3P2AA

Crystal structure of thioredoxin 2 from yersinia pestis
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
145
structure length
145
Chain Sequence
NAMNTVCTACMATNRLPEERIDDGAKCGRCGHSLFDGEVINATAETLDKLLQDDLPMVIDFWAPWCGPCRSFAPIFAETAAERAGKVRFVKVNTEAEPALSTRFRIRSIPTIMLYRNGKMIDMLNGAVPKAPFDNWLDEQLSRDP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Thioredoxin 2 from Yersinia pestis
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Yersinia pestis
molecule keywords Putative thioredoxin-like protein
total genus 36
structure length 145
sequence length 145
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.20.28.140 Mainly Beta Single Sheet Rubrerythrin, domain 2 Rubrerythrin, domain 2 3p2aA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3p2aA02
2VIMA 1T7PB 2H73A 3F9UA 1G6WA 3QD9A 2VCQA 1PGTA 3M1GA 3IE3A 4GSSA 1ERVA 3KIJA 1PQNA 2CZ3A 2VO4A 1BYEA 1XWBA 1A2MA 5INYA 3J7Yb 1A8YA 1QUWA 3LYKA 4HU7A 2CX3A 2X8CA 3HJPA 2R2JA 1XW5A 2JSZA 4X1UA 4F82A 3CSIA 1VF4A 1A0FA 2WRTA 2RIIA 2IMDA 3ME8A 3DEXA 4TXVA 2NTOA 5CNWA 2K8SA 2K9FA 1OE7A 4HZ4A 3GUSA 2VL2C 2PERA 3EURA 1XWKA 1C72A 2B3SA 3ERGA 4XXBB 1QMVA 2RUEA 1M2DA 3EU4A 4EDZA 4JZQA 5G5EA 3HA9A 4ECJA 4MPGA 3TCOA 1TKDB 14GSA 5DALA 2X8HA 1SYXA 1WPIA 3HY2A 4OCEA 5F06A 3GSTA 4XRDA 1I9DA 5D93A 2VLTA 1MEKA 2LNTA 5ECQB 1FOVA 3GMFA 1SL2B 5FWGA 1GUKA 3DD3A 4JE1A 2IMFA 1XIYA 1TRVA 2FNOA 1IYHA 3HDCA 3QR6A 3TB2A 2F8FA 2C6AA 2OKAA 2F51A 2XBQA 3KEBA 3GX8A 1ABAA 2A2RA 3FR6A 2GZYA 1XPVA 3CRUA 5D73A 3MSZA 3PH9A 5FHIA 5KN0A 1OVNA 2GQLA 2VCWA 3F8UA 3TKQA 3M3MA 4TR1A 2HXKA 4ILFA 1JFUA 3N5OA 3QFBC 4DSSA 1WP0A 7GSSA 2B5EA 3G7IA 3KMOA 2X99A 2E2GA 1TK5B 2AAWA 3TGZA 5KN3A 1YF0A 4MZWA 3EU3A 