The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
122
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sequence length |
440
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structure length |
440
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Chain Sequence |
PGIYTNFKAAAAERTKAGERGTVALPLAASWGAAKEFVEINKEEDVEKKLGLSLAHQSFLLLRETLKLAKTVLVYRLNDGIKATATLATDVVVTAKYGGIVGNSITIKVDENVVDSSKKDVTTYLNEVAVDKQVVGTASELIDSNYVSFKTTSTSELQQSSGTTLVGGTDQPVTNLDYTQFLVSAEGEYFDTIAFPVSSSDVALKTSFVSFVKRMRDEQGVKIKGVVANMPADYEGIINVRNGVTLRDGTILEPHQVVAWVAGADASASMLKSNTFVKYDGAIDATPRLANDEAEEALQNGEFVLTFDARDKAVYVEQDLNSLTTFSKEKSSKFRKNKISRILDGINNDTRRNILDAIKERKDANTDIPADENGVQFILSMQTAYLNELQDSGAITNFDSTADITVSLNNNVDGFIVNQSIEPVDSGEKFYFTTEVKLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Northeast Structural Genomics Consortium Target LkR115
rcsb |
| molecule keywords |
Lin1278 protein
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Listeria innocua
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| total genus |
122
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| structure length |
440
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| sequence length |
440
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-01-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04984 | Phage_sheath_1 | Phage tail sheath protein subtilisin-like domain |
| A | PF17481 | Phage_sheath_1N | Phage tail sheath protein beta-sandwich domain |
| A | PF17482 | Phage_sheath_1C | Phage tail sheath C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3LML A; 3HXL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DR5 E; 4EBE A; 5KP3 A; 5DQH A; 2LYX A; 5C4X G; 2JEG A; 4QW9 A; 4X64 E; 2DB2 A; 3PW5 A; 4XB5 A; 5DNY A; 2FPP B; 4FR9 A; 2XSH B; 5KFH A; 3T1Y H; 3GZR A; 1FUT A; 2KAA A; 2NAB A; 1G0T A; 4KT3 B; 1TWH A; 2VUM A; 2ASL A; 1RMD A; 1SAR A; 4C5B A; 2DLN A; 2XIG A; 4O3Q A; 4DR4 E; 1X5W A; 2GU3 A; 2WE6 A; 4A3F G; 1YSA C; 1FGQ A; 1AH5 A; 2VRD A; 4X65 H; 2NU8 B; 5IT9 W; 1IT8 A; 2MC5 A; 2EMX A; 5KFV A; 1ZQ7 A; 2FLL A; 1MOL A; 4R1K A; 1O7P B; 4IS1 C; 3HOU G; 3OSN A; 1BXR A; 3GZB A; 1TRQ A; 3BGH A; 4LF7 H; 3GTM