1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
2NWDX 2LYOA 3A90A 1G7MC 5APDA 1LMPA 2Z18A 1LKSA 1LZ1A 1JKAA 4BAFA 1C10A 2G4QA 4OOOA 4ETCA 1UIEA 2I6ZA 5DL9A 3WL2A 3B72A 1BB6A 5M1YA 4NSGA 4XJHA 5FSTA 5ILFA 3LYTA 5L9JA 4ETBA 1KXXA 2W1YA 1UIFA 4H9FA 4BAPA 4YEMA 2H5ZA 1OUCA 4WMGA 3AJNA 4H9HA 1GF5A 1BVKC 1XEKA 1NBYC 2BQJA 2FBBA 1WTMA 4NGWA 5IELA 1OUDA 3LZTA 1FKQA 2ZQ3A 3LN2A 1LAAA 2F30A 3WMKA 4DC4A 3CT0A 1OUJA 1IWVA 1XEIA 2HU1A 1RFPA 1C43A 3LYZA 4Z41A 1DXJA 1EQEA 1FLWA 1AT5A 4WG7A 3RT5X 3WPLA 2CJLA 4TWSA 2W1LA 1IOQA 1IY4A 1VDQA 5LYTA 5LVIA 1JTPL 4DDAA 1LSPA 2HECA 2H9KA 4LFPA 1WVUA 5LVHA 5IHGA 4G4CA 1B5UA 1YL0X 2DQFC 3LYMA 3MGWA 2YVBA 4O34A 4RLMA 4WL7A 3WUMA 2MEFA 1GXXA 4RDSA 2Z38A 1GE2A 4M6DA 3TMXA 4QGZA 3A3RX 3G3BB 2DBTA 1CKHA 4HV2A 4J0LA 4N5RA 3TXFA 4DD1A 135LA 1ALCA 2CWIA 4FJRA 4NSJA 1YKYX 1N4FA 2YBLA 1VDTA 1IOCA 1IR7A 4NHPA 1BGIA 5K7OA 1GB2A 4GN4A 4H9BA 4HTQA 1IWZA 1XGUC 1DQJC 2XBSA 1YILA 1IWUA 3TXEA 4B1AA 2ZILA 5B07A 1GE1A 5B1FA 132LA 4QY9A 4CGEA 1GBWA 3TXJA 3ZVQA 2HU3A 5KXLA 4Z98A 1JJ1A 1FLYA 1GFRA 4ETDA 1XGRC 1ZMYL 1BQLY 1YKZX 1JPOA 2YBNA 1H87A 1IP3A 4OW1A 1OUHA 1LZNA 4LYBA 1AM7A 1LCNA 1B7QA 5APCA 4R0FA 4PRQA 2FYCA 4AGAA 4PRUA 1LMAA 1B7LA 2ZNWY 1OUGA 4WO6A 1GAYA 2Z19A 4J1AA 5A3EA 2C8PA 2CDSA 3AGIA 3HBDA 1CJ8A 1ZVHL 1GBYA 2BQMA 1LZSA 4NY5A 2BQEA 5FDJA 5HMJA 2IFFY 3TMVA 4ET9A 3W6DA 153LA 1GB7A 1GHLA 1H6MA 1OUIA 2MEGA 3A93A 4ETAA 1LYOA 4BS7A 4B4EA 4WL6A 4C3WA 1GB8A 1VAUA 2AUBA 4HPEA 1T6VL 1WQOA 3WH1A 3G3AB 7LYZA 4LT3A 4RLNA 1IOTA 3WU9A 1NQIA 5KXZA 2WARA 3BKVA 6LYTA 1BB7A 1JHLA 3RU5A 2GV0A 3AYQA 1GF7A 1XGTC 4Z46A 2LYMA 1HMLA 3J4GA 1GF3A 4HP0A 4YF2A 5I4XA 1IR9A 4GCBA 5B06A 5LAGA 3T6UA 1EL1A 5I4WA 1JTTL 1IP4A 1VDPA 2BPUA 4D9ZA 1DZBX 1INUA 1BWJA 1OUEA 2BQHA 4NGIA 4OWBA 4XJFA 2D4KA 1HF4A 5B05A 9LYZA 5I54A 1WQNA 4PJ2C 2MEIA 4OWAA 1LSGA 3WUAA 5KXXA 4Z3MA 5I5QA 1I1ZA 1LMOA 1IP1A 5FEKA 1LZYA 1OQMA 1LMTA 1CJ6A 