The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
305
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structure length |
304
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Chain Sequence |
SKAFIDVSAATLWTAPDSLRPIDVPSATNPVDLWKWTKSMTLDEKLWLTNANKLETQALLGQEVTVVDKKGDWVKVLVHGQPTPRNEEGYPGWMPEKQLTYNQEFADKTNEPFVLVTKPTAILYINPSEKHKSLEVSYNTRLPLLSEDTISYRVLLPNGQKAWLRKNDGTFYRSQNDIPTPAADDLINTGKMFLGLPYIWAGTSGFGFDSGFTHTIYKSHGITIPRDSGPQSRNGVAVDKEHLQKGDLIFFAHDQGKGSVHHVAMYIGDGNMIHSPRAERSVEIIPLNTPGYIEEYAGARRYLPE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the gamma-D-glutamyl-L-diamino acid endopeptidase YkfC from Bacillus cereus in complex with L-Ala-[gamma]-D-Glu: insights into substrate recognition by NlpC/P60 cysteine peptidases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NLP/P60 family protein
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Bacillus cereus atcc 10987
|
| total genus |
85
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| structure length |
304
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| sequence length |
305
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| ec nomenclature |
ec
3.4.14.13: Gamma-D-glutamyl-L-lysine dipeptidyl-peptidase. |
| pdb deposition date | 2009-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00877 | NLPC_P60 | NlpC/P60 family |
| A | PF18348 | SH3_16 | Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) | endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BBZ A; 2D8J A; 5FW9 A; 1T0J A; 1UFF A; 1M30 A; 1AWO A; 4JPB W; 1CKB A; 1RI9 A; 1Y57 A; 3H0I A; 2F2W A; 2LQW A; 3QWY A; 2G6F X; 2C0O A; 3LH5 A; 4GLM A; 3RNJ A; 2V1R A; 2LJ3 A; 2LP5 A; 2EKH A; 2EW3 A; 1YP5 A; 2D0N A; 3ZL7 C; 5I11 A; 2HDA A; 2DX1 A; 4FGE A; 4QT7 A; 4HPE A; 2JMA A; 2EYY A; 2L3Q A; 2LZ6 B; 2LNH B; 1M27 C; 4RTY A; 4EOB A; 1TUD A; 2K3B A; 2DL7 A; 1PNJ A; 2JM8 A; 4A63 B; 3GBQ A; 2DJQ A; 2ROL A; 1SRL A; 4JXB A; 1QWF A; 2KE9 A; 5IXB A; 2J7I A; 4EIK A; 1UGV A; 2LCS A; 3VS2 A; 2B86 A; 2JS0 A; 2CH4 W; 4F14 A; 3S0Q A; 4FGD A; 1W1F A; 2ED0 A; 4HVV A; 4AFQ C; 3VPI A; 1KJW A; 1OPL A; 1SHF A; 1UTI A; 1ZX6 A; 2P4R A; 4CC4 B; 3NGP A; 1UUE A; 2OI3 A; 2DRM A; 2EGA A; 2F2X A; 5IHK A; 4RTX A; 1N5Z A; 1AWX A; 2EQI A; 2RN8 A; 2NWM A; 2DA9 A; 2IO8 A; 1VYU A; 4DEX A; 1HJD A; 2AKL A; 4HVW A; 2EVR A; 1TG0 A; 3R6N A; 3M0U A; 2KRS A; 4IIO A; 3M1U A; 2PNI A; 3IQL A; 3VS0 A; 3VS4 A; 1EFN A; 1AZE A; 1Z9Q A; 1PKS A; 2GBQ A; 4IIM A; 5GJW B; 4LN2 A; 1OPK A; 1IO6 A; 3PBC A; 2KRM A; 3VRZ A; 3VS5 A; 2KXC A; 1W70 A; 4E6R A; 1KIK A; 2DM1 A; 1X2K A; 2M0Y A; 2NUZ A; 4D8D A; 1A0N B; 2K79 A; 1KSW A; 1RLQ C; 1WI7 A; 2EYZ A; 2CH4 A; 2L0A A; 2O9V A; 1SEM A; 2YUQ A; 2GGR A; 2AZS A; 1UHF A; 1GFD A; 1I07 A; 1K4U S; 2E5K A; 2HBW A; 3I35 A; 1YN8 A; 2LJ0 A; 1K9A A; 1K0X A; 1M3A A; 1WXU A; 3KFV A; 3PE0 A; 3UA6 A; 4J9I A; 4CC7 A; 1H92 A; 1ZLM A; 3M0T A; 2OJ2 A; 2KEA A; 4CGK A; 1QCF A; 1H3H A; 4Q4T A; 2CUB A; 1X27 A; 1BU1 A; 3VRY A; 2DL8 A; 2VWF A; 4HZB A; 3NPF A; 1AWJ A; 1GCP A; 1OV3 A; 3VS3 A; 2DYB A; 2FRY A; 1CSK A; 1PHT A; 2CRE A; 3TVT A; 2CSI A; 1I1J A; 2AKK A; 4FSS A; 2EYX A; 1JEG A; 2DBM A; 1FYN A; 2MIO A; 1BK2 A; 4AFU C; 3NHN A; 1T3L A; 3VS1 A; 1X43 A; 2KT1 A; 1NLO C; 1UE9 A; 1ZUY A; 1JO8 A; 1UG1 A; 5FWC A; 3SEM A; 2RMO A; 3M0S A; 2C0I A; 1NEB A; 1M3B A; 2CT3 A; 1WXB A; 1GFC A; 2D8H A; 2CT4 A; 2AK5 A; 4F0V A; 1GL5 A; 2DLP A; 2BZX A; 2GTJ A; 1GCQ C; 1T3S A; 2GQI A; 2K2M A; 5L23 A; 1WIE A; 4HXJ A; 3UA7 A; 2FPF A; 4DEY A; 2KXD A; 2L3S A; 3A98 A; 4J9E A; 3O5Z A; 4OMN A; 2A37 A; 1UEC A; 1OOT A; 2RNA A; 2C0T A; 3O98 A; 2EPD A; 1YWP A; 3NE0 A; 3SHW A; 1CKA A; 2DVJ A; 4J9H A; 1U06 A; 1QKX A; 4FGI A; 2J6O A; 3M0R A; 3H0F A; 2VKN A; 1AEY A; 2K3A A; 2XIV A; 3H0H A; 4GBQ A; 2KRN A; 2JM9 A; 3UAT A; 2HEQ A; 1U3O A; 3GT2 A; 2IOB A; 1NYG A; 2VPS A; 1JXM A; 1X6B A; 5HCK A; 4OML A; 2JW4 A; 2FPE A; 4RUG A; 2BZ8 A; 2IO7 A; 2ESW A; 1E6H A; 4OMO A; 1GBQ A; 2K7A A; 2YDL A; 2KR3 A; 2PZ1 A; 1QLY A; 2DL3 A; 1B07 A; 2KBT A; 2ABL A; 1YCS B; 4HVU A; 1PKT A; 2DF6 A; 1UDL A; 2O2O A; 1WLP B; 1NEG A; 4AG1 C; 3KW0 A; 3ULR B; 2MCN A; 2KYM A; 2DE0 X; 3M0Q A; 4AG2 C; 1AVZ C; 2ENM A; 1VYT A; 2A08 A; 1E7O A; 4F16 A; 1FMK A; 1E6G A; 2VOB A; 4CSH A; 5IH2 A; 1PWT A; 2KGT A; 2YUP A; 4LUD A; 3EGU A; 1WDX A; 1M8M A; 4RTW A; 1ABO A; 4X1V A; 4M4Z A; 2SRC A; 1WA7 A; 1W6X A; 1VA7 A; 1RLP C; 5IHN