5LVOA

Human pdk1 kinase domain in complex with allosteric compound pse10 bound to the pif-pocket
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
286
structure length
285
Chain Sequence
PRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 84
structure length 285
sequence length 286
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5lvoA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5lvoA01
3OY1A 3ZC5A 1ZY4A 3K2LA 2Z7QA 4QMWA 3VN9A 3AGMA 3WF8A 4BHNA 3I7BA 1XKKA 3U9NA 2W1IA 4AOTA 1WBWA 2J90A 2X2MA 3QKKA 4I22A 5AFVA 4RG0A 4XG4A 4MXCA 1UNGA 5BX0A 1O6YA 4OTFA 1GIIA 3G90X 5CVHA 3OCGA 4UYAA 3R01A 5GJGA 4BGHA 3P78A 3FMJA 5CF4A 3MB7A 4YUQA 2XJ2A 3SW7A 4HPUE 4RVKA 3TDVA 2B9HA 3G6HA 2HZ0A 2ZVAA 3EHAA 4CYIA 4ZTRA 1V0PA 4QP2A 4QMLA 3LFCA 2C1AA 1O6KA 4FKVA 3SD0A 5BVOA 3LLTA 3UZRA 3QRKA 5CX9A 4E5AX 3KY2A 1YXXA 2FUMA 3ODZX 2OZAA 4FKSA 5ANIA 4IX3A 4H1MA 4NK9A 1R0PA 5I5ZA 2JDTA 5IA2A 4U3YA 4NZWB 5C03A 4QRCA 3ALOA 3RINA 4BIBA 2R9SA 2WZJA 3FHRA 3WIKA 3IW5A 3OBJA 2RSVA 3ITZA 4D55A 4USFA 5CAOA 2XIYA 1JQHA 3E93A 4R8QA 4ZZOA 3OEZA 1W83A 4U41A 3A61A 3HGKA 3BLHA 4F0GA 4TL0A 2IZRA 4K0YA 2QURA 3DB8A 3CBLA 3W8LA 5JQ5A 4PDPA 3R28A 4D2WA 3EN6A 4FODA 4LI5A 5HNIX 4QYEA 3R7GA 3V3VA 1DAWA 2I7QA 2RGPA 4EQUA 4L8MA 4IVAA 3GGFA 2UZLA 3H0ZA 4JBVA 4BCFA 2CGUA 2EXEA 5J7BA 4IVCA 4JL9A 2QG7A 3Q52A 2XJ1A 3OW3A 1T45A 3NUNA 4E4LA 5I3OA 1I44A 1XWSA 3E88A 3LPBA 5IEVA 4J96A 4G17A 2QO9A 3HMIA 2YACA 2C0OA 3LXKA 4I6BA 4JG8A 3C13A 3R04A 5AP4A 2C6OA 2XKFA 4QD6A 5CS6A 4CFWA 2XBJA 1IASA 2QHMA 3WIGA 1J1BA 1OIYA 3IS5A 3NNWA 3QQJA 5AUWA 5IU2A 1I09A 2R64A 1FVRA 4OTQA 4Q5HA 2ZOQA 3R8UA 4FTTA 5HIBA 5AR8A 1UNLA 5JMSA 2AC3A 3A7JA 3QTUA 1B6CB 4JG6A 2YA9A 4IAKA 5HE2A 1Q8UA 1SM2A 3D7TA 3Q5ZA 4G34A 4QPSA 1G3NA 4ZTMA 4JG7A 2R3OA 1JWHA 4UXLA 3UODA 4AZSA 4FT3A 4U80A 3BYSA 4R7HA 4EOOA 1PXOA 4ZSEA 5L8LA 3OF0A 4AA0A 5AAEA 3JR1A 1ZARA 2OWBA 4MD9E 4JOAA 4R3PA 5FDXA 4ANSA 2EVAA 2IVSA 4CV8A 2W1DA 4YLKA 