1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
2DQGY 4ANRA 1F10A 1IOSA 1REXA 4XADA 5LIOA 1LYOA 3ZVQB 1FLQA 3WW6A 1B5WA 3TXFA 1GE1A 1GFGA 1DPWA 1HEOA 1BB7A 1GB2A 1HSWA 4H9IA 2BQNA 4HTNA 1B0DA 3W6BA 5B05A 1F6SA 1XGTC 1GF7A 1HEQA 3LYZA 1OUBA 5B1GA 4J1AA 5B06A 4NHTA 3A95A 5B59A 5I4XA 1IP3A 1VEDA 1UBZA 4WG7A 2HEEA 2PC2A 4NIJA 208LA 3AW7A 4DT3A 1SLYA 2D91A 4WMGA 1VDPA 4WM1A 5LA5A 1IR8A 1DXJA 2BQJA 3RZ4A 3ATOA 1CJ6A 1CKCA 1GEVA 1LJ4A 4H8ZA 3CSZA 1LJHA 2ZYPA 4NSGA 5APCA 1O23A 3J4GA 1JTPL 1BWJA 4LYBA 4N1EI 3W6AA 5DN4A 1GB8A 1YIKA 4DC4A 3KAMA 1YQVY 5I4WA 1GB0A 4LT2A 1GBXA 1GEZA 1V7TA 1JKBA 1LZ6A 1NWGA 1EL1A 1D9UA 3LN2A 4J1BA 1LKSA 1JKDA 1HFXA 2ZNWY 1OUHA 5C6LA 2Z12A 1FKVA 1NBYC 1DI3A 3B0OA 3K3TA 4II8A 2BQMA 5DL9A 3TXEA 4NY5A 2D4JA 2HEBA 4WLTA 1BHZA 1HNLA 4CFOA 1LSDA 1QQYA 1QDTA 1LMQA 4UWVA 1KIRC 1LZDA 1UACY 3A67Y 4LT1A 5ILFA 2MEAA 3A8ZA 2BPUA 3T6UA 1LSBA 3LZ2A 2X0AA 5L3HA 2DBTA 1LSGA 1LSZA 3EBAB 4GCBA 4NGOA 4HJYA 5F9XA 5KXMA 1KXWA 4G4CA 5ILCA 1D0MA 1CKDA 3BKHA 5E9RA 2BQBA 4ZEEA 1JPOA 3VWOA 3BKVA 4H93A 4B4IA 1RFPA 3IJVA 2MECA 4GN3A 4KPMA 4RW2A 1HEPA 3B6LA 4TTDA 3A96A 4YM8A 2YBLA 1UIEA 1TEWA 4NGYA 4QGZA 3WUNA 4QY9A 3WXTA 1FKQA 1H6MA 1YKYX 1J1XY 1B7RA 1YROA 3D3DA 5D5FA 1WQOA 4NFVA 1OP9B 1YL1X 5A3ZA 3TXIA 2LHMA 4DDBA 5KXSA 4HJZA 4B4JA 2LZTA 3WH1A 3G3BB 1CJ8A 1LZGA 1RI8B 3IJUA 1NKHA 1IORA 1OUAA 4N9RA 1HMKA 1GB3A 1OUFA 4TWSA 1LJ3A 1GB7A 5APDA 3HFMY 4CGEA 1LZNA 3CT0A 2F4GA 1GFUA 1DKJA 2YBMA 4G4BA 1B5VA 1IP1A 4U3XB 4LYCA 4LT3A 4Z98A 4LYOA 3TMUA 4C5FA 8LYZA 1IP2A 4N0JA 1REZA 1C7PA 4WM3A 4I8SA 2MEDA 4N5RA 1GFHA 4XJFA 5HMVA 1GAYA 153LA 1OQMA 1TAYA 1UIGA 132LA 2CGIA 5K7OA 1WQRA 1LTMA 194LA 4AGAA 1G7HC 3P65A 2ZYCA 3WXUA 3WPJA 4J7VA 1G7JC 4W96A 3RW8A 2DQHY 1OUCA 3HBEX 1IC4Y 1QUTA 2BQIA 2FYCA 1DI4A 4XJGA 1WQQA 5KKIA 1B7LA 1C10A 4W94A 1LSAA 1RJCB 4OWBA 2XTHA 2ZIKA 3CSRA 3WULA 2YBNA 1DPXA 1LHJA 1JJ0A 4NGLA 1GF8A 2ZILA 2CDSA 1GWDA 3LHMA 3A3RX 5KXPA 4EMNA 