4DHIB

Structure of c. elegans otub1 bound to human ubc13
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
QKSVPLVATLAPFSILCAEYDNETSAAFLSKATELSEVYGEIRYIRGDGNCFYRAILVGLIEIMLKDRARLEKFIASSRDWTRTLVELGFPDWTCTDFCDFFIEFLEKIHSGVHTEEAVYTILNDDGSANYILMFFRLITSAFLKQNSEEYAPFIDEGMTVAQYCEQEIEPMWKDADHLAINSLIKAAGTRVRIEYMDRTAAPNGGWHYDIPSDDQQIAPEITLLYRPGHYDVIYKKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The mechanism of OTUB1-mediated inhibition of ubiquitination.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/ligase
source organism Caenorhabditis elegans
molecule keywords Ubiquitin thioesterase otubain-like
total genus 87
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature ec 3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1.
pdb deposition date 2012-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF10275 Peptidase_C65 Peptidase C65 Otubain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1300.20 Mainly Alpha Up-down Bundle 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 4dhiB02
3.30.200.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4dhiB01
4DHJA 4I6LA 4LDTA 4FJVA 4DDGA 4DDIA 4DHZA 1TFFA 4DHIB 3VONA 2ZFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AGWA 2DUVA 2WO6A 2UZBA 3G15A 3QTSA 4FKVA 3DA6A 3A7FA 3VUKA 5E8ZA 4DEGA 3DB8A 3FMEA 4TW9A 4IACA 4DH1A 4AW1A 3K5UA 3UOHA 2Q0NA 1X8BA 2BVAA 1KF6D 1XR1A 3EYGA 3MESA 4XRJA 3VIDA 4DFZE 3Q52A 3FDNA 2BAQA 3L9LA 4R77A 1Y6BA 3BGQA 4ASDA 3LM5A 3KEXA 2VWUA 4AGUA 4AOTA 3EQCA 2BS3C 2UZEA 3PYYA 4I6BA 3BHUA 2XNBA 4BJJB 2EXMA 1PMEA 5IUHA 4BZNA 3OXTA 2X2KA 3R9NA 4F64A 3RKBA 4FTQA 1SNUA 3ZS5A 3P4PD 1FOTA 2UZTA 4GFMA 5DPVA 4GCJA 4CKJA 2ZDTA 3C0GA 4HCVA 1M2PA 4YTPD 2HXLA 2WIPA 4I6FA 3HVCA 1O9UA 3LFAA 4ORKA 4Q5HA 3OTUA 4Y72A 3FI3A 3PZEA 3KCKA 5HCXA 2J2IB 4EK8A 1QCFA 3I5ZA 4YTHA 4KBCA 3CQEA 4O81A 5HLPA 2OWBA 3MVHA 4UXQA 2YWPA 3SOAA 5KMNA 3V5WA 3U51A 4LQMA 3VS0A 3VS2A 2OI4X 1ST4A 5E8XA 3HNGA 