1D0LA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
322
structure length
314
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 112
structure length 314
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0lA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0lA02
3QE8A 1GBXA 1D0KA 1LSAA 1HEQA 3AB6A 1CKCA 3ATNA 4OWEA 5II3A 4ZFPA 2DQCY 1GE3A 3W3EA 4M6DA 1LSYA 1LZ4A 1P2CC 1XGPC 3AW6A 4WMGA 2DQHY 1LSPA 3TXEA 1DPXA 1JSEA 3WUNA 4XJIA 1DXJA 2EKSC 1XGTC 2BQBA 3N9EA 3TMVA 4Z98A 3F6ZA 2YBLA 9LYZA 1AKIA 1UIFA 1BVKC 4OWCA 4TSCA 1JJ1A 3AW7A 3M3UA 1DZBX 1LMCA 1YROA 4LZTA 1BQLY 2BQLA 1VEDA 1I20A 4NY5A 5HLLA 4ET9A 5F9XA 1BHZA 1QQYA 5KXZA 3WH1A 4DD2A 3WUAA 4H90A 1IP4A 1D0LA 3CT5A 1LJFA 1WQPA 1GBWA 1YAPA 1HFZA 1HC0A 1G7JC 1LSZA 1DKJA 1IEEA 2XTHA 1UBZA 1LSEA 4OWAA 1CJ8A 1GFHA 3MGWA 1WQRA 7LYZA 4W94A 1D0MA 4NGKA 5HMJA 1QUSA 2CJLA 3WULA 1LAAA 1KIQC 1LMTA 4C3WA 2YBJA 1KXYA 4MSTA 5APCA 1JITA 5A3ZA 3A3RX 4A7DA 5D5CA 4NG1A 1NF5A 3EMSA 4NSGA 1B5UA 1GD6A 2W1LA 3SP3A 4E3UA 4OWBA 2A7FA 4IJ4A 1LMPA 5LVJA 4DD3A 5E9RA 1N4FA 1IOQA 4GCCA 4YF2A 1WVUA 4GCDA 1ZV5L 1HERA 2HEBA 2YVBA 5I53A 2Z18A 3EBAB 1CKFA 1LHLA 1HELA 1IP3A 1XGRC 3QNGA 3D3DA 1KXXA 4X3BA 4N8ZA 4H8ZA 1GEVA 1WQMA 1IWUA 5FCPA 1VDTA 4WL6A 1GWDA 3ATOA 4G9SA 4GN5C 2XBSA 1G7LC 1XSFA 2BLYA 4HP0A 4H8YA 4OOOA 5K7OA 4DDCA 1JPOA 2F30A 1J1XY 2FYDA 1JTPL 2H9KA 3B0OA 5LVGA 1AT5A 3HFMY 1E8LA 2DQFC 5HNCA 1BB4A 1GFGA 3LHMA 3TXJA 3LZ2A 4B4EA 4B4IA 1GFKA 5LYZA 4Z41A 1GE4A 4PRUA 2B5ZA 1B0DA 2BQGA 1LSBA 5KY1A 1DPWA 1GB0A 4H9FA 1D9UA 4WM3A 5KKJA 4L41A 1GE0A 2W1XA 2YBMA 4NHQA 4P2EA 4DT3A 5KKIA 2HEFA 4NHSA 1LSNA 1LSGA 4LGKA 1B7QA 1UUZC 1UIEA 4QGZA 3CSZA 5LIOA 2BPUA 3G3BB 5B06A 1DQJC 2G4NA 1BVXA 1QUTA 3B6LA 5FELA 2MEBA 1QTEA 1VATA 1OUBA 5KXRA 3W6BA 1LHHA 1IY3A 1DI4A 4H9AA 5DL9A 3N9AA 1LJ4A 1UC0A 