1D0LA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
322
structure length
314
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
total genus 112
structure length 314
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0lA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0lA02
4BADA 3BKHA 4UWVA 4WO9A 1KXWA 3HBDA 3LYMA 4I0CA 4NGLA 3TXDA 4CFPA 1GBZA 1V7TA 4OWEA 4N5RA 3P64A 4NGOA 4XADA 1FKQA 4XENA 1BB5A 1GXXA 2XBSA 3QY4A 1GFGA 5DM9A 1FKVA 4GN4A 4H91A 5KXZA 4AGAA 1XEIA 3A3RX 4B1AA 5LVJA 5FHWA 1T3PA 4YENA 3LN2A 2FBDA 1UCOA 3WPJA 1B2KA 1B5WA 1GB3A 1LJFA 1LMNA 5LVHA 1IP2A 1GXV2 4G4BA 1BWJA 2H5ZA 4LYCA 1REZA 1LHHA 2Z38A 2YSSC 4DWXA 1WQQA 2IFFY 1DZBX 1LYZA 1GE2A 1JKDA 1GB9A 3WXUA 4RDSA 4B49A 2XJWA 1GF7A 1GF4A 1SQ2L 2HUBA 1GE3A 4HSFA 1IWUA 1NKHA 3B0KA 4HPEA 5B59A 1LTMA 2G4NA 2HEEA 3A95A 4C5FA 1Z55A 5EBHA 4HJYA 1MLCE 1LMCA 2FYCA 3WU8A 1CJ7A 1CJ6A 1AKIA 1VATA 1B5YA 2Y8PA 1CKFA 1FLWA 1GFAA 4H92A 1UIHA 1JSEA 2BQBA 2CDSA 3G3AB 2Z39A 2I25L 4DC4A 1ALCA 2BQLA 4ETCA 1B5VA 2BQMA 3W6BA 2Z37A 1GEVA 2XTHA 2G4PA 4LYZA 3W6AA 1LYOA 2EKSC 3WH1A 1LZCA 1JJ1A 1GAYA 2GV0A 3LZ2A 3W3EA 4ANRA 1IWWA 3TXHA 1HMLA 3EMSA 1F6SA 1CKDA 1LZNA 1YAQA 5KXPA 1LSMA 1B7RA 1GF6A 4M6DA 1HF4A 1IOQA 2CJLA 4HJZA 3LYTA 1IP7A 1O23A 5KXXA 2HU3A 4OOTA 3ATNA 194LA 2DBTA 1DKKA 1LZDA 1VFBC 1JPOA 5IELA 1LZYA 3WVXA 4H90A 4TSCA 4NY5A 3N9AA 5HMJA 1LMTA 3WVYA 2ZYPA 1G7MC 1LJEA 2ZQ3A 4A7DA 1GFUA 3TXEA 4J1AA 3CT1A 5T3FA 3IWRA 2MEHA 1OUEA 1HELA 3B72A 4YF2A 1P2CC 2HEDA 1E8LA 1VDQA 1REMA 2BQIA 1B5XA 3WXTA 4DD3A 1GPQC 1TEWA 1LSGA 3M18B 1GFRA 1G7IC 4H9FA 3EXDA 1GFEA 3B0IA 4GCCA 5F16A 1IOTA 5KXLA 4WLYA 5LYTA 4QDNA 5C6LA 3LYZA 4DD1A 1IO5A 1IWXA 5LYZA 1LJJA 1XGUC 2YVBA 1LHKA 3A92A 5KXYA 4DDAA 5KXMA 1EQ4A 1G7LC 1YANA 2LZ2A 4WLXA 1FLUA 5KXWA 1GB8A 1B7PA 1LCNA 1OUBA 2BQGA 2BQCA 4NFVA 4O34A 1CKGA 1F0WA 4OWHA 1IY3A 1DQJC 5B1GA 4WM5A 1WQRA 1IP3A 2F4AA 2F30A 5C6IA 3WU9A 4N1EI 1HSXA 3WYHA 1QIOA 3N9CA 3CT0A 3ZEKA 4XJGA 1B5UA 1IC7Y 2YBIA 1JHLA 1QDRA 4H9AA 4H8ZA 2MEAA 