1LTMA

Accelerated x-ray structure elucidation of a 36 kda muramidase/transglycosylase using warp
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
320
structure length
309
Chain Sequence
EPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Accelerated X-ray structure elucidation of a 36 kDa muramidase/transglycosylase using wARP.
pubmed rcsb
molecule keywords 36 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Glycosyltransferase
source organism Escherichia coli
total genus 111
structure length 309
sequence length 320
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1997-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1ltmA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ltmA02
3WU7A 4WM2A 1YROA 1IWWA 1UUZC 4I0CA 4NFVA 1DPXA 4N0JA 3OK0A 5FELA 4X3BA 1RI8B 4C5FA 4N9RA 4G4HA 4ZEEA 1LHHA 5AMYA 2YBHA 5LINA 1WQOA 2HEDA 2MEIA 2LHMA 3A91A 4GLAA 1GF7A 1JKBA 5L9JA 1J1PY 1XGRC 2LYZA 3A34A 2XBRA 1OQMA 2LYMA 3WULA 4OOOA 4QGZA 1D0LA 1IP3A 4B4EA 2D4KA 1JHLA 4WM3A 4XJFA 5F9XA 3TXFA 4DD1A 5LYZA 193LA 2BQLA 4WLYA 4H9AA 1JUGA 4LYTA 1LYSA 1LHMA 1GBYA 4R6CA 1HFYA 3ZEKA 1C43A 2HECA 4M4OA 4N8ZA 2C8PA 1LSFA 2XJWA 1AKIA 1MELL 1REXA 4XJHA 4HV1A 3E3DA 5I53A 1EL1A 4LYZA 3TXJA 4W94A 4J7VA 1HEOA 4H9EA 1IOCA 3WMKA 4B1AA 5LVHA 1GF5A 4LGKA 4NGVA 2Z2EA 2BPUA 1XFPL 2NWDX 1DZBX 1DI4A 4DYGA 1IX0A 4NWEA 1OP9B 1DQJC 1IR7A 2RSCA 4N1EI 1HEMA 3RW8A 1KIRC 3K3TA 2CWIA 3W6CA 1VEDA 3LYMA 2F30A 3SP3A 4XYYA 1DKJA 5HMJA 4FJRA 3A96A 4NGOA 4WLTA 3TMUA 1I1ZA 3ZVQA 1HFXA 2YVBA 3IJUA 4NG1A 5T3FA 4ET8A 1CKDA 2Z37A 1CNSA 2MEBA 1ZV5L 1AT6A 1B5ZA 1LSDA 2HU1A 2IHLA 4HJVA 1REZA 4KXIA 1IP4A 2LZ2A 4MCKA 3AGGG 1QDRA 1B0DA 1OUBA 2C8OA 5DL9A 1TEWA 4WM6A 1BVKC 1A2YC 1V7TA 4CHXA 1QQYA 2I26L 1LSZA 1LSNA 2DQEY 2VB1A 1UBZA 3CSQA 4A7DA 2BQNA 4NHQA 1N4FA 1JITA 2ZNWY 1PS5A 4NSHA 1LYOA 1JSEA 4PRUA 1V7SA 4NHTA 1XEKA 2G4QA 4UWVA 4H91A 4NGLA 4XENA 