1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
2I26L 1BVKC 2MEIA 4H9IA 1QSAA 3TMUA 4M4OA 1HSWA 3FE0A 5D5CA 4DDAA 4LT2A 1HFYA 4Z41A 1JHLA 1OUJA 4ETDA 1LMAA 1LAAA 2BLYA 1UIGA 2W1XA 4LYMA 3TXEA 4H9CA 4B4EA 1KIPC 1GEZA 4O34A 1I1ZA 1LZAA 3WUNA 2FBBA 4H9BA 1KXXA 1LSZA 2DKVA 2Z18A 3AGGG 1IR8A 1VAUA 2YBHA 2ZYPA 4LZTA 1WQMA 1NKHA 2Z2FA 3BKHA 4NFVA 1OUCA 5FCPA 2G4PA 4B4IA 3A34A 1LJNA 1GE1A 3EO5A 4G49A 1LPIA 1YKXX 4UWVA 1C08C 4CFPA 2ZQ4A 1B7NA 1IIZA 1GWDA 3TXIA 4ETBA 1GFRA 3CSQA 5KXOA 1IP4A 5K7OA 1G7JC 2MEFA 4ETEA 1OUEA 4ETCA 4RW2A 2HEDA 5KXSA 1IP1A 1QDRA 5I54A 2YBIA 1IOQA 5LYMA 3LYOA 1DI4A 2H9JA 3N9AA 3WYHA 1IWTA 1DI5A 5KXWA 1XEIA 4ZFPA 1IP7A 5KXYA 193LA 4LYBA 2DQEY 4W94A 3CT1A 1B7LA 3G3BB 1GDXA 2A7DA 3WMKA 1LHKA 3AW6A 4H92A 1IOSA 4N5RA 5DLAA 1LHLA 1OUAA 1B7MA 1XEKA 5AMYA 1BB4A 5DN4A 4E3UA 3CSZA 2DQGY 2XTHA 1LSDA 2BQHA 5B07A 1IOCA 1GFTA 4DYGA 3W6FA 3E3DA 4HJVA 2DQHY 4YOPA 1D0KA 3TXGA 1LJHA 1LZGA 4WLXA 4OOTA 4QY9A 3A67Y 1G7HC 1VEDA 1YANA 3WVXA 4WM2A 1GF3A 4H9HA 2Z38A 2HU1A 1HSXA 1VDTA 5IHGA 1FKQA 2B5ZA 5KKIA 4M6DA 1LSGA 3A6CY 1IOTA 4X3BA 1WTNA 4YEOA 2HEFA 5EBHA 2NWDX 3HBDA 1H87A 2Z37A 4NGKA 3WU9A 3WULA 5LIOA 9LYZA 2BAAA 5I4XA 1HERA 1AZFA 1JUGA 1PZYA 2LYMA 1JTTL 5KXTA 5LINA 4YF2A 3P65A 1DKJA 1BWHA 3HFMY 1LJGA 4RW1A 1WQOA 6LYZA 4G4BA 4GN3A 4HV1A 3TMXA 1GF6A 2CDSA 3D3DA 1ZMYL 3N9EA 1GEVA 1IC5Y 4B1AA 1A2YC 1V7TA 2BQBA 4NHQA 1BB6A 1YAOA 3WPLA 1IWUA 4DD0A 1CNSA 3HBHA 1HMKA 3QE8A 1XGQC 4WMGA 4CFOA 1GE3A 1RI8B 1A4VA 4HPEA 2BQCA 3AZ4A 1TCYA 2YSSC 3B0KA 2HUBA 4R6CA 4XJBA 1SQ2L 5LAFA 4LYCA 1HHLA 4C5FA 1LJKA 1D0MA 1GB9A 4LT0A 1YAQA 3CT5A 3LYTA 1IY3A 1GFGA 5KXZA 1AT6A 134LA 4UWNA 1J1OY 4G4HA 1EQEA 4QGZA 4GCCA 1XGUC 2BQLA 4Z3MA 4IASA 5A3EA 1N4FA 1D6QA 1XSFA 4WOAA 1LZ8A 4TWSA 3D9AC 