1D0K | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	322
structure length	314
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQEE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan. pubmed doi rcsb
molecule keywords	35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
total genus	108
structure length	314
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-09-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1d0kA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1d0kA02

1GBZA 4R6CA 1T6VL 1IOTA 5LINA 5APEA 134LA 1LSDA 4EMNA 1B7NA 4WG7A 1JISA 5F16A 1B7SA 2BQOA 5I54A 5LVGA 4MR1A 5LVHA 4J0LA 4M6DA 3AZ4A 1VDSA 1HSXA 1GB7A 3A92A 1GD6A 2W1YA 1VATA 1JTTL 2YVBA 1VEDA 2YBHA 4GN4A 4DDAA 5KXSA 1NF5A 1QSAA 4GN3A 4DD3A 4ANRA 3G3BB 1GWDA 2EQLA 208LA 2MEHA 4NGLA 4Z3MA 3T36A 4LT3A 1JKAA 5APCA 2Z19A 3P64A 3TMVA 4KT3A 5II3A 1JHLA 4LT0A 2Z2FA 1CJ8A 1GAZA 4XJDA 2I26L 4PGJB 3B0KA 4M4OA 5KXXA 1GBOA 1UIHA 1BWIA 2GV0A 4LYZA 4W94A 1W6ZA 3WUNA 2LZTA 1B5UA 133LA 1V7SA 194LA 2DQGY 5KXKA 1LJHA 1WTMA 4OWAA 1IP2A 1IR8A 5F81A 3AZ7A 1CKHA 4CFPA 3TXDA 5B06A 2HEDA 4GCFA 5FHWA 1B7PA 5FSTA 3KAMA 3RNXA 1UIAA 1DQJC 1FN5A 2HU1A 3TXGA 4YENA 3RU5A 2D4KA 5LA8A 3WL2A 1B7OA 1I1ZA 2BQBA 2BQKA 4PJ2C 1YAPA 5KXLA 1IP6A 2XTHA 4ZIXA 3AW7A 4LYBA 1LMTA 1LZ1A 4WO6A 5I5QA 2MEIA 3TXEA 1IORA 1REMA 1IR7A 1GXXA 4GCCA 1GXV2 1UIFA 1GF5A 1PS5A 1IP5A 1EL1A 1YIKA 4HJZA 4BAPA 154LA 1I56A 4WLDA 1IWWA 1CKGA 1LYZA 3W6FA 2D6BA 1HFXA 2MEGA 1LJKA 4XN6A 1BB7A 193LA 1GFHA 1GFTA 4O34A 2ZYPA 1OUAA 5JENB 1IEEA 2LYOA 1WQRA 3WW6A 4WM1A 2DQIY 4OOTA 1CKCA 1GFAA 1GEZA 5LYZA 1AM7A 2DKVA 4H9AA 3AJNA 3EBAB 1QIOA 1XEIA 1TBYA 2YBNA 3F6ZA 5IHGA 1VFBC 1IP3A 4N5RA 1LSFA 3GXKA 1BB5A 4G4HA 4H9EA 2ZYCA 5EBHA 4OOOA 2Z12A 4LZTA 1XGTC 1QTEA 1LMPA 2HECA 3P66A 1PZYA 1E8LA 4MCKA 1GFKA 1LJEA 4NSJA 2Z39A 5KKIA 1JIYA 1GAYA 1HEQA 1WQQA 1WVUA 1D6PA 4B0DA 4WL7A 4YOPA 4LGKA 3FE0A 1GE4A 5C6IA 2W1LA 3CT0A 4GCEA 4BADA 1LHHA 5HNCA 1G7IC 1HFYA 2A7DA 2YBMA 1LJIA 1GB8A 3AZ6A 3WMKA 1XFPL 1GF9A 4H9BA 1GFVA 1IIZA 4RW2A 2FYDA 5KXZA 