1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
4R0FA 5E4PA 1J1PY 1D6QA 3P65A 4IATA 1OP9B 3TMUA 4B49A 3TXEA 1TEWA 3N9EA 1F6RA 2BQKA 2HEEA 2HEAA 4B4EA 1B7NA 1GFRA 4ETCA 5LVHA 1C10A 3D9AC 3QY4A 1GF6A 3AZ7A 1GB8A 2F4AA 2GV0A 1LZ1A 135LA 1LYOA 3KAMA 1HERA 4WLDA 1UIGA 3B72A 4W94A 2Z12A 2FYDA 1HSWA 1UUZC 5KXZA 2Z39A 1HSXA 3B0KA 4HSFA 2BQLA 2DBTA 5FCPA 1C43A 1YAQA 2MEAA 3RW8A 2LYMA 1GB7A 2FBBA 1LSCA 5DN4A 1BB5A 1LYYA 2AUBA 1RJCB 4H94A 2HU3A 1DI3A 1LJEA 1VDQA 3A3QA 5I4XA 4B0DA 1C08C 1B7PA 5LVIA 1B5WA 1YAMA 1CKHA 3HFMY 1GB6A 1IY3A 1NWGA 4ZFPA 1JSEA 1GFAA 4XJIA 3TMVA 4EOFA 4HTQA 2PC2A 4WO6A 4I0CA 4C3WA 4WL6A 4M6DA 4Z98A 2FYCA 3WUNA 3AGIA 1JHLA 1UIFA 4NIJA 3WVYA 1LZEA 4HP0A 4W96A 1LHMA 4N1CC 3BKVA 4NHSA 1AKIA 1B7RA 3WUMA 1A2YC 2W1LA 5KKJA 2MEBA 4G9SA 4PJ2C 1IEEA 1NDGC 3EBAB 1ZVHL 2YBHA 1BB3A 1CKGA 2CWIA 4NGWA 1JWRA 4DDAA 2BAAA 1XGTC 2H9KA 1MLCE 4HJZA 4XENA 3WU7A 4DD0A 1IR7A 1XEJA 1GE2A 1CJ7A 1UIHA 2EPEA 1LZ4A 1CJ9A 1LTMA 1LYSA 2LZTA 5FDJA 2CJLA 1UIBA 1LCNA 1JSFA 1LHIA 2Z19A 1AT5A 1WQPA 4H90A 1YKYX 4MSTA 1IP2A 1QUTA 1GD6A 1HFXA 3WPJA 4DWXA 4RW1A 4LYTA 1EL1A 5APCA 1BQLY 1LMPA 4LYOA 4PHIA 4TSCA 2HEFA 2MEIA 4EMNA 2BQHA 4LGKA 4DC4A 1WQOA 1UIDA 4GCDA 5HLLA 4LFXA 5A3EA 1AT6A 5L3IA 1XFPL 5HNLA 5M1YA 1BWJA 1LSPA 1UBZA 3N9CA 4H9HA 1IWWA 3WYHA 1DPWA 1GB9A 1AM7A 2D4KA 3AB6A 4N8ZA 4PRQA 3TXDA 4ETEA 1WQRA 1OUCA 4OOTA 1GBYA 3WU8A 2YBMA 1GPQC 1I1ZA 1E8LA 1G7LC 3ZEKA 1BB6A 1GF0A 1YIKA 4AXTA 1GFVA 3GXRA 3WH1A 2Z2EA 1GEZA 3A96A 4TWSA 1LZ8A 1XGQC 4KPMA 3T36A 2G4NA 2IHLA 5LA5A 1REMA 1RCMA 3EMSA 5KXRA 4DDBA 1YILA 5A3ZA 2W1MA 5I5QA 2MEFA 1YQVY 3HBEX 4GN3A 3LZ2A 1J1XY 4YOPA 4LYCA 5L9JA 1IP6A 1GBSA 1VATA 1DZBX 2N5ZA 3IJVA 1TCYA 4HTKA 4WM1A 1TAYA 3AZ5A 3CB7A 1RFPA 1IWYA 2BQAA 1GF5A 1PZYA 1EQ4A 1LJKA 5KY1A 3W6BA 5DN5A 1DI4A 3G3BB 2D4JA 3B6LA 4QY9A 4H91A 5IELA 3W6DA 1HMKA 2DQIY 4DD3A 3AYQA 1V7SA 4LYBA 2A7DA 1LHJA 5T3FA 1WTMA 1GFTA 1C7PA 1T6VL 4ET8A 3AJNA 1FDLY 1JKBA 