1QDTA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycoyslase slt35 in complex with calcium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdtA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdtA02
1C7PA 1LSCA 4X3BA 3EXDA 1LOZA 1Z55A 3LYOA 1BB6A 5DN4A 5L3HA 4NGYA 5I4XA 5JENB 4NG1A 1GB5A 5KJ9A 4ZEEA 4WO6A 1IOQA 1EL1A 1DPWA 4H8YA 2DQGY 1GHLA 2C8OA 5LVHA 1DKKA 1LSDA 1LZBA 1SQ2L 1HSWA 3TXIA 1MELL 1C46A 3AGIA 1HMLA 1OP9B 2X0AA 1BWJA 4GN4A 4WM2A 1KIQC 1TBYA 1T6VL 2W1XA 2W1LA 1FLUA 1LTMA 3AZ7A 4TSCA 4WL7A 4HJZA 4KPMA 3A94A 4ET9A 3CSRA 4RLMA 3CB7A 1LSZA 1RFPA 2DQCY 4J1BA 5KXMA 3QNGA 1ALCA 1B7QA 3WMKA 5B07A 5KXSA 1JTOL 4LT2A 4DD7A 1V7SA 1XGRC 4NSHA 2MEGA 1XEJA 1UC0A 4DD0A 4OWBA 1HC0A 4HSFA 1G7IC 1IC4Y 4DDCA 5K7OA 1GE3A 4AGAA 3T6UA 1BVKC 1YAPA 3W3EA 1VFBC 1IC7Y 4LT1A 4TTDA 1YKYX 1YANA 1DKJA 1YL1X 3OJPA 4N1EI 1QUSA 2G4QA 3LZ2A 4DD3A 1LZ5A 3TMVA 3P64A 1B5YA 4TWSA 1A2YC 3RNXA 3A96A 4WM4A 4DWXA 4G4CA 1LJ4A 4HP0A 1GFHA 1GB0A 2ZIKA 2LYMA 3BKVA 3CT5A 4NHSA 1GXV2 6LYZA 2I25L 1LMOA 2MECA 4NWHA 4O34A 4YEMA 4N9RA 1GFGA 3CT0A 3WU9A 1F6RA 4KT3A 5C6IA 1IP3A 1RCMA 1LSBA 1XSFA 1D0KA 1YL0X 1LJEA 3LYMA 1BHZA 1TDYA 133LA 1G7LC 207LA 2I6ZA 5DN5A 3WYHA 1IVMA 5LVIA 5I53A 5KXNA 1GEZA 4N5RA 1IWUA 1I20A 1UBZA 3WUAA 3G3BB 1DXJA 1GFEA 1LPIA 1B5WA 4M4OA 2CWIA 1D6QA 1LYSA 3N9EA 5LAFA 1NKHA 2ZQ3A 2ZQ4A 1CKHA 2DQAA 3LYTA 2W1MA 2EPEA 3A8ZA 3W6DA 4G4HA 4WO9A 1P2CC 5LIOA 3WH1A 1HMKA 3ZEKA 4DT3A 4P2EA 5HMVA 2BAAA 4NIJA 4DYGA 1LHHA 3WPLA 4HTNA 3LHMA 1GE0A 1LZYA 1EQEA 1IX0A 3ZVQA 2BQCA 2XBSA 2A7FA 2Z12A 5M1YA 1JIYA 5I5QA 4NSGA 4XADA 1HF4A 1GF5A 1JTTL 5LYTA 1IORA 5FCPA 5KXLA 1GBXA 1J1OY 1LZ1A 132LA 4TSBA 1XFPL 1IY4A 1GFUA 4LYTA 5LA8A 1EQ5A 1LHIA 3D9AC 4LYCA 1GB9A 2HU3A 3EMSA 3B72A 2ZNXY 1LYOA 3SP3A 5KKJA 2BQGA 2ZYCA 4GCEA 3P65A 