3CQLA 4KT3A 1LJKA 2LHMA 1C10A 1FDLY 4J1BA 3J6KA 1LZ6A 4DDBA 1UIBA 1GXV2 3WU8A 5DM9A 5LA8A 1OUFA 2YBIA 4DD9A 1B7NA 5J7CA 2BLXA 4EOFA 1AM7A 1QIOA 5APFA 4QY9A 1B7MA 1GAYA 4LFXA 1LJ3A 4H92A 1OUJA 1FKQA 2BAAA 3A67Y 3WPLA 5ILFA 5F14A 2MEIA 3AZ5A 4DD0A 1GDWA 4ETEA 4CJ2A 3FE0A 3A3QA 5C6IA 1NDGC 2XBRA 4NGWA 1ZMYL 4GCEA 4NGJA 1FN5A 1REYA 1VDQA 1YIKA 2HEAA 2ZNWY 207LA 1G7IC 1GFJA 2ZYCA 4Z3MA 5LA5A 1MLCE 1YAQA 4WL7A 2MEHA 1QSWA 5FHWA 3WPJA 5KXKA 1GB8A 1GE1A 1HEWA 4XJGA 1UIDA 1GF9A 4NGIA 4TWSA 1OUGA 2BQHA 1B5XA 2Q0MX 1LSDA 3D9AC 3GXRA 3IJVA 4NGVA 1BB3A 3A95A 3LYTA 3AGIA 4LYBA 1YAOA 3W6EA 5LYTA 1B7PA 2F4GA 1JTOL 2LYMA 4NWHA 1LHIA 4N1CC 1IWXA 208LA 5L3IA 4RDSA 3RZ4A 1BWHA 1QTKA 1F6SA 5D5FA 4W96A 4BAFA 1QDTA 3P66A 1TCYA 4HPIA 1O23A 4J7VA 1HFYA 2BQJA 1V7TA 3EO5A 4KL7A 2Z39A 5LYMA 2D4JA 2EPEA 4H9HA 3WUMA 1WTMA 3LZTA 3ZVQB 1BWJA 1OUEA 4C5FA 2HU1A 5KXMA 3ULRA 5IELA 1HMLA 1ZVYB 5ILCA 4NGZA 1OQMA 5C6LA 3KAMA 4H9CA 1IIZA 1HNLA 1IR7A 3WW5A 4D9ZA 2YSSC 3E3DA 1GB9A 4PRQA 2LZTA 1VAUA 4WG1A 3TXKA 1LZ8A 4DWXA 2FYCA 3LYOA 1BB6A 4CHXA 4CFPA 5LVKA 1WQQA 3RU5A 1XEJA 3WU7A 1LSCA 4LFPA 4WOAA 2MEEA 1UIAA 2RSCA 1HF4A 1LZ9A 5I5QA 1GAZA 1A2YC 1BB7A 1C7PA 1J1PY 1HEMA 1W08A 1XFPL 4CGEA 2C8OA 4RLNA 3LN2A 1NHEA 3TMUA 3WPKA 2LYZA 5I4YA 1J1OY 1CNSA 4GCBA 2ZQ4A 1NDMC 5DN4A 1EQEA 1YANA 1F0WA 2G4QA 1GBOA 3W6FA 1JISA 3P65A 4HTQA 4M4OA 1FLYA 1B5YA 3TXGA 4ZIXA 1EL1A 4R6CA 3TXDA 5I4WA 2HUBA 3AJNA 2DQGY 2ZNXY 5EBHA 4LYMA 4NEBA 4B1AA 2A7DA 1GFUA 5FEKA 1GF0A 2WARA 5F16A 3LYMA 1REZA 2MEFA 4II8A 1EQ4A 5KXWA 1LMNA 2YDGA 1UICA 1YAMA 2DBTA 1HHLA 1UA6Y 2FBBA 1VDPA 4ETBA 1OUIA 3P68A 3RW8A 1IP1A 3T36A 1OUDA 4NHTA 1Z55A 4HTKA 4U3XB 4WLDA 1DI5A 1LKRA 1HEOA 2H9JA 1JKAA 4DD1A 1LSFA 1ALCA 2MEDA 1HMKA 1GFVA 1LZCA 1NWGA 1XGUC 1JKDA 2CDSA 1UIGA 2DQJY 2HEEA 4GLAA 1LZBA 4HPEA 4J1AA 