1QDTA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycoyslase slt35 in complex with calcium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdtA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdtA02
4KL7A 1LJNA 3HBHA 4H9CA 4XJHA 1IOTA 1HERA 1B2KA 1AM7A 1UIAA 3M3UA 3ATNA 1LCNA 5APEA 4NGYA 1HEMA 2XJWA 1A2YC 4TSBA 5KXZA 2XTHA 5LIOA 2BAAA 4H8ZA 4GCBA 4WM4A 1ZMYL 3B6LA 1UUZC 5C6IA 9LYZA 1LZYA 1VDSA 1GF5A 2MEEA 2HUBA 1NHEA 1YAOA 4LYTA 1NKHA 1CKCA 4DT3A 1CJ9A 1DI4A 1JUGA 5LAGA 1LPIA 1LKSA 1XEKA 1DZBX 1NBYC 4YF2A 4EMNA 4J7VA 5D5CA 5LA8A 1B5ZA 1MLCE 5EBHA 1UIGA 4KXIA 4LT0A 4J1AA 1GB3A 1LJ3A 1HSWA 1B5WA 1GAZA 1NDGC 132LA 1LTMA 4NGWA 4N8ZA 1KXYA 4UWNA 5KXWA 2BQGA 1HMKA 3A67Y 4RW1A 4YOPA 5APDA 3WW6A 1B5VA 2BQDA 4RW2A 4HJVA 1TDYA 1GFJA 5F16A 1LSGA 1WQOA 1GE3A 3HBEX 3HFMY 4FDYA 3LYTA 4OOTA 3QE8A 1OUCA 1UACY 3WU8A 2Z38A 1IP6A 1GFUA 1GE4A 1LZBA 2HU3A 1OUAA 1F6SA 2BQCA 2I6ZA 5DN5A 5FDJA 4LFXA 2ZIJA 1GXV2 1JITA 1T3PA 1IX0A 1JKAA 1W08A 3IJVA 2HECA 1GB6A 5I54A 5D5FA 5FCPA 4I8SA 4MR1A 3TXBA 3LHMA 3W3EA 4N0JA 4NY5A 4XJGA 5LVIA 4NHIA 1BGIA 4H92A 1KIQC 3CT5A 1GBWA 2LZ2A 3A34A 1B7RA 1XGPC 5LYMA 1GB9A 1GFEA 4YENA 4Z3MA 3P64A 3TMWA 1LYOA 3WUAA 4RLMA 3BKVA 2DKVA 4GLVA 3W6AA 2YBIA 3WPJA 3WXUA 3WPKA 4AXTA 1BB3A 5LA5A 1F6RA 4B4IA 1JJ3A 2XBRA 4H9FA 1IIZA 2D6BA 4RLNA 5FELA 1KIRC 2FYCA 3WW5A 3TXIA 1HELA 1GF6A 2I26L 1B7QA 1GBYA 3W6BA 4GCCA 1LZEA 1DXJA 1N4FA 2LYZA 1WTNA 1UBZA 4HJZA 1B5XA 1NMMA 1JIYA 2DQJY 1LZAA 1LZTA 2H9KA 3G3AB 2BQEA 2Z37A 4NGLA 4H8XA 4OWHA 2DQIY 4M6DA 3W6DA 1GBZA 1GHLA 3RNXA 1F10A 3WH1A 5A3ZA 1IWTA 1LSDA 1GB0A 1IOSA 1XFPL 3AZ4A 4WLTA 1NBZC 2EQLA 4WM6A 1G7LC 2CDSA 1HMLA 4XADA 4WM2A 1HFZA 2W1LA 5I4XA 4MSTA 1OUIA 4TUNA 8LYZA 5I4YA 4QDNA 1IC5Y 4NWHA 1IP2A 1IOCA 1REMA 2RSCA 1G7JC 2HTXA 4WM1A 1I1ZA 4HPIA 5KXSA 2EPEA 5KY1A 1ZVHL 1CJ8A 1V7SA 4LT1A 3QY4A 2BLYA 2MEBA 1D9UA 5DL9A 154LA 1GF4A 3A94A 4G49A 1LZ6A 1YQVY 1IO5A 5HNCA 1YKYX 4N1CC 4NG1A 3A96A 3ULRA 1J1OY 4ET9A 1FKQA 5FEKA 3J4GA 