1D0KA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with two murodipeptides (glcnac-murnac-l-ala-d-glu)
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
314
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 314
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0kA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0kA02
1B5XA 2EQLA 4HV1A 1N4FA 1W08A 1XGUC 1F6SA 1GB9A 1B9OA 3HBHA 4MSTA 1GB5A 1AM7A 3WUMA 2MEFA 1IP3A 1D6PA 1GB6A 2D4IA 1CJ8A 2HEBA 2CDSA 2ZNXY 1IWVA 4RW2A 1HHLA 4J0LA 4NG1A 2ZNWY 1REYA 208LA 3LYTA 4NEBA 4DDCA 1C46A 2Z39A 4WLYA 3CT0A 1GBYA 3ZEKA 3BKVA 4WM3A 1LZ8A 1GE1A 2D6BA 2BQIA 4RLMA 5LVGA 4HJZA 4GCEA 5ILFA 1VDSA 1ZMYL 3A93A 4NGIA 4NFVA 1CKFA 1T3PA 1YAPA 5KY1A 4NHIA 5LAGA 1DI4A 1JHLA 1TEWA 3A94A 1QDTA 4DD7A 4TWSA 1WQQA 5FDJA 3W6AA 1JIYA 5LYZA 4DT3A 2ZYCA 5L9JA 3AZ4A 4H8ZA 1OUDA 2XTHA 3AB6A 4MR1A 1FLYA 2MEIA 3WW5A 2CJLA 5JENB 2F30A 1GB7A 2Z37A 2ZQ4A 4HTKA 3TXDA 1FKVA 3LZTA 1XFPL 1QTEA 1J1OY 5ILCA 1UBZA 2D4JA 2LYMA 1B5WA 4DDBA 4UWNA 1AT5A 1WQMA 1LSCA 1WVVA 4LT2A 5C6JA 2F4GA 1T6VL 1B7LA 2BQDA 1YAMA 2HEDA 2YBMA 4IJ4A 4NWEA 3F6ZA 2D91A 4E3UA 3AJNA 2C8PA 1OUBA 4H8YA 2BQFA 1JJ1A 4TX7A 5HNLA 1DPWA 4J7VA 4NY5A 2BQGA 3RNXA 4DYGA 1XSFA 4RDSA 2YDGA 5A3EA 1H87A 153LA 1OUCA 2LZ2A 3WMKA 4CFPA 3WVYA 5LVJA 1IP7A 4N1EI 1B5ZA 2W1LA 5LVKA 4YEMA 1LJHA 1LJEA 4HV2A 1LOZA 1GF9A 4LYOA 1NDGC 3ATOA 4XJHA 2YBLA 4GN3A 1UA6Y 1QDRA 5F9UA 3B0KA 1LMCA 1LKSA 1I56A 4H9HA 5KXNA 2CWIA 4NIJA 3N9AA 1IOCA 4H9FA 2HEFA 3W6CA 1IWUA 5D5CA 1LHLA 4CHXA 4DC4A 1GF5A 2IHLA 4TSCA 4LGKA 1GBXA 4I0CA 3QY4A 4EMNA 1OQMA 1RFPA 1LCNA 1A4VA 1G7JC 1HEWA 3A96A 4WO6A 1LZ5A 3GXRA 4H92A 4ETDA 1G7MC 3W6FA 1GDWA 1DI5A 1I20A 1RE2A 1XEIA 4PGJB 1RCMA 3AW7A 1JSFA 2I6ZA 3A34A 1LHHA 3FI7A 2DQGY 4WM2A 3T6UA 5I54A 1LMPA 2DQHY 2YSSC 2Z2FA 2BQCA 3OJPA 4DD1A 4B4IA 1B7OA 5APFA 2YBHA 1B5YA 1C10A 4Z98A 1CKDA 3TMUA 4H8XA 1OUHA 3W6BA 1LJIA 1GEVA 1QUTA 1GFHA 1FLWA 2VB1A 1GD6A 4QDNA 1OUGA 4ML7A 4ETAA 3RZ4A 2DQFC 2Q0MX 1LJ3A 4LYTA 1IOQA 3A91A 2BQBA 1LZBA 