1QDTA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycoyslase slt35 in complex with calcium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdtA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdtA02
1V7TA 4WL6A 3AGGG 1LSCA 4H1PA 2F4AA 1RFPA 1T6VL 1REXA 2F2NA 1B5XA 1GB6A 1LZNA 1TAYA 4HJZA 2BAAA 4B1AA 1UICA 1GD6A 4G4HA 1TDYA 5KXNA 2ZYPA 5C6JA 3RU5A 1LZ8A 1IWVA 1B7OA 1GE1A 2Z38A 2ZIKA 3IJVA 1C10A 1B7RA 1ZVHL 4YENA 194LA 3CSZA 3GXRA 1LZAA 2GV0A 2MEGA 4TSCA 1IOQA 2LYOA 5FCPA 1HEQA 3QY4A 2Z2FA 4R6CA 1YKZX 4HTQA 4KPMA 4TWSA 1B5UA 2Z39A 4KL7A 5B1GA 2I6ZA 4GCDA 133LA 2D4JA 4NG1A 1YKYX 153LA 1RCMA 5M1YA 2YBIA 1DI4A 4UWUA 3P65A 1OQMA 5IELA 1XGPC 3A8ZA 1I1ZA 1H6MA 4NGIA 1LJGA 1BHZA 1B5ZA 1GF9A 4HJVA 1LZTA 3M3UA 5KY1A 5LXWA 1G7IC 1LZ6A 1LHIA 1YAPA 1HENA 3CSQA 2DQGY 4IASA 4N8ZA 1FDLY 4OWEA 1HFZA 5APFA 2DQAA 4WM1A 1G7LC 4OWBA 1LPIA 2YBLA 5KKJA 3WPJA 1D9UA 1IOCA 3TXFA 1BWJA 3WXUA 4OWHA 1LSAA 1UIBA 4Z3MA 3M18B 3A90A 4ET8A 1GDWA 5DN4A 4LYBA 1XGUC 4GCFA 1LYZA 3A3RX 5EBHA 2ZNWY 4WLXA 1GXXA 1WQQA 1REMA 2DQEY 2BQKA 3OK0A 4PRQA 3IWRA 5LVHA 4ET9A 4XJDA 4NGJA 3W6FA 3WVYA 5IDDA 5T3FA 2LYZA 9LYZA 4WL7A 1JHLA 1B7LA 4C5FA 2W1XA 1O23A 2BQLA 1GF5A 1LJ4A 2XTHA 1UCOA 4IJ4A 4NFVA 4B4EA 1OUGA 2EPEA 4CFOA 1XSFA 4HTKA 5LAGA 1CKGA 1IEEA 4HPIA 2DKVA 1JTPL 1LZRA 2HEAA 3GXKA 4G4BA 4B49A 2BLYA 4H9FA 4WM4A 1QQYA 5F9XA 2WARA 4H8YA 1IY3A 3IJUA 4J0LA 1UIGA 1TEWA 2G4NA 1XGRC 2BQDA 2BQFA 4NGZA 2BQHA 5LYMA 1CJ6A 4M6DA 1LSGA 1B7MA 3T36A 1LMQA 1LOZA 1IP2A 1UACY 1LMCA 2BQOA 5FHWA 3WU9A 3TMVA 3HFMY 1I20A 1B5VA 1G7JC 154LA 3N9AA 1FKVA 1JTOL 3ZEKA 1LSFA 3WU7A 1JSEA 2CGIA 3WUNA 1UIDA 1LZ1A 1JKBA 1CKCA 4NEBA 1QDTA 4NGKA 3J6KA 1GXV2 3B72A 4LT1A 1LJ3A 1ALCA 1AT6A 4PRUA 