3OSQA

Maltose-bound maltose sensor engineered by insertion of circularly permuted green fluorescent protein into e. coli maltose binding protein at position 175
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
614
structure length
607
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENHLSHNVYIMADKQKNGIKANFKIRHNIEDGGVQLAYHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKGVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYIQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNGGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEDLKDAQTRIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A genetically encoded, high-signal-to-noise maltose sensor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protei
molecule tags Fluorescent protein, transport protein
source organism Escherichia coli o157:h7
total genus 187
structure length 607
sequence length 614
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.155.10 Mainly Beta Beta Barrel Green Fluorescent Protein Green fluorescent protein 3osqA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3osqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3osqA01
2C9IA 3PMVA 4R6BA 1LFIA 1R9LA 2NOOA 2O84X 5DPJA 3EKJA 3U8CA 4H65A 2V4EB 1JETA 5CMMA 3ONMA 4TZGA 3NEZA 3PGFA 1EH3A 4GL0A 3DQCA 2QSXA 4F3SA 3BKIB 3BXBA 1WDNA 3TMTA 3EF7A 1USYH 3WLDA 3SVUA 4W74A 3PMWA 4EN1A 1EMKA 2ARLA 1LFGA 1H4UA 4F1YA 1TWYA 1SI0A 3FJ7A 2Z22A 3IR8A 2PT2A 2DWHA 3RTFB 1KYPA 2H5OA 1OXFA 3SG3A 4U1OA 3LS3A 2DUEA 5CMCA 2F7CA 4F3BA 3TAJA 4NF4B 2H25A 3MVYA 1I6AA 3LF3A 2OTEA 3OO7A 2BTJA 2YDZA 4G8NA 3DQIA 1PB8A 1PC3A 5CI5A 1MM7A 1Z1PA 4QFKA 2A5SA 4F3GA 1MXVA 3KGCA 1KYSA 4JSDA 3FVOA 5DYHA 5LTPA 2CMOA 1DTZA 1BFPA 2ZMBA 3QUJA 1GTKA 1YHHA 1MPBA 4N3DA 1NMUA 1NH8A 4H6DA 5AQBB 4RYAA 2RH7A 3SKPA 1JQFA 5CMKA 5H8NB 5H8HB 4ZZEA 1GVCA 4QSEA 2THIA 1RRXA 2JADA 1XHYA 3CSBA 2GRVA 3OO6A 4ONYA 2DXYA 1HCJA 1JEUA 4PPKA 3K6WA 1HSJA 5J2OA 5IKBA 4ZF4A 1SW1A 3DQ4A 3EKHA 3E4RA 5FTHA 3DQUA 1EMGA 1B4HA 1P1OA 4RPOA 4DXBA 3K4UA 3KN8A 3SERA 4ZE9A 2E1SA 4RY1A 3SSLA 4P76A 4ZECA 4OESA 2F35A 4KW9A 4GFRA 2Q6PA 1VSOA 5HZSA 3DQ2A 