4DHZA

The structure of h/ceotub1-ubiquitin aldehyde-ubc13~ub
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
LAYDEAIMAQQDRIQQEIAVQNPLVATLAPFSILCAEYDNETSAAFLSKATELSEVYGEIRYIRGDGNCFYRAILVGLIEIMLKDRARLEKFIASSRDWTRTLVELGFPDWTCTDFCDFFIEFLEKIHSGVHTEEAVYTILNDDGSANYILMFFRLITSAFLKQNSEEYAPFIDEGMTVAQYCEQEIEPMWKDADHLAINSLIKAAGTRVRIEYMDRTAAPNGGWHYDIPSDDQQIAPEITLLYRPGHYDVIYKKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mechanism of OTUB1-mediated inhibition of ubiquitination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ubiquitin thioesterase otubain-like
molecule tags Hydrolase/signaling protein/ligase
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature ec 3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1.
pdb deposition date 2012-01-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1300.20 Mainly Alpha Up-down Bundle 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 4dhzA02
3.30.200.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4dhzA01
4LDTA 4DHZA 1TFFA 4FJVA 4DHJA 3VONA 4DDIA 4I6LA 2ZFYA 4DDGA 4DHIB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FUPA 4Y5HA 3I5NA 3II5A 4LUDA 4GYIA 2NP8A 4EK4A 4IACA 4LV7A 3GEQA 3O8TA 2XA4A 2QG7A 4N6ZA 2BS4C 1XQZA 4EH6A 3MVMA 2R3HA 3ZSHA 5L3AA 4ZXTA 2GNHA 4I41A 4YMJA 3QCXA 5BUIA 3ET7A 3O2MA 3VW6A 4FEQA 5M51A 1V0OA 4FKOA 3UVQA 4IZYA 3OCSA 3F7WA 2VWUA 2WGJA 4FVQA 2X9EA 2VWZA 2GSFA 3MH0A 4PMMA 4ACCA 4DYMA 3EQIA 1M2PA 3ROCA 4HZRA 4GKIA 4JR3A 3AECC 4YT0C 1JBPE 3FAAA 4ACHA 3MWUA 5JFVA 4FV7A 4HNFA 4GL9A 4JDHA 4FG9A 4DEHA 2Z7RA 3ABVD 4WG3A 2ZV2A 4U3ZA 3RCJA 3O23A 1P5EA 4ZEGA 3PXKA 1OKVA 1FVRA 2O8YA 4JAJA 1OPLA 4FBXA 2V0DA 5E8WA 2XBAA 3NGAA 4M0YA 3E62A 3P4QD 1OIYA 3M42A 3MDYA 4ID7A 3MPTA 5JMSA 3FQSA 5KCVA 4DEIA 2R0IA 2HW7A 5HNIX 3ZDIA 2J5FA 3W2PA 1Z57A 2ZB0A 4AXEA 4TW9A 4AXCA 3SLSA 3E93A 3N51A 5DA3A 5T68A 1A06A 5FXRA 2OJ9A 3AMAA 4BJJA 1A9UA 1WBSA 5LVMA 2QG5A 5HE3A 1ZOYC 4MYGA 4HVHA 