The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
76
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sequence length |
341
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structure length |
311
|
Chain Sequence |
SDALCRELWHACAGPLVTLPREGERVYYFPEGHMEQLEAMPSFNLPSKILCKVINIQRRAEPETDEVYAQITLLPELDQSEPTSPDAPVKCTVHSFCKTLTASDTSTHGGFSVLRRHADDCLPPLDMSQQPPWQELVATDLHNSEWHFRHIFRGQPRRHLLTTGWSVFVSSKKLVAGDAFIFLRGENEELRVGVRRHMSHSMHIGVLATAAHAITTGTIFSVFYKPRTSRSEFIVSVNRYLEAKTQKLSVGMRFKMRFEGKRFSGTIVGVQENKSSVWHDSEWRSLKVQWDEPSSVFRPERVSPWELEPLN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for DNA Binding Specificity by the Auxin-Dependent ARF Transcription Factors.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Auxin response factor 1
|
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Arabidopsis thaliana
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| total genus |
76
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| structure length |
311
|
| sequence length |
341
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02362 | B3 | B3 DNA binding domain |
| A | PF06507 | Auxin_resp | Auxin response factor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | At1g16640 B3 domain | DNA-binding pseudobarrel domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LDU A; 1NA6 A; 3HQF A; 4LDY A; 4I1K A; 1WID A; 4LDW A; 4LDX A; 4LDV A; 1YEL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LC4 A; 3EGX A; 3M54 A; 1VA7 A; 3RNJ A; 3BFM A; 4M78 C; 2V26 A; 2JUF A; 3EHQ A; 4XTW A; 4PJO C; 1RAH B; 1UTI A; 2G3R A; 3F70 A; 3EGD B; 3C95 A; 2X35 A; 4JLI A; 2XDP A; 1I1J A; 1HK9 A; 1UGQ B; 2LX7 A; 2Z0W A; 3BY7 A; 1VQN Q; 2WAC A; 3L2U A; 1I4K 1; 4HXJ A; 1JJ2 A; 3JV3 A; 1AVZ C; 3ER0 A; 1Y0M A; 1S72 A; 4M7A C; 1MMN A; 6AT1 B; 2OI3 A; 2RB6 A; 3I56 T; 5IT9 E; 5FRO A; 1E6H A; 3QDF A; 5GJV B; 3OYA A; 1X27 A; 3LGL A; 1OV3 A; 2YXY A; 2DF6 A; 1UGS