1R6ZA

The crystal structure of the argonaute2 paz domain (as a mbp fusion)
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAEFVDISHKSFPISMPMIEYLERFSLKAKINNTTNLDYSRRFLEPFLRGINVVYTPPQSFQSAPRVYRVNGLSRAPASSETFEHDGKKVTIASYFHSRNYPLKFPQLHCLNVGSSIKSILLPIELCSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the Argonaute2 PAZ domain reveals an RNA binding motif in RNAi effector complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chimera of Maltose-binding periplasmic protein and Argonaute
molecule tags Gene regulation
source organism Escherichia coli
total genus 147
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence P, Z
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.170.260.10 Mainly Beta Beta Complex paz domain paz domain 1r6zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r6zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r6zA01
5ICQA 1XVYA 5ISUA 2ZNSA 5FTHA 3TCHA 3O6EX 1QKBA 3LSXA 4GVOA 3MJNA 4Z4CA 3ZKLA 3ZS6A 1MQDA 5KDTB 1B7ZA 5HPQA 4ZEFA 3KFMA 1H45A 4Q0CA 3TCGA 3O7XA 4H67A 3RT6B 4NHAA 2D3IA 3OO9A 1MXUA 3R6UA 2FNCA 3TELA 3BKIB 2HZLA 5AA1A 1A8EA 2DWAA 1SI0A 2NVUB 4PFYA 1Z7NE 3TFLA 4MF3A 2X7QA 1TFAA 2I58A 4NGFA 4FECA 1SW2A 1FQDA 3FJGA 1IXGA 3QSLA 5FHMA 4EQ9A 3C34A 4O3AA 4PFWA 3TTMA 1B7UA 2V3QA 3FVGA 4ESXA 1MG1A 3OXNA 2QS3A 1BTJA 3K01A 3O6GA 1ZBMA 1USYH 1PDAA 5HM4B 2REGA 3PPOA 3RPWA 3GZGA 1Y4CA 2OK2A 3B6WA 5H8NA 3TKDA 3W9VA 1P1OA 2WKYA 4POWA 3MJ0A 3S9EA 4UACA 3EN3A 3QIRA 1ZIUA 3IAZA 4OFJA 5DT6A 3B6QA 1MPDA 3PUYE 2H25A 4NMYA 2PX1A 5H8QA 5I2KB 3IL1B 3K2DA 2I3WA 5LOMA 3H06B 3T96B 5CMKA 4PE5B 3KZGA 2LAOA 2Y7IA 3KJTA 3MQ9A 4ELPA 3G3JA 4H1XA 1UTHA 3RQTA 3SEXA 2F7CA 2QSXA 3RTFB 2V93A 4KFQA 5H8FA 5I58B 2QRYA 1DOTA 2RINA 4DCYA 2Z8DA 2O1LA 1SBPA 3TTNA 3MW0A 2YPNA 4X9TA 3FIRA 3S4UA 3W15C 3CVGA 4ZDMA 4C1UA 1OQHA 3C33A 2NUVA 5KCJA 3SEWA 3DM0A 1HSJA 3TQLA 2V3TA 1MRPA 3S9LC 3P7IA 4H0WA 2THIA 1Y20A 4QFPA 1QUJA 4OYVA 4YICA 3CFLA 1F9BA 3CFZA 3RTWB 2RKMA 4YKKA 1PBQA 3DP4A 1B1XA 2ZYOA 2HXWA 5F1QA 2ABHA 3FJ7A 3TTKA 3Q26A 4X1DA 3I6VA 3OD7A 3CRBA 3E13X 