3VONA

Crystalstructure of the ubiquitin protease
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
226
structure length
210
Chain Sequence
NPLVSERLELSVLYKEQQKIKDLHKKYSYIRKTRPDGNCFYRAFGFSHLEALLDDSKELQRFKAVSAKSKEDLVSQGFTEFTIEDFHNTFMDLIEQVEKQTSVADLLASFNDQSTSDYLVVYLRLLTSGYLQRESKFFEHFIEGGRTVKEFCQQEVEPMCKESDHIHIIALAQALSVSIQVEYMDPHIFPEGSEPKVYLLYRPGHYDILY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of K63-linked polyubiquitination inhibition by the interaction between human deubiquitinating enzyme OTUB1 and ubiquitin-conjugating enzyme UBC13
rcsb
molecule keywords Ubiquitin thioesterase OTUB1
molecule tags Hydrolase/ligase
source organism Homo sapiens
total genus 63
structure length 210
sequence length 226
chains with identical sequence H, O, V, c, j
ec nomenclature ec 3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1.
pdb deposition date 2012-01-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1300.20 Mainly Alpha Up-down Bundle 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 3vonA02
3.30.200.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3vonA01
2ZFYA 4DDIA 1TFFA 4DHIB 4DDGA 4LDTA 4I6LA 4DHZA 4FJVA 3VONA 4DHJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HCUA 3VQUA 3UYTA 1QL6A 4WBOA 3V8WA 4EH5A 3D5XA 2JKQA 3PG1A 2BKZA 4R5YA 5HO7A 4DH3A 1BL6A 4EK6A 4UXLA 3W0SA 1BYGA 3ALOA 3BU3A 5HD4A 3FZ1A 5EYCA 4U79A 4PNKA 3E8NA 3KGAA 5E9EA 4XRJA 5TKDA 3TUDA 4WT6A 2KULA 4QYFA 2WNTA 4NJ3A 4O81A 3ORXA 2QVSE 4IX4A 4NCTA 4UX9A 4O7VA 3C1XA 4G9CA 5KBRA 3I60A 3R2BA 4HVDA 3HV5A 3OC1A 2BUJA 4L3PA 5DRBA 2PVFA 3AD5A 4TRLA 4RSSA 5JH6A 5EK7A 5LCJA 3EZRA 3W2PA 4FT3A 4MKCA 4F4PA 4R3PA 3OUNB 2HXLA 3A7JA 3DTWA 5HNGA 3D9VA 3I5ZA 3LLTA 3RP9A 3F3VA 5IQGA 4ZSGA 4I6LA 3PJ2A 5LVPA 2W99B 4ALWA 3A60A 3SOCA 3UIXA 1ZOYD 2F9GA 1YI3A 5J9YA 4FC0A 5L8KA 1P2AA 1Z9XA 2XNOA 4AGWA 2RG5A 4I4FA 4WBBB 4YSJA 3QUDA 5IQAA 4D4RA 4BICA 4ASDA 5IEVA 2OICA 3NNVA 5ANGA 2WDVD 2FBWC 3DOGA 3LOKA 