2Z2FA 2Z37A 2YBHA 4H93A 1IIZA 4ML7A 2BQBA 4OWEA 5F81A 4BADA 1GF0A 5LVGA 3EXDA 1UUZC 1YQVY 4R6CA 1REYA 1WQQA 2YBIA 1BWIA 3A95A 1JKDA 2ZNXY 3ZVQB 194LA 1C08C 1B2KA 3WULA 207LA 1LYYA 1LJ4A 3CSRA 4IASA 6LYZA 5KKJA 3WU8A 1GF6A 1BVXA 1IP7A 3A67Y 5AMYA 2RSCA 2Z39A 4PPOA 2HUBA 4H8ZA 4AXTA 4ANRA 1EQ5A 4XADA 3TXHA 1OUAA 1OUFA 5KKIA 1I20A 3AZ5A 1TAYA 4NHTA 1D0KA 3OK0A 1RI8B 2D4IA 5D5CA 1KIQC 5FELA 4II8A 5KXYA 3WUNA 1FBIX 2I26L 2ZIJA 3F6ZA 3ATNA 1QTEA 3N9CA 2Z12A 1LSNA 3P68A 3M3UA 1GWDA 1LJGA 1JJ3A 1JIYA 1RJCB 1LZEA 1W08A 3EBAB 5F9UA 5FHWA 4XJBA 4RW1A 4H90A 3A96A 2BQLA 2H9JA 1JJ0A 1UACY 3ATOA 1LJJA 4CFPA 1YANA 1GFAA 2EQLA 3CT1A 1IWWA 4WLXA 5HNLA 1B5WA 4QEQA 4LYMA 1V7SA 1TBYA 1YROA 3IWRA 193LA 1IC5Y 4NHIA 1GFGA 1LSYA 1XEJA 2DKVA 3P64A 4HSFA 1GEZA 4ETEA 1LJEA 3AZ7A 3CQLA 5LXWA 1LMCA 1GFVA 1HENA 4H9EA 4NGZA 5KXNA 1LSDA 4I8SA 2ZYCA 5LAFA 2G4PA 1JTOL 3WPJA 1NHEA 1GE4A 3A94A 1IP2A 1LMNA 4YOPA 4TUNA 1P2CC 3W6AA 4H8XA 4ZFPA 1GFTA 1UIBA 3WVXA 4G49A 2MEAA 4A7DA 3D9AC 4XN6A 3W3EA 4KL7A 2HEAA 1LHLA 1YAMA 2BLXA 1GBOA 1GEVA 5B59A 1G7HC 208LA 5KXWA 5L3HA 3WXUA 1LSAA 1UIAA 4HJYA 1SLYA 1HELA 1DI4A 1O23A 3W6FA 5KXOA 1FN5A 4G4BA 1AZFA 4XENA 4HTNA 4YENA 5T3FA 1KIRC 1LZGA 1LZ4A 2YBMA 1HHLA 1D9UA 5LA8A 4OWHA 3P65A 3B6LA 2Y8PA 4H91A 4ZEEA 1XGPC 1LHMA 3A6CY 1QIOA 1J1PY 5I53A 4NHSA 4U3XB 4N1CC 1IEEA 4M4OA 4DD7A 1LJIA 4NHQA 1YAOA 1B7RA 5APEA 4N8ZA 2BQDA 3EMSA 2Q0MX 4KPMA 4N1EI 1DKKA 4NFVA 4CJ2A 1B5ZA 3TXBA 1RCMA 1IVMA 3E3DA 1LJNA 1HEWA 2LHMA 5LVJA 2BQGA 4TX7A 1B5VA 1NMMA 1FKVA 1QDRA 1G7IC 1JEFA 3FE0A 1B7PA 3IJVA 1IO5A 4NGKA 1D6QA 4XJGA 4C5FA 1B5XA 2Z2EA 4G9SA 1LSCA 3AZ4A 3W6CA 1B7MA 1GB9A 3W6BA 1FLUA 1HEMA 4MCKA 1G7LC 1UA6Y 3KAMA 2F4GA 2BQNA 1GD6A 4WM4A 3AB6A 5LYZA 4GCEA 5DLAA 4B4JA 3GXRA 1J1OY 1GFKA 1B7SA 1LPIA 1YIKA 4J7VA 4NSIA 3EO5A 1LHKA 1F6RA 2D6BA 2FBDA 2FYDA 1QTKA 1GFHA 5L3IA 1UICA 1FDLY 3A91A 1CKCA 3CSQA 1LJ3A 1REMA 1Z55A 2MECA 4WOAA 3WW5A 