2YLNA 4DXBA 1PBPA 1SVXB 2RCAA 2FFLA 4E0WA 1B7HA 5AA2A 3QK6A 4OEUA 4JWYA 2V25A 1JVXA 3E9XA 3K00A 3Q27A 3VLWA 5EYFA 4FATA 1B0LA 3PGFA 4KCDA 1M5CA 4H8JA 1FTOA 1ZU0A 2F35A 3H6WA 3UA8A 4QSCA 1PB7A 4OEVA 4BDRA 5H8HA 4EXLA 3LC8A 1EZOA 4NF6A 2FYIA 4QSEA 4NWCA 1XC1A 3G3HA 4OERA 1MXWA 2KLFA 1JW5A 4NGCA 4NGBA 4OETA 3WAEA 4RPNA 2Q8JA 2X7PA 3W9WA 3KEIA 1LB8A 2PT2A 4ZEDA 5EHSA 3EPEA 1SYHA 4QFNA 4G4PA 3EF7A 2DVCA 4F2QA 3OO8A 2PMSA 2F36A 3M3LA 3VFJA 2ZMBA 2PYYA 3UK4A 2D21A 3RLFE 3IR1A 2DE2A 4XXUA 4QRZA 4OZ9A 3UP9A 2P0SA 2M8CA 2ZXTA 2RC8A 1OMPA 3GBAA 3D4CA 1IXIA 3G3IA 2H9BA 3KN8A 3RY3A 1VR5A 4DE8A 1I6QA 1GTKA 1NL5A 3TMGA 2ZNUA 5CRYA 3KBRA 5CMCA 1EZPA 3FJMA 3MPKA 2DE4A 4NWDA 3L6GA 2Q2CA 3TODA 3HV1A 2ZNTA 3I3VA 3WAFA 4F22A 4ELOA 2GRVA 2O84X 4OMBA 3SESA 1FTJA 3KSJA 3K4UA 4DLDA 3AXFA 2DYXA 3S9MC 4KYDA 3M8UA 2PT1A 4GOTA 3IB2A 3VLVA 2Y7KA 4PFUA 3QYTA 4N6PA 3BFTA 3PMVA 1EU8A 2Y7PA 3OO7A 1ZKBA 2XX7A 2HAVA 5L8DA 1URGA 3T9UA 3JYRA 4THIA 2DS9A 5FHOA 4R9GA 1B5HA 4EQBA 1B9JA 1R6ZA 2I0BA 5CC2A 4RA1A 3GLBA 2OZZA 1DPEA 2ALUA 1O63A 2XHDA 2IA4A 5TU0A 4ND9A 1FCKA 2UVJA 1XS5A 4I8CA 4O3BA 4TLMB 5JS1A 4LONB 4F31B 3T9VA 1ZLQA 3T9HB 3IORA 1H76A 5A5XA 4Z0IA 1T2RA 3OSQA 3TTLA 3K1MA 3C32A 2O6AA 1S9TA 3HO7A 1B3HA 3PV0E 5JTYB 4G8MA 4DXCA 2F5XA 4AQ4A 3BFUA 4JWOA 3R26A 3MC2A 4Z4EA 3K0VA 3C35A 5H8NB 5I57A 4OXVA 1A7LA 2DWJA 3HSTA 4QSDA 1YCJA 2GH9A 1Q35A 1JEUA 3EHTA 3CR9A 4ZEBA 4F3GA 2UYEA 3OMBA 2QMXA 4QF9A 4OFLA 2I3VA 3E3KA 3KGCA 4GIZA 3E4RA 1UIUA 3TEPA 4RJZA 2A5TA 3N94A 1TWYA 4NGGA 1NMUA 4DDDA 3Q29A 3H6VA 2GHBA 2PBWA 4LQ5A 4Z4HA 4P11A 3CG3A 3CSGA 2UVHA 1URDA 2GHAA 3O97A 3DELB 1IZ1A 4FIMA 3PUXE 1SI2A 2R9JA 1IUDA 1MQIA 2W7YA 3FD3A 3S9NC 1D3KA 1JQFA 4OTEA 2B3BA 2HEUA 5DVFA 2XXVA 5H8FB 1FTMA 3K1NA 3FV2A 3CG1A 5FTIA 5AA4A 2P2AA 2AL5A 5DYHA 1B46A 4KRFA 2PVUA 5M2VA 1Y4TA 3T93B 5BWJA 4FAJA 5KCJB 4QFOA 3MVXA 2X26A 2F8DA 2XX8A 1A99A 2QS2A 2V84A 4YMBA 4M1VA 4F18A 5CMBA 2DSFA 4RK2A 4HW8A 1IITA 4QFLA 1YTVA 4IGTA 4LZ7A 4BDQA 1AH5A 5T7BA 4HCYA 4GRKA 1LB9A 1US4A 1R9QA 2ONRA 5IAIA 4R9FA 2V3UA 4IGRA 4IO7A 4R6HA 4F3TA 1R1NA 1B4HA 3O29A 