4WM2A 1RI8B 4AXTA 1B7RA 3A90A 3AGHA 1JWRA 4G4HA 1A4VA 5L3HA 1GFTA 4J0LA 4DD7A 1GFRA 1JJ3A 3AZ6A 2Z2EA 4GN4A 1LHMA 1LZTA 2D6BA 4BS7A 1FBIX 1LJNA 5KXSA 4NGLA 1QDRA 4YENA 4AGAA 4LYOA 1W6ZA 1YKZX 3IJUA 1C45A 3A8ZA 4XJHA 3WXUA 1GBSA 1B2KA 134LA 1YL1X 2MECA 5F81A 1JTTL 1OUCA 4XJDA 4CFOA 3HBDA 5B07A 4DYGA 3TXFA 5B59A 2G4PA 4WO6A 1CKDA 3TXHA 2MEAA 1BGIA 3FI7A 1HENA 2GV0A 4G4BA 4NHPA 1IP7A 1GPQC 1LYZA 5LVHA 1KIPC 3ZEKA 1FLWA 3A6CY 2MEGA 1ZVHL 1UACY 4B49A 2BQNA 4HJVA 5HQ1A 4UWUA 5I4XA 194LA 3T6UA 4O34A 8LYZA 2DQAA 1BWIA 1IWYA 4RW1A 1HFXA 1LZSA 2BQIA 3CT1A 4LT1A 4ET8A 1GF8A 1D6QA 2ZIJA 1LYSA 5I54A 1IP6A 4R0FA 1JSFA 1F10A 4FDYA 5LXWA 1LHJA 2BQAA 1YILA 2XJWA 3BKHA 5IHGA 2CWIA 3B0IA 3J4GA 4WO9A 3AGGG 1UIHA 2C8PA 3BKVA 1LPIA 5LAFA 4XADA 4H9IA 3B72A 2BQCA 5F9UA 1IO5A 1T6VL 2ZIKA 4Z46A 1GHLA 5T3FA 1LYYA 4PJ2C 1QSAA 4GCFA 3HBHA 1WVVA 1LMQA 2BQKA 1B5VA 2HEDA 4GN3A 4NHIA 6LYZA 2Z37A 1F6RA 1G7MC 1NBZC 2F2NA 2HTXA 4N9RA 4QEQA 4XENA 133LA 5LINA 5M1YA 4WG7A 1GF7A 1SLYA 2I6ZA 1OUHA 1IP2A 1REXA 4HJYA 4IASA 4WLXA 3TMWA 3K3TA 5LVIA 3P64A 4NG8A 1IWZA 1DI3A 1LZAA 4KPMA 1IC5Y 2EIZC 4WM4A 2F4AA 2LZ2A 3QY4A 1IC7Y 1YKXX 1OUAA 5KXPA 1IORA 2X0AA 1TDYA 1TAYA 1VDSA 2D4KA 1LOZA 1MELL 4NGOA 1WTNA 2H5ZA 3CB7A 1LTMA 1C43A 4WM6A 1YQVY 1LZDA 1GDXA 4G49A 2YBNA 1GF5A 1HEPA 2ZILA 4N1EI 4RLMA 1D6PA 1CKHA 5FDJA 5C6JA 4N5RA 1GF6A 3CT0A 1HSWA 4IATA 3WL2A 2NWDX 2VB1A 4XN6A 1REMA 4BAPA 2CGIA 4GLVA 5KXLA 1H6MA 1GBZA 1UCOA 1B7OA 1NBYC 4YEOA 4H93A 3AZ7A 4HTNA 5KXNA 2D4IA 1GB6A 2HECA 4NIJA 4PGJB 1G7HC 1IWTA 3GXKA 5KXXA 5L9JA 1PS5A 2DQIY 2W1MA 2D91A 2Y8PA 1BB5A 1JEFA 1GB5A 1I56A 5A3EA 3WYHA 4PPOA 3AZ4A 2IFFY 3WMKA 1GFEA 1H87A 2Z19A 2Z2FA 4KXIA 3WW6A 4ZEEA 4NSHA 2ZQ3A 1LZNA 4NGYA 1IC4Y 4ETCA 1IR9A 1KIRC 1TBYA 1IOTA 1V7SA 3A92A 4UWNA 4YOPA 1AZFA 2Z38A 4QDNA 5APDA 153LA 