1LTMA

Accelerated x-ray structure elucidation of a 36 kda muramidase/transglycosylase using warp
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
320
structure length
309
Chain Sequence
EPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Accelerated X-ray structure elucidation of a 36 kDa muramidase/transglycosylase using wARP.
pubmed rcsb
molecule keywords 36 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Glycosyltransferase
source organism Escherichia coli
total genus 111
structure length 309
sequence length 320
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1997-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1ltmA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ltmA02
2H9KA 1IO5A 4BAPA 4N0JA 1LHIA 4LGKA 1QSWA 5KXZA 1JIYA 4HTNA 3ZVQB 1YAQA 134LA 4WM5A 4KT3A 2MEBA 2F4GA 4HJVA 2ZNXY 1GB0A 1LZ6A 3IJVA 3TXIA 1YANA 5B05A 2D4JA 2BQDA 1QUTA 1GF3A 1JISA 4NHIA 1HENA 5KKIA 1BQLY 2ZYPA 1I56A 1FKVA 5C6IA 4XN6A 1TEWA 2Z19A 4H90A 1AZFA 1LSBA 1BWHA 2F2NA 2BQNA 1B7MA 3CSRA 3AW6A 4TWSA 3W6BA 3WXTA 3RT5X 1GFJA 1RI8B 2FYDA 1EL1A 3LHMA 4WO9A 4Z3MA 5LYTA 5I4XA 2LZ2A 3TXFA 1IWVA 4NHTA 1G7LC 3G3AB 4LYOA 4WLDA 5B59A 2YVBA 1RCMA 4HJZA 1HELA 4OWCA 1IX0A 1JTPL 1ALCA 3HBDA 4X3BA 4PHIA 1VFBC 5B1FA 5HLLA 1GBXA 1LZEA 1UIAA 1HF4A 2XBSA 1TCYA 1HMLA 2BQKA 1IWYA 4E3UA 1FLYA 4DT3A 2BLXA 1NF5A 4LYZA 1Z55A 1GHLA 4OWHA 2HEAA 4YM8A 4LYMA 2ZNWY 1HEQA 4G4BA 1UIHA 1XGQC 5KXMA 2CWIA 1D0KA 1INUA 4H9BA 3W6EA 5KXRA 1GBOA 4CFOA 3B0IA 1LZTA 1GF5A 1GBSA 2ZILA 4L41A 1GBYA 2LYZA 5DN5A 3WXUA 4P2EA 5L9JA 1EQ5A 1CKFA 1MLCE 3J4GA 1I1ZA 1B5UA 3M3UA 1G7IC 1IC7Y 2CJLA 3SP3A 2DQGY 153LA 2B5ZA 4ET8A 3AW7A 4N9RA 1GF0A 1LZSA 4NGWA 1GB3A 2DQAA 1IWZA 1T3PA 1OUEA 1GE1A 2MEHA 4KL7A 3VWOA 1I20A 3IJUA 4WM1A 4ANRA 1B5ZA 3IWRA 2BLYA 3RW8A 2Z37A 2ZWBA 2HEFA 1C10A 3A96A 1CNSA 3AGIA 1XGUC 2HEDA 4XJDA 4ETDA 1CJ9A 1GPQC 1LZDA 3EXDA 1HERA 4H9HA 4OWBA 5KXWA 4CGEA 1TBYA 1GEZA 4MCKA 3LYZA 5LYMA 1D6QA 1QTEA 3RU5A 1UUZC 3CT1A 1AT5A 4TTDA 4TX7A 207LA 5F14A 1DI4A 4NHSA 3WW5A 4LZTA 4J0LA 1UIGA 3F6ZA 2G4PA 4CJ2A 1UICA 1JKBA 4TUNA 1LMAA 3HBHA 1OUCA 