1D0LA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
322
structure length
314
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
total genus 112
structure length 314
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0lA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0lA02
1WTMA 5D5FA 1GF3A 1LZSA 5KXOA 1YIKA 3A91A 1CKGA 3TMWA 3EO5A 2F4AA 3TXKA 4IATA 1LMAA 5I4XA 4P2EA 1CJ8A 1ZVHL 2GV0A 4XENA 3ATNA 4WM5A 1GE4A 3B0KA 5KXTA 1GFVA 1JSFA 4HJYA 1GBWA 4OWCA 4YM8A 4RW1A 1IIZA 1BGIA 1OP9B 4WG1A 3A67Y 1GE3A 1C08C 1LYYA 4KPMA 1LJ4A 1DQJC 1HSXA 1LSNA 3M3UA 3D3DA 5ILFA 5FHWA 4B4IA 4XJDA 5KXZA 1GB0A 4DT3A 1LZGA 3RZ4A 1HEPA 4LFPA 2LZ2A 2MEBA 1C46A 1IOSA 3LZ2A 1OQMA 4PRQA 3A8ZA 1DXJA 1GF6A 4LYOA 5HMJA 3AB6A 4NWHA 4GCCA 1QSWA 1AM7A 1LSDA 4N9RA 4LFXA 1VDQA 4ETAA 1HF4A 1NHEA 4H9AA 1YKZX 1CKHA 4I8SA 1JJ1A 3T6UA 2YBMA 1QDTA 3GXKA 4HV1A 1W08A 4N0JA 2DQFC 1IC4Y 4ETEA 4PPOA 1UIEA 3RU5A 1YL0X 2DQDY 1QUTA 5LA5A 1YL1X 4NGWA 4HJZA 3TXFA 4H93A 4WL6A 1FLYA 2W1XA 5F16A 3P4ZA 5DL9A 1UIHA 1B7LA 3CSQA 1LMTA 3AZ5A 4NGZA 3AGGG 1GBXA 4GCDA 1B7MA 1LYSA 3RT5X 3F6ZA 4BS7A 4ET8A 1YQVY 1IWVA 3AGHA 1JHLA 1GE2A 1PZYA 1RE2A 4NEBA 3W3EA 1SQ2L 3LYMA 5I54A 4J0LA 1B5UA 1J1OY 1W6ZA 1A2YC 2BQNA 4LYZA 4DD2A 1WQRA 1G7JC 2Y8PA 3W6BA 132LA 2BQKA 3AW7A 4OWHA 4B4JA 4WLXA 5LVGA 1HHLA 2H9JA 1HSWA 1B0DA 1DI3A 1DZBX 4M4OA 1OUJA 2D6BA 4LZTA 3B6LA 1BB4A 3P64A 3MGWA 3M18B 1IC7Y 5B1GA 2YBLA 4G4BA 3W6FA 4NHTA 5B59A 1I1ZA 2Z39A 2DBTA 1CJ9A 1WQQA 1AT5A 4WG7A 4BADA 4XJIA 1XEIA 4OW1A 1QIOA 5E9RA 1AKIA 3A92A 4Z46A 5FCPA 5ILCA 1LSCA 1GB9A 1OUDA 2BLYA 4H8XA 1C10A 1QQYA 4NGOA 207LA 4PGJB 3TXJA 5I4WA 4NGVA 1NDMC 6LYTA 3W6AA 2I26L 5FELA 5HLLA 2MEFA 1IP7A 4WMGA 4YOPA 3N9AA 2C8OA 2CGIA 4H9FA 3LN2A 2I6ZA 1GF0A 1WTNA 2HEEA 4NGLA 1C45A 2VB1A 1QTKA 3EXDA 4HSFA 4C3WA 1C7PA 1TEWA 2Z2EA 1GBSA 1F10A 3AW6A 4HP0A 3TXGA 4M6DA 1GFGA 4DC4A 5K7OA 4WO6A 2ZYCA 1B7NA 1LCNA 1DPWA 3K3TA 4H9IA 4TSBA 3QE8A 2HEDA 4H9BA 4N8ZA 1LSPA 1BB3A 