1D0MA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a and (glcnac)2
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 110
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0mA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0mA02
3LYZA 1IWYA 5KKJA 1DPWA 1B7SA 1IR7A 5LAFA 5LA8A 3TXDA 4H9HA 4W96A 4NIJA 1HENA 1JITA 5C6IA 1LZ5A 3W6DA 3RT5X 5II3A 1GWDA 2HEBA 1JTTL 5KXPA 2D4KA 2FBBA 4NGKA 4BAFA 2BQDA 4HTKA 4PRUA 1RFPA 4OOOA 2BQBA 3M3UA 1YILA 1JISA 3P4ZA 4FJRA 3AGGG 1BB7A 1SQ2L 2B5ZA 4WLDA 1LZBA 1QTEA 5IDDA 3WPKA 5KXTA 5LVGA 154LA 5ILCA 4B1AA 1LZCA 1F6RA 1EL1A 4HTQA 1GFTA 4XJDA 5HMVA 1NBYC 1XGTC 2ZILA 1LJNA 4HPEA 1RE2A 1ALCA 208LA 2D6BA 4LYCA 1DPXA 2BQLA 2BQHA 4CGEA 4XJIA 5B05A 1OP9B 1BVXA 1B7NA 1GEZA 3WUAA 4WM3A 1IWWA 3AZ7A 3FE0A 5F81A 1C7PA 2MEEA 1LMOA 4DD2A 1PS5A 1BB5A 1F6SA 4WM5A 3WULA 5FCPA 1WQQA 1YAQA 5LVJA 1IWVA 4NGWA 1B7OA 1QIOA 2NWDX 3FI7A 2Z12A 2MEHA 5B59A 1OUFA 1NF5A 3RU5A 1LYZA 3GXRA 5KXRA 2HU1A 1B5UA 3A94A 1B7QA 1XEKA 3W6CA 1YANA 5KXZA 4GCEA 1REMA 1LMCA 4N8ZA 3B6LA 5I53A 3TXGA 1BQLY 1KIPC 2HU3A 1G7JC 4XYYA 3WYHA 1D9UA 1GB6A 1TBYA 3LHMA 3N9AA 5B1FA 1QSAA 2MEFA 1D6PA 4WM1A 4RLMA 1XGPC 1ZVYB 3WVYA 5J7CA 5KXLA 5LXWA 1LMQA 1UCOA 1QQYA 5KXKA 2LZ2A 4NY5A 1GFAA 3HBDA 1YQVY 1GE1A 4WLTA 3WUNA 4LZTA 4ANRA 2YBNA 4NGVA 2BQEA 1FN5A 2YDGA 4E3UA 1HFZA 1LSDA 4RW2A 3EO5A 1LHLA 3WVXA 3J4GA 4CFPA 5C6JA 5ILFA 1GXXA 3W6AA 1GBOA 2H9KA 1UICA 2BAAA 3OK0A 4H9IA 4XJGA 1NKHA 4L41A 2DQAA 3OJPA 2C8OA 4DD3A 1OUEA 2LYZA 2DQJY 4QEQA 1BB4A 4ZIXA 2I6ZA 4BAPA 4R0FA 1WTNA 1NDMC 1B5ZA 1LZTA 2G4PA 5FELA 1WVUA 1QUSA 1WQRA 4NGIA 5FHWA 1LSNA 5FEKA 4YOPA 1IP2A 3A93A 4G49A 1GFKA 3TXEA 3G3AB 1XGQC 1TDYA 1HERA 1CKDA 4NSGA 1GF6A 1LMAA 1DI3A 1GXV2 2DKVA 1IP6A 1IX0A 4J1AA 2BQGA 3RNXA 1JJ0A 1WVVA 5KXWA 4LYZA 1LKRA 5FDJA 5F14A 1BWJA 3W6BA 1GB3A 4WLYA 1B5XA 5D5CA 5LAGA 1N4FA 1BB3A 4G4HA 3QNGA 5HMJA 1LSMA 1BGIA 3ZEKA 3LZTA 3WU7A 3HFMY 3LYOA 4AGAA 2X0AA 3QE8A 5I4YA 4WM2A 1LJ4A 1C45A 1JPOA 2YBJA 4LFPA 1NWGA 3A67Y 