4ZTSA 4AUAA 2ZM1A 1Q8YA 4I24A 5HX8A 4DLIA 3ETAA 3HKOA 1QMZA 4RFMA 3P4QC 3LCTA 3NZ0A 1PXPA 3EQGA 2JD5A 3OTUA 3SRVA 3PA4A 2Z02A 4MXCA 4O0UA 5LVNA 2ONLC 3VS4A 1V1KA 2PVKA 3D7TB 3OCTA 4YZCA 3SW4A 2R3QA 4CFVA 4ALVA 1W8CA 3HAVA 3DQWA 3U6HA 2XBJA 2XK4A 2WMRA 3GU4A 4EC8A 3PYYA 1KE5A 2QODA 4KNBA 2J51A 2G2FA 4E26A 2C47A 4QMXA 2UZDA 4TWNA 2ZVAA 2V62A 4WOVA 1OPJA 3LXPA 4LOOA 5AAEA 1UNGA 4K0YA 3TT0A 4LUEA 3FMHA 2YM3A 3PIZA 2IW8A 3C0GA 1KF6D 4D58A 2W1FA 3SFDC 2WU6A 2A2AA 4PQNA 3AE2D 2YIXA 3IK3A 3TDVA 2ZAZA 4NYEA 5IA2A 3ODZX 3ZEPA 2ITZA 2IG7A 3PVGA 3OT8A 2R2PA 2UW7A 3F6XA 3GXLA 4CGAA 3NNXA 3D5UA 1YW2A 4YJRA 3MWUA 4DFUA 5FTQA 3H30A 1OIUA 3DK6A 3UP7A 2X6EA 2HELA 2VRXA 4YTHA 3W16A 4EEVA 3TKUA 4IZ7A 4IADA 1VLRA 1XR1A 3PPKA 3FKOA 5CT7A 5IA0A 5J7HA 2UW4A 3NYXA 3LIJA 3R30A 2CKPA 4YTMC 2XF0A 4FNWA 3R8MA 4FG9A 3SQQA 3POOA 3TNHA 3BQCA 3ZS5A 4F9CA 3ELJA 1FOTA 4FKSA 1NY3A 4AGDA 4FTOA 1Q3WA 2XEZA 3P1AA 2FSLX 4TY1A 3HMIA 4Z7HA 4NSTA 2PVRA 2WXVA 4FKRA 3VBVA 2HZNA 3PZEA 1LR4A 4DCAA 2Z7SA 4I6HA 1GZOA 3DXQA 4EOMA 4YBKA 2DWBA 2R7BA 2I0YA 3COMA 3KA0A 3A62A 4ZTQA 4ZMEA 2BILB 5E8SA 4DTKA 3IPHA 3QHRA 4C0TA 5IG1A 2JAVA 3NNUA 2EVAA 4CRLA 2NNWB 2BZKB 2C0IA 4XEYA 4N6ZA 3VJNA 4ZY5A 3CP9A 4YU2A 5CY3A 2HZ4A 2F2UA 3Q2MA 2YA9A 3MIYA 4QMLA 2GQGA 4I93A 5L2SA 3QU0A 4IB3A 4DITA 1LPUA 5A14A 3NUNA 3FPMA 3MH0A 5C27A 1LEWA 2BRGA 3H9RA 4AU8A 4BHNA 3LXKA 5H8EA 5BUIA 1NT2A 4W8DA 4D0WA 5EYDA 5DEWA 3WE4A 1G8KA 2ERZE 2X8DA 4YT0C 4S32A 5CSPA 4YXDC 4QP6A 5CWZA 2IVTA 1ZYCA 4ZTNA 4NK9A 2BDJA 2HWPA 1YQ3D 4FSWA 3CY3A 2VTAA 3HV4A 3MYGA 2W0JA 2BPMA 4BJJA 3W2CA 2XKEA 5BYZA 3AEGC 3NCGA 2VX0A 4BCKA 3FSFA 1H24A 3FC1X 4FSNA 4CFXA 3QQGA 2YM5A 4Q5HA 1WZYA 3JVSA 3V5JA 4AXEA 4BY9E 1WBOA 2YACA 4GUEA 2E9VA 2EWAA 3ORNA 1GAGA 3IW4A 2ZV9A 3AQVA 3EQRA 3E87A 1XBBA 3UVQA 2Q83A 5E1EA 1GIJA 1P14A 3BKBA 4AP7A 4CRSA 4YSMA 2ZM4A 4JRVA 3T8OA 3VBXA 5M56A 3B2TA 3GUBA 3NWWA 3QQLA 3SA0A 1DAYA 2JKMA 2V0DA 2WU5D 5ANOA 2WTDA 1DS5A 3ZUTA 3PJCA 2BALA 2JDTA 2CPKE 