5IF1A

Crystal structure apo cdk2/cyclin a
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational Adaption May Explain the Slow Dissociation Kinetics of Roniciclib (BAY 1000394), a Type I CDK Inhibitor with Kinetic Selectivity for CDK2 and CDK9.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 2
total genus 84
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2016-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5if1A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5if1A01
3BLHA 2JKQA 3VBTA 2IJMA 1OKZA 3OG7A 4U8ZA 4IC8A 4ZXTA 2BRBA 3PRIA 2C6TA 3D2IA 3G33A 3QLFA 4YP8A 4GT4A 1V0PA 4DFYA 1TKIA 4E3CA 3KXMA 3WYYA 2A1AB 4MXCA 5DN3A 4Y46A 1YW2A 4PL4A 2X8IA 3TTJA 2W99B 1OL5A 2XK6A 3NRMA 3OT3A 5CEKA 3F6XA 4UV0A 4G17A 4F63A 3OWKA 4G9RA 4EOQA 5EQEA 3ROCA 5AIKA 4BC6A 4FVPA 5BVDA 2JKKA 4J8NA 5H8EA 3L9PA 3U51A 1JKKA 1LEZA 3FE3A 4LUDA 4BCPA 4YZCA 5C1QB 3UIUA 4C2VA 3OF0A 1URWA 4XP2A 2W1EA 3QHWA 4PDPA 3FXWA 5E8UA 1JSTA 5KHWA 4FYNA 2R5TA 3IK3A 1Q8TA 4FKSA 2ITZA 4CFWA 5C4LA 3PVGA 2J6MA 1ZLTA 1KE8A 3DDQA 2WMXA 4O21A 3OBJA 4G5JA 2Z7QA 3JYAA 3AG9A 3ORKA 5FWKK 1V0OA 1XWSA 4IJPA 2VTPA 5IA0A 1IRKA 4PQNA 4YZMA 3FXXA 3JXWA 1LP4A 4I22A 3ZUUA 2IW8A 3OW4A 1UU9A 4FSTA 2A2AA 3PXRA 4JVGA 4X2NA 5D7VA 2BTRA 3TZ8A 3R00A 4U81A 3OXTA 1SNUA 5DMZA 4F70A 5J9ZA 2BDJA 3R2YA 4BDCA 4EOIA 4CEGA 3B8QA 3MB7A 2QR7A 5DE2A 5E8VA 3VUKA 5J8IA 3UOJA 2HY0A 4BTKA 4C62A 5J87A 3A7IA 3BBWA 5E1SA 2E9PA 5IUHA 1MRUA 2JBPA 3ROYA 1MRYA 4RQVA 2E9NA 4IE9A 1SMHA 2X7FA 4FT9A 2CMWA 3S00A 5IQIA 4EWQA 5JGAA 4GT5A 3D5WA 5CALA 2VD5A 4PL5A 2OGVA 4L3PA 3MH2A 1CMKE 4F7SA 3O7LB 5L6PA 5HIBA 3QGWA 5CY3A 5JRSA 2QKRA 5KZ0A 4CXAA 1OM1A 3PIYA 3O7LD 3DAEA 5KCVA 3IG7A 3QYWA 1GY3A 4FOBA 4HGSA 5A6OA 1ZYJA 3IKAA 3O8TA 4C37A 3VS4A 4FKIA 4PNKA 3R7EA 4FTTA 4LYNA 3TT0A 5LQFA 3VBVA 2W9FB 2OXXA 4YZ9A 2YM7A 4YZDA 5HNIX 1YI4A 1M7QA 1R78A 4FEXA 3VUDA 3PVUA 4CRLA 3CR0A 4C3RA 5FTQA 3ZYAA 4OAVB 5EM7A 2XNBA 2YAKA 5DLSA 3EFWA 2XMYA 5DBXA 