1D0LA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
322
structure length
314
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 112
structure length 314
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0lA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0lA02
1IP7A 1LSFA 1LJIA 3D9AC 4J1AA 132LA 1C45A 1D6PA 5HLLA 1LZYA 1FN5A 4N5RA 1GF4A 4HTQA 1A2YC 2G4NA 2W1LA 3J4GA 1F6RA 2ZIKA 4KT3A 4R6CA 4RLMA 5KXZA 4YF2A 4LYZA 5FCPA 2A7DA 1B7LA 1LKSA 3A92A 3CSRA 4HJVA 5KXRA 3WPKA 3A34A 1LZNA 2YDGA 4J7VA 4H92A 1IOQA 1CJ6A 4HV2A 4H9EA 3N9EA 1LJEA 1BB6A 1ZMYL 2BQEA 1BB7A 1GWDA 1D0KA 1LZSA 1QQYA 4RLNA 3W3EA 3TMUA 3A8ZA 1G7JC 4H9CA 1DKKA 4TSBA 5B1GA 1G7LC 1B5YA 3CT5A 5LAGA 5FEKA 4NGIA 1HEOA 1LSEA 1GFTA 1QTKA 2ZILA 4WOAA 4ML7A 4CFOA 2I26L 4DDBA 1GF5A 2BQHA 3W6AA 1EQ4A 1WVVA 4G4CA 4NEBA 4YM8A 5I54A 1GE3A 1PZYA 4Z46A 2DQIY 2LYMA 1LSBA 2YSSC 4KXIA 2Z2FA 4NHPA 1AM7A 1CKCA 5DL9A 1LYYA 5APEA 207LA 5KKJA 5HQ1A 2G4PA 3B0OA 4DC4A 1C7PA 3ATNA 1BWIA 4B1AA 1GBOA 3AGHA 4PPOA 5E9RA 1GFGA 1TBYA 1B2KA 1HSWA 1ZVYB 5LVIA 5DLAA 1AT5A 1CJ7A 4DDCA 1LSDA 5KXTA 1QIOA 1LZ8A 1VATA 4GLVA 5LA5A 1LMAA 3LN2A 1IIZA 4N1EI 3WUMA 1LMCA 6LYTA 4BAFA 1GEVA 1GFUA 3ATOA 1RCMA 4G4BA 4GCFA 1HMLA 4P2EA 4C5FA 1LKRA 1B7NA 3A94A 4NGVA 4H1PA 4PRQA 4XJBA 4GN4A 2ZNXY 1IP4A 4YEMA 4BS7A 1JJ0A 1LZ5A 135LA 3RNXA 4YEOA 1DQJC 1GFVA 5LINA 1TDYA 2HEBA 4L41A 1HELA 5HMJA 1WTMA 1YAQA 4II8A 1LOZA 4IATA 1ZV5L 5APFA 1NBZC 1LYZA 4ANRA 1IWVA 2Q0MX 5ILFA 1UACY 2BQOA 1IWXA 1LPIA 4N8ZA 3WW6A 4CHXA 1FLQA 4M4OA 4WG1A 4LT0A 4XN6A 4WM4A 1ALCA 1IC7Y 4LFPA 4H9BA 1JTOL 1G7MC 4IASA 2F2NA 5B06A 4XJDA 3WPLA 1UIEA 1KXYA 4TWSA 1AT6A 1I20A 4OWHA 5DM9A 1WTNA 1JJ3A 3TXGA 7LYZA 1GF8A 4FJRA 1DKJA 1HEMA 2BQJA 1VFBC 3TXBA 5JENB 1VDSA 2XTHA 4DD9A 3HBDA 3F6ZA 5B07A 1LZBA 2HU3A 1VDPA 4NHTA 3HFMY 4NIJA 4LYMA 1REMA 1B7SA 1BB5A 2BQNA 1P2CC 5KXPA 1BB4A 2MEEA 1GHLA 4LYTA 3W6CA 5LXWA 2MEAA 1LZ1A 2VB1A 1B5ZA 3AW6A 1YKZX 4G4HA 1WQPA 4DD3A 4LT1A 1YKYX 5IDDA 1CKDA 1LZEA 2D6BA 4RW1A 4NGJA 