A; 2JY9 A; 2LRS A; 3KAK A; 4ME6 A; 2CQY A; 4YR0 A; 3V99 A; 3TIG A; 1T39 A; 3CCL 3; 3EPJ A; 3SXX A; 4DV2 H; 4IR1 A; 4AEQ A; 2PMZ E; 1B20 A; 1YIT 3; 5F9N A; 4GSP A; 1LQM B; 2BMR B; 4FMA A; 1X49 A; 5ELJ A; 4J5K A; 5FW5 A; 3SYU A; 2VQF H; 2RPC A; 2UUA E; 2CKF B; 2Z77 A; 3QZ7 A; 1I3F A; 5KG2 A; 2JEI A; 4DL7 A; 5DLF A; 2NUG A; 2E2I A; 1UUW B; 1WH2 A; 2F5W A; 2GPS A; 1Y1W A; 5AE2 A; 2PBZ A; 2YU9 A; 2EN2 A; 3OSP A; 4HYK A; 2IBK A; 4C2M A; 4EXR A; 1A1L A; 5KG7 A; 4HBR A; 2CH9 A; 3PCR A; 5DRV A; 1RGL A; 3MR3 A; 4HR7 A; 5KT2 A; 2EM7 A; 2CKZ B; 2CFG A; 2F4V E; 2OTL 3; 4JV1 A; 2RSI A; 2FV4 B; 3HPS A; 4ZM8 A; 4A3J G; 1OHP A; 3HZP A; 4TV8 F; 3G8Z A; 4MMX B; 5KL3 A; 2FLN A; 2QA4 3; 3RV3 A; 3EBY A; 1T4O A; 2W9P A; 3SX1 A; 2R92 G; 4GHO A; 3SLU A; 1ZO2 A; 4I5Q A; 3ZG5 A; 4J9M A; 3UL5 A; 5KL6 A; 1VAJ A; 2VPQ A; 1K9M 4; 4N6V 0; 3WNZ A; 4ZOL F; 2EPP A; 3KSE D; 2UUC H; 1US1 A; 1VQ8 3; 4HM5 B; 3SOY A; 2LV2 A; 2P0A A; 3Q3F A; 3FDS A; 2FNQ A; 3T5L A; 1CE8 A; 1P8L A; 2ENC A; 4JI3 H; 3KCH A; 3K3V A; 5LMU E; 5IWA H; 2EM3 A; 4R2S A; 4STD A; 2M9A A; 5A6B D; 4YB8 B; 4CDL A; 2IYJ A; 3CMA 3; 2B7V A; 5CAE B; 2UXD H; 4J8T A; 2YTG A; 3RB4 A; 2EPZ A; 4O8S A; 3DUK A; 2ENA A; 4WFT A; 1M0T A; 2W56 B; 2EPU A; 2UUB E; 1N48 A; 2QYZ A; 4A3M G; 4HM3 B; 1X6H A; 2RDJ A; 5KFN A; 2D42 A; 1SR9 A; 3Q8Q B; 1UN6 B; 2GHF A; 3BF2 A; 5HOH A; 1DV2 A; 4B3M H; 4ED3 A; 4UCR A; 4DKI A; 3VYX A; 1QAL A; 5CB4 F; 3F6G A; 4A3G G; 5AIG A; 4IWY A; 1VQK 3; 4BTX A; 4DR5 H; 3F8N A; 2UU9 E; 4B3T H; 3EN1 B; 2O9U X; 1MWS A; 4X64 H; 1VBG A; 2B9D A; 2XR8 B; 2EN4 A; 4A3D G; 1W7C A; 4FS1 A; 1A1J A; 3H4B A; 1WQL B; 2CK3 H; 1BRH A; 3J7A K; 3LOY A; 2I87 A; 1BRK A; 1S97 A; 5IYZ F; 1X1W A; 4F9C B; 1TWG A; 2PMZ A; 5KFL A; 3WOD G; 3J80 C; 4DR4 H; 2B63 A; 5M18 A; 3JRW A; 4Q8F A; 1LOX A; 3MHH C; 1Y14 B; 2UUG C; 1GQE A; 3M9M B; 5C8Y F; 4NXM E; 4IAJ A; 4AYB E; 4J9O A; 5FLX W; 1BRI A; 1JIH A; 4RZM A; 4IIA A; 1TAE A; 4BBS G; 1WXR A; 5EVH A; 2EWL A; 1RJR A; 2C2R A; 1QU6 A; 4L1K A; 1GSP A; 4RB1 A; 4JF8 A; 2UXC E; 3BAA A; 4K1U A; 2L2K B; 4DV7 E; 2CFW A; 4NHR A; 2W6M A; 4IWX A; 3R5H A; 4HM2 B; 2OH2 A; 1BNS A; 2EP3 A; 4QWC A; 3WOF B; 4KHP E; 2D9H A; 2C2D A; 5DG7 A; 