The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
171
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structure length |
171
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Chain Sequence |
MESIFHEKQEGSLCAQHCLNNLLQGEYFSPVELSSIAHQLDEEERMRMAEGGVTSEDYRTFLQQPSGNMDDSGFFSIQVISNALKVWGLELILFNSPEYQRLRIDPINERSFICNYKEHWFTVRKLGKQWFNLNSLLTGPELISDTYLALFLAQLQQEGYSIFVVKGDLPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mode of substrate recognition by the Josephin domain of ataxin-3, which has an endo-type deubiquitinase activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ataxin-3
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| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
37
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| structure length |
171
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| sequence length |
171
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| ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
| pdb deposition date | 2006-05-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02099 | Josephin | Josephin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV6 O; 1IBK O; 2JRI A; 1N34 O; 2HHH O; 4X66 O; 3T1Y O; 2UUC O; 4DR5 O; 4LF6 O; 4GKK O; 2ZM6 O; 1I94 O; 3R66 A; 2LW7 A; 4DV4 O; 1XNR O; 5A2Q N; 3T1H O; 1A32 A; 4KHP O; 2DJV A; 2F4V O; 4OPA A; 3J7A U; 2ZKO A; 4DV5 O; 4LFB O; 2UXB O; 1IBL O; 4JV5 O; 4DUY O; 1J5E O; 1HNZ O; 4LF9 O; 1G1X B; 4LF5 O; 2UXC O; 1FKA O; 4B3T O; 3O65 A; 5IT9 N; 5BXZ A; 1XMO O; 4LF7 O; 4JYA O; 4DV1 O; 2UUA O; 4LFC O; 4DR3 O; 3RT3 C; 2FKX A; 4NXN O; 1IBM O; 1HNX O; 1FJG O; 1R1B A; 4X62 O; 4YHH O; 3OTO O; 1KUQ A; 1D2D A; 5BY1 A; 5BR8 O; 4A5U B; 1HNW O; 5IWA O; 4DR7 O; 4JI1 O; 2VQE O; 1HR0 O; 4X65 O; 4AQY O; 4DR1 O; 4JI7 O; 5FLX N; 4DV3 O; 5LL6 Y; 4JI0 O; 4OX9 O; 1AB3 A; 4DUZ O; 4DV2 O; 4JI3 O; 4JI5 O; 1N36 O; 1F7Y A; 3J81 N; 1XEQ A; 4LFA O; 4B3R O; 2Z0A A; 3M8A A; 1XMQ O; 4OPH A; 1YZB A; 1AIL A; 4YY3 O; 2UUB O; 4DR4 O; 4LF8 O; 3F5T A; 1XNQ O; 4GKJ O; 5H5N A; 4X64 O; 1N33 O; 4JI6 O; 2UU9 O; 2E5L O; 1DK1 A; 