5KMJA

Trka jm-kinase with {n}-(2-pyridylmethyl)-2-[2-(2-thienyl)indol-1-yl]acetamide
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
310
structure length
300
Chain Sequence
LQGHIIENPQACVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALKEESARQDFQREAELLTMLQHQHIVRFFGVCTEGRPLLMVFEYMRHGDLNRFLRSHGPDAKGEDVAPGPLGLGQLLAVASQVAAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIGDFGMSRDIYSTDYYRVGGRTMLPIRWMPPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQPWYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPPEVYAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQAPPVYLDVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterization of nonactive site, TrkA-selective kinase inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords High affinity nerve growth factor receptor
total genus 94
structure length 300
sequence length 310
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2016-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5kmjA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5kmjA01
2BZJA 3IONA 3NZ0A 2ITWA 5EW3A 1Q97A 1H1WA 2ITXA 2WFYA 1SVHA 1REKA 3PJ1A 4P5ZA 4GFMA 3QWKA 5J9YA 4YJTA 4BY9E 5EOLA 5AAEA 4WA9A 5IDPA 1W98A 3MDYA 4EKKA 3S1HA 3ZCLA 5F20A 4ANQA 2X7OA 5KMMA 4RWJA 1Y91A 2UVZA 3C1XA 4IWDA 3G9LX 5IUGA 3H4JA 2PE1A 3ZBXA 3NYNA 2V62A 5EKNA 2WHBA 4G5PA 4EK3A 2VTLA 3KMMA 1OBDA 2A2AA 4TRLA 2JDRA 2R3IA 2W1DA 2FO0A 3IW7A 5GJGA 1H8FA 2OSCA 4FKOA 3ZO4A 3FZRA 2VWWA 4AF3A 4CG8A 4CZYB 3PVWA 3TWJA 4I22A 5HTIA 2VU3A 4FVPA 2YDIA 3UIUA 4O7RA 5BVKA 3DJ6A 2C0TA 3QD3A 2CLXA 3N9XA 3E3BX 3N51A 2GQRA 3VN9A 3RJCA 2CGVA 2SRCA 3FKNA 4FKJA 4YJSA 3ZH8A 4YR8A 1QPCA 3QWJA 2X1NA 3D7TA 4ENYA 4ZTMA 2OZAA 5A46A 3P7AA 4Y46A 4P4CA 3KXXA 5K3YA 1ZOHA 1H08A 4PPCA 2VX1A 3R2YA 3I81A 2OFUA 5KMJA 4AE9A 2P0CA 2EXEA 3QF9A 3L1SA 5DNRA 2GQGA 4MBJA 4BYJA 4RC2A 3LLTA 3HEGA 1IRKA 3KGAA 5CXHA 3P23A 5JFWA 2CCIA 4F7LA 4O7TA 4A4LA 1KOBA 4Q9SA 4RC4A 3TI1A 4Z16A 3QCYA 3R7GA 3U4WA 3OT3A 3F5PA 4II5A 2VNWA 3ZC5A 2PMOX 3QQHA 4AZVA 4QMVA 4O21A 3IW4A 2ZM4A 4J1RA 5CSPA 3MH1A 4YBKA 4YUQA 3Q3BA 3ZLXA 4EHVA 3K5UA 