1LTMA

Accelerated x-ray structure elucidation of a 36 kda muramidase/transglycosylase using warp
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
320
structure length
309
Chain Sequence
EPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Accelerated X-ray structure elucidation of a 36 kDa muramidase/transglycosylase using wARP.
pubmed rcsb
molecule keywords 36 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
molecule tags Glycosyltransferase
source organism Escherichia coli
total genus 111
structure length 309
sequence length 320
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1997-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1ltmA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ltmA02
1EL1A 1HSWA 4WLDA 2Z12A 3WU7A 1GFEA 1HERA 1B5UA 2DQCY 5IELA 2F2NA 3B0OA 1LZYA 4N9RA 2HU3A 4UWNA 3AGHA 4HV1A 3SP3A 1GFGA 4D9ZA 4CJ2A 4FDYA 4KT3A 4BS7A 1WQOA 3T6UA 1HELA 1IP4A 1GXXA 3LYTA 1NKHA 3N9EA 3IWRA 4QGZA 4NHIA 1TAYA 1IP5A 1WTMA 1FN5A 3N9CA 4LT2A 1LSBA 1T3PA 5LIOA 1JTPL 2BPUA 1GPQC 2F4GA 3CSRA 1C7PA 2ZILA 5FCPA 4WM5A 3LHMA 5AMYA 4GN3A 1QUTA 4H1PA 2YDGA 1I20A 2G4NA 3CSQA 5B1FA 1ALCA 3EO5A 3WUMA 4TX7A 1J1OY 1UIGA 5F9UA 1KIRC 1LZAA 1LZGA 1OUGA 2MEAA 2X0AA 2ZQ3A 3K3TA 1JSEA 5FEKA 3A3QA 1LZRA 1LMNA 4HPEA 2YBLA 1UBZA 1IO5A 5DN5A 4CFOA 3A6BY 5L3IA 1DZBX 3HFMY 5E9RA 2CGIA 1QTKA 2W1YA 5I53A 1JKCA 4LYCA 4MSTA 1GBOA 3W6AA 1CKDA 2BQLA 2DQGY 2DQJY 2FYCA 2HUBA 3AJNA 4DD1A 4B0DA 2DBTA 1GB7A 4G49A 1DPWA 4LYOA 3A92A 1LJGA 1GXV2 1GFVA 3A3RX 2YBNA 2VB1A 4DDAA 1CKFA 4ETCA 4Z3MA 2MEDA 1NDGC 2W1LA 1GB5A 1V7TA 4QEQA 5LINA 4C3WA 1JKDA 5DM9A 1BQLY 2BQNA 1LSPA 2B5ZA 1B7RA 1EQ5A 1FKQA 4YM8A 2C8PA 4XJGA 1UIFA 1ZV5L 1IOQA 2A7FA 2XJWA 1UIHA 1LZSA 1XGTC 1IWZA 3J4GA 5APDA 1RI8B 4H94A 1TDYA 3HBEX 5KXYA 1GB9A 1WVVA 4PJ2C 4N1EI 4XJBA 1GWDA 4HTNA 4E3UA 4NSHA 3T36A 1LZ1A 1P2CC 1AT6A 1IWTA 4HP0A 1YL1X 1GFAA 4N8ZA 5D5FA 5HMJA 1IC7Y 2MEBA 3RT5X 5JENB 2RSCA 4NSGA 1JJ1A 3WYHA 4DT3A 1IP7A 5I5QA 3D3DA 1LJEA 4J7VA 2DQDY 1GB3A 1HFYA 4N5RA 3TXJA 1JIYA 3W6DA 4H93A 1JTOL 4NGIA 1LTMA 4XJFA 2G4QA 3AZ6A 1LYZA 1DXJA 1GB0A 5C6IA 1YANA 