1IWZA 3AW7A 2CJLA 4DWXA 1OUHA 3RNXA 2ZQ3A 2MEAA 5ILCA 3A90A 1GFEA 4H9HA 1CKHA 3AGHA 2W1YA 4WM1A 3P4ZA 3FI7A 1GFRA 2DKVA 3GXKA 1QDTA 2GV0A 2HUBA 4B49A 5I4WA 1B7OA 1LMAA 4H1PA 4C3WA 4NY5A 4LT2A 1IWUA 4XADA 1YIKA 208LA 1RJCB 3A94A 1IC7Y 5I54A 2D6BA 1IY4A 1UIBA 5I4YA 3WYHA 2Z38A 3AYQA 5JENB 1VDPA 2HU3A 1GWDA 1WQPA 4PHIA 1B5UA 5IDDA 5B07A 1LJ4A 4NG8A 1LZTA 4RW1A 1NQIA 4MR1A 3T6UA 135LA 5I5QA 1GE1A 1G7MC 2EPEA 1D6QA 1WTMA 2A7FA 1EQEA 1YILA 3KAMA 3CT1A 4H93A 4H92A 1UIHA 4NEBA 1PZYA 1VDTA 5C6LA 1IO5A 1GEVA 154LA 1LMOA 3P68A 1LZRA 4GCDA 1LZNA 1DPWA 1YAMA 1OUJA 1IR9A 1LMNA 3G3BB 1OUGA 4XJDA 1QSAA 5APCA 1GD6A 5LYTA 2FYCA 3CQLA 5LXWA 1LZ6A 2LYOA 1GF6A 2I25L 2YSSC 1LMCA 4WM4A 5LVKA 3M18B 4ANRA 4O34A 3TMXA 1IWXA 4GN5C 1IP7A 2XTHA 3A6BY 2BQMA 1LSAA 3LHMA 9LYZA 3T36A 4H90A 1WQNA 1IP2A 1GFUA 3A3RX 1LZEA 3GXRA 1HF4A 1P2CC 1H6MA 1RFPA 1FLQA 5IELA 2MEGA 3AW6A 4B4IA 1WQMA 1B9OA 1GF9A 1C45A 1KIPC 1GBXA 4WL6A 4NIJA 4GCFA 4PRQA 2HEAA 1LTMA 5F16A 153LA 4J1BA 1B7MA 4IATA 1RE2A 1FDLY 1W08A 1JJ3A 3ATNA 3WPLA 4ET9A 2IFFY 4FDYA 1BWHA 4DC4A 2ZILA 2BQFA 2BLYA 4LT1A 3TXBA 3WW6A 1LZ5A 4DDCA 1LZ8A 2CDSA 1GB6A 2H9KA 3QY4A 4NSGA 4OWBA 1HMKA 1HENA 1NBYC 5HMVA 5D5FA 1GFJA 1GPQC 4G4BA 2DQAA 5II3A 2BAAA 5FSTA 1JWRA 4DD0A 3AGIA 3WW5A 4ZFPA 2ZYPA 1F6RA 1ZVHL 4LYMA 3WXUA 1CJ7A 2ZIJA 3A92A 5KXKA 1LZAA 5B1GA 1GE3A 1LSGA 3J4GA 1GBWA 1UACY 2FBBA 6LYZA 1LZGA 1F10A 4HJYA 1HEQA 2DQIY 1ALCA 5DN4A 1OUCA 5KXNA 1UC0A 3B72A 1BVXA 1LJJA 3WUMA 4DD7A 1FLYA 4OWCA 1JJ1A 1MLCE 1I56A 2HTXA 2DQFC 2EIZC 5E4PA 2D91A 2CGIA 3QE8A 1GE0A 1CKCA 134LA 1FKQA 5APFA 1LOZA 2F2NA 1F6SA 4OOTA 1TDYA 1LZ4A 4B4JA 3P65A 1GEZA 4I8SA 3TXEA 4YENA 4HTKA 4HSFA 1GBOA 1UIAA 1LCNA 4PJ2C 4ETEA 2BQAA 4RDSA 5K7OA 1T3PA 4MSTA 3A3QA 1UCOA 1GF3A 4NGJA 3TXGA 5J7CA 4YEOA 1IP5A 2HEFA 3HBDA 4OWAA 2F4AA 1B2KA 1TCYA 1B7SA 1LZYA 1ZVYB 4HV2A 4UWNA 5KXOA 1NKHA 1DXJA 3HBHA 3AB6A 5A3ZA 5FDJA 2YBJA 