2VGQA

Crystal structure of human ips-1 card
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
461
structure length
461
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSAMAFAEDKTYKYICRNFSNFCNVDVVEILPYLPCLTARDQDRLRATCTLSGNRDTLWHLFNTLQRRPGWVEYFIAALRGCELVDLADEVASVYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Human Ips-1 Caspase Activation Recruitment Domain
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system/transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Mitochondria
total genus 160
structure length 461
sequence length 461
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16739 CARD_2 Caspase recruitment domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.533.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Death Domain, Fas Death Domain, Fas 2vgqA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA01
4EXLA 1LGBC 3O6GA 4OHNA 2DOJA 4IB2A 4IO5A 3KG2A 1PC3A 3O6IA 5CMCA 3O6HA 5L9MA 1Y20A 2LS7A 4FIMA 2DP8A 3FV2A 1BIYA 4WXJA 4ZEKA 1JVXA 2R9JA 4JQWA 2XXHA 4WEDA 3B6WA 3BBRA 2DE3A 1URGA 3SEVA 4JWXA 2H98A 4KCCA 3TODA 4FH0A 4U4XA 3CSGA 4KYSA 1VFEA 3AXFA 4Q30B 5TP9A 3CL3A 5DYHA 4KYDA 3P7IA 2PT2A 3ZS6A 4ZZAA 3K0VA 1QVSA 1NH8A 1A1WA 4IGRA 3T9XB 2DBGA 4G68A 2Z8FA 3CFXA 3TZAA 2Q8JA 2P0SA 5FHMA 1QULA 3MBPA 1B4ZA 1XVXA 5AA2D 4NF5B 3TQWA 3D4GA 4Z7EA 1RYXA 4H8IA 4ND9A 4THIA 2LAOA 1UIUA 4F39A 1Y1MA 2UVHA 2FYIA 2UXAA 5KDTB 4U23A 1MPDA 4DE8A 3LSXA 2DXYA 2I0BA 4F42A 3T66A 4R2BA 1EH3A 3C9HA 2N1FA 3OOAA 4U2RA 3BFTA 4R73A 4Z0IA 4DWNA 1NNKA 4N1JA 2IEEA 3TCHA 2P2AA 3KBRA 2OJTA 3HV1A 1OQGA 4IO7A 3RGYA 1N3WA 3DM0A 3C36A 1MQHA 3PPRA 1SD3A 1B52A 2HQ0A 2DVZA 4TLMB 3FJMA 3VLVA 2BBZA 1LBBA 3SETA 1AH5A 3PUVE 3H6VA 3TYHA 1A8EA 3RQTA 1A7LA 1R9QA 5CMBA 4DLDA 3KJTA 4ZEFA 4QFPA 2QRYA 1N04A 2F78A 2ZYNA 1SW4A 2V84A 2MN4A 3D4CA 4JUPA 1M5DA 3MAMA 3IJXB 3S2VA 1SQYA 1XS5A 3C31A 4EWIA 1LB8A 2Z22A 2YJPA 1ZJLA 2F36A 3KN8A 5JEIA 4F44A 2BBRA 1PB8A 