1A4VA 5F14A 1LHLA 3TXKA 3N9AA 1OUHA 2BLXA 1GEVA 1CNSA 4IASA 1C10A 1UIBA 133LA 1EQEA 3D3DA 2ZWBA 3VWOA 4CGEA 4LYZA 4W96A 1NDMC 1JISA 1TCYA 1HNLA 2IFFY 1GF7A 4DC4A 2HEDA 4OOOA 1D6PA 3RU5A 2DQDY 4ETAA 193LA 1LMNA 2YBMA 1RE2A 4C5FA 1REXA 2DQAA 1HSXA 2MEHA 4QGZA 2AUBA 1LJJA 2MEFA 1HEWA 2MECA 4DWXA 1HHLA 4B4JA 4NFVA 4TX7A 2C8PA 2HEAA 1HFXA 1Z55A 4BAPA 4ETCA 4HV1A 4NGZA 1PS5A 4U3XB 4CHXA 1ALCA 5KXRA 1UIDA 3A90A 3T6UA 4WL6A 3F6ZA 1YILA 3CSQA 1LHHA 5J7CA 1LMOA 5KXMA 4YEMA 1XEJA 3WU9A 4LT2A 5A3EA 1GPQC 3A93A 4H9EA 2D91A 1OUJA 3WU7A 2YBJA 2N5ZA 1LZ9A 1JJ0A 2ZNXY 1HC0A 1LHKA 4WG7A 3W6FA 4J0LA 5IDDA 4H93A 3TMVA 4GLAA 3G3BB 4MCKA 5LXWA 5F9XA 1IC7Y 1GF0A 1JTOL 1WTMA 1LSYA 2DQCY 3P65A 5B1FA 5APCA 2W1YA 2NWDX 207LA 1B9OA 1H6MA 1FLYA 2DQFC 1J1PY 2F4GA 2YSSC 4WG1A 5KKIA 1FDLY 1VDPA 2BQFA 4XJDA 4NGVA 4Z98A 1B7NA 1YIKA 1BVKC 2BQMA 1REZA 4GN3A 4QY9A 5C6JA 2WARA 4WMGA 1IWUA 1BB4A 4OW1A 3CSZA 1HEOA 1LAAA 1C46A 3IWRA 1V7TA 4OWCA 1LZGA 4IJ4A 1GB7A 2ZYPA 1FBIX 5F9UA 1OUGA 4NSIA 3LYZA 4BADA 4D9ZA 1QDRA 1VDQA 1IC4Y 4W94A 1LMPA 3WYHA 1ZV5L 1DQJC 1D0KA 3AGIA 1WVUA 3TXDA 1XSFA 1DPXA 1GDWA 1FN5A 2YBLA 3LZ2A 3MGWA 1LZNA 1LZRA 4L41A 1WQMA 3A3QA 4N9RA 5II3A 2BQJA 4PRQA 2C8OA 1AZFA 1LYYA 5LVKA 2HEFA 3N9EA 3OK0A 2DQEY 4DYGA 2W1XA 1C43A 1GAYA 1LYSA 1QIOA 1YAPA 4R6CA 6LYZA 1HENA 5KKJA 3B0IA 3EXDA 2DQHY 5E4PA 1XGTC 3HBDA 4O34A 2MEAA 4NGOA 1WVVA 5L9JA 5M1YA 1UCOA 1XEIA 1QTKA 1JKBA 3B0KA 1IWXA 1J1XY 2MEIA 1LJIA 4NGIA 153LA 1UA6Y 4NSHA 5LYTA 4R0FA 3A91A 4XN6A 4NHTA 4KPMA 1LMCA 4DD7A 1CKGA 1NQIA 1BWIA 1LMQA 1LJHA 4AGAA 5LINA 1QDTA 4G9SA 1IVMA 1IWYA 1B7OA 4HTKA 1RI8B 1REYA 1T6VL 1TEWA 3W6EA 4DDCA 4ZIXA 1GEZA 4H94A 5KXNA 1OQMA 3LZTA 2DBTA 4GCEA 3RZ4A 5HLLA 1LYZA 5I5QA 1IORA 5B1GA 1AKIA 5K7OA 1IEEA 4G4CA 3TXEA 1QQYA 2YBNA 4XENA 2H5ZA 1QTEA 1YL0X 2HU1A 4LYMA 1GB2A 1GB5A 2CWIA 1JKCA 1GFAA 5E9RA 3AW7A 1IP5A 3AJNA 1LZ4A 2F30A 5KXXA 3AB6A 3RW8A 1LZ8A 2MEGA 1LMAA 5LAFA 4WLYA 4NHPA 2Z19A 3LYOA 208LA 4E3UA 1IY3A 1UIFA 3QNGA 4M4OA 