2VQF O; 1FYJ A; 4DR6 O; 4NXM O; 4JI2 O; 5LMU O; 5LMN O; 2N74 A; 1R6T A; 4DV0 O; 4B3S O; 1N32 O; 2DOS A; 1X59 A; 1NS1 A; 3SDL A; 4DV7 O; 2AGA A; 4K0K O; 4JI4 O; 4DR2 O; 4B3M O; 4JI8 O; 2UXD O; 3JAM N; 3J80 N; 4LF4 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4O2B A; 3RN4 A; 1JQP A; 3IFX A; 4X66 O; 3ZN0 A; 3QSD A; 1SC5 B; 2W0F C; 2LP7 A; 1VJV A; 4YY3 B; 4DR4 B; 4J42 A; 4UB6 Z; 1YJN V; 1I94 O; 2JEU A; 3LNN A; 3I06 A; 3WFV A; 5JWP A; 1ITO A; 3BPF A; 2VWK A; 1SF9 A; 1BHA A; 4KUM A; 2VWJ A; 5KHG A; 5GON A; 1VQN V; 1N32 B; 3G6B A; 2MW2 B; 4MTF A; 4R8C A; 3IFU A; 4B3M B; 2AXT Z; 1HNZ O; 3L74 H; 1YT7 A; 3ZUA A; 1GM7 A; 5CA1 B; 3CYO A; 2XUM A; 3P5V A; 1XDC A; 2RJZ A; 2AS8 A; 2HH5 A; 5J2U B; 1DGS A; 1XMO O; 4LF7 O; 1BS3 A; 2UUA O; 2NQI A; 2WLM A; 1NB3 A; 2FKX A; 4Q6G A; 5F02 A; 4JPR A; 1IZ3 A; 2JJ2 G; 1GM9 A; 5CHV A; 3A8T A; 5JCO C; 2VQE O; 1WN7 A; 4R50 A; 1XUQ A; 1YJ9 V; 3BPM A; 3A0B Z; 1VIB A; 1ORQ C; 1XI1 A; 5EBW C; 4JYY A; 4DUZ O; 4O4J B; 2AYN A; 2E75 B; 4U3J B; 2BSK A; 3HKB B; 3RYH A; 1KP2 A; 1M9N A; 1NI8 A; 4I7Z B; 1QDQ A; 4H13 B; 2XND G; 2EIM C; 3CRA A; 4NR1 A; 3CRM A; 5EYP A; 2YSU B; 1SQF A; 2EIJ C; 1VEW A; 3K0G A; 4JI6 O; 1GM8 A; 4WFF A; 3SGI A; 3OGI B; 4NVP A; 4RO2 A; 2QGN A; 2BOB C; 2PZS A; 4AXL A; 4OX9 B; 2R9R B; 2WAM A; 3QG5 A; 4P9P A; 1OCZ C; 5CVM A; 3ASN B; 4PI3 A; 1PL4 A; 1US6 A; 3JAM N; 1MSD A; 1ARO P; 1NQT A; 5IYB O; 4FMT A; 4AHC A; 3KKY A; 1HW7 A; 2IM9 A; 1PL0 A; 1MDW A; 3JD1 A; 1K92 A; 1MZF A; 4NB5 A; 2DC9 A; 3ZRV A; 2EJR A; 5IY5 B; 1VQ4 V; 2DYS B; 4PI2 A; 2DWD C; 2EBO A; 1JVM A; 3KKU A; 2V7Q G; 2XAF A; 4HWY A; 5JZE A; 5LMU B; 1OHH G; 4AIL C; 3P5W A; 1AI5 A; 1YIT V; 5CB4 A; 2UXD B; 5CA3 A; 4WFB V; 2FO5 A; 4MM3 B; 5CN0 A; 2B5U A; 3BY6 A; 1SZX A; 2HHH B; 2UUC B; 4ZOL B; 4TUY A; 1Y66 A; 4BPV A; 4OW0 A; 1ME4 A; 3FB6 C; 4QRG A; 3CJH A; 1OZ0 A; 2Q8V A; 2WLI A; 4U7O A; 5KUM A; 1BQI A; 1RPR A; 3BVO A; 4X62 O; 3STL C; 3ABM B; 5BY1 A; 1E1Q G; 3B09 A; 4UXN A; 1M6D A; 3JAL B; 1FFX A; 4KXR A; 3SR2 C; 2LO1 A; 5H6R A; 3M99 B; 4X1K B; 1EFR G; 5EZQ A; 1PVJ A; 3T4Z A; 4H37 A; 3FFQ A; 4LFA O; 