1D0MA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a and (glcnac)2
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 110
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0mA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0mA02
2FBBA 2DQDY 5B07A 1JSFA 1KXXA 1KIQC 1UIHA 2H9KA 1JWRA 4D9ZA 1I20A 1XGPC 4NHIA 4A7DA 5I4WA 1C46A 1OUJA 3A91A 5I53A 1LSFA 1IC4Y 5HNLA 1NQIA 1EL1A 3RNXA 4PHIA 2BLXA 5FELA 2DQAA 1KXWA 4EMNA 4AGAA 1GPQC 1HEMA 5ILFA 2Y8PA 4DDBA 1F6RA 1B5YA 3TMWA 132LA 2YBLA 2F4AA 1GFAA 1LJKA 5LYMA 2BQBA 4AXTA 1B7QA 1CJ6A 4HJVA 4PRQA 5K7OA 3B6LA 1I1ZA 4XN6A 1GF7A 2BQDA 3TMVA 1DPWA 1LSCA 1IP5A 2WARA 1F0WA 3A90A 3B72A 4NEBA 4NSGA 1GFVA 1WTMA 3TXBA 4C3WA 5KKJA 3AW7A 1INUA 2HU3A 4WG7A 1TDYA 5C6LA 4G9SA 1G7JC 1KXYA 2BQMA 1LZ9A 3CT5A 3D3DA 4BAPA 1P2CC 2CJLA 1CKGA 3HFMY 1CJ9A 2BQHA 1PS5A 1EQ5A 1FDLY 1LZDA 1O23A 2BLYA 3MGWA 5DN5A 4DD7A 3QNGA 5KXSA 1IP6A 1AT5A 1WQMA 1YKYX 1YQVY 4XJIA 3FI7A 1GWDA 1LZEA 4ETAA 3ZVQA 4WG1A 4ETDA 1LKSA 1BB4A 1UCOA 1OUEA 3J6KA 4HTNA 1LSGA 3LZTA 133LA 5J7CA 3RU5A 4LYTA 2Z2FA 1LJHA 1UIFA 1BB7A 2HU1A 1JPOA 5LIOA 1T3PA 2D4IA 4RW1A 1GFEA 4DT3A 1DZBX 3WU9A 1IR7A 4NGZA 1IWUA 1GFJA 4OWAA 1BB5A 1JKBA 1LPIA 4WM3A 5F81A 3BKVA 5EBHA 4M4OA 1UUZC 1CKCA 1IR9A 3N9CA 4LT3A 4NWHA 2BQJA 4NFVA 1AT6A 2XBSA 5IDDA 4IATA 2I6ZA 1JTOL 1I56A 1RCMA 3OJPA 1LKRA 1XGQC 1YL1X 2Z18A 1DXJA 2BQLA 3A34A 1DI5A 6LYTA 2H9JA 2LZTA 3CSQA 3W6FA 1Z55A 2H5ZA 1IIZA 4ML7A 1FLYA 4TX7A 1B7MA 5F14A 4HP0A 1IC5Y 2FYCA 2DQJY 5IHGA 5LA8A 4N5RA 4NGOA 1JTPL 1IWTA 1OP9B 2ZNXY 4H92A 1LSMA 4CJ2A 2DKVA 1UIBA 1KIRC 1AZFA 5KJ9A 2MEGA 3IJUA 2ZQ4A 4LYMA 5HQ1A 3GXKA 1G7HC 4CHXA 1IVMA 2BAAA 2HTXA 4N1EI 3TXFA 1FLUA 4HSFA 4H9EA 4YEOA 4W94A 2HEDA 4XJFA 3T36A 1HEPA 1CKDA 1LZYA 4YENA 4J1AA 4ETCA 1ZVHL 2ZNWY 1UIDA 2YBMA 4XENA 5T3FA 4MCKA 