4LMNA 5C8MA 3W1FA 4I23A 5LVOA 4XP0A 3KK9A 4FIFA 2OIDA 4FSQA 4BVUA 1PXLA 5E8WA 1KOAA 2X1NA 1U5RA 2XIZA 4FTCA 3LQ5A 4IE9A 4QMQA 1OIQA 2YM7A 5BYYA 3RNIA 3FMEA 4NKSA 1OBDA 3KC3A 3TV6A 1OVEA 3NFGB 4U5JA 4G17A 4F1OA 1P5EA 3BGPA 2WOTA 4MNEA 4UN0C 3AE5C 2OWBA 2UZTA 1HOWA 3LXLA 4HVIA 5CF4A 3KVWA 4DFZE 1A48A 2B1PA 4Y46A 4B99A 3CIRD 4LDTA 3GVUA 2DYLA 3VUKA 2OFVA 5FGKA 1UU3A 3P78A 4FTIA 2Z7RA 4Q5EA 2XIKA 2FA2A 3DKOA 3HVCA 3FMMA 5LARA 3PPZA 2PUUA 1I09A 5GIOE 1SVEA 2Z7QA 2B54A 4EK8A 4EH9A 5CU4A 4IQ6A 3V6SA 1XMLA 2W1DA 1ZLTA 3JYAA 4RQKA 5C4KA 4RIYA 3VRBC 3K5VA 3N9XA 2J7TA 1GZNA 2J5FA 4DHZA 2VGPA 3D5VA 2G1TA 3Q04A 4FKTA 5F95A 4MF1A 3AMBA 3AE1D 1CM8A 2OZOA 3REPA 5CF5A 2YAKA 4OTRA 2BDWA 3WYXA 1JQHA 4JQ8A 1OGUA 4EOLA 3F3ZA 3H0ZA 2R5TA 3AECD 2WMSA 2XBAA 1YWRA 2X39A 2A27A 4MXZA 1J91A 1ZYLA 4AGUA 4I5CA 3HGKA 2RGPA 2ETRA 3PP1A 3KXXA 4MK0A 4E20A 3FI2A 2WU2D 4MBJA 4M97A 4IWOA 4PUZA 3CGOA 3G51A 4O0WA 5FBNC 4Z9LA 4C3PA 2QG7A 3QWKA 4RWKA 4EKKA 3VBQA 3CD3A 3PVUA 5J95A 3QZHA 2C1BA 3ABVD 3E88A 4G6LA 3DDPA 5CXZA 2UVXA 4EZ7A 2W5AA 4QMTA 3I5NA 2C30A 4OBPA 3H0YA 1PXOA 3PA3A 1JSTA 3BLRA 3VUMA 1Y57A 4G3GA 1E1XA 3GCVA 5G1XA 4ASEA 4FV4A 3Q4CA 2OXDA 2B76D 5JRSA 5C03A 3TYKA 4ASXA 1FPUA 1L8TA 2OZAA 2GDOA 2PU8A 3OHTA 3PZHA 4U45A 3F2RA 4ONAA 4AOTA 4C4GA 4ZJVA 4EI4A 5AP6A 5HO8A 2LAVA 4LMUA 4X2NA 3SAYA 4OLIA 4QT1A 1M2PA 3RINA 3TV7A 3UVRA 3B8RA 3G33A 1YDTE 4IBMA 1DAWA 3DS6A 4X3FB 4YO6A 3OFMA 1AQ1A 5CU2A 3CC6A 1R0EA 2XJ2A 4PMMA 4S33A 4BI0A 5EI2A 3KMWA 4E6DA 3W2RA 5KNJA 2VV9A 3MJ1A 5HIDA 1J1BA 4APCA 2IJMA 2J4ZA 3ZC6A 2O64A 2ZMCA 4B8MA 3PVWA 2PZIA 3QXPA 5C8NA 4BR3A 3EFWA 5AUUA 4R3RA 3AGMA 1Q8ZA 3QKKA 3EWHA 3KMUA 3VJOA 3GGFA 1T45A 4GMYA 2YABA 3VHEA 3GBZA 4NL0A 4F65A 1AGWA 2HIWA 2E2BA 4HNFA 3KU2A 2JBOA 1H1PA 1KE8A 4FSTA 5CSVA 3P7BA 4FNYA 2WIPA 4QMSA 4WNKA 4EH2A 3E5AA 4KIPA 3V5PA 4FUYA 4AACA 4BIDA 1H26A 2B4SB 4RVLA 5ETAA 2VTMA 4DINA 3TZMA 1WBPA 2VO7A 3AC1A 3AGLA 3M2WA 3W0PA 2Z2WA 3OVVA 4XG7A 2GS2A 3ZEWA 3ZO3A 5F20A 3W0MA 