5A3EA 4PRQA 1LHMA 1JEFA 3WVYA 1LZ8A 4WM4A 4DD9A 5C6LA 3WUAA 1GBYA 1LZNA 5KXRA 4NGOA 1VDQA 4AGAA 4N1CC 3TXBA 4UWVA 3P4ZA 3AYQA 5B07A 3A91A 3TXGA 3TMXA 4GN5C 3AW6A 1BGIA 1LYOA 1OUBA 1OUHA 1VAUA 1G7JC 5B06A 2Z2EA 3TXEA 2BQJA 5F9XA 5LAGA 3RZ4A 1W6ZA 1ZVHL 3MGWA 5LA8A 1YAPA 1A4VA 1CJ7A 1KIQC 4FJRA 4P2EA 133LA 4MCKA 3CT5A 5FHWA 2WARA 3B0KA 3IJVA 5B59A 4J0LA 1BB7A 3AZ4A 154LA 1J1XY 3BKHA 4HPIA 1PZYA 4WM2A 1LZEA 1LZ4A 1CJ9A 1LMOA 1LJKA 1F6SA 2DQAA 2YBHA 4N0JA 5KXOA 4H9FA 4NGLA 4WM3A 4EMNA 1HFZA 1LSAA 3CT0A 1OQMA 3IJUA 1DKKA 3CQLA 2Z38A 4GN4A 2D91A 2BQFA 3ZVQA 4DD7A 3ZEKA 4ZEEA 1C10A 1HEOA 1LJFA 1LZBA 1XGQC 1EQEA 1V7SA 3A67Y 4XN6A 5II3A 2GV0A 5KXZA 1IWVA 1KIPC 1IEEA 1LJHA 3FE0A 3TXDA 1GAYA 2I25L 1UCOA 1QQYA 5I4YA 5KXKA 4OWHA 3A90A 1D0MA 2G4PA 4NIJA 1GE0A 1IR8A 4HV2A 4TTDA 1IR7A 3B72A 4YEMA 4GLAA 5FDJA 5ILCA 194LA 4DYGA 1TBYA 4H9HA 1UC0A 2YBMA 4H8XA 3A95A 1FLQA 3A34A 1B9OA 1YAOA 1UA6Y 4WG1A 1LMPA 5HQ1A 2BLXA 4L41A 4H92A 153LA 4B1AA 1GF6A 5EBHA 2BLYA 5J7CA 1LPIA 5KXTA 1GFUA 1QTEA 4DWXA 4H9EA 2F4AA 1ZMYL 4LYZA 1LMQA 5KKJA 1IC4Y 3E3DA 2BQOA 1GFJA 1SQ2L 2MEHA 4PHIA 1MLCE 1GF5A 2IHLA 5APFA 2H9KA 5IDDA 1I56A 1FKVA 5E4PA 4HTKA 4H91A 4NGWA 1IP1A 1QDRA 4NWHA 1ZVYB 1GEVA 1LMCA 2FBDA 1FBIX 1QDTA 1GF9A 1RJCB 3OJPA 5I4WA 3B0IA 1GF7A 1WVUA 1D0KA 3A94A 4DD0A 4X3BA 1B2KA 1G7IC 4H9AA 3TXIA 2BQIA 3HBDA 5L9JA 4B4JA 4ANRA 1CKHA 1REYA 3LYOA 1JKAA 4LYTA 1HNLA 4NY5A 1HHLA 1H6MA 9LYZA 5HNLA 2I6ZA 3GXKA 2PC2A 1B5WA 3TXFA 3FI7A 3ATOA 1INUA 1GBZA 3F6ZA 4GLVA 1LZ5A 4WLXA 5FSTA 1LJ4A 1DPXA 1HSXA 1QSAA 1LJJA 2H5ZA 3AB6A 4OW1A 1YKYX 3WU8A 2XBRA 1AT5A 4WO6A 2CJLA 1LCNA 1F10A 5F14A 1HENA 3KAMA 5LAFA 5LVKA 2DQFC 2W1MA 4XJIA 2YBIA 4DDCA 1UUZC 1LJIA 2DQIY 3A6CY 5LXWA 1H87A 3RU5A 2Z37A 3A8ZA 3G3BB 1CKGA 4YEOA 5KXWA 1F6RA 5KKIA 1UIEA 3LZ2A 1TCYA 1IOTA 1B5XA 1UIDA 3EMSA 2A7DA 4G9SA 1GFHA 1GBWA 1HEWA 1B7MA 4CGEA 1JUGA 1NMMA 2HU1A 2H9JA 5L3HA 1N4FA 1CJ8A 1TEWA 4H90A 4WO9A 3WULA 2BQAA 2I26L 1BHZA 2CDSA 1B7PA 1C46A 2MECA 1OUIA 1VATA 4HTQA 1B7LA 1BB5A 2DQHY 3AGIA 1NDMC 4G4BA 4I0CA 5KXPA 2HEEA 4OOTA 134LA 5HNCA 4M4OA 1JISA 3WMKA 5KY1A 5F81A 2ZWBA 4R6CA 