1UIHA 1J1PY 2MEDA 1RJCB 3MGWA 1LMQA 2DQIY 4NHIA 5HNLA 1WQPA 1UICA 4A7DA 4NSIA 5JENB 1REYA 4AXTA 4G4CA 1TAYA 3RT5X 1H6MA 4IATA 4NWHA 1DPWA 1G7MC 5DL9A 1JJ1A 1OUIA 1YKYX 4NHTA 1JPOA 1LZSA 1V7SA 3IWRA 4GN5C 3RZ4A 1B5UA 1LZEA 2CJLA 4OOOA 2W1LA 4LYTA 1IO5A 4YM8A 1UIFA 3G3AB 2H5ZA 1FKVA 1LHMA 3A94A 2F2NA 2ZYCA 2LZ2A 6LYTA 3AYQA 4BAPA 1GB8A 1WVUA 4HTQA 4LT3A 1UIEA 3W6BA 1JKAA 1B7QA 1GB7A 1IR9A 1LZCA 1WQQA 2LYOA 4H91A 4DD3A 1EQ4A 2DQAA 4CHXA 4CJ2A 2Z19A 1IY4A 3WU8A 1LKRA 4OWEA 1REMA 5LA8A 1XGRC 3K3TA 4NSJA 1GBWA 2IHLA 4LYOA 1DKKA 1NWGA 1HEOA 1ZV5L 1NBZC 4XJDA 3A3RX 3TXFA 1NDGC 3A8ZA 3WUAA 2I6ZA 5KXXA 4H1PA 1B7SA 3KAMA 4HP0A 1GB6A 2BQDA 4NIJA 3WW5A 4FJRA 4MSTA 1B7RA 1GHLA 1GFUA 4DC4A 4WM3A 2D6BA 3WXUA 1VATA 5LVIA 4ETAA 208LA 2FBDA 2FYDA 1IX0A 3A91A 1LYYA 1UIBA 3P64A 4KL7A 2YDGA 3J4GA 2HTXA 4NEBA 5T3FA 1LSEA 3AGHA 5IELA 1FLUA 1KXWA 1IWZA 3FI7A 4WLTA 1JEFA 1JISA 2CGIA 4H8XA 2HECA 4NG8A 5HNCA 1UUZC 3IJVA 4PPOA 1RE2A 1GFHA 1GFKA 1LZ6A 3LHMA 1CJ7A 3W6CA 2XJWA 5I4YA 5HLLA 2C8PA 2HU3A 1BWIA 4IJ4A 1HEPA 5FDJA 3WL2A 1FBIX 4I8SA 2ZIJA 1B5XA 5KXKA 1LSCA 4TSCA 4D9ZA 1GD6A 1QDTA 1GE0A 1I56A 2Y8PA 1T3PA 133LA 4NGZA 3TMVA 4HJZA 2FYCA 5KXPA 2HEBA 4NGWA 1JSFA 1LZDA 1FLYA 5DN5A 4HV2A 4MCKA 3TXHA 5F81A 2PC2A 2W1YA 135LA 3CB7A 4KPMA 5KY1A 1GDWA 2ZILA 5B05A 5LA5A 3LYZA 1HELA 1W6ZA 4PRUA 4N9RA 4J1AA 5B06A 2YBNA 2DQDY 4XJFA 1AM7A 4Z46A 3ATOA 1LMCA 5B1GA 1LZ5A 4TX7A 1C45A 2YBLA 2HEEA 2LYZA 4H9EA 5L3HA 3RNXA 1JTOL 1GF5A 4C3WA 4Z98A 207LA 4TUNA 1F0WA 1LZBA 2BQOA 2IFFY 1WQRA 3T36A 2MEHA 5ILCA 1LHJA 4ET9A 3AZ5A 3QNGA 1OP9B 1C43A 4ANRA 1LJJA 4DD2A 1JSEA 1IWVA 3CQLA 3P66A 1BGIA 1JIYA 1ALCA 1B5YA 1RCMA 3WPKA 1GB0A 1XGTC 4FDYA 2D4KA 5M1YA 4UWUA 194LA 1LZ9A 1WTMA 2BQAA 2BPUA 1QTKA 2MEBA 5KXRA 2BQJA 5I4WA 4P2EA 