4UX9A 3KXNA 3QAME 4MWIA 5HBHA 5CT0A 4PF4A 2PE2A 3Q5IA 3VS6A 3ZLXA 4CZUA 3FQSA 4YZBA 4QYYA 4X2FA 4ANOA 2DUVA 3I60A 4AGCA 5JFXA 5AUTA 3SDJA 5K4IA 3SHEA 4BF2A 2EU9A 5LMKC 4PMMA 1PXJA 4ZEGA 2QD9A 3EL8A 4AOTA 3DS6A 3C4ZA 1BMKA 2C3IB 3MN3A 4G2FA 2XK4A 2XK7A 3OW3A 2GFCA 3W8LA 2R0UA 3F61A 3BHTA 2YITA 3F9NA 5HG7A 5CXHA 2RKUA 2RF9A 4AFEA 4YTHA 4WSYA 3W10A 3NW7A 5D12A 2GU8A 4OUCA 4XJ0A 4EK3A 4C3FA 2WMRA 4HPUE 1B38A 1YOMA 2YLEA 4BDIA 3HZTA 5I4NA 3HV6A 3OOGA 4BCKA 1XQZA 4C8BA 5A4EA 4A7CA 4KA3A 2H9VA 4QYFA 2O63A 3HRBA 4L68A 4MXXA 4NSTA 5JH6A 4TYHA 3R28A 3PP1A 4GFMA 4W4VA 3SGCA 4O7ZA 5L2WA 2PVFA 4FG8A 4I6FA 4NIFB 3O8UA 2QOIA 4V01A 5IA2A 4GVAA 4ARKA 4CT1A 4Q2AA 3R71A 3V04A 4UZDA 4PWNA 5FRIA 5K5NA 4MD9E 5JFVA 5HTBA 4EYJA 5KMNA 4QPMA 2YM3A 2GNJA 5GZ8A 1PRYA 3OHTA 5A54A 4K33A 3PVWA 3ODZX 4FZ6A 4TTHB 4IIRA 3LFDA 2C6OA 3ERKA 3BEGA 3ETAA 3ZS5A 4GCJA 4WHZA 3H9OA 4RJ8A 4XG3A 4XG8A 3KRXA 5IEYA 3EQCA 3QD4A 1O6YA 3AQVA 2HZ4A 1OGUA 2XIKA 3VBYA 5KX8A 1Z57A 3E3PA 3FYKX 3L9LA 2RFEA 3QD2B 4KBKA 5LWNA 2PWLA 1UNHA 4EL9A 3F2AA 4TWNA 4EOLA 2WO6A 3CQWA 4MTAA 1KE6A 2OZAB 4OTRA 5AMNA 3V6SA 4GW8A 4RIYB 4QYEA 5DPVA 4A4OA 2C6MA 4FV6A 4QMSA 2W1IA 4RRVA 5EM8A 3UQCA 3UIBA 1UWHA 3KULB 1GZKA 2VTSA 3RBWA 1YXTA 4O0VA 3EWHA 1CSNA 3FHRA 4IX6A 4YJOA 4B7TA 3FY0A 4I5PA 3RK7A 2YIRA 5CAUA 1PHKA 4E4NA 2BAQA 3NYNA 2I6LA 4PDSA 2PMIA 3TM0A 3BGQA 5LVOA 2BTSA 3FLWA 5CQWA 4Z7GA 5HX8A 1SYKA 2VO3A 5IMEA 3BWJA 5JSMA 4BDHA 2ZV7A 4S2ZA 1F3MC 4OBPA 4D2TA 3BPRA 1L8TA 3NDMA 4IAIA 3ITZA 5DEYA 2C5VA 3ULIA 5J5SA 3LJ0A 2A0CX 4M7IA 2VTRA 2CNUA 3RAKA 4UYNA 2WU6A 4ZJJA 5AWMA 3II5A 5J1VA 3UO6A 5IDPA 3ENHA 5K0KA 5KKRB 1U5RA 2OJJA 3IONA 4KUJA 1UWJA 3LCKA 3SXSA 2J90A 3QC4A 4I20A 3I6WA 1TQMA 4KIPA 5ITAA 4A9SA 3U87A 2UUEA 1UU8A 5EI6A 3QUDA 2P33A 5GIOE 2G1TA 1PXNA 2B1PA 3BU3A 4LOQA 3MB6A 4UY9A 5DOSA 4Z55A 3L8VA 4DFBA 3WIKA 4GK4A 3TV7A 3ZDIA 5JFWA 2P3GX 3M42A 1OVEA 3PJCA 4GYGA 4CFUA 4IAKA 4Q5EA 5AP0A 2R3GA 3GUBA 4R5YA 1ZRZA 3U4WA 3PY3A 3FZOA 1KOBA 