3AW7A 4GLAA 2EPEA 4CFOA 5LVKA 133LA 4RW2A 4WO9A 5ILCA 4TSCA 1GBXA 1LMQA 4LYTA 4J1BA 4DD9A 3SP3A 4KT3A 4TSBA 4LYCA 3IJUA 1XGQC 5HLLA 4P2EA 2D4JA 1MLCE 1DI5A 3TXGA 3P66A 2XTHA 4LFXA 2YBJA 1W6ZA 5DN5A 5LIOA 4DD0A 1JKBA 4UWNA 2DQGY 4W94A 1LZCA 1IWXA 4LGKA 5C6LA 4B0DA 1HERA 2DQIY 1LJFA 2ZWBA 3TMWA 4CHXA 1GF9A 1GFJA 1GB5A 1IC7Y 4YEOA 4DYGA 4GCCA 4DT3A 3AW6A 1VEDA 1A4VA 1E8LA 4NIJA 1ZV5L 1CJ7A 1YL1X 1LZDA 1UIHA 1YAQA 1HMKA 3B0KA 1DPWA 1TDYA 5FCPA 3LHMA 1BWHA 1LHIA 4WM6A 1CKFA 2MEBA 1HSXA 1XSFA 3J6KA 1WQMA 1QUSA 1REXA 2B5ZA 3N9EA 1BB3A 4N9RA 4WM5A 5DM9A 4B49A 3RW8A 5EBHA 3CSZA 1D0LA 1B5YA 3QNGA 2DQHY 154LA 2HEDA 1AT6A 5I4YA 5KXSA 4DWXA 1KXYA 4DD3A 1IP6A 1GDWA 1I56A 2W1XA 3WPKA 4W96A 1IP5A 4LT1A 3QE8A 2DQJY 4WLTA 4UWVA 4DDCA 3B0IA 4NGLA 4WLDA 5KXKA 1JISA 3W6EA 4LT0A 5APFA 4DD2A 1LZBA 2BLYA 4NGVA 1GBSA 3RNXA 3GXKA 1IY3A 1GB6A 2HEBA 1WTNA 2W1MA 4H92A 4EMNA 5KXMA 4WG1A 1HEOA 1SQ2L 1GFUA 1DI3A 1QQYA 5DN4A 1YAPA 4L41A 4FDYA 5F14A 1LSZA 4I0CA 3A3QA 1LZRA 4N0JA 3TXKA 2VB1A 1CJ9A 1HC0A 5KXTA 4HTKA 4NGJA 1IR8A 1OUBA 1ZVYB 2EKSC 1LSEA 1CKDA 2XJWA 4UWUA 2LYZA 4PHIA 1GE0A 4NG8A 4XYYA 1VFBC 1A2YC 1XFPL 3N9AA 3AZ6A 4LT2A 2BAAA 4QDNA 1UBZA 4PGJB 1IC4Y 3CT5A 5B1GA 1LYSA 4OOTA 4WM3A 3ZEKA 4HJZA 4HJVA 1LHJA 1IORA 2G4NA 2PC2A 1VATA 4G4HA 1RE2A 1LTMA 4WM2A 1GFEA 2N5ZA 4B4IA 4NG1A 1IX0A 1LZ8A 1CNSA 3TMUA 1DKJA 4IJ4A 5E9RA 134LA 3VWOA 3A8ZA 1F10A 1TEWA 1LZTA 5HQ1A 1REZA 1WQPA 3RZ4A 1C46A 1F6SA 5E4PA 5A3ZA 4OWCA 1D0MA 1EQ4A 1JUGA 4ET8A 5KXPA 4GLVA 1HNLA 2XBRA 4TTDA 3WXTA 5KXRA 1GBZA 2HEFA 4H9IA 3TXDA 2MEHA 4NWHA 3QY4A 2F4AA 3A92A 1JKCA 1HFYA 1YKXX 2I25L 8LYZA 4KXIA 1LSFA 1QSAA 4GN5C 2LZTA 4H9AA 1MELL 1GXV2 3K3TA 3WYHA 5LINA 1HEPA 3WVYA 1JITA 2DQCY 1C45A 2EIZC 1QSWA 1HFXA 4EOFA 1HSWA 3LYOA 1GPQC 5F16A 1B0DA 1D6PA 4GCDA 1LHHA 3P4ZA 1LKRA 4H8YA 1B7NA 4LYZA 4NEBA 2ZIKA 1BB4A 1IWYA 4ZIXA 1PZYA 1QUTA 1LSMA 3FI7A 5J7CA 2HEEA 1G7JC 2IHLA 3AGHA 