1UBZA 2BQFA 4ZFPA 4H8XA 4MSTA 1QDRA 4PGJB 1E8LA 4H9IA 1LJGA 1QUTA 2X0AA 4UWNA 2YBIA 9LYZA 5F9XA 5LAGA 5M1YA 2YBJA 2DBTA 1GF3A 4NHSA 2EKSC 1B2KA 1XSFA 3ATOA 4YF2A 1C7PA 1EQ4A 2D4JA 3TXJA 1GB7A 1LMPA 1OUFA 3P68A 1YAOA 2EQLA 1IORA 1HELA 1XEKA 4XJDA 4WL7A 1VDTA 1LHJA 1OUBA 1LMQA 1D9UA 1YILA 1GDWA 5LINA 4WM2A 2YDGA 3WUAA 4HV2A 4XJHA 1CKFA 1XGTC 3HBHA 1IC7Y 1WTNA 4LGKA 1V7SA 3CSRA 3W6BA 1IWVA 1A4VA 1N4FA 1OUIA 4NHQA 5L9JA 3TXDA 4TTDA 1GFTA 4OOTA 6LYZA 1HC0A 1GFKA 2CGIA 1BB6A 3EMSA 3WVYA 3WXTA 5APFA 3EO5A 3W3EA 1RI8B 2XBRA 2DQFC 5AMYA 4DDAA 1F6SA 5I54A 1JJ1A 4EOFA 135LA 1LSBA 2DQGY 4OWHA 4CFPA 4ZIXA 2ZWBA 1BWJA 4WM5A 1QIOA 1LHHA 1B7NA 2LYMA 1AM7A 1IWZA 1GDXA 3G3AB 4HPEA 5LVKA 5IELA 1B7LA 1GB3A 3A94A 2N5ZA 1BB3A 2BQGA 4GN5C 3CQLA 1QTKA 3AGHA 1NF5A 1YKXX 5L3HA 1UIEA 2F2NA 1GFHA 1YAPA 5E9RA 4H9AA 4RW2A 5KXWA 1IWXA 3AZ7A 4PPOA 3T6UA 4GN4A 3LYZA 2ZQ3A 4OW1A 5F9UA 3WMKA 4H8YA 1VFBC 1C10A 2Z38A 4HPIA 1LJIA 4ETBA 5FEKA 3TXGA 5ILCA 4YEMA 2Z37A 1JKCA 1IOSA 4B49A 1AKIA 3ZVQB 2LHMA 2AUBA 2IHLA 4QEQA 5HMJA 3A8ZA 1B5WA 2ZYCA 4GCDA 3AZ5A 1UIGA 3W6DA 4TSCA 4J1BA 4TUNA 1IY3A 5KXOA 1B7OA 5B59A 3LZ2A 1LSYA 1BVXA 3A92A 1LJFA 1YROA 1LMTA 3EXDA 5KXKA 1HF4A 4KPMA 4FJRA 4X3BA 5E4PA 5DM9A 2MEIA 1REMA 3CSZA 2G4PA 5KXNA 1T6VL 3TMXA 1JKAA 3AZ6A 1FN5A 5KXPA 1EQEA 3A6BY 1IP7A 4XJBA 3TXIA 2Z39A 3WL2A 1GE3A 4N8ZA 4H9BA 1B7PA 1BWIA 1LYZA 3AJNA 1LZAA 4Z46A 1GB5A 2I26L 4N9RA 2DQEY 2HEEA 3AW6A 5C6JA 1J1PY 3OK0A 1VATA 4B4EA 1TAYA 3A93A 4DD0A 1CKHA 1HEQA 4Z98A 4NGVA 3W6AA 2MECA 1GHLA 4KL7A 1GBYA 3E3DA 4N0JA 5B06A 1LSAA 2DQIY 4G4CA 3D9AC 1WQRA 3WW5A 7LYZA 1JITA 1LZ5A 3AGIA 1BQLY 1OQMA 2BPUA 2MEFA 2BQIA 5I5QA 1LMCA 1GFUA 154LA 4I0CA 3LYTA 3SP3A 4PRUA 2YSSC 5DL9A 3A67Y 3F6ZA 4OWCA 3TXEA 4Z3MA 1HMKA 3ATNA 1GD6A 1IOTA 1IR8A 1LMOA 2D6BA 1UIAA 2BQAA 1GB9A 