5JSMA

Brafv600e kinase domain in complex with chemically linked vemurafenib inhibitor vem-3-vem
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
277
structure length
265
Chain Sequence
SEFDDWEIPDGQITVGQRIGSGSFGTVYKGKWHGDVAVKMLNVTAPTPQQLQAFKNEVGVLRKTRHVNILLFMGYSTKPQLAIVTQWCEGSSLYHHLHASETKFEMKKLIDIARQTARGMDYLHAKSIIHRDLKSNNIFLHEDNTVKIGDFGLATEKSGSILWMAPEVIRMQDSNPYSFQSDVYAFGIVLYELMTGQLPYSNINNRDQIIEMVGRGSLSPDLSKVRSNCPKRMKRLMAECLKKKRDERPSFPRILAEIEELAREL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase B-raf
publication title Chemically Linked Vemurafenib Inhibitors Promote an Inactive BRAF(V600E) Conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 265
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5jsmA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5jsmA01
3AD5A 4L43A 3U4UA 4CVAA 4OUCA 4G9RA 3ZZWA 3CPBA 4PMTA 3OCGA 1E1VA 5D7VA 5L2TA 5GZAA 3BGPA 1CSNA 3DOGA 1MP8A 3LCSA 5HG5A 4X6RA 4JDKA 5E92A 4I4EA 2XRUA 4O1PA 5EHLA 5CQUA 5C8NA 5AP1A 3EQGA 1KE7A 2R3HA 3QQLA 5DLSA 3EB0A 3QQUA 3EFWA 4FV1A 4BDAA 1Q8TA 1OL2A 2YCQA 5IMEA 4NJ3A 4AS0A 1H07A 3UVQA 3TJDA 4Y5QA 4U3ZA 3HRCA 4HPTE 2YHVA 2XJ0A 2PY3A 2RIOA 2VWIA 2XK3A 3WZEA 3ANQA 3ZEWA 2CMWA 3N51A 5D10A 3KF4A 1R39A 5AV3A 3KREA 3PXQA 1ZYDA 4H1MA 3KVWA 3QD0A 4IXPA 5C9CA 5AUTA 1O9UA 5HO8A 1ZOGA 1PXLA 3S00A 2YIWA 4NKAA 2R5TA 1XH8A 5LWNA 4RJ6A 5KBQA 2PZIA 4CV8A 3WBLA 2Y6OA 3FXWA 3NUYA 5EM8A 2I0HA 3OUNB 4JQ7A 1APME 3GFEA 5HE0A 3FY2A 2GHMA 4LOPA 5L3AA 4AZWA 2PUPA 4FT5A 3WZJA 3UMXA 5A14A 5JGBA 2PVFA 4ZTHA 4H58A 2UW0A 3UVPA 2QOKA 3MH1A 3KRRA 3GCPA 4M0ZA 4NJDA 3TDWA 5K5NA 3U6IA 2YFXA 3NS9A 2R3QA 2QOHA 2IVTA 4ASZA 1M2PA 3C4FA 4BCKA 3RMFA 4BDJA 4EWHA 4IAKA 1UA2A 4BCFA 4FTUA 3ODZX 4YLJA 4EEVA 1M17A 2PE0A 2R3PA 4H05A 3RAHA 2WTWA 2X0GA 1XKKA 3BQCA 3E5AA 3BE9A 4FEXA 5LJJA 4BDHA 2WHBA 3LE6A 3GBZA 2WQEA 2WZJA 1J3HA 1LEZA 3AC4A 5DNRA 5EDRA 4BKZA 2JBOA 2KTYA 2X6DA 4BICA 4YJTA 2VO3A 1GJOA 2X8EA 4QMOA 1U54A 2PUIA 1FMKA 3KN5A 3L8PA 5D7AA 2XRWA 5IH6A 3QKMA 4NM7A 3ZBXA 1WFCA 4GS6A 4AN9A 1H0VA 1YRPA 