1GFHA 1IWWA 1OUJA 3WPJA 4DD2A 2ZQ3A 3G3BB 1TEWA 2BQAA 4HSFA 4ZEEA 1IP2A 1GFAA 1IOTA 1VEDA 1OUDA 3OJPA 5AMYA 1LHKA 4AXTA 3CB7A 3E3DA 1V7SA 4Z98A 3TXIA 1UIBA 2BQCA 1T3PA 2Z39A 5F9XA 4E3UA 1IOSA 4H91A 3WVYA 1GF9A 5D5FA 1REXA 1XEIA 1OUEA 1UA6Y 1LMPA 5E4PA 1B7MA 1GDWA 1KXWA 3W6FA 3N9AA 2YBIA 4H9HA 5LYZA 1CJ8A 3A67Y 4XJFA 4QEQA 4XJHA 5B1FA 4ETDA 5A3ZA 1GB7A 3WU7A 4DD0A 4DWXA 4WO9A 1JKCA 2AUBA 3M18B 3K3TA 2DKVA 3AYQA 2WARA 2IHLA 4QGZA 3W6EA 1JTPL 3LYTA 4OOTA 2BQIA 3MGWA 3RT5X 1E8LA 2W1YA 2BAAA 3AGGG 2ZWBA 2Z38A 5FDJA 5M1YA 1IP1A 1RFPA 1NDGC 1QDRA 1F10A 1UIHA 3ZVQA 4N9RA 1DI4A 1Z55A 4H9IA 4DDAA 2RSCA 4EMNA 1GE2A 4AGAA 2DQCY 5F14A 1IP6A 4CJ2A 3AZ6A 3TXJA 1FLUA 1IWUA 1HERA 2XJWA 1BWHA 4H8XA 1HMKA 1LHHA 5HNCA 5KXMA 3CQLA 4DYGA 1HSXA 1OP9B 3A3RX 1JKAA 1IP3A 1LJJA 3J6KA 1LMTA 1EQ5A 1N4FA 2W1XA 1KIPC 1MELL 2LZ2A 1B7PA 1LZTA 1CKGA 4GN5C 1C46A 3WH1A 1W08A 1A4VA 1YAPA 1HHLA 1XEKA 2ZIJA 3B0KA 2GV0A 3AW7A 1YQVY 1I1ZA 2HECA 3SP3A 1XGUC 1NQIA 1GBZA 3WUNA 2BPUA 1VDQA 1C43A 4R0FA 1GDXA 1BGIA 3LYZA 3W6BA 4LYOA 4H9FA 1F0WA 4XJGA 1IC4Y 1G7HC 4NGKA 1J1XY 4NSHA 3D3DA 2G4QA 194LA 4M6DA 3T36A 5LYMA 2FBBA 1IO5A 1BWJA 2MEFA 3FE0A 4NHIA 4W96A 1IEEA 1LZ6A 1JWRA 1LHLA 3A95A 1O23A 1NHEA 1JPOA 1IWZA 2B5ZA 1IR8A 3T6UA 2MEIA 1KIQC 4UWNA 4ZIXA 2MEHA 4GCBA 5K7OA 4H90A 4OWCA 5F16A 1H6MA 2Z2EA 1XGTC 1B0DA 2FBDA 3IJVA 4HP0A 1UIGA 1CNSA 1LMOA 3TMVA 3WL2A 5LVGA 1B9OA 1YAOA 2CDSA 1RE2A 1YL0X 3HBEX 4UWUA 4ZFPA 6LYZA 5KXWA 1HNLA 4NWEA 1GAZA 3LZTA 2EQLA 1JJ1A 4XENA 1DI3A 5APDA 3WW5A 4B49A 4WMGA 1XGQC 1YKXX 1LJ3A 5KXXA 4WLDA 3CT0A 1XGPC 2DQGY 2YBNA 1GEZA 1OUIA 1B5XA 3QE8A 3BKHA 1J1PY 1JHLA 1GBYA 2BQMA 4NG1A 5FHWA 4MSTA 2LYZA 2CJLA 3B6LA 1IR7A 1LZAA 4N0JA 5IELA 2BQDA 1LHMA 2HU1A 5KXKA 1FDLY 4H8YA 2D4IA 4RW2A 5B05A 1AZFA 1JKBA 1GAYA 3A93A 3GXRA 5KXOA 1NKHA 1EQEA 1LMQA 2ZQ4A 5C6JA 1LZDA 9LYZA 4WLTA 1JISA 1LZ4A 1XFPL 4WM6A 1KIRC 5LAFA 1HC0A 1YAMA 2XBSA 4YENA 4Z3MA 1FLYA 3P65A 4KPMA 4ETAA 5LA8A 2CWIA 2D91A 4LYBA 1BQLY 1D0MA 2BQBA 4LGKA 1LSCA 4I0CA 