1VDQA 1FKVA 3MGWA 1LZDA 5FEKA 2ZIJA 1GDXA 1T3PA 4J1BA 1HMKA 4UWVA 1IWZA 1JTPL 2HEBA 1DPWA 3A34A 2MECA 1LZSA 5DL9A 5A3EA 4GLVA 3P4ZA 5FDJA 4N8ZA 1LSEA 1LSZA 1LZCA 1C45A 5LVKA 5FELA 2BLXA 2D91A 4LYMA 4RLMA 1D9UA 5HMJA 3ZVQA 1HHLA 1HNLA 1JSEA 3CT1A 4TX7A 1B5VA 1OUJA 1HEWA 2BQNA 4BAFA 4LYOA 4KL7A 4L41A 1YANA 3N9CA 3VWOA 2BQIA 4FDYA 1G7MC 1LSNA 4H92A 3A3RX 3W6DA 4A7DA 5DN4A 2RSCA 1C43A 1LPIA 1F6SA 1JJ0A 2MEDA 4DDCA 4XJFA 2ZQ4A 1OUEA 4NSHA 1HEOA 4DWXA 4ZEEA 1IVMA 1LCNA 2F4GA 4HPIA 1J1PY 1RE2A 1I20A 1TCYA 3AGIA 1GHLA 3WU9A 4GCDA 1UIGA 4DT3A 3WXUA 2F4AA 2X0AA 3EMSA 3QNGA 3W6EA 4UWNA 5KXRA 4G4BA 1B5ZA 1KXYA 1AKIA 1BWJA 3QE8A 3SP3A 1H6MA 3CSZA 1LSCA 3TXJA 1EQ4A 1OUBA 4CJ2A 1IC4Y 4PRQA 2BQDA 3A94A 1OUDA 1REZA 4PPOA 1IWUA 4QGZA 4XJGA 5IDDA 3W6AA 1IWVA 2YBLA 4LYCA 1NBYC 4ETEA 1YQVY 2MEBA 1JJ1A 2B5ZA 4NSIA 3WXTA 4OWBA 2Q0MX 4YF2A 5LYMA 2LYZA 1VAUA 4LFPA 1MLCE 1QQYA 4TSCA 1LKSA 1DI3A 1LZEA 4H8YA 1B0DA 2EIZC 1IY3A 5DN5A 4N9RA 2LYMA 2F30A 4QDNA 4AXTA 4CFOA 3A93A 4H8ZA 4YEMA 1LHJA 1XEKA 1Z55A 2LHMA 2Y8PA 1DI4A 2MEFA 1HSWA 3WULA 2ZNWY 4NHPA 1F6RA 5ILCA 3OJPA 3FI7A 4KPMA 1DKKA 1GF8A 2DQDY 4QEQA 3WPLA 1D0MA 4H8XA 4II8A 1GE0A 1RJCB 3T6UA 4NGKA 4DD1A 4YM8A 5FCPA 3AGHA 3AB6A 4ET8A 1UACY 3BKHA 5DM9A 3WYHA 1LZBA 4ET9A 1HMLA 2C8OA 1LJNA 1NHEA 5KXYA 1P2CC 3WPKA 4R0FA 1KXXA 2BQGA 3B72A 2N5ZA 4Z98A 3ZVQB 1C10A 2BQAA 1RCMA 4DYGA 4KXIA 1BQLY 1B9OA 4LT1A 4B4EA 3M3UA 1G7JC 4NIJA 1J1OY 1IOCA 4BS7A 1JEFA 1REXA 1UC0A 2BAAA 1IC7Y 1OP9B 4GLAA 1JPOA 2YBIA 3TXIA 3WUMA 3D9AC 1D6QA 4C5FA 1BB6A 2G4PA 4ETCA 1B5WA 1HENA 2FBBA 4I0CA 1LMCA 3EXDA 3TXHA 1FKQA 1SQ2L 4HV2A 5KXWA 1LSYA 1UIEA 3ATOA 3WVYA 2PC2A 4XJBA 5KXPA 1G7LC 3HBDA 1IC5Y 5D5FA 5KXMA 5KY1A 1UIDA 5DLAA 2ZQ3A 1GFJA 2DQJY 3GXRA 1XGUC 1VDTA 2ZNXY 5HLLA 1WQPA 1YROA 2G4QA 4WG1A 3A3QA 3IJVA 1NQIA 1LSGA 4NGOA 3ULRA 5LXWA 4HV1A 4N0JA 1JTOL 3RT5X 1LHIA 1YAMA 3TMUA 5F9XA 2BQHA 1OUCA 2F2NA 1LYYA 2H5ZA 132LA 2YDGA 1GF0A 1J1XY 1ALCA 4H9CA 2A7FA 4HTQA 1LZ9A 4PHIA 1GF3A 1JUGA 3A90A 1YKYX 3IWRA 2CJLA 1JKCA 2BLYA 2H9KA 1QSWA 4DD9A 2YBJA 3TMWA 4D9ZA 1GEVA 