The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
107
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sequence length |
308
|
structure length |
308
|
Chain Sequence |
ADLSSRVNELHDLLNQYSYEYYVEDNPSVPDSEYDKLLHELIKIEEEHPEYKTVDSPTVRVGGEAQASFNKVNHDTPMLSLGNAFNEDDLRKFDQRIREQIGNVEYMCELKIDGLAVSLKYVDGYFVQGLTRGDGTTGEDITENLKTIHAIPLKMKEPLNVEVRGEAYMPRRSFLRLNEEKEKNDEQLFANPRNAAAGSLRQLDSKLTAKRKLSVFIYSVNDFTDFNARSQSEALDELDKLGFTTNKNRARVNNIDGVLEYIEKWTSQRESLPYDIDGIVIKVNDLDQQDEMGFTQKSPRWAIAYKFP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the adenylation domain of NAD(+)-dependent DNA ligase from Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Staphylococcus aureus
|
| molecule keywords |
DNA ligase
|
| total genus |
107
|
| structure length |
308
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| sequence length |
308
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
6.5.1.2: DNA ligase (NAD(+)). |
| pdb deposition date | 2009-09-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01653 | DNA_ligase_aden | NAD-dependent DNA ligase adenylation domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 | DNA ligase/mRNA capping enzyme | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3M B; 4LF4 B; 1XNR B; 4GKJ B; 2F4V B; 3T1H B; 4NXM B; 3RTX A; 3UQ8 A; 4LF5 B; 4JYA B; 4UCS A; 5LMN B; 1N36 B; 4DV7 B; 1IBK B; 4UCR A; 4KHP B; 4LH6 A; 2ZM6 B; 4JI2 B; 1IBL B; 4CC6 A; 2HHH B; 1CKN B; 5D1O A; 4LF6 B; 1HR0 B; 2UUC B; 3GJX B; 5D1O B; 3GDE A; 3VNN A; 4NXN B; 3T1Y B; 1N34 B; 4DR7 B; 2UXC B; 4DRF A; 2OWO A; 4EFB A; 1CKO A; 1TAE A; 1DGS A; 4X62 B; 3JSL A; 3PN1 A; 1FJG B; 1XK5 A; 1XNQ B; 1CKM A; 1HNX B; 4DV6 B; 4JI0 B; 4UFZ A; 3OTO B; 4OX9 B; 1X9N A; 3SGI A; 4DV5 B; 4DR5 B; 4UCT A; 1HNW B; 3RR5 A; 4EQ5 A; 2VUG A; 1V9P A; 4DV0 B; 2UUB B; 4LFB B; 2UXD B; 3S24 A; 4JI5 B; 4DV1 B; 4DV4 B; 2E5L B; 2Q2T A; 1VS0 A; 5FPO A; 4DV3 B; 