4LT2A 4DD3A 5LVIA 1GF8A 3B0OA 5LYTA 1O23A 3P68A 1YKYX 1LZCA 1LAAA 1IR7A 4HPEA 1YANA 1JKCA 3G3AB 5APDA 2WARA 4B1AA 3A34A 4DYGA 1XEKA 5KXPA 3T36A 1CNSA 4TWSA 3WXUA 1BHZA 1LZ1A 1TDYA 2I25L 4TX7A 5DLAA 1XGUC 3AGIA 1B5YA 5FDJA 4J7VA 2Z38A 1XGRC 1GB7A 3WUNA 1ALCA 1HEOA 4HTKA 4PRUA 4DDCA 3WYHA 5IHGA 2BQHA 4LT0A 4QY9A 3HBHA 1G7LC 1LTMA 5LIOA 1QTEA 2YDGA 1B7QA 1UIBA 4CFPA 3AZ4A 1XGQC 1LSZA 2Z2FA 5IELA 1IX0A 4WM3A 5KJ9A 2H9KA 3WUMA 4NSGA 1CKFA 1LSBA 1C43A 1GFUA 4XADA 5HNCA 1LMOA 134LA 1J1XY 1LSEA 1MLCE 2W1YA 2HEAA 3WVXA 2NWDX 1RCMA 3TXDA 1LMQA 3WU8A 4YEMA 3CSZA 3WW5A 1KXWA 4E3UA 4C5FA 3AZ7A 1DI5A 1T6VL 5EBHA 1VAUA 2G4NA 4IASA 1LSYA 3HFMY 5C6IA 2BQMA 5KXNA 1VFBC 1V7SA 4J1BA 4LT1A 4Z3MA 1DKKA 1YROA 1BB5A 4H1PA 1J1PY 5I5QA 1BVKC 5B07A 1OUAA 1WQNA 2F2NA 1LJKA 1GFJA 3OJPA 5LAFA 1FLQA 1JPOA 3HBEX 3J4GA 1RFPA 1JKAA 1LHLA 2D4JA 1GWDA 2XJWA 1GFAA 2HU1A 2CDSA 2LYOA 2W1MA 1IR9A 4UWVA 1CKCA 4H9EA 1XGTC 3HBDA 1REXA 5APEA 1GHLA 4WOAA 2DQAA 4HPIA 2AUBA 1YILA 2F4GA 3QY4A 4NHPA 4XYYA 1HEWA 5LVJA 5DN5A 3A6BY 1B5XA 3CSRA 4NWEA 5HQ1A 1UIFA 4NSJA 5L9JA 3WPLA 1GXV2 1GF5A 2B5ZA 1VDSA 2DQHY 1ZVYB 1JKBA 2Z12A 1IOCA 1EQEA 1JJ3A 4H9HA 1UA6Y 1LZ4A 2LYZA 1HELA 3BKVA 4XN6A 1BB6A 3BKHA 1N4FA 1LSGA 2LYMA 4ZEEA 4ETBA 3IWRA 4A7DA 4ETCA 135LA 4YEOA 1LJGA 2MEAA 5C6JA 5F9UA 1YAMA 1OUEA 1IR8A 4O34A 4DD1A 1LMPA 4KT3A 2BQLA 4HV2A 3RW8A 2MECA 9LYZA 1IWXA 5HMVA 1GFKA 3CB7A 4G9SA 2MEIA 2N5ZA 2G4PA 1HC0A 2BQIA 3CQLA 4LT3A 5DM9A 3TXBA 1EQ5A 1NDGC 1T3PA 1F0WA 1DI4A 2A7FA 4L41A 1TBYA 1IWUA 4RDSA 5KXSA 2BQEA 1F6RA 1WQPA 3WVYA 4NY5A 1CJ6A 3TXEA 1LZ5A 2XBRA 5LAGA 1OUGA 5I53A 1GDXA 1D6QA 1LSFA 2BQCA 1GPQC 3WUAA 1GEVA 1HFXA 2BQGA 4DDAA 2XBSA 1UCOA 1XEJA 4GLAA 208LA 4TUNA 1LKRA 4LYBA 1B9OA 1NKHA 1CKDA 1IY4A 1LJIA 1FLWA 4H92A 5J7CA 1GDWA 2BQBA 1HMLA 1GD6A 1LPIA 1IO5A 4H9CA 3ZEKA 4HTNA 1GB3A 4AGAA 4W94A 2IHLA 1LJFA 1VATA 5A3EA 1FDLY 1LOZA 1PS5A 1WVUA 1UUZC 3N9CA 4YF2A 1IOTA 1AZFA 1V7TA 4NGYA 1LZBA 1LHJA 1LZAA 2G4QA 