1WQMA 3CT5A 1QUSA 4W96A 4OW1A 4B1AA 2DQCY 1GBYA 5B05A 1BVXA 1GFGA 4HJYA 5M1YA 1CJ9A 1NBZC 3D3DA 5E9RA 5KXNA 1MELL 2AUBA 8LYZA 1YL0X 1A2YC 1IOSA 1GB3A 3J6KA 6LYTA 5B59A 1KIPC 2DQEY 1GB6A 2CWIA 1CJ6A 1IP7A 1DKJA 1NWGA 1UA6Y 1QDTA 1UICA 4XJIA 1LJGA 3K3TA 4GN5C 1GF7A 2HEFA 4NHQA 4WL6A 2CDSA 2FBDA 4IASA 1QDRA 4NGIA 1GB5A 5LVIA 1FLUA 1QUTA 3W6CA 1HEPA 1XSFA 1B7RA 3WUAA 1A4VA 1G7HC 3J4GA 3HFMY 2XBSA 4HTKA 5B1FA 1LJFA 5J7CA 1RFPA 1LSBA 1FLYA 1LJ3A 1LTMA 1YKZX 4HSFA 1XGPC 3LN2A 1FDLY 4NWEA 153LA 1LSPA 1WTNA 1B7QA 1LHKA 1AZFA 5ILFA 1XEJA 2DQAA 4TTDA 5APDA 2D4IA 3TXBA 4B4JA 5E4PA 3ZEKA 1BVKC 4C3WA 1GF6A 5F14A 1C7PA 1LYOA 1UUZC 3N9AA 4GCBA 4CGEA 2I6ZA 1ZV5L 1LAAA 1DPXA 1IWTA 3WW5A 5L9JA 1YKXX 4H9FA 4ETBA 1B5XA 1TAYA 3W6BA 5LAFA 1B5YA 4N1EI 4NGZA 2BQJA 1DXJA 1KIQC 1VDPA 3RZ4A 4I8SA 5I53A 3ATNA 4ML7A 1GB9A 4H94A 5T3FA 5I4XA 1C46A 1LSMA 1GE1A 3G3AB 3OK0A 5F9UA 3AZ5A 1HEMA 1HERA 1LJ4A 1AT6A 1LZ5A 1KXWA 1IWXA 3AYQA 4E3UA 3LZ2A 2ZWBA 1B2KA 2BQEA 3BKVA 4ETDA 1HELA 1RI8B 5AMYA 1IP1A 9LYZA 4NSGA 1LOZA 1OUIA 135LA 3LHMA 5IELA 4B4IA 1OUFA 5LA5A 1DI5A 1OUGA 1CJ7A 3HBEX 7LYZA 1B7LA 3W3EA 1XGQC 1NDGC 1KIRC 4TSBA 1LMAA 2HEAA 1LYSA 4WLTA 4NHTA 1INUA 5KJ9A 1CNSA 1AT5A 1LHMA 1GBXA 1LJJA 1LSAA 1LZAA 4NGVA 3WU8A 5KXTA 1XGRC 4QY9A 1UCOA 3CQLA 5KXOA 4WM6A 1IWYA 4WLXA 3LZTA 2DQHY 2C8PA 1IX0A 3P68A 2ZILA 5HNLA 1TEWA 4WM3A 5APFA 4J1AA 5K7OA 4DD2A 1OUHA 2H9JA 1NDMC 2VB1A 3M18B 4X3BA 2HEEA 2BQFA 4RLNA 1CKFA 4NG8A 1LZYA 4HJVA 4WM2A 3WVXA 1BB4A 1EQ5A 1LZTA 1JITA 1LHLA 2D4JA 4HP0A 2I25L 1DZBX 4NWHA 4WLYA 1B7MA 1YILA 2CGIA 4J7VA 4DD0A 1YAOA 1NMMA 3IJUA 207LA 4HTNA 4RW1A 5B07A 4H1PA 1YAQA 3TXFA 1LMNA 1D0LA 1CKDA 4G4CA 1WVVA 5LIOA 2MEAA 3QY4A 1GBSA 1F10A 1BHZA 1GB0A 4LT2A 1QTKA 1YL1X 1IOQA 3LYTA 1LZRA 3WU7A 5C6LA 5HMVA 2W1MA 4XJHA 5KKJA 1LKRA 4LFXA 4MSTA 1OQMA 2Z37A 1LZNA 4PRUA 2FYCA 4FJRA 4NHSA 1WQOA 2IFFY 3A91A 1GB2A 1LZ4A 1GPQC 5I4WA 1JJ3A 2EPEA 4TWSA 4WM5A 1LZ6A 4H93A 2MEEA 2ZIKA 1WQNA 4XYYA 4NY5A 1IP4A 4NGYA 1JKDA 1C08C 2HTXA 2DBTA 4NG1A 5LVJA 2WARA 5I4YA 1ZVHL 3A6BY 4XADA 4WM4A 4WMGA 