1LJKA 1JTTL 1GFTA 3CB7A 1GFVA 1BVKC 4B1AA 1LZGA 4NHPA 4DD7A 1LSFA 1JWRA 3J6KA 1DZBX 1T6VL 1B2KA 4QEQA 4WOAA 4XJHA 3TXGA 4H9FA 4NGJA 1YKXX 5LXWA 2XTHA 1C46A 4GN5C 2DQFC 2WARA 4EMNA 1YQVY 4OOTA 1IVMA 4NSGA 1GB8A 1IY3A 1KXYA 2BPUA 4LFPA 3BKHA 4XYYA 2BQOA 3A91A 1D0MA 1LTMA 3AZ7A 5HMJA 4LYTA 2DQJY 4OWEA 1IEEA 1IOTA 1TDYA 1YROA 2DQHY 1DPWA 3B0OA 1QTKA 3W6DA 5KXPA 1UBZA 2W1LA 1LYOA 2F4AA 4ZEEA 3P4ZA 5FCPA 3LYTA 5APFA 4WG1A 4R6CA 1LJIA 2BQIA 4NWEA 3ZVQA 4HJYA 9LYZA 2MEGA 3A34A 2EQLA 1NBYC 4GLVA 4NY5A 4WM2A 5LAGA 5IELA 1GFGA 1VAUA 2VB1A 5LA8A 2I26L 1UIEA 2FYCA 4LT3A 3LZ2A 3A94A 4NHQA 4XJIA 5LVIA 4ZIXA 2MEDA 1XSFA 4H8YA 4R0FA 1GFAA 1BWJA 1XGPC 4U3XB 5HMVA 4H93A 1BB6A 4N5RA 3TXDA 1NDGC 1OUHA 1UIBA 4D9ZA 1LOZA 1J1XY 2FBBA 1B7NA 2BQCA 5LAFA 1IOCA 1HEWA 1JSFA 2ZQ3A 3B6LA 1DI3A 4DDBA 1LZNA 3WPJA 3TMVA 3A8ZA 4KPMA 1B7PA 5K7OA 1LSNA 1B5YA 1B0DA 5KY1A 2EPEA 1SLYA 3WU9A 1GAYA 2EKSC 4LT1A 1LCNA 1LKSA 4NGLA 3P68A 1LZ8A 3T6UA 1J1OY 4GCCA 4N1EI 1E8LA 5LIOA 1WQOA 1YIKA 4NSHA 4CHXA 4DWXA 2Z38A 4IASA 4LT0A 5I5QA 1UIDA 1OUAA 3A92A 3A95A 3M18B 4B4EA 1QDTA 4H9EA 4PPOA 3LN2A 3WU8A 3AZ6A 3G3BB 2BAAA 4NSJA 1IWTA 4W94A 1XEKA 3TXEA 4BADA 2MEAA 4PGJB 2DKVA 1LMQA 2GV0A 3CT0A 1LMOA 4UWVA 194LA 4H8XA 1A2YC 3N9CA 4AGAA 1HEPA 1LSPA 1LZ9A 2C8OA 1GD6A 2Y8PA 1GB9A 3OK0A 4AXTA 5KXYA 3A3RX 3AYQA 5ILCA 4HP0A 5LVJA 1F6RA 1XFPL 5C6LA 3A6BY 2ZIKA 4PRQA 1NBZC 1LMNA 1GF7A 2BQAA 1H6MA 2MEFA 1DXJA 3EO5A 4N1CC 1DKKA 3B72A 1GWDA 2G4QA 1LSCA 3CSZA 4G4HA 1GB2A 2NWDX 4RDSA 4NSIA 4WM3A 4ETEA 1IWWA 2YBJA 3N9AA 4ZFPA 1F0WA 3QY4A 1B7SA 2RSCA 4RW1A 4GN3A 1F6SA 5EBHA 1CKHA 1IR8A 2DBTA 4NGIA 5F9UA 2ZIJA 1LMCA 2BQLA 3WUNA 1FBIX 5FSTA 1LJNA 1VDPA 3AGGG 4HV1A 4OW1A 2YSSC 3HFMY 1HEOA 5C6JA 3WPKA 2BQJA 1NHEA 1IP2A 1CJ6A 4NGOA 1BVXA 5B1GA 4RLMA 1JPOA 2C8PA 4H91A 1A4VA 1REZA 1YKZX 2H9JA 5FELA 4WM4A 1UA6Y 4I8SA 1GXV2 1LJEA 4XJGA 5F81A 4J7VA 1GFUA 1JHLA 5KJ9A 3TMWA 4DD3A 4EOFA 4GN4A 1JTOL 4B0DA 2Z2EA 1LZCA 1UCOA 3QNGA 2D4IA 1ZV5L 1JJ1A 3WUAA 1NKHA 3EBAB 1JKAA 2ZYCA 1GBWA 4FJRA 4G49A 5I4WA 1WVVA 5J7CA 5F9XA 1HNLA 5LVKA 154LA 1N4FA 5KXLA 4WO6A 3WULA 1B5XA 1QQYA 4MSTA 