2GQGA 5CX9A 5FRIA 2WMAA 2YM6A 4KA3A 2R3QA 5F1ZA 2C3LA 4FJVA 5M08A 3S0OA 2B55A 5CVHA 3W0SA 5JSMA 3ZBFA 3F9NA 3E88A 4Q5EA 2VTAA 3K5VA 4V05A 2RF9A 3TZ7A 1XBBA 3PG3A 3EQRA 3FMLA 4V0GB 5FUTA 4QNYA 3TTJA 4FEXA 5AP7A 5M53A 4O22A 1UV5A 3UE4A 5I9YA 3CKXA 3SW7A 5LJJA 4L46A 5CAOA 2YFXA 4YJSA 3TDVA 3SHEA 2XCHA 4K8AA 5CVGA 4W8DA 3RVGA 2H89D 2JIVA 4MD7E 4ZSAA 1H27A 2ACZD 3QYZA 4O7YA 5DYJA 1IR3A 4UV0A 3WZJA 1CSNA 3TEIA 3SVVA 4HCUA 2GPHA 4X6RA 5EW3A 1U5RA 3SRVA 2WU2D 4GSBA 5M07A 2XJ2A 5HCYA 3EQBA 4YTFA 5DEWA 4ZMEA 4NCTC 3I1AA 4DG2E 2UZBA 4YJNA 1CMKE 4QYFA 4FGRA 4YC8A 4WBOA 4XCUA 5TOZA 4Y5QA 4IVDA 5CY3A 2YWPA 2DQ7X 3BGQA 4GJ2A 5JKGA 3NYOA 4KBCA 4MXOA 4RLLA 2PVRA 3I81A 3M11A 2BZHB 2XK9A 4MK0A 4XYFA 4FYNA 2CSNA 5AA9A 4CV8A 3ZO3A 3SX9A 4BCKA 2C69A 1KV1A 2NRYA 3SFDD 3IW6A 1WBNA 2QOBA 3PZEA 4IVCA 3W18A 1ERKA 1I09A 3RHKA 3FZSA 3AD4A 1JWHA 3BGZA 5CSXA 4A9SA 4TN6A 2BKKA 3V5JA 2YIRA 4ALWA 4C4IA 2OU7A 3QRJA 3QYWA 4KX6D 3K3IA 4MD9E 4YSYD 1Q24A 4ZLOA 3PDTA 4RWLA 5K3YA 3IW8A 4G9CA 4MXZA 5DEYA 4NIFB 4EK6A 3KC3A 3PY3A 4F64A 3MB7A 3P4RD 5E8VA 3ATTA 4OW8A 4IFCA 3DU8A 3Q9WA 3R63A 5EM5A 1PXMA 3FXWA 5IQBA 3AEBD 2UZWE 3ZM9A 3ZU7A 5DH3A 3OMVA 2BZJA 4MXXA 4HGTA 3RAKA 4O7RA 1Y8GA 3ZUTA 5AUXA 1VZOA 5IDPA 4DGGA 3GXLA 3D7TB 3BYMA 1V0BA 2WKMA 5AX9A 4DF3A 4EYJA 2X8EA 4F7JA 4KBKA 3NUSA 1GZNA 4AXDA 4FX3A 1OL2A 5G6VA 5K9IA 2UW7A 2C0TA 3UODA 2WPAA 4EWQA 2ETKA 4CLJA 5FEDA 5AUYA 1HCLA 3LKMA 4RX5A 3QTXA 5I9VA 2CCIA 4GK2A 4E4NA 4EH2A 3FC1X 3HKOA 3OWKA 3FLWA 4YC6A 5AIRA 5F94A 3I6WA 5FP5A 3ENMA 1H1PA 2G2FA 4UZDA 4QMWA 4X3FC 3IQ7A 4GS6A 3LCKA 3UZTA 4M68A 4CQEA 1PXKA 4S2ZA 3ORNA 4P5QA 4G3GA 2VX1A 5HLNA 4D2RA 4BDJA 2EU9A 2XAOA 4AS0A 2ITOA 2P4IA 4C4EA 3KIOC 4PNKA 2C4GA 1KE9A 2JFMA 3GFEA 2HAKA 1YOJA 3VBWA 4UXQA 5JEBA 2WDRD 1Y91A 1BKXA 4TL0A 3MJ2A 4HZSA 3D5VA 2X2MA 2PZRA 4F7LA 3LXNA 3MB6A 4F9AA 2XIKA 4GJ3A 3VUKA 3RK5A 5ANOA 4WG5A 1J1BA 3CIRD 3EFJA 4O0XA 5BUJA 2PSQA 1X8BA 2Z8CA 4FV3A 4AZEA 3B2TA 2BAKA 3FE3A 