2XXUA 3Q25A 2VD3A 1SW4A 2Q9TA 3O66A 4I1DA 3FVKA 1QUKA 2YJPA 2E0SA 4U1ZA 2D5WA 3QAXA 4Z4IA 4NF8A 1YAEA 2L5CA 3MZBA 4LATA 3VXBA 4YB5A 2B3FA 1MY1A 3C4MA 3ZSFA 4ONYA 4W5RA 5B7DA 3V83A 4IO3A 2FA7A 3OEKA 4IY6A 1MH3A 4NF6B 1SQYA 1VSOA 4GWOA 4GLIA 2F6PA 1MQGA 1B05A 2AIXA 3HHGA 3IK6B 3RUMA 4XKRA 1Y9UA 1FW0A 4EXKA 4LUBA 3K6UA 1R4KA 1LAGE 1JEVA 1WDNA 4XKQA 4POXA 2H99A 3O6HA 1XHYA 3R7XA 1NH8A 4U21A 1Y3NA 3RN8A 3SERA 1B3GA 4JB7A 2OBGA 1BKAA 4IO2A 2XXIA 1AMFA 1B52A 1FQBA 2Y84A 1NFTA 1MXVA 1B51A 1S50A 1H43A 1N84A 1JETA 2Q88A 1LGBC 2DP8A 3QUFA 3VVDA 4Q8RA 4KYEA 5ICTA 5KDTA 2HZKA 3MBPA 3O28A 4LP2B 1LAXA 1Y1MA 3A3CA 4DIGA 4BDOA 1OLAA 4ZECA 4KREA 1A40A 1SYIA 5I56B 4H65A 1UIVA 4YB6A 3CI8A 3MVWA 3DLNA 4YKJA 1OVBA 1B0HA 2OCUA 2OWTA 3TUSA 5AA2D 3IOVA 4I9DA 4IO6A 2XXHA 1Y3PA 1RKMA 3ONMA 5L9SA 5ITOA 4FEBA 3EHSA 1MY2A 1N76A 4G77A 3H6UA 5ELVA 1I6AA 1A54A 5KI6A 3FVNA 3QXMA 4Q30B 4U22A 4IO4A 2OWSA 4GF8A 3O3IX 4OFOA 4PETA 3U94A 4H5FA 4F39A 1FQAA 4G8HA 2ANJA 3RNNA 2H5YA 3B6TA 4GL8A 2ONKE 2DXYA 4GQOA 1VE4A 1YPNA 1II5A 3KOTA 4C0RA 4GL0A 1IXCA 1Y3QA 3U8QA 2XFMA 4ZS9A 2ESNA 3TYHA 3CIJA 3KN3A 4ZZAA 4YB7A 4ZEKA 4NH3A 1QW0A 1H3DA 1SW1A 4ZE8A 3IJOB 4DCXA 1TXFA 4PQJA 5DEXB 2VP1A 2OJTA 4MLVA 1MY4A 1OVTA 2O51A 1LBBA 3PMXA 4H8IA 5JEIA 1MXYA 4TLLB 3UORA 3VVEA 4JBZA 3FV1A 1MPCA 1MM7A 1HSEA 3IJXB 1FQCA 4G68A 2XXYA 3K6XA 1B3EA 2A5TB 1LSTA 5TP9A 1POY1 2DOJA 1USYE 3IOUA 2NXOA 1B4ZA 1B2HA 4KR5A 3T9XB 1LCTA 1GR2A 4EF2A 4QHQA 2HQ0A 2XXRA 4U1OA 3H03A 4N07A 3PPQA 1ELJA 3LSWA 4RNSA 2DE3A 1BLFA 2O7UA 1VFDA 3KOSA 1B58A 4RYAA 3PPRA 4NGDA 5IKBA 5AA4B 4R6KA 2RCBA 2RF1A 1RYXA 2O69A 4KQPA 1EH3A 1POTA 2QS4A 1B1HA 4RXLA 2O68A 4Z7EA 4JWXA 3K6VA 2Z8EA 4R2BA 3U93A 1TFDA 2G29A 1R9LA 1JNFA 1UQWA 2UVIA 4XTCQ 2RC7A 2Q89A 5HBCA 5TPAA 1PB8A 1MXZA 3MP8A 3MZ1A 4MH5A 3UIFA 4LQ2A 1TT1A 3CFXA 3U72A 2VOZA 3EQ1A 1CE2A 1Y1ZA 5CM6A 3VVFA 1VYNA 5BUUA 1MH4A 4U4XA 2QPQA 1D9VA 2P1SA 3Q28A 1OLCA 1MDQA 4NF8B 3VE1B 1O64A 1JW1A 4W5TA 4TQUQ 3M3KA 3K6WA 4R73A 4C1TA 4FJPA 3H3GA 2H4IA 3EHUA 2NOOA 2CMOA 5B70A 1P1UA 1DPPA 4HTGA 4NH6A 2Z23A 3JZJA 5H8QB 3LSFB 