A; 1ABQ A; 4CT3 A; 3REB B; 1T0H A; 4JJC A; 2EYW A; 3RBB B; 1WYX A; 1ZUU A; 2DL4 A; 2YUO A; 4FDY A; 1AZG B; 2KRO A; 4J9D A; 5I22 A; 4EQA A; 2HSP A; 4Z8A A; 1Y0M A; 3PBI A; 1X6G A; 3EG3 A; 1GCQ A; 1G83 A; 1SPK A; 1JXO A; 4ESR A; 2RQT A; 2W0Z A; 2DL5 A; 2FEI A; 4OMQ A; 2AZV A; 4RTZ A; 4AFS C; 3A30 A; 2PTK A; 1AOJ A; 2ROT A; 3UF4 A; 3H41 A; 2EBP A; 4RTT A; 3EG2 A; 4HCK A; 4OLK A; 2FG0 A; 4F4M A; 1KFZ A; 4FQA A; 2J6F A; 2O88 A; 2IO9 A; 3FJ5 A; 3QWX X; 1BB9 A; 2RF0 A; 4Q4N A; 2LJ1 A; 2J06 A; 2GNC A; 1GRI A; 1SHG A; 4AFZ C; 3PVL A; 1G2B A; 2LQN A; 1YWO A; 1X69 A; 1U5S A; 2D1X A; 1MUZ A; 4J9G A; 3EG1 A; 2GTO A; 1H8K A; 4JJB A; 1NYF A; 1PRM C; 2J6K A; 2K1G A; 2O31 A; 2DNU A; 4KRT A; 2X3W D; 2K9G A; 2K6D A; 2JT4 A; 4Q4G X; 2EGC A; 1AWW A; 1RUW A; 2QDL A; 2MOX A; 2F2V A; 2FPD A; 3U23 A; 2LX7 A; 2CUD A; 1NLP C; 1UHC A; 1WXT A; 2FO0 A; 3VPJ A; 3TSW A; 2BZY A; 2L3P A; 3JV3 A; 3A2Z A; 4WCI A; 2LMJ A; 1M3C A; 2RQV A; 2YUN A; 4J9B A; 1ZBJ A; 4HZ9 A; 1HSQ A; 2RQR A; 2VVK A; 3NMZ C; 1ZUK A; 1B3Q A; 3C0C A; 4ORZ A; 2HCK A; 4Z88 A; 3PVQ A; 1LCK A; 1PRL C; 2DIL A; 2DMO A; 2YT6 A; 2W10 A; 1QKW A; 2A36 A; 1TUC A; 1WFW A; 2H8H A; 3VS7 A; 4JZ3 A; 4JZ4 A; 1MV0 B; 2RQU A; 2SEM A; 3I86 A; 4RTV A; 4OMP A; 2JMC A; 2XMF A; 4RTU A; 1JQQ A; 3A2Y A; 2JTE A; 2VPM A; 1NM7 A; 3I5S A; 1WX6 A; 3CQT A; 4J9F A; 1K76 A; 1ARK A; 3EHR A; 3TSZ A; 2O9S A; 5IHI A; 3EG0 A; 2M51 A; 1K0S A; 2IOA A; 2JXB A; 4LUE A; 2BTT A; 1AD5 A; 4FQB A; 3M0P A; 2I0N A; 1S1N A; 4LNP A; 1X2Q A; 2A28 A; 2KNB B; 2KYB A; 2L2P A; 5EC7 A; 2V1Q A; 4ZNX A; 2RPN A; 2JS2 A; 1K1Z A; 4J9C A; 1SSH A; 3I5R A; 1UJ0 A; 4EQ8 A; 5ECA A; 1Z9Z A; 2KT8 A; 2ED1 A; 4LJ1 A; 1VYV A; 5FWB A; 1J3T A; 4CC3 A; 1SRM A; 4K11 A; 4D8K A; 2YSQ A; 4F17 A; 5GJV B; 2X3X D; 1XOV A; 4OMM A; 3REA B; 4F0W A; 4CC2 A; 3EHQ A; 5IXF A; 1GBR A; 4R0K A; 2DRK A; 2CDT A; 3VS6 A; 2EGE A; 1V1C A; 1HD3 A; 2IIM A; 1YNZ A; 2RQW A; 1OEB A; 3THK A; 1I0C A; 2ECZ A; 3I9Q A; 2DBK A; 1JU5 C; 1UJY A; 4LE9 A; 1NG2 A; 1QWE A; 2IF6 A; 2CSQ A; 2OAW A; 4JJD A; 2FRW A; 4Y92 A; 1ZSG A; 2J05 A; 1MV3 A; 4Z89 A; 2LRJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1D3B A; 2K3Y A; 1VQM A; 1IGU A; 4JPB W; 5C0M A; 