1D0K | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	322
structure length	314
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQEE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
publication title	Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan. pubmed doi rcsb
molecule keywords	35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
total genus	108
structure length	314
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-09-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1d0kA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1d0kA02

1BB5A 1QUTA 1D6PA 1HSXA 2DQEY 4C5FA 1GBXA 5FDJA 1B5XA 4HV1A 1BQLY 1C43A 5J7CA 4O34A 5B07A 5IDDA 1JSEA 1LSPA 3RZ4A 4WM6A 1UICA 1GWDA 1VDQA 2EIZC 1GDWA 1OUJA 2HU3A 1OUCA 1LOZA 1DI5A 2WARA 4ET9A 5LINA 1C46A 1TEWA 3AZ7A 1WQPA 4CGEA 3A90A 1LKRA 4HTKA 1XSFA 4ZIXA 1IR7A 1IR9A 1TAYA 134LA 2Z2EA 2Z38A 3WL2A 4XJFA 4B49A 4D9ZA 2LYZA 3GXRA 1IWWA 3WU7A 4CHXA 3A92A 1I56A 1T6VL 1C08C 1YKXX 5C6JA 4OWBA 1CKFA 1LSZA 1TCYA 3CB7A 2I25L 4ETAA 4LT3A 1REZA 4H91A 2DQJY 1B5ZA 4HP0A 3HBHA 4YM8A 1BWIA 5LVJA 2Z12A 3TXBA 2Y8PA 3AB6A 1F0WA 1JITA 5KKIA 1IOCA 1VEDA 4PHIA 4W94A 8LYZA 2YBJA 4J1AA 1LHMA 4DYGA 1T3PA 5F9UA 3AZ5A 1UUZC 4DDCA 5L3IA 1IWVA 1HMLA 1RJCB 3CSRA 1FKQA 1UIFA 1HEPA 5FSTA 2BQIA 4TSBA 5AMYA 1LZ8A 5EBHA 1IWZA 1DKJA 3P64A 1GFJA 3TXIA 4WOAA 4HJZA 3M18B 3AYQA 5HNCA 1GFHA 4EOFA 4ET8A 1GFTA 5F81A 3F6ZA 4II8A 1GBWA 4TTDA 5APFA 1XFPL 5FELA 1IOQA 1NMMA 4XENA 1D9UA 1HNLA 1UIAA 5II3A 4GCEA 1GE1A 2EPEA 3WVXA 4ETCA 5HLLA 1AT5A 5KKJA 3CSZA 1G7LC 3BKVA 2HEFA 4NHQA 1B9OA 3LN2A 3WUNA 4HPIA 1NF5A 1NHEA 5HNLA 5FEKA 3T36A 2EQLA 1BGIA 2DQDY 3ATNA 2DQAA 1NQIA 3LYTA 5ILCA 1GEVA 1LZAA 1C10A 2FYDA 1GPQC 1AT6A 4CJ2A 2D4IA 1CKCA 2HU1A 2BQFA 1AM7A 1UIGA 4HPEA 1GD6A 4QGZA 1ZVYB 3CSQA 1CKDA 1KXWA 4N1CC 1CJ9A 3EO5A 1QIOA 1DZBX 1CJ6A 1GXV2 1JISA 1D0LA 5B1GA 1LZYA 4H93A 2MECA 1IY4A 4WM2A 4G4HA 3TXFA 4XJIA 4Z3MA 2ZWBA 4A7DA 1IOSA 2BPUA 3ULRA 2DQFC 2Z18A 1V7SA 1YAQA 1CKHA 1WQMA 2DQCY 4TX7A 1XEJA 