B; 3FC3 A; 1QQJ A; 2F5K A; 1MMG A; 3QPH A; 4M77 C; 5LJ5 g; 1QLY A; 2JM9 A; 4EIK A; 4QQD A; 4JUV A; 1WXB A; 2VGM A; 4DEX A; 4A4E A; 3H41 A; 1M9S A; 4IUU A; 2J7I A; 3CD6 A; 2H3E B; 5AYF A; 1VOM A; 2JTF A; 3CC4 T; 3INZ A; 4FL6 A; 4J9G A; 3M53 A; 1FX7 A; 1RI9 A; 4XQ3 A; 1M90 U; 2OTL A; 3G4S Q; 2ZPG B; 3CCV T; 3EAE A; 1PHT A; 1N8R U; 1LJO A; 3AT1 B; 1RL2 A; 3H6Z A; 3CCJ T; 4BE0 A; 2XKO C; 1Y57 A; 1K4U S; 4Z02 A; 4JJN K; 2LJ0 A; 5LJ5 f; 3C12 A; 3RBB B; 1YIJ Q; 4PFZ A; 3EH2 A; 1S1N A; 1Q86 R; 2IPO B; 2Y90 A; 2VAS A; 1PSE A; 3QUI A; 4X9C A; 1M2V A; 2JT4 A; 2HZY A; 2RK2 A; 4M7A D; 2RQV A; 1QKW A; 2YLB A; 4RTV A; 1X2K A; 1GFC A; 2EVR A; 2ROT A; 4VUB A; 1MNE A; 1RLQ C; 4PLI A; 5KCO A; 1ZHI A; 2O9V A; 3E9F A; 2RHX A; 3LH5 A; 1G8X A; 2VXE A; 1N5Z A; 2XDB A; 2NUT B; 2DEU A; 3CC7 Q; 4C0D C; 2EAY A; 3D7S B; 4JRK A; 5KH6 A; 3PVQ A; 2JVV A; 1VQP Q; 4RMO A; 3G6E Q; 2RO0 A; 3S3O A; 1X01 A; 3MEV A; 5KYW B; 2FZC B; 1X6G A; 2SEM A; 2HKQ B; 3CCS Q; 3CPW S; 2DO3 A; 3VYG A; 4LUE A; 2EGC A; 5GAO r; 1ABO A; 1KC8 C; 2JJ9 A; 1YJ9 A; 3OMG A; 2JS0 A; 2A37 A; 5HK0 A; 1AWJ A; 2DTI A; 4DEY A; 1UJY A; 1VQK T; 2HBP A; 1MV3 A; 3TSW A; 4NS5 A; 3RER A; 2JTM A; 2HBW A; 2HAX A; 1VQ9 A; 1YHQ A; 2NLU A; 4HCK A; 3ZL7 C; 1WHH A; 3L2W A; 2BUD A; 2A36 A; 4LE9 A; 1EX4 A; 3EG1 A; 2YRD A; 2R58 A; 1NJI C; 1AWX A; 2L3P A; 5GAN 8; 1VQ7 T; 3HFO A; 1OU9 A; 1CKB A; 1OX9 A; 2DIG A; 4CC2 A; 2EPD A; 3MCA B; 2KAF A; 1KQ2 A; 5GMK e; 2VXF A; 3MP6 A; 1NLO C; 2KXD A; 3EFO A; 3OW2 S; 1RAA B; 2ATC B; 2RHU A; 4M75 G; 1QKX A; 3M4Y A; 3QWX X; 1P92 A; 3CBP A; 3CPW A; 1N27 A; 2K79 A; 2PNI A; 3UT1 A; 2A7Y A; 3CEY A; 2DJZ A; 1VQ5 A; 5LJ3 j; 4HT8 A; 4J9C A; 1VQN A; 3QSU A; 4PFP A; 5GAM e; 1SHG A; 2PVG B; 5GAN 6; 5LJ3 h; 3I55 T; 1JBM A; 5FRN A; 1GRI A; 3J81 E; 1HD3 A; 4D8D A; 1K8A C; 4JJC A; 1FXX A; 2LQK A; 1K73 C; 3HRU A; 1UJ0 A; 2CP0 A; 5FLX E; 2DRM A; 1IHV A; 2ZPI B; 2QQA A; 3OA6 A; 1KC8 U; 1QMC A; 4E2F B; 