1INUA 5DN4A 1GDXA 3A94A 1YKZX 1GFVA 5J7CA 2I6ZA 4NHIA 5LA8A 5LXWA 3FI7A 1GFKA 1IP4A 2W1MA 1YILA 2BQHA 4W94A 1D0LA 4LFXA 5B06A 3W6DA 2BQAA 4OOOA 4H9BA 4H1PA 1LJGA 4WO6A 1G7HC 1D6PA 1HEQA 3WUMA 4HPIA 2ZYCA 2HEBA 1HEOA 2EIZC 3CQLA 3OK0A 4IATA 4PHIA 1JTTL 5L3HA 4YEMA 5I4XA 1HMKA 5KXNA 4WG7A 3AW7A 4PRQA 4PGJB 5LA5A 3GXRA 3HFMY 3P65A 4OWBA 1HNLA 1NDGC 1LMAA 1RFPA 4J1BA 5ILCA 1NBYC 4Z3MA 2YBLA 5I54A 3MGWA 1F6RA 5APFA 3TXIA 1UC0A 4BS7A 2ZQ4A 3CSQA 4WM2A 3CB7A 1LMOA 2BQOA 2H9KA 3P68A 5F9UA 1OUFA 1YAPA 4UWNA 5B05A 5C6JA 1UBZA 1GEZA 4NSGA 1LZ5A 4P2EA 2ZNWY 1EQ5A 2W1XA 4WM3A 4CHXA 5HQ1A 1IVMA 4KXIA 4Z41A 4M4OA 4ZFPA 4B4EA 4NWHA 5KY1A 2Q0MX 2X0AA 2MEBA 5LVIA 4DD0A 4LT2A 133LA 1GFHA 1HENA 1TCYA 2CWIA 2HTXA 1HEPA 1HSWA 2MEGA 3E3DA 4WL6A 4WOAA 1JKBA 4DDBA 1IC4Y 1UICA 4H93A 5APDA 2DQDY 1DXJA 1GF0A 4B4IA 2I26L 1UIAA 1OUHA 1JEFA 1IWZA 2DKVA 2W1LA 1EL1A 1KIQC 4NSHA 4WM6A 2WARA 1GBYA 3J4GA 5FELA 2C8OA 1XGTC 1WTNA 1NQIA 1CKHA 4XJFA 1IC5Y 1JITA 1DKJA 2LYOA 5B1FA 1GFJA 3D9AC 1CJ9A 2F2NA 1LZAA 4L41A 2EPEA 2YDGA 3AGHA 1YKXX 1BVKC 1WQNA 5LVGA 1BB4A 1HERA 4KL7A 4NGYA 1F10A 2BPUA 5LAFA 3VWOA 4XJHA 1FLQA 1BB3A 4WLDA 4Z98A 5DL9A 1OUJA 4NG1A 4LYTA 4LYBA 1B7NA 3P66A 4IJ4A 3ZVQB 2N5ZA 5APCA 5F14A 1YL1X 2ZILA 1LHLA 1GB2A 1LPIA 1RCMA 2DQAA 4KPMA 4BAPA 3QE8A 1BVXA 3HBHA 1KXXA 3AB6A 4DYGA 1NBZC 3A96A 4NIJA 1AT5A 1YROA 2Z2FA 2LHMA 3LHMA 1WVVA 4HP0A 4NGWA 4PJ2C 3TMVA 1HHLA 3WUNA 2HU1A 3K3TA 1LOZA 5E4PA 1XEJA 1QDTA 3AGIA 1XFPL 1EQEA 4PRUA 1VDTA 4N9RA 2LYZA 1JKAA 5APEA 153LA 4PPOA 1FN5A 1HFYA 1WVUA 1KXYA 1IP1A 1RI8B 4NHPA 4R6CA 1CJ8A 1IP6A 1NDMC 2YBHA 3SP3A 3TXGA 4U3XB 4LT1A 1LSAA 1LSYA 1LZEA 4HJVA 1JTPL 1LSFA 3RW8A 4BAFA 5I4WA 2BLXA 1GHLA 3A6BY 4G4HA 4NGVA 2MECA 1WQMA 2DQFC 4TTDA 3TMXA 4RLMA 3RNXA 4DT3A 1GF3A 4QGZA 3J6KA 1LSEA 193LA 1SLYA 1QSAA 4LZTA 4LYOA 1XSFA 1LSCA 1D0KA 4XJIA 3D3DA 1CKCA 4H8YA 1UIDA 1IR7A 4CFOA 5I5QA 3M3UA 4H9CA 3TXFA 8LYZA 1LSPA 2H9JA 1JJ3A 3A8ZA 2DQCY 2Z2EA 4N0JA 1BB7A 2A7DA 3IJUA 5LIOA 4RLNA 4RW2A 5KXKA 1C46A 