1JQFA 3QAXA 4ZEBA 3UA8A 2XHDA 4GF8A 4WEPA 4F3SA 2O84X 2REGA 4PE5B 4JB7A 5CI5A 1VSOA 3U93A 3VLUA 4F3PA 5ICTA 4PFYA 3GXAA 2L9MA 2YQFA 4G8MA 4AQ4A 3UGWA 2B3FA 4OWDA 3KOTA 3PMWA 5AA2B 1VFDA 4ELRA 1VR5A 2N83A 1FQCA 5KCJB 3FUZA 4WKMA 1IXGA 3PU5A 1EZOA 5K2XA 1LBCA 4NF4A 2ZMBA 1ATGA 1PBPA 3FATA 2OCUA 1IIWA 1MXYA 1XOCA 3HN0A 5HPQA 5M2VA 1B5IA 3H6TA 5AA2A 3IJOB 4R2FA 4LVQA 1D9VA 5I57A 3EHSA 2W7YA 1M5BA 3KZGA 1B3FA 2VD3A 1E3YA 1H45A 3MZBA 2IB1A 2Q88A 3MWBA 4DXCA 3A3UA 4FATA 1I6QA 4U21A 3H7MA 4OFOA 3G3KA 4UACA 4YAHX 4ELPA 1P1WA 3K1MA 3UORA 4R6HA 2O6AA 4X48A 5H8HA 4KI0E 3PUXE 3FXRA 4GXAA 2V25A 4RJZA 3M8UA 2AL4A 2HM2Q 1YAEA 1QJMA 1UTHA 2V93A 1MQIA 3QIMA 3R7XA 3VVEA 2DBFA 2MPCA 5CBRA 3S4UA 2QMXA 1HSEA 4LATA 4QFNA 3TEPA 4P11A 4JXIA 1I6BA 2NWJA 3RN8A 1ZTYA 4P4HI 3S9LC 3CFLA 3DP8A 2I4CA 4RPOA 1IZ1A 3CR9A 1B2HA 2YU0A 2P1SA 2Q2CA 5I2KB 2THIA 5H8QA 2XXTA 3PUYE 4G77A 2GHBA 3IO6A 1I6AA 4EQBA 2H4IA 1JW1A 4NTLA 2ZYOA 1OMPA 1QKBA 2QJEA 2D96A 3KGCA 2HZKA 3M3LA 4RYAA 4MFIA 3O9PA 5I2KA 4DZ1A 1GR2A 1E41A 2PMSA 3PUZE 4KCDA 3O97A 1JW4A 4YKKA 3CIJA 5JTYB 2YLNA 1DPEA 4FAJA 2O1LA 1XVYA 1A99A 2H99A 4BDLA 2DWAA 4DCYA 1RYOA 4I9DA 4GL8A 4YB6A 4LQ2A 3MVYA 1D3KA 1EZ9A 3V8XB 3USDA 3H3GA 3RTFB 3H6WA 4LZ7A 3MOPK 1ANFA 1TFAA 3MUQA 1OQHA 2RINA 3SEXA 2B1WA 4DXUA 1NFTA 1Z7NE 2O69A 1B32A 2NOOA 3G3IA 2AL5A 1NL5A 4LA9A 2XXYA 2Q9TA 2Z23A 1QW0A 1FCKA 2LWEA 1OIBA 3S9NC 1SBPA 1LAXA 3I6VA 2O7IA 1MQJA 1N0TA 3T93B 2F1SA 3QSLA 5EHMA 3UK4A 3EZQB 4MLVA 4QFOA 2OK2A 5LOMA 2RC8A 2AYSA 5CBSA 5ICQA 3N94A 3K00A 1YTVA 4PFUA 3PPNA 3KATA 3SERA 3OEKA 4OMBA 4F22A 4HW8A 1UCPA 1CY5A 2MB9A 2OF5H 4ZBWA 3EZQA 1H76A 3FXQA 5L8DA 2F35A 2HAVA 1UTBA 3SDFA 4ESWA 4EQ7A 5L9SA 2A5SA 3F11A 2QS4A 2XXVA 5EHSA 5EYFA 5I2NA 4H8JA 5H8FA 1AL3A 3RY3A 3IB1A 3YGSC 2F7BA 4U4SA 1B0LA 4RXLA 4R9GA 3K6XA 4P0GA 2L6AA 4EXKA 1SW2A 3SEYA 2ONKE 4BDNA 2NZ7A 1LFIA 3EHUA 1BKAA 2DYXA 1FTOA 4FEDA 4C1TA 1NNPA 4F2OA 1WODA 1JVYA 2XD2A 2NAQA 1TWYA 2VP1A 