4NZV A; 2XD4 A; 1ULJ B; 3EPL A; 2MDG A; 4HAA A; 3MKI A; 2WOF A; 3I0Y A; 2UUA H; 4IT7 A; 2Q2T A; 5D1O B; 2CFD A; 1TU5 A; 4O3O A; 4LFA H; 2B1X B; 1EH7 A; 3AHS A; 4BBY A; 1UW1 A; 1DE3 A; 3T1H H; 4R80 A; 5KG0 A; 3ALA A; 5FPR A; 1B6R A; 2RQL A; 4HOH A; 2DIX A; 3WO0 A; 1EHI A; 3AYH B; 3DMC A; 1UGI A; 4Q43 A; 3G6V A; 2F4V H; 3A5E A; 3K5I A; 3HK4 A; 3ER7 A; 4RB0 A; 4DR7 H; 1EG9 B; 3B4O A; 4RAY A; 4XYL B; 3A76 A; 3GTK A; 2NUA B; 1KJQ A; 2HJJ A; 1TA8 A; 1Q86 4; 5BPH A; 1MEY C; 1BU4 A; 4G1M B; 2B3T B; 2F5M A; 2ASD A; 3VHT B; 1ASK A; 4BY1 G; 3KZT A; 3D3L A; 1NB5 I; 1IOW A; 1DV1 A; 4HNU A; 1E4F T; 4RB3 C; 1GMR A; 4YAK B; 3LTB A; 4MEI A; 4O3R A; 2P0X A; 2EJ4 A; 2XSO B; 1N34 H; 1OGZ A; 4NLG A; 1I50 A; 5LMU H; 4LF4 E; 3OV4 A; 1C7H A; 4EEY A; 1SII A; 5JH7 F; 4JYA E; 5C1P A; 2XGN A; 2A15 A; 1WTH A; 2UGI A; 2LT7 A; 2IMW P; 2LQV A; 3HII A; 3T5J A; 1OPY A; 1EQK A; 3GTL A; 4L7K A; 1BSC A; 3KHR A; 1T5Y A; 1TTO A; 5KL2 A; 2ZJT A; 2CC3 A; 2EPN A; 1J2B A; 1JZO A; 4AYB A; 5IYB G; 3S5C A; 4X66 E; 1N56 A; 1W96 A; 1VQN 3; 4MAM A; 3RDE A; 3X3Y A; 2K54 A; 4LTY A; 1ULI B; 2B24 B; 4KZ1 A; 1D6Z A; 1WHN A; 2YTI A; 3BNE A; 2UU9 H; 2K4V A; 2C00 A; 5TSE A; 1N9J A; 5LYJ F; 5IEN A; 1I2G A; 1I0X A; 3NQY A; 4GL6 A; 4N6M A; 6STD A; 1K1Q A; 1GO3 E; 3UL6 A; 2XCP A; 3HKZ E; 3JAM W; 1GY5 A; 3PW4 A; 4LFB E; 2R41 A; 4JI2 E; 1Z1S A; 2EN3 A; 2OTJ 3; 1T4L B; 3EYY A; 2FP4 B; 1RDS A; 2ZDG A; 4EYI B; 1YUJ A; 1ROV A; 2YTO A; 3EE1 A; 2CG1 A; 2HMK B; 2YTD A; 2Z6B A; 1V74 A; 4J9N A; 1Q40 B; 4F2J C; 2Z7A A; 4QWB A; 1RNT A; 4JV5 E; 2RDI A; 2DWC A; 5BPF A; 1W00 A; 4NXM H; 2CX1 A; 3KN4 A; 1KEE A; 1AUX A; 4I4K A; 2J6T A; 3RF2 A; 2EOE A; 2N8X A; 5IG4 A; 3RB6 A; 5IYD G; 1IV7 A; 1I0V A; 5JBS A; 3CXC 2; 3HTX A; 4YBZ B; 1A90 A; 1YPN A; 2EMB A; 4R9L A; 4R8O A; 2JWO A; 3EBT A; 1O0W A; 2UXC H; 4FCM A; 1RK6 A; 1BBG A; 1A0I A; 3IMA B; 5KG5 A; 3NBB A; 4DR6 H; 3KFQ C; 4ZHQ F; 4BIR A; 1CQJ B; 3DGN A; 4MA5 A; 4BWS C; 2VQE E; 2W6O A; 2ELZ A; 4ILF A; 4XYM B; 2EOI A; 3BA9 A; 2W9B A; 4KHP H; 1KYQ A; 2OQE C; 2EL5 A; 4B3S E; 1IV9 A; 5CF2 A; 1VZZ A; 3CPO A; 3LYG A; 5KT3 A; 1QMA A; 4EV5 A; 3RJ0 A; 3MHE A; 4RU9 A; 1T36 A; 1VQQ A; 2EMY A; 2KF6 A; 2KHX A; 2YTQ A; 4R2D A; 3CVZ A; 3NBJ A; 2CZG A; 5IYC G; 3TQM A; 1GOV A; 4N6L A; 3I56 3; 4Q28 A; 2XRX B; 3G8C A; 5AE1 A; 5KG6 A; 2FPI B; 4YP3 A; 3HB9 A; 6RNT A; 5KG3 A; 2JA5 G; 2LE2 A; 1NWW A; 1C3O A; 7GSP A; 2NU7 B; 5KX5 F; 1OAC A; 1S5A A; 3LLH A; 3B8L A; 1B69 A; 5HGR A; 1WR2 A; 2W7P A; 3THO B; 2YRH A; 5H80 A; 2EOJ A; 5KFU A; 3OWY A; 3GIQ A; 3PGB A; 1B27 A; 2AQ4 A; 3FF2 A; 2N3G A; 4HM8 B; 3Q8S B; 3UQ8 A; 3GID A; 1W6C A; 3MR6 A; 3GIL A; 1DMM A; 1AQZ A; 1SPU A; 4JI1 H; 4J9A A; 4OOG C; 2W7O A; 4BXX G; 1PJQ A; 4YJ3 F; 1SFO A; 1DET A; 1K28 A; 3GQC A; 1NDO B; 3M4I A; 3GWR A; 1BVI A; 1KC7 A; 3G6E 3; 1CS0 A; 3F14 A; 2W9Q A; 4OX9 E; 2EL4 A; 1DI2 A; 4RZQ A; 3RBE A; 1N5P A; 3AMO A; 1N9E A; 4DUZ E; 1Z1B A; 2YYA A; 5KFK A; 4RUA A; 3SED A; 2MKD A; 1BGS A; 2HGH A; 2LO3 A; 2PVP A; 3I12 A; 4DUY E; 2V85 A; 3I4M G; 4X66 H; 3D5G A; 1DGC A; 4JRF A; 3PW7 A; 2BT3 A; 3T0U A; 4UCS A; 1JKG B; 2RSM A; 4YHH E; 1GD4 A; 3DY5 A; 5CXO A; 2FK2 A; 2XCL A; 4GC7 A; 4ED1 A; 3RTX A; 3NUV A; 3WHO A; 1JNQ A; 1UHZ A; 1B2M A; 4QW8 A; 2EM6 A; 2F4Y A; 2RS7 A; 2KXG A; 3CC4 3; 2WZO A; 4R2A A; 1PFP A; 2F86 B; 2HMJ B; 4EGJ A; 1PKP A; 5ELU A; 3R5F A; 1UC8 A; 5KT7 A; 2EOO A; 1EEJ A; 4DL4 A; 3BU4 A; 4YY3 E; 1XNR H; 2E1M A; 3GZX B; 4LFB H; 4O5G A; 1Q42 A; 4JI2 H; 4JI8 H; 3IN5 A; 5JQW A; 3RGA A; 3GAX A; 1G02 A; 1WMN A; 1RJP A; 2E2T A; 4GKK E; 4IJD A; 3NV0 B; 1KJ9 A; 5KFC A; 4M30 A; 1IOV A; 5D83 A; 4LU9 A; 4ED8 A; 2V4R A; 3V4S A; 1RCK A; 3KSP A; 2L3J A; 1TRP A; 1UCJ A; 5EQL A; 3ETH A; 1LOW A; 3OHB A; 1PDA A; 4QWE A; 4ZQI A; 3VGN A; 5HV6 A; 2ZL8 A; 3BQ0 A; 5LC7 A; 3PR5 B; 5D82 A; 3BQ2 A; 4P78 A; 4CC5 A; 4U6P A; 4DL2 A; 2RGV A; 1OWT A; 1AUV A; 1FZU A; 4R8U A; 2JOX A; 4O3S A; 1NB3 I; 1S0N A; 2IA7 A; 5EZY F; 4LH6 A; 4M2Z A; 1MWT A; 4B3S H; 2FK1 A; 1JV2 B; 2R8J A; 5AEU B; 4RH8 A; 2JQ5 A; 4DV3 H; 7RNT A; 2R84 A; 1RGK A; 2KF5 A; 3WMD A; 3BIR A; 5BR8 E; 2R76 A; 3URP A; 1FGR A; 2WGO A; 4BS9 A; 5KT4 A; 4LF6 H; 4ECV A; 1IBM E; 1MWR A; 3OUZ A; 1ZBQ A; 3BNB A; 5KFS A; 2CHC A; 4J9Q A; 3GIP A; 5GON F; 1ZGX A; 2R93 G; 2ZM6 E; 4LMY A; 4FCZ A; 3ADI A; 4YR2 A; 2F8B A; 2GSP A; 2L3C A; 2L92 A; 1GSH A; 2H0H A; 5AYS C; 4CJN A; 2XH9 A; 1QVG 2; 1BAN A; 2PNC A; 