1D0K | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	322
structure length	314
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQEE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan. pubmed doi rcsb
molecule keywords	35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
total genus	108
structure length	314
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-09-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1d0kA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1d0kA02

4NIJA 2GV0A 3FI7A 1XEJA 4RDSA 1YANA 1LZDA 1LSBA 1NBYC 1KXYA 1GBSA 1LZAA 3W6EA 3WVXA 3P64A 5DM9A 3WUNA 4MR1A 4NG8A 1GB6A 2ZQ4A 5FDJA 1D9UA 4GN5C 4LZTA 1IP6A 4QDNA 3A3QA 1GDXA 1GE4A 1IWWA 1QIOA 2YBLA 1C7PA 1N4FA 5C6IA 1OUEA 3AZ5A 3QY4A 4IATA 1QSWA 2VB1A 5LVHA 1YILA 5A3ZA 1IWVA 1H87A 2YVBA 1C08C 3ATOA 4NHTA 4W96A 4C3WA 1NDMC 4EOFA 2BQGA 4W94A 1G7IC 1UA6Y 3G3AB 5LVKA 5APCA 4M4OA 1RE2A 1HEQA 5C6JA 1MELL 4ET9A 1ALCA 1F10A 5F9XA 1D0KA 1LSNA 1JITA 2MECA 4NHQA 4B4IA 4RW1A 5L3HA 1IOSA 1FBIX 1OUGA 1LMQA 1RJCB 4TTDA 1IP2A 3ULRA 1LSDA 3B0OA 4NGVA 4ETCA 1YIKA 1BB5A 2CJLA 2C8OA 2F30A 4ANRA 1LSPA 5D5CA 4CGEA 1LZCA 1I56A 1VDSA 4PPOA 4Z98A 1GEVA 2DQIY 2HU3A 5LA5A 1WVVA 1WTNA 5LINA 4BS7A 1UCOA 2F4AA 4B1AA 1AKIA 1LHHA 1GF7A 3T6UA 2BQIA 2YDGA 3TXEA 3P68A 2RSCA 2XTHA 3WULA 3A94A 5E4PA 5T3FA 1AT5A 5LVGA 5I54A 3A6CY 1LJIA 1ZVHL 4HPEA 1GF6A 2ZYCA 1LZ4A 2LYMA 1GB2A 1JUGA 1BQLY 2I6ZA 4H9FA 5AMYA 1TBYA 2D91A 5KKIA 1OQMA 3WL2A 1LJGA 3N9EA 4NHPA 5B59A 2Z2EA 4MSTA 2Y8PA 3B0IA 1CKGA 1GAZA 1JJ0A 3AYQA 2H9JA 4DD0A 1HEMA 3FE0A 4WM2A 4DD1A 2LHMA 4WM4A 4WLDA 3WH1A 2A7DA 5I5QA 1AT6A 1VFBC 4KXIA 1RFPA 1OP9B 1NHEA 2BQCA 4NGWA 1FLWA 2BQHA 1HSWA 4P2EA 1GFVA 1YAQA 1C46A 4LYMA 4WL7A 4XJDA 5B1GA 2BQAA 4H9IA 4G4CA 1EQ5A 4FJRA 5L3IA 1LZ6A 3A6BY 5IHGA 5LAFA 5DN4A 4R6CA 1UIGA 5IDDA 1UIEA 5HLLA 1HHLA 1LMNA 1OUFA 