5LA8A 1HMKA 1HFZA 2YBHA 4WM4A 1LZNA 1QUSA 4X3BA 1LMCA 8LYZA 4CGEA 3A6CY 4WM2A 3LHMA 3A3RX 1BB7A 3WU7A 5KKIA 2HU3A 4I0CA 3WPJA 1LZ8A 2YSSC 4BAPA 1G7HC 1HNLA 1LZDA 1D0LA 4G4CA 5B1FA 1LZEA 2CWIA 1BWHA 1IOQA 3A95A 2IFFY 4WLYA 2BPUA 4GCFA 1LHKA 2MEEA 1LSMA 2YBNA 3TMXA 1GB6A 4EMNA 5KXWA 3WULA 1GEZA 1LZ9A 1GAZA 4NHIA 1IORA 4RLNA 2W1LA 1TCYA 3A96A 5APCA 5KXMA 1KIPC 1NMMA 2Z19A 1JTPL 2ZILA 4GN3A 1IP6A 1I20A 1XGPC 2ZNXY 3AJNA 3A90A 4GLVA 2BQFA 4NHSA 1JITA 2HEFA 4PHIA 1OUCA 1HENA 1MELL 1SLYA 2FBDA 1F6SA 1XSFA 2ZIJA 4H90A 4OWAA 2YVBA 4Z98A 5F14A 1OUFA 2ZYPA 1DPXA 1NF5A 2DKVA 4BAFA 4NG8A 4LYTA 3KAMA 1GBYA 1HFYA 4KXIA 3N9EA 4NIJA 4IJ4A 5E4PA 2DQEY 4LGKA 2ZIKA 4NGIA 4NGKA 5LVHA 1E8LA 1IP5A 1GFEA 1NBYC 4R0FA 4GCBA 3QNGA 1WVVA 4PJ2C 4R6CA 2D4KA 3LZTA 3D9AC 4WLDA 6LYZA 1JUGA 1GBOA 2BAAA 2F30A 4II8A 1IWTA 4LYMA 1A4VA 1YAOA 2BQAA 4J1AA 1JTOL 4N5RA 2ZWBA 1CJ7A 1FKQA 1YAPA 1IP3A 1LYOA 4G49A 4UWUA 1B7OA 4XJGA 1B7RA 2MEGA 3A93A 3WU9A 1OUIA 1B7PA 1IP2A 1IWWA 3CT1A 4H8ZA 5LVKA 4NSHA 1IWZA 3WPKA 4UWNA 3TXHA 1Z55A 1RJCB 1IP4A 2X0AA 4TSCA 4WM1A 1JEFA 2HUBA 1IEEA 5D5CA 3WL2A 4AXTA 193LA 5II3A 1B2KA 3RNXA 1LJJA 1GFTA 1KXYA 1WQMA 2BQJA 1GF4A 4WL7A 4QEQA 1REZA 1RI8B 2FBBA 3FI7A 3LYZA 1VDTA 5LYZA 1KIRC 2ZQ3A 1REYA 3ATOA 1LZ6A 1XFPL 3G3BB 4OWBA 2ZNWY 2EKSC 1LJ3A 3A3QA 1GB2A 3ZVQB 1G7IC 1LZRA 1OUHA 4MCKA 1UC0A 4NGJA 1HEMA 1LYZA 2Z18A 1JIYA 4LYCA 3LYOA 4GCEA 4HJVA 2XTHA 1REMA 1IP1A 1YKXX 3ULRA 1LHMA 3IJVA 5KY1A 1GBZA 4U3XB 2RSCA 5KXLA 2EPEA 4EOFA 4B0DA 1DKJA 4ZIXA 5AMYA 5LYMA 4WLTA 5C6LA 5A3ZA 4B4EA 4ANRA 4OWEA 1UACY 1UIAA 2DQCY 3WW6A 3CT0A 4GN5C 3EMSA 2EQLA 1INUA 1EQ4A 4GN4A 1UIGA 4D9ZA 1GFRA 1LHIA 3WXTA 1JSEA 1UBZA 3OK0A 1B7SA 1D6PA 2DQIY 3E3DA 5B06A 3WH1A 1VEDA 5M1YA 153LA 4XJFA 2HECA 1AT6A 2H5ZA 3CT5A 4YENA 4DD9A 1IC5Y 1D0MA 1B5VA 4ET9A 1UIDA 1BWJA 5I4YA 4FJRA 4DDBA 2PC2A 4MSTA 4WO9A 4TTDA 3J6KA 2YBJA 1KIQC 4OOOA 1FLUA 1D0KA 1LJHA 4QDNA 5FEKA 2C8PA 1GE0A 1GB5A 2HEBA 1QDRA 2CJLA 1JKDA 3W6CA 