3OSQA

Maltose-bound maltose sensor engineered by insertion of circularly permuted green fluorescent protein into e. coli maltose binding protein at position 175
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
614
structure length
607
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENHLSHNVYIMADKQKNGIKANFKIRHNIEDGGVQLAYHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKGVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYIQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNGGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEDLKDAQTRIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A genetically encoded, high-signal-to-noise maltose sensor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protei
molecule tags Fluorescent protein, transport protein
source organism Escherichia coli o157:h7
total genus 187
structure length 607
sequence length 614
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.155.10 Mainly Beta Beta Barrel Green Fluorescent Protein Green fluorescent protein 3osqA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3osqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3osqA01
4RYSA 4OEUA 4U2RA 3OXNA 3IB1A 3U0NA 2OK2A 4HE4A 3G3IA 1M5BA 4KGFA 3GZGA 3CR9A 5JEIA 4H3MA 3CFXA 1IXIA 4JBZA 1P1NA 3KOTA 3U72A 1XOCA 2G6YA 2P4MA 1RYOA 2FL1A 2H99A 1URDA 2QLEA 3M8UA 4W6RA 4LA9A 2JADA 3G3JA 2IEEA 5HZSA 2GX0A 3OD7A 3TEPA 1HSEA 2ANJA 4F39A 2Q2CA 3FXUA 4DXOA 2P0SA 1Y4TA 5LOMA 2AWMA 3U0LA 3L6HA 1MDP1 3PV0E 2PXWA 4YICA 4Z4MA 3PMVA 2DDCA 2OTEA 2A5TB 3IB2A 3V83A 4BDLA 4W6CA 4H47A 2ESNA 2B3FA 3SG7A 3U8AA 3ZKKA 4DZ1A 3H03A 4ELPA 4X1DA 5H8FB 3QUFA 1O63A 3ONMA 3TYHA 4ZZAA 2G93A 3EK7A 3PUVE 3N6TA 4W77A 4EF1A 4RA1A 4RJZA 1XVXA 4GWOA 4ZDMA 3SG6A 1M5DA 2DE3A 4C1TA 2DXYA 5I58B 1EZOA 4BDOA 4AQ4A 2KLFA 3CG3A 4W6UA 3K6VA 3CFFA 4KA9A 4OJ0A 4XXUA 4YKPA 4LQTA 4KFQA 2Q2AA 3DQDA 4DKMA 4YKIA 3LVCA 3RN8A 3PMXA 1I6QA 1QYQA 2OKWA 1RKMA 2WIQA 1LB9A 2HAVA 2XXRA 1YPNA 3RUMA 2Q57A 3KJTA 3NT9A 4ECFA 3IOVA 4F2QA 1JVXA 5CBSA 3U93A 3SSLA 2H4IA 3IOWA 1FQAA 1UTHA 4BDQA 3LF4B 1POTA 4KW4A 2WKYA 2XXYA 1MXYA 2DUFA 4Z0IA 3IOTA 