The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
267
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structure length |
258
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Chain Sequence |
SLTLTLKETLLASPGVLFLDDITIEKVESEKNLMILLPGLEYLVTRDLLRTKFPEYDFTGPENVRITVEGYSSLKNAVFEEIGKKAEAKDFEAFVVKTFGTLPEKFEPQTIRVTKISKNLFSVFLRFPDTYVTLNMLLRKERNVVVLKRNINVGDVIKEEDVRLEKRNVFEIYGEPFFDVSEVVGKISRRYLKEGTVLTADMVKDPPDVVKGQVVPAYVTTFVEVLENGYLGETVRAMNSRKYVFGRVERGPVLRILE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Thermotoga maritima
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| publication title |
CRYSTAL STRUCTURE OF flagellar protein FlgA FROM Thermotoga maritima
rcsb |
| molecule keywords |
Flagellar protein FlgA
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| total genus |
57
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| structure length |
258
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| sequence length |
267
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-01-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08666 | SAF | SAF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. | ||
| Alpha Beta | Roll | Thiol Ester Dehydrase; Chain A | Thiol Ester Dehydrase; Chain A | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 | Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CM4 A; 4IPJ A; 7AME A; 9AME A; 4AME A; 5MSI A; 1EKL A; 6AME A; 1HG7 A; 3VJP A; 2JIA A; 2SPG A; 3MSI A; 1B7I A; 1KDF A; 4IPI A; 2LX3 A; 1GZI A; 3G8R A; 4MSI A; 9MSI A; 3VKI A; 1XUZ A; 2WQP A; 8AME A; 1WVO A; 1MSJ A; 1C8A A; 2AME A; 2MSI A; 2ZDR A; 6MSI A; 1UCS A; 3RDN A; 7MSI A; 1JAB A; 3QF6 A; 1KDE A; 1OPS A; 4UR4 A; 1B7K A; 2MSJ A; 3FRN A; 4NY6 A; 1VLI A; 1XUU A; 2LX2 A; 3AME A; 3NLA A; 8MSI A; 3TEE A; 1MSI A; 1C89 A; 1B7J A; 1AME A; 4UR6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5J3B A; 1PD1 A; 1X27 A; 4OVA A; 1KD1 C; 4M7D F; 1GFD A; 3EGU A; 2RK2 A; 1EKL A; 5GAM d; 2KE9 A; 2MK5 A; 4JJN K; 1VQ8 Q; 4HCB A; 1SC0 A; 2PQW A; 4LDX A; 3OS1 A; 8AT1 B; 2HNI A; 1W2B P; 1U5S A; 1ZKI A; 3X24 B; 3EL6 A; 4DQ2 A; 1YIT Q; 2GVH A; 3CCV