2HAKA 4Y8DA 4ACHA 1KE9A 1Q8ZA 4ACGA 3UOLA 4UMRA 1UU3A 1H28A 4NIFB 3KCKA 5D11A 3W18A 3BYOA 4E4LA 2LAVA 5HU3A 5IQBA 3BEAA 3N9XA 4UB7A 3CBLA 3COIA 2C1AA 4ID7A 4HZRA 4I5HA 4CTCA 2OXYA 5LQFA 5HKMA 1P4FA 1J1BA 3IS5A 3R7VA 2W4KA 4E6DA 5M07A 4NM0A 4ZTLA 3W2SA 4V01A 3UTOA 4WOVA 5FG8A 3KN6A 2GU8A 5GJFA 4ZSGA 5AP7A 4O83A 2BIYA 1ZAOA 2OFVA 3CS9A 5F4NA 4EH6A 4G9CA 4DG2E 4KBAA 1OBDA 2XB7A 3BU6A 4FEQA 2BHEA 2XIYA 3PSDA 4ITIA 4KRDA 3ZXTA 5CI6A 3CPCA 3W16A 4WSYA 2X8DA 4B8MA 3GP0A 1BLXA 1Q97A 3BLQA 1A06A 2F2UA 1BI7A 2YISA 3LJ1A 3OZ6A 3P23A 4KA3A 4RA5A 3HKOA 3DJ7A 2X2MA 3Q6WA 4CFMA 4ZJVA 4C38A 5K4JA 5M4UA 2F4JA 2XJ2A 4CCUA 4F7JA 4XRLA 3MWUA 4A9UA 4BCMA 4CZTA 3AC3A 4UEUA 4FKRA 3CD3A 3IGOA 2C69A 4MXAA 1XH7A 3KXNA 3G51A 2JDOA 5IEVA 3TT0A 3PIXA 3PIYA 2JKOA 5HG9A 3QTQA 2UVZA 3SRVA 4EZ5A 5A3XA 2EXMA 1W98A 2P2HA 3TZ8A 3FZ1A 3D5VA 3LW0A 4QP3A 3QHRA 2JD5A 3ZLXA 4QP2A 5E8UA 4BTMA 3AGMA 4PNKA 2JBPA 2ZJWA 5HESA 3EQCA 4O7SA 3E64A 4QQJA 3F5GA 5BVKA 2BCJA 1YWNA 3D5XA 4KD1A 4MTAA 3SDJA 1OKYA 1KUTA 3FZRA 4R3RA 3NYXA 3LPBA 4FV5A 4ERKA 3PWYA 1JLUE 2EVAA 4O6EA 2UW4A 2WMAA 4IBMA 3NR9A 4QO9A 5M53A 4BY9E 2JGZA 4FTLA 4FVRA 4W9XA 3R9HA 4FEVA 4A4OA 1OGUA 1WBPA 1XH6A 3TXOA 3R1YA 4EBWA 1IG1A 4F7NA 2QOCA 3QQGA 3C4EA 4TNDA 5A6OA 4S30A 3ORIA 4IWPA 1TQMA 3R8VA 1R0PA 3GC0A 1VJYA 3COKA 4FC0A 3MJ1A 5A4TA 1U54B 4O7NA 4XV3A 5A4QA 2YM7A 5HO6A 3RK9A 4UN0C 4QMLA 3W8QA 5HO7A 4KBCA 2YACA 2PVLA 4BHZA 3TUBA 1YI6A 3Q5IA 4GYGA 4C61A 4KKHA 1P5EA 4ITJA 4TYGA 3I5NA 3EYGA 2VTMA 4RA4A 4JDIA 3BCEA 4MXYA 4L6QA 5EHOA 2Y4IC 2UW9A 3VUTA 3HMMA 2NP8A 3LFCA 4DEGA 3L8XA 2QODA 4W8DA 2O3PA 4PDYA 2AC3A 4B0GA 5T6KA 2YABA 5HOAA 3DAJA 3TNIA 1JBPE 5CU3A 4FODA 4PX6A 1OL6A 4YTFA 3LM5A 3LXPA 5AADA 3QD3A 3MVLA 4R8QA 3PJ8A 2Q0NA 4FUXA 5H8EA 5L6WL 3VS1A 3KVXA 5TKDA 2OGVA 3F5PA 2C0IA 4NUSA 3CJFA 4RX7A 4QT1A 1WAKA 4XRJA 4LRJA 4NTTA 4F7SA 5JSMA 3MVMA 5CAQA 4FIIA 4BDEA 3R8LA 4C7TA 2F9GA 4N4SA 4TPTA 3DK3A 3FSKA 4Z7GA 2W06A 3W2QA 2WGJA 5HD7A 5DRDA 5I9UA 4EH2A 2RFEA 3ATTA 1SVEA 4KNBA 4EK6A 4PF4A 4ANLA 1ZXEA 2WTJA 3FMKA 4M69B 5DG5A 