5FDPA 3OY3A 4MBLA 2EB3A 4BDCA 3P9JA 4RIYB 2WOUA 1PXMA 1GIJA 1LEZA 3SV0A 2ZMDA 1PXNA 1RDQE 2WTWA 4MXXA 4OR5A 3R8LA 3RAHA 5L6PA 4E4MA 4IHPA 3V5QA 4CQEA 3ZO2A 4IB5A 5CANA 3PVBA 5CS6A 2OIBA 5CVFA 3T9TA 5IQEA 2JBPA 4FBXA 2XH5A 4YNEA 4OW8A 2WTKB 2XNNA 4JRNA 4K1BA 3CPCA 3JVRA 3WF8A 3QYWA 4CLIA 5M4CA 4R78A 2Z60A 3NNVA 1KSWA 1Q3DA 2YERA 3R1SA 4NSTA 3TV7A 1VJYA 3OXZA 3PXRA 3OWKA 2HY81 2BILB 3WF6A 4F1OA 1M2QA 2YITA 3QD0A 3CGOA 4FNYA 4H58A 1OECA 5HO6A 4IZ5A 3REPA 4NKAA 3QRKA 5AAFA 3UTOA 3P0MA 3ORXA 2GS7A 2Y7JA 4FK6A 5K4IA 2UZVA 3TZ7A 4FR4A 2C6MA 2CLQA 4UMUA 3ETAA 5EYDA 3OTUA 4AG8A 2C6EA 1MRYA 4YHFA 5J5TA 4QMNA 4ASEA 2GTMA 5IEXA 4WBBB 2BRHA 3GENA 2CNUA 3SW4A 4BBMA 2BUJA 2WMUA 5B7VA 4JDHA 1PMVA 5EDQA 3DFAA 4FYNA 2YIQA 3EZVA 4FEWA 1R78A 3BYUA 3GC9A 3HRFA 4KNBA 4EH9A 4HGSA 4PMMA 3D5WA 4KIOA 4BTFA 5ETCA 3KVXA 3F66A 3ODYX 3EJ1A 4XG7A 3R7EA 2I0HA 2BTSA 5D41A 3MI9A 4K8AA 5AAGA 3VHKA 3IDBA 4WO5A 3UQGA 4CMUA 2QG7A 4EH8A 2W1GA 2P3GX 4KIQA 3DDQA 3ENMA 3QD2B 3M11A 4CKIA 4N6YA 2OF4A 4FL1A 2ZYBA 4I5PA 2VWYA 2R7IA 4HYHA 4DGMA 3IDPA 5CU0A 4QMZA 1R0EA 4BI0A 1UU8A 5IQFA 3PIYA 4LGGA 4XCUA 2OGVA 4XLVA 4UWYA 3EN7A 4AA0A 4NW5A 2B1PA 3UZTA 3BCEA 4R5YA 3P5KA 5IMXA 3ZLSA 2BRNA 3CTQA 5J87A 1Z57A 2HZIA 1AQ1A 1BL6A 1HCLA 2AUHA 3PG1A 5E90A 4KWPA 3FZSA 3SXFA 1P2AA 3CY2A 3TIZA 4BI1A 1QCFA 2J90A 4AZTA 3EN4A 2OK1A 3ORMA 4RRVA 4I0SA 2XZSA 2VWIA 1OIUA 4LUEA 4XOYA 4X3JA 3FKLA 5DEYA 3FI4A 5AR4A 4FNXA 1PRYA 3GUBA 2XKFA 2PVHA 3O8PA 3VVHA 4EHZA 4MF1A 4F9CA 4RIWA 3IK3A 3BE2A 4A9RA 4EZ3A 4F99A 2JIIA 1Q4LA 2JDVA 3R6XA 3UGCA 3AG9A 4QMUA 3C4FA 4W4VA 1U5RA 4ACGA 4RVMA 2Y0AA 3CPBA 3EFJA 2W4KA 4CRSA 3FMHA 3ZBFA 2WQNA 1ZOGA 2W17A 3PRFA 4R6VA 4S31A 3I0QA 3SQQA 5HD7A 3RCJA 4AACA 4FG7A 3VUKA 4C35A 4UYAA 4CLJA 4GJ3A 2UZDA 4I6HA 4IWQA 2PVNA 4B99A 3R1YA 4CEGA 2B0QA 1OL5A 1K2PA 3VRYA 3SA0A 2YABA 4IB0A 3MFSA 4JR3A 4F64A 4FTQA 5HKMA 4ZMEA 2GHLA 3GP0A 4H39A 3QLGA 5CEQA 3R7OA 3AQVA 2BDJA 3QZIA 3Q4UA 3EOCA 2J0MB 3G33A 3QFVA 4IVCA 2GNJA 2VWXA 3L9PA 3FXXA 1Q24A 5ANIA 2UUEA 3DV3A 3P79A 1HCKA 3BYVA 5IZFA 2EUFB 3PSDA 5FG8A 4S30A 5ETIA 5L2IA 3II5A 2VAGA 2EWAA 4XBUA 4EJNA 