2W1YA 5A3ZA 1REMA 3WL2A 1V7TA 3B6LA 1F6SA 1G7HC 1UIAA 1H6MA 2CJLA 1JKDA 2HEEA 4HPIA 5ILCA 3LYZA 1JJ1A 4YOPA 2BQMA 1JKAA 2DQIY 2Z18A 3WW6A 3WPKA 1LMAA 4G4BA 4XJGA 135LA 1ZMYL 1D0MA 1IP1A 5IDDA 2HU1A 2BQBA 3A3RX 1W08A 3WU8A 2DKVA 1DI5A 1ZVHL 3AJNA 3J6KA 1XGPC 1FDLY 4NEBA 5C6JA 3HBHA 2LZTA 4N1CC 4CGEA 1YQVY 1YROA 4NGZA 4NGLA 5KY1A 2G4PA 5HLLA 5KXKA 4W94A 1IWZA 1UIDA 4XJBA 5LVGA 154LA 3TXKA 1IY3A 1LMPA 4PJ2C 4WL6A 4L41A 1IP6A 4DD2A 5DLAA 3K3TA 1REZA 1IR9A 3TXJA 1LZ4A 1J1PY 1REYA 1IC5Y 1LZRA 1KIPC 2BQNA 5FDJA 2Q0MX 1JSFA 2N5ZA 4NGJA 1NDMC 1HFXA 2ZIJA 4C3WA 4E3UA 1FLYA 1BB3A 3AZ6A 4WLYA 4HTQA 1HEOA 2DQEY 2HEFA 1B7MA 5KXXA 3EO5A 1GBZA 1GXXA 1JJ0A 1ZV5L 1D6PA 4ANRA 2YBMA 4RLNA 1KIRC 4KXIA 5L9JA 1UIEA 3LN2A 1VDPA 1I1ZA 3CSZA 2CGIA 4CFOA 2DQJY 1O23A 1J1XY 1OUEA 1NMMA 1WQRA 2LYOA 1FLWA 2NWDX 5F81A 1JWRA 5DL9A 1H87A 1N4FA 5IELA 3A93A 2D91A 1WQQA 4NFVA 3WUNA 4CFPA 4XN6A 1PZYA 3G3AB 3P4ZA 4RW1A 1B5VA 4RW2A 1IP5A 4IASA 1CKDA 1AKIA 4DDBA 5A3EA 5LYZA 1OUCA 2LYZA 2DQDY 4H9BA 4DC4A 4G9SA 5B59A 4LYZA 4ZFPA 1I56A 4OOTA 3GXRA 1IWXA 2A7DA 4WM1A 1BQLY 1FN5A 4MR1A 4EOFA 1OUGA 4I0CA 1GFJA 1D9UA 4H9AA 4B0DA 1LKRA 1LHLA 1LSFA 1QTKA 4B4IA 1XGTC 1JTPL 5I54A 3A6CY 1IIZA 1JISA 2Z39A 2MEBA 4GN3A 5LYMA 1VDQA 2YBNA 2LHMA 1KXXA 1CKFA 2AUBA 5LVKA 1LSGA 1GB7A 4J1AA 4LZTA 3QY4A 4NGIA 1JITA 2DBTA 4H9IA 4LT3A 1JJ3A 1IR8A 4A7DA 1B5XA 4FJRA 2Z19A 4DD1A 4RDSA 4TX7A 4QY9A 2YVBA 1UIHA 1LZNA 1QDTA 4HPEA 3AZ5A 1GF6A 5KKIA 4DD9A 208LA 1BGIA 3A6BY 2DQFC 1B9OA 2F30A 2ZWBA 2YBLA 1IP7A 4HJVA 2PC2A 1LJIA 4II8A 3KAMA 5E4PA 2XTHA 1XEKA 2F2NA 1YKZX 2D4JA 3MGWA 3WXUA 1IOSA 1UIFA 4GCBA 1YKXX 1B7OA 5T3FA 2XJWA 3WXTA 4Z46A 4YF2A 5EBHA 1HFYA 4N8ZA 3IJUA 4H92A 1F0WA 1E8LA 1HEPA 3J4GA 2MEIA 4HJYA 5FSTA 1LJ3A 2MEFA 3IWRA 4XJHA 9LYZA 2EQLA 1B5ZA 3AZ4A 1HNLA 4LYOA 