1D2ZA 2REJA 3ODBA 2GFEA 2B65A 2E0SA 5TP9B 2KN6A 1MH4A 3KN3A 4DXBA 3VXCA 1KWHA 3C32A 3IOWA 4GWOA 5FTIA 2DWJA 1USYH 2OWTA 4X1BA 1A54A 3LQRA 4R6KA 4E0WA 1QUKA 3R6UA 2F97A 4G68B 1Q35A 2Q2AA 4N6PA 4QFLA 2H5YA 3I5OA 2X7PA 3OMBA 1MDP1 5I84A 4GOTA 1H44A 4RHWE 2H25A 3PV0E 4G68C 3RLFE 5ITPA 3C34A 2YPNA 1B3EA 2DSFA 3HO7A 4PP0A 1GVCA 1B40A 1P1OA 1N7XA 1N84A 4UA8A 4GVOA 2DBHA 4HS7A 3MOPG 1FW0A 1MXVA 3TCFA 1JW5A 3ZSFA 4Q5TA 2KM6A 2G93A 4O7QA 4F1YA 4C1UA 1UIVA 1B6HA 2X26A 4XKPA 3QYTA 4JWYA 4OEUA 2M8CA 5AE4A 1HSJA 2ZYMA 1I69A 2VGQA 2RC7A 4LWDA 4HCWA 3V83A 3ZKKA 1JETA 1N3XA 3PMXA 3CI8A 3OENA 1FQFA 4IZ5E 2KLFA 3CG1A 2F5XA 4GFRA 4TOZA 1N7WA 4LONB 3H06B 3ILUB 4F31B 3LSFB 3GLBA 3RT6B 4RA1A 1IQ7A 3JV9A 4BDMA 3FVOA 3TQLA 4JDFA 5A5XA 4DDDA 4ELOA 3MJNA 2ZNUA 2XXXA 3MQ9A 4U1OA 2I58A 1B46A 4O9FA 3OSRA 2NSNA 3SKPA 4GLIA 1GTKA 3M3KA 1MXXA 3KEIA 4MH5A 2N80A 3LC8A 2A5YB 3E9XA 1RKMA 2QS2A 3TFLA 1BTJA 4EQ9A 4H65A 4XKQA 5CMMA 5B70A 4JBZA 1FQBA 4RHWA 4OTEA 4IZ7B 4NE4A 5CMKA 3TDJA 4F3BA 1Y4TA 4IO2A 2PT1A 2I3VA 3EF7A 1TXFA 3B6TA 4ECFA 4EF1A 4R6YA 4NF4B 2R6GE 4H5GA 2A5TA 1LAGE 3IL1B 1QUIA 4POWA 1Q1KA 3LBSA 2NUVA 1Y9UA 4ISUA 4H1XA 4OXVA 3G3HA 1AOVA 4H67A 3THIA 4QOBA 4YKJA 5TU0A 4X1DA 1DSNA 3OEMA 3MVXA 1WH4A 3FVKA 4FJPA 3ONMA 5I57B 1T0KA 1MS7A 4Q8RA 3V89B 1B3HA 2QMWA 3RPWA 4RK9A 3GZGA 2DO9A 4AB5A 3UIFA 4A2WA 4XIGQ 4F18A 3W9VA 2ZNTA 1S9TA 4YMAA 2E1SA 4PFTA 3K02A 3MZ9A 1CE2A 1O7TA 1US4A 2I49A 3K01A 2DS9A 3LSLA 5H8HB 1FTJA 3H6UA 3OXNA 1FADA 2FA7A 3U8QA 1N3KA 5L9OA 4EF2A 2D21A 3PMVA 3VE1B 1UTHB 4M9SA 4OENA 3FASA 4ZEIA 1SW5A 1LLSA 3FJGA 1YGOA 3KFMA 1WDNA 1MY1A 4QRZA 2CMOA 1URDA 3T9VA 1PN5A 5ITOA 4F29A 2HFBA 3B7DA 3G3GA 3OO6A 1M5CA 1DPPA 2RKMA 1ZMGA 4GL0A 2XD3A 4ZS9A 3OELA 2WKYA 4F3GA 3TMGA 4LUBA 3HSTA 1QUJA 2YGSA 5H8QB 4XTCQ 3ZKLA 3UN6A 3A09A 2OBGA 2YVIA 1LFHA 2GH9A 2FNCA 2O7UA 3TAJA 1D4NA 2Z8EA 2UVGA 1WXPA 5DEXB 3MPKA 4F1UA 4HTGA 4KHZE 1DMBA 1XT8A 2D3IA 4PQJA 4LP2B 5CRYA 5TPAA 4G8HA 