4LYBA 3RZ4A 4LFPA 1BGIA 1HEWA 4H94A 1TBYA 1LZRA 1LZTA 2F30A 3AZ4A 4BS7A 5LA5A 1UA6Y 1NBZC 3RW8A 3A3QA 1LZSA 194LA 1GF9A 4NG1A 4GCBA 4H93A 1FLQA 1DKJA 3A96A 4CFOA 1HERA 2B5ZA 4U3XB 4FDYA 4NG8A 4KT3A 4QGZA 4R6CA 1LSPA 2MEDA 5B05A 4LYOA 1WVUA 1RE2A 1GE4A 1TCYA 2D4KA 2Z2EA 1GB0A 2XJWA 4WOAA 4YOPA 4OOOA 5FCPA 3VWOA 1FKVA 1GXV2 2BQCA 2G4NA 4BAFA 1VEDA 1ZVYB 3TXKA 2Z19A 1HMLA 1VDSA 2W1XA 4J7VA 1D0LA 4ET9A 1GB6A 8LYZA 153LA 1G7LC 2YBNA 3HBDA 5HMVA 3RT5X 1H6MA 3WULA 1WQQA 1G7MC 1XFPL 4ANRA 4RDSA 4TSBA 2ZIKA 5LAFA 5LYTA 5KXYA 4HTQA 5KXRA 1OUDA 4QY9A 1XGUC 1LHKA 1IOQA 3P66A 2GV0A 5APCA 5HNCA 1B0DA 5LVIA 3QE8A 2LYOA 3LHMA 4RLNA 2BQOA 1GE1A 4ET8A 4H9FA 1LHIA 3WYHA 5KXLA 2ZIJA 1HFZA 4Z41A 1LOZA 4H8ZA 4NGYA 4G4BA 1LJJA 2NWDX 5APEA 3WVXA 2XTHA 4B0DA 1OUGA 1LSNA 3P64A 5KXZA 1B5XA 2Z12A 4NWEA 1JHLA 5FSTA 1LZ4A 1LJNA 2BQEA 4G4HA 1GB8A 2A7DA 1LSDA 134LA 3WH1A 4H9CA 1LZNA 1HENA 1LYSA 1VAUA 1C45A 1WQOA 4NSHA 5F16A 4CGEA 1GE0A 1DI3A 1IP3A 1B7SA 193LA 1IY4A 1LYOA 1YIKA 5B1FA 4B1AA 2I25L 1G7IC 2C8OA 3EBAB 4NIJA 4DYGA 1YANA 3W6EA 3CB7A 4WLDA 1QQYA 1B5VA 5LVJA 4GCCA 2HEFA 1W6ZA 208LA 2G4QA 4GLAA 4C5FA 5LXWA 1GEZA 1LYYA 1VDPA 1UACY 2Q0MX 2RSCA 1GAZA 4NGIA 1HNLA 2DQCY 5L3IA 3WPKA 3WU7A 1GFGA 5DLAA 1J1XY 1REZA 2C8PA 1UICA 2BQKA 2FYDA 4IJ4A 1IEEA 4NGLA 1ALCA 5FHWA 1NDGC 1NKHA 1OUCA 1B9OA 3QY4A 5D5CA 4RLMA 5D5FA 3KAMA 1LZ1A 1QSWA 4DD9A 1LJ3A 4QDNA 1DPXA 1BHZA 1NBYC 1IOCA 4UWUA 1W08A 2ZYPA 3AYQA 4HJYA 2YBHA 5APDA 3W6CA 4XADA 1JUGA 207LA 5HLLA 1HEOA 4II8A 3ZEKA 5A3EA 4LYCA 1PZYA 1FLWA 4GLVA 3N9EA 3TMUA 2MEBA 4NHTA 5KKIA 4R0FA 4N1CC 1HSWA 2HUBA 1WVVA 3CT1A 3WPJA 1IP1A 1LSZA 1DI4A 1GF8A 2HEBA 1IP2A 1LTMA 2CDSA 3FE0A 4LFXA 1F10A 1HFXA 1GFRA 3GXRA 1D6PA 2MEEA 1LZBA 1XEIA 1XEJA 1LZ8A 4H1PA 2ZILA 1C43A 5KXXA 3AB6A 1GAYA 1GBWA 4OWBA 3IJVA 1KIPC 