3AGHA 1QSAA 5KJ9A 1LZ1A 1B7SA 2H9JA 4HV2A 1INUA 1GD6A 1D0MA 2LHMA 4ZEEA 6LYTA 5KXYA 4WM5A 5LVGA 5FSTA 4H9AA 3CT1A 1TAYA 5B59A 4PRUA 1CKFA 2YDGA 2X0AA 4EOFA 1H87A 4IATA 4G4BA 1XGRC 1LSFA 1LJKA 2LYOA 135LA 4H1PA 3AYQA 4HP0A 1C08C 1RFPA 1GWDA 4XYYA 1LSMA 1VFBC 4UWUA 1LSBA 3TMUA 1LZSA 4ETDA 2ZQ4A 1IP3A 1GBXA 4OWAA 4WOAA 4ETEA 3GXKA 4G4HA 4CJ2A 2BQAA 5KXOA 1VEDA 1OUDA 1C7PA 1OUBA 1WQQA 2ZYCA 1CKDA 1JJ1A 1XGUC 3WUMA 1SQ2L 4B0DA 3SP3A 1BB7A 1IY4A 4PGJB 1CJ7A 2EKSC 3J6KA 5HMJA 3A3RX 4H90A 3A92A 3P68A 4A7DA 2Q0MX 2Z12A 5IHGA 1RCMA 1JSFA 3EBAB 1QUTA 1FLUA 4KT3A 194LA 4P2EA 4J1BA 4N5RA 3ZEKA 134LA 1W6ZA 1BQLY 1KXXA 5ILCA 2I25L 3CSRA 4WLXA 3AGGG 3A8ZA 4YEOA 3CB7A 1LMTA 1D0LA 4HTNA 5DN4A 3WMKA 5HQ1A 2D4IA 4ZFPA 5ILFA 3A6BY 5I53A 3T36A 4B49A 3LYMA 1WQPA 4H8YA 2ZILA 5LYZA 1LHMA 4CFPA 1LJ4A 4WLDA 1IWVA 1LJGA 2Z18A 5B06A 2G4QA 1B5UA 4DDAA 4H91A 5KXTA 1DPWA 1FLQA 1GE1A 1HF4A 1ZVYB 2MEDA 1UIHA 2F4AA 4XJBA 7LYZA 1E8LA 1OUEA 1UC0A 3TXGA 1IR8A 1OUFA 1I20A 2PC2A 1BHZA 3B0OA 4GN5C 3WXTA 5KXKA 1EL1A 5L3HA 1BB6A 4H9BA 1LHIA 1JHLA 4HTQA 1HEQA 4YM8A 1NWGA 3TXFA 2XBSA 1TBYA 2BQLA 5JENB 2BQOA 1KIPC 1DKJA 4TWSA 1LSEA 4NGKA 1GE0A 5AMYA 1C45A 2G4NA 3IJUA 1B7PA 4B4EA 1YANA 2D4JA 1EQ4A 1LKRA 2FBBA 4FJRA 4OWEA 2ZQ3A 5FHWA 1VATA 2Z2EA 3RT5X 1OP9B 3N9CA 1BWHA 3M18B 3TMXA 2Z2FA 4GCDA 1YAMA 4UWVA 4TSCA 3AW6A 1IOQA 5LVHA 3ZVQB 1LSNA 5KXPA 3W6CA 1IP4A 1YKZX 1GB8A 4PJ2C 1PZYA 3TXJA 1IR9A 1GBSA 4HJYA 4NIJA 4H9HA 5B07A 1LHJA 5I4WA 4CFOA 1SLYA 1F0WA 4WM3A 4DD0A 3TXHA 1BB5A 3KAMA 1RJCB 4ML7A 2FYDA 3BKHA 4NHSA 4WL7A 1WQRA 1G7MC 2LZTA 3WVYA 3WVXA 5IELA 2FBDA 4NG8A 3AZ5A 1B7LA 1GXXA 4RDSA 1KXWA 2G4PA 3CT0A 3GXRA 3FI7A 1GFKA 3WPLA 1IP7A 4GN4A 1YROA 1LSAA 1NF5A 4QEQA 3ZVQA 2GV0A 1IP1A 2BQHA 3ATOA 4Z46A 1LSCA 1VDTA 3CQLA 5LVJA 4NWEA 2YBHA 2CJLA 1GFRA 1IWWA 1JPOA 1JSEA 1JTTL 1IR7A 4II8A 4LYBA 5DLAA 5L3IA 1HFYA 3WULA 1CKHA 2EIZC 1LOZA 1LSZA 1B0DA 4I0CA 5T3FA 5B05A 1UICA 3E3DA 4DD1A 2W1MA 4PPOA 5C6LA 1LJFA 2LYMA 1UIEA 2BQIA 2ZNWY 