5LVPA

Human pdk1 kinase domain in complex with an hm-peptide bound to the pif-pocket
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
285
structure length
275
Chain Sequence
RKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLNFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 85
structure length 275
sequence length 285
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5lvpA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5lvpA01
3RGFA 5L4QA 2YCRA 1F5QA 3COIA 3MVLA 4FIEA 4U44A 5ETAA 4BRXA 3QLGA 4ITHA 4XP2A 1GZNA 1MRVA 3DFAA 2ZMDA 1GIJA 2YZAA 4GYIA 2CNUA 3IG7A 2C47A 3FUPA 3ORKA 3NSZA 5JFXA 2EUFB 3PWYA 4J52A 1OIUA 1ZY4A 5HU9A 3MS9A 4TNBA 4OAVB 5CY3A 4K6ZA 2WTWA 1IAHA 4RMZA 4PDYA 1XWSA 3RJCA 2NP8A 4XG2A 3PLAE 2CKOA 4MXXA 4F9WA 5JQ8A 5LVOA 4FIGA 1VEBA 2EVAA 4BGHA 3I7CA 3MVMA 3R01A 4L53A 4JL9A 3VBWA 4USFA 2CKPA 4Z9LA 4K2RA 4KBCA 3DQXA 3SXSA 5M53A 3OXTA 4DTKA 1V0BA 2R3RA 4JT3A 5HG9A 3IDBA 5M51A 4F70A 1W0XC 2PZ5A 3RP9A 4BDFA 3LFFA 1M52A 2X2KA 4G6LA 4TN6A 4ZTRA 1NW1A 2V22A 4KBKA 2GNJA 2CKQA 3TZ8A 3CIKA 5L2TA 2UV2A 3HRFA 2WOUA 4HCVA 4F99A 4PP7A 5E4HA 4RVLA 4CV8A 2VWXA 2CLQA 2BROA 4XV1A 4YZBA 3UG1A 2FYSA 2O3PA 5G1XA 4W9WA 2B1PA 4G2FA 4YJNA 2V7AA 2XK3A 1FOTA 2WMRA 1MQBA 4YZNA 5D7VA 1JSUA 1VYZA 1GAGA 3VF8A 3KK8A 4G6NA 5JKGA 2Y7JA 5IA3A 1NA7A 2X8IA 5DWRA 5H3QA 3DS6A 4IQ6A 4XMOA 2B55A 4F9AA 3AD4A 4CT1A 3ZSIA 3KKVA 3U9NA 1SVGA 3BE9A 4PPAA 4BDJA 4UBAA 3UGCA 3MB7A 2R3GA 4CMOA 3R63A 5L3AA 5FP6A 2UW7A 4R7BA 3IO7A 5B0XA 4EOQA 2R0IA 4PNKA 3NW6A 3K2LA 4PX6A 4UMUA 3O8TA 3PG3A 4HGTA 4U45A 3BZ3A 3HV7A 3OBGA 3OVVA 2UVZA 1YOLA 4YURA 3MFUA 2IG7A 4L01A 2YIRA 3SRVB 2PVRA 5FEDA 2FH9A 3KRJA 5HO8A 3TUDA 4XLIA 1YXSA 3IDCA 3NIEA 4OTQA 4RX5A 4FGBA 5AP7A 5KHXA 3B2TA 2QONA 1G5SA 2JC6A 3EN9A 3OOMA 