4QFOA 4NE4A 4F22A 4FAJA 5I59A 1RRXA 2DQVA 3R7XA 4H8IA 4OGSA 4DCXA 3KN8A 5KDTB 5AA2B 2CMOA 1EMGA 2VADA 3DELB 3FASA 4OFJA 3N6UA 2Z1OA 2HXWA 2QS3A 5HZUA 2YPNA 4R9GA 4DXIA 4ZEIA 3VXBA 2DDDA 2AL5A 2AL4A 2IB6A 1B32A 2PBWA 3KCTA 1MYWA 5DT6A 4GLIA 4EMQA 2V84A 5FVGA 4F3GA 4ZB1A 1YHIA 4QFPA 1IITA 5DPIA 1B3FA 2A56B 2QZ0A 4W6IA 4PFYA 4LW5A 3CBEA 1PB8A 2PYYA 3OEMA 2NOOA 3IK6B 1ZJLA 1ZGOA 2Z23A 1I6AA 1OXDA 3LSFB 2RCBA 3MP6A 3E4RA 3EF7A 4AS8A 2WHTA 5JTYB 5TPAB 4K3FA 2Y84A 3MVZA 2XXIA 4R6HA 1MG1A 2RC7A 3CSBA 2IOVA 1H76A 4KR5A 4OQOA 4ZE9A 3SG5A 3TCGA 1Q35A 1XSSA 1F0BA 2A47A 2QPQA 3MPKA 5KCJA 5T3IA 4PFUA 3UORA 3WLDA 1JW4A 1Y1ZA 2DUGA 3W9WA 3CB9A 1KYSA 1SDXA 4PPKA 2UYFA 3Q26A 5ELVA 4ZEKA 2XXQA 2E1SA 3SETA 4Q7TA 3IR1A 3VDFA 5TU0A 5CMCA 1YJFA 4Q7RA 2R6GE 2O1LA 2FYIA 2R71A 5DTLA 4EN1A 4YZZA 3SKPA 2DVCA 4EDOA 1A40A 5DPGA 2ABHA 3W9VA 3DQHA 5H89A 1B7UA 5DRFA 1ZIUA 3VXCA 4THIA 2GHAA 1IEJA 4OHSA 2HCGA 3CRBA 4HCYA 3T96B 1ATGA 3FIRA 3C4MA 5TP9A 2NUVA 3C36A 1EMFA 3TTRA 1P1QA 3GJ1A 4XKQA 2REGA 1CE2A 3B6QA 5I57A 4XOVA 1EZ9A 1OMPA 4YMBA 1W7UA 4IK8A 1HCJA 4M4GA 3TELA 2REJA 4IO5A 5FHNA 4C1UA 4F1VA 1GL4A 1ZLQA 3UFZA 3OO6A 2YFPA 4KW8A 2HGDA 1D3KA 4LZ8A 1H6RA 3CVGA 1FCKA 5AA4B 4W6NA 4B5YA 3U0KA 2OGRA 2Z6ZA 1LCFA 2VGQA 5K2YA 2FNCA 1S6ZA 1O64A 4EQ7A 1SI0A 1B7ZA 2PT2A 3C34A 3SG2A 3ECRA 3GBBA 3BXAA 3QK6A 1NNFA 2WHUA 3K00A 3TAJA 4QSDA 4R6BA 5H8HA 3U0MA 4RXLA 3O77A 2DWIA 4I62A 3HO7A 4HW8A 4R2FA 1YHHA 4C0RA 1MRPA 3RNNA 1EMBA 1XMZA 4IK1A 1UIUA 1POY1 4KPTA 3SSPA 3MZ9A 5I2NB 2V25A 3K1PA 2VOZA 3FGSA 3GL4A 1XVYA 1OVTA 2XHDA 5ITPA 1N76A 4FORA 1HSJA 1MOVA 3LSWA 1ZGPA 4P76A 4E0WA 5EHMA 1OLAA 3HV1A 5DTXA 3SRYA 2EMNA 1B51A 3FJMA 4AB6A 4H8JA 3S9NC 4RNSA 3G3HA 4X9TA 3E13X 2F8DA 2I6EA 3MZ1A 3PMWA 4B30A 5EYFA 4ONYA 3IORA 4W6PA 3I5OA 2HFBA 4NTLA 2G2SB 3SERA 4OFOA 3CD1A 1P1OA 5I56B 4G68A 5H87A 4OQWA 1B4ZA 3SVBA 4TOZA 1DTZA 3O2AA 4JWOA 1B2HA 2I4BA 3IL1B 2ZXTA 3RY3A 4PPLA 3EHSA 2YE1A 3O28A 1MXWA 2D21A 5CMKA 3GJ2A 3LA1A 3M24A 3HHFA 1Y20A 2HQ0A 5A5XB 4EXLA 3KG2A 5L9OA 4R2BA 3TUSA 3SDFA 2ZYMA 4NF4B 5DVJA 3V5AA 2Y0GA 3DPWA 4LJDA 3M3KA 2OLBA 3DQ6A 3SV5A 3FVNA 1QUKA 3D4GA 4G68C 2AHAA 