1LSAA 4RW2A 4N1CC 1JISA 4WM6A 1JJ0A 2BQOA 5KXRA 1IY3A 1LJEA 1P2CC 1LZTA 4XJBA 1ZMYL 4Z41A 1GAYA 1FBIX 1H87A 1D9UA 2EIZC 3AYQA 3B0IA 5L3IA 2Z37A 2LZTA 2MEHA 5LXWA 154LA 2YBIA 4OOTA 2BLXA 4XJHA 4ML7A 1GE1A 4CJ2A 4G4HA 5JENB 1H6MA 2D4IA 5T3FA 1I56A 1JTTL 1LKSA 1YAQA 2DQGY 4QGZA 1ZV5L 5DN4A 5IDDA 3SP3A 4B49A 3P66A 4ETDA 3A94A 4ZFPA 1G7MC 2A7DA 1UICA 4KL7A 5L3HA 4CHXA 1NWGA 1B5ZA 1NBZC 1FKVA 5KXYA 1KXXA 1EL1A 4NHQA 4CFOA 1VDPA 1OUBA 5KXXA 1GB8A 2DQJY 2ZQ4A 3AZ6A 1LMNA 3WMKA 3TXIA 4MR1A 4NFVA 1GFHA 1GF7A 4H94A 4W96A 1IVMA 2HTXA 1WQOA 1HEQA 2FYCA 1JWRA 2Q0MX 3B72A 5F9XA 5KKJA 5KXKA 1HERA 1LJNA 3W6DA 4FDYA 4DD7A 5FSTA 4NG1A 133LA 3EBAB 4DD0A 2MEDA 5B05A 1BWIA 1NQIA 2D91A 1FN5A 3VWOA 5HNLA 1LZYA 3TMVA 3FE0A 1LHHA 1TAYA 2BQDA 4H8YA 4RLMA 3W6EA 1BQLY 3GXRA 3TMUA 3ZVQA 2LHMA 1GXXA 3P65A 1GF9A 3LYTA 1QSAA 3IJUA 5F81A 1BVXA 5LINA 1IWYA 7LYZA 194LA 4N1EI 4HTQA 1B5WA 4DWXA 5APFA 2FYDA 4NSIA 4H91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WTMA 5KXOA 1LZSA 1KSFX 2F4AA 4IATA 1LMAA 1NHBA 2GV0A 1GE4A 1NHGC 1IBKM 3B0KA 2OTZX 1V34A 1OYUA 4HJYA 1L02A 4OWCA 4PDGA 1HJPA 4RW1A 1HT2E 107LA 4WG1A 3A67Y 1LSNA 1C6CA 1HSXA 3GQ5A 140LA 4MGHA 1JR3E 2CV2A 4D82A 4LFPA 3SAUA 3OE0A 1OQMA 3ILKA 1C60A 1L69A 3QWLA 1LSDA 3GULA 1I94M 1JQUA 1GL6A 4H9AA 5EP1A 4I8SA 3T6UA 5EXXA 1QDTA 2R44A 3GXKA 4HV1A 2RB0X 2DQFC 1UIEA 3A46A 2LTUA 1C65A 1JTNA 4NGWA 4HJZA 4WL6A 227LA 3NY8A 1K3XA 4NGZA 2DI0A 1B7MA 3F6ZA 1L00A 3FUTA 3LVWA 2HULA 1RE2A 1YLAA 1OIPA 1L2BA 5KPTA 2EUCA 3FTDA 1SQ2L 4J0LA 1J1OY 1EFUB 4DD2A 4G4RA 1L73A 2BQKA 1L89A 1L76A 2ERCA 4B4JA 2DWZB 1HHLA 3FUXA 4AKGA 4M4OA 4REZA 1D3JA 3E21A 2B6ZA 3FUVA 245LA 3B6LA 1VEJA 2JY8A 3MGWA 5B1GA 1IC7Y 2UU9M 1G3IA 2RBRA 1G71A 5C1BA 5EJCA 174LA 2DBTA 1CJ9A 4WG7A 1MJGM 4QOSA 3L25A 3J80S 2D7GA 1QIOA 4Z46A 4BB9A 3SASA 6LYTA 5FELA 4UN2B 2C8OA 2CGIA 2HEEA 2DAGA 2VB1A 3CDRA 1C7PA 1TEWA 3SN6R 1G41A 1L05A 2DZNB 1DPWA 4M0WA 1BB3A 1R2ZA 4DD3A 5LVIA 3B0OA 3B7ZA 1O23A 