3CCR 3; 1YYW A; 4FM9 A; 1FA3 A; 1A1K A; 3G16 A; 3M8C A; 1EZ1 A; 4HKV B; 4WD3 A; 3NGD A; 1RCL A; 2CWU A; 3L2P A; 2W9A A; 2L1S A; 2V59 A; 1BRN L; 4ZI7 F; 1N5H A; 2EOS A; 5LLQ A; 2EM2 A; 5KFW A; 1IU7 A; 3S27 A; 5A6J A; 4FBU A; 3JUO A; 1W5Z A; 4PEJ A; 1YVB I; 4X62 H; 5A2Q W; 1GYF A; 3F7X A; 1CQS A; 1E4G T; 1A2V A; 1TF3 A; 1B2X A; 2VPS A; 1JX4 A; 3JVC A; 2G7H A; 2INX A; 1LNH A; 3EJV A; 4LYL B; 1UBD C; 4RAZ A; 1ULZ A; 1YJN 3; 3M9O B; 2EN8 A; 3DZL A; 1BSA A; 4LMI A; 2EMA A; 4ECZ A; 1GLV A; 2LTR A; 1QAF A; 2EOQ A; 4DUY H; 2GPW A; 4MV8 A; 3OML A; 3GV7 B; 1BNC A; 1BRJ A; 5KFY A; 4A93 G; 3GTQ A; 1MNL A; 1QJG A; 3H4D A; 3BND A; 1AVK A; 4BMJ A; 3S29 A; 3DM8 A; 1W6G A; 5G2G A; 1GTK A; 2YU8 A; 1I2F A; 2KCD A; 2YZG A; 4H3U A; 3LTA A; 4NHF A; 5KFF A; 1T3B A; 1IVW A; 2F99 A; 5KFM A; 4GLX A; 1RMS A; 4BCA A; 2RS6 A; 1GMQ A; 5I47 A; 3EPG A; 3DF6 A; 2I9W A; 4YY3 H; 3CQZ A; 2JVA A; 3N41 B; 1N32 H; 1IBL E; 1JB4 A; 1LOY A; 4BHB A; 3V98 A; 1M6V A; 2R92 A; 2BQR A; 1T3N A; 3OWU A; 4WWU C; 4DV5 E; 4LSX A; 3PXM A; 1YFH A; 4UFZ A; 3PR4 A; 5FGO A; 1YGE A; 1BRS A; 1UDI I; 4CC6 A; 1VKZ A; 3QG5 C; 2W6N A; 1KBL A; 1WCM G; 2EQ1 A; 2YW2 A; 2R6F A; 4MLQ A; 4WFO A; 1I70 A; 1E4E A; 2V86 A; 1FVI A; 5STD A; 3Q1C A; 3CPW 2; 4L5N C; 3FIG A; 5BIR A; 4HQ6 A; 2VF1 A; 4WYQ B; 2CW8 A; 4ED6 A; 1I6U A; 2Y73 A; 2QIY A; 3AV0 A; 2RTX A; 2C4B A; 4LEH A; 4IHJ F; 1CYV A; 3JU0 A; 2EOX A; 1J26 A; 2DPJ A; 4M9U A; 3Q8R B; 2C10 A; 5IXM B; 2KF4 A; 1FW7 A; 3OTO E; 1YZ9 A; 5HBR B; 1VQ7 3; 4ZYG A; 1DMN A; 1IVU A; 1QAK A; 1SIH A; 2YSP A; 2GBW B; 1JDE A; 3RAQ A; 2XEP A; 1LVN A; 1GY6 A; 2LTS A; 1HR0 E; 1HNX H; 1A67 A; 2PN1 A; 2EPA A; 5BR8 H; 2Y0S E; 1GGO A; 1W93 A; 1OUN A; 1W6Y A; 4JI6 E; 3GIK A; 4K61 A; 2HJW A; 3RMP A; 3RV4 A; 3LML A; 4ECS A; 1IBM H; 4O02 B; 2CWV A; 4F6N A; 4LGQ A; 2WAQ A; 4N3V A; 2ASJ A; 2ZM6 H; 5CFF E; 1I94 E; 2UX0 A; 1MWU A; 3K5T A; 1NO3 A; 1XNQ E; 1GOY A; 4DV4 E; 4WYK A; 5M1A A; 3ADG A; 1EH6 A; 3RGX A; 3HOW G; 1G96 A; 1RGC A; 1XMO E; 3LWB A; 4A3I G; 4I8O A; 2W9C B; 4O4H F; 3UK3 C; 4J0M A; 3R5X A; 3PO2 G; 3LTC A; 1DGS A; 1RTU A; 2BBG A; 3TII A; 4BHC A; 2NUE A; 3H0G G; 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