2ZFYA

Crystal structure of human otubain 1
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
227
structure length
226
Chain Sequence
NPLVSERLELSVLYKEYAEDDNIYQQKIKDLHKKYSYIRKTRPDGNCFYRAFGFSHLEALLDDSKELQRFKAVSAKSKEDLVSQGFTEFTIEDFHNTFMDLIEQVEKQTSVADLLASFNDQSTSDYLVVYLRLLTSGYLQRESKFFEHFIEGGRTVKEFCQQEVEPMCKESDHIHIIALAQALSVSIQVEYMDGEGGTTNPHIFPEGSEPKVYLLYRPGHYDILYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis and specificity of human otubain 1-mediated deubiquitination.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Ubiquitin thioesterase OTUB1
total genus 90
structure length 226
sequence length 227
ec nomenclature ec 3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1.
pdb deposition date 2008-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10275 Peptidase_C65 Peptidase C65 Otubain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1300.20 Mainly Alpha Up-down Bundle 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 2zfyA02
3.30.200.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2zfyA01
4FJVA 3VONA 4DHIB 1TFFA 4DDGA 4LDTA 2ZFYA 4DHJA 4DDIA 4I6LA 4DHZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GFMA 1H4LA 2JKKA 3WF7A 4M8TA 4GG5A 1IEPA 3BHYA 2UW7A 3QC9A 4FNWA 3W10A 3Q52A 4YHFA 2HW6A 3VUIA 5IEXA 3OW3A 4QYGA 5CYIA 3UDSA 5AP7A 3RK9A 3W2OA 4AW5A 4YJPA 4BCOA 2VGPA 4WKQA 1VJYA 3DS6A 3HA8A 3QD0A 3BWFA 4JDIA 5IDPA 3TDVA 3HRBA 1YXXA 1P5EA 3AMYA 4DBNA 2OG8A 4JAJA 5EKNA 4L9IA 3UNZA 5DT4A 1ZYCA 1Q8YA 2C68A 4GRBA 4JR7A 5JMSA 2UVYA 3QZFA 4B0GA 3BL7A 4TXCA 3QQLA 4FTKA 5CU6A 3N9XA 5AM7A 4A9UA 4XG4A 1QPJA 3ULIA 3DLSA 3GEQA 3O2MA 4FTTA 1ZARA 3QX2A 3H9RA 2R3JA 1JAMA 2J50A 2JGZA 3V6SA 5CI6A 4FKTA 1CSNA 4XV1A 2WU5C 4L3PA 5IA2A 5CQUA 3DXPA 3FXZA 4RIOA 2F4JA 5C3JC 5AFVA 2YCQA 4CFNA 5IA4A 3UO5A 1YI4A 4OTWA 3ZCLA 4R5SA 3ODYX 3W2CA 4C4FA 3EQHA 2ITUA 2NRYA 4D5HA 1L0VD 4FTCA 1ZZLA 2UW8A 3NYVA 3ZM4A 5L6WL 3R8LA 2I0YA 3HDNA 4JI9A 3TTIA 4F1OA 4Y95A 3RAIA 5AIRA 4DF3A 5BVOA 1OKVA 3F5UA 3EQFA 2OZAB 1V0OA 2AUHA 2FA2A 5M55A 4F6WA 4MX9A 5IQCA 2WMWA 4BDBA 1XH7A 4GK3A 4GJ3A 4IZAA 1VR2A 3Q9XA 3KIOC 4LOOA 1J91A 3EFLA 3SOAA 