1YKXX 4G9SA 2Z39A 2Z18A 2LZTA 3CSZA 3CT5A 2BQGA 2MEDA 2EQLA 1QTKA 4H8XA 4ETDA 3WUNA 3CB7A 1IWYA 4WLXA 1XSFA 1UICA 1LSPA 4UWUA 1UIEA 4HTQA 1Z55A 4NHPA 1CJ6A 1B5WA 1REYA 2G4NA 1VDSA 3WPKA 3WPJA 4LYCA 1KXYA 3WXTA 4GLVA 2MEFA 1LZDA 1LHLA 1JPOA 1JTPL 5DLAA 1CJ9A 3TMVA 1C46A 1B5VA 1XEIA 5C6IA 1HEWA 1LJKA 1KXXA 2EKSC 4H9BA 1D9UA 1LKSA 5LAGA 1JIYA 1GFGA 1A4VA 4CFPA 2BQCA 4GCCA 1WVVA 4TSCA 4OWHA 2ZNXY 3EXDA 2BQOA 1IWVA 4IJ4A 3EBAB 4DT3A 3W3EA 3B0KA 1BB4A 1BB6A 4AXTA 1IC4Y 4N5RA 4EOFA 2F4GA 2DBTA 1GB0A 1QSWA 4TSBA 4XN6A 1CJ8A 3CSRA 5FHWA 5L3IA 2YDGA 2MECA 1LSEA 1QUTA 2Q0MX 5FEKA 3D3DA 3A93A 3N9EA 4M6DA 1G7HC 1LHKA 1GXV2 5KXSA 2BLXA 4PPOA 4U3XB 3W6DA 1LJFA 4NGYA 4BAPA 2B5ZA 4N1CC 4HTNA 5KXXA 1CKGA 3HBEX 2N5ZA 2W1XA 1J1OY 1REMA 1TAYA 1GB5A 1XGQC 5M1YA 4WO6A 4NGIA 1GAZA 1GDXA 1B5YA 1LAAA 2DQHY 5LA5A 4RLMA 4YM8A 2W1MA 3IWRA 1GFTA 5B1FA 4IASA 3W6AA 3LYTA 1GB7A 2FYDA 1UIFA 3WU9A 1OUAA 1B7PA 4LT3A 1UA6Y 2ZIKA 1SQ2L 4G4CA 1IP6A 5F9UA 1BB3A 1HSWA 4R0FA 5DM9A 1LZCA 3AZ6A 1RCMA 1VFBC 2YBLA 4H94A 1FLWA 1LSCA 4P2EA 4XJBA 3BKVA 3CT0A 5DN5A 6LYTA 1NF5A 1YKYX 1BWJA 4LYBA 4J1AA 5LVJA 4H9IA 1WTNA 1OUEA 1ZMYL 1IY3A 1NWGA 2Z2FA 5LVIA 4WL7A 3WU8A 5KKJA 5KY1A 3A8ZA 4DDBA 1XGTC 3BKHA 4WG1A 1BGIA 4J0LA 1AM7A 1XGPC 4KPMA 3W6BA 1DKKA 1HERA 1LHJA 3AZ7A 3WUAA 3LZ2A 4HPIA 1LJ3A 3EMSA 1GF4A 4KT3A 5KXWA 4AGAA 1LPIA 1GB8A 1LJHA 1AZFA 1OUIA 4HPEA 1HSXA 1LZBA 4TX7A 3W6EA 1GFHA 3FE0A 1C08C 1VATA 2MEHA 4H8ZA 4RLNA 3P66A 1IOQA 4Z41A 1BB7A 2FBDA 4XJIA 4PGJB 3VWOA 5I4XA 3B0OA 3LZTA 1F0WA 4NHIA 1YAQA 4OW1A 1B7RA 4LFXA 1HNLA 1IORA 3WL2A 1D0KA 4NGZA 1B7QA 2H5ZA 1GB9A 3ATOA 1UIDA 3M3UA 1YL1X 3TXDA 3ZVQB 3AZ5A 2BQBA 3IJVA 1JKCA 3MGWA 4ETBA 5IHGA 4DD3A 2YBMA 4CGEA 4NSIA 1LHIA 1GB3A 1GE4A 1WQRA 3A6CY 5B59A 2Z12A 2PC2A 5APEA 2G4PA 4NSJA 1FLUA 1BQLY 4L41A 5B05A 3A67Y 1HC0A 4G49A 5F14A 1OUFA 1YANA 3RZ4A 1DI5A 2HEEA 4WM5A 4ZIXA 1NHEA 3HFMY 1JEFA 2BQIA 2ZQ4A 