1D0LA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
322
structure length
314
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 112
structure length 314
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0lA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0lA02
1LSEA 3GXRA 3LYTA 3N9EA 2W1LA 1IOSA 3LYMA 4H94A 1DKKA 2ZIJA 1C43A 1LYOA 4GN5C 1JTTL 4DWXA 1LZRA 2F4GA 4NWEA 2D91A 5KXOA 1IP5A 3TXKA 1LYYA 4GCFA 1BB6A 1I20A 4LT2A 4XJBA 1GF3A 208LA 3T36A 1QQYA 1UUZC 1MELL 5KXSA 4WM4A 1E8LA 1AKIA 1GFVA 1LYSA 2YBHA 4HV2A 4NHSA 1GFHA 3CB7A 1BB7A 5I53A 1QTKA 1D9UA 3J6KA 1GE4A 1N4FA 5F9UA 3WU7A 5FEKA 5KXMA 3CT0A 3K3TA 1HEPA 3AGGG 3TMXA 4G4BA 3TXEA 3W6BA 3CT5A 1LJ4A 2I26L 4DDAA 5I54A 1DXJA 4DD2A 2B5ZA 1YQVY 2BQBA 4H90A 4WL7A 2Z37A 1D0MA 1OP9B 3A90A 2XBRA 3WL2A 4DYGA 4NSGA 1HELA 3KAMA 1WQMA 4RLMA 1REZA 1XFPL 1GBWA 1LZYA 5ILFA 1AZFA 135LA 1AT6A 1LJFA 1TDYA 5DN5A 3A94A 1HSXA 1HNLA 6LYZA 1LZ5A 2DKVA 2DQGY 3AYQA 1GXV2 4RLNA 1REYA 1TBYA 2A7DA 2CDSA 2XJWA 3LZ2A 2BQHA 4WM3A 5L3HA 2DQHY 3MGWA 4PHIA 3QNGA 1DI4A 2F4AA 5FCPA 3HBEX 5II3A 1GBXA 1LZ9A 4YF2A 1IC7Y 1IWWA 5IELA 4HTQA 1GB0A 1FLUA 2BQAA 5KXTA 2N5ZA 1FKQA 3W6FA 1IVMA 3T6UA 3WU9A 5LYZA 2HU1A 3RU5A 1LYZA 1B5WA 5KXPA 4ANRA 1LMPA 1QUTA 3CSZA 2DQAA 4GN3A 1G7MC 4HJZA 1GF4A 3RNXA 2G4NA 1JISA 3AZ5A 2YBIA 1GFTA 2DQJY 2H9KA 2LYMA 1QUSA 1GB6A 4H92A 7LYZA 2LYOA 1IWTA 4QY9A 5HNCA 3TXJA 1B0DA 4Z3MA 3CT1A 2D6BA 3LYOA 4H8XA 4HJVA 1IP4A 2PC2A 4G4CA 2D4KA 1YAOA 1CKCA 1VATA 1HSWA 2W1MA 3HBDA 3W6AA 1GF5A 2C8PA 4FDYA 1IOCA 5KJ9A 1F6SA 2Z38A 4NGVA 4R6CA 4A7DA 1OUGA 3P64A 1LMOA 2BQFA 1UCOA 4YENA 3W3EA 3ATOA 5KXXA 1CKDA 4NGWA 4WO6A 3RZ4A 3ZVQB 5M1YA 3WH1A 1IOQA 1HEMA 3TXGA 4H8YA 4TX7A 3TXDA 3ZEKA 1OUHA 2HEFA 1YKXX 1YKYX 3A67Y 4N9RA 5DN4A 4WM5A 5KXNA 1JUGA 1SLYA 2BQLA 1GE2A 1XEIA 2ZILA 2DQCY 5F81A 2I6ZA 4AGAA 1HERA 2HEBA 1GBSA 4YEOA 4Z41A 1IP7A 4NGZA 153LA 1B7QA 1JKBA 3WVXA 1JKDA 4DT3A 1GB8A 134LA 1XEJA 1BQLY 4TWSA 3WW6A 5F9XA 4ETCA 5B06A 1GE1A 133LA 4CFOA 1KIQC 2Z2EA 