132LA 2ZYPA 2EQLA 5B1GA 4H91A 1GF4A 3OJPA 3P4ZA 5AMYA 1LZRA 1LMOA 1IWWA 1CKGA 1IP5A 1XEKA 1CJ7A 5IDDA 1GF3A 1LZGA 2ZWBA 4NFVA 1FKVA 4TX7A 1JHLA 4NWEA 3RNXA 3ZVQA 1IX0A 1NMMA 1LCNA 1OP9B 4UWVA 1C46A 1NKHA 1VFBC 2N5ZA 3A6BY 1RJCB 3N9CA 4H9EA 4I0CA 4TUNA 4EMNA 5LAGA 1LJJA 4DDAA 1JKCA 1CJ6A 3A34A 4OOTA 3RT5X 2HU3A 2DKVA 4LYTA 1AT6A 1GBYA 4B0DA 3LYZA 2DQDY 5KXOA 2I25L 4I8SA 1LZ5A 3HBEX 4BADA 4ETDA 1WQOA 2BQEA 1FLQA 1LJGA 3B0KA 4G4CA 4MR1A 5KJ9A 4OWHA 5B1FA 3CSRA 4OW1A 1LHKA 1DKKA 4MCKA 3W6DA 4WM1A 3W6AA 4H94A 4B4JA 1GB2A 3M18B 2FBDA 4WLTA 3A91A 1JJ0A 1JKBA 1SQ2L 4FJRA 135LA 1C08C 3G3AB 4NSJA 1GB3A 1LZ1A 4XJFA 4YM8A 3TXBA 3A93A 4LT0A 1IOCA 1GE2A 5JENB 4ANRA 1LZEA 1JUGA 2BQMA 4HJZA 4TSBA 4RW2A 1HSXA 1EQ5A 4H8XA 3VWOA 4XJBA 1LYOA 4XYYA 4ML7A 2DQEY 3CSQA 5KXTA 5E4PA 2YBHA 2IHLA 1IVMA 4NSIA 1WQNA 3TMXA 1JIYA 1TEWA 1T3PA 3WVXA 4LT3A 1IOSA 1B7SA 3WU9A 2BQOA 1LJIA 1LSMA 1GEZA 5APEA 1B7LA 2LYOA 3TXIA 1LJEA 4HV2A 4HSFA 4WM5A 1YL0X 1B5ZA 5DLAA 3EXDA 1INUA 4LYZA 193LA 2BQFA 5DN5A 1I1ZA 3IWRA 4PHIA 1IR8A 3OK0A 4HV1A 4LT2A 5FSTA 1XGQC 2Z12A 5HMVA 1KXWA 1IY4A 2PC2A 1B9OA 1YKYX 4TTDA 3W6CA 5B05A 1LKSA 3A96A 4DC4A 2W1YA 2AUBA 1B5WA 3WXTA 1IWVA 1PZYA 1NQIA 1GFAA 1RE2A 6LYTA 5HNLA 1LJHA 1CJ9A 1GB7A 1FLUA 1XEIA 4N0JA 3WVYA 4H9BA 1RFPA 1GXXA 4ETAA 5KXYA 154LA 1LMAA 4WLYA 1LZYA 4LYCA 3A94A 3AYQA 2I26L 4H1PA 2BQDA 4YEMA 1RCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QE8A 4KODA 1LSAA 1CKCA 1KNIA 3HT7A 4G4RA 3A46A 239LA 4ZFPA 4GEWA 1KW7A 3ZQJA 2CUZA 1OV5A 1LSPA 1CUKA 3C3EA 5FTLA 1IXRC 1XGTC 1NJGA 2QCUA 5H37D 2BQBA 3F6ZA 3HTGA 1PQKA 2OU0X 247LA 3HHYA 3HJQA 3GRUA 1L38A 3AW7A 3L64A 4I7LA 2XFTA 4EKSA 1ZMWA 1I20A 4ET9A 5KXZA 3WH1A 4NSOB 4OO9A 4H90A 3T1YM 3ILKA 1GBWA 1OKSA 249LA 1G7JC 1LSZA 3FA0A 2XGNA 2CV0A 3H4JA 1LSEA 1CV6A 3MGWA 