1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
4RDSA 1LHHA 4D9ZA 1GFJA 4LGKA 4NHSA 1DKKA 4R0FA 1BHZA 3LYOA 4WG7A 5E4PA 4B1AA 3RZ4A 3CQLA 2PC2A 3OK0A 3WUMA 1ZVHL 5LVHA 1YKYX 2BQLA 9LYZA 4TUNA 5I4XA 5LAGA 1GE3A 2YSSC 4G4BA 2W1MA 5HQ1A 1FDLY 2HUBA 1NDMC 4HJVA 4RW1A 4ETEA 1LZDA 1LSNA 1QTEA 3A6CY 4G4CA 1OUIA 1UUZC 1LMCA 2F4GA 4OOOA 5F81A 1B5XA 2MEEA 3T6UA 1ZV5L 4GLAA 1LSAA 2LYMA 4GCEA 4Z46A 1JSFA 1UIHA 1VAUA 4IASA 3A92A 3J4GA 4MSTA 5IDDA 3B0IA 3W3EA 1LZ9A 3BKVA 4KPMA 1OUHA 1GFRA 1GB7A 1WTMA 2F2NA 1GB0A 2MEFA 5DN4A 5FHWA 1O23A 4YM8A 2MEGA 1UIGA 4DT3A 1LZGA 1DZBX 1LMQA 3TMUA 3AGIA 4PRUA 1YKZX 2HEDA 5IHGA 1GDWA 1CJ6A 3P4ZA 4QEQA 3TXFA 4M4OA 4N8ZA 4B4EA 1IVMA 1VDSA 4LYZA 1MELL 3WU7A 2D4KA 1QDTA 2RSCA 4CGEA 5KXXA 1B7MA 3FE0A 1B7PA 1XSFA 2HU1A 2ZWBA 1AM7A 1D0LA 1GE2A 1OUEA 3A94A 4LFPA 4ETCA 5KKJA 1B7LA 1LSZA 1QQYA 3AB6A 3E3DA 1IIZA 1YL0X 1LZ5A 1IP1A 4N5RA 1HMKA 5LVGA 3CSZA 1HEWA 1FLUA 1BQLY 4ET8A 2I25L 5B06A 4DD7A 1GAZA 5ILFA 2DQCY 5C6JA 5L9JA 5DLAA 1EQ4A 2DQFC 1REXA 4XJFA 1GB5A 4HJYA 1IR8A 1JJ1A 2BQFA 2XBRA 3AZ6A 5L3IA 2YBMA 5I53A 3AGGG 1WVVA 2G4NA 1J1OY 5F9XA 5LA5A 1FN5A 2HEBA 1HEOA 2LYOA 4WLYA 2LHMA 5AMYA 4XJDA 5E9RA 1IWXA 1HFXA 3N9AA 3W6AA 2FYCA 3A3RX 1YILA 1AKIA 4H92A 4YEOA 3ZVQB 5KXLA 1HSXA 2AUBA 4NEBA 1GFTA 1DI5A 5B05A 1HEQA 8LYZA 1LKSA 2D6BA 3KAMA 1TEWA 5A3ZA 4RLNA 1IORA 5LVJA 5FDJA 4WO6A 1JUGA 3MGWA 4H8YA 2B5ZA 1LKRA 4WMGA 1DKJA 1OUCA 3LYTA 1G7LC 4ZFPA 1V7SA 2Y8PA 1LJ4A 2HTXA 1IWVA 4NG1A 5KXYA 3WU9A 3WW6A 1CJ7A 1GBOA 1HENA 4LFXA 1INUA 4LYTA 1A4VA 3LN2A 1LYOA 4TX7A 2BQHA 1GB9A 5F9UA 5KXWA 1VDQA 1LSYA 2BQOA 2DQDY 1YROA 3WXTA 1GXXA 1C45A 2H9KA 1H87A 4CHXA 1PS5A 1LZ4A 1J1XY 1B7NA 207LA 4BAPA 1LJ3A 2ZYPA 4H9BA 4UWVA 4B4IA 2LYZA 1GF8A 1BB7A 4RLMA 4DD9A 5KJ9A 2BQGA 3LZTA 1DI3A 1JJ3A 5KXNA 1DQJC 3SP3A 1WVUA 2CJLA 2NWDX 3TXDA 3A90A 4GN5C 4QY9A 3A95A 3GXRA 3P64A 5LA8A 2W1YA 2C8PA 4ML7A 1LHIA 2XBSA 5I5QA 5KXKA 