4H9AA 4L41A 1B7RA 2GV0A 4G4BA 4G49A 1LPIA 4H94A 3WU9A 4B4JA 2W1XA 4J1BA 1OUFA 3LZ2A 1GFAA 1TCYA 4YEOA 4G9SA 1GFEA 3HBEX 4RLNA 4CJ2A 1IEEA 1IP6A 4ET8A 1IY4A 1UIFA 1LMAA 3B6LA 4NSJA 5KXPA 1LHIA 4DD9A 5KXTA 1LZNA 2FBBA 4Z46A 4TTDA 1TDYA 4HJYA 2Y8PA 1VEDA 3T36A 1BVXA 1IORA 1IO5A 1HSWA 1IWTA 1GXXA 4PRQA 4IASA 3ATNA 2PC2A 4D9ZA 1HNLA 4DD0A 4GCFA 1HSXA 1JTOL 1MELL 1AZFA 3W6DA 1W6ZA 3HFMY 4WM6A 5IELA 3AZ7A 4NSGA 1IC4Y 1LZSA 3TXEA 3TXBA 1LZCA 1LMOA 1CJ6A 4WL7A 3TXJA 3WULA 2BQMA 1YILA 2X0AA 1GWDA 5B05A 1WQOA 5J7CA 4N1CC 3KAMA 4UWVA 4YOPA 3LYOA 1REMA 1LHKA 3FE0A 5HMVA 1J1PY 5B06A 2BLXA 3AGIA 3EO5A 2DBTA 3B0IA 4NHQA 2B5ZA 4QY9A 5LA8A 2W1MA 1WVUA 1YKYX 4LT3A 1IP2A 4DD2A 5C6LA 1I1ZA 1VFBC 4XJFA 4CFOA 1GEZA 3WUAA 1FLUA 5DN4A 3AGHA 2H5ZA 5B59A 5LVHA 2DQIY 1KIPC 2WARA 1B5UA 1FLQA 1GF7A 1ZV5L 1G7IC 4NGLA 4OWBA 4P2EA 3TMWA 5II3A 2DQEY 1WTMA 1REZA 1SQ2L 1LZ4A 2AUBA 4FJRA 1C08C 5HQ1A 2BQLA 3K3TA 2YBNA 2MEBA 4WM5A 1B5VA 2F2NA 2ZILA 4TSBA 4C3WA 4XADA 4XJGA 4ETEA 1F6RA 5F14A 3AZ5A 3A8ZA 3TMXA 1CJ7A 1JUGA 1IP4A 4QGZA 2BQHA 4OOOA 4XYYA 5FCPA 2MEDA 1D0LA 1LSYA 3OK0A 3P64A 4MCKA 2C8OA 4XN6A 5KXOA 1YQVY 4NGYA 6LYZA 1D0KA 1LYSA 2BLYA 3AGGG 5APEA 1LSGA 1JPOA 1G7LC 4HTQA 1HMLA 1LJGA 1XGQC 135LA 1JEFA 4QEQA 3A92A 1CJ9A 3D9AC 4NHPA 1BB5A 4PRUA 5D5FA 1LZRA 2IFFY 2ZYPA 4HTNA 1PS5A 3WU7A 3A3RX 3TXGA 5K7OA 3M18B 5FEKA 5LYTA 5IDDA 2FBDA 1RI8B 1JKCA 4WM4A 2EKSC 1LTMA 1LJ4A 3CB7A 1HFZA 1GBWA 1LSZA 4AGAA 4LT0A 5I4YA 1UUZC 3ULRA 1JSEA 2LYOA 4H9EA 1GFRA 4LYCA 3A90A 5I4XA 2N5ZA 2BQJA 3D3DA 3WPJA 4BAFA 3MGWA 5A3ZA 3TMVA 1TBYA 1FDLY 207LA 3A67Y 5APCA 1JTPL 1OUEA 1HEMA 4BS7A 2YBIA 4HJVA 4OW1A 1F0WA 2HECA 3WW6A 4J1AA 2HU3A 2DQCY 4X3BA 1LSAA 1LZEA 4R6CA 1HERA 4KL7A 1LAAA 1QIOA 1OUAA 1Z55A 1HF4A 4W96A 8LYZA 5KXRA 2XBSA 3CT5A 1LYOA 2HEEA 2BAAA 3A3QA 2BQEA 3A95A 4H9CA 5LA5A 5L3HA 1XGTC 1GB2A 5KXMA 4H1PA 5LVIA 1GDXA 4LYMA 1FN5A 1KXWA 4DWXA 1BWJA 1HELA 1WQPA 1J1XY 1A2YC 5I4WA 2G4PA 2ZIKA 4B0DA 1G7HC 1EQEA 1UIDA 1BWHA 3LYZA 1NDMC 4ETBA 1HFYA 1JTTL 1GF0A 1YL0X 