1YL0X 4LT0A 4H9FA 4D9ZA 3N9CA 4HP0A 2H9JA 3TMWA 4GN3A 3AJNA 1LJNA 5C6JA 5HLLA 3AZ4A 1GHLA 5B06A 1IC5Y 4ETCA 1FN5A 3EO5A 5KXRA 5KXTA 1LZ1A 4TUNA 1IWTA 5KXLA 4YF2A 1GFAA 4GN4A 3N9AA 4ETAA 1YAPA 4WMGA 5KJ9A 4LYOA 1GXXA 5LA8A 1FBIX 3A95A 4NGWA 5HQ1A 1JJ0A 4Z46A 2BQJA 1GB2A 1JISA 2BQHA 3QNGA 207LA 4ML7A 5KXPA 7LYZA 5FCPA 4NWHA 2D4JA 4Z98A 4YEMA 1XEJA 1NBZC 4BAFA 1D6PA 1J1XY 1QUSA 1D0MA 2WARA 4WO9A 1LZ9A 4NGKA 3D9AC 4QDNA 5KKIA 1FKVA 1G7LC 1GFKA 194LA 1WQQA 2BQDA 5LVGA 5LAFA 3TXKA 5ILFA 1XGUC 1YAOA 4H8YA 1O23A 3W6FA 2Y8PA 5APDA 5EBHA 5E9RA 5LYMA 1IP1A 1DI3A 1H87A 1I20A 1JTOL 4W96A 8LYZA 2Z19A 1QIOA 4BS7A 5A3EA 1B5XA 1BWIA 1EQ4A 1LMTA 1T6VL 3B0IA 3WVYA 4NHSA 2DQJY 4OWEA 2BQKA 1VAUA 1YKZX 1LMQA 4QEQA 1GE2A 5KXZA 1WVUA 2X0AA 5LIOA 4EMNA 2W1LA 3OJPA 5KXYA 1HEPA 2DQDY 1LSBA 1LYYA 1B7LA 1LJEA 3F6ZA 132LA 4TWSA 5F81A 1JTTL 3LYZA 1UIGA 1OUDA 2A7DA 3TXHA 4DD2A 1AT5A 2BQEA 3LN2A 1W6ZA 1JSFA 1HHLA 5L3HA 4DDAA 1IOSA 2AUBA 1C7PA 1LJIA 5KXMA 1TBYA 1B7NA 1GFVA 2DQGY 2MEEA 1G7IC 5HNCA 1LKRA 2I6ZA 1GDWA 4BADA 4QY9A 4DD9A 1GBZA 2ZWBA 4CFOA 1EQ5A 3J6KA 1IEEA 4TTDA 3B6LA 1IVMA 1IOTA 3WH1A 1GF0A 4LZTA 2HEBA 1JKDA 1LJGA 1KIQC 4WLDA 2DQCY 2YBIA 4B0DA 1SLYA 1GF8A 4GCBA 1QTEA 5D5CA 3LYOA 1NMMA 2XBSA 3G3AB 4XJGA 1LSYA 1LMPA 133LA 1JKAA 3TXIA 4CJ2A 1LSMA 1CKFA 4HJZA 1YQVY 2YBNA 1VDQA 1GAYA 3RU5A 1LYZA 1BHZA 1NDMC 4II8A 4YOPA 4Z3MA 1C10A 1NDGC 3RT5X 1IIZA 3P64A 1G7JC 1BB5A 4H9CA 1INUA 1HFZA 3WVXA 1E8LA 4WG7A 4LFPA 1HELA 1HMLA 1IR8A 1KXWA 4RW2A 4KL7A 4WOAA 3ULRA 4E3UA 2D4IA 2ZYCA 5HNLA 4GCEA 1GBSA 1LZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NFVA 4N0JA 3OK0A 5FELA 1RI8B 1V34A 5LZMA 1IFYA 4G4HA 1G1VA 2EKKA 3HT7A 2YBHA 1L15A 2MEIA 3CDTA 1GKIA 2CP8A 1GF7A 2RH1A 1J1PY 3A34A 2YR0A 2LYMA 3WULA 1L83A 4QGZA 1IP3A 4DV4M 4DD1A 4XJFA 1L12A 1LGXA 1XMQM 1C6BA 1LYSA 1VG5A 3MHVC 1GBYA 4I7LA 1HFYA 3ZEKA 4M4OA 1L74A 2XJWA 1NV8A 5I53A 