1LTMA

Accelerated x-ray structure elucidation of a 36 kda muramidase/transglycosylase using warp
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
320
structure length
309
Chain Sequence
EPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Accelerated X-ray structure elucidation of a 36 kDa muramidase/transglycosylase using wARP.
pubmed rcsb
molecule keywords 36 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Glycosyltransferase
source organism Escherichia coli
total genus 111
structure length 309
sequence length 320
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1997-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1ltmA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ltmA02
1LSNA 1LZDA 5APCA 4YOPA 5K7OA 2HUBA 2PC2A 1GB6A 2BQBA 2CDSA 5F81A 5LVKA 3RNXA 4WG1A 3RW8A 4HPIA 1VFBC 5HNCA 1JJ3A 4A7DA 2ZQ4A 1DXJA 4J1AA 2EIZC 4B4IA 1J1XY 1IP3A 1WQMA 1LJNA 3LYTA 5L3HA 5LINA 4ETCA 2GV0A 1D0MA 1IC4Y 4CHXA 1YIKA 4DD0A 1VDQA 2BQHA 1B7RA 2HECA 4PRUA 3LZTA 1YKZX 2AUBA 2D4IA 5KXLA 1GAZA 4NGZA 4H8ZA 4TX7A 3P65A 3B0KA 1NF5A 4IASA 4WLDA 1W6ZA 1D0LA 4X3BA 4LT0A 1J1OY 1OQMA 2DKVA 2FYCA 2YBLA 1GE2A 4G4BA 4NGKA 5KJ9A 3B0OA 4TWSA 5DN5A 1GB3A 1FKVA 1WQNA 1LZCA 5ILCA 4HV2A 4GCCA 1IX0A 2MEAA 2H5ZA 5ILFA 1T6VL 2MEBA 5FHWA 1JSFA 3A96A 1YAMA 3A8ZA 4RDSA 4B4EA 2BQCA 1V7SA 3AJNA 1O23A 1OUIA 4PGJB 5I5QA 1GB0A 5APFA 1IOSA 3WPLA 4TSBA 4LYMA 4NGVA 1JJ1A 2HEDA 1JIYA 1LZ5A 4H93A 1V7TA 3ZEKA 3AYQA 3A95A 1IO5A 1VDTA 1WVVA 1B7OA 4O34A 3ZVQB 1HC0A 4Z41A 1B5XA 1YANA 3TMXA 1IOCA 4DYGA 2LZ2A 4NHSA 3AGIA 5KXRA 1QIOA 1EQ5A 1GDWA 2MEGA 1BB7A 3W6DA 1BGIA 1NBYC 4DD7A 2W1YA 5C6LA 2Z12A 4WG7A 4J7VA 1UC0A 5LIOA 3M3UA 2DQAA 2BQLA 1B7NA 4UWNA 4NWHA 1BB5A 1AM7A 5I4XA 4NG8A 1LZRA 1YL1X 3LYZA 5I4WA 1LMPA 3A90A 1IC7Y 1WQQA 1W08A 5A3ZA 3QE8A 1QUSA 1D0KA 1LHHA 1XEIA 1XEKA 3A6BY 1YROA 1UIGA 2LZTA 5D5FA 5FCPA 1B5VA 3WXTA 4NGOA 5KXWA 3CSZA 1B0DA 1XEJA 1FLQA 4L41A 2ZIJA 5KXXA 4LGKA 4YM8A 3WU9A 2A7FA 2N5ZA 4WO6A 3G3AB 4N9RA 4XJGA 4Z46A 2MEHA 4NG1A 154LA 1LMQA 1UICA 1LSZA 1NBZC 