1HC0A 1C10A 1B9OA 2ZWBA 1UBZA 2D4JA 3EXDA 1LMTA 2BQMA 4OWCA 1B0DA 3TXKA 5APEA 5F14A 2G4NA 1VDSA 1BB3A 4XENA 1QQYA 1LZ1A 4EOFA 5C6JA 2GV0A 3WH1A 1D9UA 4ZIXA 5KXMA 5APDA 3WVYA 5LYZA 4YENA 1J1XY 1LSBA 1LJ4A 1OUFA 2N5ZA 4R0FA 1LJIA 1HEMA 5APCA 3ZVQA 1HENA 1UCOA 2X0AA 2W1MA 1JKDA 1HNLA 1IR7A 1GF8A 1KIQC 2BQKA 3A93A 4ML7A 1IC7Y 3A95A 4WM1A 1LSPA 2D91A 1INUA 1MELL 5B59A 1F6SA 3A6BY 5ILFA 5KKJA 4GLVA 1QSWA 4G9SA 1GB5A 5FHWA 4XN6A 4DDBA 5DM9A 3EMSA 4L41A 4HSFA 4ET8A 4GCDA 5I5QA 2LHMA 3HBEX 1IC4Y 3B0OA 3TXJA 1GBSA 4LFPA 3AGIA 5LXWA 4LFXA 2F4AA 5F9UA 3GXKA 5FELA 132LA 1HEWA 2ZNXY 1DZBX 1JITA 2A7FA 1LJEA 2HEAA 2YBJA 4HTKA 4OWHA 4WL6A 3OK0A 1LHHA 2BQEA 3WUMA 154LA 4NWEA 1IP6A 4NGJA 4TTDA 1LTMA 4XADA 4RLNA 2H9KA 1LZRA 1GB3A 1QUSA 1JJ0A 1CJ6A 1DI3A 1VFBC 1IP2A 2AUBA 1UC0A 4J7VA 1YIKA 4WM5A 1GFVA 1NBYC 4H9AA 1QUTA 1BB7A 1OUDA 3LZTA 4H94A 1IP3A 4NGOA 1GF4A 2XBRA 1QIOA 1B2KA 5F16A 5KXNA 1C46A 1KIRC 3IJUA 3ULRA 4B4JA 4BAFA 3ATNA 1FLWA 1P2CC 4XJHA 2Z39A 1LZ4A 3CSRA 1C7PA 1DQJC 3QY4A 3WPJA 3WW6A 4NGLA 1GBXA 3TXDA 4DT3A 2VB1A 5F9XA 1LZTA 2F4GA 4LGKA 2ZNWY 4B0DA 4WG7A 1UIAA 4H90A 4QEQA 4HJYA 2DQJY 2Z2EA 153LA 1NDMC 1F10A 1B7PA 4HTNA 1GB2A 1IORA 5C6LA 1OQMA 4J1BA 1GE4A 1NMMA 4I0CA 3P68A 2ZIKA 1CKDA 1ZVHL 4CGEA 5E9RA 2Z12A 4NHPA 1LJFA 1TEWA 3SP3A 4ZEEA 5KJ9A 1IVMA 4NGIA 1DXJA 1GFEA 1PS5A 1YROA 1CKCA 1CJ8A 3M18B 4GN4A 2YVBA 4WLYA 5LAGA 1GF0A 4N8ZA 1WVVA 2BQIA 1F6RA 3AJNA 1HFZA 1O23A 1YL1X 1RFPA 5II3A 1BQLY 4WM6A 4PHIA 3W3EA 1JKBA 1B7OA 1CKGA 2BQFA 4NG1A 1Z55A 1LYOA 2EPEA 2F30A 1GAYA 2G4QA 4J0LA 1SLYA 1GBZA 3AB6A 2BQNA 1HEQA 3F6ZA 3W6DA 1IP5A 1AT5A 1B5VA 1UACY 1B5ZA 2Q0MX 4NGVA 7LYZA 1IEEA 4DD1A 1TBYA 4RLMA 5I53A 4GCEA 1XFPL 2MEAA 3AZ6A 4N1EI 4PJ2C 1KXYA 2EQLA 4LT1A 5HQ1A 1GBOA 3A90A 1JWRA 1IWYA 