The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
44
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sequence length |
182
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structure length |
182
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Chain Sequence |
MESIFHEKQEGSLCAQHCLNNLLQGEYFSPVELSSIAHQLDEEERMRMAEGGVTSEDYRTFLQQPSGNMDDSGFFSIQVISNALKVWGLELILFNSPEYQRLRIDPINERSFICNYKEHWFTVRKLGKQWFNLNSLLTGPELISDTYLALFLAQLQQEGYSIFVVKGDLPDCEADQLLQMIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Understanding the plasticity of the ubiquitin-protein recognition code: the josephin domain of ataxin-3 is a diubiquitin binding motif
rcsb |
| molecule keywords |
Ataxin-3
|
| molecule tags |
Hydrolase/signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
44
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| structure length |
182
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| sequence length |
182
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| ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
| pdb deposition date | 2007-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02099 | Josephin | Josephin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DOS A; 4LF6 O; 2UU9 O; 4JI6 O; 1A32 A; 2UUB O; 4B3T O; 1N33 O; 4JYA O; 4DR2 O; 4OX9 O; 4B3R O; 4X65 O; 3R66 A; 1F7Y A; 4GKK O; 3JAM N; 3J7A U; 3F5T A; 1YZB A; 1D2D A; 2UUA O; 4DUY O; 4B3M O; 4JI2 O; 1N32 O; 3M8A A; 4DV7 O; 1I94 O; 1J5E O; 4LF8 O; 2LW7 A; 3J80 N; 4DV0 O; 4OPH A; 5IWA O; 2UXC O; 5BY1 A; 1HNW O; 4A5U B; 4DV2 O; 4LF4 O; 5LMN O; 1X59 A; 5BR8 O; 1HNX O; 4DR3 O; 5BXZ A; 1FKA O; 4DR5 O; 1IBM O; 4B3S O; 2AGA A; 1XMQ O; 4DV5 O; 4LFA O; 1IBL O; 1AB3 A; 2UUC O; 1FJG O; 3RT3 C; 2E5L O; 5LMU O; 4X66 O; 4LF7 O; 3J81 N; 1FYJ A; 4JI0 O; 1R6T A; 1IBK O; 4JV5 O; 1NS1 A; 1XNR O; 5FLX N; 4DV4 O; 1HR0 O; 2FKX A; 3SDL A; 4JI4 O; 2UXB O; 3T1H O; 2UXD O; 1G1X B; 5IT9 N; 4OPA A; 4X62 O; 4DUZ O; 4YHH O; 4NXM O; 4KHP O; 2HHH O; 4DR1 O; 4JI7 O; 1N36 O; 4DR6 O; 4DR4 O; 4GKJ O; 3T1Y O; 2DJV A; 2VQE O; 4NXN O; 1DK1 A; 4JI3 O; 4LF9 O; 3O65 A; 1HNZ O; 4YY3 O; 1XNQ O; 4DV6 O; 1N34 O; 5H5N A; 2N74 A; 4LFB O; 2VQF O; 1R1B A; 4DV1 O; 4DR7 O; 1XEQ A; 2JRI A; 2F4V O; 5LL6 Y; 4LF5 O; 4JI5 O; 1KUQ A; 2Z0A A; 4LFC O; 4X64 O; 5A2Q N; 3OTO O; 2ZM6 O; 4DV3 O; 4AQY O; 4K0K O; 4JI1 O; 1AIL A; 2ZKO A; 4JI8 O; 1XMO