4O0WA 3I1AA 4CG8A 4F08A 3FHIA 3TACA 4ZJIA 3LXKA 4OTHA 4FEUA 3AGMA 3BU6A 3MH0A 3MWUA 4I22A 4BGQA 4CMOA 3LCKA 4FTRA 4FKWA 1YXVA 5AM6A 2R3MA 4QQCA 2F57A 4GT5A 4IH8A 2PUPA 4EUTA 2AUHA 2C3LA 4U40A 3DZQA 2IZUA 4JG8A 4RX5A 4IB3A 5FEDA 3ANQA 4N0SA 3PXYA 4FICA 3LVPA 4QDVA 3SC1A 1ZLTA 3LAUA 5AWMA 2W1IA 4BYJA 4OW8A 3QRIA 3RAHA 1ZRZA 1YOJA 4C34A 3BQRA 5JH6A 4FIGA 3OY1A 4UEUA 2CLQA 3KVWA 2W1GA 4ZK5A 1TQPA 4UY9A 2QG7A 2QONA 4RVLA 5CNOA 3C0IA 4WNKA 2JDOA 3ACJA 3ZLYA 3QC9A 2PUIA 2UW0A 3VS7A 4YR8A 1QL6A 4EH8A 5JK3A 1XH8A 2ITNA 2X0GA 3HX4A 4BCHA 3GQLA 4IM3A 3DB6A 4ZMFA 5IA4A 1MQBA 4X2JA 4XHKB 3ORXA 5K4JA 4RIOA 4BTJA 3M11A 5C2TC 2XB7A 4GV1A 5CI7A 3A99A 5GHVA 4JJRA 3MY1A 4LFIA 3I6WA 3N51A 3N9XA 4DH8A 2X6EA 3KF4A 4QMMA 5E8YA 4V0GB 3KB7A 3R9HA 3H30A 2JDVA 4YGAA 2W5AA 3ZSHA 1V0PA 1FMOE 1GIHA 4KIOA 3A7GA 5D7VA 4N6YA 4GW8A 4G17A 3TYKA 3UC4A 1JNKA 3P4RC 2WS3D 1BI8A 1CKJA 3SXSA 1W83A 4OTIA 4BBFA 4TY1A 1ZZLA 5GJGA 5HVYA 4ALWA 4BCPA 3VONA 2JBPA 5H9BA 3BYSA 4R7IA 4Y5QA 3R6XA 1UU8A 5M4IA 3LLAA 4R3RA 4UWCA 3R00A 4FZ7A 5CVHA 3E3BX 3CTJA 4QP6A 2YDKA 5AP2A 4L68A 3SRVA 4TYIA 3PXFA 5LMKA 1MP8A 5DI1A 3QUPA 4DEEA 2QO9A 1GZOA 2ITTA 5DE2A 2PL0A 2VTIA 4XG6A 5CT7A 5FDPA 4R5YA 5T68A 2ZFYA 4K0YA 4RJ3A 4A06A 4F0FA 3R7EA 2NPQA 4FG8A 4ZSLA 4TKSA 1G8AA 4QMWA 1FMKA 5BMMA 2VN9A 1JSTA 4FZDB 2IW8A 1KE8A 4DTKA 4X3FA 2QR8A 3OWJA 3EZRA 2W5HA 4XV1A 4RJ5A 3BHVA 3H10A 3QD4A 3Q2MA 4PQNA 2HZ0A 3V5JA 2WXVA 2C47A 5FRIA 5B2LA 3FPMA 3K2LA 3R8PA 4CCUA 2GQRA 2VTRA 5A6OA 4HVGA 1XQZA 2ONLA 4EYMA 4MKCA 2XIRA 3ZCLA 3MH1A 5E91A 3DAJA 4YJOA 3W2QA 4C3FA 4I0TA 4EOSA 5EOLA 4F9YA 2GTMA 1OPKA 4ITHA 4A9TA 2W1EA 4LDTA 3DS6A 1OVEA 1ZYDA 2B76C 1H1RA 4PY1A 4RVKA 3BYOA 4KAOA 4RA4A 2BAKA 4LOPA 4RIXA 4YZDA 3A4OX 1OM1A 5I9UA 5A4TA 3E8DA 2YM6A 2YITA 2Y6OA 4FOBA 2PULA 3RM7A 5ANIA 5CVFA 4U3ZA 3FYKX 2O3PA 3FKOA 3FL5A 3IS5A 2QHMA 2XK9A 2HZNA 3A7JA 3UYTA 3ZEPA 1VJYA 4AAYA 3DZOA 3ZO3A 4RZVA 2WELA 3NUPA 4IZYA 4FTMA 3RALA 2V5QA 4ZTQA 4UYAA 4EHGA 3FBVA 