1LJ4A 4LT1A 4M6DA 4NSJA 4NGKA 1HFYA 1OUAA 3B0KA 4NSIA 4DD2A 1LHLA 1GBXA 1GF4A 1DKKA 1JSEA 1RJCB 2A7FA 4PJ2C 1HSXA 1LMNA 4HV1A 1GXXA 4WM6A 1NDMC 1C08C 4DWXA 4WLTA 1SQ2L 4NY5A 4YM8A 1JJ0A 4GCFA 4BADA 3HBEX 4B4IA 1LJEA 4IASA 3P4ZA 1HHLA 1BVKC 1SLYA 1GBSA 1LMAA 4DC4A 1NMMA 3LYOA 4LZTA 5KXMA 1GB2A 1WQNA 1UC0A 1IO5A 1B7RA 5I4XA 1FBIX 1JKDA 3WPLA 3B0IA 1REXA 4TWSA 4XJGA 2F4GA 3M18B 1DQJC 1QSAA 2MEAA 1QUSA 1V7TA 4OWEA 4DD1A 1D0KA 5C6IA 1GBZA 1GF6A 2D91A 4L41A 2W1YA 1LZGA 3A95A 4W96A 3BKHA 1LCNA 4G49A 4XYYA 3WUMA 1ZMYL 4GCEA 2BQNA 5LVGA 4H90A 1LZCA 2W1LA 5LVHA 1NWGA 5DN4A 3LYMA 4NGWA 4HJZA 3B0OA 3J4GA 4DD3A 5II3A 1JJ3A 1GF5A 1MLCE 3WW6A 1MELL 2DQHY 2HECA 3AGGG 3N9AA 2EIZC 3P65A 5KY1A 4WLXA 2VB1A 1CJ7A 1D0MA 3A3RX 5B1GA 4H91A 1H87A 3M3UA 1CJ8A 2EPEA 1GF0A 4P2EA 4E3UA 1JTTL 3IWRA 1IP4A 1RFPA 5LYZA 4ZEEA 4WO9A 3WXUA 1NHEA 2LZ2A 1IWWA 1GBOA 1YAQA 4WM4A 3WU8A 1BWHA 3G3BB 4H9HA 4LYZA 3K3TA 4WL6A 5JENB 1XGRC 2YVBA 1B5ZA 1REYA 1IX0A 1OUHA 2FBDA 2HEAA 1B5UA 1JEFA 1A2YC 1YKZX 2IFFY 4NHPA 3WUNA 1FKQA 4WLYA 1LSEA 1YL0X 4UWVA 1GE2A 5A3ZA 1JIYA 2CWIA 4NGJA 1D6QA 4J0LA 4DDCA 5FDJA 1GEVA 1CNSA 1LZ6A 2MEHA 4WO6A 4WMGA 1TEWA 4I8SA 4MR1A 1J1OY 2LYZA 2PC2A 3TXHA 1JISA 1IWYA 1WQPA 3A6CY 3LN2A 4ETEA 4WM1A 1QDTA 1QTEA 1ZV5L 3CT0A 4KXIA 4LT0A 4LT2A 4B4JA 4GN3A 2W1MA 1LHMA 3ULRA 1VDQA 1YAMA 5I4YA 4HTKA 1LAAA 5KXTA 4O34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EPYA 5B07A 1P2RA 2Z8YM 1UIHA 2H9KA 3SBJA 4JYAM 2JNHA 4A7DA 2HAKA 4GKKM 1DYBA 1PQMA 1V34A 3A91A 5I4WA 5I53A 5EP3A 4GEWA 4BLCA 1L55A 5FELA 3ZH9B 1XB2B 177LA 1N32M 2Y8PA 4DDBA 2DWMA 1L15A 2F4AA 1FNNA 3HT7A 2RB2X 3FTEA 4HJVA 4LDLA 5K7OA 3B6LA 1L94A 2OPFA 3TMVA 1DPWA 4OWHA 3TXBA 6LZMA 3GLHA 5KKJA 3U61A 209LA 2DHYA 4KT0F 3ZCBB 1IBKM 5C6LA 1L60A 2WSCF 5DNYA 1KXYA 3I51A 1P3NA 