The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
69
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sequence length |
235
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structure length |
235
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Chain Sequence |
MLGLKTSIIGRRVIYFQEITSTNEFAKTSYLEEGTVIVADKQTMGHGALNRKWESPEGGLWLSIVLSPKVPQKDLPKIVFLGAVGVVETLKEFSIDGRIKWPNDVLVNYKAIAGVLVEGKGDKIVLGIGLNVNNKVPNGATSMKLELGSEVPLLSVFRSLITNLDRLYLNFLKNPMDILNLVRDNMILGVRVKILGDGSFEGIAEDIDDFGRLIIRLDSGEVKKVIYGDVSLRFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein biotinylation visualized by a complex structure of biotin protein ligase with a substrate
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Pyrococcus horikoshii
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| molecule keywords |
biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
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| total genus |
69
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| structure length |
235
|
| sequence length |
235
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
6.3.4.15: Biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase. |
| pdb deposition date | 2006-12-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02237 | BPL_C | Biotin protein ligase C terminal domain |
| A | PF03099 | BPL_LplA_LipB | Biotin/lipoate A/B protein ligase family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WF2 A; 4M77 E; 1H4S A; 5LJ3 f; 1NYR A; 3IAL A; 3R07 A; 4HWT A; 4M78 C; 1X2H A; 1YB3 A; 2EJG A; 1X56 A; 2ZR2 A; 3RUX A; 4DPG A; 4J6W A; 4C8Q A; 1BBU A; 4M7A D; 2YLB A; 4P74 C; 4CH4 A; 4XTZ A; 1HK9 A; 4J15 A; 3ICA A; 4EMK A; 2EAY A; 4C92 D; 4NCX A; 4PJO G; 1BBW A; 3G1Z A; 3JCM W; 4M7D G; 4YRF A; 4ZTZ B; 1PYS A; 5E3I A; 4M77 F; 4XU2 A; 2ZZG A; 3V7R A; 4Q6G A; 1E1T A; 2RHS A; 4YRG A; 2FB7 A; 4K86 A; 5GMK l; 3RL6 A; 3RIR A; 5GAM j; 1NJ6 A; 2RD1 A; 3BY7 A; 3SWN