O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XL6 A; 3CP1 A; 2UU9 O; 4B3T O; 5K16 A; 2GBO A; 1N33 O; 4B3R O; 1OCC B; 3ZRX A; 2A7W A; 1O9H A; 3OD4 A; 4FLX A; 4OW0 A; 1MOF A; 1JQP A; 4DUY O; 3QF7 A; 1ITO A; 2XU1 A; 2QKA A; 3AG3 C; 1YTF D; 3SJB C; 4WFA V; 2YJ8 A; 3MDS A; 1S0V A; 4DV0 O; 5B3S B; 2P67 A; 2PYL A; 3HKD A; 2Q67 A; 4E4E A; 3W7W A; 2Q69 A; 1HW7 A; 5E79 Z; 5B1B B; 4YVA A; 4DMY A; 4O2A A; 3QO8 A; 1FKA O; 3ZIA G; 4CDE B; 5JA7 A; 1ZWI C; 1ORQ C; 1XMQ O; 3BFR A; 3E9S A; 1AU0 A; 3WG7 C; 3SGI A; 1MSW D; 2PYJ A; 1NR7 A; 1O9G A; 1HR0 O; 4K0K B; 3WXF A; 2P7T C; 1IX9 A; 1BGY H; 5J2T B; 3QVN A; 3BVO A; 5J94 A; 4LH7 A; 1G8M A; 4JI4 O; 2B1G A; 3L70 H; 5EBM C; 5TIS Z; 2JGU A; 4GLX A; 5KHK A; 1WA8 B; 1NJI W; 1M6D A; 3TET A; 5DN6 G; 1IUR A; 5LXT A; 1EWO A; 2EIN B; 2OUL A; 4D7T A; 3W7T A; 4I50 A; 2DJV A; 3P5V A; 1Y66 A; 5F02 A; 3ETQ A; 2CH7 A; 3QJ3 A; 1DGS A; 3AG2 B; 4YXW G; 1HNZ O; 2ATO A; 3RYI B; 1IZ3 A; 4J11 A; 1K5S A; 1K3B B; 1HNX B; 3BHP A; 2LFS A; 4FPP A; 4O4I B; 1Y74 A; 2B5U A; 1NPZ A; 3JD1 A; 5IE9 A; 2KQX A; 3D6S A; 1B6Q A; 2VS0 A; 2E5L B; 1PL0 A; 1QCE A; 3W31 A; 4YYQ A; 2RMK B; 1OZ0 A; 2WA3 A; 4UCT A; 3KCY A; 2AYN A; 4BWA A; 2Z84 A; 2EIJ B; 5CVN B; 1FXK B; 2OTJ V; 4OX9 O; 4K35 A; 2BTQ A; 2RN9 A; 1BT8 A; 1K4D C; 3SYP A; 5B1A C; 3F5T A; 4UCV A; 4FFK A; 2Z3Y A; 2EIM C; 1F51 A; 2YUA A; 2NQG A; 5H2F Z; 3ZHU A; 3G6E V; 3WU2 Z; 1KYO F; 1K8A W; 1XOU A; 2YIC A; 3RVZ A; 5IYD O; 4YYV A; 4BS5 A; 2AHY A; 4GKJ B; 4I05 A; 3QT4 A; 1IWD A; 1U96 A; 4IT5 A; 4I07 A; 4DR3 O; 1M57 C; 1M90 W; 1GMY A; 4O4J A; 3MJ5 A; 3C9E A; 4MI7 A; 1AYW A; 3SYC A; 5KX5 A; 1AB3 A; 1V55 B; 1CP9 A; 4UCR A; 2R70 A; 2F4V B; 4YYW A; 1RPO A; 4X1I A; 3B2E E; 1AP6 A; 3OE7 G; 3K9M A; 2YIA A; 1NS1 A; 3C3S A; 4AHC A; 4BS6 A; 5CBG A; 4X20 A; 3VQV A; 3CE2 A; 4JI1 B; 4OGQ B; 4GYC B; 4P6E A; 1VMG A; 3T1H O; 1OCC C; 2UXD O; 1F29 A; 5EZS A; 3CXH F; 4DUZ O; 2QM8 A; 1XHZ A; 3K03 A; 5KA5 A; 3PSE A; 2ZT9 B; 3T4Z A; 3RGB A; 3PRP A; 2B9Z A; 1MMM A; 4BOU A; 4J7K A; 1QBZ A; 1LUW A; 1AEC A; 2PI4 A; 4QJF B; 2GHY A; 1N32 B; 3K3W A; 3I06 A; 5B3S C; 4JZG A; 4I4T B; 4LF8 B; 1SQP H; 3B77 A; 1I7F A; 1MS6 A; 2G8E A; 5B1B C; 3D36 C; 2P6J A; 2RCV A; 3RVX A; 3SPJ A; 1T5E A; 1SQX H; 3KWZ A; 3HWN A; 1PE6 A; 2YXH A; 3LNN A; 4X6I A; 4EFB A; 3K9A A; 4LF5 O; 1PIP A; 3H89 A; 4HZ3 A; 1WPB A; 3DC5 A; 3KG2 A; 4YIP A; 2ARY A; 1Y08 A; 2F7D A; 3GWK C; 2EUL A; 4I9W