1REJA 3NS9A 4MHAA 2WQNA 1SVHA 4KKEA 5M06A 2VWYA 1WBVA 1Z9XA 4BCGA 3NYOA 4EH6A 4GJ3A 3BLQA 2YIRA 5FD2A 4AFJA 4BCIA 3PJ8A 1PMNA 2BDJA 3SLSA 5ANEA 2C6IA 4YJQA 2X39A 4ZEGA 5HLWA 5H8EA 4GU6A 4WG3A 5HE1A 5TE0A 3F69A 4YSJA 2IG7A 5AV3A 2QOLA 3EQGA 2XF0A 2ZM4A 3LKMA 1K3AA 1PMUA 4NFNA 5HTBA 3FLWA 2J5FA 3UC3A 3OEFX 4DH5A 4QMYA 3LQ3A 3JPVA 3ZM9A 2CJMA 3MY1A 4I5CA 4EHVA 5FEEA 2BAKA 5BQ0A 1MRVA 2B54A 2BZHB 2YFXA 3BGQA 2ITXA 3HMOA 3MH0A 1OZ1A 3BKBA 3ZTXA 3HV6A 4YTCA 3D5VA 4OTWA 2O0UA 4EC9A 3FHIA 3FKNA 3O0GA 1BMKA 3QXOA 3LLAA 2BRBA 3DT1A 1PXIA 4DTKA 2HY0A 4BWXA 3TKHA 3DPKA 3U6JA 3C51A 3FV8A 4LFIA 4X21A 4XP2A 3AC1A 5H2UA 5HO8A 4V04A 2QOCA 3HAVA 4IQ6A 3BPRA 4UALA 5D12A 3ZFXA 4UZDA 3QLGA 2HWOA 4WBBB 4ACMA 4IADA 3PSCA 2CN8A 4YGAA 3UOJA 3QUPA 4K9YA 4GS6A 5C9CA 2J5EA 4X2JA 3ALNA 4QTAA 3G0FA 3WILA 2BRMA 5J5TA 4DEEA 2XK8A 4V01A 3FKLA 5DLSA 3UPXA 2R3GA 1GIJA 4J71A 1MRUA 4RX8A 4FTKA 3HDNA 5LMKA 2EWAA 3E92A 3AGLA 3PTGA 3OT8A 2O3PA 3KC3A 2XK7A 3C4XA 5AIRA 2ZJWA 2VN9A 2E2BA 2W17A 3PXRA 4FK6A 5AMNA 5DT3A 4BCQA 5BUEA 3KK9A 3NW5A 3N4VA 5CNOA 4G1WA 4C4EA 3E8EA 2BILB 2XYNA 1IA9A 5C4LA 1JOWB 2QONA 3IOKA 4PL3A 1KOBA 3GU7A 4CZYB 4KRCA 1H1WA 3G2FA 3OHTA 4JDKA 5EW8A 4BDFA 3FI2A 2YAKA 1BKXA 1Q61A 5E91A 3NPCA 3MIYA 2IVTA 4NTSA 3A7GA 1ZYCA 5IUHA 2BMCA 2PMNX 3NSZA 3FQSA 4JX3A 4PY1A 1L8TA 5KUPA 4XLVA 2V0DA 3F7ZA 5CU6A 2YDKA 2H96A 4GFGA 4IWPA 4FKGA 3A99A 3MA3A 5AEPA 1TQMA 3LCSA 3T9IA 5J87A 3E3PA 5D7AA 1IA8A 3RNIA 3MPMA 3A2CA 3WF5A 5HQ0A 4J95A 3V5PA 4OBQA 4B99A 3W2QA 2QU6A 4BDCA 3OTUA 1H08A 3QRTA 4MYGA 1A06A 4JBQA 4EK8A 1PXKA 5CSHA 4BDIA 4CFNA 5JRSA 4FTLA 3CCNA 5CASA 3MTLA 3D7TB 1E9HA 1PYEA 3QCQA 5L8KA 5HO7A 3IOPA 5M4UA 4EHZA 3RAHA 1ZOEA 3VBYA 1WCCA 2VWXA 4USEA 3Q96A 3CS9A 2QVSE 3O23A 4ASEA 2YIYA 4CG8A 3ELJA 3PSBA 1GZOA 4ZTHA 3QQGA 5HICA 3QF9A 5HKMA 3F66A 3FXZA 2XEYA 3F3WA 2CHLA 2OXDA 3QTQA 1W82A 2PMOX 4FV3A 2G01A 3R63A 4FUYA 3NCGA 3QL8A 2YJRA 3BIZA 5LVLA 3GFEA 4DG2E 1ZMWA 5JFWA 5ANKA 