2Z39A 3AZ6A 3D9AC 1QSWA 1B7MA 4DDBA 1LZDA 4NHQA 1AT5A 1B5YA 1GBOA 1GFHA 1DI3A 5DM9A 3AZ7A 1GFVA 1YL1X 2A7DA 4LZTA 1QUSA 2D4KA 2IHLA 5F81A 1GFTA 3A6CY 4N1EI 4NSGA 1I56A 3FE0A 2VB1A 1MELL 3P4ZA 4NSJA 5HMVA 2CGIA 2F2NA 1DKKA 4DD3A 2HEBA 3K3TA 1YKXX 4LYOA 5APFA 1HEPA 2BQBA 5KXLA 4ET8A 1D6QA 1FKVA 3A95A 4OWBA 4LYCA 1BWJA 1GF9A 1CJ6A 1G7IC 1IWZA 1VAUA 2DQGY 2Y8PA 1LSPA 1LZCA 4LT3A 4WO9A 1GFGA 3OJPA 1GDXA 4DD2A 4HSFA 4XJFA 1FLWA 4HPEA 4GCFA 1GF3A 1WQNA 3LN2A 4C3WA 3B72A 1JWRA 1JKDA 4WO6A 4ANRA 2BQNA 4PHIA 4X3BA 5HNLA 4B1AA 1DI5A 1BVXA 1EQ5A 3WUNA 2YVBA 2A7FA 2ZIKA 4XJIA 4TTDA 4LGKA 3EO5A 4LFPA 1JEFA 1P2CC 1GF8A 1JTPL 2B5ZA 2BQKA 1XGQC 2HEEA 4DD9A 4BS7A 4Z41A 3EMSA 1LZ5A 1O23A 1G7HC 3P66A 1GE2A 1AT6A 2BPUA 4NEBA 3WL2A 4NGJA 4BAFA 1LJEA 4ETBA 1YAQA 4H9IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XMQM 1DGHB 3DA1A 3MJ5A 1OAOC 4XJHA 2RBQA 1G3IA 1AM7A 3ATNA 1JTMA 1HEMA 1LW9A 5LIOA 2R18A 3G3VA 1LYEA 5C6IA 1LZYA 1L43A 3GO8A 2MEEA 2HUBA 5EP4A 3KOXE 3GULA 4OVZA 2O4WA 3CDVA 3U6PA 4YF2A 5D5CA 142LA 5ITTA 1Z6TA 175LA 1L19A 1MLCE 3KP0E 4LT0A 1GB3A 3V76A 2Z8YM 4RW1A 4YOPA 2ZAMA 2QBYB 247LA 1B5VA 3U61A 4HJVA 2QSFX 1QZMA 1LSGA 1GE3A 2LVPC 1L40A 2DI0A 4OOTA 1C6EA 4X64M 2BQCA 2CE7A 4P16A 4X65M 2ZIJA 1SG9A 1JITA 1T3PA 1IX0A 5D5FA 3UMMA 4MR1A 3TXBA 3LHMA 4NY5A 4I5SA 4XJGA 1KIQC 1C60A 3L26A 1CU2A 3A34A 1B7RA 1XGPC 1OFHA 5LYMA 4RLMA 229LA 3BKVA 4AXTA 4PDGA 1D2WA 4MB7A 4DV3M 4LJ7A 2QNJA 1LGXA 4X62M 2D6BA 3H4JA 3WW5A 1HELA 2CRUA 7CATA 5EJCA 2UUBM 4NXMM 3TQSA 125LA 1C7YA 1DXJA 3W6BA 2DZNB 3FUXA 1N4FA 163LA 2LYZA 4HJZA 190LA 1NJGA 1JIYA 1L94A 1LZTA 4NGLA 4M6DA 3W6DA 2DQIY 1GBZA 1TDHA 1L73A 2Z3XA 4TUWA 1IWTA 4WLTA 1NBZC 219LA 1L8QA 1VDLA 2LHGA 2CDSA 4XADA 2RBNA 2DHYA 4TUNA 5I4YA 4QDNA 1KNIA 1DYAA 1IC5Y 167LA 1IP2A 1IOCA 1C6AA 5KXSA 2EPEA 1ZVHL 1D2NA 1DYDA 3QY4A 1J09A 2LH0A 3A42A 3KFUG 1IO5A 4ET9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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