3B0KA 4WM6A 1IWUA 2HEFA 4KT3A 1F10A 4NFVA 4ETBA 1B7SA 4DDBA 1LPIA 4WOAA 193LA 3AJNA 1GF4A 4H8ZA 2EIZC 4HTNA 4N1CC 3WVXA 1CJ8A 1LZ8A 4GN3A 2ZIJA 4GCCA 132LA 1FKVA 1LJKA 5LVIA 3A91A 2EQLA 1QSWA 1GBZA 1KIPC 1GF5A 1UA6Y 4IJ4A 1IC5Y 4HV1A 4XJGA 2MECA 4LYCA 4OOTA 4O34A 1LYYA 1GF7A 1IR7A 5KXZA 2W1LA 2Z2EA 1QUTA 1NMMA 1JPOA 5EBHA 4C5FA 1GB6A 1LSDA 1LJGA 133LA 1GBWA 4J1AA 1IP4A 1AT6A 1EQEA 1RE2A 1VDPA 1GDXA 1XGUC 2A7FA 4H9EA 4OWBA 2BLYA 4N1EI 1KIQC 1FLWA 134LA 4J7VA 4OW1A 4DD2A 1UCOA 3D3DA 4LYBA 1KXWA 5HLLA 2FBDA 4TSBA 1QTKA 4NIJA 1FBIX 4GCDA 4IATA 1LZBA 1LZEA 4G9SA 1JITA 4MR1A 1B5ZA 1KXYA 3D9AC 1SLYA 1UIDA 1IC4Y 2Z2FA 5B59A 1BVKC 1GE4A 4P2EA 1IP5A 1GXV2 2BPUA 2Z37A 1GF6A 2FYDA 2YBJA 4KL7A 2H5ZA 4W96A 4NHIA 4YENA 3TXKA 3GXKA 4MCKA 1LMAA 1EL1A 1IEEA 3TMWA 3WYHA 1G7MC 3LYMA 4J1BA 1CJ9A 4WLTA 4NGOA 1HSWA 4Z3MA 1UIAA 5LINA 3TXIA 3TXEA 5J7CA 5LXWA 3LHMA 1GBSA 4NGWA 1IOCA 1BB4A 1JISA 2BQCA 4NGLA 2CGIA 4H93A 1LZ6A 1G7HC 4EOFA 3B6LA 4B0DA 1GFVA 4OWHA 1YKXX 1UIFA 1C46A 5LVKA 2EPEA 1LJJA 1UIBA 4QDNA 4LT2A 4N0JA 4DD1A 2YBLA 1OUAA 1HMLA 2Z12A 2DQAA 4NGIA 1W6ZA 1UACY 4PGJB 2EKSC 1CKCA 1WQOA 4ANRA 1IO5A 3QNGA 1XFPL 2BLXA 4UWUA 3LYZA 1W08A 2G4PA 1BB6A 3CT1A 4Z41A 1CKFA 1E8LA 1ZVYB 2F4AA 4LT0A 1JTOL 1FLYA 2X0AA 1ZMYL 1HF4A 1OP9B 4AXTA 1I56A 1LHMA 4FDYA 5KKIA 4PJ2C 1IP6A 1OUGA 1GPQC 2Z19A 3EXDA 3B0OA 5FELA 5FSTA 4XJBA 2IFFY 1C43A 2ZILA 4Z98A 1D9UA 3HBEX 4NGKA 1TDYA 3P68A 4DD0A 1LOZA 3N9EA 3AGHA 3W6EA 1YAMA 4PHIA 3TMXA 1XEIA 1B5UA 4I0CA 1LMOA 1HEMA 4GCFA 3CSQA 4NG8A 1JKBA 1TCYA 3P66A 4CJ2A 5APFA 1YAPA 2BQMA 2BAAA 4LT3A 1QUSA 1LSMA 4WL6A 1REZA 4NGYA 3CB7A 4PRQA 2DQEY 5IELA 4TWSA 4M6DA 4ZEEA 4PPOA 3BKHA 4B4JA 4WM2A 1F6SA 2MEDA 5C6LA 5I4YA 1LCNA 1B7QA 1REYA 1VATA 1XGRC 3CT0A 3IJUA 3M3UA 1IOTA 3TXGA 1GFAA 1YQVY 3WULA 153LA 1NBYC 4XN6A 4BAFA 1GB8A 4H94A 4WG1A 5DN5A 1D0MA 1IY4A 1A2YC 1IOSA 1UC0A 1VEDA 1WQMA 4H9IA 5APCA 2I26L 4A7DA 2MEAA 5KXPA 