3ZSFA 2RKMA 2AWLA 4ND9A 4Q0CA 2I0BA 1CE2A 2F36A 4MH5A 1JNFA 5AA4B 3CB9A 3SEWA 5DPHA 1QY3A 3NT9A 4IK8A 5F1QA 3S9NC 2ESNA 3PJ5A 4LZ5A 4J89A 1TFAA 2OJTA 1AMFA 2NUVA 4OVJA 2X7PA 4GD5A 4YB6A 3T9HB 1UISA 2WSOA 3VVDA 5AA2B 2FWQA 1JW1A 1MY3A 1YHGA 3Q27A 3TQLA 4EQ9A 2UVIA 5TU0A 2XX8A 4ZE8A 3GXAA 2XXWA 2AWJA 1URDA 3DQJA 1DTGA 4H3MA 1MOUA 1TXFA 2ZYMA 1G7KA 3PD9A 2QS1A 2OWTA 4OXVA 4NF5B 4OHNA 4KF5A 1DOTA 2NXOA 4NF8A 1JEVA 3TCFA 4TZAA 4OWDA 3HV1A 1Y1ZA 3DQMA 4W72A 1PBPA 1RMOA 2YE1A 4O3AA 2AIXA 2WURA 2RINA 1B5HA 2H8QA 2P2AA 1N84A 3Q29A 3PPQA 1B2HA 2AYSA 3FASA 3GEXA 4GOBA 1M5CA 1MY2A 3PUYE 1WODA 2XD3A 3DELB 4GVOA 2WHTA 5DVJA 2A50B 1B3FA 4KQPA 4W6NA 4W6BA 1B40A 1MG1A 1A55A 1H3DA 4IGRA 4FEDA 3VK1A 4W7AA 3GJ2A 2O2BA 3S9MC 3SV5A 1EZOA 3H3GA 3TTRA 4HCWA 4EXKA 2DDDA 1F9BA 4IGTA 3FV1A 1EMFA 2DP8A 2D3IA 2F7BA 2DOJA 4BDOA 4KW8A 1BIYA 4N13A 3IP2A 2V3TA 2BJJX 4ZIOA 2W7YA 4XXUA 4LP2B 3VLWA 3NT3A 4YB7A 3ILTB 3QSLA 4ORNA 4J88A 4ZF3A 3U0MA 3DP4A 4I1DA 4U22A 2WHSA 3TDJA 3O9PA 3UP9A 3G3GA 2YPNA 1S9TA 3SSYA 4KHZE 2GFEA 2EMDA 2VOZA 1FTJA 2Z23A 2ZNTA 2HPWA 4RXLA 3DPZA 4WEPA 4W6SA 2I0CA 3DQFA 4U4SA 2A5TA 4ZEBA 1OQGA 1T0KA 1DSNA 5DRGA 2H6VA 4W6DA 3JZJA 3V8XB 1XQMA 4W6OA 1NKXA 4NTLA 1LAFE 2Q2AA 4QFNA 3FXQA 4GF8A 1N7XA 3CSGA 2Q9TA 3K6XA 4GRKA 4LA9A 1LAGE 4IO5A 4KI0E 2QMWA 4JC2A 2ICRA 5DPGA 3CI8A 4N07A 5I59A 4GXAA 2VP1A 5AE4A 2PVUA 2YJPA 3EQ1A 2AH8A 2V4EA 4R6HA 1M5DA 5F7VA 3EK4A 3PUXE 5KZTA 4ELQA 1URGA 1H43A 4KEXA 1P1WA 1Q73A 3QIMA 1Q4AA 2XXHA 5EXUA 2F34A 4QF9A 1MM6A 1UQWA 2H9BA 4GL8A 1YJ2A 1B5IA 3H7MA 4QFLA 1RMMA 4DXIA 4U23A 2QS2A 1SW5A 3DQDA 2V84A 5FTIA 3CD1A 3PD8A 3SG7A 3CRBA 2QLHA 5HBCA 4G68A 1B3LA 4Z4MA 4KCDA 3TODA 3LSLA 1MH3A 4KR5A 3O6GA 2F78A 5I84A 3SVDA 2G5ZB 4PE5B 4NF4A 3RLFE 4DIGA 4GWOA 5I58B 2FA7A 3EHSA 4P0IA 1XAEA 2DE3A 3O78A 2FL1A 3L6HA 1VR5A 3LF4B 3TTLA 4H3NA 3MAMA 4R2FA 3OSRA 3PPNA 2XXXA 1O64A 1LLSA 2ZYOA 4F1VA 2F97A 3KCSA 4AB6A 1OVTA 1MQJA 2ZNSA 3U8AA 2HQ0A 1SW2A 2Q57A 3SVEA 4GQOA 4LW5A 2IA4A 2VVJA 5H8NA 4G77A 3IK6B 1ZMGA 4LVQA 1MXUA 3U8QA 4EDOA 3UA8A 3VFJA 3JYRA 3KSXA 4JXIA 3DM0A 4Q7UA 1JW4A 3VLVA 1UTHA 1YZWA 5TPAA 4IZNA 1P1UA 4NF8B 3DP8A 