3FE0A 4OWHA 3ATNA 1ZVYB 1HEWA 3IJVA 3E3DA 4QEQA 4BAPA 1XGUC 2HUBA 1D0LA 1B2KA 8LYZA 1IOTA 4BADA 1KXYA 4J7VA 4PRQA 1B7SA 4HTKA 4ML7A 3TXEA 5KXTA 1FBIX 5AMYA 1NBZC 3F6ZA 1IWYA 1GB3A 5B06A 1LZAA 1FLQA 1GF8A 4NHIA 5APEA 1GB6A 2Z38A 1UA6Y 1VDSA 1B7RA 3AB6A 4XENA 5B1FA 4OWEA 5B1GA 4B1AA 1EQ4A 1UICA 2IHLA 4GLVA 5APCA 3VWOA 153LA 1GF4A 4HV2A 4B4EA 2BQLA 1UUZC 2LZ2A 3WVXA 4YM8A 2D4IA 3FI7A 4H93A 1REXA 1GBSA 1VDTA 4NSJA 5L3IA 5HNLA 4XJFA 4ETBA 4LYBA 2BPUA 2FYCA 1DZBX 193LA 5I4YA 1FKQA 4PHIA 3ZVQB 1IWWA 2IFFY 1LJJA 1GWDA 2F4AA 4NGVA 4NHQA 5LVJA 4G49A 5F16A 3A34A 1HERA 4YEOA 2BLXA 1A4VA 4H91A 3W6EA 1HELA 1JHLA 3N9AA 4BAFA 3HFMY 1DPXA 1QQYA 2Y8PA 3LZTA 1LHMA 1BWIA 3B0OA 2BQIA 4U3XB 1LKSA 1LJHA 1UIGA 1DQJC 4W96A 2HECA 1GBOA 3WPJA 4ETDA 2H9JA 1YAMA 1XEIA 2BLYA 2HTXA 1GFTA 4XYYA 1TAYA 5KXPA 1AM7A 1WVUA 1LSPA 1W6ZA 1GFRA 2DQHY 4LYMA 2BQJA 4OOOA 2BQFA 4PRUA 1RI8B 1GF0A 3W6CA 1HFZA 1GD6A 1RJCB 1IOCA 1IEEA 4NHTA 4Z41A 5HNCA 5FELA 1GF9A 3GXKA 4WM3A 3TXDA 1WQPA 5F9XA 1B7LA 1IP4A 134LA 1NQIA 3EBAB 1LZ9A 1B7NA 1OQMA 5LAGA 1JKBA 3ULRA 2MEDA 1NF5A 4GCCA 3WVYA 3TMUA 4PGJB 1YILA 3HBDA 1BVXA 1GF3A 1GEVA 1B7PA 4H9HA 4IATA 5KXRA 3CSQA 2XBRA 2ZNWY 3OK0A 4QGZA 4GCDA 5D5CA 1CJ6A 1AT6A 1LMTA 1LZGA 5F9UA 3W6AA 4BS7A 3A92A 5II3A 1IO5A 4YENA 2BQOA 1YAOA 2CDSA 5HQ1A 4NY5A 5J7CA 1QSWA 1GAZA 5KXZA 1CJ7A 1DI4A 3AW7A 1BB7A 4H94A 4C5FA 4NSIA 1YAQA 1LMNA 5HMJA 3RW8A 4GCFA 1LSYA 1HSXA 4CJ2A 2ZILA 3A67Y 4WOAA 3WULA 3B0IA 4FDYA 3A91A 4ETAA 1T3PA 1LJGA 1IWTA 2BQAA 5D5FA 1JSEA 1OUBA 2F4GA 1G7MC 1HENA 1GB2A 1NHEA 1TEWA 2HEBA 1LZDA 4NWEA 2YBHA 4H8ZA 3N9CA 1LHJA 4UWUA 1LSMA 4ETEA 4UWVA 1HEMA 1NBYC 3A95A 1FKVA 3P66A 4CHXA 1F10A 4AXTA 2FBDA 4UWNA 1VAUA 4XJIA 4Z98A 3D3DA 1LZCA 1GPQC 1IP2A 2MEHA 4WMGA 6LYTA 1C10A 4H1PA 5APFA 5ILFA 3B0KA 3TMXA 5DM9A 4QDNA 