Q; 3VS1 A; 4LUD A; 2CP5 A; 2E4H A; 2A28 A; 1TTH B; 4ANJ A; 4PJN A; 1S1N A; 4L6V 5; 3DKM A; 3EG2 A; 5EC7 A; 3CME Q; 1WQW A; 2AK5 A; 1D3B B; 4PK4 A; 4MOB A; 2LQK A; 2M02 A; 3VS2 A; 1VQO T; 3MP8 A; 3AZ9 A; 2CUD A; 5I21 A; 4EMK A; 1Q82 C; 2QQS A; 1Q7Y U; 5KYW B; 4BI3 A; 1K9M R; 3CD6 T; 4C5I A; 2OAU A; 4M75 E; 3B7J A; 3REB B; 4I4J A; 4QVC A; 1W2B A; 2DL7 A; 3V7S A; 1YI2 A; 2EGI A; 2VGN A; 5GMK l; 5EGK A; 2E1H A; 1QVF S; 2GLP A; 2QQR A; 1X43 A; 3J80 E; 5EGL A; 3D7S B; 4WTO B; 2LCC A; 1KDF A; 4R0K A; 2LX9 A; 4ORZ A; 3OYG A; 3EHQ A; 2RJF A; 3CCE Q; 2A3L A; 4LN9 A; 2X51 A; 2JM8 A; 1YWO A; 3PT9 A; 3RDV A; 4QDA A; 1MV0 B; 1ZA2 B; 4M77 F; 4BDY A; 3R3C A; 5FU7 C; 1D1B A; 1EFN A; 3OYJ A; 1PKS A; 4A4G A; 2R57 A; 3CCJ T; 1NYF A; 4B0J A; 1W4S A; 4HVW A; 3CCM T; 1O9S A; 4LD6 A; 1H64 1; 2K5L A; 4Y92 A; 1VQ5 Q; 1YHQ Q; 1SRL A; 1XUZ A; 2O5U A; 1YJN Q; 2LQN A; 2CY9 A; 2D6F A; 4DBH A; 4NL3 A; 4N4H A; 1SSH A; 2QDL A; 1ZUY A; 4ZTJ A; 4PJO B; 2L2P A; 2GBQ A; 2GQV A; 5GMK i; 2EYW A; 3MJX A; 2E3I A; 3NHN A; 1RLQ C; 5I11 A; 2OIW A; 3QOO A; 2Q2B A; 2RQW A; 1LCK A; 2EYY A; 3PVL A; 2WSE E; 1MV3 A; 1TU0 B; 3VS0 A; 2VAS A; 3M58 A; 4D6W A; 4RG2 A; 2ZDR A; 3VV0 A; 2JN0 A; 2XFL A; 3UT1 A; 5LJ3 g; 2SRC A; 1VQ6 Q; 3AME A; 4DA4 A; 3KFV A; 3CC4 Q; 3HPW A; 3R3A A; 4DBF A; 5E1V A; 3BW1 A; 2FRY A; 2JTM A; 5HMC A; 3AT1 B; 5IHN A; 2KNB B; 3GEK A; 1ABQ A; 4DEX A; 3L2R A; 2CP3 A; 1YIJ T; 2CYE A; 1IQ6 A; 2JOY A; 1RAA B; 5GJW B; 4JRP A; 4L59 A; 3LBB A; 5J26 A; 3L2V A; 3LGL A; 2G6F X; 2DO3 A; 3CC2 A; 3THK A; 1MHN A; 1UTI A; 2CP6 A; 1OPL A; 1YJW Q; 1WLP B; 3R3D A; 4B0B A; 4W78 B; 1M3B A; 3CBM A; 1QCO A; 5M9O A; 5LJ5 g; 1C6V X; 4RMM A; 4MZQ A; 3QPH A; 5EG2 A; 2DM1 A; 2J6O A; 3OYH A; 2HSP A; 3SFM A; 2DET A; 5HK0 A; 4KH1 B; 4M75 F; 2DEQ A; 4GAK A; 4ORD A; 3G6E Q; 1VA7 A; 1BK2 A; 1NLP C; 5BP2 A; 3CCL Q; 4N0A C; 3DP0 A; 3DKZ A; 1PSF A; 2RF0 A; 3E2U A; 1XJW B; 2CRE A; 1E7O A; 2F0X A; 2KQW A; 3OYB A; 2LRQ A; 4NOY A; 5FU7 B; 1CSK A; 2X4J A; 5GAM h; 2E64 A; 1Q95 G; 2LP5 A; 4AME A; 3PTA A; 4J9C A; 5HK3 A; 1AWJ A; 1Z9Z A; 3OYE A; 2V1O A; 1IRX A; 4E7S A; 1OZ3 A; 1VQ9 A; 3SD4 A; 4RTW A; 4LD9 K; 4D8K A; 5CQX A; 1M27 