A; 1YFS A; 2Q5H A; 1W66 A; 4CS4 A; 2DQ0 A; 4KR3 A; 3V8J A; 4HWR A; 4P3P A; 4WJ3 M; 2VXE A; 5K1X A; 4UP7 A; 2ZTG A; 1C0A A; 4TWA A; 3FB9 A; 4C8Q F; 5ELO A; 5GAN f; 5GAN 7; 3VQX A; 4JUV A; 3WQZ A; 3A7R A; 4BWA A; 2JN0 A; 2VC8 A; 1Y96 A; 2EWN A; 5DY9 A; 3UGQ A; 3V8K A; 4C8Q D; 4M75 A; 4UP9 A; 4J6Y A; 1I4K 1; 3HXY A; 1VQZ A; 1SET A; 4J6X A; 4HA8 A; 2QHS A; 1B76 A; 5F5W A; 4YRL A; 3INZ A; 2DXT A; 4UP8 A; 4YRE A; 3JCM f; 1M5Q 1; 3A32 A; 2ZNJ A; 3JB9 D; 4NOY A; 4H02 A; 4M7A B; 3VQV A; 3EFS A; 3HY1 A; 2DKG A; 3HSB A; 1KMM A; 3QTC A; 4RQF A; 4M75 E; 3TEH B; 5LJ3 h; 3REX A; 4C92 B; 4XTU A; 1EVL A; 5LJ3 e; 1L0W A; 5GAN 2; 4YCV A; 2ZT6 A; 2I4M A; 3PCO A; 12AS A; 4P73 A; 4M75 F; 4K88 A; 4M77 B; 4CS2 A; 1X2G A; 4EO4 A; 5GAO m; 4F7U G; 1I5L A; 3KFU A; 1I81 A; 3W3S A; 4XU0 A; 1JRI A; 2DZC A; 4M75 D; 5C53 B; 1TH7 A; 2DQ3 A; 3LC0 A; 1MGQ A; 1U1T A; 4M7D A; 2I4L A; 2PME A; 3QNE A; 3A5Z A; 2E1H A; 4C8Q B; 3RKX A; 5GAN h; 4XEO A; 3JB9 I; 3HFZ A; 4YDQ A; 3QUI A; 5GAN e; 4EMK B; 3P8T A; 2ARU A; 3VQY A; 2DXU A; 2I2L A; 11AS A; 2Q7G A; 1QF6 A; 1PYS B; 1QE0 A; 2E64 A; 4M7A E; 3HXZ A; 5GAO r; 4H2W A; 4QVD A; 2Q5I A; 2RHS B; 3IKM B; 3QO5 A; 3VU3 C; 2E10 A; 3JCM h; 4HVC A; 4C92 E; 3RES A; 3A74 A; 3SWN B; 3V8L A; 2C8M A; 4YRN A; 3JCM e; 4M7D F; 4TQF A; 3UH0 A; 3AHU A; 3VBB A; 4M7A C; 1NJ5 A; 2DTH A; 3ERR A; 5LJ5 f; 3A31 A; 1NJ8 A; 3P8V A; 1H4V B; 1ATI A; 2DU7 A; 5KNN A; 4M7D D; 4C92 F; 2EJ9 A; 1Y96 B; 5GAO q; 1B34 A; 1WQW A; 4M75 B; 4X9D A; 1FYF A; 4H2Y A; 3OD1 A; 4YRQ A; 5HGQ A; 3QO7 A; 2K57 A; 3JB9 H; 4AH6 A; 3REU A; 3A5Y A; 5C51 B; 4M77 C; 3IKL A; 4C8Q E; 2C7I A; 4UPA A; 4TVA A; 1SER A; 4PG3 A; 4EMG A; 1LJO A; 2Q7E A; 4P71 A; 4DQ2 A; 1BIA A; 1WNL A; 4N0A A; 3JCM b; 4F7U A; 4H2S A; 2YLC A; 2ZXF A; 2DVE A; 1N9R A; 2RM4 A; 4WI1 A; 1HXD A; 4QVC A; 4CH6 A; 3PCO B; 1U1S A; 5GAN 6; 1KQ1 A; 4YRR A; 3PZC A; 5GMK i; 2QHV A; 2E65 A; 4XTX A; 1H4T A; 1USY C; 2CJ9 A; 2YHT A; 3JB9 F; 2RA2 A; 2QHU A; 4TVW A; 