4DDCA 4WM2A 1SQ2L 3A6CY 1VDPA 1F6SA 4NSIA 1LZ4A 2BQNA 2EPEA 4II8A 4KPMA 1ZVYB 1DI4A 1LYZA 3WVXA 1FDLY 1GEZA 3RZ4A 1LZTA 1GBXA 4HTNA 4IJ4A 1IWTA 3TXKA 4G4HA 1GFEA 1JTTL 4ZEEA 4ANRA 1GEVA 1GF7A 208LA 5FSTA 1REMA 194LA 3CB7A 4LFPA 1C43A 2FBDA 4W96A 5KXMA 5LVHA 1DKJA 2F2NA 2XTHA 4DWXA 1H87A 2F30A 3LHMA 1KIRC 1FLUA 1OUAA 4UWUA 5LXWA 3CQLA 4OWHA 1JEFA 1GBSA 4HPEA 1B2KA 4DD1A 1C46A 1JKBA 4OOOA 1LZEA 2HTXA 1XGUC 2D4KA 1GD6A 3P4ZA 4J1BA 1UIBA 1LAAA 2BQOA 4XN6A 1I20A 4XYYA 4EOFA 1YKXX 1RJCB 1GF6A 1LCNA 1HF4A 4HJYA 1I56A 4ETDA 1INUA 4NGLA 1OUFA 2VB1A 5IELA 4H8XA 1ZV5L 2I6ZA 4HJZA 4WM6A 2YDGA 3RT5X 4I8SA 5B59A 5KKJA 4XJIA 1CNSA 4NSHA 5FELA 5HNLA 5JENB 1VEDA 5C6IA 1I1ZA 5E9RA 5APEA 2G4PA 4GN3A 1LYSA 1GWDA 1UIAA 2YBJA 4NHIA 3WXUA 3P64A 4B1AA 3AZ6A 1IWVA 3CSQA 4NSJA 1IWUA 4H94A 5HMVA 4HTQA 1REXA 1PZYA 3IJVA 3TXJA 2CJLA 2BQMA 3ULRA 1LSMA 3WPKA 5DM9A 2NWDX 1LZ9A 4PHIA 1XGQC 4QDNA 3WW5A 4WLXA 1LJ4A 3WVYA 5KKIA 1NMMA 3WMKA 5L9JA 1FN5A 4UWVA 2ZYCA 3TXHA 1C10A 2YVBA 1B5UA 2HU1A 4HTKA 1EL1A 1JHLA 1LJ3A 1WQOA 1GE0A 2MECA 2W1XA 4XADA 1HFZA 1VDSA 2XBSA 2Z37A 2YBNA 1GF4A 3T36A 2F4GA 3AZ7A 5I4YA 5LVIA 1QTEA 4WM1A 2D6BA 3FE0A 1BB6A 4DD9A 4HJVA 2BAAA 3GXKA 3WL2A 2Y8PA 4Z3MA 5B05A 1PS5A 2DQHY 1CJ8A 1IWZA 4BAPA 1CJ7A 1OUBA 1B5ZA 1REYA 4WLYA 4NGIA 1G7JC 5DN4A 3WH1A 4NGYA 1LMOA 2HEAA 1IWYA 1BWHA 1LZNA 1YAQA 5HMJA 5LA8A 3T6UA 4E3UA 1GBWA 1LZ8A 3K3TA 4NIJA 2BQDA 2FYDA 4RW2A 1NWGA 4CFOA 4ML7A 4ETBA 2DQEY 2BQIA 1NDMC 1QTKA 2D91A 3A92A 4NY5A 1HFYA 4C5FA 4B4JA 4W94A 3TXIA 4GCFA 3OJPA 3A91A 1JSEA 3LYOA 2Z2FA 4DT3A 1GXXA 4U3XB 3WULA 1YAPA 1JWRA 3TXGA 4G49A 4AXTA 3AB6A 1LHIA 1IWXA 1LJHA 1E8LA 1HENA 4FDYA 1LHLA 4H9AA 2MEEA 193LA 2G4QA 1TCYA 4TSCA 3W6BA 4H1PA 3WYHA 2BLXA 3EXDA 1A4VA 4WM5A 1HEPA 4QEQA 3IWRA 1LHKA 4D9ZA 3B72A 5C6JA 4NHTA 1OUJA 1REZA 4NHQA 5HLLA 5F14A 3TMVA 4NFVA 1LSGA 2BQEA 1BQLY 4XJHA 1LSDA 1QQYA 1T3PA 2DQCY 2Z19A 8LYZA 3RU5A 4GCBA 1KIQC 1CJ9A 5B1GA 3CSRA 4WOAA 1IR7A 5II3A 2CGIA 4OW1A 4QGZA 1UACY 2HEBA 4YF2A 1OUGA 4NGWA 1LJJA 3WU7A 2DQJY 3EO5A 7LYZA 4AGAA 3TXFA 