A; 4WBN B; 2HHN A; 2N04 A; 4AIL C; 1Y67 A; 4BOS A; 4J9Z B; 3EHB B; 3I55 V; 2WWW A; 4BW9 A; 3PHX A; 4R8C A; 5EBW C; 3TXQ A; 4UCS A; 2YJ2 A; 5CMU A; 2PI5 A; 3ZHT A; 4N79 A; 4MVZ A; 1YHQ V; 1BQ0 A; 1BHB A; 3PT2 A; 3RN4 A; 2EIN C; 2NQI A; 3OMA B; 3CRM A; 3SPI A; 4OVZ B; 4PJ0 Z; 1M93 A; 1BE3 H; 1COW G; 3AG2 C; 1B3Q A; 4DV2 O; 5B5E Z; 2ZIM A; 3FAV B; 4QPJ A; 5FNV B; 4HNA B; 3QO7 A; 2YXL A; 2Q7E A; 5ITZ B; 1ATK A; 3C90 A; 2YS8 A; 3OR6 C; 5DED A; 4Z1M G; 3ZX6 A; 2JS5 A; 1Q5O A; 4R6Z A; 4DV5 O; 2VQF B; 1OCO C; 4F6E A; 2DYR C; 1OJH A; 4PA6 A; 1GN3 A; 2QWR B; 3HB3 B; 1Q8I A; 1TUB A; 5J2T A; 1PAD A; 2BTW A; 3D3I A; 1SKV A; 2WLI A; 4XDK A; 2ZM6 B; 5L3F A; 2EIJ C; 1FXK C; 1HDJ A; 1F4N A; 1WA8 A; 2FO5 A; 3JSN A; 3K5O A; 2UU9 B; 1JQ0 A; 4B3T B; 1N33 B; 3K0D A; 4B3R B; 3CJH B; 1JMK C; 4KHP O; 1QR9 A; 2HP8 A; 4IIJ A; 3CME V; 2HHH O; 1Q6U A; 1MAB G; 1E79 G; 4MTG A; 1WB7 A; 4PDV A; 4DUY B; 3N3K A; 2K9P A; 4X88 A; 4FLZ A; 4X9Q A; 3KKU A; 1VQ9 V; 3RYI A; 4BAY A; 4QNH B; 2BOB C; 2DCD A; 1F2B A; 1M5I A; 4DV0 B; 2OIE A; 1OCZ B; 2PRE A; 4P16 A; 2P4K A; 1CPJ A; 1N34 O; 2WAM A; 1FFX A; 2N74 A; 3PBH A; 2CTP A; 1AP5 A; 1NTM H; 2H8P C; 3BAA A; 1YJW V; 3OIS A; 5J9P C; 1GKF A; 2KSD A; 3A0R A; 4B7K A; 1XMQ B; 5LYJ B; 4HYO A; 1FD9 A; 4PDL A; 3CBK A; 2JIZ G; 1L0L H; 3OTO O; 1JX9 A; 4BW5 A; 5LA6 A; 1WAZ A; 2YEV B; 4JYA O; 2XHB A; 1HR0 B; 3DC6 A; 3BCN A; 2WLK A; 3UT5 B; 3E89 A; 5LP6 B; 2DYS B; 3G71 V; 1M1K W; 4TV8 B; 3RYF B; 1J95 A; 4KFM A; 4JI4 B; 1ME4 A; 4W4U A; 4XBF A; 4CH5 A; 4JAU A; 1ZIV A; 2GDS A; 1PKX A; 2OWO A; 3A8T A; 4ZUX U; 1A6R A; 4L8J A; 4DV7 O; 4W5C A; 1W59 A; 3ABT A; 5JH7 A; 2DJF B; 3OUF A; 3HPL C; 4O4H B; 3AK3 A; 4R50 A; 1FXV A; 1ZSP A; 3STL C; 5IY5 B; 2JDI G; 5FL7 G; 3SJQ C; 4LF4 O; 2E02 A; 1KKD A; 3RVW A; 1HNZ B; 2EZP A; 3ZN0 A; 2LGW A; 2ZE5 A; 4IGG A; 1KMI Z; 4BQV A; 1PPD A; 2W6I G; 1Y6X A; 4X66 O; 3CHX A; 3ZS8 C; 1G6U A; 4JV5 O; 4D8B A; 2VRZ A; 4DV4 O; 4DK1 A; 2XU3 A; 3ZUA A; 1SF9 A; 4FIP C; 1VF5 B; 3ASN B; 5JWP A; 1H38 A; 3IFX A; 5C8Y A; 1XDC A; 3HKD B; 3LSU A; 3P3N A; 4OX9 B; 2Y0P A; 3ABU A; 3JAK A; 2ILM A; 4O2A B; 4X89 A; 4C7U A; 4UUJ C; 3S3Q A; 4DR6 O; 4I4T A; 4YYR A; 2P06 A; 3K8U A; 3T1Y O; 2Q0A A; 4JI3 O; 5KUK A; 4FM1 A; 4DV6 O; 3K57 A; 2F43 G; 3NHE A; 3T1C A; 4JTA B; 4REZ A; 4QPK A; 1R1B A; 3B79 A; 4YYU A; 2ODM A; 4DR3 B; 5LGU A; 4KXR A; 3L9D A; 2R9F A; 1VP7 A; 4WFG A; 4WBN A; 1WP7 A; 