1DO0A 5BPVA 2CJLA 1L36A 4I7JA 1L16A 2XQOA 2BQHA 1PS5A 1FDLY 3MGWA 1P46A 1IP6A 1AT5A 1G71A 3RUNA 3FI7A 210LA 4CHTB 183LA 5ITTA 1L32A 1OUEA 3J6KA 2CHVA 1L80A 1LSGA 2DWZB 2XFTA 3FYCA 2HU1A 2KNVA 1T3PA 1GFEA 3WU9A 1GFJA 2KXEA 1OQYA 3W0LB 1QT7A 212LA 3DN4A 3HT6A 1BB5A 3W67A 1G4AE 5IZ7D 3K8ZA 1VEKA 5ITYA 4M4OA 107LA 1SXJA 1L41A 3J27B 1IR9A 3N9CA 2BQJA 3HDEA 4NFVA 5IDDA 2M60A 2CHQA 1CU6A 1DI5A 2DI0A 1Z55A 1IIZA 1B7MA 2Z3XA 1JR3D 4QNRA 2HHHM 4N5RA 5LA8A 1IWTA 1OP9B 1YUBA 1SXJE 3PBLA 2MEGA 1V92A 3IJUA 4LDEA 1KS3A 1CU2A 3FTDA 4XJFA 139LA 3T36A 4DR4M 216LA 167LA 2ZNWY 4EJ4A 123LA 4ZFPA 1DGHA 2MJ5B 1VEGA 1QUTA 2DNAA 4FVMA 1IY1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1EPY A;  5B07 A;  1P2R A;  1UIH A;  2H9K A;  4A7D A;  5I4W A;  1PQM A;  1DYB A;  3A91 A;  5I53 A;  1L55 A;  5FEL A;  177L A;  2Y8P A;  4DDB A;  1L15 A;  2F4A A;  3HT7 A;  2RB2 X;  4HJV A;  4LDL A;  5K7O A;  3B6L A;  1L94 A;  3TMV A;  1DPW A;  4OWH A;  3TXB A;  6LZM A;  5KKJ A;  209L A;  5C6L A;  1L60 A;  1KXY A;  1P3N A;  2CJL A;  1L36 A;  4I7J A;  1L16 A;  2XQO A;  2BQH A;  1PS5 A;  1FDL Y;  3MGW A;  1P46 A;  1IP6 A;  1AT5 A;  3RUN A;  3FI7 A;  210L A;  183L A;  1L32 A;  1OUE A;  3J6K A;  1L80 A;  1LSG A;  2HU1 A;  1T3P A;  1GFE A;  3WU9 A;  1GFJ A;  3DN4 A;  1QT7 A;  212L A;  3HT6 A;  1BB5 A;  4M4O A;  107L A;  1L41 A;  1IR9 A;  3N9C A;  2BQJ A;  3HDE A;  4NFV A;  5IDD A;  1CU6 A;  1DI5 A;  1Z55 A;  1IIZ A;  1B7M A;  5LA8 A;  4N5R A;  1IWT A;  1OP9 B;  3PBL A;  2MEG A;  3IJU A;  4LDE A;  1KS3 A;  1CU2 A;  4XJF A;  3T36 A;  139L A;  216L A;  167L A;  2ZNW Y;  4EJ4 A;  123L A;  4ZFP A;  1QUT A;  1GF3 A;  1B2K A;  1LLH A;  198L A;  1C7P A;  226L A;  138L A;  1HEL A;  4XJD A;  1L90 A;  1SSY A; 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