4PF4A 4ACGA 3AEDD 1JKSA 5CZHA 4IWPA 3EQGA 3RAWA 5DOSA 4JLCA 5F4NA 3LJ0A 5KMIA 4DHJA 5BYLA 2WMTA 4WBBB 4JQ7A 4CRSA 4EOMA 1QPJA 1WZYA 2YCSA 3FMJA 3V5LA 2R3MA 3R9RA 4RIXB 4YZCA 2CPKE 4F1OA 5AMNA 4BY9E 3MVHA 4D1SA 4IMYA 4NT4A 3HV4A 4BI1A 5BVKA 2PE1A 5AP0A 5KKRC 4D0XA 4O6LA 3LZBA 4EZ3A 2R4BA 4PTCA 3AD6A 3NW6A 4WOVA 5EI6A 1OPJA 3RJCA 5CWZA 4FKTA 1XWSA 3KMWA 5CF4A 4CFUA 3RAHA 3BKBA 2GNJA 1YWNA 3ZMMA 3BU6A 2B9JA 2PMIA 4I1ZA 2R7BA 4BCMA 3BHUA 2VRXA 5HLWA 5HG9A 3G6HA 4KD1A 4IJPA 4EORA 3ZO4A 3VR9C 2UZTA 4FT0A 4IC8A 2YERA 3FMDA 3K2LA 3QD4A 2CHLA 4RWIA 1NENC 3RM7A 1H07A 1YVJA 3ZRKA 3OCGA 4BI2A 3DBFA 4AXAA 4F63A 2OFUA 5K4IA 1DAYA 4DHZA 2ACXA 5ANIA 3ROYA 4RVMA 4XUFA 3AD5A 5L6PA 3AE8C 1FMKA 1IAHA 3WIKA 5EI2A 4BBFA 4FIEA 4F1MA 4WT6A 1YDSE 5A6OA 3C0GA 4DGOA 4XLVA 2PVHA 4ITIA 2YIWA 5DPVA 2IVSA 3E92A 4EK5A 4MEDA 4NCTA 2H88C 1Y8YA 4C4FA 2QOKA 2FO0A 4U8ZA 4PP9A 4AOTA 3AOXA 4J7BA 2Z2WA 3MPMA 4CG8A 1YQJA 3NDMA 4F9BA 5BX0A 4F9CA 3HP2A 2OGVA 3AEFD 4QRCA 4DLIA 3DK3A 2JFLA 3QU0A 3BGPA 3DXQA 3LCDA 4RMZA 3PXYA 4BDEA 2WTCA 2XKFA 4W4WA 4WNOA 5IPJA 1VJYA 2A0CX 4FV5A 1UWHA 4EQMA 4C3PA 2YHVA 4DAWA 2W9ZB 4J8NA 4EUTA 2UZOA 2LAVA 4EZ7A 5LWNA 4YSZC 3UNZA 3QA8A 4KRDA 3QX4A 3DXPA 5IDNA 3N4VA 4DDGA 3ZLYA 3NR9A 3U54A 2BHEA 3C7QA 2OXYA 3AE3C 3DBEA 1DI9A 4Z9LA 5CF6A 4IC7A 3LHJA 2HZ4A 4TXCA 5ETAA 1E7PC 4CG9A 3OBGA 3MVJA 4GH2A 4O7SA 3VBTA 1BLXA 3KULB 3HMOA 4OTIA 3ZH8A 4DG3E 2JDRA 4F0GA 2C68A 3FLQA 5FLFA 4LM5A 2HXLA 3VULA 4GCJA 4I6BA 3D5WA 2F2UA 4O7VA 5AP2A 4YLJA 4OTRA 5IISA 4BBEA 3VIDA 2X2KA 3L9MA 3DJ6A 3THBA 3PXFA 2J7TA 2RFNA 4DHIB 3FZRA 4BCGA 3DTWA 5F9EA 5CU4A 2FA2A 4JDIA 2ZV9A 5LOHA 4GMYA 5IQIA 3EN7A 3NFFB 3SW4A 3AC4A 4EWHA 4PTEA 3RPOA 5HBJA 1V1KA 3D5XA 3R22A 2X8IA 2PMNX 1FINA 2YN8A 3LFCA 4X3FA 1KOAA 3E3BX 3FY0A 4O0YA 3MTFA 3QTUA 4EEVA 2BAJA 5ACBC 3DFCB 4YUQA 4EC8A 3NUAA 4E20A 4UZHA 4K2RA 3PG1A 1JKKA 5JRQA 4QP6A 2JLDA 2UW9A 5CANA 4XG3A 1YW2A 4YU2A 4E6CA 5D1JA 2ITVA 2VN9A 3WILA 1R0PA 