5F9XA 1GE0A 1HNLA 4H1PA 1LSBA 1JIYA 4H8ZA 5LVGA 5KXWA 3WW5A 1NF5A 4GCFA 2DQEY 2ZYPA 3K3TA 5D5FA 2MEDA 1XSFA 1BB7A 3AW7A 4OOOA 2BQJA 4G4CA 4J1AA 4QEQA 4WOAA 1KIQC 4XJDA 1HELA 1HFZA 5FELA 3W6EA 1LJIA 4BAFA 3AGGG 2XJWA 4E3UA 4DYGA 1FN5A 1IOQA 3W6FA 4GLAA 4PRUA 5ILFA 2Z18A 4KT3A 3GXKA 3A95A 1DKKA 2DQAA 4NSHA 5FHWA 5KKIA 3LZTA 1LMQA 1BHZA 1UACY 4O34A 4LT1A 4NEBA 1JKCA 1LZGA 5B06A 4RLMA 5HMJA 3M18B 4OWBA 4CGEA 1D9UA 1LSYA 1IP5A 5LVJA 4N9RA 1B2KA 2HEBA 2YSSC 3ATNA 1FLUA 2CGIA 1LJJA 4HV1A 1UICA 3P4ZA 1HEMA 3WMKA 2ZNWY 1GFGA 3N9AA 4NSJA 5II3A 1GF9A 2X0AA 1B0DA 2BQGA 3A3RX 1WVVA 1BB4A 1T3PA 3MGWA 2ZQ4A 2HEDA 3J6KA 5DL9A 1LMTA 1JJ0A 1LKSA 4WM3A 4H8XA 1UA6Y 5HNCA 1GB5A 4ETAA 1OUIA 4NGOA 5I53A 2BQMA 1LPIA 2BQDA 1KIRC 4N5RA 8LYZA 1QSWA 1JKAA 2BQCA 3IWRA 4FJRA 2DQGY 1OUBA 5E9RA 1JJ3A 1VEDA 2YBLA 2Z37A 1H6MA 4OWEA 5AMYA 1LHKA 208LA 1LMOA 1F6SA 3W6CA 5LYMA 1VAUA 134LA 2DQJY 2BLXA 3SP3A 1XGUC 1HEQA 4LYMA 3A94A 4NG8A 1IP1A 5APDA 3ZVQA 4BADA 1Z55A 4TSBA 1IO5A 1BVKC 3A6CY 2LYZA 1ZV5L 4LZTA 4NHPA 1LZ6A 4Z46A 1WQNA 3EXDA 3CQLA 1NMMA 1D0MA 2H5ZA 4WM4A 1GE1A 1GHLA 4WO9A 4XJBA 2I26L 1QDRA 1FKVA 4II8A 2D4IA 4A7DA 3LN2A 3ZVQB 1YANA 4J1BA 5LXWA 1HEOA 1KXXA 1G7HC 3CSRA 1NBYC 4XADA 4G49A 4WM2A 1GDWA 2ZQ3A 2MEEA 1GB0A 4TTDA 4NWHA 3LYZA 1D0KA 5KXKA 4ETDA 1LZBA 3AGHA 3LYMA 1LZYA 4NG1A 5LYTA 4OWAA 2LHMA 1QUSA 4NGZA 4UWNA 1O23A 2G4PA 2DQHY 1W08A 2HTXA 4KL7A 4J0LA 4XN6A 1BWIA 2HUBA 1QTEA 4HTNA 4NGKA 4OWHA 4LT3A 5B1FA 4M4OA 4BS7A 1B7QA 4H9IA 1LMCA 3J4GA 2D6BA 2DKVA 2YBNA 1CKDA 1LZ9A 4LT0A 1GB2A 3F6ZA 3TMXA 2H9JA 3BKHA 1D0LA 4OW1A 1GF7A 1YKXX 2XBSA 4BAPA 1ZMYL 1GEVA 3FE0A 4NGVA 2B5ZA 3A91A 2DQFC 2CDSA 5B05A 4CJ2A 4WMGA 3HBHA 5F16A 1BGIA 3B0IA 3TMWA 3WXUA 1LSEA 5F14A 1QTKA 4ANRA 1IWZA 1IP7A 3LHMA 1GXXA 4WM6A 1CNSA 1FLQA 1GFHA 1FLYA 5DLAA 1QSAA 1REYA 3A67Y 9LYZA 1I56A 3RZ4A 2BLYA 132LA 4C5FA 3OK0A 133LA 1JITA 4I8SA 1UC0A 3WPKA 3A93A 1W6ZA 1JTPL 1QIOA 1IWTA 1EQ5A 2BQFA 3HBDA 