1QDTA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycoyslase slt35 in complex with calcium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdtA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdtA02
2DQGY 4C5FA 1XEIA 2BLYA 4NHQA 1HHLA 4CHXA 5B1FA 1LJ3A 1C46A 4WM5A 1YKXX 1UIEA 2BQEA 3P64A 3WULA 3A3QA 1XEJA 4MCKA 4NGLA 5KXWA 1SLYA 1GF8A 4NHIA 3M18B 3WU9A 1HNLA 5KXOA 1GF6A 2G4NA 193LA 5LAFA 3A93A 194LA 4B4EA 3W6FA 133LA 1B7NA 1J1XY 4D9ZA 1LYZA 5HNLA 2BQDA 1OUCA 1N4FA 2D6BA 1LMTA 134LA 1UIFA 1JTOL 2HU1A 3G3AB 1OUBA 4DDBA 1IC4Y 5B06A 4DWXA 4ANRA 1BQLY 1IWUA 1GDWA 1LSGA 5KXMA 1YROA 1BB4A 3WL2A 1B5ZA 4YOPA 1KIQC 2Q0MX 1CNSA 1PS5A 1YL0X 4LYZA 4AGAA 4ETCA 2HU3A 1FLUA 4HPEA 1LSZA 1GFEA 2H9KA 3A3RX 4ET8A 1IOCA 4FDYA 1KIPC 3P4ZA 1QSAA 3W6EA 1XGRC 1QUSA 5D5FA 1WQPA 3CSZA 1JJ0A 1B7PA 1INUA 2DQAA 4KXIA 1D0KA 1LZBA 1MELL 4OWBA 132LA 1WTNA 1JKAA 1VFBC 4PRUA 4XJIA 5KXXA 3CT0A 1AZFA 1OUEA 3ZEKA 2MEFA 5ILFA 5KY1A 1LSMA 1JIYA 2BLXA 3QY4A 5HNCA 2DKVA 4NSHA 4NGZA 1HSWA 5DN4A 4LZTA 3WVYA 5C6IA 1LPIA 4MSTA 1HEOA 2IFFY 1EL1A 4GN5C 4L41A 5LVGA 1GB0A 4OWHA 2ZQ3A 3KAMA 4DC4A 5I54A 1LSPA 3K3TA 2H5ZA 4LYBA 1HFXA 2ZYCA 4WLYA 1HMKA 4W94A 2F4AA 3HBDA 2XBRA 1I56A 3A8ZA 1IOTA 1C43A 4LT1A 1OP9B 4UWVA 5KXPA 1YAQA 1F6RA 1B5VA 4M4OA 1UUZC 3LYTA 4RW1A 3TMUA 3TXGA 3A92A 2G4QA 1GE3A 3RT5X 2YVBA 2HEFA 2MECA 1JPOA 1NQIA 3EO5A 3P66A 1HELA 1MLCE 5E4PA 1GD6A 3F6ZA 1YKYX 3A6BY 1B7OA 4XJGA 1GF7A 1LSAA 1IORA 5K7OA 3D9AC 4NGOA 2MEGA 4WL7A 1NF5A 2VB1A 5FHWA 1IR8A 1BGIA 1QTEA 4DDAA 1F10A 1LZRA 1KXWA 1XSFA 5FDJA 4NGVA 1DPXA 1LYOA 1XGPC 1LHIA 4NSGA 5LA8A 4H9EA 1CKCA 1JKBA 4I0CA 4RLMA 3WVXA 4ETDA 1T3PA 4NSIA 5F81A 5FEKA 3M3UA 5APFA 5APEA 1LZTA 3AYQA 4EMNA 2XTHA 1RFPA 5T3FA 4LT3A 4BS7A 1VDSA 2LZTA 4PHIA 4OOTA 5ILCA 1TDYA 3HBHA 1FLQA 1IIZA 