1IWUA 5FEKA 5L3HA 3TMXA 1VDSA 3TXHA 4W96A 2I6ZA 1HC0A 5LA5A 1GF8A 1IP3A 1C45A 1LYSA 1V7TA 3AJNA 133LA 3EMSA 4XADA 3A93A 1GB6A 4BAFA 4NFVA 1QDRA 2HECA 1YAPA 1FDLY 4PJ2C 1GEVA 5DL9A 1QIOA 1V7SA 5APEA 3WH1A 4DD1A 4DDAA 3WMKA 1JJ3A 193LA 2N5ZA 1KIRC 2Z18A 1CJ7A 4Z41A 1JITA 5II3A 2BQEA 2LHMA 1LJGA 4H9IA 1ZMYL 1IWXA 208LA 1REYA 2G4NA 4XJFA 4B49A 1OUBA 2YBLA 2HU3A 2Z2FA 4WM6A 4ETBA 5FDJA 3N9EA 5LYZA 1B5WA 5D5FA 3E3DA 4II8A 4YOPA 1XGRC 2YBMA 1LZRA 1LSZA 1IR7A 2ZQ4A 4N8ZA 5DM9A 4OWAA 1GFHA 4NG1A 1LJJA 1YL0X 3ATNA 3WL2A 2XBRA 1OUGA 1OUFA 1FLQA 5APCA 3WU7A 4G4CA 3WYHA 1HMKA 1IP1A 5KXNA 2LYMA 2YBHA 3WUMA 1XEJA 4Z46A 2IHLA 1YL1X 4HPEA 4LFXA 1WQRA 2DQDY 1BB5A 2Q0MX 1HFZA 5KXSA 2HEBA 3TXBA 4DC4A 5I53A 1IP5A 4G9SA 3P66A 3T36A 1AT6A 3WVXA 1KXXA 4QGZA 2YDGA 4IATA 1B9OA 1H87A 4OOOA 4NGVA 3TXJA 5KXXA 1C7PA 1LHMA 1PZYA 3GXKA 1LHKA 3D9AC 4C3WA 4NWHA 4GCDA 3RNXA 5E9RA 1DI5A 1VATA 1JKCA 1YAOA 4O34A 3FI7A 4TSBA 5B06A 4H1PA 2X0AA 5ILFA 1F10A 3W6FA 1JSEA 4WL6A 1CJ8A 4HSFA 3A67Y 4DD0A 2DQCY 1J1PY 1EQ4A 4RLNA 4IJ4A 1HFYA 5I4YA 1ZVHL 4J1BA 2A7DA 5FHWA 2BQBA 1GFEA 4H9AA 4NEBA 4XJBA 2CGIA 5M1YA 1CKGA 4I0CA 1P2CC 1XEIA 1GAZA 4DYGA 2AUBA 3TXKA 5D5CA 1GF4A 1JUGA 1HSWA 4WMGA 4NG8A 1KXWA 1WVUA 5HQ1A 4BS7A 3CSQA 4GCEA 1JEFA 1GF6A 5A3ZA 1LZAA 1LSEA 1HSXA 3KAMA 3D3DA 1CKDA 2H5ZA 1C43A 135LA 1GE0A 1IC5Y 5B07A 1G7JC 2LYOA 1FLWA 1G7MC 3AB6A 1GE2A 1D9UA 3MGWA 1BB3A 4HPIA 3WVYA 2D4KA 1LJFA 1OUDA 1B7OA 3RZ4A 3A6CY 1CKCA 7LYZA 1UIFA 5E4PA 4LYCA 6LYTA 1LZ1A 3WW6A 1D0LA 4HTQA 1YILA 4GLAA 4ET9A 1LZ5A 1LMPA 1JJ0A 1IP6A 4YEMA 1B7QA 4YEOA 1QSAA 4CFPA 1IP7A 4PRUA 3AZ4A 5KKJA 1IR9A 4TSCA 1OUJA 1LSMA 1IIZA 2W1MA 4RW2A 1GFRA 1LKRA 2BQGA 6LYZA 4XENA 5IDDA 1LSGA 3LYOA 1LZYA 4QY9A 1BGIA 3LYMA 2CDSA 1PS5A 4M6DA 4MR1A 3B0KA 4WG7A 1MELL 1LJHA 2YBIA 1BHZA 1LYZA 4KXIA 1FLUA 1WTNA 2I25L 2MEIA 1LJ4A 1WQPA 4NGZA 2W1XA 4UWUA 3P64A 1DPXA 4C5FA 5APDA 1LSDA 1LZBA 1IY4A 5T3FA 3ULRA 4FDYA 5HNLA 1GB5A 3WPLA 2A7FA 2HTXA 1BB4A 1LAAA 1UACY 1GXXA 1IP4A 1OQMA 4WL7A 4A7DA 1ZVYB 1KIPC 4YF2A 1BB7A 1GB7A 1FKQA 1AM7A 3A90A 1HFXA 1QUSA 3W6CA 3OJPA 1GE3A 1REMA 3GXRA 3ZEKA 4Z98A 1WTMA 