3WZJA 3ZRKA 4CNHA 1V0PA 2CGWA 1J1CA 1S9JA 4ZLZA 4BTFA 5E8UA 4P90A 4EL9A 4FTOA 3EFJA 3G51A 3LLTA 5FDPA 1ZMVA 1SM2A 2XYUA 4MD8E 5HGIA 4JIAA 2A2AA 4HVHA 4DHFA 2PMNX 3DKOA 4I6QA 3CTJA 3BLHA 3P23A 3TI1A 5FLFA 3C1XA 2BAKA 4NW6A 1PW2A 4IB5A 3ZSGA 3BI6A 2PUUA 3VQUA 5HE3A 5IA1A 3UNKA 4NH1A 5BYZA 3DZOA 4G9CA 2F57A 3HLLA 3MYGA 4IAAA 3TZMA 3PWDA 3NIZA 4U3YA 1OBGA 2ZV2A 3ZZEA 3HZTA 2PVJA 4KIKB 4WNKA 4V01A 5DT0A 5FTOA 1QPCA 2GQSA 4ZY6A 4AS0A 3EOCA 2XK9A 1KE9A 1M7QA 2HW7A 3TKIA 5L6WL 4O0TA 5TOZA 3SOAA 2XJ1A 4PNIA 5FBOA 4CRLA 5HE1A 5ANOA 2BDWA 4TL0A 3TJCA 4C34A 2J0KA 1X8BA 1LEZA 4JLCA 5A3XA 4DTAA 2REIA 4PUZA 4EZ5A 4DE4A 4X6QC 3TL8A 4GYGA 3PA4A 5GJGA 3R7VA 5KNJA 2O5KA 3ZC5A 4F7JA 4PTGA 2XS0A 5T3QA 3QC4A 1SMHA 4FNYA 4HGLA 3AD5A 4RWJA 4BDDA 5C01A 3TZ7A 3UMXA 4EBVA 2QG7A 1SVEA 3QWJA 4X21A 4XRLA 2ETMA 3T3VA 5AJQA 4QNAA 4H58A 3LCKA 2WMQA 5C8NA 4OBQA 5IDPA 2IZTA 3LKMA 2B7AA 3FLNC 3FZRA 1T45A 5AUXA 5AV1A 4D0WA 4CQGA 1YDRE 4YJRA 5BMMA 3FKOA 4FV5A 2W1CA 3PUPA 5LJJA 5M4IA 4L3PA 5K0KA 4I94A 2R3MA 2XNOA 3BV2A 4NKSA 5TT7A 4IVDA 4IWPA 4OTHA 5L6OA 4MAOA 2HXLA 4WNMA 5FM2A 4AOTA 4O7RA 1OUYA 2VTTA 3C5UA 4QD6A 3OY1A 4RJ3A 4CZUA 4W9XA 5EOBA 3OUKA 4ERKA 4Y8DA 5HNGA 3WYYA 2VWIA 3MJ2A 3AMYA 5E8WA 4KKGA 4HOKA 4RIOA 1QMZA 1RDQE 4XUFA 4U9AA 3N51A 5FDXA 4KB8A 3BE2A 2W17A 4F0GA 3HMNA 3BWFA 3EQRA 1RQQA 3NR9A 2XYNA 4K8AA 1GZ8A 4DLIA 1PXOA 1UKIA 3AT2A 3W2OA 4DEIA 4DN5A 1U5RA 2YCQA 3D4QA 4AXAA 3PPZA 4R3CA 4EONA 2FSLX 3F7ZA 2JKOA 1LUFA 5BUJA 4O2PA 3I60A 2UW6A 2C5NA 1ZYJA 4GK3A 4MQ2A 2C3KA 3D5XA 2PK9A 3FQSA 4N4SA 5AWMA 3PZHA 2YCFA 3BHTA 3F5UA 3A7GA 4RIXB 3GU5A 5JT2A 2WOTA 5HG7A 3GNIB 3TEIA 3W55A 4DLJA 3WIGA 4TY1A 2CGXA 3MY5A 3I1AA 3UPXA 3I0OA 3MGYA 1Q8UA 3PJ3A 4MXAA 3PXYA 4Z16A 4MTAA 4XG9A 3UIMA 1OKVA 2GFSA 4AFEA 4EOOA 1TKIA 