4GN4A 2ZNXY 1YROA 2F30A 5APFA 5KXYA 5J7CA 5ILCA 1QQYA 1UIAA 2C8PA 3LYOA 4HPIA 4CFPA 1B7LA 2F4GA 2I6ZA 2IFFY 4H9BA 4ML7A 1BVXA 2F2NA 1YAOA 3TXIA 1LZNA 4WLYA 154LA 1G7MC 5KXOA 1JUGA 3M3UA 1GDXA 2YBIA 3AZ6A 1H87A 1NHEA 1C46A 1VDPA 3TXKA 4DD9A 5B07A 3E3DA 4LT2A 1FKQA 1QDTA 4MCKA 3CSQA 3QNGA 4GLVA 4H9CA 4YF2A 3B0OA 3WU9A 1IOCA 5FSTA 1LJ4A 2D91A 2DQCY 4WM5A 2HECA 1P2CC 2XBRA 2YBJA 5LIOA 1GFEA 1PS5A 1GBOA 4NGYA 4YENA 5JENB 1OUGA 4R6CA 4XYYA 4NHTA 2BQNA 2YVBA 3TXFA 1LZSA 5LAGA 6LYZA 5HMVA 1GBZA 3WW6A 1JEFA 2W1XA 4NFVA 3ULRA 1TDYA 1GFKA 4P2EA 5LINA 3TXHA 5IHGA 2FBDA 1IX0A 3AZ4A 4PPOA 1HHLA 5APEA 4H8YA 5LYZA 1IR8A 4WLXA 1HC0A 1DQJC 1IC4Y 4MR1A 5EBHA 4YEOA 4B4IA 2EQLA 1LZAA 4PGJB 5C6IA 4NHQA 1IVMA 1UIEA 4UWUA 2C8OA 1IOTA 4N0JA 1OQMA 1B5VA 1WQMA 3IJUA 2A7FA 3A6BY 1NBZC 1RI8B 2EIZC 4RDSA 4DDCA 4LFPA 1KXYA 1DPXA 3VWOA 1G7JC 1RE2A 4H9EA 4AGAA 4B4JA 4NHIA 4D9ZA 1GF8A 4WG1A 4H9AA 5KJ9A 2HU1A 1HFYA 1A4VA 1LAAA 4L41A 5F81A 4DT3A 4G4BA 1B5XA 1C45A 1VDTA 1GE3A 1LKRA 1CKCA 4XJGA 4H9FA 4WL7A 4XJHA 1D6PA 1KXWA 3FI7A 2MECA 1LMNA 4NSGA 5D5CA 3WPLA 5KXXA 153LA 1IWVA 1JISA 1WVUA 1LSMA 193LA 1IP4A 2BPUA 4HV2A 4WLTA 4WG7A 3RU5A 3A8ZA 1WQQA 1YL1X 1GE4A 1VFBC 4ETBA 4UWVA 2VB1A 1BWHA 2YDGA 1B9OA 2BQBA 3G3AB 1HENA 1KIPC 3CT1A 1CJ8A 4HJYA 4DD7A 1LJ3A 1CKFA 1N4FA 3RNXA 3EO5A 5B1GA 5B59A 1LOZA 3P68A 1GBWA 1G7IC 4G4HA 1OUHA 3A92A 3A90A 4GN5C 1EQEA 4IASA 4HJVA 5KXPA 5LAFA 3W6AA 2W1YA 4ZIXA 1JKDA 3CSZA 1IORA 1LJFA 2Z2FA 2ZIKA 4NY5A 3TXJA 1GBXA 1GFUA 1LZDA 1B7OA 1LJHA 4RLNA 1B5YA 3A34A 1LSGA 4NWEA 3ATOA 1REXA 2BQOA 1FLWA 1J1OY 2ZILA 5K7OA 3AW6A 1TBYA 2LYOA 1DKJA 5KXTA 1LMAA 4NGLA 5C6JA 1ZVYB 4NGIA 1NQIA 1OUJA 5KXNA 1LZRA 1GWDA 1LZCA 1GXV2 4RW2A 1LSZA 1LSAA 4N1EI 1VDSA 2BQEA 3WL2A 1B7MA 194LA 4DD2A 4IJ4A 207LA 4TX7A 4B1AA 1B5ZA 1LSDA 2XTHA 3CT0A 4NGJA 4NSIA 4YEMA 1LJNA 1YKZX 1F0WA 2I25L 4ZEEA 1DXJA 1LHLA 2G4QA 4QDNA 3QE8A 1IIZA 2BQIA 5L3HA 1REZA 1B5UA 1LHHA 1F10A 2MEHA 1XEIA 4GCBA 