1ERTA 3IR4A 4GSTA 5HR3A 1GP1A 3QAVA 1ML6A 1XXUA 2YV9A 2YWNA 3GRXA 1EEJA 8GSSA 5HFIA 1U3AA 5CP1A 2WDUA 1EP8A 1H75A 2J9HA 3I6AA 1GTUA 1GL8A 2E7PA 2DC5A 5EVOA 4XS4A 2JL4A 3DWVA 3PINA 3KMNA 3ZFLA 3DVXA 1S3CA 2MYGA 1XWGA 2GQKA 2I81A 4WF4A 2EIQA 3APQA 1TI3A 4CHSA 1TK8B 3D4TA 4PUAA 2CA8A 1SKSB 5ECMB 4IVFA 4FO5A 5A4WA 3LWAA 2ES7A 1ZZYA 4P3YB 1DSBA 1EGOA 3C8EA 1E2YA 3QAGA 5G1KA 3C1SA 2ON5A 3HZ4A 4G19A 1G7EA 1V40A 3C71A 2IMKA 4PQ1A 4AJ8A 2BJXA 1PD21 5HFGA 2GSRA 3ZTLA 1O8WA 5D96A 2H76A 4IQ1A 4ECBA 2AJQB 4IW9A 1OYJA 3UBKA 1EGRA 4YQMA 5ECNB 3UIWA 1JZRA 5JCWA 3NIVA 3UARA 1UN2A 2LV3A 3TDGA 2WGRA 3FYGA 1KNGA 3MWHA 3E0UA 4MA9A 1X9WB 1SENA 5IOWA 2LJKA 2CAIA 4X43A 2A2SA 5IO2A 3CTGA 2C6BA 4MP4A 3DIEA 2HZEB 3BJ5A 3VPQA 1W4VA 4K1FA 3F0IA 4AJ6A 1EZKA 2KLXA 2JSYA 4G2EA 2GVPA 4KUNA 4LL4B 2YPMA 1TDIA 3VI5A 4V2LA 1NM3A 5DAKA 3NOFA 4EUYA 1VF1A 2H0HA 1U3IA 16GSA 2DMMA 5ECRB 2H72A 4OFMA 1EEMA 5D8IA 2G2QA 1TP9A 3ZFBA 1MTCA 1E6BA 4LMWA 2DJ0A 3FKFA 1EOHA 3FEUA 2FY6A 5ECKB 2HSYA 2PMTA 5KEJA 1XWCA 4PNFA 2H70A 3D4MA 2C4JA 2GDRA 3ERWA 3P90A 1K3YA 3RBTA 2YP6A 5HR2A 5H5QA 1SKWB 3TKSA 1QGVA 2DBCA 1XCCA 5H5RA 1F6MC 3U5RE 1OAZA 5G1LA 4N11A 4MJBA 3TKPA 1AIUA 1G0TA 2L4QA 2FCHA 2LRTA 3GKNA 4HEA2 5B8BA 4K0GA 2GSSA 4OMVA 4ZB6A 3LXTA 3ISOA 1AAZA 3GKKA 4I2TA 4WF5A 2YZUA 1AQVA 2CVBA 1B9YC 2GT6A 4EDYA 5FT3A 3LQ7A 1TK0B 1HQOA 4EKZA 2O7KA 2HRNA 5DQSA 1HD2A 22GSA 4YQVA 5F07A 4MCUA 4NMUA 4F9ZA 3DGQA 3M8NA 1NHOA 1WMJA 2YN1A 1DE2A 1OKTA 3UVTA 2H1AA 4L5LA 2H01A 2H6XA 3VWUA 1SL1B 1Z7PA 2R5GA 3W8SA 3GV1A 4L0UA 1V98A 4POMA 3D0ZA 4JR4A 3F4TA 5F05A 4HQSA 5IO0A 3TJKA 5GZZB 2I4AA 3R2QA 3FHKA 2K18A 2CQ9A 6GSWA 18GSA 4MLYA 2ON7A 4PURA 3OR5A 4BA7A 2PPTA 2NDOA 4ML6A 3UAPA 1F9MA 