1LSBA 4G9SA 4NWHA 1B0DA 5IDDA 2FBDA 2BQGA 3LYOA 5D5CA 1LSDA 2RSCA 5KXZA 1VATA 1GB5A 1LMCA 1JISA 2LYOA 2Z2EA 3CSRA 1NDMC 1JKCA 2EKSC 2I6ZA 2Z12A 4ZFPA 2BQHA 4XN6A 1KXYA 1FLYA 2X0AA 3EMSA 1FLWA 4LYMA 4PGJB 5HQ1A 3AW6A 1GF0A 4NGWA 4NG8A 4QEQA 3AJNA 1LHKA 1V7SA 1JKDA 1IP6A 4TSCA 4G4HA 1CKFA 4R6CA 5LXWA 1LMNA 2ZYPA 3LHMA 1VDPA 2A7DA 4GCBA 3N9EA 1B7QA 4ET9A 1LZYA 1HSXA 2ZNWY 1DKJA 1OUDA 4J1AA 4W96A 1YILA 1LZEA 2HUBA 3A67Y 3AGHA 3N9CA 4LGKA 4OWAA 1GBOA 4HV1A 2MEEA 1B5WA 1LMQA 2DQCY 4RLNA 208LA 3VWOA 5LA5A 3WPJA 3WW6A 2W1MA 1GFTA 1GXXA 2BQKA 1REZA 1YANA 2MEHA 2Z19A 3BKVA 4NWEA 3ULRA 1RI8B 4GCCA 2AUBA 2EQLA 1NMMA 4LT0A 1XGQC 1QQYA 3AGGG 5HMVA 4H8YA 5KXYA 2Z37A 7LYZA 1E8LA 4ZIXA 1LOZA 4GLVA 2HEAA 2HEDA 2HEBA 4UWUA 1GFGA 2LYMA 2BPUA 1OUAA 135LA 1HFYA 1LMAA 3TXDA 4B4JA 2D4KA 3ZVQB 1IY3A 153LA 5C6LA 3QNGA 5II3A 4TX7A 2HEEA 2F30A 2N5ZA 3N9AA 1DQJC 1EQ4A 4PJ2C 4PRQA 2I25L 1C7PA 1OUFA 3HFMY 1C10A 3GXKA 1HF4A 4FJRA 1TBYA 1JJ3A 3BKHA 1B5YA 1FKVA 1NDGC 4H93A 1BWJA 2YBJA 4NIJA 4B1AA 1DPWA 1LJNA 4H9FA 1LZGA 1O23A 1OQMA 2FBBA 3WUMA 1G7LC 1LZ1A 1SQ2L 1LJGA 1BHZA 4RDSA 5I5QA 2Y8PA 3P65A 3A94A 1B7RA 1LZ6A 2GV0A 5APCA 1GFUA 4KT3A 3B0KA 3G3BB 2CGIA 4NFVA 1WQOA 4X3BA 3CQLA 2B5ZA 1DI5A 2CWIA 5DN5A 4HPIA 1NKHA 2D4JA 2FYDA 3MGWA 4YEOA 3TMVA 4R0FA 4II8A 5KKJA 3WMKA 1LJHA 4LT2A 4DD9A 1IX0A 3WXUA 4NHPA 1LZAA 1CJ8A 1D6PA 1LHMA 1DXJA 1UA6Y 4DD3A 1RJCB 2W1LA 4J1BA 1IWTA 1JSEA 5LVIA 4XJBA 5E9RA 1WVVA 4PPOA 4YENA 3ZVQA 1BWIA 1BVKC 1LZ4A 2C8OA 2ZNXY 4WM2A 1G7MC 1BB5A 1B5UA 2DQFC 4H9AA 1IP5A 5KXTA 4OW1A 1IEEA 1LKSA 1REYA 1FBIX 2D4IA 1BB3A 1UCOA 2BQFA 3WXTA 1GDXA 1LYYA 4GCDA 4WM1A 1PZYA 4LYOA 2MEAA 4NG1A 1NWGA 1D6QA 2F2NA 2WARA 4G4BA 2YBMA 2W1YA 4QY9A 6LYZA 4H9HA 5LVJA 5LAGA 5DL9A 4B49A 1XGTC 2BQNA 4N1EI 1LSFA 3AB6A 4WO6A 4OWEA 1LZDA 1YAOA 