2BQMA 1YL1X 4GN3A 1B7NA 1G7LC 4H9AA 4HV2A 1I1ZA 4DC4A 4PGJB 1QDRA 1LHMA 1XGTC 4H8YA 4H1PA 4J1BA 4LT3A 1G7HC 3HFMY 2EQLA 1MLCE 3AZ7A 4B4EA 4BADA 1JPOA 4UWVA 2HEFA 1JKAA 3CSRA 1LJHA 1B7OA 1LOZA 1ZMYL 4B4JA 4J7VA 2Z12A 3W6CA 1LZ1A 4IJ4A 1GXXA 3WUMA 2WARA 1IR9A 4N1CC 5KXNA 2HEAA 1HFYA 1KXWA 3LYTA 5DL9A 1HEPA 3WVYA 5K7OA 2FBDA 3CQLA 2AUBA 1YKZX 1LJ4A 1F0WA 1IP3A 5I4WA 2Z19A 4H92A 1H6MA 1UIAA 1A4VA 1LJNA 4YM8A 4CJ2A 4G4BA 3OK0A 2B5ZA 3W6BA 2W1MA 1B5ZA 1VAUA 1RCMA 1OUBA 3SP3A 4H93A 1LMTA 1ZVYB 1EQEA 4LYCA 1VEDA 4R0FA 1YAMA 2Z18A 3MGWA 132LA 2MEFA 4NGIA 1LZRA 1WQNA 3LYZA 4WOAA 4Z46A 4LGKA 1JKDA 1B7LA 1IY3A 1HNLA 1CJ8A 1T6VL 1J1PY 1B2KA 2BQBA 1LSEA 3N9AA 1IC5Y 4XJBA 4AXTA 4B0DA 4XENA 4YEOA 3ATNA 1B9OA 3A92A 2YBMA 1XEIA 2BLYA 1O23A 3IJVA 1IR7A 3LHMA 3BKHA 2ZIJA 4IASA 5FCPA 5F81A 1FN5A 2MEDA 5B06A 4DWXA 154LA 4MCKA 1BHZA 8LYZA 1WQOA 1B7PA 1FLUA 1LZEA 207LA 4NSGA 4TSCA 5L9JA 1IWYA 2IFFY 6LYZA 4NSJA 4XADA 2HECA 5FEKA 3WW6A 4GCCA 1LYSA 4FDYA 4NHSA 5KXSA 4B49A 5ILCA 1YQVY 4HP0A 1LKRA 1LSGA 1GFKA 1GPQC 1WVUA 2EIZC 3QE8A 1CKCA 2DQAA 1FDLY 4HTNA 5DLAA 2Q0MX 4H91A 6LYTA 3J4GA 3TXHA 1LZTA 1BVXA 5KXWA 4OWHA 5LVIA 4WLYA 1B5VA 1KIQC 4N9RA 1LHLA 4GN4A 5HQ1A 1GF3A 3WU9A 5HMJA 1JTPL 1KIRC 2PC2A 3LYMA 4RW2A 4H94A 4G9SA 1GE3A 133LA 1XGPC 1QUSA 1HFXA 4J1AA 5DN5A 5FHWA 5IELA 4GCEA 1XFPL 4OW1A 4DYGA 4DT3A 1LAAA 2ZNWY 4HJZA 1DKJA 4II8A 4KT3A 4DDCA 1QTKA 2DQEY 3CSZA 4C5FA 4ZIXA 1UICA 2YSSC 4ZEEA 5HMVA 2DQJY 2DQDY 2I25L 1NWGA 1NKHA 4NEBA 2W1YA 1BGIA 1LHKA 2EKSC 193LA 3CT1A 1GBYA 2FYCA 2D4KA 1VDPA 2Z2FA 1NBZC 2IHLA 1OUIA 1OUJA 1LJKA 1YKXX 4CFPA 2DQHY 3AW6A 4ETBA 4NWEA 5M1YA 2HEDA 135LA 1XEKA 3AB6A 2ZQ3A 4NSIA 5I53A 3TXGA 2W1LA 1BWIA 1LZSA 4OWEA 4WM3A 3BKVA 1EL1A 1VDTA 1IIZA 4G49A 4HJVA 2ZWBA 1GB0A 4Z3MA 1XGQC 5LA8A 1IC4Y 1GBXA 4QEQA 3WUAA 5LAGA 1IP1A 9LYZA 5F14A 1D0LA 2A7FA 3W6FA 4N0JA 