3PPNA 2UYFA 3HCQA 4YZZA 1A8FA 4YKPA 3MAMA 4Q5TA 4BDMA 3FVOA 1GVCA 4W5QA 1LFGA 1N7WA 4KCCA 1N7XA 1NNTA 3MVYA 5I2NA 4LVQA 3PU5A 2OLBA 4NF5A 1UTHB 3HPIA 4MLQA 1ZTYA 3KJ7A 1M5EA 4OENA 4OHNA 4XKPA 1B5JA 2REJA 1JW4A 4U23A 5DVJA 2XD2A 2G93A 4P0IA 2XXQA 3QIMA 2ZYNA 4ELQA 4M4GA 3USDA 3HN0A 3KN7A 3LBSA 3PD8A 1URSA 4WEPA 3OOAA 4O3CA 3VV5A 1T2SA 1NNPA 2NWJA 5I59A 3LUYA 3B7DA 4IY5A 2AYSA 3SEUA 3T66A 1D9YA 3H4ZA 1P1NA 5I84A 1N04A 3H7MA 5AA2B 2I4BA 4EF1A 3C31A 2Y7WA 2ONSA 2Z8FA 4XIGQ 3ZKKA 1IIWA 2QS1A 2BJJX 3F11A 5J1DA 3FUZA 1IEJA 3K1PA 4DZ1A 1JVYA 5DTBA 4EDPA 4F2OA 1IXHA 1I6BA 4NF4A 5JTYA 5H8HB 3VDFA 5JK4A 2I48A 4JDFA 2HFBA 3ODBA 4LZ5A 4FE8A 1MY0A 4ZEIA 4HCWA 4OVJA 1BP5A 4I62A 3GXAA 2F78A 3FXQA 1DTZA 1LBCA 4NE4A 1SW5A 4R75A 2VHAA 4YMAA 4OQOA 4F3SA 1LAFE 4RPOA 3SEYA 4R6YA 3QUJA 4F1UA 4P0GA 4DXUA 3TDJA 3ECRA 2VD2A 4AB5A 3IOWA 1QUIA 1PEBA 3MZ9A 1B32A 5F7VA 1UTBA 4LZ8A 1N3WA 2XD3A 1QJMA 3CSBA 4GFRA 3PD9A 1P1QA 1CB6A 4BDLA 5L9MA 1B5IA 2DWHA 4Z4FA 3TTRA 1RYOA 2I6EA 3MWBA 2O1MA 4MBPA 1IQ7A 3C36A 3MUQA 3L6HA 3OSRA 4JSOA 4GXSB 3O9PA 3O2AA 3PUVE 4L17A 3UN6A 5AA3A 5KZTA 3FXRA 3FXUA 3T22A 3IB1A 4X48A 4G68B 1MXXA 5TP9B 3JV9A 5CBRA 4R72A 2I0CA 2ZYMA 3IOTA 4QFKA 1ZJLA 3FGSA 3A09A 4JXIA 5K2XA 2Y7RA 2Z22A 1EZ9A 3M3FA 3O7VX 1SDXA 1N3XA 1XT8A 2A5SA 3V5AA 4RK9A 4LA9A 1MM6A 3MP6A 2ZYKA 3PUWE 2UXAA 1PB9A 1OIBA 1AOVA 1US5A 3FZVA 3D4GA 2GFEA 1MY3A 4ISUA 3G3FA 1VFEA 1AIVA 4F3BA 3TCFA 2XXXA 4ESWA 3OENA 3I5OA 3K02A 4WEDA 3UGWA 3N6TA 1J1NA 4AB6A 3MVZA 1B3LA 2XXTA 1GGGA 3TPAA 2AL4A 2F7BA 1B40A 4G68C 4R2FA 1A55A 4YAHX 5L9OA 5TPAB 3V89B 3G3KA 5A5XB 4EUOA 3SKPA 4JSDA 4OLAA 1MDP1 3FATA 3ILTB 4MFIA 4F29A 1B6HA 2I49A 5I2KA 3G3GA 1M5DA 1N0TA 5CI5A 1LFIA 4GXAA 2QJEA 3LSLA 4F3PA 4IB2A 4W5NA 1NNFA 3THIA 3O6IA 2I4CA 1SI3A 1M5FA 1LCFA 1FQFA 4NEDA 5CBSA 2HAUA 3U1OA 2E1SA 2QMWA 5I57B 3G7WA 4FORA 3IO6A 4ZZEA 4ECFA 4FEDA 3RT8A 3LR1A 4KI0E 3SEVA 5CMMA 2XXPA 3DP6A 5AE4A 5I58A 1QKAA 3HHFA 1ATGA 1FTKA 1M5BA 5FHNA 4ZE9A 2O7IA 4WKMA 4OWDA 2CZLA 3PUZE 3ILUB 3KG2A 4UA8A 3TZAA 1B3FA 5I2NB 3S2VA 2F6GA 3N6UA 1Q1KA 4BLAA 2Q2AA 4NF5B 