3OROA 3LCOA 3F5UA 1ZYJA 3JY0A 3LFFA 4H3BA 2X9EA 3DLSA 4LFIA 3UIUA 4CKRA 4U3ZA 1ZZLA 4JG8A 4H1MA 4RZVA 4O86A 3A99A 4L44A 4JMQA 1UV5A 4IVCA 4PF4A 5T3QA 3NGAA 3EQHA 2NPQA 5CSXA 1FVRA 3C9WA 3NIEA 3CXWA 1YQ4C 3DPKA 2X8IA 4XBRA 4DLJA 4RX5A 2GNLA 5H8GA 4DFYA 2XP2A 1B6CB 3FQSA 4L9IA 1NEKC 3K54A 5TT7A 3AE3D 3UZPA 3AEEC 3NW7A 2YIRA 2V7AA 4MXXA 4W4XA 4BCHA 1YI4A 2W1HA 4X7QA 4F9AA 3VS2A 4DFLA 5HX6A 5EOLA 2WTCA 3KEXA 2W96B 4WIHA 3GU8A 5H3QA 3JUHA 3FDNA 3NVMB 1QCFA 4IWDA 4BCIA 5AX9A 4O0RA 4R7IA 3UNKA 5IQFA 4FVRA 1XJDA 3SC1A 2VTOA 4JR7A 2YIYA 3Q9YA 3UP2A 4OT5A 1JKLA 3OW4A 5ETFA 3TDWA 4CFFA 5EKNA 2XIXA 4FV0A 4C37A 1XH5A 2IWIA 3SXFA 3U4UA 3G5DA 3RM7A 4X0MA 1RJBA 2ETMA 3KY2A 4NM0A 2IN6A 4RFZA 5IUIA 5C9CA 5TF9A 1OL2A 3V8TA 2FYSA 4YSYD 1ST4A 1YOLA 1YXUA 2CGWA 3F5PA 4AXDA 3FL4A 1NEND 4YTFA 3R7UA 3ATSA 3QTZA 3EQIA 4AA4A 2PHKA 4ERWA 3IOPA 1RDQE 3MSSA 1YXVA 3OZ6A 4EYJA 1SM2A 2EB2A 3MH3A 2VTPA 3MGYA 4KBCA 3C7QA 3MFRA 4QP2A 3Q9ZA 1PY5A 3NLBA 4LL0A 5FDXA 4AT3A 1H07A 2GFCA 4I6QA 5AUVA 1ND4A 1LP4A 3HRBA 4BDHA 2EB3A 3HAMA 3D15A 3NR9A 4ZY6A 3PY0A 3TJDA 5C3JD 2YM8A 4QOXA 2BAKA 4Y95A 4YJTA 2OG8A 4FL3A 1U54B 5AEPA 4WG5A 3LCDA 1JKSA 3QCXA 4IAYA 3T9TA 4ZAUA 5KE0A 2GFSA 3AEDD 4GG7A 3GT8A 3ZXZA 4QTBA 3MY1A 2PUNA 3WF5A 2VTHA 5BMMA 1I44A 2XZSA 1IA8A 4I6BA 5AUZA 3MY5A 3A8WA 3MN3A 4AW1A 2PZRA 2OBJA 4QMVA 2OIQA 3PXYA 4XP3A 2GTNA 3FMLA 3THBA 1PKGA 4FKJA 2ITXA 3NW6A 4FT5A 4NTSA 4RGJA 4JG6A 4BGGA 5L8LA 5E90A 1TFFA 5BMSA 3NSZA 3RWPA 4RC2A 2I7QA 3OXTA 3WZJA 3NYVA 4CNHA 2YEXA 3OOMA 3C0HA 4NJDA 1BX6A 1M7QA 3FV8A 4GSBA 1B38A 5CEOA 1KF6C 1M14A 4IX3A 4RIXB 5A4CA 5HORA 3DB8A 3AE2C 2GTMA 4O6LA 2A19B 4Y5QA 4QYYA 3QL8A 4PMPA 4AG8A 5AV0A 2EU9A 3PP0A 2HYYA 3PLAE 3O71A 4XH6A 3WARA 3FYJX 4G34A 2VGOA 4KIQA 3DLZA 3Q60A 1G8SA 2WDRD 3QTXA 3VRAC 2NRUA 2PVYA 2ZB0A 2R4BA 3P4KA 4GU9A 4QMPA 4QMWA 4XV1A 4BB4A 4C4IA 1Y6AA 4JBPA 4DDIA 1OKVA 4FGBA 4IHPA 5FG8A 3TEIA 3TZ9A 4BDBA 3FBVA 5HU3A 2R3RA 2WO6A 4AZVA 5BVNA 2F7XE 3TACA 1PYXA 5LOHA 