2C6IA 4ACCA 2VGPA 4AW1A 4O7ZA 2XJ2A 4IX6A 3ORTA 4BBFA 2QR7A 5L2TA 4FTUA 4GFGA 2P2IA 4EQMA 1YXXA 3K3JA 4IM3A 2VTIA 5IH4A 2OW3A 3QU0A 4NEUA 4FTTA 1F5QA 1B38A 3CKXA 5EI2A 4GK3A 3EYHA 4UMTA 2WKMA 4L67A 2QOIA 1J7IA 4BL1A 5M44A 2A1AB 5AV0A 4EYMA 3FI2A 2F4JA 4M12A 3Q9YA 3T3VA 5KZIA 4QMOA 5LCKA 5JSMA 4YURA 3Q6WA 2GNFA 4MEDA 5FWKK 3F61A 2UZBA 2HXQA 3IW8A 4QO9A 4LMUA 5CAVA 4L45A 2W1ZA 2PSQA 4UEUA 3LMIA 3E8NA 4U0IA 5BNJA 1T46A 2C5OA 2XB7A 4XG9A 4BIBA 2PE0A 2GTNA 4EUTA 1FGIA 5KX8A 5LVOA 3ZRMA 1ZYSA 3H3CA 3LXPA 4U7ZA 4AX8A 3QX4A 1X8BA 2P33A 4DYMA 5IMEA 3OUKA 2RL5A 5CU3A 3CEKA 5FDXA 2J5EA 4OTPA 3A4OX 4FV0A 3RK9A 3F2RA 3KULB 5FD2A 2E9PA 4FTOA 2EXMA 4R1YA 3RALA 4DAWA 1NVQA 4RA4A 4JLCA 1J7UA 3LCTA 4YJUA 3OD6X 2HYYA 4IAYA 5KZ0A 2WXVA 4DFLA 4FT3A 4TN6A 4RX5A 4Z7HA 5IQAA 3E8EA 3MVMA 2G01A 1SNXA 3KL8A 4YTFA 2CKEA 2UW5A 2NRUA 4FIIA 3KK9A 3DS6A 5E1EA 3BHUA 5FTQA 4EYJA 4P90A 5DR2A 1OGUA 4I3ZA 4N4SA 5HBEA 3L8VA 3PFQA 3QX2A 3PY0A 4JNWA 3DDPA 3FJQE 2QQ7A 2WMTA 4FL3A 4TYHA 3UNZA 4MXCA 2XCHA 2X39A 4RIOA 3HNGA 3K3IA 3ET7A 2XK9A 4L53A 4FKLA 4I6FA 4YSMA 5HE2A 4Y73A 4DFBA 2C0OA 1DAWA 3HUCA 5DHJA 4TWOA 3DKOA 4GU6A 1YOLA 2QC6A 3K2LA 4XS2A 2R3FA 1ZARA 3NCZA 5ANGA 1XBAA 2BALA 2CN5A 3NNXA 3IOPA 4N6ZA 3Q2MA 5AR5A 4AZSA 2WTJA 5DFPA 2VZ6A 3W1FA 3LFBA 5CT0A 2BCJA 4HW7A 3DBCA 2ZDUA 4ZTHA 5A6OA 3KRRA 1TQMA 4I93A 1FGKA 5J8IA 5AUUA 5I3OA 3OT8A 4KD1A 2OXXA 1WVXA 2PZPA 4ONAA 3CP9A 1OL1A 4XX9A 5AV1A 2O0UA 3VQUA 3LOKA 3EQBA 3D5XA 4RT7A 4BF2A 2CCHA 4FIJA 4OAVB 1H01A 3UIXA 3B2TA 4GL9A 4BDDA 3KU2A 5CENA 5IH5A 4UX9A 2C69A 2W5AA 3NVKI 4C3FA 4GYIA 4EZ5A 1BMKA 2G2HA 2PVRA 2R3GA 2XNEA 3LFNA 5HCZA 2XIZA 3V3VA 2UW4A 4M66A 4R8QA 4PPAA 3F9NA 3AMYA 4UWBA 2X81A 3NSZA 4RFMA 3ORPA 3WI6A 3BEGA 4GUBA 1LR4A 4BDJA 3LQ5A 4WRSA 1MRVA 4Z7GA 3NUPA 4WSYA 4YZMA 1OITA 1T45A 3ERKA 4FSQA 4O0XA 2ONLA 3EH9A 4LRKA 1PXKA 4JT3A 4B8LA 4D2WA 2UW3A 1JPAA 4CQGA 4ARKA 1NXKA 2BZHB 2XRUA 3EB0A 4FIEA 4YC8A 2HK5A 2WB8A 4PL3A 2ERZE 1E1XA 4IVAA 4RG0A 3ACKA 3HMOA 3S3IA 3W8QA 1H0VA 2RG5A 2WTIA 4BI2A 3FI3A 4XV3A 2JIUA 5I9XA 4MNEA 3P86A 4RIXA 4FTKA 1WBPA 3UP7A 4FMQA 4BHNA 5D1JA 2A0CX 2VGOA 