1FDLY 1E8LA 1HF4A 3AJNA 4LYBA 1IWYA 1XGPC 1LZ5A 2HEBA 3TXGA 3TXHA 1DI3A 2BQKA 4GCCA 4OWEA 1D0MA 2DKVA 2Z39A 1A2YC 1REMA 3A8ZA 2B5ZA 4ZEEA 135LA 1BHZA 3B0KA 3WH1A 1DQJC 5A3ZA 1LJIA 1F6RA 1G7JC 1RFPA 1QTKA 1WQRA 208LA 1GE3A 3WYHA 2MEFA 1IEEA 1WVUA 5HMJA 4KPMA 5KXLA 1FKVA 4NFVA 1IP4A 4XJGA 4ETBA 1FLQA 1GB8A 3IJVA 4KXIA 4LT0A 4QY9A 3E3DA 2G4PA 3AZ4A 1QSWA 4H9IA 5ILFA 1EQEA 1GF7A 5KXYA 4Z41A 1JPOA 1OUGA 4H8XA 4M6DA 2BQLA 4AXTA 1GB3A 5K7OA 1IVMA 1H87A 1BVKC 1IORA 1IIZA 3SP3A 4RLNA 1FLUA 4OOOA 1J1OY 1LSDA 4H94A 3N9EA 4DWXA 1JTPL 4WM3A 4OW1A 4WLTA 1OUDA 4XN6A 1JUGA 1LYZA 1LJHA 2ZIKA 3A67Y 2BQCA 1B7SA 1RI8B 3P65A 5KXTA 2ZYPA 5LXWA 4B4IA 1YKYX 4TWSA 2LYOA 5LYTA 4NGJA 4WO9A 2H9KA 4NGLA 3FE0A 3WUAA 1VDSA 3OK0A 1DI4A 1IR8A 2DQGY 1UACY 1UCOA 2NWDX 4HTQA 3WVYA 5LVHA 1LHKA 2F30A 1GFAA 1LZNA 3LYZA 4ETEA 4DD2A 5KXKA 1SQ2L 4YEOA 2BQGA 4DT3A 3K3TA 4ZFPA 1C45A 1LJGA 5F16A 1GE2A 3A34A 4W96A 4GCFA 4H9FA 4J7VA 132LA 1GE0A 1YROA 4LT1A 4NGIA 1NKHA 1JKBA 5HMVA 1B0DA 1FLWA 1GB6A 2BQDA 4XJDA 1LSCA 5D5CA 1VFBC 1GDXA 1LHIA 1BWJA 4NGWA 3A3RX 1ZV5L 2EKSC 4IASA 3WW5A 1BB4A 4E3UA 2W1LA 1VDTA 1HEWA 2W1MA 4G49A 3TXKA 2HTXA 1V7TA 4UWNA 1W6ZA 2YBLA 1LZEA 193LA 5FHWA 2MEDA 1HENA 3P68A 4B4EA 1J1PY 3ZVQB 5APCA 4GN4A 4UWVA 4KL7A 1YAOA 5C6LA 1IO5A 1GF4A 4NHIA 3A6BY 3W6FA 2HEEA 4HTNA 1NWGA 1GF0A 1HC0A 4DDAA 1GFVA 1HERA 4NGZA 1GB7A 1C7PA 3IWRA 2MEGA 4NEBA 1CKGA 2MEIA 3WU8A 1IWXA 4R0FA 5B59A 1LSFA 2MEHA 5I4WA 1GF5A 3QNGA 1GFRA 4NGVA 2CDSA 4HSFA 1GAZA 2BAAA 1GBSA 2LYMA 1LSNA 4M4OA 4H1PA 4OOTA 1KIPC 3TMXA 2H5ZA 4WLDA 1RE2A 1YL0X 2XBSA 4XJHA 3A95A 4Z98A 4LYMA 1TDYA 3FI7A 4NSHA 4TUNA 1KIRC 1OQMA 5C6IA 1LJNA 3W6CA 4AGAA 1CNSA 2FYCA 1LTMA 4XADA 1LYYA 1INUA 5F9XA 3TMWA 1B7MA 1UBZA 1LHJA 4J0LA 3B72A 2DQHY 2HUBA 3VWOA 5KXOA 1VDPA 1LZSA 4MR1A 4NHSA 3BKHA 3TXDA 1LZGA 4QDNA 4BAPA 1IWTA 3ZVQA 2ZIJA 5KXXA 4LYOA 3WXTA 4WG7A 1UIBA 3LHMA 4N9RA 4WO6A 4DD9A 1HSWA 2MEBA 3W3EA 4H8YA 1DPXA 1GEZA 2C8PA 1WVVA 1LSAA 1IC7Y 1YAPA 1KXXA 2YBIA 3RU5A 4RDSA 5KY1A 3W6DA 1REYA 2D6BA 133LA 