3BYSA 3PUPA 4AGWA 3LCSA 4AX8A 1V1KA 3MV5A 3R7YA 4YUQA 4Z16A 2CCIA 3JR1A 4U97A 3PPJA 4ZSJA 5H2UA 4C4GA 3KFAA 1JVPP 4FIJA 1P14A 2UW6A 2QG7A 1PMVA 3TV4A 3BV2A 1JSVA 4PNIA 2Y6MA 4R5SA 2C6DA 3UYTA 3EZRA 2UV2A 3NW5A 3HA8A 4NCTA 3P9JA 3FMNA 4W8DA 1YI6A 5EHYA 3W32A 3POOA 3PPZA 1UU3A 3IDBA 3FSKA 4L45A 4BCGA 2WTIA 5AAEA 5DT4A 4MBLA 3KN5A 4EWHA 3R9RA 3F3UA 3RKBA 2UZLA 5H8GA 2WTKC 1QPDA 4F08A 5KMMA 3GQLA 4ALUA 5K9IA 4RIWB 3R1SA 4DH7A 4CYJA 2GTNA 3Q3BA 2ZMCA 3KREA 4CCUA 1OPJA 4AUAA 3DK3A 1S9IA 5ETAA 3C51A 4S33A 4C57A 4CQGA 2NPQA 5HEZA 3ZHPC 3MVHA 4O0XA 3T3UA 5G1XA 4II5A 1LPUA 3MW1A 3Q9WA 3AT3A 2XK9A 3CE3A 5KBQA 4FZAB 3QXOA 3TDWA 3E64A 5HE1A 5FLFA 2W4OA 4RG0A 4KKGA 5CEOA 2PU8A 3IO7A 3RM6A 3VUIA 2ITTA 4XX9A 4F1TA 2W9ZB 2V5QA 3PY1A 4H3BA 4WG4A 4AXAA 3PJ1A 4PDOA 3EN6A 3NR9A 4F9BA 4J96A 1ZMUA 2YM5A 3H4JA 3UMWA 3CD8A 1ATPE 2WQOA 3QQFA 4ITIA 3FHIA 2XK3A 2OXYA 4G3CA 3QTIA 4I94A 5CASA 3JVSA 1O6LA 4JDHA 2JITA 3FKLA 4YC6A 5CZHA 2YJRA 1K9AA 1DI8A 4J71A 4I0SA 4JS8A 3NIZA 2IW6A 2GDOA 2UZBA 5IEVA 2PUIA 5B0XA 2CN8A 1B39A 1LEWA 3QRIA 5AP1A 4DAWA 2J0LA 2VX0A 4IACA 1OECA 5K0XA 4IM3A 5D7AA 2VZ6A 2PSQA 1OBDA 5AP7A 2C1AA 4B8MA 1R0PA 2BVAA 2GSFA 3UNKA 5EQPA 3QQLA 4DG2E 3QKMA 4CG8A 3LXPA 3FZPA 3P86A 3VRYA 4OTPA 1RQQA 1Q24A 3DY7A 3REPA 3ZRKA 4C59A 5LJJA 5M07A 1JKTA 2XYNA 3UC3A 3EQGA 4BI2A 3Q5ZA 4XH6A 2BPMA 4BYJA 4BIEA 2OZAA 2B55A 4RIYA 3UZPA 3PSBA 3P1AA 3I81A 4RVTA 2V0DA 4ANQA 4EHEA 3C4XA 2EXCX 4AFJA 4EHZA 5A6NA 3HMMA 4QMXA 4RJ6A 3D5VA 2XEZA 4FGBA 4ZTMA 4HVHA 5CYIA 1KSWA 5HBJA 4U9AA 4BGGA 3ANRA 1KV2A 3MFRA 3UIXA 3KK8A 4BGHA 5CLPA 1PW2A 2O8YA 5CU4A 4PTCA 3OTVA 4L43A 2O2UA 4QP6A 3MESA 2Q0BA 4DTKA 5HLWA 4IC7A 3HA6A 3PTGA 3TKIA 4P90A 1ZYCA 4EH9A 1AD5A 3FUPA 4ENXA 3TZ7A 2UW3A 4KS8A 3NW6A 4EOSA 1UKIA 2XKEA 1YRPA 1VR2A 5LCKA 2Z8CA 3CEKA 2CKPA 2WEVA 3V8SA 3L8SA 3MY5A 3BELA 2C3KA 5AX9A 3DT1A 5HNGA 2WEIA 4UMRA 4CMOA 4GYIA 3QQKA 1XH7A 4FL2A 4WSQA 5LCJA 3DA6A 3NX8A 5EW8A 4E1ZA 4YO4A 2QOKA 4S32A 2CKOA 5CX9A 2JAVA 