4I2YA 4TLMB 1I69A 4Q5TA 1MPBA 2I58A 2W7YA 4F3SA 3ILTB 1JW5A 3EVRA 1LBBA 4ISUA 1QULA 2V4EA 1TXFA 4OMBA 3DP4A 3LC8A 1IXGA 2P2AA 4MLVA 4LUBA 3PUYE 2XXWA 4PQJA 4F3BA 5DEXA 1SI1A 3ZSFA 1QY3A 4OFLA 4KPIA 5ISUA 1RMOA 4OTEA 3W15C 3OEKA 3DQ8A 5LK4A 3SVEA 2XD2A 2GW3A 1JETA 3O66A 1LGBC 2I48A 2IE2A 2XX8A 1C4FA 1KWHA 3S9LC 1FQBA 4O3CA 2ZNUA 2Q88A 3K01A 2V4EC 3DQOA 2Y7PA 4KI0E 4HTGA 3RQTA 1GR2A 3FVGA 4F31B 4HQ9A 3H7MA 4U1OA 2F6GA 2O24A 5H8QB 2WISA 3TQLA 4FIMA 3CFLA 3DQ3A 4PP0A 3WCKA 2IA4A 1HSLA 2F34A 2XX9A 2Z6YA 1LAHE 2M8CA 3DP8A 3BBRA 3MBPA 1LAXA 3LR1A 4W76A 4KYDA 3H6TA 3TPAA 3VVFA 3SVCA 2PX1A 4EUOA 2DUHA 3U8CA 2HEUA 2O84X 2A5TA 1Q4AA 2DOJA 1LFIA 5DU0A 1EMCA 3T66A 5L9SA 1UIVA 1WVJA 2VP1A 2X7PA 1RMMA 4NWCA 3VLVA 4XKNA 1QYOA 4XGYA 5H8FA 4POXA 2POXA 3FXRA 3H3GA 2O69A 4QSCA 5HZOA 1ZBMA 4DXCA 2A52B 4DXUA 1AH5A 3TFLA 3LVDA 2G16B 5HW9A 4WXJA 1B9JA 3CI8A 3FV1A 3U8QA 2Q89A 1GV8A 3DPZA 4EXKA 2XXPA 1HUYA 4W7XA 3GXAA 4XL5A 1JEVA 1JNFA 1US4A 3FZVA 5H88A 4F3PA 4JWYA 2VD2A 4JWXA 4DIGA 4W6LA 5I58A 2XXVA 3QXMA 1A8EA 3A3UA 3KN3A 5AA1A 1IXHA 4IK5A 4ANJA 3GBAA 3TQWA 4QRZA 3K1NA 4IO4A 4H67A 4ZF3A 5B7DA 2UVHA 2ZMUA 1PC3A 5CI5A 3G7WA 2D3IA 2ZMWA 2FZUA 3MVXA 4XKPA 3VFJA 1URGA 3UN6A 4IZNA 2UVJA 1AIVA 4OENA 2HPWA 3EVUA 5HBDA 3DPXA 3KEIA 2THIA 3OSRA 1GGXA 4IY6A 1GGGA 2I49A 4GQOA 3RWTA 4DXPA 1QJMA 4GOBA 3C33A 2Y7KA 2HQKA 3VVDA 2VVJA 4H48A 3DQ5A 5JK4A 3V89B 1MY1A 4DXBA 2O2BA 1Z1PA 2RINA 3Q25A 4ZBLA 4W7AA 3TTKA 4JSOA 1XC1A 3O97A 2ZO7A 2DD7A 3W1DA 3FUZA 4IK4A 3VK1A 1MY3A 1J1NA 3BFTA 4YMAA 4L12A 1LFHA 3PD9A 3H1OA 2QLGA 1RMPA 1NNKA 2VD3A 4W6HA 1R9LA 4IB2A 5IAIA 4BDRA 2Z8FA 4JGEA 1A54A 2RC9A 4QFKA 4IO3A 1W7TA 4OEVA 4F18A 4R6DA 4YU0A 4ZECA 3EVVA 4LJBA 2A54B 3IO4A 1N3XA 2XXTA 4J8AA 4ZFSA 3IB0A 2B65A 4NWSA 1A7LA 4NF6A 1G7KA 3RWAA 1YFPA 3THIA 4X48A 1M5CA 4W6AA 3MP1A 4N13A 1QW0A 3KN7A 3SEXA 4H5GA 2G6XA 4DXQA 4H5FA 4PFWA 1Q73A 4W6TA 1H45A 4GVOA 4BLAA 1MXVA 1ZGQA 1XAEA 4ESXA 1Y3QA 4O3BA 3ZULA 4JDFA 4U22A 1IUDA 3OOAA 2GH9A 1XHYA 2ONRA 3E5WA 3DQ4A 3H6VA 1D4NA 3IR8A 3WLCA 2I0CA 3BXBA 2WHSA 3P8UA 3V8XB 1Z1QA 2V3UA 3MUQA 2G6EA 3NEZA 1S7YA 4OY4A 2F5XA 4HVFA 5AE4A 1D9VA 5CC2A 1ANFA 