3M4P A; 4M78 G; 5GMK h; 3DSQ A; 1N9W A; 4X9C A; 2CGH A; 1WU7 A; 1H64 1; 3NET A; 1Z7N A; 3RF1 A; 4M7D B; 4WJ4 A; 3SB2 A; 2DU5 A; 5GMK e; 4P3N A; 3SWN C; 3L4G A; 4XTV A; 2DZ9 A; 5LJ3 g; 5LJ5 h; 2G4C A; 2CIM A; 2DDZ A; 3HFZ B; 4M77 G; 5LJ5 e; 1SRY A; 4H2X A; 4O2D A; 4XQ3 A; 2QTX A; 2IY5 A; 4Y91 A; 5K1P A; 5GAM f; 1WYD A; 4RCC A; 5LJ3 d; 4M75 C; 1LNX A; 1BIB A; 3V7C A; 1NJ2 A; 3JCM P; 1E1O A; 1EIY A; 1X55 A; 5GAN 3; 4HT8 A; 2XTI A; 1HTT A; 4CH5 A; 3NEN A; 3I7F A; 3JCM c; 4YCU A; 4CS3 A; 4PJO A; 3E9H A; 3HY0 A; 5GMK m; 4XTW A; 2ALY A; 2ZZF A; 1EQR A; 5GAN g; 1ADY A; 2CJA A; 2E41 A; 1I8F A; 1WPY A; 4J5Y A; 3RER A; 1JJC A; 1X54 A; 1B34 B; 2J3L A; 3A7A A; 3TEG A; 4P3O A; 4PJO E; 1EVK A; 5LJ3 j; 1EOV A; 2ZGW A; 4A54 A; 3FIF A; 3RGL A; 4M7D E; 2ZT8 A; 4P73 C; 1KQ2 A; 3UFG A; 4YRJ A; 3LSQ A; 5GAN d; 2ARS A; 4TVY A; 4KR2 A; 3JCM g; 4TVA B; 3QSU A; 1G5I A; 1HC7 A; 3MF2 A; 4XU1 A; 4P75 A; 3NEL A; 4TTV A; 3QHS A; 3QO8 A; 1RIQ A; 2Q7H A; 3HXU A; 4PJO F; 4M7D C; 1ASY A; 4HWS A; 4NL2 A; 4F7U B; 2ZR3 A; 3HFV A; 4HWP A; 4M75 G; 4HT9 A; 4M78 A; 1B70 A; 2EL9 A; 3JCM d; 3HRI A; 4P74 A; 4PJO D; 4C92 C; 5GAM h; 2PMF A; 2RHQ A; 3VQW A; 5ELN A; 2I4O A; 3RAC A; 2P5I A; 2XGT A; 1LOJ A; 4X5O A; 4M77 A; 2DEQ A; 5GAM e; 4MML A; 1E24 A; 1D3B A; 5GAN j; 2ZIM A; 3BJU A; 1NJ1 A; 1NNH A; 1KMN A; 3BDU A; 4P72 C; 3A7U A; 2J3M A; 4MMK A; 3QO3 A; 3GIB A; 1EFW A; 4ZTU B; 2ZNI A; 3L4G B; 3HRK A; 4YP0 A; 3HXX A; 2HNI A; 3NEM A; 4JLI A; 1IL2 A; 1E22 A; 2Y90 A; 2ZIN A; 4M78 F; 1YCY A; 4H2X B; 4Q15 A; 4XEM A; 2IY5 B; 4YRI A; 4PNO A; 2ODR D; 4E51 A; 4C8Q C; 4A53 A; 4M78 D; 3PGG A; 1USY A; 4HWO A; 1N9S A; 1M8V A; 3E9I A; 5GAO l; 3M4Q A; 4YRP A; 3M4G A; 3JCM X; 2ART A; 2AKW A; 5CAI A; 2E5A A; 2ZIO A; 3V7S A; 4EMK C; 5GAN 4; 3HTZ A; 4M7A G; 3EFR A; 1EIY B; 4F7U E; 2AMC A; 4YRO A; 1ADJ A; 1YGB A; 2ZZE A; 4C92 G; 4EMH A; 1JBM A; 4M77 D; 4EX5 A; 4PJO B; 1B7Y A; 1H4Q A; 4P71 C; 5LJ5 g; 3JB9 J; 3HXV A; 2ALY B; 1SES A; 