5LVNA

Human pdk1 kinase domain in complex with adenosine bound to the atp-binding site
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
284
structure length
283
Chain Sequence
KKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 283
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5lvnA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5lvnA01
4FR4A 2VTRA 3GQLA 4BFMA 4BHNA 1UWJA 2YM8A 2R5TA 3FMEA 3ORNA 3ZO1A 3CPBA 1PF8A 4LOPA 5EDQA 3AC3A 3HV6A 3F69A 5DT0A 3N51A 4IX6A 4FE2A 4R7HA 3ZDUA 3DU8A 4DEHA 1DI8A 3LXKA 4G3CA 2WGJA 3W32A 3PYYA 3QQJA 3RAWA 3BQCA 4GIIA 4HYIA 1H27A 3EQPA 3QQHA 4M0YA 1KUTA 4HNFA 1OM1A 3KVXA 2WMSA 2R2PA 3FSKA 4C8BA 3RWQA 4EOQA 4XBUA 3MY5A 3SQQA 2W4KA 1WAKA 5AV4A 4CFNA 1FOTA 2WHBA 5ETFA 3U55A 5HZNA 1M17A 5L2QA 4FV1A 1OL5A 3UVQA 1ZYCA 3DK7A 3ZUVA 4HCVA 2QOQA 4QPSA 3RPSA 4Z9LA 5F1ZA 2BUJA 4RWIA 1XBCA 1CSNA 4D1XA 5CEIA 2JDSA 2YJRA 3R9DA 2WTKB 3CTHA 1ZYJA 1OITA 3VS3A 3ZLXA 2C5OA 4MCVA 4OBQA 3CXWA 4NM7A 5CNOA 4QNAA 2GCDA 5AMNA 3AC8A 1MP8A 3FYKX 4CLJA 1PYEA 5B7VA 4PP9A 5HESA 3NUAA 3LE6A 5AUXA 1UKHA 1XR1A 4RC2A 4YC8A 2PYWA 4YC3A 3E92A 3A7HA 2WQOA 3LFDA 2PVRA 4GIHA 3HP5A 4BWKA 2VTTA 3RK7A 3AT2A 4JG8A 3W33A 4NKAA 3LKMA 2XNGA 4FV4A 2B7AA 3FQSA 5HTCA 2QCSA 3KCFA 4UZDA 3ACKA 2WEVA 3DPKA 5CQWA 4DBXA 4MNFA 5L2WA 1J1CA 2O65A 3MTLA 4PMSA 3B8QA 3IG7A 4DLIA 3POOA 4QMUA 4G6LA 4F7NA 3A62A 4F1TA 4XBRA 4P90A 3FE3A 1PXJA 3JVRA 4FKOA 4QP9A 3RVGA 4F4PA 4KAOA 1OZ1A 4X3JA 2WQEA 4DFNA 5ETIA 2FVDA 4MF0A 2EB2A 4F64A 4PV0A 1NW1A 3QLFA 4BZDA 2WFYA 2VNWA 3FZTA 3GB2A 4YR8A 2Z02A 1UU9A 4DCAA 3K2LA 1ZARA 4EH9A 2ITUA 4OAUC 2R9SA 3RALA 4L53A 2VTMA 3L8PA 4WO5A 4YTHA 3S4QA 3NVMB 2HELA 1GZOA 4G3FA 3AC4A 3O8TA 4JDKA 3ZC6A 4U0IA 1KSWA 3ZSIA 5B2MA 1WBWA 1RW8A 1G8SA 4PTGA 2X4ZA 4JBQA 4L00A 5DPVA 3V5JA 3SLSA 4PMTA 5A6OA 1RJBA 3TM0A 1SMHA 3GC0A 2JIUA 4JS8A 2UZDA 4WSYA 2PSQA 3CQEA 3KK9A 2ZOQA 1IR3A 3HMMA 3ITZA 2Y4IB 4GVJA 1VJYA 3MVHA 4E73A 5JGAA 