2YBIA 1IOTA 5KXKA 3CT0A 1CJ6A 4PRUA 3ZEKA 4WL6A 5B05A 2BLXA 1XGRC 4N1EI 3P4ZA 1B5UA 1CKFA 1CKDA 1FLQA 1LZBA 2H9KA 5II3A 5APFA 2YBNA 3A93A 3TXIA 3HBDA 2ZIKA 1JTTL 4D9ZA 1LCNA 4E3UA 1UC0A 1VATA 4LFPA 3D3DA 3WMKA 1GD6A 4NG1A 1WQMA 4Z41A 1CJ7A 1QUTA 1GDWA 1CJ9A 4LT1A 2MEAA 4H9BA 1LSYA 1G7JC 5APDA 1JJ1A 3AZ6A 1DPWA 1J1OY 4CHXA 5LYTA 4HTQA 5KXPA 3B0KA 5APEA 3WXUA 1XSFA 1TEWA 2XBRA 4NSHA 4QGZA 1REZA 3RT5X 3RW8A 194LA 1KXXA 3TXKA 1QDTA 1OUHA 3T36A 3OJPA 5C6LA 2F2NA 1IO5A 4DD3A 2YBHA 4NHIA 3CT5A 1FLYA 4H9CA 3W6AA 5LYMA 4XJHA 1HFZA 3AGHA 3P65A 2C8PA 1GB7A 1D0MA 3HBEX 2MEIA 1KIPC 2LZ2A 1LSZA 1LZ5A 1QSAA 1GB5A 1LZ9A 1LSFA 3EO5A 4LT0A 4RLMA 4LYBA 1LZ8A 5F16A 1JEFA 4ZFPA 2BQOA 3EMSA 3A8ZA 2MEGA 5KXTA 3P66A 4YF2A 1LPIA 1WQRA 1LZYA 2D4IA 4WO6A 1V7TA 1GFEA 3EBAB 3TXFA 4NWHA 4UWNA 4WM5A 1DZBX 3WW5A 2LYZA 1DI3A 4LT2A 2HUBA 1YAPA 5LXWA 3J6KA 4UWUA 4NGOA 1UUZC 1UACY 2Z39A 5KKJA 4WO9A 1IY4A 1GE1A 1NMMA 4XJGA 2Z38A 1YAOA 1HELA 2DBTA 1LJFA 1IWTA 5HNCA 3TMWA 4H9EA 2NWDX 1GBOA 2BQLA 4HSFA 4OWCA 2D4JA 4ET8A 5KXRA 3VWOA 3WYHA 5LVJA 2N5ZA 1JJ3A 4XYYA 5HNLA 1TAYA 4HV1A 3QNGA 4YEMA 5KY1A 1GFUA 1GFTA 1IOQA 5KXYA 1B7MA 4WG7A 2Z37A 1IP4A 3AGIA 1TCYA 1BB3A 1LMOA 5D5FA 3WU8A 1GBZA 4H90A 1IWZA 3A96A 4NGLA 4AGAA 1GE0A 1SLYA 4PJ2C 4TUNA 1C10A 1B5XA 1LYYA 1PS5A 2X0AA 4U3XB 1D6PA 1QTEA 3TXDA 3ZVQA 1ZV5L 3M3UA 1BWHA 1D6QA 1EQ4A 4HTKA 4TSBA 2H5ZA 1REXA 4RLNA 3W6DA 2CGIA 4I8SA 1V7SA 4XJIA 1GB8A 1BB6A 3A34A 5J7CA 4N5RA 5KJ9A 4LYOA 1LJEA 3K3TA 5EBHA 2W1XA 2HTXA 1RI8B 4DD9A 1C43A 4NGYA 1JHLA 2G4QA 4KPMA 3TXBA 1LTMA 1LMAA 5JENB 2FYDA 4TX7A 2BQNA 1B7SA 2LYOA 3A95A 1UIBA 3AW7A 1AZFA 2CDSA 1IP5A 1JIYA 1I20A 1J1XY 1GB9A 1JSFA 4YENA 4L41A 3TXJA 1IORA 3D9AC 5KXLA 4PRQA 3WPLA 1YROA 1B5WA 2MEEA 1GFGA 1LHJA 3TMVA 1B5YA 4I0CA 4ML7A 5B1FA 3IJUA 1GF5A 4LFXA 1IWXA 3GXKA 1P2CC 1UBZA 1B0DA 1AM7A 1DPXA 1JISA 1GFJA 1LJ3A 