3QTXA 3JXWA 2W7XA 2XNPA 4PMTA 5T3QA 4LG4A 2RFEA 4EH8A 4ZOGA 4JAIA 4TYGA 4TZRA 3TZ8A 1TVOA 4FTOA 4XBUA 5IKWA 3T9TA 4F6WA 2X2LA 4BDBA 5CZHA 4HNIA 3Q4CA 4WUNA 1CKPA 5F4NA 3RPOA 1UKIA 4YZNA 2PVNA 4FKRA 4WBOA 5FM3A 4M13A 4RLLA 1SNUA 3FC1X 4G6LA 2Z8CA 4KS8A 5T6KA 1JSUA 3A7HA 1JBPE 2EB3A 2XEZA 3EN9A 3T3UA 4H3PA 4AACA 4QMNA 4YC8A 4FGBA 5I9XA 2YCFA 5M4CA 4C3PA 4RFYA 3ZH8A 4FL3A 4LL5A 4YLJA 4O82A 5DRBA 3VUTA 4E5BA 4O7NA 1WVXA 5CEOA 3ROYA 4TWNA 1O6LA 3QTWA 3TACA 3EQPA 4XV9A 5DWRA 3GCSA 4Y5QA 2ETMA 2RG6A 1MUOA 1Q97A 1B39A 3ORZA 4W8DA 4IANA 2GSFA 4WKQA 5EHOA 4FEUA 1KE7A 4D4VA 4KIKB 3VUGA 3MGYA 3AXWA 2RG5A 4B7TA 3PG1A 1Y8GA 2C6KA 4HCUA 5M57A 3R83A 5HVKA 2C3KA 2VTSA 4ZTQA 2VWIA 3OCBA 3OS3A 3HECA 5DG5A 3DZQA 2CSNA 4OT5A 5H8GA 3V8WA 2DS1A 3IW4A 2XK4A 3QZIA 3AT2A 4C35A 3UQFA 4ZJJA 1WBOA 4Y73A 5AV4A 3I60A 2Q0BA 3D5UA 1NVRA 1PXMA 1M2RA 2YITA 2IN6A 3DBEA 1OL5A 4U9AA 1UA2A 2R3PA 5CSXA 5IQIA 1OPKA 3Q6WA 3BWFA 3RVGA 2PE2A 3DBDA 5EDQA 4QOXA 3E8NA 2W05A 5DE2A 1JKTA 3OWLA 3P7CA 3OG7A 3I6UA 2W9ZB 1FMKA 3HMMA 3VS0A 1OUYA 3ZHPC 1G8AA 4W9WA 3LXLA 2R3KA 4R3CA 2OJFE 4X3FA 3TV6A 3UIMA 3TI1A 1APME 4TNBA 1R1WA 4EQCA 2Z7RA 5B2LA 2WD1A 4FYOA 3DJ6A 1PKGA 2W5HA 3PJ3A 4HGSA 2V7AA 4QNAA 2VX0A 3QUEA 3R7YA 3RKBA 5C4KA 3PWYA 4XNEA 3C1XA 4ZK5A 1EH4A 4AAAA 2VWZA 5F94A 5HG9A 5BVNA 4HNFA 3SOAA 3R02A 4E93A 3F2RA 5IQGA 5HCXA 3O71A 4ZSJA 4L9IA 3W2RA 3FMHA 5BVDA 2QR7A 3ZSGA 3RTPA 4EZ5A 1UWJA 3UYTA 5M51A 1RQQA 2JDSA 1ZAOA 5KMIA 3UZTA 4KBAA 2ITTA 1OUKA 3NUSA 1PYXA 1MRYA 1M17A 3ORIA 3QQLA 5CEIA 3V5QA 4EUTA 4BWKA 3OZ6A 4ZS4A 5M44A 4E26A 3ERKA 4FKLA 4NSTA 3ZO3A 2W4OA 3HNGA 4E6CA 1R78A 5LMKC 1Q3DA 3AT4A 3CKWA 1HCKA 3HVCA 4FT7A 2VGOA 5CAPA 4ZSGA 1E1XA 3U9CA 3UGCA 1JPAA 1GZKA 3QYZA 4LUEA 4QMTA 1O9UA 3ZEPA 3MVMA 3C4ZA 4FV0A 1QPJA 3LFAA 3P79A 3C4FA 3UVRA 4D2PA 5FG8A 3FYKX 4MK0A 4DF3A 4FG8A 4JR7A 4I93A 4D1ZA 5CAQA 4YHFA 3I0OA 4O0XA 2JKKA 3MA6A 4BF2A 3RAWA 3LXPA 2WTIA 2YM7A 2W1EA 2VX1A 3QA0A 3S1HA 5F1ZA 