1CNSA 1DXJA 3A93A 3W6CA 4B4JA 1UIHA 3TMWA 1BB5A 4BS7A 1REYA 5KXXA 2HUBA 4CFPA 1LZ9A 4XN6A 1REZA 1LZ5A 3ZVQA 1HFYA 1GFEA 1QIOA 7LYZA 2ZWBA 1LJFA 3K3TA 2DBTA 4XJGA 3T6UA 4OWCA 1OUEA 1PZYA 1CJ8A 1LYSA 4H94A 1NKHA 4L41A 5L9JA 4TTDA 193LA 2BQJA 5HLLA 1HMLA 2CJLA 4I0CA 2HEEA 5DLAA 1B7SA 4NWEA 3TXKA 1BB7A 1QUSA 4N0JA 1HNLA 4KXIA 4O34A 134LA 3ZVQB 4DDAA 4H9BA 1DKKA 2CDSA 1NDGC 5I4XA 1XGQC 1BQLY 4H90A 1LJNA 5I54A 1GF0A 1FLUA 3WXTA 1OP9B 5DL9A 2Z12A 4NWHA 5DM9A 6LYTA 1OUBA 1GE0A 1LZDA 3AZ5A 4WMGA 1XFPL 1GDXA 4H8ZA 2W1LA 5D5CA 2DQJY 1IWZA 3VWOA 1ZVYB 4OOOA 5F9UA 3B6LA 5I53A 4NGOA 2X0AA 1IWXA 5APEA 1BWHA 1LZBA 1B7NA 1GBOA 1YL1X 4H93A 1GPQC 3ATNA 2VB1A 5KXKA 1CKHA 4AXTA 1TCYA 1YQVY 4PGJB 5FSTA 1A4VA 3A3QA 1DKJA 2HEDA 1KIPC 2I25L 3WVXA 4W96A 2Z2EA 1YANA 4ETCA 3CT1A 4Z98A 3FE0A 1IWTA 3W6BA 4WO6A 5I4WA 5B05A 2MEIA 5B07A 2A7DA 1EQ5A 4WLYA 1V7SA 1H87A 1IP5A 1QSAA 1HMKA 3A6BY 4D9ZA 1IR7A 3AZ6A 1HSXA 1D0KA 5E9RA 3KAMA 1A2YC 1BB6A 2XBRA 3WPLA 1GF3A 1GE3A 3EBAB 1VEDA 4HJYA 5HQ1A 1OUFA 3G3AB 1C08C 1AKIA 207LA 4WM5A 1D6PA 1C46A 2HEFA 4GCBA 5A3EA 1FLWA 1GEVA 1GB0A 1WQOA 4DWXA 2CWIA 1IIZA 1IC4Y 2IFFY 2DQHY 2YBNA 5FELA 1GB3A 3LZ2A 5B59A 2DQDY 2YSSC 1VDPA 3LZTA 3FI7A 1SQ2L 3OJPA 1B7QA 1QTKA 3A67Y 4ZFPA 5HNCA 1D0MA 4H9HA 1NQIA 1FKQA 3RZ4A 3AB6A 4MCKA 6LYZA 4CJ2A 1DPXA 2Z37A 3N9EA 4HSFA 4DC4A 4ANRA 1JISA 4YF2A 1LJHA 1LSNA 4RDSA 3SP3A 2ZQ4A 5K7OA 1JUGA 1LCNA 4EMNA 5LYTA 4G4CA 4MSTA 3W6EA 1J1XY 2YDGA 1RJCB 3P64A 5DN5A 3HBDA 5APCA 1IORA 5KXLA 3G3BB 4HV1A 2HEBA 4H92A 5LVIA 5LVGA 2FBDA 2FBBA 5E4PA 1GF4A 2LZTA 4RW1A 4XJFA 3F6ZA 5HMJA 5KXSA 3A34A 1JPOA 5KXYA 4DYGA 1WVUA 4WM6A 1WQNA 1CKFA 5LIOA 3RNXA 1GFTA 2XBSA 2YBHA 4H9CA 1HF4A 1HEOA 1MLCE 5KXPA 4DD7A 2EQLA 