3NC0 B; 4UCU A; 3NBY B; 3TY5 A; 3W5O A; 5IWA B; 4DUZ B; 4JI4 B; 1N32 B; 3L2P A; 2HVS A; 1B04 A; 1I94 B; 3W1G A; 4DR3 B; 3NBZ B; 5BR8 B; 2HVR A; 1IBM B; 1P8L A; 1A0I A; 4JI3 B; 1XMO B; 4DR2 B; 2VQF B; 3KYH C; 2UU9 B; 4JV5 B; 4TOI A; 4X65 B; 1TA8 A; 4UCV A; 4LFA B; 1XDN A; 1N33 B; 5LMU B; 2VQE B; 3QWU A; 4B3T B; 3BAB A; 4LF7 B; 3BAA A; 3TY8 A; 1S68 A; 2HVQ A; 4UCO A; 4LF8 B; 4PZ8 A; 5D1P A; 2CFM A; 3TY9 A; 3GB8 B; 4EFE A; 4LH7 A; 4PZ7 A; 4DR6 B; 5FPR A; 3BA8 A; 1J5E B; 4EEQ A; 4GKK B; 4CC5 A; 3BA9 A; 4AQY B; 1FVI A; 4YHH B; 1P16 A; 4JI7 B; 4LFC B; 4E6N A; 1CKN A; 4JI8 B; 2HIX A; 4JI1 B; 4DUY B; 4X64 B; 4DR4 B; 1ZAU A; 1XMQ B; 2UXB B; 4B3S B; 4YY3 B; 3JSN A; 4X66 B; 2HIV A; 3W1B A; 4GLX A; 4K0K B; 4B3R B; 4LF9 B; 4PZ6 A; 2Q2U A; 5DIS C; 4JI6 B; 2UUA B; 1HNZ B; 4DR1 B; 4DV2 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I1L A; 4AIL C; 4LF4 B; 1H2M A; 2W8K A; 2P22 C; 4LF4 H; 3DC6 A; 4JYB A; 5CA1 B; 1SA0 A; 1T94 A; 4GKJ B; 4MSW C; 2JVD A; 3SJC C; 5FNV B; 3E8G A; 3UKM A; 3ZMZ A; 4NXM B; 4O2A B; 3SYA A; 1EZV H; 5DQI A; 4AQY H; 4LF5 B; 2P6J A; 2A9H A; 4DV7 O; 4LF5 H; 1IBK B; 3I12 A; 3V4S A; 1IXB A; 3EXA A; 5LXT B; 4JI2 B; 4TQR A; 1IBK H; 4JI2 H; 2R7Z G; 3GTP A; 3T9F A; 4IHJ A; 3OUZ A; 1D2D A; 2EUL A; 4RUE A; 3ORQ A; 4NXN B; 4I50 F; 5J9P C; 5BWW A; 4NXN H; 3JAW B; 2XCP A; 2EIM B; 2ZE5 A; 3SJA C; 2ZXW C; 1HNX O; 3WB1 A; 1TUB A; 2Z3Y A; 3LDD A; 5KUK A; 2ALZ A; 4CS2 A; 2HJW A; 3M7M X; 2R84 A; 1SQP H; 1PP9 H; 3ZHQ A; 3RR5 A; 3KCY A; 4I55 F; 1R3I C; 2Q8V A; 5JVD F; 1SEI A; 3R23 A; 3BQ1 A; 1EN5 A; 3HKC A; 5DN6 G; 2EJR A; 1AP6 A; 4FLZ A; 3NC0 B; 2QWN B; 1VQ8 V; 3AG4 B; 4XYL B; 1ZL8 A; 2B1I A; 1KC8 W; 3T99 A; 5EZY F; 5KFH A; 3H3V H; 2B63 G; 4I50 A; 3QO5 A; 3H0G G; 2ZNI A; 2ZD9 A; 2FPG B; 2DZD A; 1O75 A; 4B7E A; 5KT6 A; 2ABJ A; 1HP8 A; 3HXL A; 1J95 A; 2OT5 A; 1WB7 A; 5C93 A; 5LHH A; 2CW8 A; 4RZR A; 2ZCE A; 1Q5O A; 1E4E A; 1KB9 F; 2EX3 