4TSCA 3W6BA 1QIOA 4ML7A 4GCEA 1HFXA 4B49A 4G4CA 2HEBA 1LSNA 4M6DA 4BAPA 4IATA 2MEFA 3WL2A 2ZNWY 1NF5A 4GCFA 4Z41A 1WQNA 4NWEA 1GE2A 4IASA 1LAAA 1LYSA 3WH1A 1OUCA 1T6VL 1QUSA 2BQDA 5M1YA 2DKVA 1B7OA 1VDTA 4G4HA 4PPOA 1LSGA 1GF3A 1GBSA 5I54A 1B7QA 1OUEA 2ZYCA 1BB3A 2Z19A 3ATNA 4W96A 1LMAA 1IR9A 4DDBA 4GCCA 1B5YA 4GCDA 1IWUA 4HJVA 4XADA 4ZIXA 4KL7A 5LYZA 1DKJA 4LFPA 1G7MC 4OWEA 1LOZA 1HF4A 2DQEY 5LVIA 4H8ZA 4DD3A 4NGYA 2YBJA 1UIBA 3AZ7A 4CFPA 1DI3A 1HMKA 3LYMA 3EBAB 4PGJB 4LFXA 1BVXA 3N9AA 5FELA 2XBSA 1HEMA 2BQKA 5KXSA 1VEDA 4NFVA 5LYTA 3P64A 2LZ2A 1FDLY 4OWAA 3J6KA 1IOSA 1LHHA 2HTXA 4KPMA 2Q0MX 4RLMA 5LVGA 2D4KA 4AXTA 2FBBA 2LHMA 4NGZA 1XGPC 4WOAA 3TXHA 5A3ZA 1BWHA 1A2YC 2Z39A 5F16A 7LYZA 1LSZA 4WMGA 1C43A 4NSJA 1BWIA 2EQLA 3M3UA 4OWBA 4OWCA 5KXMA 5C6JA 1J1PY 2BQEA 4R0FA 4LT0A 4ZFPA 3ZVQB 1MELL 1JPOA 1CKCA 1UIAA 3VWOA 2YSSC 1C08C 3WUNA 1LZ9A 2F30A 1YAMA 4H9IA 3W6CA 4RW2A 3QE8A 4WG7A 2HEDA 1IWYA 1NBYC 3CSZA 4YF2A 1XEKA 2HEAA 1KXXA 1CJ6A 1LZCA 2BQMA 5HMVA 1EQ4A 1WQRA 1D0LA 2C8OA 2ZQ4A 3GXRA 4U3XB 3AZ5A 4LYBA 4J1AA 1LKSA 1UICA 4IJ4A 3W6EA 1YKZX 4NHSA 1NWGA 4WLYA 1NBZC 1UACY 4KXIA 2D4IA 2ZYPA 1HMLA 1Z55A 1GB8A 1PS5A 1VDSA 1GFKA 3WU9A 3AW7A 1LZDA 2D6BA 1LSMA 1G7HC 1W08A 193LA 1HEQA 2IFFY 1YROA 1B7SA 1B5VA 4WM6A 1IY3A 1G7LC 1D6QA 1B7NA 1I1ZA 1QSWA 1REXA 2ZNXY 4B4EA 1VFBC 1D6PA 1GE4A 1JSFA 1GB2A 1YL0X 1LSDA 5KJ9A 1YIKA 4ETEA 1O23A 1OP9B 1JJ0A 4H9CA 2EPEA 1LSEA 1GB6A 4HSFA 1AKIA 4H8YA 1CNSA 2EKSC 4LT1A 5HLLA 4WLTA 1FLUA 1E8LA 2CWIA 5D5CA 4RDSA 1BWJA 1RFPA 1YQVY 2HECA 4OOOA 1DI4A 3LYZA 4TUNA 1WQQA 1JTTL 207LA 1IY4A 2AUBA 2Z2FA 4NG1A 3AGGG 4NHQA 1LSCA 3RNXA 4ET8A 5DLAA 1LHJA 4WM1A 4NHTA 1JHLA 3P68A 1IIZA 208LA 3WW6A 1XFPL 1GEZA 3A93A 1OUFA 5I4XA 1IOCA 1DI5A 4RW1A 1LYYA 1KXWA 1SLYA 1REMA 1LJNA 4LZTA 5B1GA 1HC0A 4NEBA 1GDWA 1LSYA 2LYMA 1OUDA 2MEGA 1LJ3A 1LHLA 1C45A 4DD2A 3W6FA 4EOFA 5APEA 1XEJA 4YENA 4ETDA 1NQIA 1IX0A 4NG8A 4RLNA 4TWSA 3EXDA 3TXKA 3RW8A 1WTNA 2LZTA 3LZTA 1AM7A 1REZA 2LYOA 6LYTA 1OUAA 1GFTA 6LYZA 8LYZA 3W3EA 1LZ6A 4B4IA 3WXUA 2D4JA 4II8A 3WVXA 3QY4A 2BQCA 4XENA 3WPLA 4C5FA 4W94A 1JWRA 5T3FA 5LA5A 