3FRN A; 4C92 C; 2NYS A; 2LQW A; 4R55 A; 1M1K R; 4M75 G; 4DBQ A; 3DLL A; 5GMK j; 1YP5 A; 5CKB A; 5I11 A; 2VGN A; 1OYX A; 2HDA A; 2P4T A; 3JSC A; 4QT7 A; 3CCV T; 1Y07 A; 1QW1 A; 2L3Q A; 1W4S A; 3LW5 E; 4FYY B; 3DB3 A; 4RTY A; 1VQ4 T; 1TUD A; 4C0G A; 2K3B A; 3V8J A; 5KYU A; 1YJ9 Q; 2JM8 A; 3CPW A; 3PNW C; 3OS5 A; 2GFU A; 2ROL A; 4M77 F; 2LNV A; 4Z02 A; 3J81 E; 5KYY B; 2V8J A; 4EIK A; 2LCS A; 1KD1 C; 1KG1 A; 2B86 A; 4M7D C; 2CH4 W; 4C8Q F; 4FGD A; 3QXE B; 4WTO B; 3I55 Q; 2BKD N; 3VYH B; 3RKY A; 1VQL A; 2HQX A; 1ZX6 A; 2OI3 A; 2EGA A; 2EFI A; 2X35 A; 3N5B B; 1VQ6 T; 2RN8 A; 4ZGD B; 2NWM A; 2DA9 A; 4E2F B; 4LDW A; 3AT1 B; 1HJD A; 2LC4 A; 3R6N A; 2JUF A; 5FU6 C; 1BYM A; 1M1F A; 4IIO A; 2BE9 B; 1VQN A; 2RK1 A; 1PKS A; 5GJW B; 4LN2 A; 1OQK A; 1QVG P; 3JCM Q; 4BAC A; 2O4X B; 3CCQ Q; 1IO6 A; 3PBC A; 3VRZ A; 3VS5 A; 4IUQ A; 5LL6 S; 2CS7 A; 2M0Y A; 4QQG A; 4GLK A; 3JB9 J; 4A4F A; 3M55 A; 4HCC A; 5AYF A; 2E1H A; 1VQ9 A; 1C0M A; 3RER A; 2PUK B; 1KHI A; 1I07 A; 2ATC B; 4XTZ A; 3E2U A; 3LGF A; 2LJ0 A; 2E65 A; 2QYZ A; 1M3A A; 2EWN A; 2X4W A; 5FRM A; 3UA6 A; 1H92 A; 2XK0 A; 3A8M B; 3TRE A; 1WZO A; 2KEA A; 4CGK A; 3EGX B; 3CCL Q; 1H3H A; 1UGQ B; 2DJZ A; 4RG2 A; 4C0D B; 2CUB A; 3H9N A; 1X27 A; 3OMC A; 4HZB A; 5CO7 A; 2OTJ T; 3VS3 A; 2K4Y A; 3CPW P; 1PHT A; 3L2Z A; 1TU0 B; 3OYI A; 2CSI A; 1I1J A; 2WSF E; 4FSS A; 2QQS A; 4OGE A; 2DBM A; 5GMK l; 1NBE B; 1BK2 A; 2MIO A; 3NHN A; 1T3L A; 4MZP A; 4AMC A; 1NLO C; 3CMA T; 2OAU A; 1JJ2 P; 1JO8 A; 1UG1 A; 5CKE A; 5FWC A; 2VXE A; 5D6W A; 1NEB A; 2X4Y A; 1YIJ A; 2D8H A; 4ZGJ B; 1BI1 A; 2CT4 A; 2AK5 A; 2RB6 A; 2LCL A; 3AHU A; 3MEA A; 2K57 A; 4E7J A; 4JRI A; 1VQM T; 2GTJ A; 2GQI A; 3VJP A; 1QCO A; 1WIE A; 4HXJ A; 2LVM A; 2MI6 A; 4DEY A; 2ZPI B; 1QP3 A; 1UEB A; 5GAN f; 1WGS A; 4OGC A; 2EQK A; 3NE0 A; 3EAE A; 1CKA A; 1NE8 A; 1VQ8 Q; 4PJO C; 4ME7 A; 1IGQ A; 2XU8 A; 3BDU A; 4J9H A; 4FGI A; 2K3A A; 3MP1 A; 2XIV A; 2WAC A; 3OMG A; 2JM9 A; 3UAT A; 3I56 A; 1PM3 A; 4NOY A; 2CZ7 B; 1JXM A; 3GLX A; 1VQP A; 3DB4 A; 2NUP B; 2D9T A; 2B8A A; 3JB9 G; 5GAN e; 2K7A A; 1TSF A; 3CC4 Q; 3M53 A; 2OX7 A; 1QLY A; 1ZSZ C; 4M75 C; 3LLR A; 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