1HSLA 3IO6A 5HZTA 3TPAA 5L8DA 3NF0A 2G2SB 1QJMA 2ZMUA 1B05A 4DXCA 5L9OA 1FQFA 3SEVA 3IAZA 1P99A 3IOTA 4THIA 3MGFA 2H99A 2QU1A 4W6PA 4G8MA 4R73A 4DLDA 1QKAA 2E0SA 3G3HA 3RN8A 1MPDA 3U8PA 4W7DA 1MDP1 4H8JA 3THIA 3A8SA 4G2ZA 1US4A 2ANJA 5H88A 2PXSA 1FCKA 5AA4A 2XD2A 3BXAA 2DD7A 3SRYA 4NE4A 1DMBA 4OETA 1PBQA 1DPPA 3GL4A 3Q25A 5FHVA 3TFLA 1ZJLA 1GFLA 4EDSA 1ZU0A 4XIGQ 4XOVA 2VZXA 1MDQA 2EMNA 4KYSA 3OENA 5AA2A 4DCYA 2QS3A 1XOCA 4ELPA 3JV9A 4YKJA 2Z6XA 1OLAA 3C4MA 1EMMA 3KN3A 1O7TA 3H6WA 4FJPA 3K6UA 2Y7PA 2I48A 1I6QA 3SVRA 4EMQA 5H8SA 3U0KA 1TT1A 2DVCA 4OHSA 1RYOA 3LSWA 5KDTB 5EB6A 2PX1A 4NF5A 2QS4A 2Q89A 4L17A 3N26A 3EHTA 2OTBA 2R6GE 3B6TA 4X48A 3SG4A 4KW4A 1NNFA 3PPRA 4ZEIA 5L9MA 4DXOA 2UXAA 2YE0A 4H5FA 4JDFA 4ZDMA 2DDCA 3TCGA 4ECFA 3G3KA 1MYWA 3QK6A 4LONB 2X7QA 4W75A 2RCBA 3C36A 3IJOB 5LTRA 4ZS9A 1Q4EA 3C33A 2V3QA 3DQAA 1BLFA 5I59B 5AA1A 3A3UA 3O28A 1QUJA 4YKIA 5ITOA 1N0TA 3VXBA 1P1NA 4DZ1A 4U2VA 1EZPA 1XMZA 4IY5A 1VE4A 1KYRA 1LAXA 3DLNA 3RY3A 3K2DA 4R72A 2WSNA 3O6HA 3AKOA 1F09A 2A46A 4LQ2A 3H4ZA 4NWDA 4RYSA 3H6VA 5L9SA 3K01A 4JEOA 3LVAA 2YFPA 1QW0A 5KTGA 4PPLA 4HS7A 4G68C 4FATA 4RK2A 2XX7A 3RPWA 2G29A 4Q8RA 3HPIA 3QAXA 4G68B 3I3VA 1SW4A 2V93A 5LOMA 3SG2A 3R7XA 1OMPA 3LSFB 4WXJA 2OJKA 3IL1B 3OXNA 3I5OA 3KOSA 1RMPA 2B3PA 1NNTA 4Q9XA 3TMGA 4GOTA 1FQAA 2O1LA 4GF6B 1R9QA 1YHIA 3SVBA 2Y7RA 4MFIA 4F29A 4NF6A 5B70A 2B3FA 3MVWA 4YB5A 1EMBA 3ILUB 4H48A 5DQMA 2VHAA 1W7SA 1Q35A 3SVOA 3D4CA 3ST3A 4XL5A 1Y20A 2O51A 5AA2D 4KPIA 4UA8A 4DXUA 2PBWA 3IB0A 1UTHB 5TPAB 3UIFA 1SYIA 1C4FA 1UTBA 3K0VA 4YMAA 5EXBA 3QUFA 2VVHA 3C9HA 5EHSA 2OWSA 3ADFA 4WEDA 2ONRA 5ICTA 1VFEA 4Q5TA 3TYHA 4YAHX 4P1QA 2RF1A 2AWMA 3IB1A 3CFAA 3LSAA 1D9YA 4LZ7A 2OKYA 4AS8A 4IO4A 1YJFA 2ABHA 4X9TA 1Z1QA 1OLCA 4PFTA 3FGSA 2GHAA 5I58A 3H6UA 1B3EA 3FJGA 3HSTA 3RWAA 1MQIA 2UYFA 2HFCA 5B7DA 3V89B 1IXCA 1IIWA 4Q7RA 1QULA 3G7WA 1OQHA 1OVBA 2OGRA 3TTMA 2F8DA 1AH5A 1RYXA 2OK2A 3FATA 2HAVA 2QLEA 5KCJB 1MPCA 3V5AA 3SVCA 4KGFA 4XKQA 1EZ9A 1ZBMA 5DTLA 3LVDA 3VVFA 3IX1A 3RT6B 3RUMA 1S7YA 1B51A 1US5A 3DQKA 5A5XA 2RC9A 2ONSA 4OQOA 4W6HA 2WKYA 3OOAA 4BDRA 1IXHA 3W15C 2XX9A 4Q9WA 4HVFA 4DKMA 