5DYIA 3WMKA 1R2YA 2Z2EA 1L76A 1N36M 3C9PA 1XFPL 2NWDX 1WGLA 1P37A 1IX0A 4NWEA 1DYCA 3DMVA 1OP9B 4LG2A 1IR7A 1HEMA 3K3TA 1IBLM 1N75A 1QTCA 1I6SA 3FADA 2HWJA 3GUKA 2F30A 2OPFA 1B6IA 4WLTA 3ZVQA 1ZQ9A 2YVBA 1L72A 1L92A 4NG1A 5T3FA 2OTYX 4W58A 4ZPXA 3QYEA 4L8RC 1AT6A 1B5ZA 1LSDA 1CV3A 3JAMS 1REZA 1Q39A 2LZ2A 2RBPA 1B0DA 1CU2A 1NV9A 5ITXA 107LA 1L45A 2C8OA 1A2YC 1V7TA 4AQYM 1QQYA 5ITRA 3IG5A 2I26L 4HLQA 1LSNA 4A7DA 4NHQA 3NY9A 4L78A 1J09A 2Q9EA 3K8ZA 196LA 2CE7A 192LA 1LYOA 4PRUA 2CV1A 2G4QA 4UWVA 3C80A 5E26A 3OE6A 4IBEA 4DR4M 2CJLA 1OUHA 2MEAA 168LA 3G3VA 2MR9A 4GITA 3AGHA 2W1YA 4LF7M 2DKVA 1NHBA 2HUBA 3U5ZB 5I4WA 181LA 1CVKA 149LA 260LA 3SATA 3HJSA 1YIKA 3CTWB 1PGYA 208LA 2XFTA 1HQCA 1E32A 3GLHA 5I4YA 2DAMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4NFV A;  4N0J A;  3OK0 A;  5FEL A;  1RI8 B;  5LZM A;  4G4H A;  1G1V A;  3HT7 A;  2YBH A;  1L15 A;  2MEI A;  3CDT A;  1GF7 A;  2RH1 A;  1J1P Y;  3A34 A;  2LYM A;  3WUL A;  1L83 A;  4QGZ A;  1IP3 A;  4DD1 A;  4XJF A;  1L12 A;  1LGX A;  1C6B A;  1LYS A;  4I7L A;  1GBY A;  1HFY A;  3ZEK A;  4M4O A;  1L74 A;  2XJW A;  5I53 A;  3WMK A;  2Z2E A;  1L76 A;  1XFP L;  2NWD X;  1P37 A;  1IX0 A;  4NWE A;  1DYC A;  3DMV A;  1OP9 B;  1IR7 A;  1HEM A;  3K3T A;  1QTC A;  1I6S A;  3FAD A;  3GUK A;  2F30 A;  1B6I A;  4WLT A;  3ZVQ A;  2YVB A;  1L72 A;  1L92 A;  4NG1 A;  5T3F A;  2OTY X;  4W58 A;  1AT6 A;  1B5Z A;  1LSD A;  1CV3 A;  1REZ A;  2LZ2 A;  2RBP A;  1B0D A;  1CU2 A;  107L A;  2C8O A;  1L45 A;  1A2Y C;  1V7T A;  1QQY A;  2I26 L;  1LSN A;  4A7D A;  4NHQ A;  3NY9 A;  2Q9E A;  196L A;  192L A;  1LYO A;  4PRU A;  2G4Q A;  4UWV A;  3C80 A;  3OE6 A;  2CJL A;  1OUH A;  2MEA A;  168L A;  3G3V A;  3AGH A;  2W1Y A;  2DKV A;  1NHB A;  2HUB A;  5I4W A;  181L A;  1CVK A;  149L A;  260L A;  1YIK A;  208L A;  5I4Y A; 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