2OCUA 3TODA 1UTHB 4YKJA 2B3PA 1SW4A 5F7VA 4ZE8A 4KQPA 4ZZEA 2GRVA 3EHTA 4U4XA 3PPPA 3P7IA 4OZ9A 5B70A 3O6IA 1Q4EA 3SEUA 4I9DA 2OTBA 4NF5B 1VFEA 2LAOA 1FTJA 1LFGA 5HPQA 1Q1KA 4PETA 4ELQA 1EMEA 4KCDA 2AWJA 2QRFA 3EKHA 3DLNA 1B5HA 2PXSA 4OETA 3DQCA 2Y7RA 3NEDA 2UYEA 4W6OA 4PFTA 4DCYA 3DQFA 2YLNA 3K4UA 3LSLA 2RF1A 3CFHA 2O29A 4POWA 5HM4B 2G5ZB 4NWDA 4YB6A 4JRBA 2B3BA 3DQ2A 1B1HA 4KF5A 1FQEA 2AYSA 1BLFA 1B58A 1SYIA 4IGRA 1KYPA 3DQJA 5CM6A 1YJ2A 3H1RA 3UGWA 4G4PA 3TCHA 1B9CA 1Y3NA 5I2NA 4G77A 4NF8B 4HQCA 3CD9A 4F19A 5KCJB 2EMOA 3DQAA 1DMBA 2RC8A 4H6DA 3LF3A 5LTRA 4E0XA 2QS4A 1MM6A 4LONB 2F7AA 4GIZA 3RT6B 3KSJA 4KF5C 1Q4DA 2D5WA 2A46A 1VE4A 2VZXA 4QF9A 3AI5A 3MZBA 4MBPA 4OERA 3SEVA 4YB7A 2I3VA 1NMUA 1MPCA 1LLSA 1OVBA 4W6SA 3IO6A 1DPEA 1UISA 1DOTA 3DQ1A 5J1DA 4GD5A 2FWQA 5I56A 3FATA 4UACA 3K02A 2NVUB 1P1WA 3K6UA 1NNPA 4LQUA 4DLDA 3EHUA 5TP9B 3N5LA 3PU5A 1B0LA 1QKAA 3R26A 5DQBA 4W6JA 4GRKA 5A5XA 1Y4CA 3QYTA 4W6BA 2OWTA 1US5A 5DVFA 3SVSA 1FQFA 1MS7A 4G2ZA 4KAGA 2YJPA 3EVPA 4GFRA 4NF4A 4RPOA 1EMKA 3FJGA 2A53B 2HZLA 3PPNA 4EULA 2GFEA 5DTZA 2AWKA 4BDMA 2HZKA 4F1YA 1URSA 1Y1MA 2XXXA 4BDUA 3G3FA 1P1UA 1A99A 5HBCA 2QRYA 2G29A 4ORNA 3IOUA 5H8NB 4MLQA 3TKDA 1A55A 4H0WA 5I2KB 2WSOA 4FEBA 3SVRA 3O6HA 4M1VA 2YDZA 4ELRA 1AMFA 1UTBB 5EXCI 1MQGA 1MQJA 4KHZE 3ZUFA 4U21A 3N26A 4RK2A 5DQMA 1D9YA 1IQ7A 1BFPA 2BTJA 4JSDA 3UP9A 5EB6A 1O7TA 4ZINA 4JFGA 4BDNA 3KJ7A 1B4HA 1N0TA 5EB7A 4P1QA 3FD3A 5BTTA 1DSNA 3P28A 1N7XA 2FA7A 5CRYA 3JV9A 3SVDA 1B5JA 2Y7WA 1AL3A 3HCQA 3C32A 3OGOA 3DQUA 4GESB 4LZ7A 4OYVA 1S50A 1MM7A 4KD5A 2I4CA 1WODA 2OKYA 3MGFA 4HS7A 4PE5B 4F29A 4ZF4A 1NNTA 4O3AA 1QYFA 3RT8A 3W1CA 2XXHA 1USYE 4Q7UA 4OWDA 1OQHA 3OENA 4TZGA 4KW9A 2NWJA 1SYHA 3IP2A 5DYHA 5FHOA 3PUXE 3DQKA 4GXSB 2O6AA 2DE4A 1A8FA 3CGLA 4G68B 4LJDC 3OELA 5DTBA 3BX9A 1TFDA 1YTVA 4RYWA 3PJ7A 3M22A 1ZU0A 4IGTA 1TWYA 5EXBA 1EMLA 1EZPA 4I1DA 1H44A 2DYXA 2CZLA 3GLBA 4LVQA 1MY0A 3MWBA 1YZWA 2QJEA 1XQMA 2H25A 5FHVA 4Q30B 3QIMA 3EN3A 3UIFA 5K2XA 2Z8DA 1M5FA 3T22A 1PEBA 3AI4A 1MQHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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