1PMTA 1A2JA 2C0GA 1X5DA 5IMFA 4HDEA 5GAPD 5IMZA 1GTAA 3FR3A 1KBNA 3DMLA 2JZSA 2R3XA 1T00A 1T1VA 1YEXA 2H75A 3Q18A 2H6YA 2V1MA 1PX6A 3KGKA 3L0HA 2LJRA 5JCUA 4GWRA 3FZ9A 1YDKA 1K0OA 2H0GA 1X9MB 1T4ZA 2LNSA 5B6NA 4KDYA 4DSQA 2LQQA 2YV7A 1F2EA 1TXXA 1VGLA 1ERWA 1HNCA 4V1Ap 3QOUA 3F63A 1AUCA 3PR8A 4PXOA 3RHBA 5ECIB 4ECCA 1KTEA 3TJGA 3GN3A 1WRYA 4IGJA 4E8HA 1M0UA 3C7MA 4TXOB 2MMOA 3TJJA 4TR1B 6GSXA 2H1GA 4PUFC 4LLRA 3UL3A 1XWAA 3ZIJA 4XS1A 5D9TA 2D2ZA 4KA0A 2V6OA 1GUHA 1U6TA 1J0FA 3HCZA 2MMZA 2FHEA 3W8JA 3IV4A 1QQ2A 1WIKA 4I2UA 2XPDA 4KDXA 5ID2A 5EY6A 2O89A 4EXJA 4GXZA 4PQHA 2EC4A 3TJFA 5CREA 5ECOB 2JZRA 5L71A 1PL2A 3QCPA 1J08A 4HJ2A 3FZAA 3E9JB 1ZMAA 1V58A 2H30A 5IMAA 2C0EA 5AISA 1GRXA 2Z9SA 2C3QA 3HZ8A 3IRAA 5LCZA 3I69A 1K3OA 1BQ7A 2DJKA 1O6JA 3KTBA 1SD8A 2VUPA 3RDWA 2H71A 20GSA 3F3QA 4BL7A 4PNGA 1FW1A 4TOPA 1TI1A 4KX4A 4RUVA 4H86A 1FB6A 2L6CA 4K7IA 3TJBA 3I43A 2HE3A 2VOCA 4GLTA 3A2WA 3P7XA 1N2AA 3O6TA 2I9HA 3TKSE 4GCIA 4OO4A 3KXOA 5ECPB 1V9WA 1GNWA 2VM2A 4NHZA 1UVZA 1PSQA 4DVCA 1ZOFA 3O76A 2JADA 2DJ3A 4IS0A 4O32A 3CSHA 1AQWA 4WBRD 3LORA 4O92A 4NPBA 1HYUA 4NAXA 3ZLPA 2GTUA 2K6VA 4LA1A 4TVEA 1K0MA 4AF2A 4MMMA 1GWCA 4IQAA 2AUVA 3WGDA 2RLIA 4IKHA 1YEPA 5ELAA 4QL9A 1WOUA 4KGIA 1FB0A 2ZNMA 1R26A 5F8BA 4IBPA 4XCSA 4J56E 2LSTA 4K6XA 1R5PA 1Y6EA 1TRSA 1TRWA 6GSSA 4NHWA 4XTSA 5G5FA 5A4VA 2XC2A 5IMDA 5C00A 3K8NA 3TRPA 1A24A 2L59A 4ZIJA 2YJ7A 3IA1A 1O85A 3G7YA 4X0XA 2OBKA 3LG6A 3H1NA 5J9BA 1GSFA 2VLVA 4K7OA 4Q5RA 4EL1A 2X64A 4TKYA 3MAKA 3VLNA 1AC1A 2C3NA 1O73A 1UC7A 5DCGA 4KNDA 4KE3A 1SU9A 1TU8A 4J2FA 4IELA 1QK8A 1MDKA 3D21A 1USBA 2VL2A 1SJIA 2FWFA 3TOTA 3GFKA 1G6YA 4EF0A 3FW2A 1R5AA 4WKWA 3CBUA 4ML1A 4HI7A 1R4WA 3SBCA 3GTUA 1SL0B 