1W8CA 2ZYBA 3L9MA 2E9VA 4RG0A 4D1SA 3NMUF 4H1MA 5I9WA 1FVVA 3V51A 4DGGA 4MD7E 4XG2A 5AR5A 2IVSA 4D4VA 3HNGA 1A06A 2Q0NA 4U9AA 2O64A 3D5UA 5EHOA 3RM7A 2PUUA 3MTFA 3TZ7A 5HU3A 1MQ4A 1PXPA 4FNWA 4TTHB 5KKRB 2XIXA 2ONLC 3E88A 4QMZA 5LMBA 3QC9A 3BU3A 5TKDA 4DF3A 4QYYA 3OBJA 4MX9A 3LFBA 5HVYA 5I0BA 3IOKA 4IDVA 3WYXA 4KD1A 4I0RA 2WTKC 5J5TA 4O81A 2YFXA 5JGDA 3E63A 1XH4A 2VAGA 5E1EA 4O86A 3BIZA 3BLHA 4RVLA 4WBBB 1F3MC 4S2ZA 3OUNB 4PMMA 1KV1A 3HA6A 3KC3A 3R1SA 4B0GA 2OIBA 4G3DA 4RSSA 3QXOA 3HV5A 3RMFA 3UMXA 3R9OA 5M57A 3JR1A 3VAPA 5JZJA 3DAJA 5K4JA 5B0XA 2Y6MA 4L3LA 2C0TA 5CYIA 3AMYA 1MRUA 4PL5A 3V5PA 5AP2A 4XG8A 2V62A 4RVTA 4IVDA 5JRQA 2BALA 5AP0A 2WNTA 4FV8A 3Q96A 3UNZA 5IF1A 1KE9A 4IM0A 4EEVA 5BPYA 4DT9A 1WBVA 2YAKA 3QTSA 3R00A 4ZSAA 2XK7A 3TKUA 2BRMA 1H8FA 4A07A 2PMLX 2GTMA 4BB4A 4TWPA 4FGRA 2PU8A 4YZDA 2VX0A 3ZO2A 3RKBA 3NYOA 4CKIA 3MA6A 5EDRA 3VBTA 1LPUA 2J90A 2JIVA 4XV3A 3TIZA 4PPBA 4RX8A 3U6HA 1I44A 3C51A 5LCJA 5A4CA 2X8IA 1NVQA 4AE9A 3BE9A 5AV1A 2UW0A 4O82A 3QWJA 2QU5A 3NPCA 4ANQA 2CGXA 4RJ3A 3VW8A 2NO3A 4P5ZA 5HICA 4AZFA 2QI8A 5C8MA 3MYGA 3V8TA 2IVUA 2Y7JA 4ZSLA 3CD3A 1Q24A 3DZQA 5D41A 3VS5A 5HO8A 3HV7A 1PXKA 3R04A 4FL1A 1REKA 4DHFA 3IDBA 4PY1A 2VRXA 3NNXA 2B9IA 3HP2A 5AUZA 2WQNA 3O51A 2J5FA 2VWWA 4APPA 3DBCA 4FT7A 3KA0A 3QA8A 4MAOA 5DE2A 4EOOA 5LMAA 4FT5A 4C02A 1R78A 5DR6A 3O23A 5AR8A 5TT7A 4WG5A 2ACXA 3R83A 4HVSA 4R7BA 4F1OA 4O6EA 4NUSA 1JQHA 2YCSA 3TZMA 5CF5A 5I4NA 2OSCA 3GOPA 4DFZE 4QTCA 4ORKA 4R77A 4FZ6A 1H0VA 3PIXA 1YXSA 5FDXA 4F70A 3ZZEA 3WZDA 5ICPA 5E8UA 4I5CA 5CEKA 4M67A 5E8TA 2UV2A 4H58A 4HNIA 5J8IA 3R8VA 1H24A 3BE2A 2G15A 5ANJA 5L4QA 2UVZA 2QOCA 1G8AA 1OBGA 1H28A 2WMRA 3BU5A 3KVWA 4FGBA 1SM2A 1LEZA 2R3QA 5C1QB 5IMEA 2VWYA 3BEAA 2AC3A 3T9TA 3I5NA 2PULA 2JBPA 5IQFA 4N6ZA 2EWAA 3Q9ZA 3VWAA 3IS5A 2YCRA 4X3FA 2DYLA 5DR9A 5E90A 3MH2A 3TG1A 4D0XA 4G3GA 5IQIA 1ZOGA 2XH5A 5HBEA 3UOJA 4JT3A 3AC1A 3MBLA 5F9EA 4F1MA 3PE2A 4RX7A 