1RCMA 2YDGA 1G7IC 1LSMA 1A4VA 5D5FA 1LCNA 1I20A 1XGRC 1B5UA 5DL9A 1JKCA 1D0KA 1JIYA 4GLAA 207LA 1LAAA 4GCBA 4XYYA 153LA 1IWUA 1GF8A 1AKIA 3W6AA 5KJ9A 5LVKA 1QUSA 3ATOA 1HFZA 3AW6A 4HJVA 1GF3A 1YILA 1XGTC 3EBAB 4PGJB 1XGQC 1FLYA 5DLAA 1B7RA 1LJEA 1LMOA 3J4GA 5B05A 4EMNA 3WUMA 4IJ4A 4ANRA 4B0DA 3WU9A 4NWHA 2BQEA 1JJ3A 2DBTA 3W6EA 1LZ9A 1HELA 1EQ5A 4H9HA 3HBEX 1QDRA 1JWRA 1J1XY 5E4PA 1PS5A 4NSJA 4H9CA 5KXZA 5I54A 1B7LA 4LYCA 2F2NA 1LZ6A 1GF9A 5LYZA 5I53A 3LZ2A 3GXKA 2MEAA 4NWEA 1NDMC 3G3AB 4B4JA 1YKZX 2Q0MX 1LZDA 2XTHA 5LVIA 4GLVA 1H6MA 5L3HA 1LZBA 2ZNWY 1XEIA 1F10A 4B1AA 1GFEA 1LZCA 6LYTA 1DXJA 2D91A 1ALCA 1OUIA 5DN4A 1LMAA 1QQYA 1B5YA 1FN5A 1HMKA 3A3QA 1NBYC 1GBYA 1LZ1A 4IATA 4H9AA 5M1YA 4YF2A 1JTOL 4LYZA 3A94A 5B06A 1NDGC 1HHLA 2C8OA 1JHLA 2HECA 2W1XA 2I6ZA 2YBMA 2YBNA 3HFMY 4NSIA 4R6CA 1JJ1A 1LZ4A 1Z55A 1HEMA 2HEAA 2ZNXY 2IFFY 4H8ZA 3CQLA 4NHPA 1LHLA 4OWAA 3TMUA 3LZTA 2BQJA 1LMCA 2YSSC 1WTNA 1IY3A 4WLYA 2CWIA 3HBDA 1JKAA 5I4XA 2CGIA 1JJ0A 2BLYA 1LJFA 1B5WA 3AW7A 3AGGG 5LAFA 2D4KA 4G4BA 1EQ4A 3WXUA 1TBYA 1OUHA 3AZ6A 5FCPA 1BB6A 4HV2A 1XGUC 2BQHA 5APEA 3KAMA 2F4GA 1QTEA 2Z19A 3A93A 1UIHA 3D9AC 3LYOA 4L41A 4NGOA 3RT5X 1OP9B 1LKSA 5F14A 3B0OA 1KXYA 1UIDA 1IP3A 1GB2A 1NBZC 1D6QA 3TMVA 1LPIA 4DD3A 3A96A 1GFGA 1LMQA 4LFPA 4NG1A 4N0JA 2BQAA 2RSCA 1WQQA 5KXNA 1IP1A 3A91A 5I4YA 4WL6A 2I26L 5E9RA 2N5ZA 1GHLA 5KXRA 1G7MC 1YIKA 1DKKA 4LT2A 2Z2FA 1ZMYL 1F6SA 4DDBA 1BB7A 1DPWA 4DC4A 1LJJA 4WM1A 4XJBA 5APDA 1GB9A 6LYZA 5LVGA 4RLMA 4OWCA 154LA 2XBRA 3A6CY 3D3DA 2ZQ4A 4DD7A 1BWHA 4BADA 9LYZA 2D4JA 3M3UA 1N4FA 3EXDA 4HJYA 1G7HC 5HQ1A 1IP7A 4NGKA 5IELA 1QSAA 194LA 1VATA 1VAUA 3CT0A 3QE8A 4GCDA 1IX0A 1GB5A 4LGKA 4WLXA 1LZRA 2A7DA 4GN3A 4MCKA 5T3FA 1B5VA 1LYSA 3RW8A 4CFOA 1IC5Y 4G9SA 3EMSA 4U3XB 4H92A 2LZTA 1W08A 2W1YA 3WULA 4NIJA 3MGWA 1CJ8A 5LA8A 1ZVHL 4BAFA 1LMTA 4WL7A 5LA5A 4J1BA 4C3WA 1PZYA 4RW1A 4WG1A 1HFYA 4NHTA 3TXEA 3AGHA 1MLCE 1LJ4A 5KXSA 4LYTA 1WTMA 4WM5A 1JKDA 3CT5A 2BLXA 4PRQA 1CJ7A 1HFXA 1LSYA 1B7QA 4DD0A 2A7FA 3AGIA 