1FLQA 4NWEA 5D5FA 1VDSA 1PS5A 4H94A 1IWTA 2YDGA 4NGOA 3D3DA 1LYZA 5LA5A 1GE3A 2F2NA 1LJKA 1UC0A 1LZ5A 1NDMC 2YSSC 4WM1A 5C6JA 3B0OA 2DQEY 2DQAA 1DPXA 5IDDA 1LSBA 3TXIA 1GAZA 5HMVA 1KIPC 1WVVA 3A6BY 1KXWA 1TCYA 5KJ9A 2A7DA 1UIDA 1GDXA 3BKHA 2BQKA 1V7TA 1QDTA 1NKHA 2BQOA 1NWGA 3ULRA 4E3UA 4LYOA 2MEDA 4H1PA 2X0AA 4DDBA 5C6IA 3CB7A 3HBEX 4MR1A 5II3A 5KY1A 3A34A 1BB5A 1UIGA 4WLYA 3LZ2A 2BQAA 1JWRA 2DQDY 3HFMY 4NGYA 1IOSA 2CGIA 2HTXA 1J1XY 1NBZC 2A7FA 3WU7A 2ZYPA 1GB3A 1JSFA 3T36A 1CKGA 1OP9B 2C8OA 2MEEA 4X3BA 3WW6A 3HBHA 1LOZA 3M18B 1LJHA 4GN3A 4MSTA 1HFZA 2BQFA 4XJIA 1B9OA 1T3PA 1HEQA 2ZQ4A 1NDGC 1C7PA 2D91A 1NF5A 4XJDA 4YM8A 1LZAA 2BQIA 5HNCA 5JENB 3AGGG 4IATA 1F0WA 4GCFA 2LZ2A 2BQCA 4LZTA 4NSHA 1LZ9A 1BHZA 1GF4A 4HV1A 1UCOA 3OJPA 4H9CA 5LYMA 1LZ6A 4HPIA 1AKIA 1GF8A 1WQRA 1GB0A 1B7OA 1JSEA 5F9XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M7GA 255LA 4GMQA 1G7MC 1LMPA 4GRIA 4M0DA 4RNAA 5BR8M 253LA 181LA 1XB2B 2G4QA 4ETCA 2I6ZA 4QNMA 3RGSA 4L6V6 1L74A 5ILFA 3GLHA 3LYTA 5L9JA 4IBBA 4ETBA 4LDLA 2L6OA 1OUCA 4H9HA 1L92A 1ZWNA 2C96A 4DQ5A 5IELA 3C80A 1WTMA 1L06A 1LAAA 3HT7A 1OV7A 1C43A 2QHOB 4Z41A 1DXJA 3HU2A 3WPLA 2X49A 2OO9A 5FTJA 1GJTA 3GPXA 4G4CA 1L83A 4WL7A 4DV6M 4MGKE 2Z38A 3SB5A 3DMVA 4S12A 2DBTA 2YQZA 1CKHA 4N5RA 1CV3A 1Z5BA 4FJRA 1LPYA 1VG5A 2CUZA 1N4FA 2MROB 3HJSA 2UUCM 1BGIA 247LA 5K7OA 2LVQD 4GN4A 4HTQA 4W58A 1IWUA 1GL7A 2CEAA 4RF1A 132LA 1G4AE 1D3NA 2XLJA 3ZVQA 5KXLA 1JJ1A 1FLYA 4ETDA 225LA 1L69A 3C3EA 1V33A 1H87A 4OW1A 2RB2X 4LJ5A 1IN4A 1AM7A 5APCA 4R0FA 3R8FA 1KW7A 4AGAA 3FTFA 1GAYA 2KNAA 3AGIA 2O79A 1ORYB 1LYFA 1ZVHL 1GBYA 5FDJA 1XXHB 4DR3M 2A5YB 3U6EA 4MM3B 3LQRA 3F9LA 1GHLA 1QSBA 1G07A 2OTZX 2MEGA 3SYKA 2L09A 1LYOA 3DKEX 3BBZA 2R46A 4B4EA 2B6TA 4HPEA 5F3WA 1G3IA 3WU9A 1NQIA 5KXZA 2WARA 3PBLA 2LVPC 3GQ5A 1BB7A 1JHLA 1GF7A 2JZ1A 4W51A 1HMLA 4YF2A 1IR9A 5LAGA 3NBXX 1EIJA 4DQ7A 3T6UA 1VDPA 1NV9A 