2P2HA 2C6TA 2X7FA 3EB0A 3JPVA 4G3CA 4UMRA 4NK9A 4X3JA 1ZARA 4W4XA 4FTIA 4DGLC 3UIXA 3DV3A 4EYJA 2BRNA 4F7SA 3A7FA 3TNHA 3R6XA 4JRVA 4BWPA 5J9LA 2QLUA 3FMDA 4AN9A 5AUWA 2EB3A 4M12A 2QOHA 2B9JA 3NYVA 3PYYA 4DEBA 4F6WA 5AR4A 5BVOA 5DMZA 2I40A 4XV3A 5HX8A 2V0DA 4GMYA 4FKPA 4MF0A 4MX9A 2ITOA 3LXNA 4FTNA 3OCBA 4FV6A 2UZUE 3CJFA 4ZS4A 4IX4A 4RWLA 3H0YA 3HKOA 2WQNA 4UV0A 1G8SA 4QPMA 3QX2A 3N4UA 3OXIA 1OIYA 4P2KA 3LM0A 2YLFA 2AUHA 4KUJA 5E7RA 3W33A 2J2IB 1HOWA 2ZM1A 4EH3A 4QMUA 2PE2A 5K3YA 4FICA 5EM6A 4ONAA 5AX3A 3G33A 3CBLA 4IX5A 3R8VA 4ZTMA 5CSHA 4NM7A 3LMHA 4H39A 1KV1A 4G3DA 3R71A 4HCUA 4QOXA 2J0MB 2FB8A 3OFMA 2QOKA 5ANIA 5IKWA 4K33A 3L8SA 3QZHA 4X7QA 5DBXA 1UNGA 3NUSA 2OGVA 3MH3A 4NSTA 4Q5EA 3UE4A 5KUPA 3KULA 2P3GX 2BALA 3FZSA 4X0MA 1H26A 1WBTA 2YWPA 4H05A 4TW9A 1GNGA 4QYGA 2ERZE 5CASA 4CQEA 1U5QA 2CKEA 2VTRA 2UZTA 4EHZA 3A7IA 3U8WA 4NIFA 2ITUA 2UUEA 2XNGA 3FE3A 4ERWA 4CGAA 3NUNA 4DG0E 3BELA 3NUAA 2YISA 3UC4A 1IEPA 5AP3A 4BL1A 5FBNC 3QZIA 4CYJA 1IASA 3ORTA 5D41A 1V0OA 4YZ9A 1URCA 4FI1A 2W96B 3AXWA 5CWZA 2QR8A 4D9UA 3KF4A 3VVHA 3HEGA 1OMWA 4TZRA 3SDJA 4DCAA 2NRYA 4DFYA 1RJBA 4WSQA 2BZKB 2V55A 5DR6A 1Q3DA 1K9AA 4FNXA 5L2QA 3G90X 4F09A 2O63A 3DBDA 4O0RA 3L9PA 4WA9A 4YJQA 2EU9A 3VUKA 3ZO2A 4AFJA 5H8GA 1B6CB 4FTCA 4F1TA 3JS2A 4A7CA 4B7TA 1Q3WA 2UZVA 4BGGA 1XH6A 1UNLA 4JBPA 2IVTA 4C57A 2Z8CA 3S95A 4XG7A 3F3ZA 3KVXA 4HNIA 4JG7A 1H8FA 2VV9A 1ZLTA 3JY0A 2XCKA 1UVRA 4X2NA 5HBJA 2ZB0A 4OTRA 3I5NA 4C33A 5JFWA 4R5YA 5AM6A 2VGPA 3DT1A 3KY2A 4IADA 4A9UA 4M0ZA 4HZSA 5I9ZA 1P2AA 2Y0AA 2J0LA 3W2CA 3LVPA 3DKGA 5KKRC 2P0CA 3WF6A 5GIOE 4QYFA 3TDVA 3D14A 3GC0A 4YO4A 4EOSA 3S1HA 3N4TA 4PWNA 3M1SA 2WQEA 3F88A 4LGGA 3V51A 5AX9A 1L3RE 4AT5A 3SD0A 4EH9A 5EHYA 3DU8A 3Q4CA 4K0YA 4RA5A 3CY3A 3LZBA 4PF4A 3R1NA 3UBDA 