1GB2A 2H5ZA 1JTTL 1UIFA 2X0AA 4XYYA 1IY3A 1UBZA 2I6ZA 2A7FA 1RI8B 3ZVQB 1IC5Y 4OW1A 3RW8A 1LZGA 2BQLA 4I8SA 5LVKA 1NBYC 2MEDA 1QUTA 1HENA 2Z19A 3EO5A 4WM3A 4ETBA 3ZEKA 1NDMC 4WM2A 1LSZA 4NFVA 2DBTA 3A96A 3TXKA 1GB8A 2I25L 5LIOA 3WULA 1LSGA 4BADA 5I5QA 1WQNA 4WG7A 1LZRA 3RU5A 1F6SA 5HNLA 1BB3A 1GBXA 1TAYA 2DQAA 4GLAA 5KXYA 1I56A 1DXJA 3AZ7A 3LZ2A 1LSPA 4GCDA 2F4GA 1W6ZA 1WQQA 2IFFY 2MECA 2N5ZA 5I4XA 1YIKA 3WVXA 1LJHA 5KJ9A 2H9KA 3ULRA 2MEGA 2DQDY 4TTDA 3QNGA 4MR1A 5L9JA 1GD6A 4W94A 3IWRA 4TUNA 2EKSC 1JIYA 3AZ5A 3P66A 1LHJA 2MEBA 1LTMA 2Z18A 4NGLA 4HJZA 4GCEA 4NY5A 4TSCA 4WLYA 1B5WA 3TXEA 4NG8A 1IX0A 5L3HA 4ET9A 2F4AA 2ZYCA 4O34A 4HTNA 1UUZC 2YBJA 5L3IA 1JUGA 4NWHA 1LYOA 3N9CA 1HFXA 1QSWA 4G9SA 4B4JA 1B7QA 1IORA 1OUBA 1D0LA 2DQEY 4HJYA 5LYTA 3AB6A 4NSIA 1HEQA 2PC2A 1QSAA 1REYA 2DQJY 3G3AB 4DT3A 2EIZC 5A3EA 2Y8PA 1UIAA 4WO6A 1LCNA 1V7TA 1REZA 4GCCA 3LYMA 1CKHA 4ET8A 1B5VA 4A7DA 193LA 4MCKA 1LSMA 5KKIA 5IHGA 1GF6A 2XBRA 4G49A 4NSJA 4XJIA 4NGZA 1NMMA 2DQFC 3A6BY 5F81A 1GFKA 1B7OA 1WQMA 3P64A 1LSNA 4HPIA 1CKFA 5FELA 4NGYA 3TMXA 4NHSA 3A6CY 4WLXA 3B72A 4ETEA 4LYCA 1GXV2 5LVJA 4OWBA 1IWTA 1WQOA 4J0LA 1HEWA 4J1BA 1OUHA 2FYCA 3WYHA 3EMSA 3VWOA 1B7RA 1JSEA 1B5UA 1LHIA 5ILCA 4B0DA 2D4JA 2ZNWY 4OWEA 3WUAA 2ZYPA 3KAMA 1G7IC 1BVXA 4U3XB 4FDYA 5APCA 1LAAA 2W1MA 5B59A 2Z37A 1LZCA 3TMWA 1FKQA 5J7CA 2BLXA 1DPWA 4WM1A 1NF5A 2C8OA 3RZ4A 1LZ9A 4GN3A 1OUGA 5I4WA 2LZTA 1FLWA 1UIDA 2HEAA 3OK0A 1ZVHL 1SQ2L 4XADA 3WU8A 3A90A 4YOPA 1YL1X 2YBLA 1AKIA 1GB9A 1QUSA 1VAUA 4PHIA 2BQGA 1GF0A 2NWDX 1GB6A 1GB0A 1JSFA 1C10A 1OUAA 4H8ZA 4N1CC 5I53A 1JKDA 3WXTA 1DI5A 4BAPA 1JITA 1LMNA 1HFYA 5I4YA 1UICA 1HF4A 2HUBA 4CFPA 1GFEA 1QDTA 4OWAA 3LYOA 4HPEA 4DD7A 1DPXA 1RJCB 3B0IA 2HEEA 1IVMA 1YILA 1PS5A 1GF7A 1OUFA 1WQRA 4B4IA 4EOFA 1GXXA 1HEPA 4B4EA 4OOOA 153LA 1UC0A 1IOCA 1YANA 3M3UA 3GXKA 2YVBA 4DD1A 4WL7A 2LYOA 4LZTA 1GF3A 1GFRA 2CGIA 5D5CA 3EXDA 1LJ4A 1INUA 2Z12A 3IJUA 3W6DA 2BQKA 3AGIA 1LJKA 5II3A 1EL1A 1TCYA 4QDNA 1XSFA 133LA 