5TOZA 3VS7A 4BDKA 5ACBC 2R7BA 3EQBA 4EBVA 4RQKA 3UIXA 3R71A 1U59A 3FHIA 2JKKA 5AAFA 5CU4A 3RAIA 4WUAA 4WUNA 3DZQA 4GMYA 4F0FA 2VTLA 4EOLA 5FP6A 4I6HA 2OWBA 4XYFA 1XR1A 1YHVA 2J0IA 2PUUA 3KXHA 4I6FA 3AC1A 2C3IB 4PL5A 3QA8A 5L2SA 5JMSA 2HW7A 5EYCA 3R7UA 4XHKB 5AIRA 4QTCA 4BZNA 1OBGA 4ZZMA 4GT5A 5FDPA 3RWQA 1Y8YA 3LXKA 3K3IA 4M84A 4CCBA 3LLAA 2XYUA 2YDJA 2ZV8A 1WCCA 2VO7A 4LOQA 1PXKA 2VV9A 4U81A 2C6DA 4CQGA 2IO6A 4E3CA 1B39A 2J7TA 3UC3A 4MYGA 3DAEA 2YDKA 4FKTA 2VTNA 4FSNA 4CG8A 3KFAA 3EFLA 4FBXA 3VULA 5JZJA 4Y5HA 3BELA 4AFJA 4YSMA 2OFUA 4QQ5A 3E62A 3R7EA 5IA4A 4DCEA 5CS6A 4JAIA 4JQEA 3KGAA 4HW7A 3FMDA 3L9MA 2BDJA 3RPSA 3ZUTA 4FTQA 3UOHA 5LMKC 4KUJA 3PJ1A 2P2IA 1KV1A 3DXPA 1SYKA 2P4IA 3I6WA 4QYEA 4UZHA 1GOLA 2CSNA 5JK3A 1XWSA 3TDVA 3MPMA 4JOAA 3HP2A 3F66A 3ZFYA 4JI9A 4FIHA 5FXRA 5CLPA 3LJ2A 2H6DA 4L3PA 3AOXA 2BHHA 2C5YA 5AP2A 3K3JA 5I9WA 2E9PA 1BYGA 4YBKA 4AA0A 5IPJA 3ZLSA 2QOFA 2QKWB 4YUQA 5IQIA 2DYLA 4CT2A 2QNJA 3ORNA 4O91A 5IU2A 2YM6A 4Z3VA 4X0MA 2OU7A 3U9NA 1Q8WA 2XIKA 2PVRA 4DFNA 5LOHA 4IZ7A 4PPBA 2PHKA 3KQ7A 3QTZA 4UX9A 3I60A 4ZMFA 3FQEA 5LMAA 4F4PA 3C9WA 3E8NA 2BKKA 3ZSIA 2GNHA 2ETMA 3R22A 4BDGA 2Z7RA 4JVGA 4R78A 4DEHA 1FVTA 3BPRA 4FI1A 3R73A 4L44A 2WTDA 4FGRA 3I79A 3ZONA 5J5SA 1J1CA 2XM9A 5HBEA 3KRWA 4EUTA 4HVSA 3R7OA 4O0WA 2CGUA 3C13A 4BF2A 2HY0A 5EKOA 4YJOA 4C4IA 4CFFA 3ZO4A 2X7FA 1YWRA 3FYJX 3I4BA 4X7QA 4AW1A 4DGOA 4GYIA 2BRHA 1L3RE 2UZNA 4TTHB 3BKBA 2YWPA 3AC2A 5CT7A 2B4SB 3FJQE 2W1EA 3ZU7A 3EQIA 5C1QB 3BV2A 3I81A 3V5TA 5M09A 1XJDA 4XLIA 4EC9A 3DCVA 2XVDA 3MGYA 1YW2A 4ALVA 4XJ0A 3LMGA 5HICA 3DBCA 3R2YA 4RVMA 2YJRA 4EHVA 3VBQA 4AGUA 2X2LA 2WMXA 1MUOA 2GS6A 2VWXA 3FQHA 4IHPA 4NM5A 4OTHA 4PDOA 4RJ7A 4AGDA 4L9IA 3TCPA 4UALA 1URCA 3VQHA 3A4PA 1OPJA 3F69A 4DYMA 1RQQA 2CGVA 4UMUA 4EL9A 2XIRA 4FK6A 3IONA 3SX9A 5K0XA 4BTFA 3F82A 5ANDA 2PE1A 4DGMA 5L4QA 2EXEA 3Q9YA 3CTHA 5J79A 3EL7A 3HAMA 3NNVA 4E6QA 3NUNA 4BBFA 3QRIA 3R21A 3EIDA 4IM3A 3WILA 4PRJA 4EYJA 4XBRA 3VVHA 4F99A 5BQ0A 4GFOA 4IAZA 1UWJA 3GU5A 3R2BA 4FMQA 4O2ZA 4O0YA 4XUFA 4EK8A 