C; 3OYL A; 2YLB A; 3QO3 A; 3A8G B; 2BZ8 A; 3LLR A; 2DXC A; 5DM7 R; 1X6G A; 4ZGE B; 4RTV A; 3R6N A; 2J6F A; 2DIL A; 4AFZ C; 1B7J A; 2P0Q A; 9AME A; 3CC7 T; 5IT9 E; 1HK9 A; 3G4S Q; 4M7A G; 1D0Y A; 2CYZ B; 3VJP A; 2G3R A; 3KG6 A; 4C92 E; 3WEW A; 1M1G A; 1SEM A; 3LBE A; 2OAF A; 4FQ9 A; 4LNP A; 1N6A A; 5HMB A; 3K67 A; 4XTZ A; 2KXD A; 3KHP A; 2LC4 A; 5GAO m; 4K11 A; 1UB4 A; 4M20 A; 1VQ4 T; 2LDM A; 1M4Z A; 1OX9 A; 3REA B; 5GAO l; 3DB3 A; 3VS7 A; 1OI1 A; 1W70 A; 2D0N A; 1I1J A; 1UGR B; 2D1X A; 2YXY A; 4Z89 A; 2SPG A; 4RLT B; 1OQK A; 2VWF A; 3EFO A; 1GL5 A; 3CCS Q; 3CXC A; 2QDY B; 4FYW B; 4HCK A; 1GXI E; 2LX7 A; 2HAX A; 2O88 A; 2H8H A; 2RD1 A; 1WZO A; 4OMQ A; 3P3F A; 1I81 A; 2C2I A; 2J05 A; 1KQS P; 3OMG A; 5D7U A; 2X3X D; 2HLJ A; 3KUW A; 3BNV A; 1NLO C; 4Q5W A; 4FW1 A; 2L8D A; 3CCR A; 2H3E B; 7AT1 B; 3CMA A; 1JJ2 P; 2RHI A; 1S72 T; 3GOX A; 1QWF A; 1N27 A; 1EIF A; 2EKH A; 4HVU A; 2MF2 A; 2KBT A; 2KVQ G; 4E7H A; 3SWN C; 1BCO A; 5KL9 A; 3P2S A; 1ACM B; 3M0U A; 1JQQ A; 1F1B B; 2K3Y A; 2XHC A; 3OSS C; 1BI3 A; 1OX8 A; 4JS5 A; 4K02 A; 1KQS A; 4X9C A; 4C5H A; 2DIG A; 3OW2 P; 2NWM A; 1KIK A; 2XMF A; 2HEQ A; 2W3X A; 3RMS A; 1WXT A; 1IGQ A; 3NTH A; 3MEV A; 3CPW P; 1WLV A; 3DB4 A; 2QA4 Q; 2RMO A; 4E2F B; 4MML A; 2OTJ T; 1JJ2 A; 1IB8 A; 1Q4U A; 1UEC A; 1H3Z A; 3JB9 F; 1VQP T; 1BI1 A; 2ESS A; 1VQM T; 2BKD N; 4Z02 A; 5GAO q; 4OOC A; 3UWN A; 2BZX A; 2FZK B; 2KR3 A; 4DEY A; 4B0I A; 5BUY A; 4JDS A; 1IRE B; 3M54 A; 4RLJ B; 2W10 A; 2OKI A; 1KJW A; 4MSI A; 4Y91 A; 1KHI A; 2QK0 A; 1RAG B; 2K5I A; 2OJ2 A; 2KYB A; 3QYH B; 3SDZ A; 1TUG B; 3IR3 A; 1KC8 U; 1RUW A; 2V1Q A; 4ZN1 A; 3M0S A; 3EH1 A; 2XU8 A; 5GAO p; 2DTO A; 4XTW A; 4C92 F; 1SSF A; 2C0I A; 4JRI A; 2RQR A; 3QUI A; 1TUD A; 3KH8 A; 4IUV A; 5FU6 C; 3PIP A; 3G71 T; 2LVM A; 1K9M C; 5KYY A; 4M7A D; 1VQN Q; 9ATC B; 3OYM A; 5LJ3 f; 3JCM J; 1ZSZ A; 2O4X A; 4EIK A; 2DJQ A; 3CK1 A; 4H4G A; 2DL8 A; 4CC7 A; 4QQ6 A; 1MKA A; 2AKL A; 1UDL A; 3SB2 A; 2X9H A; 3E29 A; 1B7I A; 5IXB A; 4B6M A; 1N9R A; 3CCU T; 1I07 A; 1XQH A; 2PUO B; 4IEN A; 3JCM P; 5CO7 A; 3VUZ A; 1QVF P; 1N8R C; 1J1Y A; 4F7U A; 5A0G A; 1TUC A; 3SWN B; 5LJ3 e; 1VQL A; 1C89 A; 