4W69A 1BTJA 4DCXA 2F6GA 3H1OA 2QPQA 3ZKKA 3U92A 4W7EA 3O29A 3KG2A 4EXLA 1IITA 1GL4A 3GBAA 1LFHA 1A99A 1EMAA 4IK3A 3ECRA 2QL3A 3E5VA 1QUIA 4RNSA 4JWOA 2QJEA 5JEIA 4OFLA 4HTGA 2F5XA 4DXNA 2CZLA 3OEMA 3H03A 2A53B 2HZLA 2XXPA 4QRZA 1BP5A 1NNKA 4OY4A 3T9XB 3ZTFA 3UK4A 2F7AA 4MF3A 4KYEA 4OFOA 2VD2A 3C31A 3CR9A 1S6ZA 4TLMB 3LVCA 1LCTA 2Z6YA 4POWA 4KCCA 3S2VA 2ZYNA 3MPKA 1JC1A 1SBPA 1LB8A 3LA1A 2HCAA 1D9VA 4MBPA 3P28A 1JVYA 4ZBLA 1LGBC 5KDTA 3OD7A 5EXCI 1UIUA 3U72A 3ZKLA 1N7WA 3MP1A 3EVPA 4KAGA 1MRPA 1A8FA 2ZMWA 4ZEKA 2ZXTA 3P7IA 4C1TA 3LBSA 2GX0A 4H3LA 3KEIA 3EK7A 1M5BA 3BFTA 2IEEA 3KBRA 1ZTYA 3PJ7A 2DSFA 3MZ9A 3RQTA 2HRSA 3I19A 1NH7A 3IOUA 4JRBA 3E9XA 1S50A 4J8AA 4OYVA 4H47A 2H98A 4KPTA 3VVEA 1A8EA 4WKMA 3CFHA 4FEBA 3OMBA 4NF6B 3K1KA 4LJBA 3O77A 5DTZA 2V3UA 3RGYA 2FYIA 2G93A 1Y4CA 2NWJA 3I6VA 2HCGA 2OKWA 4F1UA 3ED8A 1PB7A 5FVFA 4HCYA 3CBEA 1B1HA 1UTBB 5T3IA 5AA3A 2Y0GA 1FTOA 2A56B 3BFUA 2R9JA 2DYXA 5HPQA 3SEYA 4F2QA 4OJ0A 2I4BA 2H9WA 3KN7A 5JTYA 2HGDA 1SVXB 1IEJA 4DXQA 4W6MA 4W7FA 3ZUFA 3VHTB 3W9VA 5I56B 4Z7EA 2HGYA 2PMSA 4QSDA 1AL3A 1OXDA 4H67A 4M4GA 5HW9A 4ANJA 3WLCA 2I4CA 4IB2A 1QYQA 4RA1A 5DPIA 1FQBA 3SS0A 4LJCA 1MY4A 4P0GA 3KJ7A 4F19A 1Q4DA 4JWXA 4GXSB 3VICA 5DVFA 1LBBA 3PUVE 5BT0A 1VFDA 2XXIA 1GGXA 5I57A 2XXQA 1LBCA 5JK4A 1Y9UA 3OO9A 1N3WA 3TCHA 4R75A 1JVXA 4H8IA 1B32A 3OSQA 1N3XA 1H76A 3ST2A 3S05A 1ZIUA 5ITPA 2G3DB 2QT2A 2ZO6A 1B7ZA 5A5XB 1POY1 4KF4A 1Q1KA 1OIBA 3FZVA 1LCFA 3IOVA 2Z1OA 4BDQA 2POXA 4OENA 4RJZA 1ZGOA 3N94A 4NEDA 4EF2A 3UGWA 4JB7A 4XKRA 4B30A 2IOVA 3BXCA 4KGEA 1IUDA 4PQJA 3TTNA 3R6UA 1JBYA 3DQ8A 1NNPA 1USYE 2OLBA 5HGEA 3DQ3A 4XVPA 4C1UA 1GGGA 4G8HA 4IO3A 3SG6A 2DE2A 2ZNUA 2PXWA 4U2RA 4F39A 2QLGA 1YFPA 3EK8A 1EMLA 1IQ7A 1D3KA 3SESA 5DU0A 1JC0A 4OEUA 4AQ4A 3FIRA 4U4XA 2HEUA 3TEPA 4ZFSA 3MVZA 1Z7NE 2O7IA 1Y3NA 4JFGA 1FQCA 4LATA 3C32A 2RC8A 2HQZA 5KCJA 2LAOA 4F22A 4PFEA 1MOVA 2VGQA 1AIVA 4FAJA 4ZB1A 3MP8A 1M5FA 3K02A 5K2XA 2H5YA 4NMYA 3QXMA 4PPJA 3U94A 4NWCA 4KFQA 5H8QB 4OTEA 2Y7WA 4ZF5A 1J1NA 4BDNA 1SDXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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