4HPIA 5LYTA 3QY4A 1H87A 1WTMA 1D0LA 1A4VA 1YAMA 1LZDA 1IR9A 4GCFA 4DWXA 1IP5A 1LZEA 2HEEA 1LSEA 3A6BY 3LYMA 1DZBX 2LYOA 4NG1A 1OUCA 1LZYA 4LYBA 4NEBA 4Z98A 1LZ1A 1CKFA 4D9ZA 1FLUA 4ET9A 1EQEA 1J1XY 1UBZA 1GHLA 4C3WA 1GFJA 4DYGA 4UWUA 3D3DA 1GE2A 1GF0A 1GF7A 3CSQA 1VFBC 2XBSA 4HV2A 4WOAA 4B0DA 1RJCB 1GBWA 1UIGA 2ZQ4A 3W6FA 2BQFA 4RW1A 1DQJC 1FDLY 5APFA 1IC7Y 3N9EA 1FKQA 3B72A 1JJ1A 1UIDA 1DI5A 1RI8B 5I5QA 4Z46A 1IP7A 4N1CC 1JTPL 2ZNWY 2YBLA 1VDPA 3WPLA 1G7HC 4BADA 4YEMA 4HSFA 5B06A 3EBAB 1IP3A 1B5VA 5DL9A 4OWBA 4QGZA 1VDSA 2Z18A 4LGKA 4ETEA 3TXKA 1JKBA 4CHXA 2AUBA 3AZ4A 1D0MA 1HMKA 2MEGA 4OWAA 1XFPL 1HHLA 1IR8A 1UC0A 3B0KA 1SLYA 1XEIA 2YSSC 3AJNA 4KL7A 3ZVQA 5DN5A 5LYZA 4H1PA 1XGRC 4ET8A 4ZFPA 4FDYA 1IP1A 1IWTA 1DI4A 4OWCA 9LYZA 1C08C 1LJIA 1LYYA 1TCYA 2W1LA 2F30A 5KXXA 4OWHA 1LMTA 2DQIY 3CT1A 1JWRA 5T3FA 1I1ZA 2DQDY 4H8XA 1GDXA 132LA 135LA 1NBZC 2YBIA 4H90A 1XEJA 5DLAA 2MEIA 2XJWA 1JEFA 3CB7A 4DD0A 3IJUA 4PJ2C 1NQIA 2F2NA 1MELL 5HQ1A 1I20A 1GE0A 1OQMA 4Z41A 1GF3A 4GN5C 4TWSA 1QDTA 4LYOA 1HSWA 1UIBA 1LZ4A 2XBRA 1QUTA 1YROA 2BQCA 2EKSC 1DKKA 1CKHA 2LZTA 5LINA 1GF8A 1GF5A 1VDTA 3ULRA 1YL1X 1BVKC 1GE4A 1GFVA 2Z39A 2Z19A 5HNCA 1HEPA 2BLXA 1T3PA 1UIAA 3P65A 1CNSA 1LZ6A 1IC4Y 1B5YA 2I26L 1VAUA 4NSHA 1IWZA 2D4IA 1JSFA 3G3BB 2HTXA 1BB6A 1WQMA 1B2KA 1GFRA 1CKCA 3CSZA 3RZ4A 1B9OA 4NSJA 1OUGA 1HMLA 4WO9A 2MECA 1B0DA 4RDSA 1KXYA 1YAOA 1INUA 4H9EA 5A3EA 3WMKA 2H5ZA 4HP0A 1JIYA 4NGYA 4LYTA 1AT5A 5F9XA 3T6UA 1JKCA 1REYA 3TMWA 4M6DA 1ZMYL 2HECA 4LT1A 3B0IA 4B4EA 1LSZA 4NHIA 4W94A 4BS7A 3AW6A 1IC5Y 4OW1A 2ZNXY 4IJ4A 5B1GA 4H8ZA 4XJHA 1LZAA 2W1YA 4R6CA 3TMVA 207LA 3A8ZA 4TSCA 4OWEA 4N5RA 1IY4A 1KXWA 4N9RA 1VDQA 4NSIA 3B0OA 1VEDA 2ZIJA 4PRQA 3K3TA 3TXBA 1V7SA 4NHSA 4ETAA 3AYQA 1J1OY 1LZ9A 4H8YA 4O34A 1C43A 4GCCA 4X3BA 3BKVA 2MEBA 1B5WA 5LVKA 1GAYA 2HEAA 4DD1A 3WU9A 2BQNA 6LYZA 4IASA 4ETDA 2H9JA 4EMNA 1OUIA 4UWVA 1CJ9A 1GFHA 2CWIA 5I4WA 1B7MA 2VB1A 3HBEX 1UIEA 4I0CA 5EBHA 1UIHA 1DKJA 4NHPA 1GF9A 1GF4A 