4WM1A 3WUMA 3FE0A 1TAYA 3B0KA 4B49A 3WW5A 5LXWA 1OUFA 1D0KA 1YILA 2EQLA 4XADA 2YSSC 1NDMC 1CJ7A 1AT5A 1J1PY 1CKFA 1GBOA 1SQ2L 1GHLA 5DL9A 5HQ1A 4M6DA 2MEBA 1VFBC 3WMKA 1IR9A 1LZ1A 4N1EI 1GE0A 5D5FA 1B5YA 4PPOA 1FBIX 1CKHA 4RDSA 2ZQ3A 2BQNA 1HENA 4MR1A 1HEWA 207LA 5HNLA 4GN4A 1IWUA 2BQMA 1LHHA 2VB1A 3E3DA 3G3AB 3QE8A 4XJHA 5E4PA 4B4JA 2H9JA 1H87A 1P2CC 4B0DA 4GLVA 1LSYA 1BB3A 1JTOL 1KXXA 1NKHA 2YBNA 2Z39A 1LSMA 4I0CA 1JSFA 1OUEA 1OUAA 1XEKA 3IJVA 1WQNA 4OOTA 2HTXA 3CQLA 2Y8PA 5K7OA 3TMVA 1GB3A 4HTNA 1LZBA 4C5FA 1B5XA 4KXIA 5LVGA 5T3FA 5APEA 3AJNA 5A3EA 5APDA 4ETBA 4H9AA 4KL7A 1QIOA 2LYZA 1NMMA 1IC5Y 1LCNA 1NF5A 1O23A 1G7HC 1XGTC 1CJ8A 2MECA 1HC0A 5LAGA 1I56A 2GV0A 1YL1X 4TUNA 1DI5A 1IP2A 2D4IA 4G49A 1CKGA 3TXFA 3D9AC 1LJNA 2ZYCA 5B1FA 5LA8A 1LZGA 1REMA 1ZVYB 1DI3A 1IC4Y 5B1GA 1PZYA 1VAUA 3FI7A 4XENA 4BAPA 5LYMA 1DPXA 4OWCA 3P65A 4Z46A 5L9JA 4N0JA 1KIRC 4NG8A 1IR8A 1RJCB 4ETEA 1TCYA 1JHLA 2C8OA 1JTPL 2G4PA 3G3BB 3LHMA 4H1PA 4GCEA 1T3PA 1ALCA 3BKVA 1LSFA 3A3QA 5D5CA 1LMCA 3WPJA 1G7JC 1H6MA 1XGPC 3IJUA 1LMAA 2DQDY 1GB9A 6LYTA 5IHGA 1HFZA 1LAAA 4H9CA 3B72A 4BAFA 2LHMA 2AUBA 1OUIA 4QGZA 3CSRA 1YKZX 2Z2FA 3RW8A 4HV1A 4NGOA 1B2KA 1GB2A 2HEDA 4LYZA 1LOZA 4RW1A 1BB5A 4ETDA 2BQKA 2WARA 1WQRA 5KXYA 4NHQA 3W6CA 5C6JA 4LZTA 3SP3A 3N9AA 1B7LA 2HU3A 3WXUA 4TSBA 2BPUA 3AB6A 1XGRC 3M18B 3A93A 3B0IA 1FDLY 1GF9A 4L41A 1NDGC 4MSTA 4C3WA 1UBZA 1CNSA 1LZCA 1C7PA 1B7MA 1HF4A 1NHEA 1PS5A 1RI8B 2CJLA 4N1CC 4H8ZA 4LT1A 4NHTA 1B5VA 1DQJC 4UWUA 3F6ZA 4YEMA 2ZNWY 1LJ3A 4ZFPA 4CFPA 1F0WA 5KXWA 1BWJA 1JIYA 3EMSA 3WPLA 5KKIA 1C08C 3AZ6A 1C45A 4Z98A 1B7PA 1RCMA 1CJ9A 4PGJB 4U3XB 1KIPC 1OQMA 1LZTA 4NY5A 4H91A 2MEAA 1IP6A 1LMNA 1BWHA 4J1BA 2F2NA 1LJHA 4WLDA 1J1XY 2LZTA 1HMLA 1LJIA 1VDSA 5LIOA 1QDRA 3HBHA 4OW1A 1UIDA 2EIZC 4W96A 4W94A 1FLQA 2YDGA 2H5ZA 4N8ZA 2MEEA 4N5RA 3ZVQA 1QDTA 1IWYA 1ZMYL 4WLYA 1GB7A 1IWVA 2NWDX 3A34A 4KT3A 4NSHA 1GD6A 5LVIA 2ZWBA 4J0LA 1OUJA 4ET8A 4HTKA 3LN2A 4EOFA 3WUNA 3WULA 4LYCA 1YAQA 2ZQ4A 3TXIA 2A7FA 