3WUAA 1SLYA 1XGPC 1IWUA 5KXSA 5I54A 3RT5X 3P66A 4H93A 3D3DA 5F9UA 4ET9A 4Z41A 5KXLA 1IR9A 1IP3A 1FBIX 2MEGA 2ZIJA 3T6UA 2EKSC 1LSFA 1SQ2L 6LYTA 1GF4A 4FDYA 3WXTA 1OUDA 1IOSA 2LZ2A 1JJ1A 2WARA 3P64A 4GCCA 5I4YA 1HMLA 1LYZA 1GF3A 2ZWBA 5I4WA 1IC5Y 1AZFA 1INUA 1LJGA 1GFJA 4QGZA 1LZTA 1V7TA 1XEKA 4OWCA 3W3EA 1I20A 1NDMC 1WTNA 1HF4A 1YAPA 2Y8PA 5FEKA 3WVXA 1JPOA 1JTTL 5HQ1A 3OJPA 1JTOL 1LZ5A 1OUFA 1UCOA 1YL0X 3LYTA 1CJ6A 5C6LA 4KXIA 2Q0MX 1HEWA 1IY4A 4TUNA 1GAZA 2DQDY 5LA8A 1DI5A 5DM9A 1XGRC 3TXBA 1LSNA 2RSCA 3WULA 3TXGA 7LYZA 5LVKA 4LYZA 5KXMA 1HEPA 4H92A 4Z3MA 2ZYCA 4GCEA 4HPEA 1OUEA 1B7SA 2Z38A 5IDDA 1MELL 4J7VA 4CHXA 4YM8A 1IC7Y 1OUAA 4XJFA 4U3XB 4CFOA 1NKHA 1IWXA 4DD1A 4X3BA 1GB3A 1GAYA 3CT5A 1ALCA 2NWDX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L61A 3P65A 4LZZA 2CV2A 4B49A 3TXEA 1HT1E 4ITQA 1CV1A 4B4EA 2NQ8C 1L16A 3ZCBB 3DN0A 2KRUA 1XEPA 3AZ7A 1QT6A 2KZSA 1NV8A 2XGNA 1HERA 2EJSA 2Z12A 1HSWA 1UUZC 143LA 1P7SA 3B0KA 3HT7A 1L77A 5KQ8A 4B3RM 4EXMA 2DXIA 2LYMA 4ARLA 1LSCA 3HGIA 4JI0M 2AUBA 2O79A 1RJCB 1SXJC 4H94A 1Z5AA 1DI3A 4L15A 1LJEA 4I5SA 3ZQJA 1IBMM 3DN4A 5ITRA 2ZANA 1B7PA 1B5WA 5LVIA 5EP1A 3GLFA 1CKHA 4AW4A 1EE8A 2GNOA 3IG8A 1JSEA 3TMVA 1QAOA 2K47A 3QAKA 4QOSA 142LA 4DV6M 1QUDA 4I0CA 1WTHA 2A4TA 1UIFA 2LTUA 2QB0B 4NIJA 4ARPA 4ARJA 4HP0A 4G4NA 4W96A 3T1HM 1LHMA 4N1CC 1B7RA 4BLCA 4XGIA 3K2LA 4LY6A 3THGA 2MEBA 3PBLA 1P56A 2YBHA 1HNZM 2CWIA 4HJZA 1MLCE 1R7RA 4DV4M 1IR7A 4II7A 1GL7A 1TGUA 5FDJA 1PQOA 1JSFA 2RBOA 2Z19A 192LA 4B7HA 1RU3A 8CATA 222LA 3NY8A 3WPJA 3HHYA 1LMPA 4LYOA 4EMNA 3G3VA 2MEIA 4AI6A 1QT7A 1LW9A 5A3EA 2DZNB 5HNLA 206LA 2FOIC 1BWJA 4GHAA 3SBJA 1L02A 2D4KA 1SXJD 4W58A 4OOTA 3J2PB 2O4WA 2D7EA 1OFHA 2Z7JA 125LA 2O25A 3ZEKA 1GF0A 1GFVA 1G3IA 2Z2EA 1SXJB 4E97A 2IHLA 1REMA 3VLFB 2EKKA 1LPYA 2DAIA 3UK6A 1L2BA 4JXJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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