3RAZA 1JZOA 1RK4A 5GSSA 12GSA 4L0WA 1JLWA 2PN8A 2IFQB 3J7Yk 4V2NA 2PUKC 4ZILA 3GH9A 3B08B 5DQYA 2GGTA 2HSHA 1B48A 5F0GA 5B8AA 1OC9A 3HD5A 3ED3A 4KSMA 2VAFA 2OE1A 2OE3A 3UMAA 2LRCA 3F3RA 3CYNA 4ECIA 3WD6A 1WWJA 1A8LA 2XHFA 1FAAA 3IAS2 4HQZA 3HKRA 1R7HA 4KW6A 2YNXA 3L9SA 2AV4A 2IWTA 4TR4A 1ERUA 2PVQA 3VWXA 4WR4A 5KN2A 4GRFA 3MDKA 3C1RA 2LRNA 4ID0A 1PL1A 4KCAA 1VF3A 5G30A 4ZBBA 5HR0A 2TIRA 5AGYA 2F3MA 3GKMA 2WCIA 2CV4A 4FYBA 2PWJA 1U88A 3V1WA 1DBYA 2FWHA 2DJ1A 1PA3A 1Q98A 4MF5A 5JWQB 1NHYA 2VL9A 2H1BA 2BTOT 3NZNA 3SWLA 1Z5YE 2HLSA 4CDOA 3FY7A 3VURA 3F4RA 2IMIA 2HI7A 2C8UA 5IPHA 3A3TA 2AYTA 1S3DA 5DJMA 2CVDA 4GTUA 4HUAA 4MPFA 2EIRA 3RPPA 2LQOA 2FA8A 3A2XA 4K2DA 2VLUA 4ZBDA 1GSQA 1MDIA 5AIXA 3S9FA 3HVSA 3HXSA 5DDLA 2PBJA 1A0RP 4ULXA 5B6MA 2NPBA 1YKAA 2HFDA 3G9BA 3TUEA 3EVIA 6GSUA 2WZ9A 3A5WA 4MJAA 4EC0A 1MD4A 2QGVA 3ZVJA 3HHVA 1Y25A 3KD0A 2V41A 5DBQA 1YJ6A 2E0QA 2GT5A 2FWGA 2RUFA 4D73B 3TRXA 5E4WA 5LNKe 1BEDA 1SD9A 3WGEA 4POLA 4MZBA 3D5JA 1G7OA 3VK9A 1PX7A 1LJRA 2GZPA 1YY7A 3EINA 1F3BA 4EVMA 1TU7A 3TRQA 4RI7A 1GTIA 5ENUA 3KH9A 4JBBA 2GS3A 2GZZA 1FHEA 1GNEA 3ZRDA 1GUMA 2XPEA 4WXTA 4TN8A 3M9KA 2CAQA 2OBIA 5AN1A 2ZUPA 5B7CA 3VI7A 2GSQA 3CMIA 1X9SB 1EV4A 4QQ7A 3UBLA 1T4YA 4OFTA 2OE0A 2CT6A 2HYXA 1LU4A 3UVHA 5ID2B 1Q4JA 5JWOB 2G0FA 1VF2A 2GSTA 4FIWA 1MD3A 3VFIA 1HNBA 3FK8A 2FLSA 2GLRA 5HFKA 2LS5A 2X8GA 2RM6A 2CZ2A 1SYRA 1X5CA 2CVKA 3L78A 2TRXA 1U87A 2PU9C 1TW9A 5D9WA 2VCXA 1GLQA 4NV5A 4HJMA 2HZEA 4JRRA 1SK0A 4GF0A 4E8EA 5IM9A 4O7HA 4I6XA 4NXIA 4BVYA 2MMNA 4Q5QA 4HU9A 5AIVA 3CTFA 2OJLA 5EPFA 5DALB 2WFCA 5E59A 1EV9A 3EYTA 3ZREA 1Z7RA 4WEYA 1X5EA 2YZHA 2R6KA 4KAEA 1ZCPA 4IHUA 4ZL8A 3KTLA 1X0RA 3H79A 1B9XC 2OACA 2HZFA 4HOJA 