1WQ7 A; 4N0A C; 1G5H A; 3HFO A; 1WLE A; 4RMF A; 4F7U F; 2ZT5 A; 1JJC B; 2VXF A; 1B8A A; 4V2S A; 3MEY A; 1NYQ A; 5LJ5 d; 3JCM Q; 1X01 A; 1G51 A; 2E3C A; 4YRK A; 1YFR A; 5GAO n; 2I4N A; 3HXW A; 4YCW A; 3RKY A; 4C8Q G; 5C52 B; 4H2U A; 4RCB A; 4BW9 A; 3UGT A; 4M78 B; 1B70 B; 3L1A A; 1KOG A; 3P8Y A; 2ZT7 A; 3JCM J; 5GMK j; 3JB9 G; 3IG2 A; 1J5W A; 2RHQ B; 4H2T A; 1LYL A; 2ZCE A; 4XTY A; 5LJ5 j; 1YFT A; 1D3B B; 3JCM V; 3LSS A; 2RB6 A; 3L2Z A; 4ZIB A; 4G85 A; 4CH3 A; 1Z7M A; 4YRM A; 2DTI A; 4KQE A; 5GAN 5; 3RKW A; 4OP0 A; 4JRI A; 4OLF A; 4YYE A; 3BW1 A; 2DTO A; 4XU3 A; 2DJZ A; 4M7A A; 4PJO C; 4YRC A; 3TUP A; 3TEH A; 3HFN A; 4L87 A; 4C92 A; 4RQE A; 1ASZ A; 4YRT A; 2FYK A; 3MF1 A; 3FJP A; 4G84 A; 2P0L A; 5GAM g; 5GAO p; 4H2V A; 2AKW B; 1GGM A; 2QHT A; 2EJF A; 4P72 A; 4NL3 A; 4TQD A; 5GAN 8; 4RDX A; 2AMC B; 5I21 A; 3BFM A; 4M78 E; 4LNS A; 4PHC A; 4YPF A; 4YRS A; 4K87 A; 2CJB A; 1B7Y B; 5GAM d; 3CMQ A; 4P75 C; 4JRK A; 4M7A F; 2ODR C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N5Z A; 3NTI A; 1E6G A; 2DET A; 1X2H A; 2YSQ A; 2BKD N; 3RUX A; 3M4Y A; 1BI0 A; 2L3R A; 1X75 C; 2OI3 A; 4OML A; 4YTL A; 2QGF B; 1M3B A; 3HTR A; 4J15 A; 3ICA A; 4EMK A; 2EAY A; 3SEM A; 5D6X A; 4J9H A; 2MCN A; 3TSZ A; 1BBW A; 2J7I A; 4ZTZ B; 2LTO A; 2OJ2 A; 2QXF A; 4XU2 A; 2FL7 A; 5D6W A; 1VQ6 T; 2A28 A; 1GBQ A; 4Q6G A; 1E1T A; 3OQ5 A; 2RHS A; 4YRG A; 3RL6 A; 4K86 A; 5GAM j; 2RD1 A; 1YFS A; 5A0L A; 2NS6 A; 2Q5H A; 1VQ9 Q; 1G8X A; 2DQ0 A; 4KR3 A; 1UGR B; 4P3P A; 3QYG B; 2VXE A; 5K1X A; 1QVF S; 3OW2 A; 3ZEH A; 2ZTG A; 1C0A A; 4FYV B; 4TWA A; 3CCJ Q; 5GAN 7; 2M02 A; 4HVV A; 4BE0 A; 2KXD A; 3MP8 A; 1OV3 A; 2CP3 A; 3V8K A; 5I2M A; 4M75 A; 4Z8A A; 4J6Y A; 1I4K 1; 5HK0 A; 1WX6 A; 2DVJ A; 3R6O A; 4J6X A; 3I56 A; 2QHS A; 1HSQ A; 3JCM f; 5DLO A; 3HY1 A; 1SPK A; 2DKG A; 3HSB A; 1KMM A; 3QTC A; 3OW2 P; 2XDP A; 1D1C A; 2CRE A; 4C0D C; 1NZ9 A; 2HQH A; 1EVL A; 1PNJ A; 2AIR B; 1GBR A; 5GAN 2; 2VB6 A; 5M9O A; 2ZT6 A; 