A; 1RPO A; 2UUB H; 3T4D A; 3TY8 A; 1IUR A; 2HVQ A; 4I55 A; 4JPR A; 3SPJ A; 3E2E A; 2X6A A; 5D1P A; 5JVD A; 4DV4 H; 3GVM A; 2PVP A; 4DR6 O; 3KG2 A; 3E89 A; 3ZHT A; 1AN7 A; 1V55 C; 3RVY A; 4GKK B; 2QEX V; 3FX7 A; 5EIB C; 5KHI A; 2X5R A; 4DUZ H; 3ASO C; 4KUM A; 4BW5 A; 2RMK B; 2FML A; 5EZY A; 3K5I A; 2BTQ B; 4R8U A; 2PYL A; 2ASL A; 3ABM B; 1M90 W; 1M6V A; 4I0X B; 4X66 B; 3M9O B; 2X0L A; 5DAA A; 1DV1 A; 1YVW A; 1BXR A; 5DGI A; 4ED0 A; 2YC0 A; 2YXL A; 1QLN A; 2UXX A; 1KKD A; 1Q8I A; 5C1O A; 1ARO P; 5KT4 A; 5DIS C; 3M4I A; 2JA5 G; 4EYI B; 1QVG U; 4ECY A; 4L87 A; 3K3V A; 1VQK V; 4A93 G; 1EZJ A; 3JAL B; 1XI1 A; 3AG3 B; 5B66 Z; 4PA6 A; 4JYA B; 1JPX A; 5C8Y A; 1S10 A; 4J9O A; 3M99 B; 4KHP B; 1IBL O; 1PNL A; 2DMX A; 4GUN A; 2COJ A; 1GGO A; 4X1I A; 3GIK A; 4A2A A; 3OR6 C; 1HR0 O; 4MA0 A; 4JZ2 A; 1DV2 A; 3GJX B; 3CC2 V; 4YJ2 B; 2ZDI C; 4TSF G; 1Q6H A; 2CTR A; 2W6I G; 4CS3 A; 5EWE A; 2ZE8 A; 1Z5W A; 2P4V A; 5KFC A; 4DR1 H; 2NU9 B; 3K58 A; 1S76 D; 3V6H A; 2IBK A; 1EKP A; 4BIO A; 3IG0 A; 3T1H H; 3K3W A; 3OSP A; 1VQ6 V; 3KZI Z; 2GDS A; 1I1K A; 4X9Q A; 4DV0 O; 5IYB O; 1JIH A; 4WFB V; 3ZS8 C; 2VQD A; 3CB2 A; 4PDB A; 2AU0 A; 1WH2 A; 1ZHQ A; 2Q2T A; 4DV2 O; 2UUC H; 4QWE A; 5LHI A; 4Q8E A; 1KUT A; 2DYS C; 2B1G A; 1G6U A; 3VQX A; 4CBC A; 1M7J A; 5IJ0 B; 1DIK A; 3HO8 A; 3C0F B; 3AG3 C; 4QPK A; 2WA4 A; 5BPH A; 1FJG H; 1Y76 A; 3HKD A; 4GCZ A; 3W7S A; 4JGS A; 4A5U B; 4IRK A; 4O4H F; 4U3F H; 5KFB A; 1ENV A; 3B8M A; 3SPH A; 4JAS A; 4TQS A; 1JDE A; 1FXK C; 3ICX A; 5CA0 B; 2H94 A; 1WSC A; 4O2B B; 1KP3 A; 1XHX A; 4G2K A; 3QWU A; 4MTF A; 3K9S A; 2NLJ C; 4N23 A; 1UC8 A; 3CSX A; 4FBT A; 1NTK H; 4GX0 A; 4FZ1 A; 2RNB A; 2Z02 A; 2R70 A; 2VOB A; 1P7B A; 3HKE A; 2JS3 A; 3CYO A; 2R8J A; 2YL2 A; 1JJO A; 2WA3 A; 3HOY G; 2WYO A; 1J5E B; 4F4L A; 1S77 D; 2YIC A; 3FAV A; 1J5E H; 3JAM W; 1Q82 W; 2JEJ A; 2F66 C; 3N2G B; 5KFV A; 4JI8 B; 4J9M A; 4X64 O; 3W1B A; 1NT2 B; 