1DPXA 1LJFA 2Z39A 1GF0A 1LYZA 2BQJA 4TTDA 1T3PA 2YBNA 1NHEA 1OQMA 1GB3A 3WPKA 3A34A 1LZRA 4HPEA 1HFYA 2Q0MX 1BWJA 1GBXA 2D4JA 5I54A 4WM4A 2YBIA 4CFOA 3OJPA 2ZQ3A 1B7RA 2F30A 3TXBA 2BQEA 2LZ2A 5K7OA 1HEPA 1LZCA 1GFEA 2ZNWY 3F6ZA 4YOPA 5B1FA 5KXSA 2YVBA 1GFGA 1IWTA 5I4WA 3ZEKA 1LHJA 1YANA 2DQHY 2HECA 3RNXA 4X3BA 1B5WA 4DD3A 1B7OA 1GE1A 2BQNA 1B5YA 1LSFA 1LZAA 5LAFA 3CT5A 3A6BY 3IWRA 1IP3A 4LYMA 5M1YA 1H6MA 5C6IA 4WM5A 1B2KA 1C08C 4BS7A 1LSEA 2I6ZA 4H9AA 3AZ4A 1I20A 4NHTA 5KXRA 4NSGA 2LZTA 1F0WA 4L41A 3EBAB 2GV0A 1YIKA 4EMNA 4GN4A 2HU3A 3A93A 1Z55A 4KXIA 5APDA 1GAYA 4H9FA 1GBYA 3WU8A 4WM1A 1OUFA 1DXJA 5DL9A 2CDSA 3W6DA 4H9CA 1JTTL 1HFZA 4WO9A 3EMSA 1LZ1A 1WTNA 5HMJA 2DKVA 1F6RA 1EQ5A 1JTPL 2C8OA 4NSIA 5D5FA 3TXHA 1V7TA 3A3QA 5B1GA 4LT1A 3IJVA 2CWIA 3WXUA 4DC4A 1IX0A 1AT5A 4NGJA 3W6BA 1GD6A 1QIOA 4WM3A 1LHLA 3WMKA 1JSEA 2HEEA 1IWZA 1UIEA 4DDCA 4GCBA 7LYZA 4HSFA 1NBZC 1JHLA 1GE0A 1GEVA 2MEBA 1JKCA 4HTKA 1HNLA 3QE8A 1XGTC 1IOQA 1LZSA 2VB1A 1BVXA 3TMVA 5LYZA 3A67Y 1QSAA 1KXXA 1VDTA 2H9JA 4CFPA 2D4IA 1BWHA 1B5VA 1LHKA 2FBBA 1CKDA 3EO5A 1GHLA 2DBTA 1GWDA 1NQIA 1RFPA 2BQBA 2YDGA 4ZIXA 2YBHA 1IWYA 1LJHA 1TAYA 1HELA 1FKQA 1LSBA 2ZIKA 4H8XA 2MEIA 1ALCA 1D6PA 3WUAA 1VFBC 1GFHA 4NSJA 1LZYA 4H9HA 1B0DA 3LZ2A 3HFMY 5ILCA 4QGZA 4R6CA 4HTQA 3J6KA 4H91A 1YAQA 4NSHA 1AZFA 4U3XB 4E3UA 4NGVA 4YF2A 3RW8A 1LJNA 4ET9A 4TSCA 1CKGA 1LSPA 1WQRA 2ZYCA 3AYQA 3P65A 1KIRC 4FJRA 1TBYA 3A96A 4HV2A 1DI4A 3TXJA 1C7PA 3ZVQA 1G7JC 1JEFA 1GB2A 1C10A 1LZTA 2A7DA 1SQ2L 3ATNA 5L3HA 1GFKA 1IR9A 4ETDA 3A8ZA 4ETAA 1BGIA 1LMNA 1IY3A 2ZQ4A 1NF5A 3QY4A 135LA 1LYSA 4HJZA 4XJHA 3RU5A 3AZ7A 3N9CA 4HP0A 5KXMA 3T36A 1YL1X 1JKDA 4NGZA 4II8A 4OWAA 5APEA 3AW6A 2WARA 1I1ZA 3B72A 4I8SA 1HC0A 2XJWA 1OUDA 3G3BB 4J0LA 4NHQA 1JIYA 4G49A 5LIOA 4XENA 4OWEA 2BQIA 5JENB 1GFUA 5HMVA 1REMA 3WUNA 1JWRA 1LSGA 4NY5A 1LJIA 4GLVA 1GF3A 1IWWA 3RT5X 1QDRA 3WVYA 1GEZA 1XGPC 4N9RA 