4LFXA 5KJ9A 1GB3A 4H91A 1HMLA 2MEDA 2Z2FA 1BVXA 1QDTA 1HEWA 1DZBX 1OUIA 1TAYA 2IHLA 5LIOA 1GFKA 1JUGA 1CJ7A 1VAUA 2LHMA 1LZCA 1YL1X 5KXNA 1IR7A 1CJ9A 3B0IA 5DM9A 4GCEA 1NHEA 3B6LA 3TXIA 1NBYC 4HTNA 1UICA 4HSFA 5L3IA 5LINA 1AM7A 2H9JA 1GWDA 2BQAA 4TTDA 1IOSA 4ML7A 5B59A 4TSBA 1W08A 1B5XA 1UIHA 1GB8A 3TXEA 1B2KA 2DQJY 4H8ZA 5M1YA 5C6JA 2ZIJA 1QTKA 1VDQA 1HEPA 3HBEX 4NHSA 1GFHA 4DD0A 5B07A 1A2YC 2Z38A 4AXTA 4H9IA 4XADA 4ETAA 1VDTA 1YQVY 1GBXA 5L3HA 4B4IA 1GFVA 3WW5A 1XGUC 4HTKA 5LYTA 2BQIA 2BQLA 2YBIA 4Z41A 4DD1A 3FI7A 8LYZA 3LZTA 1LYSA 1GHLA 4NGJA 3RU5A 3A95A 1D0LA 4IJ4A 4NGYA 5FELA 4KPMA 4QGZA 5I4YA 5I4WA 4HP0A 3RZ4A 1GFRA 3OJPA 3TXBA 2CJLA 1LSEA 1LZ8A 2F4GA 4HV2A 4CJ2A 3AZ4A 1LZ9A 1W6ZA 1CKGA 1WQNA 4J7VA 2BQOA 4XJFA 1A4VA 2ZWBA 3CSQA 3WU7A 1DI4A 3TXJA 1UBZA 4UWNA 2DQHY 4LFPA 1B9OA 2LZ2A 1IP4A 1OUJA 5IHGA 1CKDA 2ZIKA 4DDCA 1JITA 2YSSC 1YAMA 1DI3A 1GEVA 5LVKA 4MR1A 4NGKA 4NGIA 4N9RA 4TUNA 1GFAA 1BB7A 1XEKA 1AT5A 2YBHA 3IJVA 4H9CA 1LKRA 1I20A 5I53A 1LJJA 4IASA 4WG7A 3A96A 1G7IC 5HMJA 4B0DA 4WG1A 4H8XA 1GF3A 1GEZA 1KIRC 1IWVA 1IR9A 2BQJA 1JWRA 1BB6A 4M6DA 3WU8A 3W6AA 4WM6A 5KXLA 2G4PA 1WQQA 2BQBA 4DD2A 3E3DA 3RNXA 1GBSA 1LTMA 1YIKA 4Z98A 2PC2A 4OOOA 5FCPA 3WPKA 4LYTA 1LZ5A 5LYMA 4HJZA 1IWYA 1VEDA 2LYZA 1HC0A 1T6VL 3WYHA 4H92A 4A7DA 1LSYA 1IWXA 4DT3A 1GB9A 3AZ6A 1IP3A 3QE8A 4HJYA 1C45A 4G4CA 2YBLA 1LMPA 1CJ6A 1EQEA 1IP7A 1ZV5L 4KL7A 4H94A 1GB6A 1HFZA 3AGIA 1LAAA 3WH1A 2EIZC 1AT6A 2HTXA 1HENA 2YBNA 3WUAA 9LYZA 5LVHA 207LA 5F16A 1IWZA 1JEFA 1QDRA 2BQMA 2MEBA 4HTQA 4O34A 4N0JA 1ZVHL 4DD7A 4WMGA 4EOFA 1QSWA 5KKIA 1HERA 1REXA 1HEMA 1QUTA 4WO9A 1IC7Y 1IO5A 4HJVA 1WQMA 1QIOA 4NHTA 1G7HC 4RW2A 1F6SA 1GBWA 5I4XA 1C08C 4TWSA 3IJUA 4CFPA 5A3EA 1LSNA 4XJHA 1IP2A 2BAAA 5IELA 4WM3A 3TXKA 3J4GA 2Z39A 3J6KA 1GF9A 5B05A 