1M56 C; 1NKD A; 4O4H A; 5IDJ A; 4YP3 A; 5DGH A; 3PVX A; 4PBC A; 5DLG A; 3K5M A; 2R92 G; 3I5D A; 2W6N A; 1KJQ A; 1YDX A; 3E8B A; 2ZR2 A; 3HOW G; 4FM1 A; 3OHA A; 5JH7 F; 3VQY A; 5KG0 A; 5DGB A; 3SI8 A; 5EK0 A; 5F9L A; 3RB0 A; 4FLU A; 1WJZ A; 4F6R B; 1VQ5 V; 4AI8 A; 3FB8 C; 5BZB A; 5DGA A; 3CE2 A; 2J9G A; 2V9W A; 4JAA A; 3JAR A; 2V5A A; 4LR3 A; 1BE3 H; 1UPG A; 5LMN O; 1JVM A; 5GON B; 1IXM A; 3B09 A; 5KG2 A; 1XHZ A; 4BAY A; 2ZM6 B; 4YJ3 B; 4YY3 O; 2HHH O; 5D1O A; 3FKI A; 2ZM6 H; 4ED6 A; 2HGS A; 2QWO B; 2R8K A; 1E4G T; 4K0K H; 1V54 C; 3SPC A; 3WWI A; 4RWU A; 2JA8 G; 4H0L B; 3ETE A; 4FFL A; 5CBH A; 3GV8 B; 2Q67 A; 3LUT B; 1MSD A; 3DXR B; 1M93 A; 3WU2 Z; 4O7N A; 1SER A; 4GC6 A; 2C2E A; 3K5H A; 1H2G A; 4NYE A; 1B6S A; 5JH7 A; 1WA8 A; 1I08 A; 3EPG A; 1AUV A; 1THZ A; 3S3W A; 2P67 A; 4J7Z A; 4OX9 O; 5FJ8 G; 3F5T A; 4KP4 A; 2EIJ C; 3G80 A; 4RAI A; 4YB8 B; 2FP4 B; 1JOY A; 2DYR B; 1HDJ A; 1KTA A; 1VF5 B; 2VUG A; 2F1M A; 2W8L A; 2UXD O; 1P4R A; 4HNA A; 4JI5 O; 2YWV A; 1I1M A; 3GID A; 1K34 A; 3OEE G; 4TUY B; 1KJ9 A; 3RGX A; 1RJR A; 1WP7 A; 1O9G A; 5H9C A; 3K57 A; 1V4Y A; 3ZHV A; 3HKB B; 2JA7 A; 3C3T A; 2IU3 A; 1JR9 A; 2Y0S A; 2Z0A A; 1SQQ H; 4TQF A; 1M5I A; 4MA5 A; 5D5Q A; 2FE3 A; 4FLY A; 1NR7 A; 4ECX A; 1KJI A; 4LF8 B; 4J9Q A; 1VQ7 V; 3EHB B; 1NJI W; 3M9M B; 4EBC A; 4LF8 H; 1EN6 A; 1WPB A; 3AYH B; 2HHF A; 1F51 A; 4DV3 H; 4J10 A; 3HKZ E; 5FPR A; 3BA8 A; 5LOV F; 1V51 A; 5KG3 A; 4QW9 A; 3ML0 A; 2DYR C; 1GKF A; 2W7P A; 4YHH O; 2YW2 A; 2M6Y A; 2A1H A; 1GM7 A; 2K9P A; 5GW7 A; 4E6N A; 4Y8V B; 2HR3 A; 2WLL A; 4DR2 H; 2UXB B; 1AI7 A; 2PMZ E; 1VAR A; 2Y69 B; 1CP9 A; 4B3R B; 3HB9 A; 5K3W A; 2WLM A; 1QLE C; 2V58 A; 3UYY A; 2YZM A; 4QGP A; 1CPY A; 3A2F A; 3HKZ A; 3SR2 C; 1AR1 B; 4ZQI A; 2YIA A; 3NUA A; 1FD9 A; 4R6Z A; 4LF4 O; 1H8H G; 4RB3 C; 4U7O A; 5KLV H; 3CXC U; 3CSW A; 5JVL A; 5F9N A; 1BHB A; 2W6P A; 4UB6 Z; 4AQY O; 1YXB A; 2PMZ A; 4LF5 O; 2W9B