2OXDA 2BUJA 3A99A 3MA3A 3O5AA 2WMSA 4R77A 2F49A 3VUDA 5IA1A 4FUXA 1PW2A 3HNGA 2XIXA 3OEFX 1B6CB 3OP5A 4CRLA 3ODYX 4I6QA 5D9HA 2G1TA 2WZJA 3H0ZA 2QURA 2B1PA 4IADA 4RIYA 4QTEA 3UO4A 4RG0A 3D94A 1Q8ZA 4F0FA 2GNGA 3Q6UA 3BBWA 4U7ZA 4F6UA 5M4UA 1OIQA 1Q4LA 4TYHB 3PXQA 5FQDC 3O7LD 1GNGA 2ITZA 1KE7A 3MIAA 2W5BA 2HW6A 2PTKA 2YM8A 3LFSA 3OOMA 4NM5A 3QTRA 4ZSJA 1H26A 2CKPA 3ORIA 2XCKA 5CSVA 5C8MA 3NNWA 4FTRA 4CVAA 5FXQA 4I24A 2F2CB 4ERKA 5BVFA 3ZRLA 2X81A 4ZSGA 4QQJA 3W1FA 3WARA 1R0EA 2VNWA 4D5KA 4KUJA 2GS6A 3W10A 3BV3A 3FSKA 2WU6A 3CE3A 1NXKA 3ID6C 2WTKC 3I0QA 3Q60A 3Q9ZA 4TZRA 1YXVA 4BTJA 3DT1A 3GU4A 4M0ZA 1Y57A 2X7OA 1GZKA 1H28A 2E9OA 4G2FA 3GC8A 3A60A 5KHXA 5L2IA 4D2SA 1Y6AA 1PHKA 2I0YA 3EL7A 3VUMA 5BYYA 5C26A 4I6FA 3OCTA 2X4FA 4FSZA 3F3ZA 3KB7A 3DQWA 2WAJA 3IGGA 4M7IA 4RRVA 2HZ0A 3FI4A 5HE2A 4BRXA 4DE4A 3ORLA 4ZTQA 5L2WA 3VRBD 4DTKA 5IQFA 3ZUUA 4CFNA 4KKHA 2P3GX 2BDWA 4LDTA 4YTPD 2C3KA 2E2BA 3MN3A 4IJ9A 3VS2A 2PMOX 4XLIA 3VC4A 2Q83A 4ZJJA 1K2PA 4GEOA 2JGZA 4Y46A 1STCE 4JMQA 2GNFA 4YTNC 4A9TA 2C6DA 3N9XA 2HENA 1UWJA 1P2AA 4ZTRA 4C7TA 4YO4A 3TUBA 2Y7JA 1AD5A 1JVPP 1DI8A 1OL5A 2PUPA 3EFWA 3LFFA 4RFYA 4E4XA 4YNOA 3KREA 3U55A 4BDKA 5KO1A 1T45A 3EQCA 3RAIA 3NIZA 2OG8A 2FUMA 3ANQA 3EN4A 3F69A 4BYJA 4IWQA 2Z60A 4IEBA 3GU6A 3UNJA 3VW8A 3NEWA 4BBMA 5EHYA 3MH1A 5JZNA 1WBPA 2FVDA 4D4RA 3H9FA 4RIOA 5A4LA 5C8KA 4DEEA 3TUDA 4NTTA 2ZM3A 4MX9A 3QKLA 3NAXA 4MUQA 3L8VA 4DA5A 3AGMA 3P1AA 5M06A 4AACA 5CYIA 4J95A 3UBDA 3UVPA 3R1YA 3R8ZA 3LMIA 1XO2B 2A27A 3Q5IA 4DH1A 4J96A 4BHNA 2OJGA 3AXWA 3ORZA 5HIEA 4KWPA 5L6OA 3V5TA 3EHAA 4L7FA 3RWQA 3AE9D 3FKLA 3UPXA 3CIKA 3HDNA 5FBNC 3GCQA 3Q04A 1XH4A 2G01A 3E5AA 3G9LX 3GC0A 4OT5A 5FDXA 3TKUA 2DUVA 4BCQA 5CEPA 1PKGA 4H3BA 2VUWA 1LR4A 4YZDA 2XB7A 4J53A 4YPSA 3PYYA 4AFEA 4EH4A 4E93A 3W0OA 1BI8A 2O3PA 4FE2A 4ZLZA 3DS6A 4XG4A 3FZOA 5E9EA 3UQCA 4PMSA 2YIYA 5JT2A 3Q4TA 3VS7A 3OXZA 3PWYA 4YJQA 3KF4A 3SKCA 4BZNA 4Z3VA 4MBLA 4CKRA 3PFYA 5F20A 