1GB0A 1C46A 1LOZA 4C5FA 3P66A 1HEOA 1HELA 3KAMA 4KXIA 2Y8PA 1GD6A 4WL6A 1I56A 1AZFA 4WLXA 5F16A 3ATOA 2ZWBA 5LVIA 5LIOA 1NHEA 4HJYA 1GB9A 1UACY 3LN2A 1D6QA 3D9AC 1LJJA 4GLVA 3WU8A 1B7PA 2DQEY 2F4GA 2PC2A 4QDNA 1JKDA 1P2CC 4WM6A 1YKXX 1D0KA 4GCDA 1OUAA 4J7VA 3A3RX 3J6KA 1JUGA 4B4IA 1LJ3A 5I54A 1IVMA 1LZRA 4LFXA 1UIFA 4N1EI 2MEDA 3A3QA 4HJZA 2FBDA 5LVHA 1J1PY 5D5FA 2LHMA 1GBSA 1JHLA 1FLWA 2A7DA 4H92A 4XJFA 1LPIA 4DD7A 4ETCA 5KXSA 3AGHA 2BQJA 2HEDA 2N5ZA 4XN6A 4J1BA 1A2YC 3BKHA 2GV0A 1AKIA 4GN3A 5E9RA 5FSTA 3WW6A 2XTHA 3A96A 4H9FA 2DQFC 4Z3MA 8LYZA 1QSWA 5LA5A 4OOTA 4PGJB 5DM9A 2RSCA 7LYZA 1EQ4A 1JSEA 3IWRA 2D4JA 2F4AA 4WMGA 4EOFA 1YKYX 5B07A 4N0JA 5L3HA 1KIRC 1ZV5L 1OUHA 1WQPA 1RCMA 2I25L 3WXTA 2ZYPA 4WG1A 2YBMA 3IJVA 5I4XA 1HEMA 4P2EA 1T6VL 1FBIX 1LJKA 1HEQA 4NGOA 4WO6A 1W6ZA 2G4QA 1LHJA 1OUBA 1YL0X 4IATA 1LSYA 4QY9A 1BHZA 3AZ5A 2CDSA 2D91A 1IEEA 133LA 1C10A 2DQHY 4CFOA 4DDCA 5HLLA 4YENA 1GB7A 3TXHA 1V7TA 1CJ8A 3W3EA 2BQAA 1LYOA 4MCKA 1LAAA 2BQMA 5IHGA 1GFGA 4KPMA 4WM4A 4ETBA 4H9AA 3TMUA 1F10A 3AB6A 2Q0MX 3RW8A 3N9CA 3WUMA 5KXYA 3WL2A 5E4PA 1XSFA 1W08A 4YM8A 1IY3A 1GEVA 1JKAA 1AM7A 1GB8A 1LMPA 1LYSA 1LCNA 3TXIA 1QDRA 4H91A 4A7DA 4U3XB 5F9UA 2DQGY 2CJLA 4H9BA 1E8LA 1WQNA 1CJ7A 3WW5A 4NHQA 3SP3A 1FLQA 3AGIA 2IHLA 3CT5A 1ZVHL 4MSTA 1REZA 2MEAA 2WARA 4XADA 1LZNA 5APDA 4XJBA 5KXNA 4NWEA 3A90A 1GFEA 3P68A 3P64A 2HUBA 2W1MA 3LZ2A 3HBHA 1LHMA 1LSFA 3WPJA 3MGWA 5DN4A 1G7MC 1TAYA 1O23A 193LA 1B7LA 1CJ6A 1NDGC 2BPUA 1IO5A 1LSGA 3TMXA 2CGIA 1MLCE 5HNLA 1HEWA 3CSRA 1IWXA 4UWNA 4DC4A 1IWUA 1DXJA 1GFUA 1LKSA 3A92A 4WG7A 4CJ2A 1YKZX 3TXJA 4NFVA 2EQLA 4NGLA 1GE3A 1TEWA 4RLNA 5L9JA 1UA6Y 4LT0A 2EIZC 5AMYA 2FYCA 5K7OA 1HFYA 1LHIA 4GLAA 1LZGA 1OUDA 4TTDA 5KXMA 3CT0A 1LJFA 2ZIKA 3AW7A 4J0LA 153LA 3E3DA 4H94A 3ZVQB 4XENA 4DD9A 1GB2A 1LZSA 4PPOA 1LJGA 4HJVA 3GXKA 1LTMA 1LSAA 1IOCA 1FKVA 1HSXA 1LJHA 4TUNA 3T36A 5KKIA 1GBYA 1LSPA 3WXUA 4ZEEA 3VWOA 1LHKA 4TSBA 1KXXA 1IOQA 1H6MA 1GPQC 3LYTA 5APCA 1JJ3A 2IFFY 3F6ZA 