1LJGA 1QUSA 134LA 1XGUC 1LJEA 1JJ3A 1I56A 3WUAA 1GFAA 1HFYA 2Z37A 5D5CA 1LHLA 5KXRA 5LXWA 1T6VL 1REYA 2BQFA 3QNGA 1JTOL 1LJJA 1LZ9A 3LZTA 3WMKA 3CSQA 2BQAA 1XEIA 1XEKA 4YENA 1AT5A 1JSFA 3RNXA 1GF9A 4E3UA 4PJ2C 1YAPA 1LZ1A 3AW6A 3AZ5A 4NWHA 1GBYA 3HBHA 1LMAA 2MEFA 2W1LA 1JUGA 193LA 2F4AA 3CT5A 1OUEA 1JWRA 1DKKA 5DN5A 1LYYA 1GB6A 1BB5A 1GFEA 1ZVYB 2W1MA 4MCKA 1GXXA 5IELA 1W6ZA 4H8YA 4YEOA 5AMYA 1VDSA 1A4VA 4ZIXA 1LMTA 2F30A 4NHIA 1FLWA 2BQOA 3A6BY 1IY4A 1JSEA 1GE2A 1CKHA 4NG1A 135LA 1TBYA 1JJ1A 1UIHA 5I4YA 1LZRA 5M1YA 3LYOA 4DD1A 1AZFA 1IR7A 5LYMA 1IC5Y 1GE4A 4KT3A 1IWXA 4MSTA 1FLUA 1GFVA 4UWNA 4OW1A 4NGJA 2I6ZA 3A93A 3AB6A 4ETEA 4HP0A 1B5UA 1LHHA 4PGJB 3QE8A 3ATNA 4H9CA 1RE2A 4H9HA 5KJ9A 1NHEA 1IO5A 4CFPA 5LVHA 4DYGA 1LMCA 1GFRA 1UC0A 2F2NA 4NGKA 5HNCA 1XGQC 4RW1A 1AM7A 1BVKC 2DKVA 3GXKA 1BGIA 3F6ZA 1J1OY 3A91A 5KKJA 1YL0X 1H87A 5IDDA 1UICA 3WYHA 1E8LA 4OWHA 1GF4A 3TXDA 1QTKA 3A3QA 3OK0A 4NGVA 4G4HA 4BAPA 2EQLA 4NGIA 2A7FA 3P4ZA 4WM2A 3TMVA 2ZQ4A 4HV2A 2Z2EA 4RLNA 4XJBA 2HEAA 1GB9A 3CT1A 4ETCA 6LYTA 9LYZA 2DQFC 2AUBA 3QY4A 4WLXA 1UUZC 1WQPA 5LYZA 1UA6Y 2Z18A 1ZV5L 1LSPA 2I25L 4H90A 1GE0A 4ZFPA 1IOQA 1IR9A 2RSCA 4NHPA 2D4IA 1BB3A 1BVXA 1GFJA 1I20A 1YKXX 3AGGG 5KXWA 5LVGA 4LT0A 4YEMA 1V7SA 3MGWA 2ZQ3A 2HEFA 1LYZA 1LZYA 2LYMA 1KIPC 3LYTA 4FJRA 1VATA 4YF2A 5IHGA 1QIOA 2CWIA 4G49A 2Q0MX 4LYMA 3CQLA 4H8XA 5B1FA 2BQKA 2Z39A 3P64A 1OUDA 1QSWA 1I1ZA 1KXXA 2CJLA 1IP5A 1GFTA 4XJDA 2YSSC 1GPQC 4TUNA 2EIZC 2H9KA 4NSHA 1GD6A 1UIDA 1CKGA 1KIQC 4NHQA 1P2CC 1YKZX 4B1AA 2HEDA 5I53A 5LAGA 4UWUA 4HV1A 1HELA 4L41A 4M6DA 5F9UA 1LZEA 3RU5A 6LYZA 3ZVQA 1B7PA 4N8ZA 2YBJA 1LJFA 4ET8A 1UIBA 1DZBX 4WLDA 1CJ7A 4KL7A 3TMWA 2IHLA 2DQDY 5KXLA 1FLYA 2YVBA 4QEQA 1EQ5A 1WQNA 3AJNA 1GBOA 4NHSA 4H92A 1HENA 4GLVA 4IATA 4NSIA 1IY3A 5KXZA 4BADA 3WU7A 2MEEA 4LGKA 3WPKA 1NDGC 1DI5A 1LZ8A 3AZ4A 3AYQA 4XENA 1IWUA 5F16A 1HC0A 1GDWA 1IEEA 4R0FA 1XGRC 1OUIA 2VB1A 1LSMA 2Z19A 1WQMA 