5K3YA 1WAKA 4K6ZA 4RJ6A 3NNWA 3BLRA 3ODYX 3LFEA 4IB1A 4FTLA 4ACHA 4LRJA 1PMUA 2PU8A 2A1AB 3HV6A 3O7LD 3KK9A 3PIZA 3UE4A 4XRLA 5DRBA 4RX9A 3GU6A 3OXZA 1XH4A 4RLLA 1XJDA 4PMSA 3MY5A 4L00A 4QOXA 2VTNA 3LXLA 5K5NA 3E7OA 3KULA 4FOCA 3P23A 3CGOA 3FYJX 3PA5A 1PYXA 2XUUA 3ENHA 5EM6A 3U54A 5JGBA 4I24A 4IJ9A 2OFUA 3U9NA 3U4UA 3NFFB 4L3PA 4ZP5A 3UIMA 3UZPA 4BHZA 3CKWA 2QOOA 2OJ9A 2J50A 4KS7A 3MW1A 3OT3A 4E6DA 3COMA 5AM7A 5JT2A 3T8OA 3BLHA 4Q9SA 4ZY6A 5B7VA 1OUYA 1YHWA 3UOJA 2ZOQA 5HNGA 2CGXA 3CEKA 4MXCA 4CG9A 4QMQA 3FZSA 3QTIA 4O27B 3WF9A 2C0OA 3CY2A 3RAIA 3DNDA 4DH7A 2BTSA 4N70A 4DG2E 3CD3A 1F5QA 4GUBA 3UMXA 4A07A 4DGLC 3QUDA 4PUZA 3EFKA 1U54A 3AE7C 3WYYA 4YSXC 5L8KA 4D5KA 3FI4A 2CLXA 4MD8E 4XV9A 5IDPA 2JLDA 4OTFA 3POZA 1SNXA 2BRMA 4D0WA 3DPKA 5IEVA 3LW0A 3IW5A 4EH5A 4FV3A 1PY5A 2WMUA 4BCOA 3W2CA 2F4JA 4ALVA 3C4EA 2XKEA 2CKPA 3LFBA 3K54A 3LFSA 2OKRA 4JAIA 4O6EA 4UWYA 2FBWC 2HZIA 4ZEGA 2CKOA 2CN8A 4PDPA 3A8XA 1H8FA 4N6ZA 4QMYA 4RIYB 4G3DA 2XRWA 1K2PA 3QRTA 3ORNA 3ABVC 4C33A 1YI3A 3P4KA 5I5ZA 4IX4A 3P1AA 3TJDA 4JIKA 3Q9ZA 3CKXA 3CR0A 4FV8A 4MXZA 3OW4A 4WNOA 2OXYA 4K8AA 4ANQA 3PVBA 2YN8A 2REIA 2W96B 4EK5A 4JIAA 2A19B 5AUYA 3AQVA 5AV0A 1O6KA 4NM0A 3O7LB 3DBFA 1RW8A 2Y4PA 4QMXA 5IPJA 3SD0A 3R0TA 4FEVA 4JOAA 5IQCA 4OBQA 4XP2A 1JLUE 1Q8TA 3FQHA 4M12A 3AMAA 4YC6A 3RPSA 4J8MA 4BRXA 3P4RD 3OW3A 5LVLA 5FTQA 3EN6A 4O7YA 5ANEA 3G9NA 5A9UA 5CAUA 1PXLA 3ZXZA 3VRBC 4FBXA 4Q5EA 4O84A 2Y8OA 3Q96A 4ENYA 5IMEA 3R8LA 1XWSA 3TKIA 3AE4C 3KMWA 4DFUA 3PVGA 4A4LA 5IISA 3IKAA 1MUOA 3LXNA 1WMKA 2R3LA 3NIEA 5M4UA 4GYGA 2ZVAA 4G6LA 4DHZA 4IANA 2HXQA 4NL0A 5KE0A 2JKMA 2B0QA 4AG8A 1OL5A 3AE8C 3PG3A 2XBAA 4KKEA 1WBPA 1J7UA 3WZUA 5FXRA 2XRUA 3Q4CA 3Q6WA 2X8EA 3D5WA 5ANDA 4Y5HA 4L9IA 3UDSA 1CKPA 2OK1A 5IUIA 2NRYA 3VHKA 1ZP0C 4LMNA 4N57A 4F9BA 2YCFA 2ZM3A 5DFPA 3R01A 4GKIA 4U3YA 1YI6A 4D1SA 2PHKA 5L8JA 3EZVA 4RVTA 4HZRA 2XCKA 2HY0A 2O64A 3BEGA 1Y6AA 1F3MC 3BRBA 3FMDA 4FK3A 1Y91A 3ZONA 5C1QB 1YWNA 2J0JA 