3YGSP 2UVIA 4M9ZA 2ALUA 3PPOA 1DDFA 1ICHA 2QS1A 5DEXA 4ZEDA 1YPNA 3H03A 4F1VA 1PBQA 2DBDA 4IO3A 2ONRA 3EN3A 3VV5A 1MPCA 3TTLA 1USYE 2IA4A 3MZ1A 3TKDA 1MXZA 1LFGA 2PBWA 1Y3NA 4ZE8A 4H6DA 4RY1A 2A9IA 1SI0A 5DVIA 2G7RA 4NQKA 3MW0A 3MC2A 1J1NA 4NF8A 1L5TA 4P4HA 3U94A 3HHGA 2VOZA 1YCJA 1Z7ME 4KQPA 2F8DA 2N7ZA 2O71A 3JZJA 3OD7A 2MS7A 2XXPA 1Y4CA 4KFQA 1US5A 2D5WA 1IUDA 1A8FA 3G7WA 3BFUA 3OO9A 3J63A 1B5HA 2XXRA 3FGSA 3W9WA 1MRPA 2G29A 4IZAB 3E13X 3K4UA 4FORA 3OO7A 2P1HA 3N6TA 4GQOA 1JNFA 3W15C 4UZ0A 2Y7RA 4R74A 1MY4A 1UQWA 2BJJX 3TELA 3MP1A 1Z6TA 3S9MC 5FHOA 1NH7A 2RCBA 1UTBB 2DE2A 1FTMA 4JWOA 1ZLQA 4L17A 4ESXA 5I2NB 3VFJA 1SDXA 5H8FB 3K6VA 4XKRA 2UYEA 5I59B 2V3TA 1S50A 1PDAA 1QKAA 1LAHE 2HZLA 2XXIA 3VLWA 1FTKA 1A55A 3R26A 3O66A 1N76A 3GBBA 4OQOA 1B05A 4NEDA 1B58A 2ONSA 2DXRA 4TQUQ 1DTGA 3SESA 5DVJA 3OSQA 2ZYKA 3T96B 2ANJA 3E3KA 3VVFA 4O3AA 3IX1A 5I59A 2B3BA 2NVUB 2OLBA 4I16A 3KOSA 4O3BA 3C4MA 4EDPA 3T22A 3GBAA 3IOTA 1D2ZB 3MVWA 1LSTA 3RTWB 2Y7PA 3PPPA 3FZVA 1R9LA 2QSXA 1II5A 3IK6B 1MY0A 3N6UA 4MLQA 5AA4B 3MP6A 4MF3A 5ISUA 2Y7IA 3L6HA 3N26A 1S7YA 2DWIA 3N5LA 2GF5A 1B5JA 3Q25A 5I56B 1F9BA 4OETA 1IEJA 1Y3PA 1B51A 5IKBA 4IGTA 1SVXB 4OERA 5F1QA 5AA4A 3FXUA 4LQ5A 4LZ8A 5J1DA 4N1LA 3MPLA 2ESNA 2I6EA 1FQAA 2O68A 5I56A 3TTKA 2Y84A 4OESA 3TPAA 2F6PA 1NMUA 2XX8A 3ECRA 2MS8A 3T9HB 3SEUA 1XHYA 3DP4A 5CC2A 1TFDA 4YB7A 1P1UA 1WVJA 1B0HA 4E0XA 3LUYA 1R1NA 3C33A 3RT8A 4BDQA 3BKIB 2F6GA 5H8NB 3PGFA 3Q26A 1O63A 3KN7A 1MXWA 3SEWA 3CRBA 3RNNA 2DQVA 4GRKA 4RNSA 1C15A 1NKXA 4OFLA 2XX7A 3IOVA 5H8NA 2PX1A 1IXCA 2F7CA 1MM6A 1OVBA 3IOUA 4IY5A 1MH3A 1DGNA 4I1DA 4YMBA 5A5XB 1ZIUA 2PVUA 5BWJA 3U72A 3FD3A 1B3LA 3WAFA 3DELB 4NWCA 4M1VA 3PD9A 4O6XA 3TTRA 4NF5A 1NGRA 2VHAA 1B4HA 3L6GA 1B9JA 3DP6A 4IO6A 1DOTA 2QL3A 3E4RA 4BLAA 3QUJA 4QSEA 2GRVA 2XXQA 2RCAA 4KD5A 1EU8A 4ELQA 5KDTA 4ZECA 3EHTA 4RPNA 3I3VA 1H43A 1FQEA 2I3WA 2HXWA 3U92A 4QF9A 4Q0CA 4OEVA 1R6ZA 1ZBMA 3WAEA 3LR1A 4K3FA 