5LAFA 1IOTA 1LYYA 5LYMA 1IR9A 5LYZA 4CGEA 1NDGC 5KXTA 207LA 2YBMA 3B0IA 1LJKA 1UIDA 1WQPA 1GFVA 1ZMYL 1RFPA 3W6FA 3LYMA 2LYZA 3AGHA 4ZFPA 1GFAA 1JTOL 1RI8B 1GDXA 1VATA 1GF5A 4HP0A 1GXV2 3AZ5A 3LZ2A 3P66A 1LSFA 2WARA 1A2YC 1BWJA 1CKFA 1N4FA 3G3BB 4GLVA 1LHJA 2W1LA 5IHGA 1GE3A 4G9SA 1G7MC 4M6DA 1OP9B 1HSXA 5KXZA 5KXNA 5LVJA 1GHLA 1OUHA 1HEQA 1YILA 4H91A 1B9OA 3W6EA 2H9KA 3ZVQA 1LSYA 6LYTA 1OUEA 5KXKA 5FDJA 1IP6A 1GF9A 1IOQA 4H9FA 3W6CA 1LSCA 2Z38A 4WO9A 5HQ1A 2A7DA 3EMSA 1GF3A 4KXIA 5B06A 3OK0A 3TXEA 1J1PY 4GCDA 1FLWA 1DZBX 1KXWA 1D9UA 2FBBA 4LT3A 4NEBA 1C7PA 4R0FA 1FBIX 3AW7A 2BQKA 1TDYA 3WPJA 5LYTA 5I53A 3TXDA 1YKYX 1HSWA 4OWAA 4XENA 4WM4A 1LKSA 1IY4A 1C08C 1AT6A 4WM3A 1GFUA 2ZIKA 1HEOA 3M18B 5LVGA 1WQRA 1XGRC 5FEKA 1BVKC 4ZIXA 1XGPC 3F6ZA 1CKDA 1UCOA 4LT1A 5F16A 1H6MA 4N1CC 4TTDA 1B5WA 1LJIA 4N1EI 2MEIA 1LMAA 1GB9A 1XFPL 1LSBA 1NQIA 1YAOA 1QDRA 1OUDA 1CKGA 4H92A 2YSSC 2DBTA 1DPXA 1DI3A 5IDDA 2Q0MX 1UIFA 1LMTA 3CT1A 1GFHA 3BKVA 1GB2A 3E3DA 4BS7A 4LYZA 2LYMA 1JKAA 1HNLA 1LZSA 1GAYA 5T3FA 3AGGG 2I25L 1IY3A 2ZILA 2BQJA 4GN4A 4H8YA 1KXXA 1GE4A 1IP1A 1D6PA 4P2EA 4OWCA 1IWWA 1GF8A 1GBOA 135LA 1B7QA 1KXYA 1OUCA 2MEDA 4C3WA 1JPOA 1C45A 4B49A 2ZQ3A 1UBZA 4KL7A 4GN5C 3KAMA 134LA 4IATA 1NKHA 4RW1A 5J7CA 3MGWA 2DQFC 1D6QA 1G7HC 4LYOA 3GXRA 4WMGA 3N9AA 4H9IA 2IHLA 5B07A 1GF0A 1RCMA 2BPUA 1F10A 2RSCA 1LPIA 1FKQA 4H90A 1JKCA 4YEMA 1FLYA 4OWBA 2EQLA 1BB4A 4DDBA 4DD3A 4RLNA 2HU3A 1G7IC 2YBIA 2HEEA 1QUTA 3W6AA 1AZFA 1IIZA 1UIEA 5LAGA 4TUNA 2ZYPA 4DD2A 4NGJA 1BWIA 1B7MA 1LYOA 3A67Y 4N0JA 5KXOA 4LYTA 4H9CA 5E4PA 1VAUA 3J6KA 1LZ6A 3WUAA 3BKHA 3QNGA 1LZAA 4MR1A 153LA 1GFRA 1LTMA 1LKRA 4XJFA 1HMLA 2W1MA 3HBDA 4RLMA 5KXSA 2CWIA 4LYCA 1IP5A 2MEFA 4CJ2A 5EBHA 1YQVY 1TAYA 1XGTC 2Z39A 5KXPA 3W3EA 3WUNA 1LHMA 4MCKA 3A3QA 5APDA 3LN2A 2C8PA 3WU8A 4DC4A 3ATNA 2EKSC 4WL6A 1HMKA 1BB3A 4MSTA 1ZVHL 3AW6A 4HSFA 1B7SA 1LZYA 1ALCA 4H9HA 1LZBA 4ETEA 2D4JA 3B6LA 3TMUA 1B5YA 4BAFA 4LYBA 2HEFA 2YBHA 4PPOA 3TXBA 1WTNA 1IP2A 2XBRA 1IEEA 1LZ1A 3ATOA 1GE1A 1GFGA 1EQ4A 1JKDA 2BLYA 