3GLIB 1Z5AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4NGO A;  1L73 A;  3D3D A;  1L20 A;  1GE3 A;  1UC0 A;  1L63 A;  2DQE Y;  1HT1 E;  1LSB A;  1QT6 A;  2ZTC A;  3TXI A;  3GLF B;  4EXM A;  1J7K A;  4PJZ A;  3V76 A;  111L A;  1PQO A;  1QDT A;  1NKH A;  4IBK A;  4LYO A;  1JWR A;  3HTB A;  4W57 A;  2HTX A;  1QSQ A;  1L99 A;  1GB3 A;  1CKG A;  2CHQ A;  1OQY A;  1L39 A;  1C6T A;  2ZAM A;  3OE6 A;  4XJI A;  3GLH E;  1T3P A;  1T97 A;  1L96 A;  3F92 A;  1NF5 A;  4YM8 A;  4JI1 M;  2BQI A;  1WIV A;  1PQM A;  1LWK A;  5JEN B;  1L50 A;  1F0W A;  4GCF A;  2BQC A;  1G1V A;  1BHZ A;  1SXJ D;  3HUK A;  2ZBK B;  3UON A;  5LYM A;  5KPR A;  1R6B X;  3SAV A;  2G8L A;  4L78 A;  4TUW A;  157L A;  1JR3 D;  3KS8 A;  4KT0 F;  5F9X A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 255L A;  1G7M C;  1LMP A;  253L A;  181L A;  2G4Q A;  4ETC A;  2I6Z A;  1L74 A;  5ILF A;  3LYT A;  5L9J A;  4ETB A;  4LDL A;  1OUC A;  4H9H A;  1L92 A;  1ZWN A;  4DQ5 A;  5IEL A;  3C80 A;  1WTM A;  1L06 A;  1LAA A;  3HT7 A;  1OV7 A;  1C43 A;  4Z41 A;  1DXJ A;  3WPL A;  4G4C A;  1L83 A;  4WL7 A;  2Z38 A;  3SB5 A;  3DMV A;  2DBT A;  1CKH A;  4N5R A;  1CV3 A;  4FJR A;  1LPY A;  1N4F A;  1BGI A;  247L A;  5K7O A;  4GN4 A;  4HTQ A;  4W58 A;  1IWU A;  132L A;  1D3N A;  3ZVQ A;  5KXL A;  1JJ1 A;  1FLY A;  4ETD A;  225L A;  1L69 A;  1H87 A;  4OW1 A;  2RB2 X;  1AM7 A;  5APC A;  4R0F A;  1KW7 A;  4AGA A;  1GAY A;  3AGI A;  2O79 A;  1LYF A;  1ZVH L;  1GBY A;  5FDJ A;  3F9L A;  1GHL A;  1QSB A;  1G07 A;  2OTZ X;  2MEG A;  3DKE X;  1LYO A;  4B4E A;  2B6T A;  4HPE A;  3WU9 A;  1NQI A;  5KXZ A;  2WAR A;  3PBL A;  1BB7 A;  1JHL A;  1GF7 A;  4W51 A;  1HML A;  4YF2 A;  1IR9 A;  5LAG A;  4DQ7 A;  3T6U A;  1VDP A;  1T8F A;  1QT4 A;  1BWJ A;  4NGI A;  9LYZ A;  5I54 A;  173L A;  1LSG A;  1I1Z A;  2B6Y A;  1LMO A; 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