6LYTA 4WL7A 1LJEA 1B9OA 4H90A 4DYGA 5FCPA 4XYYA 1NDGC 5LYTA 1XEJA 1UBZA 4WLDA 1YAOA 2BQAA 2BQDA 3WL2A 5T3FA 5FEKA 3WPLA 6LYZA 1NKHA 1LTMA 4YEMA 2G4QA 3HBDA 4UWNA 2BQKA 3CSRA 3G3AB 4G4HA 1RCMA 1CKHA 1JKAA 1RI8B 4XADA 194LA 3AW7A 2XTHA 4HPIA 4DDAA 3W6FA 1G7IC 1WQQA 1XGQC 4NHPA 4DWXA 1D6QA 1LZNA 1MLCE 5LYMA 4BADA 1LMTA 5A3EA 5DM9A 1JJ0A 1GF9A 1LAAA 4C3WA 1BWIA 3HBHA 4LYOA 5B07A 2N5ZA 1D0KA 3W6CA 154LA 2DQGY 1LSCA 1BB5A 3FI7A 3WPJA 1HHLA 4XJIA 5KXOA 5D5CA 1UICA 1RJCB 3K3TA 2D91A 2DQJY 3WW5A 1PZYA 1NWGA 1LMPA 2MEHA 4W94A 208LA 1P2CC 2ZNXY 3ATOA 3AZ5A 1DPWA 1J1PY 1WQNA 2Z38A 4WLXA 4NWEA 1T6VL 1WQPA 1IP7A 1HERA 3M18B 2HEAA 4B49A 2W1XA 1FLQA 1XEKA 4H1PA 2DQIY 4LZTA 1OUBA 3ULRA 5HNLA 4RW2A 1OUJA 1BB3A 2IHLA 1IP2A 1N4FA 2Z18A 4NWHA 4OWCA 3VWOA 3WH1A 5HNCA 5KXTA 5KY1A 5F14A 5II3A 1CNSA 1IC7Y 4AGAA 5F16A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV6M 1LHHA 189LA 4WG7A 4B1AA 1BHZA 256LA 1C66A 3LYOA 3CQLA 2YFQA 3KSJA 2BQLA 4G4BA 1PQJA 4DR4M 5KO3A 4RW1A 3SB6A 1SG9A 4IBBA 3A6CY 1L31A 2F4GA 1IY1A 5FTMA 1B5XA 1DO2A 1L93A 2LYMA 3QYEA 2OQ4A 2XEPA 3A92A 3DA1A 3V2YA 4I5SA 1UIGA 4DT3A 4I4LA 2XSZA 2I7PA 2LCBA 2HEDA 4B4EA 1NJFA 3WU7A 1QDTA 5KXXA 3FE0A 1B7PA 3A94A 5LZMA 1DYCA 4LFPA 5KKJA 2O79A 3AB6A 3E3DA 1YL0X 3GLGE 1T6HA 3UMMA 3HHZA 1HMKA 3FYDA 1HEWA 5B06A 1SWYA 125LA 2Y21A 2QENA 4DV2M 2DQFC 230LA 3CF2A 1IR8A 3SAUA 1OWYA 3SATA 2G4NA 1J1OY 2R44A 172LA 1HEOA 2DAEA 4WLYA 4XJDA 3SAWA 2LZMA 4LDEA 1HFXA 5EP3A 1L25A 1YILA 1AKIA 3A3RX 5KXLA 5E26A 1P7SA 4DV3M 1Z6TA 1GFTA 174LA 5B05A 4IBEA 2KRUA 4NC6A 2F5PA 1CV0A 173LA 3VKHA 3LMMA 3GLHE 1LKSA 3KAMA 4ITQA 1TEWA 1PRBA 5A3ZA 2DHYA 1TH3A 245LA 2VF7A 1KW5A 1QTHA 3MGWA 4H8YA 1WIVA 1L10A 1LKRA 2KEBA 1DKJA 4I7PA 1S3SA 4I7KA 1L01A 1C6KA 1HNWM 3WW6A 1INUA 1TH2A 2KNVA 1D3NA 1Q3BA 1SX2A 4W58A 163LA 5KXWA 1R7RA 4LZMA 1GXXA 1C45A 2H5XA 1PS5A 2KNZA 2RH1A 4LFAM 3J7AS 2D7GA 2ZYPA 4OX9M 161LA 2CHQA 