3ZMT A; 5A2Q N; 4CBC A; 4AQY O; 1P49 A; 2EIL C; 2KG7 A; 2LQT A; 1UFI A; 5LXT B; 4JYB A; 3IC9 A; 4I50 B; 3OR7 C; 2ATK C; 1ROP A; 4NKG B; 2CH7 B; 1JOY A; 3C3T A; 3L72 H; 4MVO A; 4RUE A; 3T1H B; 1N0N A; 1U97 A; 2UXD B; 3H8C A; 4DUZ B; 3W7U A; 1Y4H A; 3P30 A; 4D7S A; 2VWK A; 4NTW A; 2ETN A; 3P3P A; 1VJV A; 3OEE G; 3SJC C; 2HD5 A; 1GRJ A; 5IWA O; 1OCZ C; 4N21 A; 2Q4P A; 3ZHR A; 3JSL A; 1GLO A; 2E01 A; 2CUG A; 4FLU A; 1NTK H; 2WLM A; 3AK2 A; 3O1G A; 1STF E; 3ZED A; 4PD4 F; 1QVF U; 3LXS A; 2BTQ B; 4LR3 A; 4LF5 B; 1YJN V; 3E22 A; 4OXS A; 5HFM A; 3JCZ A; 3VOU A; 4RAI A; 5A24 A; 2JEX A; 1BP4 A; 4UVA A; 3FKS G; 1QR8 A; 1HWY A; 4J41 A; 1BGO A; 5LP6 C; 2DYS C; 3ETG A; 2AIM A; 2AXT Z; 2ACT A; 5IT9 N; 4OPA A; 3VQY A; 2AUX A; 1Z5V A; 4BSQ A; 5H9C A; 3HR0 A; 1QOL A; 3CCQ V; 3CRA A; 4JYC A; 2E74 B; 2HEP A; 4DR4 O; 4MVS A; 1TL9 A; 4DXW A; 2H94 A; 3RNV A; 4OEL A; 5IY5 C; 2L35 A; 2WSS G; 1QLE B; 5IJ0 B; 1QMY A; 4FFB A; 2HFE C; 4X20 B; 4DV2 B; 1URF A; 2Z5U A; 4X8A A; 4DR7 O; 2IH3 C; 4UCU A; 3OGI B; 1GAX A; 3CYO A; 1DF4 A; 3A2F A; 1XUQ A; 3FB6 C; 5CN0 A; 4DV5 B; 4O4L A; 1L8D A; 3AG4 B; 1QXP A; 2EIM B; 2CIO A; 4A5U A; 4MVM A; 4GCZ A; 3ZHS A; 5FPO A; 4PV1 B; 4RF0 A; 5CA1 A; 4ZHQ A; 5E6J A; 4WFE A; 1CV8 A; 2FB5 A; 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2Y48 A; 3PJS K; 3JD4 A; 2DC6 A; 3H1H H; 4IIJ B; 3LSQ A; 4X66 B; 1F4M A; 2ZIO A; 3RFR A; 3UM7 A; 3CRC A; 3H7D A; 2FTD A; 1KKC A; 1JA8 A; 1GM8 A; 4JV5 B; 2G6D A; 4DV4 B; 2HLD G; 4LF6 O; 3BA9 A; 4TT3 G; 1JFF B; 1AIM A; 4TUY B; 2Q73 A; 2YI9 A; 3X2Q B; 4PEL A; 1P7B A; 2RNB A; 4XDJ A; 4BIO A; 2BDL A; 3FX7 A; 1FFX B; 3L75 H; 3OEH G; 1OCO B; 1WPX A; 1ZX3 A; 3SPH A; 3MOR A; 3M8A A; 2DYR B; 3ZNH A; 1K9M W; 1Q7Y W; 4DR6 B; 4FZ0 A; 3T1Y B; 1QLE C; 1PBH A; 3HKE B; 2FRQ A; 4DRX A; 4BR6 A; 1B04 A; 2JTC A; 1MEM A; 3W7X A; 4JI3 B; 5LA6 B; 2ZE8 A; 1S3J A; 4DV6 B; 3F7V C; 4B3S O; 3K59 A; 4LFA O; 2Y4T A; 1OV9 A; 4KLB A; 3HD3 A; 1SQF A; 4PHZ A; 1PPO A; 3AG4 C; 5IYZ A; 1R73 A; 2Y4U A; 5LMU O; 1S77 D; 1XQ8 A; 1JPX A; 2Y5B A; 1BL8 A; 3CRQ A; 2NR5 A; 4XR7 A; 4KP4 A; 3BPM A; 1BMF G; 4X1K A; 2XAS A; 4AQY B; 2AU1 A; 2AVW A; 4I7Z B; 3A0B Z; 4MT8 A; 5JH7 B; 1IXM A; 3LNM B; 4RWU A; 4MTF A; 3K79 A; 1AU2 A; 2HXZ A; 3TXS A; 3N3G A; 1LR1 A; 3BA8 A; 3ZHV A; 3SR2 C; 2JK5 C; 4CH6 A; 4RQE A; 1KQS U; 1VF7 A; 2CDY A; 4NB5 A; 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