4GBQ A; 5CKD A; 2LT4 A; 3HL8 A; 3CCQ A; 1GCQ A; 3JCM c; 2HDA A; 3A98 A; 1VQM T; 1TUD A; 4Y92 A; 4QT7 A; 2L3R A; 3DKM A; 2GGR A; 2R57 A; 4QQG A; 3EFR A; 2YUN A; 5IHN A; 2KGT A; 4AFZ C; 2J06 A; 1D1B A; 1TTH B; 1SEM A; 3FEO A; 4M75 E; 3OYM A; 3G4S A; 3FB9 A; 1TSF A; 1D0X A; 3OW2 A; 2R5A A; 5EG2 A; 1QCO A; 2E12 A; 4LDV A; 1Q95 G; 2BIV A; 2HL3 A; 4IIO A; 3LLR A; 1M27 C; 1D1A A; 1IB8 A; 1NPP A; 3VS4 A; 2HEQ A; 5IXB A; 2DVE A; 3QXE B; 4NL3 A; 2GFA A; 1YIJ A; 2PTK A; 3SWN B; 1ZUU A; 3TCJ A; 2FG0 A; 3L2Z A; 3OBY A; 1YWP A; 1JB0 E; 3VYH B; 4C92 A; 3CMA Q; 1YI2 T; 3CPF A; 2EIF A; 1VQ4 Q; 3EFS A; 1ARK A; 3TQ7 P; 1WHG A; 1QVP A; 2NUP A; 5LJ3 d; 4JDS A; 2FVU A; 1JU5 C; 1MV0 B; 5CKE A; 4M7D A; 5KYX A; 2PUO B; 3LYI A; 1BIB A; 2EQM A; 1IO6 A; 2X4Y A; 1TH7 A; 3OYK A; 2GTO A; 3H0H A; 2WSE E; 4OP0 A; 3QYG B; 2RQT A; 1VYT A; 3VUB A; 4F16 A; 3SDZ A; 3BW1 A; 2K5L A; 3CC7 A; 3QWY A; 1MMD A; 4LDW A; 2X4X A; 4J7I A; 1K73 U; 3TEE A; 4J9B A; 1TUG B; 1BIA A; 1RAD B; 1YJN Q; 1WID A; 8AT1 B; 4BAC A; 4Z8A A; 1HXD A; 3V7R A; 1VQP A; 3G6E A; 4J8O A; 3EG2 A; 3L2Q A; 3CC2 Q; 5FW9 A; 3CCS A; 3JSC A; 4WTO B; 3T9N A; 2DFU A; 1WDX A; 2J6K A; 1YIT Q; 2RQW A; 4M78 A; 4V2S A; 3PTA A; 4PJO A; 1OPL A; 2D6F A; 3OYN A; 3M56 A; 1UHF A; 4E7K A; 2P4R A; 2LT1 A; 3NHN A; 5KE2 A; 2A0F B; 3M0Q A; 4RG8 A; 1YJW Q; 3GLX A; 1SRL A; 4A53 A; 3X25 B; 1YEL A; 3EHR A; 4CRI A; 2H3J A; 5LJ5 e; 2MOX A; 3M57 A; 2QQ9 A; 2QAZ A; 3MP8 A; 2OX7 A; 3PNW C; 4C0Z A; 1BCO A; 1NM7 A; 1QVF S; 4JRQ A; 4M77 A; 5I21 A; 1BI2 A; 2BTT A; 3R6O A; 2O4X A; 3KBG A; 4PKC C; 1E7O A; 1WIE A; 2D0Q B; 3MPU B; 2VGN A; 4BI8 B; 4XTX A; 3CCL Q; 2KI7 A; 5GAN j; 2JM8 A; 3P8D A; 3OB9 A; 1M4Z A; 2KNB B; 3H0F A; 1T3S A; 1V29 B; 2JW4 A; 2RQU A; 5GAN h; 1WPY A; 3EG3 A; 4OB0 B; 2DTH A; 4C8Q A; 1B34 A; 2YUQ A; 4GY5 A; 5KYU A; 2E4H A; 3I35 A; 3OYL A; 4N4H A; 1NPR A; 4E6R A; 1XTD A; 2XD0 A; 3VU3 C; 1HJD A; 1U06 A; 4XU0 A; 2DK3 A; 2IVW A; 4RTU A; 