4H90A 5KXPA 4ML7A 1OUEA 1SLYA 2PC2A 1B7PA 2BQOA 2X0AA 1LJ3A 1P2CC 2BQBA 1LMPA 2BQMA 2ZQ3A 2ZYCA 1B7OA 3B6LA 1LSBA 5B1FA 1OUAA 4Z46A 3LYMA 4I0CA 1GBOA 5L9JA 1B7NA 3ZEKA 5KXWA 1UA6Y 4N8ZA 4PPOA 1GXXA 1I1ZA 2CJLA 3WPLA 1GFKA 1GBZA 5I5QA 3RNXA 1FBIX 1LHHA 3TXJA 2Z37A 1O23A 1YANA 2IHLA 4X3BA 1XEKA 2MEEA 1BB3A 2VB1A 4UWUA 2LHMA 2G4NA 4LFXA 5JENB 1LSEA 4H9EA 2YBHA 5IHGA 2LZ2A 1WQNA 2G4QA 4YENA 2FBBA 1IP5A 3P66A 4P2EA 1YL1X 3W6BA 3WPKA 1GF6A 1OUBA 3N9AA 4PRUA 4N1EI 3J6KA 1KIQC 5DM9A 5DN5A 1IOTA 4I8SA 1IP2A 1AZFA 4KT3A 5LYMA 1BVXA 4QEQA 5KXMA 1LZTA 1MELL 4NGYA 2DQIY 3N9CA 3WPJA 4LZTA 4WMGA 4CFPA 4NSGA 1OUFA 1WQOA 1GAYA 4TSCA 3WMKA 3B0IA 2H9JA 4OWHA 1LJKA 7LYZA 2F4AA 1UC0A 4BS7A 2BQNA 1IC4Y 1JSFA 4MSTA 3WW6A 4DD1A 4NG8A 1HEQA 4GN5C 4RW2A 1B2KA 2FBDA 4PJ2C 1EL1A 1LYOA 3OJPA 4H9BA 4N5RA 3G3BB 3QY4A 4YOPA 4WM4A 3P4ZA 1JTTL 2HEDA 1JEFA 4NY5A 5LAGA 5LIOA 4YEMA 1LMNA 1UIEA 3T6UA 3CT1A 2YVBA 1HEOA 4FJRA 1YAMA 3IJUA 5A3EA 1GB0A 1LSGA 1YQVY 2GV0A 4FDYA 4ETDA 2XJWA 1IP6A 1QDTA 2AUBA 4G4CA 2ZILA 1REXA 1GFUA 1GE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

102LA 1D6PA 1HSXA 4HLQA 1IXSB 5J7CA 3DZDA 1CU3A 5B07A 4RF1A 2HU3A 1L11A 3B9PA 4GHLA 1OUCA 1DI5A 1DGBA 3PXGA 171LA 3AZ7A 4CGEA 3A90A 3KOXE 1IR9A 2Z38A 4D9ZA 4PCZA 4XJFA 1L84A 3A92A 1I56A 1LYDA 155LA 1G0KA 1XJTA 3KOYE 1L09A 4LT3A 4ARQB 1L0JA 1REZA 1G8PA 3HDEA 3ZQJA 4H91A 3HBHA 3QYBA 2Z12A 3TXBA 2CHVA 4I7TA 4YHHM 1OIZA 1XMQM 1NO1A 150LA 1IBMM 2RBQA 3B74A 231LA 3GRRA 4Z8XA 2YBJA 1LHMA 3AZ5A 3CSRA 2JXNA 3FKEA 4D81A 3IHPA 2BJVA 3F92A 1CUKA 1LV7A 4FCTA 1TH4A 1L21A 3G3XA 3GLGE 5F81A 4TTDA 1GBWA 1XFPL 5FELA 1OWZA 1IOQA 1TDZA 1D9UA 1GL6A 1QAMA 3D8BA 2EPEA 4ETCA 1B6IA 2KXEA 3BKVA 1OKSA 4MGYE 4K0KM 4M9SA 4ZPXA 2Q9EA 1B9OA 3LN2A 3WUNA 1NF5A 5HNLA 3M0EA 1N33M 3ATNA 2QZ4A 1C10A 4GKKM 2BQFA 1ZWNA 141LA 3VLFB 211LA 3L25A 1GD6A 3V2YA 4DR3M 3CSQA 1CKDA 3EO5A 1GXV2 2DAGA 1KS3A 3GLHE 2HHHM 4H93A 1JR3D 1PQOA 1IOSA 2DZOB 2DQFC 1YAQA 1OWYA 1WQMA 2XF3A 2F5QA 4LYBA 4DQ5A 2JWSA 2R65A 1XGPC 4GCCA 