1GV8A 4U4SA 1SI1A 1PC3A 1MQJA 3RGYA 4U2RA 3SDFA 3V8XB 5I56A 1Z7ME 2UVGA 1XVXA 2QVWA 3FASA 1LAHE 3MP1A 1D4NA 3DP8A 2F97A 1I69A 4G8NA 1T0KA 4X1BA 3SETA 4KYSA 4N13A 1LFHA 4NTLA 3IX1A 2R6GE 5DVIA 2VGQA 4F1VA 1LLSA 5I59B 1QULA 3OELA 3PMWA 3N26A 1DTGA 1DMBA 4F1YA 1P99A 4Z4GA 3TQWA 4BDNA 1HSLA 3KSXA 1P1WA 2DVZA 3OEMA 4OESA 1FTLA 5JS2A 1MS7A 1DSNA 4GD5A 4OLBA 2DQVA 1L5TA 1NKXA 3H6TA 5ITPA 4F19A 4EQ7A 2RC9A 4G2ZA 5K2YA 2HCAA 3GBBA 1QVSA 4PFTA 5H8SA 2DXRA 4HS7A 4W5OA 4PP0A 3VLUA 4H6DA 1XOCA 2QL3A 4NF4B 4KHZE 3A3UA 3TAJA 2DWIA 4YKIA 4NH5A 4H5GA 3OO6A 4XKNA 2XX9A 1MPBA 1H44A 2H98A 3VXCA 2F34A 3N5LA 1NNKA 4KD5A 5DEXA 3PPPA 3MPLA 3U92A 2L5DA 3C9HA 2F7AA 4E0XA 1S7YA 1NH7A 2XXWA 5EHMA 1ZMGA 3IO4A 1BIYA 1MQHA 4RY1A 1O7TA 1AL3A 2IEEA 4R74A 1ANFA 4YU0A 4WXJA 4IO5A 3IB0A 3BBRA 1UTBB 1WVJA 1KWHA 1FQEA 4K3FA 4KPTA 2R71A 4TOZA 1SD3A 1WODA 4ELRA 2B65A 1OQGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ICQA 2QFLA 1XVYA 3F73A 5ISUA 2ZNSA 5FTHA 3TCHA 3O6EX 1QKBA 3LSXA 4GVOA 3MJNA 4Z4CA 3ZKLA 1K9ZA 3ZS6A 1MQDA 5KDTB 1B7ZA 5HPQA 4ZEFA 3T1BA 2BJIA 3KFMA 1H45A 4Q0CA 3A29A 2CZIA 4XEQA 3TCGA 3O7XA 4H67A 3RT6B 4NHAA 2ZZWA 2D3IA 3BIGA 3OO9A 1MXUA 3R6UA 2FNCA 3TELA 3BKIB 2HZLA 4PDDA 5AA1A 1FJ9A 1A8EA 2DWAA 1SI0A 2NVUB 4PFYA 4NGUA 1Z7NE 3TFLA 4MEVA 1RDYA 4MF3A 2X7QA 1TFAA 2I58A 4NGFA 3CHGA 3NOHA 4FECA 1SW2A 2FIXA 1FQDA 3FJGA 1IXGA 3QSLA 5FHMA 4EQ9A 3C34A 4O3AA 4PFWA 3TTMA 1B7UA 3FXBA 2V3QA 4AS4A 3FVGA 4ESXA 1G0IA 1MG1A 2FIEA 3OXNA 2QS3A 1FPDA 1BTJA 2ZZXA 3K01A 3O6GA 1ZBMA 2HHMA 1USYH 1PDAA 4MHFA 5HM4B 2REGA 5IZ1A 1DCUA 3PPOA 3RPWA 3GZGA 1Y4CA 2OK2A 3B6WA 5H8NA 3TKDA 3W9VA 1P1OA 2WKYA 4POWA 3MJ0A 3S9EA 4UACA 5EQ9A 3EN3A 3QIRA 1ZIUA 2QVUA 3IAZA 4OFJA 5DT6A 3B6QA 1MPDA 3PUYE 2H25A 4NMYA 2PX1A 5H8QA 1NV1A 5I2KB 3IL1B 3LUZA 3K2DA 1FPLA 2I3WA 2CZKA 1KZ8A 5LOMA 3H06B 3T96B 5CMKA 4PE5B 3KZGA 2DDKA 2LAOA 2Y7IA 5LTCA 3KJTA 3MQ9A 1NUZA 4ELPA 3G3JA 4H1XA 2VPOA 1UTHA 3RQTA 3SEXA 2F7CA 4PF8A 2QSXA 3RTFB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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