1GFKA 2ZNXY 2ZWBA 1GBYA 1UA6Y 2DQGY 5LA5A 2BQGA 5L3IA 4WL7A 4EMNA 3A3RX 4NWEA 5I54A 1IR8A 5F9UA 4CFPA 3A34A 4N8ZA 4H9BA 2X0AA 4R6CA 1LZGA 1F6RA 1IVMA 9LYZA 1QSWA 1F0WA 4M4OA 1HEMA 1GPQC 3HFMY 3TMWA 3D3DA 1G7LC 2LHMA 1GB8A 5M1YA 1HEWA 1DI5A 2LYOA 4YEOA 1UIHA 1KIPC 5D5CA 1GBZA 1JJ0A 1LSAA 1AKIA 2XJWA 3WUMA 133LA 1YL0X 6LYZA 1NHEA 5DL9A 4Z98A 1IORA 4WLTA 3SP3A 2BQFA 4LZTA 1QSAA 1Z55A 1IP4A 1EQEA 1B7PA 1JTPL 1GB5A 4ET9A 3N9CA 5KXYA 2IFFY 1GFJA 1CKHA 1DPWA 1RE2A 1LJEA 1LOZA 3CT5A 3N9EA 1GB7A 1IC5Y 1LMNA 1LSEA 1SLYA 2B5ZA 3IJUA 3FI7A 1WVUA 1MLCE 3HBEX 3J4GA 4PJ2C 3P68A 4YENA 1HELA 5AMYA 4LFXA 5KY1A 4BADA 3AZ4A 4NHPA 5B1FA 3VWOA 1B7LA 1DQJC 1XSFA 3CT0A 1AT5A 2I26L 4KT3A 4B0DA 1CKCA 2C8OA 1HFXA 1MELL 3WW6A 1WTMA 2DQIY 1QDTA 4DDAA 4H9EA 1GFTA 5DLAA 3QY4A 4I0CA 1LSPA 2H9JA 2G4NA 1CJ6A 3EBAB 1BHZA 4GCEA 2ZNWY 2BQAA 1BVXA 1JUGA 1P2CC 1DKKA 1IP7A 3A94A 1LJFA 1HERA 1LJGA 4ETAA 2Z2EA 4XJBA 1JISA 4QY9A 3A93A 5F9XA 3D9AC 4G4CA 132LA 3HBHA 4OWEA 1UUZC 4J0LA 2F4AA 4PRQA 4XJDA 4LT2A 5A3EA 1LMCA 4GLAA 4ET8A 4HV1A 1JITA 1TBYA 4OOTA 1HHLA 1TEWA 4N5RA 4NSGA 4FJRA 2Z18A 2DQDY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBQA 4YOPA 244LA 2E5LM 2XGNA 5E6JA 5LVKA 3RNXA 1N78A 213LA 3SAWA 5HNCA 4A7DA 4GITA 2ZQ4A 1DXJA 4J1AA 1L72A 1ZMWA 1C66A 3KOYE 3LYTA 1TLAA 2GV0A 3FE3A 188LA 4CHXA 1YIKA 4DD0A 1IFYA 2D4IA 1L94A 1DYDA 5KXLA 4XGIA 4TX7A 4H8ZA 4E97A 3B0KA 1NF5A 1PQKA 250LA 4LT0A 1J1OY 4RKUF 1OQMA 4NGKA 1MU5A 4KLNA 2FNAA 3B0OA 1GB3A 1DGBA 4GRIA 4YX7C 5FHWA 1YAMA 3A8ZA 1KY1A 4HL4A 1NV9A 1P56A 1C62A 4TSBA 4DV6M 4LZZA 1TGUA 1V7TA 2Y20A 2BWEA 1IO5A 3U60B 3A45A 5EXSA 1CU0A 4Z41A 3TMXA 4YXAC 3AGIA 4NSOB 1QIOA 3SB9A 1T3TA 3C3DA 253LA 1BB7A 3SC3A 5C6LA 4IBCA 4I7TA 3GO8A 5EJCA 1DYCA 260LA 5IWAM 1SXJB 4G3OA 3HTGA 5LIOA 2BQLA 4FD2A 1HT1E 1LZRA 1XMQM 4WURA 1T8AA 5I4WA 1LMPA 4RF0A 1IC7Y 1W08A 3QE8A 1QUSA 1SX7A 2XLJA 1YROA 1GL6A 5EP1A 4ARPA 1UIGA 5D5FA 5DYGA 1L88A 5KXWA 1B0DA 5LMNM 2ZIJA 4LGKA 1L90A 4N9RA 4XJGA 1LYDA 2MEHA 2OE9X 1LMQA 1UICA 4LJ6A 177LA 1LZ4A 2ANVA 186LA 4RF1A 