3DQWA 5KHWA 4YZDA 3GT8A 2H96A 5HTCA 3BZ3A 3Q6WA 3QYWA 4DA5A 3EQFA 3DDPA 2EXCX 2QU6A 3BGQA 2W7XA 4ALUA 2BKKA 2JBOA 3NNUA 4FIGA 4NJ3A 3MTLA 5EM5A 1PYEA 3MY1A 4BBEA 4C2WA 4E4LA 2OJGA 5HIBA 4AA5A 5AWMA 1YXUA 3NUSA 2EVAA 5HG8A 3SXFA 2YITA 5M55A 3R21A 2VTSA 3F5XA 2HXQA 3A7FA 4BDKA 4KINA 3LOKA 4IZYA 4QP7A 5I9VA 4EQMA 2YZAA 3RK9A 3BLHA 3P1AA 4BI0A 4EOPA 2XMYA 3O7LB 2OWBA 4GRBA 3RI1A 3H9OA 4D1ZA 4C4GA 1Z9XA 2H34A 2KULA 3GQLA 3LJ1A 2PY3A 3VAPA 3JVSA 5F95A 3LAUA 4OLIA 4QT1A 3CTJA 1YWNA 4XG3A 4MNEB 3VUIA 4OUCA 4R78A 3NYVA 3PP1A 3MVMA 1Q24A 5CI7A 3N51A 4CQEA 3WE4A 2C6EA 4JXFA 3V5LA 2W0JA 2JKMA 1H8FA 2X7GA 2XF0A 4QP2A 3EN7A 4X0MA 4W4YA 4XG7A 5HORA 5E8ZA 2R3HA 5DMZA 4O0TA 4QTCA 5GHVA 2PYWA 4A9YA 5AUZA 5DA3A 5I9ZA 1OL7A 1ZXEA 3R30A 5A14A 5KMJA 4QPMA 2B1PA 4ZOGA 5EW3A 3VBTA 1YRPA 3E88A 1FOTA 2CNUA 2GSFA 3M1SA 4FG8A 5JN2A 5DLSA 5DEYA 1DS5A 2JKQA 4O83A 3QQKA 2CGXA 2XK7A 2JKKA 5A54A 5J7HA 4FX3A 4CQGA 4IHPA 5DNRA 4EONA 3RCJA 3BX5A 4WT6A 4QMLA 4EOKA 3ODYX 3DKCA 4E5BA 5C1QB 3KRRA 3C4WA 5LVLA 2RL5A 2I40A 2C3IB 2ITXA 1QPEA 2OG8A 3CEKA 3P79A 4FT3A 4UZDA 1PXKA 2W1ZA 4S34A 4F08A 3ZUUA 4F7JA 5I4NA 2O5KA 1OUYA 4XX9A 2G2FA 3G0FA 2JIVA 4ACGA 3UC4A 4BHZA 2GNLA 4O7VA 5E8SA 5HO6A 2BMCA 4LUEA 3P4KA 4I0RA 2HAKA 4HVGA 4AGCA 3PP0A 3IQ7A 2X39A 4FTMA 3NUYA 5HGIA 4CFFA 1A48A 4QMXA 4XP3A 2ZJWA 4H39A 2RFEA 4LOQA 4YJNA 2B9JA 4U41A 4M3QA 4BBFA 4C3RA 4YR8A 1RE8A 3H30A 5CT7A 3C51A 5FRIA 2GCDA 1OBGA 5AV4A 4KSQA 1OKYA 3G51A 4PTEA 4KKEA 3TI1A 4GVAA 2I0VA 5CTPA 2YM5A 3QD3A 4HYUA 5BUIA 2EXMA 1UNLA 4NSTA 1WBVA 2WEIA 2F7ZE 3DPKA 4FTOA 2ZM1A 3UQGA 5K4JA 3C7QA 2CNVA 2RG6A 3HEGA 4IBMA 4CMUA 2DYLA 2OJIA 2HWPA 3UOHA 3T3VA 4ANOA 4CYJA 3ZOSA 4I0TA 5IH4A 4QP3A 4KUJA 3VUKA 2OIBA 3A7GA 5ANKA 5I9XA 2WMAA 5J7BA 4RWJA 3ORXA 4TL0A 1IRKA 2CCIA 2ZV2A 4NJDA 3F3TA 1PYXA 3WIGA 4F65A 5EYCA 2XP2A 4R5SA 3QD4A 5J79A 4FEXA 5AV3A 3V5QA 1YDRE 3HDMA 4M69A 5E8WA 2I7QA 4JRNA 3Q32A 4R1VA 4HZRA 4RX7A 4D9UA 4B99A 1KOAA 3MA3A 2UZBA 3R63A 2WMSA 3HP5A 3PIXA 4LGHA 3PVBA 1YOJA 4ZTRA 2JDOA 1ZOEA 1WBOA 2XNNA 4F9CA 1OIRA 5BUEA 5LMKA 3IOKA 5CALA 4II5A 4MVFA 4Z7GA 4IQ6A 1J1CA 4R7IA 2WTWA 5JZJA 3LCKA 3UO5A 4FNXA 2NNWB 3P86A 4M8TA 4FKJA 5CU4A 2GTMA 3IKAA 5JFSA 3GENA 2LGCA 5KNJA 3BU5A 2PUPA 4GU6A 2QG7A 5CYIA 4OR5A 1UU9A 4RWIA 5EOBA 5KE0A 5IA0A 4M15A 4EK3A 4QYGA 3PXFA 1PRYA 4F6UA 2VTJA 1YVJA 3MY5A 2J9MA 3NWWA 1K9AA 5HLNA 1JPAA 2JITA 4WNPA 3JXWA 3EMGA 3K3JA 3PA4A 3JR1A 5IUIA 4M67A 4K6ZA 5BVDA 4NYEA 3PLAE 4D2TA 2UZEA 4LRJA 3E8NA 2XK4A 4KD1A 5ICPA 5D11A 2FH9A 2A19B 4AT5A 4FVRA 3F3WA 4UV0A 1KV1A 1XJDA 3QZHA 4QP9A 3VF9A 4CLJA 3U6JA 3IW8A 4RX9A 3AT2A 3R71A 1SVHA 1PW2A 2W4JA 3U9NA 3FSKA 5EW8A 1IAJA 2Y4IB 1CSNA 3FY0A 2BALA 3VUTA 3OY1A 1ZAOA 2V62A 2CN8A 2W5AA 3H0YA 3RWQA 4D4YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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