1V7TA 4OWCA 1HEQA 1JJ1A 1GE1A 1NBZC 1B7MA 1P2CC 2NWDX 3WUNA 3CT1A 1GB7A 1D9UA 1LJFA 4XJDA 1GBYA 3D3DA 1IVMA 1FKQA 4GCFA 4DYGA 3TMWA 1OUHA 3EBAB 1GE2A 3CT5A 3TXHA 1UIDA 1LZSA 4YM8A 1KXXA 1F0WA 1IY4A 1XFPL 1GF5A 6LYTA 2Z18A 2HECA 4Z3MA 4ETBA 5A3ZA 1EQ5A 4WM4A 1ZVYB 1B7LA 1YAPA 1GPQC 1RCMA 1JSFA 2DBTA 3AZ5A 1DKKA 5F9UA 1YKZX 2YDGA 1D0MA 4BAFA 1WQRA 1G7JC 1LHHA 1TEWA 4WOAA 1H6MA 2A7FA 1UACY 4U3XB 2XBSA 3W6BA 3CB7A 3LYZA 2DQEY 1GAYA 1GXV2 1BWHA 3A90A 5EBHA 1UIAA 1WTMA 1LHLA 1IC5Y 4ZEEA 4CGEA 1REMA 1IWWA 1GBZA 1OUGA 3A34A 4Z46A 2DQDY 4I8SA 5L9JA 3EXDA 4WL6A 3LZ2A 3GXRA 4WLTA 3ATNA 4CFOA 1I1ZA 1TCYA 1J1PY 2I26L 2BQCA 4NY5A 2ZILA 4BADA 1LJIA 1GF4A 1JTTL 3W6CA 1IP1A 5B1GA 1FDLY 1LSCA 3IWRA 1LJKA 3P68A 3TXFA 4YEMA 4E3UA 5F9XA 3B72A 3W6DA 4BAPA 5AMYA 1UIBA 2FYCA 2MEIA 1GE0A 1H87A 3A6CY 3T6UA 1LMOA 3TMXA 3AZ7A 3LYMA 4P2EA 5HLLA 5JENB 5LYZA 5F14A 3B0OA 5APDA 4XENA 2ZQ4A 1GAZA 1LCNA 4GN3A 1LZNA 1UC0A 4H1PA 1FN5A 4LYCA 3RW8A 4WLDA 5KXRA 3FE0A 3OK0A 4IATA 4NSJA 2C8PA 1B7SA 1ZMYL 1GB2A 3A91A 154LA 1LJEA 1WVUA 4J0LA 5KXKA 5KXSA 1CKHA 1GFJA 2CDSA 4H90A 1AKIA 1GE4A 4WLXA 3WPLA 2XJWA 1ALCA 3AW7A 4NEBA 5DLAA 4G49A 1IOQA 4N8ZA 1JTPL 4H9BA 1Z55A 1LHJA 4ETEA 3W3EA 5FSTA 1JHLA 4C3WA 4QDNA 4XYYA 3LN2A 1LJ4A 1J1OY 1RE2A 3ATOA 1UIGA 4N1CC 3SP3A 4N5RA 2W1XA 2DQIY 4GLAA 2EPEA 3T36A 4GN4A 4YF2A 2D91A 5J7CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQGY 4C5FA 1GVNA 4JYAM 4CHXA 5B1FA 1IXSB 4WM5A 4R71A 3P64A 4NGLA 1GJTA 3GUJA 2QHOB 1HNLA 231LA 193LA 4W53A 244LA 1QANA 1LYZA 1L44A 4XK8F 2HU1A 185LA 3G3AB 2JUJA 5KXMA 1BQLY 1IWUA 167LA 3WL2A 3CF0A 4AGAA 4ETCA 1Q3CA 3FTFA 1FLUA 1NHGC 2H9KA 4WW0A 2XZUA 1KIPC 3P4ZA 1CU2A 1XGRC 1QUSA 5D5FA 3CSZA 1B7PA 2DQAA 1G0LA 4OWBA 5EJCA 1Z5AA 4XJIA 3HWLA 5KXXA 1L05A 3DOAA 2QP9X 3JAMS 113LA 