1IVMA 1BB4A 2N5ZA 4XYYA 3WW5A 1OUJA 1YKXX 2BQBA 1JITA 1AZFA 1GE3A 4WL6A 1WQMA 4Z98A 1RE2A 1D9UA 1RCMA 3CT1A 1GHLA 1GBXA 2MEIA 1KXYA 1VDPA 4HJZA 5DN4A 1YAQA 2BQGA 3TMWA 3HBHA 1GF8A 4I8SA 1LKRA 1YILA 4MR1A 4BADA 3CB7A 1F0WA 4A7DA 4CHXA 1IC5Y 1IP3A 1GAZA 1DQJC 1BB6A 4HJYA 4ETBA 5IHGA 2FYDA 4GCBA 4ET9A 1FLWA 1XGRC 4DC4A 2EIZC 1LSFA 1NHEA 5KXXA 4QY9A 4NHPA 1LMTA 4TSBA 4LT3A 4PRUA 3B6LA 135LA 3BKVA 1JKBA 4BAFA 4ETAA 1FLYA 1IP6A 1GD6A 1GDXA 4O34A 4LYMA 1XEIA 1GF4A 3ULRA 4NGVA 1IORA 4NSIA 3P65A 4YOPA 2HEFA 1B5ZA 4XJDA 1IWXA 3G3AB 4UWUA 4Z46A 5DL9A 1BVKC 3QNGA 3OK0A 4NGJA 5ILFA 4WL7A 2LYZA 4QDNA 1JJ3A 3D9AC 3P66A 2Y8PA 5B05A 4NGKA 3M18B 2XTHA 132LA 5LVJA 2BAAA 2ZIKA 1GF0A 2MEEA 1LHKA 1GE1A 2ZIJA 5LVHA 3TMUA 1LHIA 4LGKA 5KXNA 1HEPA 3TMVA 1LZTA 5K7OA 1IWWA 2YVBA 5LYMA 1WQPA 1B0DA 3WPJA 1XGUC 2W1XA 3A96A 1IP2A 2BQHA 2Z18A 4H9BA 4J1BA 1XSFA 3WXTA 1GFRA 2NWDX 5APCA 3LN2A 4XJHA 3WPKA 5KXLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2M5ZA 2Z12A 1L1TA 2DQCY 4N9RA 1NJGA 1LLHA 5ITRA 2Q9EA 3B7NA 3AGHA 2LZMA 3SP3A 4P17A 4R7GA 5FTNA 1L13A 2F4VM 1IP4A 4DR6M 1GXXA 1N34M 4DR1M 2YNMD 4QGZA 1G0GA 2LXEA 4I7KA 1L00A 1L12A 5LIOA 1OQYA 4LT2A 198LA 1C7PA 3LHMA 199LA 4GN3A 1NV8A 1OIZA 1QUTA 4H1PA 4LZMA 3EIHA 2CV1A 5B1FA 4KLNA 4S12A 3K3TA 4I7PA 139LA 3GUMA 3NYAA 1LMNA 5ITQA 1L50A 4RF0A 3NBXX 1KNIA 1QTKA 4QNMA 4LYCA 1GBOA 2BQLA 2DQGY 2DQJY 2FYCA 2HUBA 2V1CA 3AFHA 1L47A 1LJGA 2OO9A 3A92A 3K9OA 1N32M 3HJSA 1CKFA 1QYRA 4CIZA 2MEDA 1NDGC 4QEQA 3I51A 1GKIA 3PNYA 4DQ5A 1TTEA 1BQLY 2BQNA 3V2YA 1EQ5A 3DNAA 2C8PA 2O79A 108LA 2F32A 1UIHA 2DENA 192LA 1IWZA 1QZMA 2LVQD 1TDYA 2RKOA 2DI0A 3L27A 1G1WA 1P2CC 1D3MA 2DWMA 2L78A 1L82A 2MEBA 5BR8M 2QBYA 4NOOB 4J7VA 1HFYA 4BB9A 4IBGA 2JY8A 4DQJA 1QS5A 1JIYA 4H93A 4NGIA 1KY1A 1N75A 2Z4RA 2G4QA 7LZMA 1DXJA 4PRQA 2B74A 1Z59A 1JEFA 1C6CA 3AOEA 1NSFA 5C6LA 3WUAA 2K6BA 1GBYA 3VK7A 3PVSA 1L60A 1TH4A 1MJGM 4UWVA 3P4ZA 2QARC 4QHTA 1DO0A 253LA 5B07A 3A91A 4GN5C 2UUAM 3TXEA 5B06A 3CDQA 2BQJA 3SARA 3RZ4A 1W6ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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