4G34A 4DEIA 3PWYA 3QUPA 5JRSA 3W2OA 3DJ7A 3U4UA 4M67A 3ZOSA 5HNIX 4CYJA 3HRBA 2O3PA 5HE1A 3QL8A 3ZUTA 1M52A 4O0YA 5AFVA 2NP8A 5CQUA 4N57A 3ZUUA 4BTMA 1K3AA 3ZDUA 3DNDA 3RTPA 5KNJA 2GQSA 4HZRA 3PPKA 4BGGA 4I0RA 4YNOA 3JR1A 4FOBA 2B53A 4I4EA 4OBOA 2WTKC 5I3RA 5C8KA 3NLBA 3PVGA 4I6BA 4UMPA 2CNQA 2BR1A 2Z8CA 4O27B 1U5QA 2XUUA 2RIOA 5DI1A 5BYZA 5CVGA 5TO8A 1URWA 1YXVA 3EQHA 5GNKA 5C03A 3PWDA 4EHGA 2BHEA 3VS3A 4IQ6A 5IA3A 5FEEA 3MY0A 5HBHA 1NY3A 4NM3A 2OJFE 5AR2A 4X2NA 4C34A 3PY1A 3MGYA 4KAOA 1PXJA 1ZMUA 3FY2A 5EYKA 4AT4A 2XNOA 3D7ZA 4QPAA 3MN3A 4M69A 4C0TA 4C61A 4EOLA 4F7SA 2OG8A 3NYXA 5HCYA 4XG4A 3QTUA 4GT5A 1M17A 3TNWA 3KN5A 3OY1A 4DTAA 3HA8A 3SOCA 3BU6A 4E1ZA 3C4CA 3QRUA 3TZ9A 4NK9A 5AV4A 4E93A 2C6LA 3CTHA 5DH3A 1LP4A 3V5LA 2CNVA 4QT1A 4MQ2A 3QTXA 3ALNA 4TPTA 2NPQA 2BZIB 2Q0BA 1WBOA 4FNZA 5HE3A 4EJ7A 3R71A 4O7NA 2PVJA 4KRCA 1JNKA 1UNHA 5HEZA 2JBOA 3TKIA 4DH3A 5FEDA 2WMWA 3AD6A 3JYAA 4OTHA 4PNIA 4NM0A 1JKKA 5CWZA 2BRGA 1O9UA 2YLEA 1YVJA 1WZYA 4YMJA 3F3TA 2VX3A 3GCSA 4AZEA 3D2IA 1H26A 4I41A 4CRLA 3FHRA 4J8NA 4OTIA 4RVTA 4A4XA 3TKUA 4J7BA 3W18A 5JZJA 3P7BA 4FL2A 2BPMA 3Q4TA 1PMNA 4ZMFA 2YM5A 4K6ZA 4RFZA 4YZ9A 4BCMA 2BRBA 3IKAA 4RFYA 3TT0A 2C1AA 4CNHA 5HTCA 4D5HA 2RGPA 4O0UA 5IU2A 3FE3A 4JR7A 5CF8A 4O96A 3UNJA 3HGKA 2ZJWA 4IWPA 4DH5A 5DIAA 4BDAA 1WVYA 3A7IA 5EYCA 4AFEA 3V5PA 3SVVA 4ZSAA 2QOQA 4GIIA 2V7AA 2XK3A 4S34A 5LWNA 1JSTA 4TL0A 4XG2A 4ZSLA 2C68A 3QBNA 2PULA 2QVSE 5LQFA 4IDTA 5C27A 3S2PA 4DCAA 4CV8A 5KHWA 1AD5A 2WU7A 4F1MA 4DHFA 2R3HA 2W1CA 3KCKA 3MH0A 3QALE 5AV2A 4EK6A 2PUIA 2R4BA 1O6YA 1UU9A 2XNMA 3GU8A 3R2BA 4JX3A 4WD5A 4FIFA 5AP6A 3AD5A 4BBEA 2R7BA 4ITJA 3O2MA 3QTSA 4QRCA 3UYSA 5L8LA 3FMJA 1TKIA 4BDHA 4FEXA 1M7QA 2VWZA 3UO5A 2KULA 1ZAOA 4WOVA 3VUDA 4IFCA 4EBVA 4DGOA 3H0ZA 3O71A 1Q8UA 4HPUE 1YDTE 4QQ5A 3TXOA 4I1ZA 3W2RA 5M08A 2G15A 3FLNC 3COKA 3AXWA 1BI8A 2BAJA 1H0WA 3OXTA 2GCDA 4MQ1A 4NH1A 4PL5A 3ROCA 3O8UA 5AP4A 1KE9A 4LOQA 2RFDA 2NO3A 2VTQA 4C4EA 3PDTA 4EOIA 3O23A 3EMGA 3TM0A 1JKSA 4XG8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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