The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
147
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sequence length |
497
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structure length |
497
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Chain Sequence |
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAEFVDISHKSFPISMPMIEYLERFSLKAKINNTTNLDYSRRFLEPFLRGINVVYTPPQSFQSAPRVYRVNGLSRAPASSETFEHDGKKVTIASYFHSRNYPLKFPQLHCLNVGSSIKSILLPIELCSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the Argonaute2 PAZ domain reveals an RNA binding motif in RNAi effector complexes.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Chimera of Maltose-binding periplasmic protein and Argonaute
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| molecule tags |
Gene regulation
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
147
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| structure length |
497
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| sequence length |
497
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| chains with identical sequence |
P, Z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-10-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01547 | SBP_bac_1 | Bacterial extracellular solute-binding protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Complex | paz domain | paz domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IOW A; 1QKA A; 3CG3 A; 2ONS A; 1MXV A; 4FED A; 4JWO A; 3OO6 A; 4X1B A; 3TUS A; 4PP0 A; 2DVZ A; 3O6G A; 4GD5 A; 4G2Z A; 3T93 B; 5H8Q A; 4W5N A; 1B52 A; 1SQY A; 2UXA A; 3RT8 A; 1FTM A; 4KRE A; 3MZ9 A; 1WOD A; 5CI5 A; 2F78 A; 3GBB A; 3HHG A; 2A5T A; 3BFT A; 3S9N C; 4ZE8 A; 1SI0 A; 3EHU A; 3ZKK A; 1JVX A; 2DWA A; 1FTK A; 5I56 B; 1IUD A; 1GTK A; 1UTH A; 2UVJ A; 3T9X B; 1PEB A; 4RA1 A; 4YKK A; 4IGT A; 4U23 A; 4R6K A; 3TEP A; 1MY3 A; 1NL5 A; 3LSX A; 1ZJL A; 4C1U A; 4LP2 B; 1MH3 A; 4QFL A; 1OQG A; 1MXU A; 2NVU B; 1I6Q A; 3MW0 A; 2GH9 A; 3SDF A; 4Z4F A; 5I58 A; 2F34 A; 3TTN A; 1ZKB A; 3PPN A; 1R9Q A; 1XVY A; 2G29 A; 2RCB A; 5DVJ A; 3MJ0 A; 3U92 A; 4LUB A; 4YKI A; 5H8H A; 3K01 A; 1USY E; 2DSF