1JISA 2LZ2A 4GCFA 3P66A 3HBDA 4DD3A 2BQCA 1INUA 7LYZA 4NGZA 2DQCY 1AKIA 2MEHA 1IWYA 133LA 4HSFA 4A7DA 1B2KA 1C08C 4Z41A 1LHKA 5FCPA 1BWHA 1JKCA 1D6QA 3WVYA 2YBHA 1LZSA 4NEBA 3W6EA 2YDGA 5APEA 1AT6A 1CKFA 1GE3A 4OWCA 5LINA 1IC7Y 3AGIA 1QDRA 5F14A 1D0LA 4IASA 4B49A 3CB7A 3N9EA 4TSCA 4N1CC 3SP3A 3N9AA 4LFXA 3GXRA 1GXV2 2XBSA 1ZMYL 1FN5A 1LZBA 4X3BA 3B0IA 5HQ1A 1GF6A 4G9SA 4GCDA 1BQLY 3W6CA 3TXKA 2HU3A 4MR1A 3W6FA 5L9JA 2ZNXY 1LZAA 4NGWA 1B7SA 1G7MC 1EQ4A 1IIZA 3E3DA 4H94A 4NG8A 4WOAA 4I0CA 1LZCA 2HTXA 1TCYA 1IWTA 1UCOA 2D6BA 4H91A 5A3EA 4WL6A 1LSNA 2G4PA 2DQEY 1EQEA 1T3PA 3A94A 1IWVA 1HFZA 4NWEA 5FELA 1TDYA 1LMOA 1JKAA 2BQLA 4OWAA 3RT5X 4DD7A 1IOTA 3FI7A 5L3IA 3D9AC 1HF4A 5I54A 1B7OA 3T36A 4Z46A 1UIFA 1XGPC 1WVUA 3EMSA 1JITA 5HMJA 1IP4A 2BQEA 1LJNA 2DQAA 3TXHA 4AXTA 4DDCA 1D0KA 2MEGA 2XBRA 4OOOA 1J1PY 1LOZA 1FBIX 2A7DA 1HHLA 4XYYA 3ULRA 2FBBA 4O34A 5KXOA 1WTNA 5HNLA 1GBZA 1LAAA 3WPLA 2W1YA 5FEKA 1NDMC 1C43A 1Z55A 1IX0A 5KXYA 4WL7A 4NSJA 4DWXA 1B5ZA 4ETDA 2WARA 4ETBA 3A34A 1NF5A 4Z3MA 1SQ2L 4PHIA 5LVKA 4OOTA 4WLYA 2FBDA 4IJ4A 1LSYA 2NWDX 4LYZA 1GBWA 1QSAA 3N9CA 1VDQA 2D4KA 3EO5A 4GCCA 2EPEA 3IWRA 3WVXA 2BQGA 1RCMA 1LCNA 1A2YC 4TX7A 1UIAA 1MLCE 1XFPL 4GCEA 2HU1A 4EOFA 1LKRA 1VDTA 2YBIA 4LZTA 1IP6A 5I5QA 3ZEKA 1B9OA 1ALCA 4WO6A 3TXJA 1LMNA 1YAQA 1B5YA 3G3AB 1NBZC 2MEIA 2LYOA 4XJHA 3W3EA 3B0KA 4WO9A 4J0LA 4PRUA 4BS7A 4OWEA 154LA 1B7QA 2GV0A 4GLAA 4DD2A 4ML7A 1JHLA 2XJWA 4HTQA 1JTTL 2BQHA 1PZYA 4H9FA 4CJ2A 1KXYA 1REMA 2Z2FA 5C6IA 3M18B 3TMXA 4WM5A 4ET9A 1GDXA 5E4PA 5FSTA 4RDSA 4P2EA 1LMPA 1FDLY 4H1PA 5DM9A 4BAFA 5DLAA 2W1XA 1GF3A 3FE0A 5JENB 5KY1A 1LZ4A 5F81A 1HEWA 1IWWA 3LYMA 2C8PA 3AZ7A 4QDNA 3WU8A 1OUGA 4D9ZA 3A92A 1GAZA 1W08A 1YAMA 2ZWBA 2B5ZA 1NQIA 1WVVA 3WU9A 5LYTA 1YILA 5FDJA 1QTEA 4B0DA 1C45A 1CJ9A 1LJIA 2HUBA 1VAUA 3P68A 4GN4A 4C3WA 1LZ5A 3AGHA 2Y8PA 1NMMA 1F0WA 4HPIA 4R6CA 2N5ZA 5KXTA 4WG1A 5KXKA 3W6DA 1GHLA 1YAOA 4KXIA 4WM4A 1XSFA 5J7CA 