2R2PA 2ITVA 4HCUA 3ZRLA 3R8UA 1NEKC 1FVVA 1QPCA 3KIOC 4DINA 4EBVA 4RWKA 3EWHA 3TUBA 3GU8A 2BRNA 4BJJA 2JDRA 3HDMA 3QXOA 4YURA 3LHJA 3TNHA 2I0VA 3O96A 5AUTA 5J8IA 3RNYA 2VAGA 3RAKA 4USFA 1B38A 2AC3A 4WBOA 4FNXA 4EYJA 2XVDA 5EFQA 4CGAA 1WCCA 1WBTA 3DV3A 4IC7A 3LFFA 5CEKA 3TJCA 3AE3D 3WZKA 3JVRA 5M4CA 5LARA 1JAMA 1JKSA 5AIKA 4L52A 3B2TA 2VX3A 4JRVA 4HYHA 2HWPA 4IB5A 3UNJA 2AYPA 3I6UA 4XS2A 5FUTA 2GMXA 3P4SD 4BDGA 4FSUA 2ZV8A 2GQSA 4XBRA 5AA9A 4E26A 2PVRA 2C5NA 3NUUA 1PXPA 1AQ1A 3OP5A 2WP9D 1BKXA 2BFYA 2IVTA 4NIFB 4PTGA 3QQLA 4J53A 4XLIA 3RZBA 3O23A 4GU6A 4PF4A 2GS2A 1H25A 1Q97A 3B8RA 4C3RA 5H2UA 2QU5A 5HHWA 3I5NA 5CAPA 3FHRA 4RX7A 2Q83A 1NY3A 3COKA 2QOCA 4QYEA 2WFYA 5HD7A 4YTNC 3WF7A 3AXWA 4O83A 4RWIA 3KY2A 1R1WA 3V8WA 5JQ5A 1ZWSA 4I21A 1XBCA 3G5DA 4ZSEA 1WBOA 2J0KA 5LVMA 2W05A 3RAWA 1KE5A 4IAKA 4YPSA 3V6RA 3POOA 3D7TB 3I79A 4WRSA 1UNHA 4BCKA 3SFEC 4DBNA 3W2RA 4G5PA 2V7OA 4F9CA 3QUEA 5HTBA 5HX8A 3FKLA 4FT5A 3H3CA 2C3JA 2QKWB 4ZS0A 3RP9A 4EL9A 4YNOA 2FYSA 3NUSA 3W2SA 5CVGA 1BX6A 4BB4A 5ICPA 4FG9A 3R2YA 3C9WA 4WBBB 4RGJA 2H88C 5EHOA 4ANSA 5HE3A 5CAQA 4I6LA 4L45A 4K2RA 5E8WA 3AE7D 2JBOA 3EQDA 4JBPA 4NJ3A 4X2FA 5HCZA 5ETIA 5CSHA 2CMWA 4ZTSA 1F0QA 3OXIA 4RQKA 2C6MA 5LQFA 1M7QA 4JBVA 5HU3A 2UW4A 2G2HA 4V0GA 3AECD 3CSVA 3ACKA 4NCTA 1H27A 3FI8A 1PXOA 3TWJA 3DJ6A 3KC3A 3VBXA 3VRZA 4ASZA 4JR7A 3F3WA 3QGYA 5JFVA 5HGIA 3KRLA 1VYZA 4XP0A 3VS1A 5K5XA 4M7IA 2WU7A 3UO4A 2HELA 4BY9E 3IDCA 4FODA 2C0IA 1H0WA 1H01A 4FTIA 5HLNA 5LOHA 3VRAD 4J97A 3T3VA 3OBGA 4F9WA 1ZYSA 5FTGA 3IW4A 4NJDA 3D83A 3W32A 1ERKA 4FIJA 1FGKA 4FSMA 3I60A 3FMMA 4ITIA 4JT3A 4QNYA 1BYGA 4XX9A 3VF8A 5HCYA 4AZFA 2ZV2A 1HCKA 5EYKA 4RFMA 3UVPA 2YM7A 3DQWA 3ORLA 2QLQA 3KA0A 4C35A 2BKZA 3ATSA 3EN5A 3HECA 3IPHA 2R3FA 1SMHA 1PMNA 3LJ0A 3ORKA 1CKIA 3EFLA 2OGVA 2C5YA 3PUFC 5CU3A 4FT0A 3RWPA 4AP7A 1FPUA 1YDRE 2J6MA 3UBDA 1VZOA 4JI9A 4IAZA 2Y0AA 3NZ0A 2NP8A 1ZMWA 3CCNA 4GH2A 3VRBD 2VTJA 3MFTA 5LCKA 3Q4ZA 2EUFB 2O63A 