A; 4IO5 A; 3ECR A; 4FE8 A; 1EZ9 A; 2RIN A; 3OEL A; 1H44 A; 2E1S A; 2PX1 A; 4ELQ A; 5JTY A; 3ILT B; 2RF1 A; 3TTM A; 2Y7W A; 4OYV A; 3H6V A; 4EDP A; 5AA2 B; 4JWX A; 3H06 B; 3SES A; 4NH5 A; 4ESW A; 1GR2 A; 3HCQ A; 1M5B A; 3PUZ E; 2ZXT A; 1XC1 A; 4ELR A; 3O6H A; 4DXU A; 3RNN A; 5I2N B; 1R1N A; 2F6P A; 4ZS9 A; 3TZA A; 3ZKL A; 1IXI A; 4NGD A; 3IK6 B; 4NGB A; 5JK4 A; 3H6U A; 4KR5 A; 5BUU A; 5I56 A; 2VD3 A; 4OET A; 4OLA A; 1LAX A; 4ZE9 A; 3VLU A; 5ITP A; 4BDN A; 2QPQ A; 1B5J A; 3K02 A; 1QUJ A; 3B6W A; 5TPA A; 4OTE A; 2DE3 A; 5AA4 A; 5A5X A; 4EXL A; 3RTF B; 5JS2 A; 2O6A A; 3PPQ A; 3OEK A; 4NH6 A; 2H5Y A; 1MQI A; 2ONR A; 4NGG A; 4DZ1 A; 2O7I A; 2XHD A; 1MQG A; 1PBP A; 3THI A; 3O66 A; 2L5C A; 2Z8F A; 4LVQ A; 2X26 A; 4KPT A; 5I59 B; 2O84 X; 2RC8 A; 2XD2 A; 3IOR A; 3KSJ A; 3V8X B; 4FAT A; 3MVZ A; 3MPL A; 2AL5 A; 1H45 A; 1OVT A; 1D9V A; 4RPO A; 3SEY A; 4U1Z A; 1URD A; 1QJM A; 2FYI A; 1PB7 A; 5H8F B; 1MQD A; 1GV8 A; 1XHY A; 3FAS A; 3QYT A; 2XXT A; 3TTR A; 3EF7 A; 3GZG A; 1OQH A; 1XVX A; 2D5W A; 3TOD A; 4H6D A; 3HV1 A; 3SEV A; 5I2N A; 3U72 A; 2HZK A; 3M3K A; 2F8D A; 2DOJ A; 3HO7 A; 5L8D A; 4Q8R A; 3TQL A; 4DLD A; 5AA1 A; 1Q1K A; 3TTL A; 3M8U A; 3OSR A; 3G3I A; 1ZTY A; 5DT6 A; 3IJX B; 3C4M A; 5CRY A; 3FXR A; 4MH5 A; 1IIT A; 1AH5 A; 2RKM A; 1JW5 A; 1T2S A; 3IOT A; 3IAZ A; 1A55 A; 1KWH A; 3B6Q A; 2XXH A; 4QSE A; 1P1U A; 4XIG Q; 3G3F A; 3KN8 A; 1SI1 A; 3G3J A; 4HS7 A; 1SBP A; 1P1O A; 3K2D A; 3FAT A; 3O2A A; 3CIJ A; 5H8N B; 1D3K A; 4IY6 A; 3OO9 A; 2V3T A; 4R2F A; 3KN3 A; 4F39 A; 2LAO A; 4N07 A; 5KZT A; 4WXJ A; 3VLV A; 3IOV A; 5I84 A; 1H43 A; 4I9D A; 4H1X A; 1B51 A; 1P1W A; 4POW A; 1US4 A; 3Q27 A; 4F3B A; 3VLW A; 2VOZ A; 1PDA A; 1SW4 A; 3BKI B; 2XFM A; 3PUW E; 3VXB A; 4YMA A; 1Y4C A; 5H8F A; 3RGY A; 3TAJ A; 4NF4 A; 3CFZ A; 4X48 A; 1Y1Z A; 1B32 A; 4M1V A; 2QMX A; 1ATG A; 3QAX A; 2GHA A; 5JS1 A; 4QSD A; 4R2B A; 3G3G A; 3QIR A; 1B5I A; 5AE4 A; 3BFU A; 4F3G A; 4XKP A; 4Q5T A; 2XXQ A; 2Z8E A; 4X1D A; 4EF2 A; 1JW1 A; 4PFY A; 3K6U A; 3OEM A; 3C32 A; 1Y1M A; 1PB9 A; 1M5D A; 4F29 A; 1B4H A; 2ABH A; 2ZMB A; 2HZL A; 4PET A; 1VFE A; 2VGQ A; 3OXN A; 4R73 A; 4F22 A; 4G8M A; 4KRF A; 1FQD A; 2DXY A; 