1WI7 A; 1OQK A; 3EH1 A; 3UPU A; 1R77 A; 4QVD A; 2OJ2 A; 1Y96 A; 4KUD K; 2JMA A; 5GMK m; 4AT1 B; 3UDC A; 3WVE B; 4ZN3 A; 2YT6 A; 4DBQ A; 1QWF A; 5IHI A; 5D7U A; 1EIF A; 2JNG A; 3RMS A; 4RCC A; 2E64 A; 1D3B A; 3OSV A; 4C92 C; 5CKF A; 4KGZ B; 4XU3 A; 1W2B S; 2P0Q A; 1K9A A; 4A63 B; 3TU4 K; 3M0U A; 1S72 T; 3CCE T; 3RKX A; 4DBF A; 3VS3 A; 1RAG B; 4M7D F; 2GNC A; 5CQY A; 4ATO A; 2I2L A; 1KQS P; 1PKS A; 2D0N A; 1M90 R; 4CC7 A; 2HD0 A; 1M3C A; 2C1L A; 1TOV A; 4JZ3 A; 3SHW A; 1N8R R; 3QJ6 A; 2LCL A; 3EGU A; 1SG5 A; 4Z88 A; 5CAI A; 3REB B; 5KYN A; 1N9R A; 4XTZ A; 5GAN d; 3FJP A; 1G3Y A; 1B07 A; 1N9S A; 2C06 A; 3QZ9 B; 3CD6 T; 2X3W D; 1K76 A; 2FB7 A; 1VQ4 A; 2HQH A; 2MAM A; 3I5R A; 4O5V A; 2DZC A; 2H8H A; 1MHN A; 2L0A A; 1JJ2 P; 4HVU A; 2OTL T; 2LQ8 A; 2PVO B; 4FT2 A; 4LDU A; 3OBW A; 2KE9 A; 3OSS C; 4M78 F; 4EMK B; 4PJO F; 1QVG S; 2RMO A; 2RK1 A; 3EGD A; 5GAO m; 1XOV A; 3JCM X; 2GQI A; 2LJ3 A; 5HKC A; 2M9U A; 3PT9 A; 3CME Q; 2QTX A; 3UF4 A; 1BU1 A; 1W2B A; 4A4G A; 5KYY B; 4BI4 A; 2DA9 A; 4C92 D; 1YJN A; 4J7F A; 2FPD A; 3HKS A; 4FCY A; 4M7A F; 1IGU A; 4OGE A; 5IHK A; 3A1P A; 3DB4 A; 1JEG A; 3NMZ C; 3OS2 A; 2XI9 A; 4O6J A; 4JPB W; 4M7D D; 2XIC A; 3C4S A; 1BI1 A; 3NTH A; 2CS7 A; 4CC4 B; 3OMC A; 1SF9 A; 1ZLM A; 1KD1 C; 1NYF A; 3JAM E; 1YIT A; 3Q1J A; 3SFM A; 2ZCF B; 2YUP A; 2NUZ A; 1G3W A; 3FIF A; 3QII A; 1WA7 A; 5D6X A; 2V8K A; 3VRZ A; 4IUP A; 4OMP A; 1GBQ A; 1PG5 B; 1VQK Q; 2AK5 A; 4PJN A; 1WLP B; 1I5L A; 1DJ7 B; 2EYW A; 2LZ6 B; 1EZZ B; 1WQW A; 4JS4 A; 2QGF B; 3FLG A; 1YJW A; 2X51 A; 1WFW A; 3M0P A; 3GF5 A; 1UGR B; 2E3I A; 4Y28 E; 4C8Q C; 2DBM A; 2COZ A; 1Q81 C; 1QWE A; 1QVG A; 5GAO q; 2JZ2 A; 8ATC B; 3H8Z A; 1U8R A; 1ZA2 B; 4M78 D; 4C5H A; 3PMT A; 1VQ7 Q; 5J26 A; 4PJO D; 1WXT A; 3OYE A; 2KQW A; 1K0S A; 3HPW A; 2CDT A; 3JCM P; 3RIR A; 1D1C A; 1U1S A; 3I5S A; 1QP2 A; 2DAQ A; 2W10 A; 4IUV A; 4RG2 A; 1VQ9 T; 3CCL A; 2FZG B; 2PZ1 A; 2QAS A; 1YHQ T; 2LVM