4OVZB 1DI4A 1LYZA 1OTRA 3WVXA 1FDLY 1L01A 1LZTA 5IT9S 1PJJA 1T6HA 3TXKA 4G4HA 1GFEA 2QB0B 3FTDA 4ANRA 5B06A 4LFPA 3GRUA 5LVHA 233LA 4EPFA 229LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CT5 A;  3H4M A;  4MM3 B;  1KW5 A;  1IC5 Y;  3VWO A;  3J4G A;  5FCP A;  1L84 A;  1XJT A;  4W51 A;  5KY1 A;  3HTF A;  4LFX A;  3J80 S;  1B7L A;  1L45 A;  1N32 M;  2F5P A;  1XSF A;  1QAO A;  3F92 A;  217L A;  2O79 A;  3NWL A;  2HUK A;  4KT3 A;  4B0D A;  1CKC A;  1MEL L;  2ZAN A;  4DDA A;  4YY3 M;  1GFT A;  209L A;  3KP0 E;  5DLA A;  4I0C A;  2XFT A;  3SAT A;  1IQP A;  1WGL A;  1L54 A;  2BQA A;  3U6M A;  1JUG A;  1L73 A;  1DKK A;  3I51 A;  1IP7 A;  251L A;  4Z8X A;  1LJF A;  3A94 A;  4I7S A;  1JIS A;  4LJA A;  3RE8 A;  5F9X A;  1Z5C A;  2C96 A;  1FJG M;  4XJD A;  2F4A A;  1DO0 A;  4GLA A;  4M0D A;  1JIT A;  1TBY A;  3DA1 A;  3K9P A;  2O4W A;  4GEW A;  176L A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 2RBQ A;  4YOP A;  244L A;  5LVK A;  3RNX A;  213L A;  5HNC A;  4A7D A;  2ZQ4 A;  1DXJ A;  4J1A A;  1L72 A;  1C66 A;  3LYT A;  1TLA A;  2GV0 A;  188L A;  4CHX A;  1YIK A;  4DD0 A;  2D4I A;  1L94 A;  1DYD A;  5KXL A;  4TX7 A;  4H8Z A;  4E97 A;  3B0K A;  1NF5 A;  1PQK A;  250L A;  4LT0 A;  1J1O Y;  1OQM A;  4NGK A;  3B0O A;  1GB3 A;  4YX7 C;  5FHW A;  1YAM A;  3A8Z A;  1KY1 A;  1P56 A;  1C62 A;  4TSB A;  1V7T A;  1IO5 A;  1CU0 A;  4Z41 A;  3TMX A;  4YXA C;  3AGI A;  1QIO A;  3SB9 A;  253L A;  1BB7 A;  5C6L A;  4I7T A;  1DYC A;  260L A;  3HTG A;  5LIO A;  2BQL A;  1LZR A;  1T8A A;  5I4W A;  1LMP A;  1IC7 Y;  1W08 A;  3QE8 A;  1QUS A;  1SX7 A;  1YRO A;  4ARP A;  1UIG A;  5D5F A;  1L88 A;  5KXW A;  1B0D A;  2ZIJ A;  4LGK A;  1L90 A;  4N9R A;  4XJG A;  1LYD A;  2MEH A;  2OE9 X;  1LMQ A;  1UIC A;  177L A;  1LZ4 A;  2ANV A;  186L A;  1DI4 A;  1LYZ A;  3WVX A;  1FDL Y;  1L01 A;  1LZT A;  1T6H A;  3TXK A;  4G4H A;  1GFE A;  2QB0 B;  4ANR A;  5B06 A;  4LFP A;  5LVH A;  233L A;  4EPF A;  229L A;  1OV5 A; 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