4CDF B; 4IYI A; 3M8A A; 4FJC C; 1R6N A; 1ROP A; 3WB2 A; 2JGD B; 1BY8 A; 1LR1 A; 2FYU H; 2BTQ A; 1L0L H; 5EZY A; 2QTO A; 2F7D A; 2G6D A; 1XL6 A; 4LNU A; 2IJH A; 4JF3 A; 2ATO A; 3RVZ A; 2YIB D; 5H5N A; 4X1Y A; 1OV9 A; 4ZHQ A; 3AG3 B; 3WXG A; 4U3F H; 5LOV A; 2Q4P A; 4AQY B; 1F2C A; 3Q4H B; 1TL9 A; 3K3W A; 1OCC C; 4IHJ A; 1F23 A; 3OVX A; 4AXM A; 4JI8 O; 2V1D A; 5JCO A; 5H6Q A; 3SPI A; 1AYV A; 1Y08 A; 1BCC H; 2Y4U A; 4Z1V A; 1P7G A; 4QPJ A; 3BA9 A; 4X6J A; 1PKX A; 4DO2 A; 2O57 A; 2FB5 A; 2QEX V; 2QE7 G; 2PGG A; 3K06 A; 1XHZ A; 4I9W A; 4ZI7 B; 1XNQ B; 2FQ9 A; 1RM1 C; 4YYV A; 1B3Q A; 5B3S C; 3H7D A; 2DJV A; 2F4V O; 1EM1 A; 1M90 W; 4JI2 B; 2R9I A; 4MVM A; 4BW9 A; 2ARH A; 2ZCE A; 3ZMU A; 5J2T B; 1AP5 A; 3ZMZ A; 2KKW A; 4DR2 B; 4X6H A; 3HHI A; 4PHZ A; 4PV1 B; 4GUN A; 2DYR C; 3RYC A; 3W7S A; 5CVO B; 5CA0 B; 3OMA B; 2HXZ A; 4UCU A; 3UCS C; 1S0V A; 5IDJ A; 3N27 A; 4CC5 A; 2WA4 A; 3THO A; 5B1A B; 2NNU A; 1Q6K A; 4YYQ A; 4I4T A; 4DR3 O; 4O4H A; 2YC0 A; 2EUL A; 3HKC B; 5KX5 B; 4FLY A; 1STF E; 3M7M X; 1R3L C; 5B1B B; 1NL6 A; 1EZV H; 2DJG B; 1FXK B; 2QWP B; 1S5J A; 2PUS A; 1W0J G; 1Y4M A; 3BC3 A; 4I05 A; 2NN4 A; 2CAZ C; 4LFC B; 4O4L A; 4DV2 O; 2E03 A; 4DMY A; 4NXN B; 4B3R O; 1NH2 B; 1ATK A; 4CDC B; 5E6J A; 1KKC A; 3PN1 A; 2Z84 A; 3B2E E; 1N4C A; 3N2G B; 3ZJZ A; 3QT4 A; 4N4Z A; 2ZE6 A; 3H1I H; 4FLT A; 3LDC A; 4WUR A; 3JAW B; 5IJ0 A; 2AU1 A; 1MZE A; 3B21 A; 1Y74 B; 5JVD A; 3H1L H; 1LNQ A; 4WA6 A; 2VQF B; 2N74 A; 4DR1 B; 5EBM C; 1H2K A; 4DV7 O; 1X4T A; 3SDL A; 3ETQ A; 2WLL A; 3K8U A; 4BOP A; 5FPO A; 1CQD A; 4GUA A; 1B04 A; 1J95 A; 2VHS A; 2EIK C; 4DW1 A; 3RVY A; 4QE7 A; 3ZRW B; 3L70 H; 1CPY A; 4I9Q A; 2EJ7 A; 2E74 B; 3C0R A; 3AG4 B; 3S3Q A; 2ZM6 O; 3LSQ A; 1AR1 B; 3X2Q C; 3PBH A; 3O0U A; 1X9Y A; 4UV9 A; 3OE7 G; 5BMV B; 3N4C A; 1OCO C; 3ZED A; 4F4L A; 5LGU A; 4B3S B; 1N0N A; 2C0Y A; 2ARY A; 2ZQM A; 1QXP A; 2GBO A; 3CXC U; 1G1X B; 5KA5 A; 3CCR V; 3ML0 A; 3HB3 B; 1SET A; 2ETN A; 4GX2 A; 4HAM A; 1VQK V; 1K3E A; 2UXC B; 4X20 A; 4NTY A; 2FUD A; 2DWE C; 4X66 B; 3UQ8 A; 5KLV H; 1YEW A; 3FAV B; 2ZDI C; 1KD1 W; 5C8Y A; 3NR7 