4H36A 4PMSA 1OIYA 1KE6A 1Y91A 4FV1A 2UW8A 3UZRA 4BZOA 4USDA 5DWRA 2ONLA 3VULA 3RAIA 4APPA 2DUVA 4FEXA 5BQ0A 3FZPA 4QMUA 2QOOA 4R6VA 2CKOA 4HVGA 4JAJA 4EC9A 5FDPA 3R8PA 3SOAA 3DT1A 2JFMA 1YKRA 1W83A 4C38A 4NZWB 2BS2C 1TQPA 1OUKA 3ZFMA 5LMKC 4IZAA 3LZBA 4F70A 4EWHA 4C2VA 3N4TA 4N57A 5J5SA 4HYHA 3RPSA 4FK3A 4FICA 1GOLA 4YTCA 4KX6D 5CLPA 3GP0A 2IVUA 4O2PA 4KSPA 4BCJA 1P4FA 4U44A 3ERKA 3TIYA 3FQHA 3G2FA 5HBHA 1IAJA 3VR9D 4YJPA 3OBJA 4J71A 3RI1A 1LEZA 1CKPA 2ZYBA 4G3EA 4W4WA 4FEUA 1OB3A 3VAPA 3W18A 2PK9A 3ZU7A 5HZNA 3UGCA 5JFVA 5K5NA 3RGFA 4RIWB 2E9UA 3G6HA 3DJ5A 4IAAA 3EIDA 3SFED 1W82A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZFY A;  4DDI A;  1TFF A;  4DHI B;  4DDG A;  4LDT A;  4I6L A;  4DHZ A;  4FJV A;  3VON A;  4DHJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HCU A;  3VQU A;  3UYT A;  1QL6 A;  4WBO A;  3V8W A;  4EH5 A;  3D5X A;  2JKQ A;  3PG1 A;  2BKZ A;  4R5Y A;  5HO7 A;  4DH3 A;  1BL6 A;  4EK6 A;  4UXL A;  3W0S A;  1BYG A;  3ALO A;  3BU3 A;  5HD4 A;  3FZ1 A;  5EYC A;  4U79 A;  4PNK A;  3E8N A;  3KGA A;  5E9E A;  4XRJ A;  5TKD A;  3TUD A;  4WT6 A;  2KUL A;  4QYF A;  2WNT A;  4NJ3 A;  4O81 A;  3ORX A;  2QVS E;  4IX4 A;  4NCT A;  4UX9 A;  4O7V A;  3C1X A;  4G9C A;  5KBR A;  3I60 A;  3R2B A;  4HVD A;  3HV5 A;  3OC1 A;  2BUJ A;  4L3P A;  5DRB A;  2PVF A;  3AD5 A;  4TRL A;  4RSS A;  5JH6 A;  5EK7 A;  5LCJ A;  3EZR A;  3W2P A;  4FT3 A;  4MKC A;  4F4P A;  4R3P A;  3OUN B;  2HXL A;  3A7J A;  3DTW A;  5HNG A;  3D9V A;  3I5Z A;  3LLT A;  3RP9 A;  3F3V A;  5IQG A;  4ZSG A;  4I6L A;  3PJ2 A;  5LVP A;  2W99 B;  4ALW A;  3A60 A;  3SOC A;  3UIX A;  1ZOY D;  2F9G A;  1YI3 A;  5J9Y A;  4FC0 A;  5L8K A;  1P2A A;  1Z9X A;  2XNO A;  4AGW A;  2RG5 A;  4I4F A;  4WBB B;  4YSJ A;  3QUD A;  5IQA A;  4D4R A;  4BIC A;  4ASD A;  5IEV A;  2OIC A;  3NNV A;  5ANG A;  2WDV D; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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