4R6CA 5C6LA 4B49A 2HEAA 1LSEA 1GE4A 1OUFA 2YSSC 1KXWA 1OUJA 1IWVA 3A3QA 3M18B 1UIBA 4XJDA 5KXWA 2EIZC 5LINA 2BQHA 1QTEA 3BKHA 3QE8A 2GV0A 1WQNA 3WU7A 4H9CA 4LGKA 2Z2EA 3W6FA 1BB5A 1GFVA 1LYYA 1PS5A 3AGHA 4WLXA 2C8PA 4WLDA 3TMWA 4TUNA 1GF7A 1CNSA 2Z2FA 5LXWA 4H90A 1C45A 1IR7A 1RE2A 4WM6A 5KXYA 1UACY 3AGGG 1BWHA 4H9FA 2YBIA 4PPOA 4WLTA 3TXBA 1GE1A 1GBWA 4N0JA 4GN5C 4NHPA 3WUMA 4EMNA 7LYZA 4D9ZA 1CJ9A 4B4JA 1DI3A 1OUHA 1GE2A 2BQKA 5FEKA 1LZ8A 1HHLA 4MCKA 4HV1A 1C08C 4I8SA 1JKCA 1AZFA 2H9KA 1VEDA 1QIOA 1INUA 3P68A 2Z37A 4H9EA 4NGKA 1CKGA 1G7JC 3A90A 4R0FA 4WG1A 1LMQA 1LZTA 3TXHA 1YIKA 1GDXA 1OUIA 2WARA 1MLCE 1JEFA 3CQLA 1B5UA 5B05A 1UCOA 1BB4A 3RU5A 3TXFA 4ZIXA 1OUAA 1LZ6A 3AYQA 1GFAA 1LSAA 2D6BA 1GAYA 1TCYA 4ET8A 1CKCA 4LT0A 1OUDA 3AW6A 1QUTA 1XGQC 1QSAA 2VB1A 3WW5A 2YDGA 2HEDA 1LJKA 1LZSA 5KXOA 1LYZA 5LA5A 4OW1A 1LZEA 3M3UA 5F14A 5FHWA 1LAAA 1LSNA 1GDWA 1GBYA 4LFXA 1WTMA 5APDA 2FBBA 1SLYA 2MEAA 4WM5A 2D4KA 2EKSC 4M6DA 1QDRA 1C43A 2G4NA 5E9RA 1CJ8A 1WQMA 4ETCA 4NG8A 194LA 1GB8A 4WG7A 4Z3MA 2H5ZA 4NGOA 3CT1A 3T36A 1JUGA 2RSCA 1B0DA 1LHKA 2BQDA 2FYDA 4J0LA 3RT5X 4IJ4A 1AT5A 2ZYPA 2I26L 2BQEA 2YBJA 4OWCA 3ATOA 1NWGA 1WTNA 4OWAA 5IHGA 2B5ZA 4NGWA 4LFPA 3RZ4A 5I4WA 3HBEX 4GLAA 3TXGA 1NDGC 1WVVA 2MEEA 1HEQA 4H8XA 1LJNA 1LMCA 4KL7A 1GFKA 4MSTA 3W6BA 1VATA 1WQOA 4DDAA 1JPOA 1LJFA 1LCNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C7PA 1DYEA 4X3BA 4L16A 3LYOA 1BB6A 3HWSA 4NGYA 5JENB 1L55A 4NG1A 2EKFA 1L58A 3QAUA 169LA 1IOQA 2EUCA 4REZA 5LVHA 1DGBA 4IBDA 2R45A 1DKKA 258LA 2JZ0A 1OWYA 3JR5A 3KVWA 1NV9A 5EP2A 1HMLA 1ORYB 3AGIA 1NHWC 1BWJA 3CGWA 4GN4A 4YXCA 1C60A 2W1LA 1CX7A 4XBOA 1L24A 4HJZA 2DWMA 5EXXA 2LVQD 4LFCM 1LSZA 1OAOC 2C98A 5KXMA 3QNGA 3HU1A 1KFVA 4F2LA 2LNHC 1V7SA 2A4TA 4NSHA 4JI1M 4I4LA 2F5SA 