4HYSA 1WCCA 1J7UA 4GH2A 4O0YA 4JT3A 5CU0A 4NW6A 4RWIA 2X2MA 5K4JA 3O50A 4FIGA 3PJ8A 4TWNA 3GVUA 3TG1A 4EC8A 4PV0A 1RJBA 3DOGA 3WZDA 4XG6A 3MI9A 3IS5A 5AP6A 5E8WA 2BIYA 4KSPA 1R78A 1O6LA 1PY5A 3ZOSA 5DWRA 4AAAA 5JQ5A 2YDIA 3HMPA 1J1CA 4PTCA 5EYCA 1MQBA 4H3QA 4O7TA 5FDPA 5JKGA 3QUPA 5E8XA 5KX8A 3AE1C 3DT1A 1XQZA 1G8SA 2R0UA 3ALNA 3IW5A 4M14A 4DTAA 3LJ2A 3FMEA 4DEBA 4I94A 3KXMA 4YUQA 3CD3A 2WEVA 2YM4A 3ORXA 4L45A 4I6FA 1BL6A 2FBWC 4U6RA 3EN5A 1NA7A 3JYAA 2FGIA 4EH8A 3JY9A 4GL9A 5IA0A 4FKOA 2WU5D 2W5HA 4GYIA 3HDMA 5IQHA 1R1WA 4LG4A 4U79A 3HV5A 4YU2A 3QKLA 3TUBA 3KU2A 3VAPA 2PVKA 4NJDA 2J9MA 5ANJA 3UP7A 4F78A 3RMFA 4A7CA 5BVDA 4JJRA 3V04A 3DJ5A 1QPEA 3FZTA 4MXAA 3R1QA 5HO7A 1BYGA 3F88A 4YPDA 4BJJA 3DKGA 4IH8A 4ZY5A 4O81A 3NPCA 4G5JA 2B55A 3ML1A 2VWZA 3L8XA 4IAIA 4DH7A 2UZLA 4AT4A 4PX6A 3BLQA 2XKCA 3DAKA 3FMHA 3DBQA 1YWNA 4QP6A 5E7RA 5F4NA 2PZIA 3GBZA 4M69B 5AWMA 4ZIMA 3IK3A 4WUNA 5EG3A 3NNWA 3QCXA 4UALA 5CZHA 3PUFC 1Q3WA 4RIWA 2QOLA 2XNOA 3VUMA 3WF8A 2WMBA 4BZNA 3EQDA 5KZ0A 1XBCA 2WMTA 5HORA 3MYGA 4Z7HA 5HICA 5E8UA 1B39A 4QQTA 2ZM3A 1ZY4A 3EYGA 4LFIA 2C3IB 4GS6A 2VAGA 3MJ1A 3I6UA 3WZKA 3PXYA 4EOMA 3AE1D 2AYPA 1GAGA 1SNUA 4BGGA 5JFXA 1H01A 2Y8OA 3Q04A 1Q8ZA 4EWHA 2IVVA 3RM6A 3FZSA 4IJ9A 3QYZA 3MVHA 3ZXZA 2PMLX 2PE2A 2ACZC 1R0EA 2AC5A 2OK1A 2FBWD 2VTNA 4TWOA 5LVOA 4DHJA 5A6OA 1BKXA 3E7OA 4HNIA 2OKRA 2XH5A 3GC0A 3GC8A 3ID6C 3P7BA 2BZIB 4I5CA 5E8VA 2BS4C 3R1NA 3S00A 2GSFA 2R3PA 3A7GA 4NIFB 4OR5A 4XOZA 2KULA 4YC8A 2F49A 3U9NA 4KRDA 2C30A 3WZUA 2C6LA 2WTJA 3C4XA 3NW7A 1P2AA 4C3PA 3EQCA 5BVWA 3FAAA 4F9AA 5DRBA 3TUDA 5EW8A 1XWSA 3AC4A 3GU8A 5IU2A 4R1VA 1WVWA 3ORMA 1ST4A 3TJCA 4BVUA 4C4HA 2P3GX 3CBLA 1GIHA 3P08A 4F0GA 4CTBA 3BYSA 4V04A 3TWJA 4U43A 3FV8A 5A4CA 3R8UA 2JEDA 3QUDA 1OPLA 4YTNC 2BFXA 2PVRA 2ZV9A 4XV3A 3SRVA 4YTMD 1U4DA 2QOBA 3PE2A 4IMYA 3TTJA 4QMMA 3S95A 2JC6A 3LQ5A 4OBPA 3CCNA 5FG8A 4EOJA 1J1BA 3ACKA 3D14A 3UOLA 3VS0A 2BAJA 2ESMA 4I24A 1ERKA 4XJ0A 2FYSA 4MNEB 2J0MB 4BHZA 1YRPA 3F7ZA 3OCGA 4NTTA 5ACBC 4EI4A 4BI0A 2QODA 2XNPA 4LGHA 4Y72A 5AX9A 1NVRA 4CFMA 2JITA 2VD5A 3BV3A 4CEGA 1OMWA 5TO8A 2VTOA 4BDGA 4QMOA 4QQ5A 5AMNA 4BDIA 