3B7K A; 1VQK A; 4CC4 B; 2CT4 A; 1G83 A; 3OMC A; 3QBY A; 4PJO E; 3BFM A; 4BE0 A; 1AT1 B; 1J3T A; 2HD0 A; 4HCZ A; 2O6T A; 2KRO A; 3I56 T; 1ZHG A; 2YUP A; 5DY9 A; 1B34 B; 4J6X A; 2KEA A; 4FCY A; 3MPU B; 4DBR A; 1KQ2 A; 4RLW B; 2DRM A; 1GFC A; 1PN4 A; 4M77 G; 4OML A; 1X01 A; 5IHK A; 1NJK A; 3QHS A; 2RO0 A; 1Z9Q A; 2CZ0 B; 1NZ9 A; 2BTT A; 4QFW A; 1T0H A; 4HVV A; 4KUL A; 2FYK A; 2DIQ A; 4QVZ A; 3JV3 A; 2LMJ A; 5LJ5 e; 3I55 T; 2XIC A; 4AMC A; 4U3V A; 1M1K U; 2VVK A; 1RL2 A; 2L5Q A; 3RIR A; 5SZZ A; 2EBP A; 3BY7 A; 4RLU B; 4UR4 A; 1K0X A; 1BIA A; 1WX6 A; 1QVP A; 4UR6 A; 4F16 A; 5T06 A; 5CK9 A; 3ASK A; 1WHK A; 2YRD A; 2B6E A; 1R0B G; 2L0A A; 2P84 A; 1UHC A; 1OV3 A; 3M0R A; 4CRI A; 4EMK C; 2F2W A; 2ED1 A; 1IZ6 A; 5FU6 B; 2XDP A; 1LOJ A; 2NUT A; 6AT1 B; 3VS3 A; 3SEM A; 2DAQ A; 2GTJ A; 1YI2 Q; 3P8H A; 2DYB A; 4NY6 A; 4OOB A; 5GAN g; 4F17 A; 3FJ5 A; 3FJP A; 2MMP A; 2V8I A; 5KYU B; 1D1C A; 3N5B B; 3I9Q A; 3EAE A; 4M7A C; 5BUW A; 2E5K A; 4NS5 A; 2HMA A; 4RTZ A; 4II1 A; 5LJ3 j; 2MWP A; 2LJ1 A; 2QAZ A; 1WHJ A; 3PFS A; 8ATC B; 1KC8 R; 5FW9 A; 3MEA A; 2CZ6 B; 2L3S A; 4IUP A; 1Q86 U; 3KV7 A; 3TCJ A; 4ELZ C; 5SZY A; 3WVE B; 2E12 A; 1LVK A; 1LO8 A; 3A8L B; 4KUD K; 1ZX6 A; 4FL6 A; 4M75 G; 5GAN 6; 3LMB A; 1RI9 A; 1Q7Y C; 3H41 A; 2CP7 A; 1FMV A; 5GMK h; 1U8R A; 3Q62 A; 3ZH7 A; 2VXF A; 3D04 A; 1ZUK A; 2CSI A; 4GY5 A; 5LJ5 j; 2LX2 A; 4PJO F; 1QVG S; 3LWI A; 1VH5 A; 1RLP C; 1VQ8 T; 4ZW0 A; 4IIO A; 4L5G A; 2DE0 X; 1YIT T; 2I0N A; 4MOC A; 3CCV T; 1Q4T A; 1VQ7 A; 3M0T A; 1G3T A; 4QT7 A; 4A12 A; 4F7U G; 3C12 A; 3LWG A; 3UAT A; 3CJY A; 4PJJ A; 4FYY B; 3CME T; 4CC2 A; 2O9S A; 2NUP A; 4ATO A; 1GBQ A; 2BE7 D; 2P0P A; 3LH5 A; 2DKG A; 3QDR B; 2RHY A; 1I0C A; 4EMK B; 3UPU A; 1M8M A; 2VC8 A; 2OAW A; 5KKU A; 3INZ A; 3H9N A; 2YUQ A; 2YUN A; 3CCQ A; 2FRW A; 3CC2 Q; 2OTL A; 2DBM A; 1ZUU A; 1MMG A; 2LNV A; 1QMC A; 5KE3 A; 5CKE A; 4HZO A; 2K3B A; 3OYI A; 3OQ5 A; 1NJI U; 2VZ9 A; 4RKU E; 4A0Z A; 1M90 C; 4X1V A; 4M78 A; 1MMN A; 1M1K R; 3HFO A; 2CGH A; 2JIA A; 2KXC A; 3M0P A; 3CCE T; 2FEI A; 2GLM A; 3M5A A; 5EP5 A; 4F14 A; 3TRE A; 2X4X A; 4FT4 A; 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