4V0GA 5CSPA 3MGYA 3GU5A 4HVIA 1QPEA 3CPCA 2VUWA 5E92A 1WFCA 3L8VA 5IEVA 2A27A 4PNIA 4OTPA 2J9MA 4M68A 5IG1A 3F82A 3SV0A 4TYHA 2GNGA 4EKLA 2DUVA 3MN3A 4KBAA 3CJFA 3ZXZA 1OIYA 1IA8A 3GU7A 2BTSA 4PMPA 5B2LA 3D7TB 3V04A 2RL5A 3TV4A 3ACJA 5LJJA 3R7YA 5TR6A 3ZH8A 4YZ9A 3WE4A 5HTIA 2C4GA 3MB7A 4RWKA 1TVOA 4JQ7A 1GIJA 4FSZA 5L6WL 2VO0A 4ZY6A 4DG0E 3QTZA 3LCTA 4ZLYA 4AZTA 2VTAA 3E64A 4H1JA 1BI8A 4NK9A 2HK5A 1ZYDA 2WMXA 1V1KA 4WRGA 2J0JA 3VBVA 3GC7A 3T3VA 2XKDA 4UMTA 3G33A 4JJRA 3HV3A 4KABA 4KRDA 5JZNA 4ALUA 1L8TA 2YHVA 5JFXA 1CKJA 2CMWA 4I5HA 4F0GA 4CGAA 4M69A 1O6LA 5I3OA 4JL9A 1PMVA 5C8KA 4WHZA 3DT1A 3TNQB 4LM5A 3R7UA 4KIKB 3O7LB 5I9ZA 4WG3A 1Q3DA 1U5RA 4O0VA 1WBOA 3FI3A 3EL7A 3OWKA 3LXLA 5AR2A 5IH6A 3I0OA 4O2PA 5K0XA 2WD1A 2CLQA 3ZBFA 2XNBA 4HGLA 2VN9A 1GJOA 2YA9A 4RPVA 5AV0A 5HHWA 2O5KA 3HAMA 5L6OA 2QOBA 4QTDA 2IZRA 2BZIB 1YDSE 3LMIA 3R2BA 5HEZA 2X1NA 5DBXA 2A4LA 4YZCA 2JGZA 5DG5A 1ZOEA 2BCJA 4RT7A 3F88A 3EYHA 4V01A 3UQFA 2OJ9A 2ZV8A 3PLSA 3E3PA 3R63A 3CGOA 1IG1A 1V0OA 3C4FA 3PXFA 3HMNA 4FZAB 3IDCA 2R7BA 2SRCA 2XEZA 1KE7A 3W8LA 3LCOA 4OT6A 3VBWA 3SG8A 1SZMA 2GPHA 3ZDIA 3DXPA 4O21A 4MBIA 4XG6A 3P0MA 4RIYB 3AT3A 2OBJA 3AD4A 3FC1X 1GZNA 2YDIA 3S2PA 4I4EA 4MK0A 3UZTA 1J7IA 4JQEA 5ANGA 5CX9A 2QOIA 2JFMA 3OW3A 4RIXA 5EYDA 4E3CA 4G9CA 4KBCA 3G51A 1QPCA 3SOAA 4TWNA 4CNHA 3RZBA 3A4PA 2WIPA 3KRXA 5AUYA 3OCTA 4ZSJA 5H8BA 4H36A 5JFVA 5J7BA 3ORMA 3WF7A 4H39A 4GEOA 4QRCA 4XV9A 3MH3A 5D7VA 3HV4A 3LZBA 4YLJA 3VS6A 1WCCA 2OJIA 3IW8A 5M4IA 2FUMA 3QQGA 4ZOGA 4C4GA 3KN6A 4YHFA 4NM0A 3RINA 4FIEA 5H9BA 4PL3A 2G2IA 3TCPA 5BQ0A 3RAKA 4PDYA 2B9FA 3BZ3A 4N70A 2W17A 5BNJA 3LFNA 3PIYA 4R1YA 5CAOA 4PNKA 4GL9A 5IQBA 4RIWA 3QF9A 4O7VA 3DAEA 1P2AA 3NUPA 3RK5A 4GV1A 4FG9A 3VS4A 3ORZA 4G5JA 4F0IA 4AN3A 4ASDA 2C0OA 2UW6A 4O27B 5M4CA 4Z3VA 3FEGA 4KINA 4YGAA 3RAIA 1FBNA 2UVXA 4LQMA 3WE8A 4CQGA 3PP0A 5KCVA 4O7RA 5H8EA 3EKNA 4FOBA 4U7ZA 5KHXA 4GT3A 4TWCA 5BVNA 3IOPA 