5J4UA 1YKCA 4F2IA 2R37A 2F8AA 3GH6A 3QAWA 2HRFA 4PX1A 5D9VA 2WB9A 1FG4A 1V2AA 4Z7XA 3AY8A 3M0FA 2MMAA 3IPZA 4G10A 3U6VA 3EWLA 1M99A 2R4VA 5CYYA 4L8EA 3C73A 3KP8A 4Q5FA 2B7KA 3ZYWA 1YF1A 3GX0A 4KDUA 2JACA 1QFNA 2H0IA 3IAM2 1XW9A 4GQFA 3GA4A 1FVJA 3O3TA 2B6MA 2LEGA 5HR1A 2KP1A 4DSSB 1XW6A 2B1LA 3DRNA 3ZL5A 2KUCA 4IJ3A 5IOXA 3L9VA 3BBYA 19GSA 2K8VA 1K3LA 1UA5A 4QL7A 3H93A 1PN9A 4RQRA 1YQ1A 3F4SA 1TOFA 1OC3A 4FYUA 2NBSA 3ZIVA 4IJIA 2P0GA 5JCGA 2NVLA 2O85A 4V2MA 4WBJA 3Q19A 2HNLA 2B1KA 2A4VA 1O8XA 1M9BA 5IMVA 2J9UB 1K0NA 1M2BA 4O5RA 3DVWA 2M46A 4I5QA 4XS4B 1URMA 4YAVA 4POBA 3LXZA 3HVXA 4IP6A 2B7JA 1A23A 3LEFA 1ST9A 5GSTA 1AXDA 3GTUB 1H4OA 1ILOA 2YOIA 1ZL9A 3KM6A 1JZDA 6GSYA 2FD3A 4MF6A 3LSZA 4K0NA 1BG5A 2JZTA 4IN0A 5A5KA 2KHPA 4EE0A 3EMPA 1JLVA 1OC9B 3GKXA 2C0FA 2DIZA 3APOA 9GSSA 2J23A 4WETA 1AW9A 4TR3A 3H4KA 2HT9A 2N5FA 2L5LA 1VRSD 2O8VB 2FA4A 4J57E 2FGXA 1AQXA 1KEBA 3GL3A 3ME7A 2C3TA 1O81A 3KH7A 4TW5A 2VCVA 3L4NA 2IN3A 5D9XA 2QC7A 4TXOA 3FZ5A 2DJ2A 2C0DA 4TRXA 2N5AA 3IK7A 2V6KA 3APSA 3FR9A 1JZWA 4OCFA 4ZXGA 2YCDA 2N5BA 2VD1A 3WGXA 3L9UA 5CRDA 5CAXA 2FWEA 3CRTA 5JWRB 4ISDA 4RI6A 3RHCA 4PQIA 2C1YA 2WULA 1RW1A 5G31A 3LFLA 1PKWA 5DAKB 2MBSA 2L4CA 4FH8A 2PVOC 17GSA 2L57A 3DYRA 3ERFA 1K0AA 6GSVA 1GLPA 1EP7A 2H66A 1B4PA 1XBSA 5IMCA 2YWOA 1GULA 1JHBA 5IQYA 4XS6A 3ZITA 2OADA 3TKRA 4F0CA 3VWVA 3WT1A 3EC3A 5HQPA 1N8JA 1M9AA 1EOGA 1DUGA 4MDCA 4MJEA 1NW2A 4ZB8A 2RM5A 4NV2A 1I5GA 4LL1B 2LJAA 1XVWA 3TKSC 3F6DA 5ELGA 2AHEA 1GSUA 1GSSA 1FVKA 1WJKA 3N9JA 2B5YA 3IC4A 4K7NA 2IJYA 5KN1A 1GH2A 1GSDA 1B8XA 1GSYA 4OFNA 2GQMA 1SJ6A 4F0BA 2P5QA 1SKRB 2E2MA 2XBIA 3IDVA 3VPTA 1Z6NA 2KOKA 2H74A 2VL3A 4MH2A 1TRUA 2ZCTA 4JEDA 4GSNA 4MF7A 2V2GA 