1LSFA 2MEGA 1ZVYB 1GF9A 2ZQ3A 4MR1A 1UA6Y 1YILA 4LYZA 1LYSA 1GE2A 1YKZX 1LOZA 1LSAA 3B0IA 4WM4A 4KXIA 4QDNA 3ZVQB 3N9CA 1G7LC 5FEKA 3W6EA 1BB5A 4TSBA 1REXA 3TXBA 5E4PA 1LSYA 2EKSC 1BWJA 3OJPA 1HMLA 1VDQA 4NSGA 5KXLA 1FLQA 1OUGA 4DDCA 2BQGA 1AKIA 1DPXA 3M3UA 4NSHA 4RDSA 1D0LA 3ZEKA 5LVGA 4HPIA 4WLDA 2BLXA 1LSMA 1GPQC 5J7CA 1LZYA 2WARA 2CWIA 2MEEA 4BS7A 4XJGA 4OWBA 3GXRA 1YAPA 4W96A 1GFAA 1GFJA 2DQCY 1CKHA 4WL7A 1YAMA 4XJIA 1LSNA 4II8A 4H8ZA 4GLAA 1LHIA 5C6IA 1OUBA 1LMPA 4OWAA 3LZ2A 1GF7A 3A3QA 2EIZC 2XBSA 2YBMA 5FSTA 1FDLY 1EL1A 1IWWA 1B5WA 4N1CC 4PGJB 4PRQA 1D6PA 3LYMA 5LVJA 1E8LA 3RW8A 4GCFA 1FN5A 4OW1A 1LCNA 3AZ7A 1YL0X 4BADA 3CT0A 1TDYA 1JKCA 1G7IC 1T6VL 1MLCE 1XGPC 1REZA 3AW7A 2I25L 3J6KA 4NHSA 4B49A 4DWXA 1JTPL 1HF4A 3A96A 4WO6A 5LVHA 1NHEA 4YEMA 5LYTA 1I20A 2MECA 1NQIA 8LYZA 3BKVA 4H8YA 1OUHA 1WQNA 1BVXA 5HMVA 1GXXA 1LMOA 2RSCA 1IWXA 3B72A 3A92A 4XYYA 4DD7A 2DQFC 1NF5A 3W6AA 5L9JA 1EQ5A 4U3XB 3RU5A 1GBYA 1CKFA 2C8OA 4GCBA 3WU7A 4WG1A 5D5FA 4AGAA 1LYZA 1UIDA 1W08A 5IDDA 1GAZA 4N0JA 1BHZA 1QTEA 4EMNA 1LMNA 4NGYA 2D4IA 1XEJA 4WO9A 5HMJA 3WXTA 2LZTA 4H9FA 5A3ZA 5B1FA 3T6UA 5APFA 1HFXA 2DBTA 5LVKA 1LJ3A 1LZNA 1VDPA 1YQVY 3VWOA 4KT3A 4NY5A 1GXV2 3B6LA 3EBAB 3TMWA 1CJ9A 3P4ZA 5L3IA 3LN2A 1LKSA 1JJ3A 4H93A 4DD9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
189LA 4WP2A 3K92A 1BVKC 1P37A 4I7TA 1HSWA 3DN4A 3FE0A 4G4NA 4LF9M 3AV0A 1NNUC 4LYMA 5II3A 1UIGA 2ZAMA 228LA 3HU1A 3WUNA 1Q02A 3HJSA 2DKVA 2HKJA 2BJVA 2ZYPA 1TH3A 4NL4H 2HUKA 5LMUM 3A34A 2HHHM 2JUJA 1G0LA 1YKXX 2ZQ4A 1B7NA 1GWDA 5KXOA 1GFRA 4MGYE 3SHFA 4ETEA 1OUEA 2RGHA 4RW2A 3ZC7B 1L21A 2HL7A 3LYOA 3WYHA 1DI5A 5KXWA 4LYBA 2DQEY 3A46A 114LA 3NYAA 2A7DA 3CSZA 4Q7JA 4IBCA 2XTHA 4I7JA 184LA 5B07A 2R62A 1XNRM 3FE3A 