1UIFA 1VDQA 3F6ZA 4H9HA 1IVMA 4BAFA 4ETAA 2DQFC 1GHLA 1IOCA 1XGUC 1YKYX 1HEOA 1Z55A 3A3RX 3IWRA 1DQJC 3B72A 2HU1A 2I26L 4WLTA 4A7DA 1JSEA 3TMXA 2G4PA 5I4XA 4XN6A 7LYZA 3A90A 1UIDA 1HC0A 1NF5A 1DXJA 1UIHA 5KXMA 1WTMA 3RNXA 4GCDA 1GF9A 1QQYA 1GFHA 4H8XA 4J0LA 2CWIA 1LZNA 1BB4A 1CNSA 1LYZA 4PHIA 2ZYPA 4ETEA 2LZTA 4HJYA 2XBSA 4LYZA 4OWBA 1IWUA 4O34A 3RZ4A 1JTOL 2ZILA 1LSMA 2FBBA 1SQ2L 3N9CA 1HMLA 4N8ZA 4M6DA 3W3EA 4QY9A 2BPUA 4H8ZA 1E8LA 4TWSA 3G3BB 1GEZA 2DKVA 2G4NA 1OUCA 1A2YC 4NGJA 3AJNA 4WG1A 1LMPA 4LYTA 3WU7A 2ZNXY 3LZ2A 3KAMA 4OOTA 2BQFA 2EPEA 1NQIA 2BQKA 5B07A 1LSCA 3LYOA 3AZ4A 4ETDA 2MEHA 2DQCY 1IX0A 3CB7A 5LYZA 3A91A 2HEEA 1W08A 1PZYA 1G7MC 4WM1A 1JKBA 3EXDA 1HENA 4X3BA 5KXZA 2YBJA 4G4HA 1GB3A 3LN2A 4WMGA 5A3EA 4DD2A 4NFVA 1IR8A 2HEBA 1HERA 3RU5A 1HMKA 1HSXA 1W6ZA 4GCBA 4BAPA 4DDBA 1DKKA 4OOOA 1GAYA 1FKQA 4GCFA 1GFAA 1IC7Y 1B7RA 1GWDA 3TMUA 4GLAA 4OWAA 5KXXA 5FSTA 3GXRA 3AGGG 1BVKC 4GLVA 3M18B 1LYOA 3B6LA 1T3PA 134LA 1GXV2 1GF8A 1B7QA 1GF0A 3A67Y 1LSAA 3WPJA 4CFOA 4WM6A 2BAAA 1LZGA 1WQQA 1INUA 1DI4A 2D6BA 4HPIA 3ZVQB 5ILFA 5KXOA 1LKSA 4YOPA 153LA 208LA 1GE2A 3WPKA 1HEWA 1BWJA 1LJJA 1JWRA 1WQPA 1IP7A 2F4GA 4KL7A 1FKVA 4WLXA 4NY5A 1REMA 5E9RA 1IEEA 1NDGC 4NGZA 2BQEA 1REYA 1C45A 2BQDA 1GF4A 3CSQA 1TDYA 4XJFA 1F6RA 3E3DA 1LMCA 1HF4A 4DDAA 5I4YA 5LIOA 1F6SA 5FELA 4DD7A 1GFRA 1DI5A 3LZTA 1OUDA 2DQGY 5F9UA 1GBWA 1LHIA 1CKHA 1BB7A 1OUAA 2XJWA 2BQJA 1JKCA 3WXTA 4EMNA 1YL0X 2MEBA 3HBHA 4NGKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1XEJA 4AG6A 1LGWA 1YANA 4B3MM 1LZAA 3W6EA 2EKFA 1QZMA 3WUNA 3U61B 5FDJA 1IP6A 2K47A 3SHGB 1QIOA 2YBLA 1SXJE 3AZ5A 1TF0B 1QSWA 3GUOA 2G3QA 3KXEC 5A3ZA 3HTDA 2YVBA 4UN2B 4NHTA 3FI5A 2BQGA 2QNJA 1UA6Y 3G3AB 3HDEA 4W94A 5APCA 4AZFA 2O01F 2KXEA 1JITA 1C6BA 5LMUM 1UFZA 2X49A 5L3HA 1L04A 197LA 1TH3A 1LMQA 1RJCB 4TTDA 1IP2A 3ULRA 