5H5SA 4ZBAA 3GIXA 3KCMA 5LD0A 4Q5NA 5ECSA 3IK9A 2I3YA 3HVVA 2BMXA 4YQUA 4ZL9A 5CRGA 3ZMLA 5GAND 3CXGA 2LTKA 4MK3A 3HJOA 4PGTA 3LJRA 4JU5A 5DCHA 5J9CA 4ZB9A 1LBKA 1ON4A 1NSWA 1YZXA 2TRCP 1THXA 2DIYA 4AJ7A 4BWSA 11GSA 3DXBA 4OD7A 2LUSA 3GSSA 3M9JA 2QSIA 4G9HA 1ZGNA 1CQHA 1TTZA 5CRHA 1V57A 3G7JA 4MZCA 2WS2A 3Q6OA 2KP2A 4IP1A 4DSRA 2B5XA 1DE1A 1GSEA 4YH2A 4N0ZA 2H8LA 3JCML 4POKA 1ZYQB 4FYCA 1F37A 4HZ2A 3EE2A 5J41A 2REMA 3D22A 1SK1A 1MDJA 1IYIA 2OA7A 1M2AA 5A4UA 2PGTA 5EL8A 2VD0A 4NWYA 3Q74A 1B4QA 5ECLB 1OE8A 4N30A 3TOUA 1M7TA 1SK2A 4KCEA 3A2VA 1K0DA 5IIZA 4N10A 4L5OA 1GTBA 1Z9HA 1QXHA 2M80A 5J3RA 2C80A 4KB3A 2V32A 6GSTA 2H19A 2IFQA 2L5OA 1A2LA 2AB6A 4XHMA 2WJUA 4OO5A 1K0CA 3QPMA 3BOAA 4RQXA 3I9V2 1EWXA 4N0VA 4MH3A 4I8BA 3FZ4A 1TJDA 3HYPA 2L6DA 2VCTA 2VCZA 3LGCA 1OC8A 2H1DA 4MJCA 4OWYA 1XOBA 2O87A 10GSA 3F6FA 3IHQA 1S3AA 1XVQA 1BJXA 3D6IA 3FRCA 3KJYA 2LKUA 5COHA 3B0AB 5DVBA 3RPNA 4CW9A 4BVXA 4BWQA 4I97A 3GL5A 2FUG2 4KSOA 1ZYEA 3BD2A 5C04A 4F03A 3QFAC 3BCKA 2MZCA 3E3EA 3W6GA 3GNJA 1XFLA 4BPYA 4HS1A 1HNAA 3IBHA 3QDNA 2P31A 3WT2A 2IMEA 2I1UA 1O7UA 3MNGA 3UEMA 1OKDA 4KH7A 4DEJA 4XIHA 3US3A 2CX4A 1ACVA 4XRAA 4ACSA 4WR5A 1Z3EA 1T8EB 2IPAA 5CO3A 4YAPA 1PRXA 4LMVA 5ABRA 1BX9A 2F9SA 2P5RA 2YANA 4EO3A 13GSA 3VWWA 2IL3A 2DSAA 4K8MA 3EMXA 4GQCA 5IPGA 3WYWA 4TR0A 3PGTA 3GURA 3LYPA 3ZVJD 1BAYA 3P8WA 5DJLA 3GYKA 3ZMKA 1T3BA 4K9ZA 4AGSA 2JU5A 2M72A 5G2ZA 4JR6A 2EIOA 3HJMA 2YWIA 2YWMA 1W89A 2DLXA 3GHAA 2DJJA 1CQGA 5J5NA 3KZQA 2ALBA 5ECHB 3BCIA 3UOMA 1K0BA 2YJHA 2QKEA 1PKZA 3P2AA 1THOA 2VM1A 4MABA 1J9BA 1FO5A 4V1Ag 3IXRA 1RQMA 1Z6MA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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