3KXXA 3QTWA 4TXCA 4B8MA 4ZAUA 4NM5A 5GIPE 2AEGA 1H07A 3EQRA 4LL5A 3MY0A 3WZEA 1K3AA 3QA8A 3FEGA 4ZIMA 2VWBA 2R0UA 2XKCA 3LCDA 4QMOA 4PDSA 3C51A 1TQMA 4FKSA 3TDVA 3EMGA 4MQ2A 3V8SA 4J96A 4QP1A 3EQBA 3R8MA 2ITQA 3IOKA 4DH3A 2RFDA 4OTQA 2F7ZE 3P4PC 4DHFA 2IW6A 2CDZA 4RIXB 4GRBA 4MH7A 4MNEB 5CWZA 1PXIA 4R78A 3M42A 3OC1A 2XMYA 3UIUA 2PVKA 3VW8A 4QP3A 3LMIA 5BVDA 2NO3A 2XEYA 4EOMA 3MTLA 1ZP0D 4JVGA 4X7QA 4EORA 5FD2A 4LUDA 2O8YA 2FSMX 3V04A 3R83A 3QLFA 4NW5A 3PUPA 3ZU7A 5AV4A 4DTAA 2YJRA 3SV0A 2WKMA 3IDBA 1JKTA 4XOZA 2XCHA 4FE2A 4K77A 3WYXA 3W33A 2VTSA 2VWYA 4S32A 2W5BA 1GZ8A 3FSFA 5CU0A 1NEKD 3LQ5A 5DN3A 2XYUA 5EKNA 1LEZA 4NZWB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DHJ A;  4I6L A;  4LDT A;  4FJV A;  4DDG A;  4DDI A;  4DHZ A;  1TFF A;  4DHI B;  3VON A;  2ZFY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1AGW A;  2DUV A;  2WO6 A;  2UZB A;  3G15 A;  3QTS A;  4FKV A;  3DA6 A;  3A7F A;  3VUK A;  5E8Z A;  4DEG A;  3DB8 A;  3FME A;  4TW9 A;  4IAC A;  4DH1 A;  4AW1 A;  3K5U A;  3UOH A;  2Q0N A;  1X8B A;  2BVA A;  1KF6 D;  1XR1 A;  3EYG A;  3MES A;  4XRJ A;  3VID A;  4DFZ E;  3Q52 A;  3FDN A;  2BAQ A;  3L9L A;  4R77 A;  1Y6B A;  3BGQ A;  4ASD A;  3LM5 A;  3KEX A;  2VWU A;  4AGU A;  4AOT A;  3EQC A;  2BS3 C;  2UZE A;  3PYY A;  4I6B A;  3BHU A;  2XNB A;  4BJJ B;  2EXM A;  1PME A;  5IUH A;  4BZN A;  3OXT A;  2X2K A;  3R9N A;  4F64 A;  3RKB A;  4FTQ A;  1SNU A;  3ZS5 A;  3P4P D;  1FOT A;  2UZT A;  4GFM A;  5DPV A;  4GCJ A;  4CKJ A;  2ZDT A;  3C0G A;  4HCV A;  1M2P A;  4YTP D;  2HXL A;  2WIP A;  4I6F A;  3HVC A;  1O9U A;  3LFA A;  4ORK A;  4Q5H A;  3OTU A;  4Y72 A;  3FI3 A;  3PZE A;  3KCK A;  5HCX A;  2J2I B;  4EK8 A;  1QCF A;  3I5Z A;  4YTH A;  4KBC A;  3CQE A;  4O81 A;  5HLP A;  2OWB A;  3MVH A;  4UXQ A;  2YWP A;  3SOA A;  5KMN A;  3V5W A;  3U51 A;  4LQM A;  3VS0 A;  3VS2 A;  2OI4 X;  1ST4 A;  5E8X A; 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