2RAZX 2L2DA 1G0KA 2CJLA 4JI0M 2F30A 4PPOA 186LA 2HU3A 1N77A 1G0LA 1WTNA 4BS7A 126LA 4L4UA 5KO3A 1LHHA 1GLNA 1QAOA 3P68A 2RSCA 3WULA 1VDDA 2DAKA 3LZMA 5T3FA 1XNRM 5I54A 1LJIA 1ZVHL 1GF6A 2KZUA 1MJGM 259LA 2HWJA 3TWLA 3SATA 1BQLY 1XNQM 1OQMA 4D82A 4DR7M 1LJGA 3N9EA 3U5ZB 2C9OA 2Y8PA 5ITUA 4W58A 3KOXE 5EXSA 4DD0A 3CGWA 1EPYA 1HEMA 4GEWA 4DD1A 2EJSA 3U6OA 1OP9B 1L21A 1ZMVA 1IN5A 1QS9A 1D3MA 4WL7A 3HJ8A 5L3IA 1EQ5A 1EE8A 4FJRA 4X65M 1TTEA 227LA 1PRBA 1L1TA 1LMNA 1OUFA 2BQMA 1B7NA 4PGJB 1C6HA 2G5GX 4LT3A 5LVGA 5FTLA 1OYUA 1CX7A 3RFWA 1JPOA 1OVJA 4I7MA 4F2LA 1L06A 3HWSA 2ERCA 4L15A 4J7VA 4IJ4A 5ILCA 2WARA 1TGUA 1IR9A 1DYBA 1KXWA 2RB1X 3LYTA 3K9OA 1L15A 3E4RA 3J27B 2AUBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1XEJ A;  1LGW A;  1YAN A;  1LZA A;  3W6E A;  3WUN A;  5FDJ A;  1IP6 A;  1QIO A;  2YBL A;  3AZ5 A;  1QSW A;  3GUO A;  5A3Z A;  3HTD A;  2YVB A;  4NHT A;  3FI5 A;  2BQG A;  4W94 A;  1UA6 Y;  3G3A B;  3HDE A;  5APC A;  1JIT A;  1C6B A;  5L3H A;  1L04 A;  197L A;  1LMQ A;  1RJC B;  4TTD A;  1IP2 A;  3ULR A;  2RAZ X;  1G0K A;  2CJL A;  2F30 A;  4PPO A;  186L A;  2HU3 A;  1G0L A;  1WTN A;  4BS7 A;  126L A;  1LHH A;  3P68 A;  2RSC A;  3WUL A;  3LZM A;  5T3F A;  5I54 A;  1LJI A;  1ZVH L;  1GF6 A;  259L A;  1BQL Y;  1OQM A;  1LJG A;  3N9E A;  2Y8P A;  4W58 A;  4DD0 A;  1EPY A;  1HEM A;  4DD1 A;  1OP9 B;  1L21 A;  1QS9 A;  1D3M A;  4WL7 A;  5L3I A;  1EQ5 A;  4FJR A;  227L A;  1LMN A;  1OUF A;  2BQM A;  1B7N A;  4PGJ B;  1C6H A;  4LT3 A;  5LVG A;  1OYU A;  1CX7 A;  1JPO A;  1OVJ A;  4I7M A;  1L06 A;  4J7V A;  4IJ4 A;  5ILC A;  2WAR A;  1IR9 A;  1DYB A;  1KXW A;  2RB1 X;  3LYT A;  1L15 A;  2AUB A;  219L A;  1H6M A;  1UIA A;  3L64 A;  1A4V A;  1LJN A;  4I7O A;  3HWL A;  4YM8 A;  1B5Z A;  102L A;  3L2X A; 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