3HP5A 4OUCA 4RSSA 5ACKA 3C4XA 4ARKA 2B9HA 3CQWA 3G2FA 4WG5A 4FTKA 1Y8GA 2QU5A 3HRCA 3EQHA 4UZDA 5ANKA 4GL9A 3BGZA 4Z7GA 4ZOGA 3D94A 3F3UA 5AUZA 3O71A 3B2WA 2AC3A 4CG9A 3L8VA 4I41A 5AUTA 5FXRA 3HUBA 2QHMA 3QX4A 3UO4A 3WZKA 2XK8A 4EH7A 4F9CA 2F9GA 3GU7A 5M57A 3V5WA 2OW3A 4C4IA 5CALA 4I22A 2PMIA 5HX6A 2GU8A 3M42A 3ELJA 3VBYA 4FSNA 3MI9A 4E1ZA 3ODYX 4KAOA 4H3QA 3BV3A 5L8KA 4CLJA 3GOPA 4HPTE 4UB7A 4ZS0A 2WMUA 2JITA 5AADA 2QOBA 5A4LA 2E9UA 4GU6A 3RAWA 2FUMA 2WAJA 2BIKB 4X2JA 3U87A 4XP3A 4YU2A 2F2CB 3CXWA 3DKCA 4AGCA 2WXVA 2C5OA 2OJGA 3ZBXA 5KX8A 2BFYA 4RPVA 3V04A 5JMSA 4D0XA 4QMXA 4L7SA 1YI4A 2QKRA 2F4JA 4NIFB 3CTHA 4YLJA 2A27A 1CDKA 2VZ6A 4L45A 2R3IA 4EOJA 4QT1A 3AG9A 3ORPA 4DEDA 4WSYA 4DEHA 4EOIA 4FV1A 4YPSA 1M14A 1FVTA 2IW9A 5JQ5A 4G3EA 1OL2A 2F7ZE 3DDQA 3ZLXA 5IQBA 1WZYA 3W2QA 3WF7A 5BX0A 5HIBA 4QTDA 3F69A 5LVLA 4EH4A 4U81A 4HPUE 2OJ9A 1WCCA 4FZDB 1QPDA 3PY1A 3ENHA 3LXKA 3II5A 4MKCA 3ROCA 4J99A 1Q62A 2R9SA 3SW4A 2J6MA 4W4YA 3ZOSA 3ZUUA 3C5IA 4JQ7A 1U59A 3WE8A 4TYHA 1ZYDA 3OW3A 4QTBA 3FXWA 2R3PA 2R3OA 4LV5A 4W8DA 1Y6BA 4FV3A 4AGUA 4WO5A 3IONA 3V5JA 3OXZA 3P7BA 3QD2B 4NYEA 2YM8A 5EYCA 2VWWA 4ANOA 2CLXA 3BBWA 1REJA 3FLYA 5EH0A 5TE0A 4C62A 4FYOA 5HE2A 4GK4A 5H9BA 2OXYA 1H1RA 4OTWA 2YM3A 3ODZX 4BICA 4D4RA 3PVGA 4LRJA 2OFVA 2KTYA 2JKQA 2FGIA 5D11A 4F63A 1WBPA 3FI4A 4AA5A 5IQDA 5F1ZA 2QOFA 1JOWB 2WB8A 2RL5A 1PXPA 3DA6A 4OT6A 5D12A 4GH2A 4M15A 4DGMA 1OECA 3VWAA 3GU6A 3MWUA 3UO5A 3EQGA 1DI8A 3DAKA 3SVVA 2XKFA 5KMJA 3V3VA 5FEQA 3TZ9A 5J9YA 4XLVA 1APME 5CENA 3UMWA 4AW2A 3LFEA 4YJUA 4MF1A 1M2QA 5IMEA 5E8ZA 4J7BA 3KXXA 3L8XA 3L9NA 4X3FA 2RF9A 5EFQA 3QTQA 2C1BA 4IVCA 4YLLA 3IGOA 3A61A 2ZYBA 3F2RA 5KZIA 2W5BA 3RNYA 3N4VA 5ETIA 2YDIA 3F66A 4CKIA 4DC2A 2OFUA 1PJKA 4TTHB 2HZ0A 3BBTB 3GENA 4UEUA 