1GDXA 1WQMA 1DQJC 5L3IA 5LINA 4DD2A 3FE0A 3HBEX 4ETCA 4DDCA 1GBZA 2XJWA 2Z39A 1HEMA 3CT5A 4LT2A 4NGYA 1YAMA 5DLAA 1VDTA 1B5VA 5LVGA 1KIQC 2F30A 1NWGA 1IORA 1D6PA 2HUBA 2MECA 1W6ZA 4NIJA 1O23A 1NQIA 2DQEY 2DQIY 2FBDA 2LZTA 4H9CA 4WLYA 4ETAA 4QDNA 4DD9A 2D6BA 1GFKA 1LYYA 1REXA 1VEDA 1YKYX 132LA 1GDWA 1SQ2L 5AMYA 3ATOA 5DN4A 1IOQA 3TMUA 3W3EA 1RJCB 2D91A 1LSYA 1RE2A 2MEEA 4ML7A 1EQEA 2BQMA 1BWIA 4GCBA 3W6AA 1OUIA 1HHLA 1RFPA 4HV2A 1LHHA 4J1AA 1NMMA 2YBNA 2W1YA 5LVHA 4GCFA 5A3EA 4NGKA 2PC2A 1C08C 1B7RA 1AKIA 3A3QA 1LJ3A 2IFFY 3CQLA 5IHGA 2HEEA 2Z12A 2HU1A 8LYZA 1LHJA 3QE8A 3LZTA 3K3TA 1B7LA 1GF9A 1LMTA 5KXKA 5KXTA 4M4OA 1DKJA 1WQNA 4H8ZA 1IC4Y 1LZ4A 2EIZC 3P65A 1LHLA 2BQHA 1W08A 4H94A 5I54A 4B4JA 1VDQA 5KXOA 4WLTA 4B4IA 1TAYA 1XGTC 1JKDA 1LPIA 1LSAA 1WQQA 4UWNA 3AGHA 4YENA 3BKVA 4H92A 2BQFA 4LYBA 1GE4A 1G7HC 3AZ5A 4WLXA 4HTKA 5JENB 1NDMC 1IOSA 1OP9B 5F16A 5HNCA 1UC0A 1FN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JV5M 2FNAA 3UK6A 1QTVA 4N0JA 1QSWA 1JIYA 250LA 3IJVA 3DN4A 4HL4A 1QUTA 2F5OA 1HENA 1L67A 1I56A 1HNZM 3CDQA 2B73A 5IREB 4LF4M 4B08A 1L00A 3CSRA 3HTDA 3RT5X 2CRUA 1IQPA 3KS4A 1P56A 2LZ2A 4WLDA 1D9WA 1K3XA 2W82A 1RCMA 2C96A 2DHYA 228LA 3HWLA 1ALCA 1PQMA 5B1FA 187LA 1UIAA 4E3UA 2ERCA 2L4FA 1R4GA 1Z55A 4G4BA 1B6IA 1D0KA 4GITA 3DZDA 4DV3M 4CFOA 5GKNA 1Q39A 1LI3A 1K3WA 1EQ5A 1MLCE 3SFZA 3J4GA 3GLFE 4I7TA 1G7IC 1D3NA 4CGYB 3PNVA 3ZC7B 1XJUA 4CJ6A 3TPZA 2DQGY 3V2YA 153LA 4QHTA 3SBBC 1Y8GA 2DQAA 1T3PA 1GE1A 1L61A 2MR9A 2MEHA 1I20A 4WM1A 1DGBA 2L6OA 5FTJA 1CNSA 1DYDA 1LYJA 3AGIA 1GPQC 1LZDA 2UUBM 4CGEA 139LA 1G0GA 255LA 3GLIA 4M9ZA 1KW5A 1C66A 1D6QA 1L1ZA 3CT1A 207LA 1L36A 4NHSA 3WW5A 2ZANA 4CJ2A 1OV7A 1UICA 1L77A 1QT4A 2QHOB 4JXJA 4PDGA 4XJHA 232LA 4IBGA 3C7WA 3TXGA 4H9FA 5LXWA 1YKXX 3ZCBB 2DZNB 1C46A 4GN5C 2DQFC 4EMNA 2F5QA 1GB8A 1IY3A 1L28A 4LFPA 4XYYA 2DAEA 1D0MA 1LTMA 1L02A 5HMJA 2JNHA 4GBRB 3FADA 4ARPA 1L60A 3U6DA 3U6OA 3E4RA 1OWZA 1L21A 2VQFM 1QT5A 1C63A 229LA 3RFWA 1NBYC 4AG6A 4GLVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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