2LYMA 5IDDA 1J1PY 2EQLA 2IHLA 1IIZA 1LSBA 1C7PA 2W1YA 4WL7A 5DLAA 5KXRA 1LJIA 4IASA 2ZIJA 2BQEA 2DQGY 3N9EA 4GLVA 3CSZA 4ET8A 5HNCA 1LHMA 2ZIKA 5FDJA 3WU7A 5E9RA 1DPWA 1C08C 5A3ZA 5ILFA 1AZFA 1H6MA 2D6BA 1B7MA 2XBRA 3A3QA 2YBJA 4NHTA 1IP5A 5JENB 1QSWA 1LZTA 1BWHA 1XGQC 1TAYA 3A91A 5KKIA 1KIRC 135LA 1REYA 2HECA 1GB6A 1BWIA 1B0DA 1NMMA 4II8A 4NGZA 5HNLA 1H87A 1N4FA 1G7JC 1I1ZA 1QUSA 1JJ0A 2BQKA 1C45A 1OUIA 4GCFA 4W96A 3A6CY 2F4GA 1GFTA 3G3BB 1IEEA 1PS5A 5KXSA 1IWYA 1YL0X 1A2YC 3ULRA 132LA 4XJDA 7LYZA 1GAZA 4E3UA 1B9OA 1GD6A 3ATOA 4H9HA 4X3BA 2DQJY 1LSDA 4GCEA 1DI3A 4C3WA 5II3A 1WQOA 1GF5A 1GWDA 4MSTA 1QTKA 2D4KA 3TMWA 4DD2A 2PC2A 3A34A 4OWAA 5KXTA 5FEKA 1C10A 1LZ6A 5F9XA 1OQMA 1YIKA 1LZ1A 1LZGA 134LA 1LSZA 4ML7A 1BB6A 1GF8A 2MEDA 1WTMA 2BQJA 5D5FA 5L3IA 4N1CC 1IOSA 2D4IA 5M1YA 1J1OY 4NGJA 1JKCA 1LAAA 1LHJA 1UIBA 4YEOA 1GB5A 1LZ4A 4OW1A 1GE1A 1LJ4A 1LZ9A 2Z19A 2B5ZA 4DD9A 5B07A 6LYZA 1B7OA 5KXOA 4J7VA 4NGKA 1ZVHL 1A4VA 1HFXA 2D91A 2VB1A 4G9SA 1GBXA 2FYDA 1VEDA 1LSNA 1YAOA 3EBAB 4H9IA 4XYYA 1JISA 4NGIA 1GE0A 1HEMA 4B0DA 1GBSA 1GF9A 1DPXA 1QTEA 1GB7A 1TBYA 4TX7A 3WUAA 4ZEEA 4XN6A 3FE0A 4FDYA 3WMKA 1B5ZA 1UA6Y 4ETAA 1CNSA 5AMYA 3AJNA 4J0LA 1VAUA 1XEKA 1JUGA 1ZMYL 4NEBA 4I8SA 4Z46A 1LJNA 1GBWA 1RE2A 1FLYA 4NHQA 2BAAA 1TDYA 4WG1A 4HTQA 4ET9A 1REXA 1YQVY 1ZV5L 1NF5A 4R0FA 154LA 2LZTA 3W6EA 2ZNXY 4GN5C 4LYMA 1UIEA 3CT5A 3AYQA 3TXJA 3AZ7A 4AXTA 3RZ4A 1LYYA 4ETBA 1XGPC 5FCPA 4GLAA 5KKJA 1IR8A 1W6ZA 4LGKA 4ETEA 2MEIA 1UIGA 5L9JA 1OUDA 4QEQA 1NHEA 2ZWBA 2YBMA 1QUTA 3OJPA 4MR1A 1B7SA 5IHGA 4EMNA 3A90A 3WW6A 4TWSA 1IOCA 1PZYA 3B6LA 4HV2A 2BQFA 1GBOA 1HFZA 2DQHY 2DQIY 1FBIX 4FJRA 4RW1A 4TSBA 3W6CA 3B0OA 5FSTA 2C8PA 5DN5A 1VDSA 4CJ2A 5F81A 1D0MA 3IJVA 1C43A 2HEAA 4WM1A 4LT3A 5HLLA 2AUBA 1GDWA 2BLYA 4NSJA 3W6FA 3T6UA 3AW6A 2HEFA 3ZVQA 4DD7A 4GCDA 1QQYA 4YOPA 1D6QA 1JSFA 5D5CA 4H94A 1RJCB 3LZTA 3F6ZA 1LHIA 1LJ3A 1BGIA 1IY4A 1LJKA 5LYMA 1IWVA 1AM7A 1LZSA 1LZ8A 4D9ZA 1AT6A 2YBNA 1OUGA 2BQDA 2Z12A 3WPKA 4G4CA 5KJ9A 