5AP5A 3ZO1A 3GI3A 2XNMA 5DEWA 3DJ6A 4FEUA 4L42A 4MCVA 1YXSA 2YAKA 4OTIA 5DBXA 4E6CA 2G2HA 4TW9A 4Y83A 3LFBA 1P14A 2B9FA 3RM6A 3OXIA 5EI2A 5BUJA 4QMSA 3ORZA 4YR8A 2OXDA 4BDDA 2E2BA 3SGCA 3CKWA 2IW8A 3EQPA 2WMWA 5AMNA 4RIXB 5C8KA 4KKEA 4YNOA 5IQFA 2WIPA 1YHWA 4YZNA 2GFCA 5ANGA 3O71A 4ANSA 4XH6A 3BYSA 4J1RA 5LMKA 3EN4A 1PMEA 4MXCA 3A2CA 4JDHA 2H9VA 2G9XA 5CX9A 2OG8A 3HUCA 3SC1A 3LFEA 3IPHA 3PXFA 5GHVA 2YEXA 3BU5A 5H3QA 1ZY4A 4JG8A 4LGGA 3PVUA 4WNOA 2W5BA 4ANNA 2YAAA 4M14A 3DKCA 1S9JA 4OBQA 1UNGA 3SOAA 2G1TA 5HI2A 4S34A 5J95A 2QHMA 2XK4A 3UODA 2RF9A 3ZUUA 5HX6A 4RLKA 2EB2A 4WIHA 4D2WA 3QTSA 4QMMA 2WXVA 3E92A 4H39A 4HVIA 5J1VA 4WO5A 4RIWA 4RIYA 2WEIA 3ATSA 4O81A 3LQ8A 3QFVA 3E8DA 2C4GA 4A9YA 2VX0A 3RJCA 4H36A 1G8SA 5IQHA 3HA6A 4XS2A 4KKGA 3TZ7A 4CKRA 4IDVA 3V04A 5DWRA 3W10A 3KL8A 3ZSGA 1QMZA 5EDPA 2C5NA 4CT1A 2XNEA 3HV5A 3MPTA 2F7ZE 3R1NA 1REKA 4J71A 4PY1A 4ZY4A 2B54A 4ZY6A 3G9LX 1JWHA 3IG7A 4J8MA 4UXLA 3EN9A 3Q5ZA 4IVDA 4PDPA 4QMYA 3S2PA 2B52A 4DFZE 2ITNA 4JLCA 4BCNA 3HRBA 3S3IA 1G3NA 4BRXA 1AQ1A 2EU9A 5E8SA 3NEWA 3PVBA 2BROA 2CLQA 2XIXA 4M13A 4NFMA 2IW9A 3TWJA 1ZLTA 2P55A 3H4JA 1UU9A 1CKJA 4GT4A 2J6MA 4LL0A 4W8EA 5ANKA 3A60A 3HAVA 3EJ1A 3Q4UA 3QL8A 4XBUA 3LVPA 3V51A 2H96A 3A7HA 4GH2A 3UZPA 2VTRA 5DR6A 3AGLA 3O7LD 3QLGA 3QZGA 4PPCA 4EOMA 2YIQA 3TIYA 1ZZLA 2ETKA 2PK9A 5JEBA 3WI6A 4IAAA 5TT7A 3ZYAA 2ZMDA 2CN5A 5DIAA 3OMVA 1MRVA 4AP7A 2OI4X 5DHJA 4FYOA 1YOLA 3CLYA 2W99B 2BILB 1E9HA 5ANIA 1Q4LA 5FBNC 4QYFA 2OJIA 4EK5A 4X3JA 5T68A 5C4KA 3VUHA 2QOBA 1FPUA 2ERZE 4E73A 1R78A 2JDRA 2B0QA 3D9VA 3F5XA 3GU7A 3REPA 2CHLA 5JFVA 4AFEA 2ERKA 4MWIA 3V3VA 3F3ZA 2W1HA 5AV1A 5E90A 4YTIA 4BDBA 4DH7A 2GTNA 5JGAA 5IQGA 4FTCA 5AWMA 4RJ4A 4C4EA 3AT2A 1ERKA 3R1QA 4YU2A 5AR2A 3Q3BA 2Z7LA 2YZAA 2OKRA 4MF0A 4LMNA 4PMPA 5AV4A 1AD5A 3SG8A 4IE9A 4J52A 5FRIA 2PZ5A 4KIPA 2UZBA 4P90A 3ZC6A 5CEOA 4F63A 2WMSA 3DNDA 4BCGA 4ZTMA 2FSLX 1KV2A 2QD9A 3II5A 4EHEA 4RIWB 4E5AX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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