3FUUA 4H9BA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1UBZ A;  3TWK A;  5T3F A;  5C1B A;  1L56 A;  2G4Q A;  3SYK A;  3G3A B;  1CU3 A;  4G4Q A;  152L A;  4G4H A;  1RI8 B;  194L A;  183L A;  4GH9 A;  1L63 A;  1WJ7 A;  1OKS A;  1WQQ A;  1L08 A;  243L A;  1D6Q A;  238L A;  1LMT A;  3NBI A;  220L A;  5KPT A;  1BWI A;  4ARQ B;  1HHL A;  4XJI A;  3B9P A;  1B6I A;  3HWS A;  1RJC B;  3K3T A;  2D91 A;  1Z5B A;  4LF6 M;  4LJ6 A;  3DN4 A;  1C6T A;  1L59 A;  1LMP A;  208L A;  3NY9 A;  3AJI B;  3ATO A;  1DPW A;  2DNA A;  3K8Z A;  2Z38 A;  1W5T A;  1LI2 A;  1DGG A;  3UZU A;  1L76 A;  4NWE A;  162L A;  2B3T A;  1WGL A;  3ULR A;  5HNL A;  2CUZ A;  4RW2 A;  3WH1 A;  1N4F A;  3VWO A;  1QUO A;  1P3N A;  1C6N A;  1REX A;  2B7X A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1LHH A;  189L A;  4WG7 A;  4B1A A;  1BHZ A;  256L A;  1C66 A;  3LYO A;  3CQL A;  2BQL A;  4G4B A;  1PQJ A;  4RW1 A;  3SB6 A;  3A6C Y;  1L31 A;  2F4G A;  1B5X A;  1L93 A;  2LYM A;  3A92 A;  3V2Y A;  1UIG A;  4DT3 A;  2LCB A;  2HED A;  4B4E A;  3WU7 A;  1QDT A;  5KXX A;  3FE0 A;  1B7P A;  3A94 A;  5LZM A;  1DYC A;  4LFP A;  5KKJ A;  2O79 A;  3AB6 A;  3E3D A;  1YL0 X;  1T6H A;  1HMK A;  1HEW A;  5B06 A;  1SWY A;  125L A;  2DQF C;  230L A;  1IR8 A;  1OWY A;  2G4N A;  1J1O Y;  172L A;  1HEO A;  4WLY A;  4XJD A;  2LZM A;  4LDE A;  1HFX A;  3A3R X;  1L25 A;  1YIL A;  1AKI A;  5KXL A;  1P7S A;  1GFT A;  174L A;  5B05 A;  173L A;  1CV0 A;  1LKS A;  3KAM A;  1TEW A;  5A3Z A;  245L A;  1KW5 A;  1QTH A;  3MGW A;  4H8Y A;  1L10 A;  1LKR A;  1DKJ A;  4I7P A;  4I7K A;  1L01 A;  1C6K A;  3WW6 A;  1INU A;  1D3N A;  1SX2 A;  4W58 A;  163L A;  5KXW A;  4LZM A;  1GXX A;  1C45 A;  1PS5 A;  2RH1 A;  2ZYP A;  161L A;  4H9B A;  2LYZ A;  4DD9 A;  4EKP A;  5KXN A;  1JJ3 A;  1L95 A;  4GN5 C;  3A95 A;  3PDS A;  1L13 A; 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