1LAAA 1IR7A 1P37A 186LA 3G3AB 5APDA 1QUDA 4B1AA 3A34A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1CU6 A;  178L A;  1QUG A;  3GLH A;  5T3F A;  1I56 A;  3TXI A;  4ETD A;  4QGZ A;  1L51 A;  4AI6 A;  5IWA M;  2OU8 A;  1UIC A;  4NHQ A;  1VDP A;  5KXX A;  3AZ6 A;  2ZQ4 A;  1LYJ A;  2B6W A;  2L4E A;  1LMN A;  110L A;  2FFJ A;  4R71 A;  1GF7 A;  4II7 A;  4DQ7 A;  4H94 A;  4W96 A;  1IVM A;  2HTX A;  1R2Y A;  2FYC A;  1D2W A;  2Q0M X;  5KKJ A;  1IQP A;  1HER A;  185L A;  1K3W A;  1QT7 A;  4DD7 A;  125L A;  1L50 A;  5B05 A;  3KOY E;  1BWI A;  3C58 A;  4OX9 M;  1T6O A;  3VWO A;  5HNL A;  3TMV A;  3KSX A;  4H8Y A;  2UUC M;  3W6E A;  1BQL Y;  3ZVQ A;  1L77 A;  4CGY B;  1QSA A;  3AFH A;  1IWY A;  7LYZ A;  3ZH9 B;  1S3S A;  4DWX A;  2XFT A;  1LLH A;  2KRK A;  2E5L M; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1WTM A;  5KXO A;  1LZS A;  2F4A A;  4IAT A;  1LMA A;  1NHB A;  2GV0 A;  1GE4 A;  3B0K A;  2OTZ X;  1OYU A;  4HJY A;  1L02 A;  4OWC A;  4RW1 A;  107L A;  4WG1 A;  3A67 Y;  1LSN A;  1C6C A;  1HSX A;  140L A;  4LFP A;  3OE0 A;  1OQM A;  1C60 A;  1L69 A;  1LSD A;  3GUL A;  4H9A A;  1JQU A;  4I8S A;  3T6U A;  1QDT A;  3GXK A;  4HV1 A;  2RB0 X;  2DQF C;  1UIE A;  1C65 A;  1JTN A;  4NGW A;  4HJZ A;  4WL6 A;  227L A;  3NY8 A;  4NGZ A;  1B7M A;  3F6Z A;  1L00 A;  2HUL A;  1RE2 A;  1SQ2 L;  4J0L A;  1J1O Y;  4DD2 A;  1L73 A;  2BQK A;  1L89 A;  1L76 A;  4B4J A;  1HHL A;  4M4O A;  1D3J A;  2B6Z A;  245L A;  3B6L A;  3MGW A;  5B1G A;  1IC7 Y;  2RBR A;  174L A;  2DBT A;  1CJ9 A;  4WG7 A;  4Z46 A;  1QIO A;  6LYT A;  5FEL A;  2C8O A;  2CGI A;  2HEE A;  2VB1 A;  3CDR A;  1C7P A;  1TEW A;  3SN6 R;  1L05 A;  1DPW A;  1BB3 A;  4DD3 A;  5LVI A;  3B0O A;  1O23 A;  1LAA A;  1IR7 A;  1P37 A;  186L A;  3G3A B;  5APD A;  1QUD A;  4B1A A;  3A34 A;  1XEK A;  3C8R A;  1CNS A;  5DLA A;  3AGI A;  1L34 A;  4J7V A;  1L33 A; 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