4OWEA 1KFVA 1REMA 3A8ZA 2B5ZA 1NJFA 135LA 1DQJC 120LA 1LJIA 4FWHA 1T8AA 4X66M 4EKRA 1WQRA 208LA 3HWSA 2YQZA 3PVSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1NHG C;  3KFU G;  5JEN B;  1C61 A;  2YBH A;  5IHG A;  3UMM A;  1L39 A;  4JI1 M;  4PRU A;  1L77 A;  1XNQ M;  248L A;  5DM9 A;  226L A;  111L A;  1IOT A;  4II7 A;  1BVX A;  1LZT A;  1MEL L;  2DQI Y;  1N34 M;  1HNW M;  3PFI A;  4CFP A;  2DAI A;  127L A;  2K9D A;  4LJ4 A;  1P7S A;  4I7O A;  2MH8 A;  262L A;  4OWH A;  1P56 A;  3WHK A;  5KQ8 A;  1LJK A;  1L38 A;  2XLJ A;  2W82 A;  4MST A;  4NG8 A;  3GO8 A;  1V33 A;  2R45 A;  4L8R C;  3VW7 A;  1V34 A;  3OJP A;  3AOE C;  4YOP A;  3QY4 A;  1JTT L;  1K3W A;  1LMN A;  2B6T A;  2DNA A;  3T6U A;  3B89 A;  4FJR A;  1T6O A;  5A3E A;  1QSB A;  3DN3 A;  2MR9 A;  2XJW A;  1XMO M;  1HNZ M;  1QDT A;  2AUB A;  4LZZ A;  1GFU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 102L A;  1D6P A;  1HSX A;  5J7C A;  1CU3 A;  5B07 A;  2HU3 A;  1L11 A;  1OUC A;  1DI5 A;  171L A;  3AZ7 A;  4CGE A;  3A90 A;  1IR9 A;  2Z38 A;  4D9Z A;  4XJF A;  1L84 A;  3A92 A;  1I56 A;  1LYD A;  155L A;  1G0K A;  1XJT A;  1L09 A;  4LT3 A;  4ARQ B;  1L0J A;  1REZ A;  4H91 A;  3HDE A;  3HBH A;  2Z12 A;  3TXB A;  4I7T A;  150L A;  2RBQ A;  231L A;  2YBJ A;  1LHM A;  3AZ5 A;  3CSR A;  1L21 A;  3G3X A;  5F81 A;  4TTD A;  1GBW A;  1XFP L;  5FEL A;  1OWZ A;  1IOQ A;  1D9U A;  2EPE A;  4ETC A;  1B6I A;  3BKV A;  2Q9E A;  1B9O A;  3LN2 A;  3WUN A;  1NF5 A;  5HNL A;  3ATN A;  1C10 A;  2BQF A;  1ZWN A;  141L A;  211L A;  1GD6 A;  3V2Y A;  3CSQ A;  1CKD A;  3EO5 A;  1GXV 2;  1KS3 A;  4H93 A;  1PQO A;  1IOS A;  2DQF C;  1YAQ A;  1OWY A;  1WQM A;  4LYB A;  4DQ5 A;  1XGP C;  4GCC A;  4OWE A;  1REM A;  3A8Z A;  2B5Z A;  135L A;  1DQJ C;  120L A;  1LJI A;  4EKR A;  1T8A A;  1WQR A;  208L A;  5HMJ A;  4KPM A;  1L82 A;  5KXL A;  1IP4 A;  4ETB A;  185L A;  2G4P A;  1EQE A;  4M6D A;  3OE8 A;  1LSD A;  1JTP L; 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