1LSFA 4FDYA 5HLLA 2DQIY 1HSXA 5B07A 1BB6A 3J6KA 4YOPA 2IFFY 5LVJA 1IWZA 5KXNA 3WUMA 4ETAA 4CHXA 1IP7A 1D6PA 1VFBC 1G7IC 3B72A 1DQJC 4PRQA 1LSCA 4HTKA 5C6JA 1B7NA 1GBSA 2BQDA 1IOCA 1LYSA 1N4FA 5T3FA 5II3A 2EKSC 2MEBA 1ZVHL 2LYZA 2I26L 5EBHA 4LFPA 4RLMA 4GN5C 1GF5A 1F6RA 4XJIA 1B5XA 1BWIA 1JEFA 3TXBA 2Z38A 2BAAA 4HPEA 4H9BA 1LZTA 2C8OA 3OJPA 4H9AA 1HEMA 1C46A 5LA8A 1JIYA 4M4OA 1G7LC 4DD9A 4WM6A 1WTMA 1MELL 1XEJA 4DD0A 5APFA 4HJVA 1IVMA 1HMLA 1PS5A 1LSEA 3TXGA 2BLXA 2FYDA 207LA 2H5ZA 1LHIA 1OUJA 1GFKA 1BB4A 4B4EA 4DDAA 2BLYA 2HECA 1LJKA 2G4NA 4PPOA 4LYTA 2DQJY 2H9JA 5LVIA 2G4QA 3A90A 3WL2A 1B7MA 5KXXA 3WW5A 3AZ6A 4TSBA 1GB5A 5FHWA 1LPIA 1YANA 1HERA 2ZIJA 3EXDA 4H9EA 1LHMA 1CNSA 1GF0A 3A6CY 3M3UA 4XN6A 5LAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ANRA 4XADA 1NHGC 1KFVA 2B75A 1B5WA 4JI7M 2JP7A 1GFGA 4LYOA 4H9IA 4JI1M 4KT0F 2L4EA 3LYZA 1GF7A 1OUBA 249LA 1DGGA 2P5TA 4NHTA 2XEPA 3A95A 5B59A 4NSOB 3VLFB 1K28A 3TWMA 208LA 4I7LA 4WM1A 1KW5A 118LA 1IR8A 1DXJA 3GQ4A 1PQDA 2RB2X 3HT8A 1CKCA 1GEVA 3CSZA 1LJHA 200LA 1NO1A 5ITYA 2LCBA 3J4GA 2CUUA 4LYBA 4I7PA 3GLFE 2UUAM 1OWYA 1YIKA 4DC4A 2OU8A 1C6LA 1L60A 1V7TA 1LZ6A 1EL1A 4GC9A 4J1BA 2YR0A 1E9RA 1HFXA 4GMQA 1L72A 2ZNWY 3C8SA 4II8A 1XWIA 1DI3A 2D4JA 2OE7X 1LSDA 4MGZE 1QQYA 2EKKA 1QDTA 1LMQA 2QQ8A 130LA 4LT1A 3HKPA 3FUVA 4DR6M 2X0AA 4IAPA 248LA 104LA 5KXMA 1KXWA 215LA 4PT5A 4G4CA 1D0MA 3BKHA 3AL0C 3Q8XA 1CU6A 4B4IA 4GN3A 4RNAA 3A96A 5BR8M 1TEWA 4D82A 4QGZA 5E26A 3C8QA 3WXTA 212LA 1FKQA 181LA 1NV8A 1J1XY 1YROA 2ANVA 3D3DA 5D5FA 1OP9B 1E94E 3CDVA 4GC5A 1D3MA 4DV2M 3G3BB 1RI8B 170LA 1IORA 4TWSA 4Q7JA 1L47A 1GB7A 1LV7A 2LHCA 1LZNA 5EP3A 1GFUA 1G71A 5IWAM 1B5VA 4G4BA 1IP1A 4U3XB 5GKNA 1QUHA 168LA 2C98A 3C3EA 1REZA 1TDZA 3VFDA 1G06A 4I8SA 4YY3M 1L00A 1XNQM 5ITQA 5KPTA 1WQRA 4NRVA 3E46A 4KHPM 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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