4PJZA 2MJ5B 3GULA 3J80S 4GKJM 3TPZA 3FRHA 2CUZA 1YANA 4XK8F 3LZ2A 3TMVA 4DWXA 1L2CA 4LF8M 2OEAX 1QYRA 3DN3A 1GFHA 3SATA 2ZIKA 3BKVA 3CT5A 2I25L 1LMOA 3U6OA 1F6RA 1SWZA 1HQCA 1VQ1A 4GHAA 4LGYA 4NRVA 2VQFM 3SB9A 3W67A 1L49A 3WYHA 4WURA 1QQWA 2FS1A 4DR4M 3OE0A 3HHXA 5KXNA 4N5RA 3G3BB 1G0KA 1L26A 1L88A 1B5WA 4M4OA 243LA 4IBIA 2G5GX 3VK7A 245LA 2DQAA 1L98A 3G3WA 4WO9A 4G4QA 1IN8A 3WH1A 1DGHB 2L7HA 1K3WA 1HJPA 4DYGA 2OO9A 1LZYA 1Z59A 2XBSA 3KS4A 5I5QA 1LGUA 4AQNA 4K5YA 1GF5A 2QBYB 5LYTA 1IORA 1J1OY 1LZ1A 1GFUA 1GB9A 1IXSB 4QNMA 3B72A 1OVJA 252LA 2K6BA 4I7RA 1C6IA 3P65A 3U6MA 2W1YA 2LCBA 4LYCA 1F6SA 1G7HC 211LA 183LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1C7P A;  1DYE A;  4X3B A;  3LYO A;  1BB6 A;  4NGY A;  5JEN B;  1L55 A;  4NG1 A;  1L58 A;  169L A;  1IOQ A;  5LVH A;  1DKK A;  258L A;  1OWY A;  3AGI A;  1HML A;  1BWJ A;  4GN4 A;  4YXC A;  1C60 A;  2W1L A;  1CX7 A;  1L24 A;  4HJZ A;  1LSZ A;  5KXM A;  3QNG A;  1V7S A;  2A4T A;  4NSH A;  4PJZ A;  3GUL A;  1YAN A;  3LZ2 A;  3TMV A;  4DWX A;  2OEA X;  3DN3 A;  1GFH A;  2ZIK A;  3BKV A;  3CT5 A;  2I25 L;  1LMO A;  1F6R A;  1SWZ A;  3SB9 A;  1L49 A;  3WYH A;  3OE0 A;  5KXN A;  4N5R A;  3G3B B;  1G0K A;  1L26 A;  1L88 A;  1B5W A;  4M4O A;  243L A;  245L A;  2DQA A;  1L98 A;  3G3W A;  4WO9 A;  3WH1 A;  4DYG A;  1LZY A;  2XBS A;  5I5Q A;  1LGU A;  4AQN A;  4K5Y A;  1GF5 A;  5LYT A;  1IOR A;  1J1O Y;  1LZ1 A;  1GFU A;  1GB9 A;  3B72 A;  1OVJ A;  252L A;  4I7R A;  1C6I A;  3P65 A;  2W1Y A;  2LCB A;  4LYC A;  1F6S A;  1G7H C;  211L A;  183L A;  2BQM A;  1QUD A;  135L A;  1T97 A;  3AJN A;  3HUA A;  2LZT A;  1QT8 A;  1L31 A;  165L A;  4W94 A;  4W52 A;  1IY3 A;  5DLA A;  1REZ A;  1L87 A;  1LZ4 A;  1J1P Y; 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