1I6A A; 5H8Q B; 5CM6 A; 3MVX A; 5IKB A; 4F3T A; 5H8N A; 2UVH A; 3PD8 A; 4G68 C; 2OWS A; 2Q9T A; 1JET A; 3CFL A; 3M3L A; 2A5T B; 4EQB A; 2AYS A; 1N7W A; 2Q89 A; 4W5T A; 5DEX A; 4F2Q A; 4GRK A; 4WED A; 1Z7N E; 3KEI A; 2O7U A; 1B4Z A; 3PPR A; 1BLF A; 2OJT A; 2HXW A; 4OZ9 A; 3K00 A; 3UA8 A; 1P1Q A; 3E4R A; 3HPI A; 1A8E A; 1B40 A; 2VHA A; 3PMV A; 3H7M A; 2QS4 A; 3VV5 A; 1POY 1; 3IR1 A; 4AB5 A; 3V5A A; 3WAF A; 4L17 A; 3O29 A; 3TPA A; 1YCJ A; 2BJJ X; 3SEX A; 5I58 B; 3MZ1 A; 4NED A; 2Y7K A; 1MM6 A; 2OZZ A; 1B9J A; 4GIZ A; 5TP9 A; 3PPP A; 1Y3Q A; 4XXU A; 3OMB A; 1OLC A; 5AA3 A; 2HAV A; 2DYX A; 3VVD A; 1Y9U A; 5FHO A; 1Q35 A; 3LUY A; 1MXZ A; 2ZYK A; 5FHM A; 5JTY B; 4NF5 A; 1IEJ A; 4GOT A; 2DE4 A; 2QS3 A; 1R4K A; 2V3Q A; 3S9L C; 1IIW A; 4DCX A; 4W5O A; 2GHB A; 3OOA A; 5DVI A; 5DTB A; 4PE5 B; 3N5L A; 4OFJ A; 2X7P A; 2NUV A; 4U4X A; 1AOV A; 4NF8 A; 3H03 A; 3PU5 A; 2XXR A; 1NH7 A; 3I6V A; 3D4C A; 3IJO B; 1B3G A; 3O6E X; 3W15 C; 3EPE A; 3OD7 A; 3DLN A; 2RCA A; 3CSB A; 4OEU A; 1POT A; 2ESN A; 1B2H A; 5HPQ A; 1AMF A; 1N0T A; 3PUY E; 1IXH A; 1RKM A; 1B1X A; 1N84 A; 3L6G A; 3QSL A; 4HW8 A; 2DWJ A; 1JEV A; 3K1P A; 4OWD A; 1N7X A; 5TPA B; 1MDQ A; 3T66 A; 5AA4 B; 5A5X B; 4F1V A; 4GXS B; 3H3G A; 3SKP A; 2THI A; 4ZEC A; 3FXQ A; 3RUM A; 1ELJ A; 4BDL A; 1SW2 A; 3CI8 A; 3M3F A; 1URS A; 2QMW A; 3MC2 A; 1DPE A; 2Q8J A; 5ELV A; 5BWJ A; 2GRV A; 2I0B A; 3FJ7 A; 4DXC A; 1BKA A; 2I4C A; 3KZG A; 4RPN A; 3K0V A; 3IL1 B; 2YJP A; 4ND9 A; 3F11 A; 3ZSF A; 4U4S A; 1AIV A; 4QRZ A; 4M4G A; 1VSO A; 3GBA A; 2QRY A; 1R9L A; 2RC9 A; 3LR1 A; 1TT1 A; 5ISU A; 4R72 A; 4JB7 A; 3R26 A; 4R74 A; 1QW0 A; 5ICT A; 1IXC A; 2XXI A; 3MP1 A; 4UA8 A; 3IB1 A; 3KJT A; 1OIB A; 3MZB A; 4KI0 E; 2CMO A; 3KG2 A; 1MQJ A; 1SYI A; 2XXW A; 4QFN A; 3EQ1 A; 3UN6 A; 2UVI A; 4KCD A; 3EHS A; 4H5G A; 4LON B; 1LBC A; 4QHQ A; 1SDX A; 2HCA A; 1DSN A; 3Q29 A; 4AB6 A; 4X9T A; 3SEW A; 4FAJ A; 1M5E A; 1DMB A; 4WEP A; 3MQ9 A; 3H6T A; 4IO7 A; 1UIV A; 5LOM A; 1VR5 A; 1IQ7 A; 4N6P A; 1H76 A; 4HCY A; 2AIX A; 1A40 A; 1B7H A; 2QL3 A; 4LZ7 A; 1WDN A; 1ZLQ A; 4IO3 A; 3UOR A; 4BDM A; 1CB6 A; 3RT6 B; 4NF6 A; 1N3W A; 3Q26 A; 3FVG A; 2XXY A; 3FV2 A; 3GXA A; 4G8N A; 