5I53A 2HEAA 1LSMA 4N0JA 1IY3A 1HEOA 2W1YA 3VWOA 3BKHA 4IATA 5E9RA 5IHGA 1JJ3A 3N9EA 1KXYA 1IX0A 1LSFA 3ZVQB 4ET9A 3CT1A 1VDQA 4OWAA 5HNCA 5B07A 133LA 1GFTA 1YKZX 1INUA 4KXIA 4NHTA 4HP0A 5F16A 1VDTA 2H9JA 1KIRC 3WH1A 1VDPA 4NGWA 3HBDA 1LZYA 1IOTA 1DZBX 3EBAB 4KT3A 3RT5X 3W3EA 4GLVA 3LN2A 1IP5A 4LFXA 3CSQA 1GF8A 4II8A 1QSWA 4WM1A 3TXFA 4DD3A 5HMJA 1JWRA 5KXWA 2I26L 1B2KA 5LIOA 1GB3A 3IJVA 1HC0A 1C43A 4NSHA 2I25L 5FSTA 5C6IA 3A6CY 1IWWA 4ZIXA 4PPOA 1LHJA 1QTKA 3J6KA 1DPXA 1EQ4A 1GFVA 1LZ9A 2MEGA 4LZTA 4NHSA 4WL6A 1BB3A 1UIBA 5APDA 4FDYA 1UCOA 1MLCE 5I5QA 1EQ5A 4GN5C 1NWGA 2MEHA 3SP3A 1P2CC 1ZVYB 1IR8A 1LJNA 2MECA 1JKDA 3WPLA 1JJ0A 1HFXA 5B1GA 3M3UA 5KXLA 1GF4A 2BPUA 4H9IA 1DI3A 1BB4A 1XGRC 1BQLY 4YF2A 4NGOA 1IC7Y 1LZDA 5FELA 1D6QA 1IVMA 1IWYA 4M4OA 4LFPA 4Z3MA 2HTXA 3P66A 5F81A 3IJUA 134LA 1GHLA 4HPEA 4C5FA 3TXKA 4B1AA 1BGIA 3B72A 4B49A 4XJDA 1DKKA 2Z19A 5DM9A 1LJJA 1LZ1A 2HUBA 1OUIA 4CGEA 1LYZA 1IC5Y 1YIKA 3CSRA 1AKIA 2BQKA 1XEKA 2MEEA 4ZEEA 1FKQA 1GE4A 4GCDA 1B7PA 1GBSA 1GFKA 3J4GA 4H93A 4I8SA 1NBZC 1WQNA 1C45A 5KXYA 1NHEA 3WL2A 9LYZA 1OP9B 3P68A 1CNSA 1GBOA 4LYBA 1PZYA 1FBIX 1LMQA 4PHIA 4GN4A 4WLDA 3A6BY 1IIZA 2A7DA 2BQOA 2XBRA 1NBYC 3E3DA 5B1FA 4HSFA 1V7TA 2G4QA 1UACY 1UIHA 3WYHA 4WG7A 1KXXA 1DXJA 1UIGA 3G3AB 1UC0A 4NGKA 5E4PA 5KXXA 7LYZA 1YAQA 3LYMA 1B7NA 1NF5A 132LA 1WTNA 1GPQC 1LZGA 2DQAA 1LZTA 1NMMA 3RU5A 4YM8A 4WMGA 1B0DA 1D9UA 4XJIA 1JITA 1LHMA 4ANRA 4N5RA 3WUNA 1IP1A 1AT6A 3AZ6A 1IWXA 4N8ZA 5KKIA 3P4ZA 1BWIA 4NGVA 2YBJA 1GAYA 4NGJA 1JKAA 1O23A 1UIEA 1GE2A 3G3BB 5T3FA 1UIAA 1QQYA 2BQNA 1OUJA 4NG8A 3WPKA 1H6MA 1GBZA 5M1YA 1GF3A 1TAYA 4O34A 1LSBA 5EBHA 5LAFA 1GFUA 2LYZA 194LA 1BB7A 1BHZA 1HMKA 193LA 1IOSA 1GFJA 1SLYA 3AYQA 1XEJA 5KJ9A 1B7QA 5KKJA 4NSIA 3P65A 2BQAA 4OWCA 1F10A 1LZAA 4NGZA 4G4HA 5F9XA 4H91A 2ZQ3A 1VATA 4PJ2C 4A7DA 2A7FA 5DL9A 5LYMA 1LZ6A 1YKXX 2EIZC 1E8LA 5L3IA 4WOAA 3QNGA 1GXV2 3EMSA 4HPIA 1CKCA 4DDAA 6LYTA 5LXWA 1C7PA 3EXDA 1LMTA 3B0OA 3RW8A 4LYZA 2DKVA 1BVKC 4GCCA 4RW1A 4NWHA 1LSNA 5KXZA 