A; 1SZT A; 1I94 B; 1NBM G; 5D5P A; 4X1I A; 5J9P C; 2M6Y A; 5JA7 A; 1YSC A; 3ZHT A; 1TUB B; 1SER A; 1EWM A; 2R9N A; 2A0L A; 1L0N H; 4UV8 A; 4FZ1 A; 1RP3 B; 4CH3 A; 3JAS A; 2F95 B; 1YVB A; 2WSS G; 1HNZ B; 5B1O A; 4Q20 A; 2PNS A; 5L3G A; 2OIE A; 2ZR3 A; 5JJE B; 3OAA G; 1XMO B; 1KHQ A; 4LF7 B; 5LL6 Y; 2PBH A; 1V55 C; 2UUA B; 1VF6 A; 1WPB A; 4UUJ C; 3RVX A; 2HR3 A; 3LFY A; 3ERV A; 3ZHQ A; 2RN9 A; 4QE9 A; 4CDE B; 4OPH A; 2UUB O; 4GX5 A; 4JAV A; 4CS2 A; 4JZ2 A; 2VQE B; 1ENV A; 2DYR B; 2R72 A; 2PY5 A; 4NXM O; 1Q81 W; 1SA0 B; 4DW0 A; 3USV A; 3N2K A; 1HDJ A; 4F6E A; 3WXF A; 4DUZ B; 2HD5 A; 4HNA A; 5A9G A; 3E2E A; 3UT5 A; 1ME3 A; 2FTD A; 1IBK O; 2ADP A; 2YUA A; 4MVS A; 3PSE A; 4BAY A; 3K5O A; 4CZW A; 4XDJ A; 1WLE A; 1O9H A; 1U9X A; 2ZD9 A; 4FVM A; 4YIP A; 3OTF A; 2OT5 A; 1MG1 A; 3S3R A; 1T5E A; 3CSX A; 2E76 B; 4JI6 B; 3OF8 A; 2P5O A; 1EWP A; 5DN6 G; 5IYZ B; 2ITD C; 1M5I A; 2P22 C; 4BOQ A; 4TV9 B; 2Y5B A; 4FM1 A; 1ZL8 B; 1XOU A; 3K9A A; 4B3T O; 1U9V A; 2P86 A; 1SQQ H; 2A7W A; 3FKS G; 5LYJ B; 3FYI B; 2AZ0 A; 5K1X A; 3ZCC A; 1K7D A; 1AJN A; 3ZMT A; 1PBH A; 2LJ2 A; 2KQX A; 4QGP A; 2X7R B; 1HNX O; 1R6K A; 4YHH O; 3OTO O; 2EIN B; 4J9Y B; 5EGW A; 4H44 B; 1MHW A; 3H1K H; 2QTS A; 1CJL A; 2WLN A; 1VQL V; 1DLB A; 1PNM A; 1YF2 A; 3GCB A; 2WBF X; 1NT2 B; 3QTC A; 1KKD A; 5IYC O; 1K4C C; 3L75 H; 3D36 C; 3HPL C; 3CRQ A; 3ASN C; 4FIP C; 4I55 B; 2ZXW B; 3K08 A; 1GRJ A; 3OMN B; 3S3W A; 2OZ2 A; 3PHX A; 1MIR A; 1Q82 W; 2JK5 C; 2OTJ V; 2F1G A; 4F6R A; 4OVZ A; 2JS3 A; 3W7W A; 4I07 A; 3OVZ A; 5L3C A; 4X62 B; 2O6X A; 5EIB D; 1BP4 A; 2DYS C; 1VQ7 V; 2Y0I A; 3ZN1 A; 2BTO A; 1N33 O; 5KO3 A; 2F66 C; 2VQF O; 4IIJ B; 4FFK A; 1CP9 A; 2ZIN A; 1M56 B; 3CEI A; 1K34 A; 5DED A; 3KSE A; 3IV2 A; 2Q7E A; 4LFA B; 2P4K A; 1NB5 A; 3T1Y O; 2YXH A; 1VF5 B; 3OR7 C; 4JZG A; 5CMU A; 3S3X A; 1GH6 A; 1I08 A; 4LF6 O; 2XOK G; 3MHH C; 4JGS A; 2IBI A; 4U7N A; 1CS8 A; 1AIM A; 3IAY A; 4AI8 A; 2H8P C; 5KMG B; 2Y0P A; 1TGO A; 5GTH Z; 2GDS A; 2Q7H A; 3ABM C; 3G6E V; 5GTI Z; 4LFB O; 2UXB O; 2EZO A; 2HJD A; 3OQC A; 1VQ8 V; 3A0R A; 1AJQ A; 2PAD A; 1SES A; 2UXC O; 