3QNGA 4OWCA 1LJHA 4NSIA 2Z18A 1T6VL 4ZIXA 4QY9A 4N8ZA 1GB0A 4GCBA 4HV1A 3TXBA 3WPLA 1WQPA 1LZRA 2BQNA 1FDLY 1UACY 4LFPA 3RT5X 1KIPC 1NWGA 2MEEA 3P4ZA 1BQLY 1YKYX 3A67Y 1LYSA 1BHZA 4KT3A 3A93A 1ZVYB 1W08A 4ETDA 4H8XA 4HTKA 3WULA 4H9EA 4WM4A 1IX0A 1LMPA 3WL2A 2FBBA 5LINA 1GE4A 1OUAA 4LT0A 1I20A 1VDPA 1XGRC 4YM8A 1LZBA 4NWEA 5I4YA 4UWUA 1UUZC 3TXKA 9LYZA 5LVKA 4CGEA 3KAMA 4MCKA 1B7QA 3BKVA 4WLTA 4B4JA 5A3EA 1HC0A 1OP9B 3HBEX 1J1XY 208LA 4G49A 5K7OA 3AGGG 6LYTA 4NG8A 4HTNA 3AZ4A 1YAMA 1IWTA 1OUCA 2A7FA 2G4QA 3GXKA 3WW5A 3RU5A 5HMVA 1D9UA 1UIFA 3CSRA 1JWRA 2D4JA 4XJBA 1MELL 4DDCA 1V7SA 4EOFA 1JIYA 2RSCA 207LA 3AZ5A 3LYOA 1LMQA 3EO5A 4GN3A 3TMUA 4TUNA 2CGIA 1DI5A 1I56A 2DQEY 1IR9A 3AZ6A 1LKSA 2MEFA 1HEWA 2NWDX 3T36A 1JTOL 1LKRA 5I53A 1IORA 4WMGA 1B7LA 1DI4A 5LAGA 4NHSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IN4A 2RGHA 1KXWA 3HBDA 4ITQA 1CX6A 1PGYA 4NGOA 4XADA 5LMNM 1BB5A 1GXXA 1GFGA 4B3TM 1FKVA 1L2CA 2VQEM 5IZ7D 142LA 1L99A 5LVJA 2XSZA 1SWYA 3KFUG 119LA 1B5WA 1B2KA 4K5YA 4GH9A 4EXMA 1IP2A 1N32M 2QBYA 1GXV2 4G4BA 2H5ZA 4BB9A 4LYCA 2Z38A 3EMLA 1DZBX 1JKDA 1GB9A 4W57A 4RDSA 2XJWA 3T38A 1L09A 1CV3A 1PJJA 5B59A 158LA 198LA 5F3WA 2B70A 1IN5A 2FYCA 1D2WA 1CJ7A 1CJ6A 1L33A 3A98B 1P36A 1IY2A 1GFAA 1UIHA 1H6UA 3G3AB 4DC4A 3PVSA 3WHKA 2BQMA 1GEVA 3LVWA 1LYOA 2LVAA 1LZCA 125LA 4DJHA 243LA 2LVQD 2ERCA 1CKDA 238LA 1L64A 5KXPA 1LSMA 1LYIA 4MH0E 5A2QS 1HF4A 4I8OA 1IOQA 4M6DA 3HTFA 3VK8A 4LDEA 3ATNA 2DBTA 1DKKA 2ANXA 1HJPA 1LYDA 1WTHA 4H90A 4TSCA 2UXCM 4LJ8A 1TDZA 3N9AA 4M9ZA 3WVYA 2ZYPA 1LJEA 4A7DA 4JN6A 3IWRA 2MEHA 2ZANA 2N35A 3B72A 5DNYA 1QTBA 1CTWA 1GPQC 1TEWA 1LSGA 244LA 4X64M 2D7EA 1G7IC 1GFEA 2DWZB 211LA 4WLYA 1IO5A 1IWXA 5LYZA 1LJJA 3A92A 230LA 4DDAA 1YANA 3G3XA 218LA 240LA 1GB8A 3U6QA 245LA 2CWBA 4GKJM 1C67A 2OOAA 4LFBM 4NFVA 3H4JA 3U6MA 2F5SA 1DQJC 4LJ5A 2NQ8C 171LA 1NVMA 2F30A 2F4AA 2HUKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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