1XHAA 4WD5A 4P5ZA 4JXFA 5CU3A 2UZNA 5EI6A 4JNWA 2G2IA 2XK3A 3UPXA 3MY0A 1L3RE 5CS6A 3AE5C 3Q5IA 3IOKA 4AZSA 5HVYA 2F57A 4BDCA 4ZTLA 2PVYA 4GG7A 4KKHA 1H24A 3EQGA 4NFMA 4QTDA 3FYKX 4PP9A 3OS3A 3E3PA 2VNYA 2XNMA 4K8AA 4EEVA 2VWWA 3OXZA 2RIOA 3ABVC 5C9CA 4LDTA 2GMXA 4I1ZA 5FEQA 1H28A 3KF4A 3ZUUA 2O5KA 5AM6A 4ALUA 4ZLYA 5CNOA 5JFSA 3NR9A 4R7HA 4IW0A 1TFFA 2BRNA 4CV9A 2BZJA 3RI1A 5HVKA 3RCJA 1FBNA 4NL0A 4BYIA 4YC3A 3VUKA 5C26A 4QMSA 2XKEA 2JBPA 3NUPA 5JRSA 4YJOA 2FSOX 4X2JA 3UG1A 4A06A 3CTHA 2XNBA 1M7QA 4UWCA 4RZVA 4HVHA 3DBCA 2C1BA 3BHUA 4O91A 3KREA 2VNWA 2Z7SA 3KK8A 5C03A 2VTMA 5E91A 1YHVA 3DNDA 1MRVA 3BCEA 4H3BA 4BTJA 2PMOX 3K3JA 1JVPP 3TJDA 4J71A 3LCDA 2UZVA 3UMWA 4DFBA 3AC1A 2A1AB 2XK8A 2YM3A 4I4EA 5M08A 3UC3A 5KNJA 4F6SA 5J9YA 2ONLC 4BRXA 3ZBFA 2BKZA 1PMEA 3VS6A 2VX1A 3KMUA 2OXXA 3H0YA 5J7HA 3OFMA 3R21A 2PZPA 5EDQA 2X4ZA 4BC6A 4E8AA 1JOWB 4IAKA 5HIEA 5FDXA 5HCZA 2OJGA 1NEKC 2ZOQA 3LFQA 3PXQA 4LMUA 3AEBC 3AE5D 3FHIA 4FJVA 1V0BA 4L7FA 4OTDA 4YXDD 1QL6A 2VWXA 4EK4A 4I3ZA 3AD5A 5BYZA 2VTSA 3G5DA 4JOAA 4LGGA 4TYGA 5IUIA 3LMHA 4NKSA 4YTFA 4BCHA 4F70A 3AEEC 4N6ZA 4ZSLA 4FSRA 3HYHA 3ZU7A 2VWUA 2QD9A 1H1PA 2UZEA 2OJIA 4WNMA 3H9FA 3ABVD 5BNJA 4RIXA 3F6XA 4IFGA 4YZDA 4FICA 3SV0A 5LCJA 3TYKA 5GINE 3AEGC 1Z9XA 5LQFA 3F3UA 1UA2A 3UOKA 2ONLA 3G6GA 3OBGA 5LVLA 3R7YA 4GT5A 4DEHA 4MXCA 4N57A 2O0UA 4ZLZA 4OT5A 3DJ7A 3KXXA 3BGQA 4LV8A 3KN6A 4H36A 2J0IA 5HBJA 1P4FA 4RJ6A 3R00A 4YPSA 4O7WA 4AQKA 3ZS5A 4IDTA 5HQ0A 2W4KA 3F9NA 1H0WA 4AOIA 5HLNA 4HYUA 3AE3C 4YSJA 3AMBA 5TKDA 5IMEA 2UW0A 3ZSGA 3A61A 3Q4TA 4TWCA 2BRGA 5D41A 2GS6A 2YZLA 4DFYA 5AADA 1PXJA 2J5FA 2O63A 1UNGA 4J97A 2YJSA 4E20A 5BUJA 2EU9A 2H34A 3D7ZA 3K3IA 3NCGA 4BTFA 4ZZNA 3IOPA 4RFYA 3TIYA 3W0MA 4BCPA 5AP3A 4KIPA 5M51A 1W83A 2OICA 1LPUA 4FVRA 3E3BX 4R1YA 3W16A 2XRUA 2BAQA 4J1RA 3VRYA 1JNKA 3E64A 3VC4A 1UU3A 4R7BA 4BJJB 1KV2A 4X2FA 4QP8A 4CFVA 5L6OA 5J1VA 3ZO4A 3F2NA 1NEKD 3BGZA 3AEBD 2JKMA 5G1XA 4OW8A 3DU8A 4X7QA 1TQPA 5EOLA 4A9TA 4WRSA 2E9OA 4GK4A 3TN8A 4AGCA 4YT0D 2XM8A 1XR1A 2ZDTA 4O22A 4BTKA 2O65A 2WU6A 4DG3E 3GFEA 5IUHA 3E93A 3PY3A 2W99B 4UWBA 2RFDA 3CR0A 4RIWB 2YZAA 3LW0A 3DDPA 