2DC8 A; 3E8H A; 2EIL B; 1UKF A; 4KP4 A; 4BOZ A; 3RYI B; 2Y69 B; 3ZMV A; 4JYA O; 1IWD A; 1QBZ A; 1MEM A; 4QBB A; 3E22 B; 5CA1 A; 2E02 A; 5LP6 C; 1Y67 A; 3C3S A; 2F4V B; 2OP3 A; 5GW7 A; 2GHY A; 3ZHV A; 3K59 A; 3ZBH A; 2ITC C; 1ZSP A; 4UVA A; 5J2U A; 2CUG A; 1WPX A; 2B1G A; 2MK3 A; 2QSA A; 5K1P A; 3CWB H; 3PJS K; 5IE9 A; 2N04 A; 3AG3 C; 1QHT A; 2QWQ B; 4PDV A; 4YJ2 B; 4XZX A; 1PE6 A; 2CDY A; 4O2B B; 2A79 B; 5ITZ A; 3FB7 C; 2K1E A; 3A0H Z; 4JI7 B; 1AB3 A; 2KG7 A; 2H7J A; 2C2A A; 4ASU G; 4DR3 B; 4JI5 O; 1KHP A; 1K5Q A; 4MVO A; 4GX0 A; 4G27 B; 1PM9 A; 2Y4T A; 4MT8 A; 1YZB A; 3ABK B; 4CS4 A; 5GON B; 3E83 A; 4DXW A; 1TVK A; 1S3J A; 2ZIM A; 2YI9 A; 4O4J A; 4BS6 A; 4X8A A; 3OR6 C; 4CBC A; 5DEC A; 1Q8I A; 3H6S A; 1GN6 A; 1GLO A; 3HKB A; 5KAF Z; 3W31 A; 3DC6 A; 3JCZ A; 4BS5 A; 5LMN O; 2DE0 X; 1U5I A; 4DV0 O; 2DOS A; 2QR4 A; 4A5U A; 3TMP A; 4K0K O; 4P6E A; 4JTD B; 4DV2 B; 1W59 A; 4PP1 A; 4B3R B; 2Q69 A; 1N34 O; 4G28 B; 3K9M A; 5B1A C; 1YJW V; 3ZHU A; 1KFX L; 5A24 A; 3NHE A; 4PD4 F; 4DR5 B; 1KP3 A; 3CE2 A; 4N79 A; 2ZE8 A; 4LH6 A; 4J11 A; 1AU0 A; 5EBL C; 2YIA A; 1YTF D; 5B1B C; 4DV7 B; 2K9P A; 3QF7 A; 2DN9 A; 5FPW A; 1FXK C; 1L1F A; 5F2V O; 3RWR D; 1KXR A; 4PA3 A; 4PA7 A; 1MMM A; 3A2F A; 4CC6 A; 1SQX H; 2CTW A; 3E9S A; 3LUT B; 2ZM6 B; 4P2Z A; 1W2B U; 1JR9 A; 3JAK B; 1ZWI C; 2JIZ G; 5EYP B; 1RPO A; 4BIU A; 1GMG A; 3BHP A; 1MEG A; 1AP6 A; 3CH3 X; 3MDS A; 3QO5 A; 3KW9 A; 4CDD B; 3B8N A; 3ZNH A; 3H8C A; 2FTK A; 4UVC A; 3C90 A; 2CGO A; 1VQ5 V; 3LSU A; 1HNW O; 2XU3 A; 1IX9 A; 4DR7 O; 4FM0 A; 4QIW F; 4MTO A; 1NVP D; 3AI8 A; 2P0R A; 3MHH A; 4I04 A; 2IU3 A; 3F7V C; 4E4E A; 4FLX A; 2OIG A; 4MW8 A; 5FLX N; 3BBA A; 4XBF A; 2P7U A; 3JAL A; 2H94 A; 1SNK A; 5EF4 A; 3ZIA G; 2HVJ C; 2CH7 B; 3KG2 A; 1CTE A; 2GUZ B; 2P06 A; 5KHI A; 3M99 A; 3RGB A; 3AG4 C; 4FLV A; 4X89 A; 3DC5 A; 4EFB A; 1AIL A; 4G2K A; 3OD4 A; 4HXD B; 4MI7 A; 1PPO A; 5CB4 B; 3CCQ V; 4QH6 A; 1YAL A; 1M93 A; 2H3O A; 2B1I A; 2JGD A; 5LGT A; 3ZX6 A; 3TK1 A; 2W6I G; 1LUW A; 2F1M A; 3CJH B; 3QNE A; 4NTX A; 2WLJ A; 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