2AIXA 1FQDA 1VE4A 2A5TB 2I0CA 5DVFA 5JK4A 2R71A 1DTZA 4EUOA 1LCTA 5DT6A 1Y3QA 4PFWA 2V3QA 4FEBA 4ZDMA 4GD5A 3FVNA 1POY1 3OO8A 4N13A 2CZLA 4O9LA 3IB0A 4G4PA 1B7ZA 3IAZA 3PD8A 3CVGA 4GXSB 4QSDA 3TUSA 4BDRA 3G3JA 2DVCA 4AB6A 1B1HA 3QK6A 3TTMA 1D9YA 3HHFA 2N00A 2LWDA 2QPQA 3QF2A 2H9BA 3K1NA 5CM6A 2Q89A 4H0WA 1PEBA 1LB9A 1IXHA 3QUFA 5ELVA 5AA1A 4TLLB 4G8NA 1MXUA 3HCQA 4YKPA 2Y7KA 2DE4A 4OZ9A 3U1OA 4NF6B 1AIVA 5FTHA 1NNFA 1URSA 3Q27A 4X9TA 3MOPA 3CG3A 5KCJA 1B1XA 5I58B 3G3FA 4NMYA 2QS3A 2V3UA 1POTA 1M5FA 4QFKA 1JEVA 1SYHA 1CB6A 2ZXTA 4NF6A 4C0RA 3CRDA 2O51A 3PPQA 1LCFA 3M3FA 3V5AA 4QHQA 5I58A 4U22A 4OYVA 5HBCA 4KPTA 1WMGA 1B3GA 4F19A 3MVZA 2UVJA 2OZZA 2Y7WA 2I4BA 1SI1A 1MDQA 4DIGA 2HEUA 5TPAB 3VXBA 3JYRA 4FECA 3QXMA 4QSCA 2M5VA 1BP5A 2XXWA 2Z8DA 5IAIA 1NNTA 4IY6A 3O2AA 2OWSA 1M5EA 3TCGA 3T6PA 4OFJA 1HSLA 2ABHA 3HPIA 4IO4A 4JSOA 4U1ZA 3K2DA 3KSJA 1IITA 5H8SA 1P99A 2ZNSA 4GIZA 3LSWA 4F2QA 3VDFA 4YKIA 4OVJA 4NWDA 5K2YA 1ELJA 4PETA 4KYEA 1SW1A 1P1QA 4ONYA 4O3CA 1MQGA 4H5FA 1MPBA 4XXUA 1MG1A 2RF1A 4NF8B 2X7QA 4G2ZA 1IXIA 4JSDA 3UP9A 5HM4B 1H3DA 4YU0A 1PB7A 5B7DA 1GGGA 2XX9A 4R9FA 1P1NA 2RC9A 1OLCA 4FE8A 2I48A 3K6UA 1LAFE 2HAUA 5BUUA 2F34A 4I8CA 3K1PA 2GHAA 1AMFA 3CSBA 1B7UA 5JTYA 1CWWA 4A2QA 3T9UA 4E9MA 4YICA 2OF5A 1PB9A 5KZTA 2F7AA 4ZE9A 1JEUA 1MY3A 3VVDA 1ZU0A 3Q28A 2N97A 3C35A 3FVGA 3IO4A 1Y1ZA 1SYIA 4POXA 1B7HA 3IB2A 1MQDA 4N07A 2DWHA 2NXOA 4HCYA 1ZKBA 1MM7A 2VD2A 4LZ5A 3A3CA 4M9XA 3J6JA 3CFZA 3TTNA 4YB5A 2XXUA 3MP8A 1TT1A 4XKNA 3KSXA 3IR1A 4DCXA 4D8OA 3Q29A 3O29A 2PYYA 3H4ZA 3EPEA 3ILTB 3DLNA 1GV8A 3FJ7A 1A40A 3PUWE 4YZZA 4KR5A 3RUMA 2HCAA 1BLFA 1O64A 1OVTA 5FHNA 3EQ1A 3FIRA 4N1KA 4R72A 2UYFA 4ZZEA 4P0IA 3FV1A 3O28A 4I62A 1MY2A 4BDOA 3KJ7A 3B6QA 5AA3A 5F7VA 1XC1A 3S9EA 1A1ZA 4MBPA 1FTLA 2O1MA 1OLAA 3LQQA 4RK2A 3K6WA 1EZPA 4R75A 3IORA 5DTBA 4M4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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