1ZVHL 4R0FA 1DQJC 1EL1A 1GB0A 1GE0A 4XENA 2DQDY 3AW6A 5AMYA 3WXTA 3WVXA 3TXHA 3WXUA 5FHWA 1NQIA 1LMNA 2RSCA 4LT1A 1XGPC 3N9CA 4EOFA 1YAOA 1B7MA 2H9KA 2XJWA 2Z18A 4H9BA 1IWZA 2D4KA 2FYDA 4W94A 2FYCA 1WQRA 1BB6A 1KIQC 1LSDA 4N9RA 4WO9A 5DN5A 1LSPA 1YROA 4OWEA 1GFGA 1YANA 2CGIA 1GAZA 1CKHA 1LJFA 1REXA 1YL1X 2HU1A 2DQJY 2MEAA 3CSZA 1IR9A 4WG1A 4WLXA 5DLAA 154LA 2EPEA 4G4CA 5LINA 3CQLA 1HEQA 2NWDX 4TUNA 1JKBA 4YENA 1GE3A 4ZFPA 1NKHA 4OOTA 1LYYA 4ETCA 5KXKA 1B7SA 4XJBA 1RJCB 4GLAA 1HEPA 4KPMA 4UWUA 4WLTA 3ZVQA 1JISA 2F4AA 2Z38A 5HLLA 1GF6A 2Z2EA 3GXKA 4Z41A 3IWRA 2ZIJA 4BAPA 1QUSA 3WU8A 2ZWBA 2G4NA 1LKRA 1QSAA 2Z12A 3QE8A 1HENA 1LJKA 4GCBA 1D0MA 1IR7A 1ALCA 1CKGA 1V7SA 1DKJA 4AXTA 2LHMA 2YVBA 4M6DA 1VAUA 2LZTA 4H90A 3TXIA 4B4EA 4U3XB 4OWHA 5KXSA 1UICA 3LHMA 4BADA 1GB8A 3W6EA 1LSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HV1A 4D82A 150LA 251LA 5FTKA 1B9OA 4MSTA 3WUMA 1IN5A 4MGKE 4LJ4A 1CJ8A 1L71A 191LA 1IWVA 4RW2A 4MGZE 2ZNWY 4NG1A 4NEBA 2EUCA 4S12A 4DDCA 2Z39A 2ZBKB 3DZDA 3BKVA 1CUKA 3TWMA 4GCEA 3MMPA 1ZMYL 4NGIA 2L2DA 1EE8A 3V2WA 5KY1A 169LA 4DD7A 3A94A 1QDTA 5FDJA 1OIZA 3AB6A 3HH3A 1FLYA 1L44A 253LA 2CJLA 2F30A 1GB7A 2ZQ4A 1QTVA 3TXDA 1FKVA 2HULA 1D2WA 3T1YM 129LA 1B5WA 4UWNA 1WVVA 1LSCA 4LT2A 5ITQA 2HEDA 3L25A 2O79A 3F6ZA 3AJNA 1OUBA 3D4SA 2BQFA 2HUMA 4X65M 4NY5A 114LA 3AL0C 1H87A 2LZ2A 201LA 1CV1A 4YEMA 5LVJA 2DWLA 1XHBA 1HNWM 3B7QA 1LOZA 1L12A 3U6SA 4LYOA 1G07A 3Q8GA 1UA6Y 1QDRA 180LA 2CWBA 1L8QA 1SWYA 4FWDA 4NIJA 1IOCA 2R18A 1IWUA 2CHQA 1L93A 4MB7A 4TSCA 1GBXA 3HTBA 3HTDA 1P3NA 1QTDA 1HEWA 3GXRA 1HNZM 2AHMA 2CP8A 205LA 1GDWA 1I20A 1L94A 5IWAM 254LA 1C6KA 2DWNA 4B4IA 1C10A 4Z98A 1CKDA 2XH9A 1OYUA 1OUHA 1GEVA 1GD6A 3THGA 4QDNA 1OUGA 1FNNA 1LJ3A 1C6IA 2F5OA 3E9SA 2BQBA 4L41A 1L24A 157LA 4LJ7A 2B6XA 2W1XA 3LZ2A 2RH1A 4I4LA 5ITTA 3HBEX 1IEEA 1IP6A 2OU8A 3PDSA 4LJ6A 1R4GA 5EP2A 3B6LA 4I7LA 4WURA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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