1GB5A 5JENB 2DQCY 4LT3A 2Z37A 1EQ5A 1XGUC 4GN4A 5C6LA 2ZQ3A 3W6EA 1GBXA 3A91A 1LSBA 1NMMA 2G4NA 4I8SA 2HEFA 2EPEA 4DT3A 5A3ZA 6LYTA 1F0WA 1JTOL 2C8PA 2DBTA 2LYMA 3CQLA 1OUJA 4WL7A 1Z55A 1YIKA 4B49A 2BQIA 1LHHA 2Z2FA 1IOSA 1BWHA 4NWHA 5KXOA 4AXTA 1WQOA 1IORA 4G4CA 3EXDA 1QTKA 3A6CY 3TXFA 4M4OA 4B4JA 4DDAA 2W1XA 4NG8A 5KJ9A 1UUZC 2ZYCA 3A95A 4GCBA 4YEOA 4H93A 4HTNA 3M18B 4KT3A 1KIQC 1AT6A 1G7IC 1HNLA 1LSCA 4PHIA 4TX7A 3WH1A 4LT2A 1GBZA 1IP4A 1LMNA 1B7RA 1LZ8A 3AZ6A 5M1YA 4G4BA 2A7FA 4NHTA 4H9CA 1HF4A 1REXA 2BQKA 5IELA 5APEA 4HV1A 1HFXA 4LYMA 1HC0A 1GAZA 1VATA 134LA 2Z38A 3EMSA 2FYDA 3ATNA 5KY1A 1GDWA 2Z2EA 1BWIA 194LA 1FLYA 4NGJA 1IIZA 3A34A 1YAPA 2BLYA 2YBHA 1IOTA 4G9SA 4DDBA 1PZYA 4ML7A 4YF2A 1G7LC 5LYMA 2YVBA 4II8A 4NGZA 4MR1A 1CKGA 5L3IA 1LJEA 2BQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
243LA 4QHTA 1DPWA 4IBBA 3FTDA 3TXDA 1L45A 4H9HA 2XZFA 1HENA 2C98A 2VIIA 3TE6A 3UONA 1GWDA 4ARMB 2FBBA 3HT8A 160LA 1YILA 3P4ZA 2OE7X 3SASA 1SQ2L 2B5ZA 3WPKA 1QTEA 5LVGA 154LA 1QVRA 4W53A 5ILCA 3OTOM 4DV2M 3HU1A 191LA 1LZCA 4LJ6A 1GFTA 4XJDA 1PQDA 1PRBA 1DO2A 2A4TA 4W5WA 4YY3M 1IXSB 5EXTA 1L91A 2F5QA 3RUNA 4NXNM 4YXAC 5F81A 2HUMA 146LA 1LMOA 4DD2A 1P7SA 4LRSA 5LVJA 4NGWA 4Z8XA 1DYCA 1ZYTA 4OX9M 1OUFA 2JZ1A 1IY0A 1PM5A 2HU1A 1SWYA 3H4MA 1PJQA 3SHFA 4DQJA 5KXZA 2CEAA 4GRIA 1LMCA 2MH8A 3B6LA 1IXZA 1L13A 1L94A 1TBYA 5B1FA 2MEFA 3SHGB 4WM1A 4RLMA 3WVYA 1ZVYB 5LXWA 3TWMA 3LVWA 1QS9A 1QQYA 1UCOA 2C9CA 1L88A 1YQVY 4LF5M 3C82A 4NGVA 1D9WA 2DAGA 2BQEA 2YDGA 4JI5M 1L19A 1Q3CA 3I04M 5C6JA 1LHLA 5EJCA 3WVXA 206LA 3RGSA 1PJTA 2I7NA 4G4RA 4LDOA 3NY8A 3T15A 2H9KA 4L78A 1L40A 4GRVA 1XXHB 1L63A 1DGFA 5KPRA 4DD3A 1R7RA 1OUEA 1ZWNA 1NNUC 244LA 1NDMC 1L53A 4ARPA 2X4AA 2Z4RA 1L99A 3KOZE 3CDTA 5JI3E 4NGIA 1LSNA 1G0MA 3U6PA 3FYDA 1XGQC 3THGA 2ZAMA 3AKZA 2DKVA 1IP6A 3F9LA 1GKIA 4LFBM 3RNXA 1WVVA 4A3VB 1LKRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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