4CCBA 5KCVA 1PXLA 4ASDA 3UQCA 4ARKA 2YWVA 2PULA 4AW0A 3U51A 4NM0A 4YJPA 3RWQA 4D9TA 2FB8A 4FV7A 5AP1A 2ITUA 5K5NA 3FE3A 3P9JA 2OJ9A 4MCVA 2CKEA 5AM7A 2W4KA 1OPJA 3MH3A 3R21A 4NH1A 4TWOA 2FH9A 1BI8A 4F09A 4OLIA 3BV2A 3G9LX 1ZYJA 4FIIA 4PDYA 5IMEA 3I7CA 3IGOA 4QMVA 2WQOA 5CY3A 4D4SA 3MY5A 3KMWA 4IVBA 3ORLA 4HZRA 5JFXA 3R1QA 2CKPA 4BFMA 4D0XA 3R00A 5E8UA 2NRYA 5KMMA 3MFSA 4QQJA 3IW7A 4ZZMA 2WAJA 4YBJA 3ZO2A 2XK3A 2GTMA 3OP5A 5ACBC 5TKDA 4PTGA 2VX3A 4BYIA 2GNIA 3WBLA 1IAHA 5E7RA 3G33A 4PX6A 2NRUA 2VZ6A 4M69B 4GV1A 4WD5A 5LQFA 4W4YA 2Y4PA 3OWJA 4JRNA 4RIOA 2REIA 4GIHA 3AG9A 5ETIA 3EYGA 5AR2A 3NW7A 1YOJA 3M42A 4FKOA 4FSUA 4J99A 1J7IA 3DTCA 3HP5A 4YBKA 1Q62A 2VAGA 4GT4A 3QCXA 2JDVA 3V5JA 4NEUA 4F08A 3RMFA 2BRNA 2BDFA 4FSNA 4H36A 1FPUA 5IA5A 2E9PA 4EWQA 4E3CA 3VBQA 3LJ2A 4HVGA 1OL6A 2J0IA 4H1JA 2X7OA 3UYSA 3TEIA 3A8WA 4DG0E 2ITPA 4BKYA 3OXIA 3U54A 2ZMCA 4QYYA 1Q3WA 2WTDA 3ORPA 4ZJIA 1JNKA 2WOTA 4ALUA 3H3CA 2WIHA 2WMUA 3F6XA 2BZKB 1LUFA 1OIUA 4OTGA 1V1KA 2JKMA 3JS2A 1Q8TA 2HYYA 3LFSA 4IZ5A 3MJ2A 5DT0A 3FEGA 3ATTA 3ZO4A 4RJ5A 1WZYA 2RF9A 2UZBA 2UZDA 3UOHA 3LXNA 5FTQA 2PVJA 3KXMA 4IM2A 1YXSA 4JX7A 2ZB0A 4L42A 3VRZA 2WMWA 5GIOE 3Q2MA 5EW9A 4X2NA 5BVWA 1YXTA 4OTRA 3E87A 3KF7A 3NIEA 1YOLA 4A9UA 2NO3A 1T46A 3NW6A 1XH8A 5F9EA 4ITIA 4M0ZA 4GK3A 4M97A 2QQ7A 3C9WA 5JZNA 2VUWA 3W18A 4BGGA 3FZRA 5IISA 2F2UA 2R3JA 1KE9A 3COKA 3D15A 4DEGA 3BBWA 3EWHA 1REKA 4KKGA 3U8WA 5I9VA 1YI6A 1H8FA 2YABA 2IJMA 1E1VA 2UW7A 2BDWA 2FVDA 2BUJA 3UIUA 1CDKA 4D2RA 3C0IA 3DFAA 1WMKA 5A4CA 3DBCA 4QNYA 5I0BA 5EDRA 1FGKA 3W32A 2C47A 1H27A 2WTJA 4FTMA 4JJRA 3CD8A 2C6TA 2C6LA 3D9VA 2W1GA 2ITYA 3MYGA 4O6EA 4ZSLA 5I9YA 2QKWB 4NKAA 3EFKA 2PVMA 4BCPA 3OCSA 3TNWA 2XK6A 2I0EA 3V8TA 4P7EA 3E64A 5C8NA 3MVHA 5FRIA 4QYHA 2YERA 4RX9A 4NIFB 4QMQA 5I9ZA 3E63A 4PUZA 2X0GA 1XH9A 5BMMA 1BLXA 4UN0C 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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