A; 2PUK B; 4HKE A; 2DLP A; 2JTE A; 3A5Z B; 4KBM B; 1VQ8 Q; 1YWO A; 2EGE A; 4OMF B; 2RI5 A; 4I1K A; 2ABL A; 2DL4 A; 1XJW B; 3X24 B; 3PVL A; 1D0Z A; 1UGP B; 2SRC A; 5M9O A; 3JCM f; 4M77 D; 1ACM B; 2NUT A; 3CBM A; 3PGG A; 3CCR Q; 1M2V B; 2LDM A; 5I2S A; 3S3M A; 1M1K C; 3NGP A; 3CCU T; 3O8V A; 4ZNX A; 4FW2 A; 4KUL A; 2QEX Q; 2DL5 A; 4GLK A; 3G71 Q; 3GOX A; 4WF2 A; 4HVW A; 4J9F A; 1Q86 C; 1KD1 U; 2K6D A; 1NLP C; 4FSX A; 3URG A; 4AFQ C; 2CZ7 B; 3OYF A; 3TSZ A; 5KYW A; 2OTJ T; 1UB4 A; 4PK4 A; 1KC8 R; 2M1H A; 1VQL A; 2ED1 A; 4C8Q D; 1WGS A; 1VQ5 T; 1OU8 A; 4OB1 B; 2KRS A; 4FYW B; 2VYT A; 4D8K A; 4EMH A; 4A54 A; 2F69 A; 1AEY A; 2XHC A; 3L2V A; 4F04 B; 1VIF A; 2VWF A; 7AT1 B; 5CKB A; 1Q81 U; 2ZGW A; 1KK7 A; 2KK4 A; 2LCC A; 4N0A C; 3CCM T; 1NJI R; 4R56 A; 3JB9 D; 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3FDR A; 4RTY A; 1D0Y A; 2DIL A; 2VKN A; 4PLL A; 3OYJ A; 1AZE A; 4ZGD B; 2HSE B; 1PD1 A; 2QQB A; 2A28 A; 1LOJ A; 3G6E T; 1KSW A; 1T0J A; 4PJJ A; 1B3Q A; 1JXO A; 2M02 A; 1Q82 U; 1NJI U; 3J7A F; 2RA2 A; 4HCB A; 1PRL C; 5DY9 A; 2EQU A; 3OYB A; 4MDX A; 1AZG B; 4M4Z A; 3SWN A; 5DLO A; 3H9N A; 1GBR A; 1A0N B; 3KFV A; 4ELZ C; 1VYU A; 2K5I A; 1VYV A; 1Q7Y U; 2CRE A; 2AHJ B; 4KGV B; 3JCM J; 2DZ9 A; 4B6M A; 1X6O A; 2A3L A; 5CKH A; 3A8G B; 5GAM d; 3FRN A; 2KSS A; 4ZGJ B; 2DM1 A; 3R6N A; 1N0F A; 1VQ8 A; 2X4J A; 2XK0 A; 1WJR A; 4PJM A; 2FL7 A; 2M16 A; 3MEW A; 2FHD A; 3RDV A; 2FEI A; 4F7U A; 1O75 A; 2RJE A; 4OMM A; 4E7J A; 1I8F A; 2HCK A; 1Y7X A; 4M7D G; 4LN2 A; 1X2Q A; 1YCY A; 4RCB A; 5FWC A; 2LNH B; 3CCR A; 2F2X A; 2RJD A; 1K8A U; 3GP8 A; 4OGC A; 2I0N A; 2QEX A; 4BD3 A; 3G71 A; 2L3Q A; 1UG1 A; 1KIK A; 2YDL A; 5KYX B; 4BDY A; 3EG0 A; 2LQW A; 1WYX A; 1UHC A; 1FYN A; 2M0O A; 2CP5 A; 1QCF A; 4KUI A; 2KT8 A; 2B8A A; 2HQE A; 2ZPB B; 1OEB A; 4ANJ A; 4BUG A; 3N5B B; 1WHJ A; 4XTU A; 4MMK A; 3M59 A; 1N0G A; 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