5L3IA 1NKHA 3RW8A 2DQFC 2BQCA 1GDWA 1IR9A 3EO5A 2Z38A 1GBWA 4Z41A 1GF4A 3CSRA 3AGGG 5C6JA 2G4NA 2W1XA 1V7TA 3B6LA 4WOAA 4DDBA 1JSFA 3A95A 4RDSA 4NGJA 3A67Y 3AW6A 4NGWA 3WPJA 1EQEA 4H9HA 1GFEA 1TDYA 5LAGA 4H9IA 3CB7A 4N1CC 2NWDX 1BB3A 1BWHA 4U3XB 4CHXA 4DC4A 1JKBA 4EOFA 4NHIA 1GFUA 4P2EA 2EKSC 4TUNA 4UWUA 2HU3A 2BQMA 1IY4A 1BGIA 3P65A 4G49A 1HC0A 2BPUA 2YSSC 1LZ8A 4G9SA 1JWRA 1N4FA 2IHLA 1FLQA 1REYA 1W08A 5D5CA 4ETAA 3B0OA 4ZFPA 2HUBA 4LYTA 4B49A 6LYZA 5A3ZA 4IJ4A 3CSQA 3B0IA 4Z46A 1O23A 1ZVYB 2XBRA 2Z18A 1HF4A 4H90A 5B1GA 1LMQA 1FBIX 2XJWA 4WO9A 4YEOA 1GFRA 1HFZA 1FLWA 1GE2A 4OWEA 4DD7A 3A8ZA 2LZ2A 3N9EA 3A6CY 3E3DA 2Z2EA 1LZGA 4XENA 5L3HA 3LYMA 4AGAA 3HBHA 4IATA 4NEBA 1SLYA 3LYOA 1GE3A 4HPEA 1H87A 4OWHA 1D0KA 5LYTA 4H91A 4NFVA 3A96A 4OWCA 1UBZA 3WH1A 3LYZA 1IO5A 2BQLA 5HQ1A 1LMOA 3TXKA 1ZMYL 3TMXA 1UIBA 1F0WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3TWKA 2KA6B 4MM3B 2XSZA 5EXXA 1L58A 1GD6A 1VEDA 1LWGA 2FOIC 2F5NA 1QSAA 2MEHA 1ORYB 252LA 4NGLA 3T36A 4Z3MA 1QT3A 1KW7A 2R0IA 3TMVA 3KXEC 5II3A 2DAEA 4AW4A 4ARMB 1GAZA 3DN1A 1PQDA 3E9SA 1QUHA 4NL4H 212LA 2X4AA 4LYZA 1B5UA 1EE8A 194LA 2DQGY 4PT5A 2X8AA 1WTMA 1IR8A 1LYEA 3HUAA 5B06A 2HEDA 1CUKA 2K47A 4GCFA 5FHWA 3M7GA 4DBGB 3RNXA 1FN5A 3TXGA 1CUQA 5IT9S 5EP4A 3U60B 1L19A 2BQKA 1PQMA 1SXJD 1IP6A 1IN4A 2CV2A 4LYBA 2F32A 2L78A 1LMTA 2R18A 1LZ1A 5I5QA 3LZMA 4I7SA 1C61A 1GF5A 2DWLA 1PS5A 4DJHA 5ITYA 4WLDA 3NBIA 1IWWA 1CKGA 2D6BA 3QAKA 1DO0A 3GPUA 2QARC 1TF0B 3PXGA 1BB7A 2ZYPA 1OUAA 4EIWA 2CHVA 1XXHE 4OOTA 1QS5A 2OO9A 4DV5M 1AM7A 4H9AA 1PGYA 2YBNA 5IHGA 1VFBC 2ZTDA 1IP3A 1NVMA 2ZANA 1LSFA 2X49A 4I7KA 3E4RA 1NHWC 4DV2M 5EBHA 1Z6TA 1XGTC 1LMPA 3F92A 2HECA 2Q2EB 3GLFE 1CV1A 1P7SA 1GAYA 2DWNA 2DENA 3LMMA 2QENA 3FUTA 4YOPA 4XGIA 2XFSA 2W1LA 3HDFA 1LHHA 4W54A 2DXIA 2YBMA 3AZ6A 2B6WA 1GF9A 4H9BA 2VF7A 4RW2A 3L64A 3MGWA 1FKVA 4EPFA 2ZIJA 1L1TA 1HMKA 236LA 4MGZE 2MECA 1P2RA 3U5ZA 1C45A 5FELA 2BLXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1D0KA

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