2CHGA 149LA 1QUSA 3WULA 4C3WA 1JR3A 2YBJA 5A3ZA 3A42A 5D5CA 4NSGA 1T8AA 1B5UA 1J09A 4GHLA 4E3UA 4FCTA 1V33A 5BPVA 5LVJA 2X8AA 2RRUA 1HERA 4L78A 2YVBA 4IBKA 1IP3A 1L65A 1L37A 3W0LB 1L98A 3Q8XA 243LA 3ATOA 4DV6M 1G7LC 4OOOA 4DDCA 4I7QA 2H9KA 3B0OA 4ARLA 3HFMY 3GPYA 234LA 2KDLA 3C58A 2DQFC 2F47A 5HNCA 4MM3B 1OAIA 4B4IA 5LYZA 1GE4A 4PRUA 1L73A 4Z8XA 3EIHA 2KW0A 1Z5AA 1GB0A 1K3XA 1D9UA 2LVNC 3HHXA 5KPRA 3DN2A 1TTEA 156LA 4DT3A 1SXJD 237LA 2HEFA 1LSNA 4W55A 1LSGA 1IN7A 1UUZC 214LA 4I81A 3TWMA 4W51A 2BPUA 3G3BB 1DQJC 3B6LA 4AW4A 5KXRA 144LA 1DI4A 2B6WA 2W82A 5LMNM 5DL9A 1LLHA 1LJ4A 3IG8A 1YSYA 1WIVA 1L49A 4NC6A 2YBIA 2BWEA 1L13A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3QE8 A;  1LSA A;  1CKC A;  1KNI A;  3HT7 A;  239L A;  4ZFP A;  1KW7 A;  1OV5 A;  1LSP A;  1XGT C;  2BQB A;  3F6Z A;  3HTG A;  1PQK A;  2OU0 X;  247L A;  1L38 A;  3AW7 A;  3L64 A;  4I7L A;  4EKS A;  1I20 A;  4ET9 A;  5KXZ A;  3WH1 A;  4OO9 A;  4H90 A;  1GBW A;  249L A;  1G7J C;  1LSZ A;  3FA0 A;  1LSE A;  1CV6 A;  3MGW A;  149L A;  1QUS A;  3WUL A;  4C3W A;  2YBJ A;  5A3Z A;  5D5C A;  4NSG A;  1T8A A;  1B5U A;  4E3U A;  5LVJ A;  1HER A;  2YVB A;  1IP3 A;  1L65 A;  1L37 A;  1L98 A;  243L A;  3ATO A;  1G7L C;  4OOO A;  4DDC A;  4I7Q A;  2H9K A;  3B0O A;  4ARL A;  3HFM Y;  234L A;  2DQF C;  2F47 A;  5HNC A;  4B4I A;  5LYZ A;  1GE4 A;  4PRU A;  1L73 A;  1GB0 A;  1D9U A;  3DN2 A;  156L A;  4DT3 A;  237L A;  2HEF A;  1LSN A;  4W55 A;  1LSG A;  1UUZ C;  214L A;  4W51 A;  2BPU A;  3G3B B;  1DQJ C;  3B6L A;  5KXR A;  144L A;  1DI4 A;  2B6W A;  5DL9 A;  1LLH A;  1LJ4 A;  1L49 A;  2YBI A;  1L13 A;  1G06 A;  1QIO A;  1OUJ A;  2BAA A;  3WPL A;  1CTW A;  1GDW A;  1G07 A;  1CV0 A;  230L A;  1DYD A;  2LCB A; 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