1H07A 4FTUA 4IDVA 3TL8A 4ZZNA 2WMAA 4KKHA 4F6SA 2GQRA 4ANSA 1XH9A 3MPTA 4MX9A 1W0XC 2YJSA 3TNHA 3HDNA 5K5XA 4FSZA 3UG1A 3MTFA 4GT3A 2YAAA 2ZB1A 4ZJVA 2R7BA 3H10A 3VUHA 2Y6OA 4YZNA 4QPAA 2QONA 4EH7A 4XHKB 2GTMA 5EHOA 5HICA 4G5PA 5BVNA 3ORMA 3EOCA 5A3XA 5B2LA 3WZDA 3LHJA 4LGHA 4Y83A 2H8HA 4D9TA 5EI2A 4C36A 4RX9A 3DJ7A 4TXCA 3A7JA 2C5NA 2IZTA 3EQRA 4I5CA 3Q96A 3CJGA 5CF5A 4I5MA 3BLRA 4CMTA 4ZP5A 4QMNA 3DKCA 4ALVA 2W05A 3W18A 4EK6A 5DNRA 4FEVA 2WQMA 4KRCA 1YHVA 2F49A 5CU6A 3SD0A 3W2CA 2EXEA 4ZS4A 2XBAA 3AD4A 3CD3A 2YERA 3D9VA 4DFXE 1RJBA 2A4LA 1P5EA 2BHEA 4TY1A 3UP7A 4MNEA 4ACHA 1F0QA 4P7EA 3SG9A 4U80A 3NUAA 4CYIA 3PWDA 4LV8A 1FVTA 4R6VA 5IH6A 1J1BA 4RLLA 4RIWA 4KINA 2OU7A 2C47A 3RK9A 4DH1A 3GNIB 4QMUA 4HZRA 5KZIA 3B2WA 4X3FB 2W96B 4GFGA 3I0OA 1H1QA 2BROA 3Q2MA 4E5AX 4BIDA 1WFCA 4GG5A 5JZJA 4LGGA 2F4JA 3ZZWA 5T68A 4G31A 4O0TA 3LFCA 3NEWA 1O9UA 4TKSA 4M0ZA 2R3HA 5FBNC 2CKEA 2V7AA 3DBCA 3HNGA 4IJ9A 3LZBA 3QRJA 4X21A 5D11A 1J7UA 4B0GA 3RNIA 1XBBA 2J7TA 4F09A 3ZM9A 3QF9A 2YWVA 4LRKA 2XZSA 5AP5A 2VAGA 4ANMA 3QZFA 4L00A 5EM5A 3U4UA 5E1EA 2XBJA 3QA8A 4A06A 4QMWA 5ACKA 4FNZA 4FTRA 5BUJA 3QTWA 2P0CA 3P79A 3C0HA 4D0WA 3DU8A 4EKLA 1DI9A 4FV3A 4FOCA 3GC8A 3BX5A 4FX3A 1T46A 3OCBA 3S1HA 2CNVA 3PXFA 1FQ1B 4I21A 3B2TA 1WVWA 2PZRA 4IDTA 4IVAA 4O0SA 4FV4A 3Q4UA 3VBQA 3DQWA 4YNEA 3GC9A 5A4TA 5AEPA 3RJCA 4USFA 4MEDA 4NT4A 3RPOA 3QTSA 4LG4A 4CG9A 5DHJA 2WKMA 3HECA 3CKXA 1OIUA 2O65A 4XRLA 5JZNA 4FT5A 2OZOA 3EQIA 3I7CA 2J4ZA 4IMYA 5HCZA 4TNBA 4CQEA 3BEAA 3EYHA 3IW7A 1ZYSA 2R3KA 4LGDA 2Y9QA 3N4UA 4MBIA 3F7WA 3MH1A 2VWVA 5H8BA 4LI5A 2YISA 3E8DA 4YSJA 4FTCA 5FQDC 5F9EA 4NZWB 1IASA 2VTTA 3HV3A 3ZBXA 3DKGA 4ACMA 3VNTA 2O3PA 3ZFMA 2B54A 4PMPA 1M7NA 3R02A 2V22A 2VWIA 3BI6A 2RIOA 2ZDUA 3C13A 3TV6A 3W2RA 3WF9A 5IQAA 2V62A 4AW5A 2O5KA 4KAOA 4M3QA 2CNQA 2I0HA 5EOLA 3UIMA 4IAFA 2C69A 4FV5A 5EK7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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