1NEKC 2VO0A 4O81A 5HCZA 2YISA 4Q5HA 2UW8A 2E9NA 3BWJA 3GNIB 3HUBA 2JKQA 4A4LA 4E5WA 2C5OA 2GS7A 5L8JA 3AMBA 3VHEA 1PF8A 5JQ5A 2R3KA 2HXQA 5HE0A 4J99A 4O6EA 3F5XA 1OGYA 4D4YA 3EB0A 3V01A 4RX8A 4ZY5A 4IDVA 4WIHA 1RQQA 3S3IA 5HU3A 3SXSA 2BRNA 4FTNA 4LI5A 2C5VA 4O7WA 5CU0A 2W7XA 3Q4ZA 3PJ1A 5HBHA 4U45A 4O2ZA 3QXOA 1SNUA 1ZYLA 4CTCA 1FBNA 1JPAA 2BDFA 4YZMA 4JR7A 1YOMA 2CJMA 4G34A 3DXNA 4DITA 3DZOA 2YZLA 4X2FA 2HZNA 3S00A 3D9VA 5L8LA 4UYAA 2XYNA 4O7LA 3PJ2A 4HPTE 5M09A 2C1AA 1URWA 2B0QA 4ZTNA 4KKEA 4U81A 5EHLA 1FQ1B 1YHWA 5DT3A 3KXGA 3KXXA 4AGDA 3MFSA 4FTLA 4E8AA 5I9WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LDT A;  4DHZ A;  1TFF A;  4FJV A;  4DHJ A;  3VON A;  4DDI A;  4I6L A;  2ZFY A;  4DDG A;  4DHI B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3FUP A;  4Y5H A;  3I5N A;  3II5 A;  4LUD A;  4GYI A;  2NP8 A;  4EK4 A;  4IAC A;  4LV7 A;  3GEQ A;  3O8T A;  2XA4 A;  2QG7 A;  4N6Z A;  2BS4 C;  1XQZ A;  4EH6 A;  3MVM A;  2R3H A;  3ZSH A;  5L3A A;  4ZXT A;  2GNH A;  4I41 A;  4YMJ A;  3QCX A;  5BUI A;  3ET7 A;  3O2M A;  3VW6 A;  4FEQ A;  5M51 A;  1V0O A;  4FKO A;  3UVQ A;  4IZY A;  3OCS A;  3F7W A;  2VWU A;  2WGJ A;  4FVQ A;  2X9E A;  2VWZ A;  2GSF A;  3MH0 A;  4PMM A;  4ACC A;  4DYM A;  3EQI A;  1M2P A;  3ROC A;  4HZR A;  4GKI A;  4JR3 A;  3AEC C;  4YT0 C;  1JBP E;  3FAA A;  4ACH A;  3MWU A;  5JFV A;  4FV7 A;  4HNF A;  4GL9 A;  4JDH A;  4FG9 A;  4DEH A;  2Z7R A;  3ABV D;  4WG3 A;  2ZV2 A;  4U3Z A;  3RCJ A;  3O23 A;  1P5E A;  4ZEG A;  3PXK A;  1OKV A;  1FVR A;  2O8Y A;  4JAJ A;  1OPL A;  4FBX A;  2V0D A;  5E8W A;  2XBA A;  3NGA A;  4M0Y A;  3E62 A;  3P4Q D;  1OIY A;  3M42 A;  3MDY A;  4ID7 A;  3MPT A;  5JMS A;  3FQS A;  5KCV A;  4DEI A;  2R0I A;  2HW7 A;  5HNI X;  3ZDI A;  2J5F A;  3W2P A;  1Z57 A;  2ZB0 A;  4AXE A;  4TW9 A;  4AXC A;  3SLS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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