A; 4X88 A; 5LOV A; 3KAJ A; 2OIG A; 3JD3 A; 1KP2 A; 1IBK O; 1IYE A; 4FFM A; 4JI2 O; 2V4Q A; 1CKN B; 4Z1V A; 5LYJ B; 1UFI A; 1JLL B; 5D5P A; 4YAK B; 5C1P A; 1WLE A; 4FE2 A; 5L3E A; 4NXN O; 3GTG A; 3T1Y B; 2E2H A; 4M0J A; 3K59 A; 2Q73 A; 1DLB A; 2BCC H; 2O57 A; 2JDI G; 5HV6 A; 3KHH A; 2BQ3 A; 2R93 A; 4QWA A; 3LUL A; 4A3G G; 1NS1 A; 2WAM A; 1XNQ B; 3KKY A; 1DAA A; 1XNQ H; 3RYI A; 2DWC A; 5KMG B; 1G4Y B; 4U7C A; 3W7U A; 5H6R A; 3CHX A; 1ZUQ A; 5KG6 A; 1Y1V G; 3L4K A; 3RGB A; 4IIJ B; 2C2A A; 2RCV A; 5IYC G; 5B1B C; 5LP6 C; 1F23 A; 4CKB A; 5IWA B; 3JAM N; 4K3A A; 3LWB A; 4MV7 A; 4XYM B; 1FAF A; 3BY6 A; 2WPD G; 1I50 A; 4CHI A; 3T1C A; 3TEK A; 4UV8 A; 4X1Y B; 2IJI A; 1EZ1 A; 3AX6 A; 1GYF A; 3MAQ A; 1L1F A; 1VP7 A; 3JAS B; 2E5L H; 1O9H A; 3DGE A; 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3TQ1 A; 4X1K B; 3BVO A; 5K1X A; 2AGP A; 4XDL A; 4O7V A; 4BY7 G; 2UUC O; 4MTD A; 1BMF G; 2DJV A; 4LF6 H; 2F95 B; 4HNT A; 2QA4 V; 3J80 W; 3HKC B; 3E5N A; 1I2K A; 5HBR B; 2M05 A; 3U54 A; 3MD0 A; 5H5N A; 3P3N A; 2VS0 A; 4KL1 A; 3T4Z A; 1FJG O; 3AG1 C; 4NR1 A; 1N0J A; 1ZL8 B; 1K83 A; 2QKC A; 1SQG A; 2JEF A; 4I50 B; 2O03 A; 1C30 A; 3CCQ V; 4YR3 A; 2VA3 A; 4JV2 A; 3U55 A; 4TV8 B; 4U6P A; 3GWO A; 5ITZ A; 2YEV B; 4MVS A; 2CAZ C; 4O4L A; 4YXW G; 4ZHQ B; 5JQG A; 1RM1 B; 1CXZ B; 5L3C A; 5BYB A; 1GMG A; 1W93 A; 2VA2 A; 3H40 A; 1K4C C; 4PZ8 A; 1JDB B; 2ATL A; 2OCH A; 2QGN A; 4TV9 F; 5KT3 A; 3K5N A; 5JVD B; 3ZRV A; 1J5E O; 1I0H A; 3FB5 C; 5KG7 A; 3RIZ A; 3GLK A; 1GTO A; 2QDO A; 3TK1 A; 5KFL A; 4MVM A; 5EZY B; 3W7T A; 1XMO H; 2JRI A; 4J9S A; 3G6B A; 3SYP A; 1XMQ B; 5A2Q W; 1EFR G; 1XMQ H; 1KU9 A; 5J2T B; 5KFU A; 3JAK A; 2YZL A; 1LNQ A; 2FYU H; 4L1K A; 1YTF B; 3UCS C; 3RB3 A; 2W9C A; 5BMV F; 4BIZ A; 5EYP B; 1K1Q A; 4BIU A; 4DW1 A; 3GIM A; 4LP8 A; 2R8G A; 4W4K A; 1AJP A; 3ZJZ A; 3RYC A; 5I5Y A; 2VWJ A; 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