2IFFY 5KKJA 4ML7A 2BAAA 3WXTA 4LYMA 5B59A 1FLWA 4NGLA 4XYYA 1GEVA 3TXBA 1NQIA 1G7LC 1EQEA 1LZNA 5KXRA 3TMWA 1LMTA 1GFGA 4DD1A 9LYZA 5LA5A 1B7OA 1GFUA 1VDTA 1B5ZA 3WUAA 1LZ4A 3LZTA 1YL0X 5I4XA 5LVHA 1LZ6A 5LAFA 1LHKA 5I4YA 1WVVA 3A95A 5F14A 1HFYA 1DZBX 1UACY 4NGJA 193LA 1LSNA 1V7TA 4WM6A 1B7RA 1HHLA 1JSEA 1A4VA 5JENB 2X0AA 3N9CA 2HEAA 1JWRA 1WTNA 3B6LA 2FYCA 5DLAA 1EQ5A 4QDNA 4PJ2C 1D0LA 2ZYPA 1NWGA 1B5UA 1GF7A 1IX0A 1IEEA 2IHLA 3P66A 4NHIA 4PRQA 4WM2A 3AW6A 1IORA 1UIEA 1BWIA 1VEDA 2HEEA 4WG1A 3WU8A 1W08A 3WVYA 5LINA 1LSCA 1UC0A 4NWHA 2HUBA 3AGIA 1WVUA 4GCCA 2MEFA 4DC4A 1W6ZA 1XGUC 2Z12A 154LA 1OUBA 4E3UA 2YBJA 1I1ZA 4ETAA 5HMVA 1IWXA 4J1AA 5I5QA 5KXKA 1KXWA 1IR7A 1LSDA 1XSFA 2BQDA 1VDQA 2XTHA 4GCDA 5HMJA 3TMUA 1D6QA 2CGIA 1IIZA 4H9EA 1GFAA 1LZAA 4H9FA 1JKAA 3AGHA 4EMNA 3A8ZA 5APFA 3LYZA 132LA 1UIHA 1IY4A 2HECA 4LFPA 4O34A 3A6CY 2D4JA 1LJGA 3A3RX 4HJYA 3RT5X 3AW7A 4NG1A 4UWNA 5LVJA 2FBDA 2XBSA 1RFPA 1VDPA 1B7NA 4DD3A 4IASA 1LTMA 1T6VL 2W1XA 4QEQA 1TEWA 2BQOA 1IP1A 1AM7A 5LYTA 1GDWA 1HFXA 1IY3A 2YBLA 2BQJA 2Z19A 1REXA 4LGKA 4TTDA 4WLXA 4G4HA 2CWIA 4WOAA 1YANA 1LJKA 1JJ0A 2DQFC 4OWBA 2BQCA 4LT0A 4NGKA 4TSCA 4DDCA 4FJRA 3IWRA 1C10A 4UWVA 2BQEA 1WTMA 2I25L 2MEHA 1NBZC 1D6PA 4MCKA 4CJ2A 3B0OA 1GFRA 2G4QA 4I8SA 2BLYA 2MEDA 4NSJA 4ZEEA 4H9IA 1C46A 5EBHA 1LSPA 1LMQA 3M3UA 1OUDA 1GDXA 4BS7A 1F10A 1LZSA 3ATNA 5LVKA 1YIKA 3P68A 4HPIA 2MEGA 1EQ4A 1JITA 1LZ8A 4XJIA 3A96A 4II8A 4XJGA 1XGQC 3EXDA 5FHWA 1GB5A 4WMGA 4NIJA 5B07A 4M4OA 4IATA 3A91A 5E9RA 1B7SA 1HEOA 1WQQA 3WYHA 1OUCA 3A92A 1CJ6A 1GFJA 8LYZA 1LSBA 1UIGA 1GAZA 3WPKA 1YAPA 1LHJA 1FN5A 1GFEA 4G9SA 5FDJA 1GXXA 4DD9A 4HSFA 4BADA 1KXYA 5KXLA 4KPMA 4CHXA 1G7IC 5APCA 1J1OY 4PRUA 2FYDA 3W6DA 3ULRA 1LZEA 1BVKC 1LKSA 1GBYA 1LKRA 4H9BA 5F16A 5B05A 1GFKA 2Q0MX 2BLXA 4OOOA 1LPIA 3EO5A 4WG7A 1JJ1A 5FSTA 1LHMA 4H93A 4J7VA 4LYOA 2RSCA 1YAMA 4RW2A 1HMKA 1DKJA 2ZIKA 4XJDA 3BKHA 1IOTA 1GAYA 1A2YC 2DQEY 4LYBA 1UA6Y 1BHZA 3P4ZA 1GPQC 4GCBA 3EBAB 4DDBA 4CGEA 2EKSC 1FLYA 