4EJ7A 1GZOA 4FTTA 2XVDA 4I6BA 4QQCA 1Y91A 1WBSA 1Q8TA 4R1YA 4UMTA 4FT7A 4MVFA 3QTWA 3TV6A 3D7TA 4C02A 1IA9A 1YWVA 4KKEA 4FTQA 2YITA 4UMQA 1FGKA 2PVHA 4F64A 3QTXA 3MA6A 1Y6AA 2X4ZA 3MW1A 3L1SA 4FODA 3NUPA 4QTCA 2WD1A 4L43A 3VS4A 1XBAA 2VTSA 3OW4A 2JEDA 3ZFMA 4F1OA 2WMSA 1H1QA 4O0VA 2HZNA 5CAPA 4FIHA 3LW0A 4J8MA 2XNBA 5J5TA 3I4BA 4MK0A 4LQMA 1JBPE 1W84A 2WMWA 2ZV9A 1M17A 3AQVA 3CS9A 3FMNA 4JAIA 1ATPE 3MIAA 4ITIA 4IIRA 2GHGA 4RBLA 3WILA 3LJ2A 5HKMA 4Y5HA 3AC2A 4YBKA 2FSOX 3PJ8A 3R9HA 4C59A 5IZFA 1XH8A 4AP7A 3KCFA 4LRMA 5A14A 4XS2A 4P7EA 3QD0A 2HYYA 4HZRA 4BKJA 2GNFA 4FA2A 3FPMA 3ZO1A 4RQVA 5HE0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RGF A;  5L4Q A;  2YCR A;  1F5Q A;  3COI A;  3MVL A;  4FIE A;  4U44 A;  5ETA A;  4BRX A;  3QLG A;  4ITH A;  4XP2 A;  1GZN A;  1MRV A;  3DFA A;  2ZMD A;  1GIJ A;  2YZA A;  4GYI A;  2CNU A;  3IG7 A;  2C47 A;  3FUP A;  3ORK A;  3NSZ A;  5JFX A;  2EUF B;  3PWY A;  4J52 A;  1OIU A;  1ZY4 A;  5HU9 A;  3MS9 A;  4TNB A;  4OAV B;  5CY3 A;  4K6Z A;  2WTW A;  1IAH A;  4RMZ A;  4PDY A;  1XWS A;  3RJC A;  2NP8 A;  4XG2 A;  3PLA E;  2CKO A;  4MXX A;  4F9W A;  5JQ8 A;  5LVO A;  4FIG A;  1VEB A;  2EVA A;  4BGH A;  3I7C A;  3MVM A;  3R01 A;  4L53 A;  4JL9 A;  3VBW A;  4USF A;  2CKP A;  4Z9L A;  4K2R A;  4O4C A;  4KBC A;  3DQX A;  3SXS A;  5M53 A;  3OXT A;  4DTK A;  1V0B A;  2R3R A;  4JT3 A;  5HG9 A;  3IDB A;  5M51 A;  4F70 A;  1W0X C;  2PZ5 A;  3RP9 A;  4BDF A;  4O81 A;  3LFF A;  1M52 A;  2X2K A;  4G6L A;  4TN6 A;  4ZTR A;  1NW1 A;  2V22 A;  4KBK A;  2GNJ A;  2CKQ A;  3TZ8 A;  3CIK A;  5L2T A;  2UV2 A;  3HRF A;  2WOU A;  4HCV A;  4F99 A;  4PP7 A;  5E4H A;  4RVL A;  4CV8 A;  2VWX A;  2CLQ A;  2BRO A;  4XV1 A; 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