4LT2A 2FYDA 4TX7A 1XEJA 1H87A 5KXNA 5T3FA 1IY4A 3QY4A 2DQHY 4NGOA 1J1OY 3P4ZA 4RDSA 4D9ZA 4UWVA 5DN5A 1GB5A 1GPQC 2HEDA 3CT1A 4NSGA 4WL6A 5EBHA 5F9UA 2C8PA 1GE1A 3WU9A 5C6LA 134LA 3WMKA 1OQMA 2YBMA 1GB3A 4PGJB 4LFXA 1GFJA 2BQFA 2BLYA 1FBIX 4HV1A 4H9AA 1CJ9A 4PRUA 1D6QA 3HBHA 3AJNA 5C6IA 4WM5A 154LA 1LSAA 4H94A 3BKVA 2YBHA 3TXHA 1FKVA 3LHMA 1VDTA 1OUCA 4ETCA 3FI7A 4KL7A 4Z41A 1UCOA 3EBAB 5KY1A 4LT3A 1LSYA 3AZ4A 3CSZA 4QY9A 1D9UA 2D4KA 2HEFA 4PJ2C 3A91A 1KXXA 1LJGA 4IJ4A 1GE4A 1LJFA 3TXDA 1SLYA 1QTEA 2LHMA 4NHQA 4X3BA 5HMVA 1DZBX 5FSTA 1YROA 2HTXA 4NGWA 1LYSA 1MLCE 5KXLA 5LVHA 1GBWA 1IR9A 4C3WA 3WXUA 208LA 1JEFA 1BHZA 5KXSA 1T6VL 4H93A 2F30A 3P68A 4CGEA 1C08C 1LJNA 1GE0A 3A3QA 1WVUA 1BVKC 3TXFA 1IWYA 4HTKA 8LYZA 1XGRC 1NWGA 1GBSA 3CSQA 5DN4A 2H9JA 1HFZA 2EPEA 1IP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U61A 130LA 158LA 1LSFA 2ZAMA 2XFSA 132LA 4J1AA 5HLLA 2A5YB 4N5RA 210LA 3K2LA 2G4NA 1C68A 2W1LA 3J4GA 1F6RA 240LA 3U6EA 1EE8A 4HJVA 1QQWA 1CV6A 1XMOM 1G8PA 2K9DA 3TE6A 1R5LA 3JAMS 127LA 1LZNA 5EXTA 3A34A 1L54A 2YDGA 3A46A 1IOQA 1CJ6A 4NXMM 4DBGB 3HT9A 4HV2A 1VDLA 1QTBA 1IXSA 1ZMYL 2RRUA 1GWDA 1PJSA 2B70A 1LZSA 4LDLA 1QQYA 4W57A 247LA 4H9CA 1DKKA 1G7LC 212LA 1QTKA 2ZILA 4CFOA 1QT7A 4DDBA 2XSZA 1IY2A 3KOWE 1GF5A 3W6AA 1WVVA 157LA 4G4CA 3GPUA 3HZJA 2L4EA 5I54A 1NO1A 3D4SA 4I5SA 2DHRA 1KW7A 1L19A 1LYDA 3UMMA 3B0OA 3T1YM 4ITQA 1OTRA 3VFDA 3G3XA 1LI6A 4ARQB 4LZZA 4W53A 1CJ7A 4IBGA 5KXTA 1LSDA 1SG9A 4GLVA 1LMAA 3WUMA 6LYTA 2LVNC 3GO8A 2JNHA 171LA 1LYGA 3A94A 1B7NA 250LA 2LHCA 4BS7A 1SXJD 1LZ5A 3RNXA 4YEOA 1DQJC 5LINA 3F92A 2HEBA 1WTMA 3FA0A 4IATA 1ZV5L 3DKEX 3KS8A 4IBIA 2F5PA 2VDBB 4ANRA 4X65M 1IWVA 1LGUA 3QYEA 3HTDA 1WHCA 3HH5A 1IWXA 4M4OA 4CHXA 4W56A 4XN6A 3DA1A 4WM4A 1ALCA 4OVZB 3RE8A 1L81A 216LA 1QTHA 5EXXA 1FNNA 2EKFA 4H9BA 4IAPA 3WPLA 4XJDA 1SWZA 4I4LA 1KXYA 4RF1A 4CGYB 7LYZA 1JJ3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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