3W6FA 2G3QA 3E3DA 4IBFA 120LA 1LJHA 4WLXA 1NNJA 246LA 1OV5A 1ZWNA 3L29A 8CATA 4QY9A 1VEDA 2VDBB 3H4MA 1IOTA 2CRUA 5E26A 1JR3D 3TWMA 1WTNA 1HT1E 2HEFA 2NWDX 9LYZA 1L1TA 5I4XA 1HERA 5BR8M 1AZFA 2LYMA 5KXTA 5LINA 4YF2A 1DKJA 1BWHA 1LJGA 1QTHA 6LYZA 3TMXA 5EXSA 1GF6A 1ZMYL 1A2YC 1V7TA 2H1RA 3WPLA 1IWUA 3QE8A 4IAPA 1HMKA 2JNHA 4B3SM 4CFOA 3UGJA 3HHYA 1RI8B 2BQCA 2DAKA 1MU5A 4I7KA 1IFYA 3HT8A 1L23A 1KW7A 1G59A 1KYIA 1VEJA 4LT0A 1YAQA 3CT5A 1C6DA 5KXZA 5FTKA 4G6ZA 1EQEA 4GCCA 2WSFF 2BQLA 3TQSA 4JI1M 2QENA 2LCBA 4WOAA 1L02A 1ZV1A 1UIHA 2MEDA 1RJCB 1WXQA 1WQPA 3G3XA 4NSIA 3HH5A 1REYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 189L A;  1BVK C;  1P37 A;  4I7T A;  1HSW A;  3DN4 A;  3FE0 A;  4LYM A;  5II3 A;  1UIG A;  228L A;  3WUN A;  2DKV A;  2ZYP A;  2HUK A;  3A34 A;  1G0L A;  1YKX X;  2ZQ4 A;  1B7N A;  1GWD A;  5KXO A;  1GFR A;  4ETE A;  1OUE A;  4RW2 A;  1L21 A;  3LYO A;  3WYH A;  1DI5 A;  5KXW A;  4LYB A;  2DQE Y;  114L A;  3NYA A;  2A7D A;  3CSZ A;  2XTH A;  4I7J A;  184L A;  5B07 A;  3W6F A;  3E3D A;  120L A;  1LJH A;  4WLX A;  246L A;  1OV5 A;  1ZWN A;  4QY9 A;  1VED A;  1IOT A;  1WTN A;  2HEF A;  2NWD X;  9LYZ A;  5I4X A;  1HER A;  1AZF A;  2LYM A;  5KXT A;  5LIN A;  4YF2 A;  1DKJ A;  1BWH A;  1LJG A;  1QTH A;  6LYZ A;  3TMX A;  1GF6 A;  1ZMY L;  1A2Y C;  1V7T A;  3WPL A;  1IWU A;  3QE8 A;  4IAP A;  1HMK A;  4CFO A;  1RI8 B;  2BQC A;  4I7K A;  3HT8 A;  1L23 A;  1KW7 A;  4LT0 A;  1YAQ A;  3CT5 A;  1C6D A;  5KXZ A;  1EQE A;  4GCC A;  2BQL A;  2LCB A;  4WOA A;  1L02 A;  1UIH A;  2MED A;  1RJC B;  1WQP A;  3G3X A;  4NSI A;  3HH5 A;  1REY A;  4AXT A;  1H6M A;  5DL9 A;  1JJ1 A;  1OUI A;  1NHB A;  1YKY X;  4NHT A; 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