4YCV A; 1NBE B; 1VQK T; 1G3W A; 1QCN A; 4KUL A; 5KYX B; 1C0M A; 2VKN A; 3CCM Q; 4M77 B; 1ARK A; 1UGS B; 1WLP B; 2QA4 A; 3QXE B; 1I5L A; 2RPN A; 2PTK A; 3PNW C; 4M75 D; 2EQI A; 1YJW Q; 3DB3 A; 2JOY A; 2JS2 A; 1TH7 A; 2E70 A; 5GJV B; 4DBF A; 2DQ3 A; 4M7D A; 2CT3 A; 2RJE A; 2D8J A; 2FZG B; 3OYY A; 1WHH A; 2E1H A; 2GNC A; 1VOM A; 5C6S A; 4PFZ A; 4JJC A; 2KDS A; 1RL2 A; 2ARU A; 1W70 A; 2Q7G A; 1M4Z A; 3S3N A; 1KG1 A; 1Q86 U; 1AHJ B; 2E64 A; 1YJN A; 2K4Y A; 1K9A A; 5L23 A; 2Q5I A; 1TS9 A; 1BBZ A; 3JCM h; 4E6R A; 5A0G A; 2SEM A; 2H3J A; 3BDL A; 4YRN A; 2M0O A; 3JCM e; 2YXY A; 2L3P A; 2DE0 X; 2X4W A; 3UH0 A; 4CC2 A; 1NJ5 A; 3ERR A; 3CD6 A; 3P8V A; 1H4V B; 1W6X A; 1UJY A; 1VYT A; 4M7D D; 5C0M A; 2EJ9 A; 3QZ5 B; 4J9D A; 2DJQ A; 1KK7 A; 2EGC A; 2KYB A; 3CXC S; 5HGQ A; 2K57 A; 1O9S A; 3REU A; 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4ZN1 A; 5GAN g; 5FU7 B; 2F69 A; 1OEB A; 1ADY A; 1I8F A; 1SEM A; 2RHZ A; 5LJ3 j; 3LWH A; 3GPL A; 4M7D E; 2OTJ Q; 1M90 R; 5IN1 A; 3H0H A; 2LC4 A; 4K11 A; 4KR2 A; 3DLL A; 2IVW A; 4X1V A; 1G5I A; 5CKH A; 3NMZ C; 3VS0 A; 3CME Q; 4P75 A; 2Y4X A; 4LD9 K; 3EG2 A; 4TTV A; 3UDC A; 3HXU A; 4M7D C; 1F1B B; 1ASY A; 4HWS A; 3EH2 A; 3CC2 A; 4M75 G; 3G71 A; 4HT9 A; 3TQ7 P; 4M78 A; 1B70 A; 8ATC B; 3JCM d; 3PVL A; 4P74 A; 2RF0 A; 4PJO D; 3QYH B; 3HRU A; 2ZPE B; 5GAM h; 2PMF A; 3PMI A; 2P5I A; 4M77 A; 5GAM e; 1D3B A; 2LT4 A; 3BJU A; 1K1Z A; 4P5N A; 4P72 C; 3BDU A; 2XDB A; 4C0G A; 1EFW A; 3M9Q A; 1QMC A; 1JJ2 S; 1YN8 A; 2IIM A; 3HRK A; 3I55 T; 4C0D B; 3L2R A; 2CH4 A; 1XJW B; 1IL2 A; 3MPU B; 4L6V 5; 4H2X B; 1B3Q A; 1UFF A; 2RI3 A; 3VV0 A; 1KFZ A; 2IY5 B; 4N4H A; 2ODR D; 1ABQ A; 1WA7 A; 4M78 D; 3PGG A; 2O31 A; 3M4Q A; 1TTH B; 4PLI A; 2ART A; 3O8V A; 3CCJ A; 2DL8 A; 5CAI A; 5GAN 4; 1EIF A; 3EFR A; 3G7Z A; 1K9M R; 2F2V A; 4DEY A; 1D1B A; 3ASK A; 2ZZE A; 1JBM A; 4M77 D; 3L42 A; 3M0T A; 2KQW A; 2HBW A; 3HFO A; 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