5L3IA 1YROA 1GBZA 4NEBA 1GEZA 3AZ4A 1BGIA 194LA 5IDDA 1EL1A 3D3DA 3TXHA 5I4WA 1GF8A 1UIAA 1BVXA 3AZ7A 1JEFA 1LSGA 4IJ4A 1HEQA 1ZV5L 4WLTA 4R0FA 3OK0A 4WO9A 1Z55A 1IWZA 1QSWA 1ZVHL 1LHIA 4ET9A 2Z18A 1GWDA 2EPEA 4B4IA 4NGYA 4LYTA 2W1YA 2DQIY 1LSAA 1JJ3A 1BB4A 4NHPA 1RE2A 2FBBA 4P2EA 4YOPA 4DD0A 1MLCE 5HLLA 4H9HA 4HPEA 4YM8A 4D9ZA 1B9OA 4AXTA 1GF6A 5J7CA 1DPWA 3OJPA 4OWEA 5AMYA 1IO5A 4LT3A 3A6BY 1F6RA 1JPOA 2BQIA 1QSAA 1NBYC 1WQPA 4NGIA 1WQOA 4B4EA 1IP3A 2BQGA 4LFXA 1UIBA 3QY4A 1INUA 4OWHA 4B1AA 4NFVA 1UIFA 1LJEA 4DD7A 4X3BA 2ZNXY 4XJFA 1V7SA 4HP0A 4NSIA 3HFMY 2YVBA 5DM9A 5A3ZA 4ZIXA 4GLAA 3GXKA 3VWOA 5KY1A 2F30A 2MEIA 1GF0A 4WL6A 3J4GA 1QTEA 3CSQA 1UICA 5FELA 5KXZA 5ILCA 4OWAA 1LJJA 1GE3A 2LZ2A 2YBMA 1JKCA 1LHLA 5C6IA 2DBTA 4XN6A 1LZDA 1LSZA 5C6LA 3W6EA 1FKVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
178LA 3GXRA 3LYTA 1IOSA 4DV2M 4AQNA 3HHYA 1L41A 2D91A 4GCFA 3U60A 1I20A 1L99A 1LI3A 1D3NA 2Y21A 1C61A 2LVOC 4M9ZA 1AKIA 1GFVA 1LYSA 129LA 1GFHA 1D9WA 2I7NA 1QTKA 4XK8F 1D9UA 3J6KA 1GE4A 5F9UA 5KXMA 5FEKA 3CT0A 3NY8A 1HEPA 1DGHA 1L01A 2I26L 4DDAA 4L16A 115LA 4DD2A 4WL7A 1L0KA 2Z37A 3WL2A 1OP9B 2R6FA 2XBRA 3GULA 4NSGA 1Q02A 1HELA 4Z6YA 2OU0X 1T8GA 1REZA 3GQ5A 1GBWA 5C18A 2YFQA 1XFPL 1AZFA 3I4VA 5DN5A 1IY2A 3A94A 2RH1A 2DKVA 3AYQA 4RLNA 1GXV2 3CDVA 5L3HA 3THGA 3A46A 2BQHA 3LZ2A 3GRUA 2BWBA 2LH0A 4DV6M 5FCPA 5EXTA 2B73A 1G59A 1GBXA 1TLAA 1LZ9A 4M9SA 1IC7Y 2CHVA 4HTQA 1GVNA 3LMMA 1FLUA 1ZMVA 1FKQA 3MMPA 2HU1A 3H4MA 1IXZA 5KXPA 1N32M 3CSZA 3W68A 1LWKA 146LA 1L43A 3RFWA 1IBKM 1L90A 2G4NA 2XGNA 1G8PA 1GFTA 1CV1A 1QTZA 2DQJY 2H9KA 2LYMA 1QUSA 4H92A 2LYOA 2EO2A 1IWTA 1LYGA 4Z3MA 141LA 4HJVA 3HH5A 253LA 3F9LA 3QYBA 1VATA 1HSWA 5FTMA 1N33M 1L51A 3W6AA 1IN5A 2LVPC 5KJ9A 2Z38A 2Q2EB 1JR3A 1LMOA 3L28A 2BQFA 2FOIC 114LA 5KXXA 2B6YA 4NGWA 1GKIA 3ZVQB 2R4EA 2M60A 1DGFA 1L09A 4TX7A 4EPIA 1OUHA 1P64A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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