1PJSA 1LSMA 4W52A 3OE8A 2BLXA 1SWYA 1DYAA 1HSWA 2ANXA 4NGZA 2CEAA 3W67A 1WXQA 1HEOA 1JTMA 1YE9A 3U6EA 1Z5CA 5FLXS 1L06A 1LSPA 3K8ZA 3K3TA 4FCTA 4LJ7A 3J7AS 147LA 1I56A 4QNMA 1C43A 3LVWA 1IFYA 4M0DA 1B5VA 3TMUA 3TXGA 4W59A 1HNWM 2JY6B 4I7OA 3RT5X 3P66A 3SATA 1L36A 2DZNB 3F6ZA 1YKYX 3A6BY 4IIWA 1L19A 3D9AC 3AV0A 2RBQA 1TH4A 2MEGA 4ARQA 5FHWA 1C64A 4I7LA 3VKGA 2VDBB 1BGIA 1IR8A 1QTEA 201LA 1L39A 4NGVA 1XGPC 1LI6A 169LA 149LA 3RE8A 4I0CA 4W51A 1L76A 1QT7A 3FTDA 3CDOA 3SAUA 2LCBA 2E5LM 2Q2EB 1L20A 1RFPA 3MMPA 4LT3A 1QT4A 1IN8A 4PHIA 1L35A 4CJ6A 1TDYA 1L92A 3HBHA 1FLQA 131LA 4NWHA 4HLQA 5IDDA 5D5CA 2P5TA 4B7FA 1GB5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2DQG Y;  4C5F A;  4CHX A;  5B1F A;  4WM5 A;  3P64 A;  4NGL A;  3GUJ A;  1HNL A;  231L A;  193L A;  4W53 A;  244L A;  1LYZ A;  1L44 A;  2HU1 A;  185L A;  3G3A B;  5KXM A;  1BQL Y;  1IWU A;  167L A;  3WL2 A;  4AGA A;  4ETC A;  1FLU A;  2H9K A;  1KIP C;  3P4Z A;  1CU2 A;  1XGR C;  1QUS A;  5D5F A;  3CSZ A;  1B7P A;  2DQA A;  1G0L A;  4OWB A;  4XJI A;  3HWL A;  5KXX A;  1L05 A;  113L A;  1LSM A;  4W52 A;  3OE8 A;  2BLX A;  1SWY A;  1DYA A;  1HSW A;  2ANX A;  4NGZ A;  1HEO A;  1JTM A;  1L06 A;  1LSP A;  3K3T A;  147L A;  1I56 A;  1C43 A;  1B5V A;  3TMU A;  3TXG A;  4W59 A;  4I7O A;  3RT5 X;  3P66 A;  1L36 A;  3F6Z A;  1YKY X;  3A6B Y;  1L19 A;  3D9A C;  2RBQ A;  2MEG A;  4ARQ A;  5FHW A;  1C64 A;  4I7L A;  1IR8 A;  1BGI A;  1QTE A;  201L A;  1L39 A;  4NGV A;  1XGP C;  1LI6 A;  169L A;  149L A;  4I0C A;  4W51 A;  1L76 A;  1QT7 A;  3CDO A;  2LCB A;  1L20 A;  1RFP A;  4LT3 A;  1QT4 A;  4PHI A;  1L35 A;  1TDY A;  1L92 A;  3HBH A;  1FLQ A;  131L A;  4NWH A;  5IDD A;  5D5C A;  1GB5 A;  3HTF A;  1LW9 A; 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