4AW2A 3QTRA 1G5SA 1NVRA 4I6BA 3UIUA 4NL0A 4X3FC 3SA0A 4BR3A 4ZZNA 3ORPA 3FWQA 2WMUA 3OOGA 2OXYA 4YZMA 4H3PA 5CSVA 4DYMA 2ZV2A 3LCKA 3H30A 3K5VA 1Z5MA 2W1FA 1XBAA 3PPZA 5FBNC 4A7CA 4E5AX 3KB7A 4FT0A 4RJ4A 2PY3A 3F2NA 3FZSA 5IH5A 3FUPA 3D5WA 4B8MA 5CAPA 3VBQA 4G6NA 4OTDA 3HVCA 5M09A 1H4LA 5A46A 4O84A 4MXZA 4R78A 4GRBA 4O96A 4KNBA 1H1WA 2YIXA 5LVPA 4KSQA 3P78A 4HZSA 3NS9A 4LV8A 1SVHA 2C3KA 4IAKA 4YC6A 1HCLA 2V55A 3LLAA 5AUTA 3O2MA 3OHTA 4EHGA 3OCGA 2ESMA 2QLUA 3DBDA 4DTAA 5AUVA 2Y0AA 1OIRA 3ZLWA 2JDRA 3U54A 3IKAA 5BVKA 4BKZA 3BV3A 3W2RA 4ZS4A 1M7NA 3DK6A 3FLZA 2AYPA 2I0HA 2QC6A 3HAVA 3G6HA 3COIA 4MD9E 3CKXA 1APME 2CCIA 1KOBA 4JG7A 4WNMA 5DI1A 4UXQA 4AW5A 2RFNA 2WMBA 2VTLA 5CENA 1OECA 1O6KA 4QQ5A 5C27A 4NIFB 2BIYA 3ZCLA 2C5XA 2GNHA 4M8TA 5HE2A 3V5TA 3FY0A 1SYKA 3BYVA 3VRZA 2PMNX 1XH9A 3PA3A 4CT1A 3EIDA 3TEIA 3U51A 2ITYA 2BRGA 3A60A 4BCJA 5K9IA 4W8EA 3TDWA 3F5UA 3KGAA 2XUUA 1OB3A 2V7AA 4H05A 3H4JA 3NLBA 4IX5A 5D11A 2O3PA 4AXAA 5AP1A 4GCJA 4C4EA 1NT2A 4F7SA 3TNWA 2ITVA 2PVKA 5J5SA 4RRVA 4O2ZA 1XHAA 3LHJA 3MH0A 4L43A 3OEFX 4NTSA 4Q5HA 3NUNA 4U45A 3A8XA 4J97A 4I6HA 2B9HA 3QALE 4U3ZA 2XNOA 4LRJA 4D2VA 3JY0A 3MW1A 3Q5ZA 5HG7A 3UYSA 3TKIA 5AUWA 4IHPA 4L67A 4L9IA 4ACHA 2OLCA 2Y6OA 3QBNA 5KBQA 2UW4A 1Y91A 3A7IA 4DEEA 2PE2A 4FTAA 2R3FA 3H3CA 3NR9A 4HPTE 3TT0A 1OGUA 3W55A 3QCSA 1JPAA 4FIIA 1YDTE 4YJVA 2IJMA 5CI6A 4FODA 5ANDA 2OH4A 4CYIA 3QHRA 4EHVA 2XNEA 5AIKA 3MFRA 1M2PA 4USEA 4USFA 4J53A 2XMYA 3AG9A 1BUHA 3PJ8A 2UZWE 4QMPA 1Y6BA 4FV5A 3UC3A 4RC3A 4J99A 4U8ZA 4WKQA 4QTEA 4ZY5A 2J0LA 4FV2A 4DEIA 4I24A 2HXQA 3AC5A 4YO4A 3S1HA 4FV6A 2VO6A 3WF5A 4OTWA 1TQMA 3FMKA 4YSMA 1YWRA 2HW6A 1Q62A 3BU6A 5E8ZA 3HDMA 4CV9A 2PTKA 3WZUA 2VTNA 4Q2AA 3C4XA 3DKGA 1JVPP 4KSPA 5AAFA 3WARA 5TE0A 3ID6C 5EQPA 2OFVA 5E8SA 1O6YA 4XNEA 5FBOA 4YLLA 4EOKA 4FKGA 4U42A 2QG5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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