3KQ7A 4LV7A 4C61A 2BILB 4ARKA 5CASA 3EFWA 3AE2C 4Z55A 4JDJA 4I6QA 3P4SC 3FQHA 3NW6A 3ZBXA 3MY5A 5LVMA 3AEGD 2WTKC 4YZBA 3PZEA 2UW3A 3CQUA 4FTOA 4QP4A 4Q5EA 4BYJA 1FVRA 4BCJA 4FTJA 4IFCA 1OL6A 1YXTA 1GZOA 4KRCA 5AIKA 2VGOA 3TNIA 4AW2A 5CXZA 3LXKA 4AS0A 4APCA 3FLQA 2PMIA 3FMJA 3L8SA 4IVCA 3PZHA 4W8EA 4BDJA 4H1MA 5CEPA 4O0WA 2JD5A 3I79A 5E90A 1IASA 3JY0A 4R5YA 3PIXA 3DPKA 3O23A 4UXQA 4XNEA 3AEAD 3MN3A 4APPA 4D4VA 1JPAA 4KBCA 3AE3D 5DN3A 3TNHA 4C58A 1E7PC 1ZOYC 4LV5A 3VBXA 2XP2A 3LCSA 1O6YA 1E1XA 3MFRA 1Q61A 4L52A 2IVUA 2J0LA 5HEZA 5M53A 4RPVA 2GQRA 4MUQA 4EQCA 3O71A 3R71A 1OKWA 5IZFA 3QRTA 4K6ZA 3ZFMA 3ETAA 2I1MA 3HL7A 4FKQA 2J2IB 1LP4A 2R3RA 3LOKA 3PA4A 1PXMA 4CFUA 3W32A 3P78A 3COIA 3AOXA 2XBAA 4FKGA 3QRJA 2I40A 1Y8YA 2PMNX 2GQGA 5LVPA 2QQ7A 3ORTA 4IB0A 1FINA 4IM0A 2EB3A 5EOBA 4IACA 4GUBA 3TMOA 4X2KA 3VUGA 3A2CA 3P1AA 4O84A 5M56A 3QWKA 2WTDA 1NY3A 4ZJJA 2WQEA 2BDFA 4F9WA 2J5EA 4G3FA 4KKGA 5EFQA 3VJNA 4QMWA 2XS0A 3CPCA 3C0HA 4WBOA 1YW2A 4G3GA 3IO7A 3BZ3A 1PJKA 3O5AA 4O0XA 2A19B 3AE2D 3D94A 4IHPA 2E2BA 3P4SD 4AG8A 5KMKA 4AXAA 3QCYA 4EJ7A 3CY3A 3U6JA 4B4LA 4IWPA 4AUAA 1JSTA 2FO0A 4YTIA 4EZ5A 2UVZA 4RG0A 3EHAA 4Y46A 4BIBA 2BRBA 2CMWA 5EK7A 4LOQA 3LFFA 4N0SA 5DT3A 3VBYA 4WBBB 5CWZA 5AV4A 2BZHB 2HK5A 3QQFA 2ITZA 1Y6AA 3R01A 4FV9A 3BV2A 4FSQA 5FM2A 3CP9A 4WNPA 3VS2A 4YNOA 1WMKA 4JDKA 4TNBA 4H39A 1G8AA 3LQ3A 5DT0A 3DGKA 5FEEA 3AC8A 4DFLA 1ZOYD 2WU2C 4ZTMA 3PVWA 3UO6A 1KE6A 1KSWA 4M12A 2EB2A 4GW8A 3G15A 4BBMA 1Y6BA 3ZEPA 4HVGA 4IWOA 1OBDA 3FKLA 4NW5A 5ANKA 1PXIA 4OUCA 2XKDA 4DHFA 4JDHA 4G3CA 3T3VA 4DTKA 4IANA 3D5WA 4JBPA 4Q9SA 4D2RA 5IQGA 4R3CA 5JK3A 3ORZA 1OITA 3QQUA 1U5QA 2O3PA 3AT2A 3SW7A 3OTVA 3Q2MA 3RVGA 4IVDA 2WMVA 3B8QA 1CMKE 4IAFA 2OIDA 3FXWA 3VQHA 2BR1A 2HENA 2RG6A 5M4IA 3RPVA 4CLJA 1BLXA 3TNQB 5CENA 5BVEA 4FUXA 4EKKA 4OGRA 2Z7RA 2E9VA 3FLNC 3QTRA 3ZDIA 1Q62A 2QLQA 2IW6A 4F7JA 2X8DA 4ENXA 4U80A 3BLAA 3B2TA 2R3HA 5D10A 5EHLA 2C6MA 5I9WA 3PJCA 2ZFYA 5EYKA 1M2PA 1PYXA 4RSSA 1RDQE 2OH4A 5GJGA 5J9ZA 3DQXA 3UZTA 4ZP5A 4AU8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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