3KFM A; 5ITO A; 1QKB A; 1MH4 A; 3Q25 A; 4G68 A; 2REG A; 1MPD A; 3HN0 A; 4NMY A; 2I6E A; 4ZZE A; 3DM0 A; 1NNF A; 4XTC Q; 1F9B A; 4TLL B; 2ZNU A; 3JZJ A; 4MLQ A; 4NF4 B; 1LAH E; 2DE2 A; 1BP5 A; 4H8J A; 4P0I A; 2L5D A; 2PVU A; 1OVB A; 3JV9 A; 5EHS A; 1GVC A; 4YAH X; 4NGC A; 5B7D A; 3P7I A; 1T2R A; 1I6B A; 3U8Q A; 2ANJ A; 3FZV A; 2OCU A; 3G7W A; 3U1O A; 4MF3 A; 1MPB A; 4OER A; 1MS7 A; 3MVW A; 4DE8 A; 1A99 A; 3TKD A; 5F7V A; 5FTI A; 3B7D A; 4LAT A; 4F1Y A; 1PB8 A; 1QVS A; 2OK2 A; 1EH3 A; 1NNK A; 3N6U A; 2FA7 A; 5KDT B; 4GVO A; 3LSL A; 1LBB A; 5I2K A; 5KI6 A; 2M8C A; 1AL3 A; 5B70 A; 4F31 B; 3S9M C; 5AA2 D; 2CZL A; 1NFT A; 3T9U A; 4F18 A; 5DEX B; 4BDO A; 2AL4 A; 1USY H; 3FIR A; 3QUF A; 1S7Y A; 4ZEK A; 4GL8 A; 3N6T A; 3H4Z A; 4DXB A; 2Z23 A; 4R6Y A; 1B3F A; 3V89 B; 2XX9 A; 3JYR A; 5IAI A; 3L6H A; 2ONK E; 5CBS A; 1FQE A; 4P0G A; 4O3B A; 3VVE A; 2F7A A; 4C0R A; 2Y84 A; 4R6H A; 1JW4 A; 4H0W A; 3KOS A; 4IY5 A; 2E0S A; 3USD A; 5F1Q A; 5TP9 B; 4G8H A; 4IO6 A; 4JWY A; 4BDR A; 3G3K A; 3FVO A; 3CVG A; 1DTG A; 3DP8 A; 3SET A; 2QVW A; 4G77 A; 3W9W A; 1LB9 A; 3O6I A; 4PQJ A; 2XXP A; 3K6X A; 1QUK A; 5J1D A; 4NF5 B; 3LSF B; 1B3L A; 5TU0 A; 1B0H A; 3O97 A; 3O9P A; 4QFK A; 1EU8 A; 5EHM A; 1Y3P A; 1SYH A; 1FW0 A; 2NOO A; 3ODB A; 5JEI A; 3LSW A; 2R9J A; 3PUX E; 4GXA A; 2O1L A; 4FIM A; 2REJ A; 5KDT A; 3VDF A; 1TXF A; 4NF8 B; 2NWJ A; 1PC3 A; 1FQB A; 1TWY A; 2I49 A; 1NNT A; 3RY3 A; 3C9H A; 3VXC A; 1RYX A; 1LFI A; 4JXI A; 3ONM A; 3K1N A; 4OHN A; 4IB2 A; 2QJE A; 3KSX A; 4ZDM A; 4K3F A; 2O1M A; 4FEC A; 1WVJ A; 1ZIU A; 2PYY A; 1B3E A; 1YTV A; 2OBG A; 1MRP A; 4P11 A; 2UYF A; 2F35 A; 2VP1 A; 1JEU A; 2OWT A; 2ZNS A; 3IB2 A; 4MBP A; 5KCJ B; 1D4N A; 4BDQ A; 4NWC A; 1O64 A; 2IEE A; 4R9F A; 3FGS A; 3O7V X; 4TOZ A; 2XXV A; 4GL0 A; 1J1N A; 1FCK A; 1LFH A; 3C34 A; 4H8I A; 3IOU A; 2P1S A; 3VFJ A; 2V25 A; 2Q2A A; 1R6Z A; 2B3F A; 2D3I A; 2I3W A; 4MFI A; 4NE4 A; 4H5F A; 5CBR A; 4NGF A; 4NH3 A; 2QS2 A; 2H98 A; 4RYA A; 2DVC A; 4N13 A; 4XKR A; 4U2R A; 1MM7 A; 1Y20 A; 5L9O A; 3T9H B; 2XD3 A; 2H99 A; 2Z22 A; 5I57 A; 1A8F A; 4PFT A; 4I1D A; 4FOR A; 3IX1 A; 4YMB A; 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