1OUHA 1XGTC 3CT5A 1JJ3A 3WL2A 1GB7A 1NHEA 5B06A 2NWDX 4A7DA 1IY4A 5IHGA 3B0IA 4N1CC 1WTNA 3WYHA 1FLYA 3LHMA 1QSWA 1ZV5L 1UBZA 4H91A 5KXOA 1VDQA 1LMPA 4NY5A 1XEKA 3A92A 4ETDA 1LMTA 1BB4A 3AYQA 4II8A 4UWVA 3TXIA 1IR8A 135LA 4I8SA 4YEOA 1G7HC 2Z19A 5KXZA 3D3DA 5B1FA 1IWWA 4BADA 1NBYC 4ZEEA 1J1PY 4DT3A 1OUCA 2BQEA 3WPKA 1GHLA 4TSBA 1NWGA 1HELA 4FDYA 1OUJA 4OOTA 4N5RA 4BAPA 3WW6A 2AUBA 1AZFA 4RW2A 5KXRA 2Q0MX 1LSPA 4LYCA 2BQNA 4XJBA 1GE4A 1C45A 3A6CY 3EO5A 1HFXA 1GBZA 2D91A 5F16A 1CJ9A 4ZIXA 1LSMA 2B5ZA 5KXTA 1IC5Y 3TMXA 3D9AC 4QY9A 3W6AA 1JITA 4P2EA 4XENA 1HSWA 2MEHA 5J7CA 2YBJA 4XJIA 3WH1A 5LINA 1YILA 4TX7A 4LYOA 4DD0A 1GB9A 2G4PA 4QGZA 3AJNA 1LHKA 2H9JA 1YAQA 5LYZA 4DD1A 2YBMA 4E3UA 1IOSA 1KXYA 2MEEA 5LAFA 1TBYA 1YAMA 4NSJA 4XJHA 4YM8A 5ILFA 1QUTA 1KXWA 5ILCA 1VAUA 1DI3A 1BWIA 4LYTA 4N1EI 3AGHA 1SLYA 1LZYA 1LZ4A 2EKSC 4DD3A 5HMVA 4H9AA 5LVJA 4GN3A 5KKIA 5JENB 1IVMA 3N9CA 1B5YA 3A95A 3B0KA 1WVVA 3P68A 4GN5C 5LA8A 4PHIA 4J1AA 4WLTA 1GBXA 1JKDA 1MELL 2F30A 2LZ2A 2MEAA 3CSRA 1JJ0A 8LYZA 1GEZA 1LHMA 4GN4A 2ZYCA 3A91A 2N5ZA 4NIJA 2BQMA 3P66A 1JTTL 3WMKA 4LGKA 1LKSA 1WQMA 1IC7Y 1UIFA 1ZMYL 4NGVA 4Z46A 1BVKC 2PC2A 4WOAA 3QNGA 5F14A 1JWRA 4CGEA 3W3EA 2ZIJA 1JSFA 4NHQA 4H9IA 4ETAA 1GFRA 4MR1A 5I4YA 2MECA 1GFUA 4LYZA 1D6QA 2BLXA 2F4GA 4NSGA 4H9EA 4X3BA 1F6RA 3AZ7A 3BKVA 4YOPA 4WO9A 4HPEA 4HTNA 1JEFA 1LJIA 4DD2A 1G7MC 1INUA 3TXBA 1LYOA 1NBZC 1GWDA 1LJJA 4GLVA 5I5QA 1GB5A 1WQPA 3CQLA 3WU8A 1KXXA 1LZEA 4NGWA 1YKXX 3WUAA 1LYYA 5AMYA 5F81A 3TXDA 1F6SA 2C8PA 1IWYA 1GFJA 4XADA 3E3DA 1D0LA 1BB3A 1LZSA 1YL0X 3AZ4A 1GBWA 1LJEA 2HTXA 4ETEA 1T3PA 1GB2A 1UIAA 5C6IA 1IX0A 4NHPA 5LA5A 4W94A 1NMMA 2D6BA 1LSYA 1NF5A 2FYCA 4DDBA 4GCCA 2W1MA 1IP6A 4QDNA 3WW5A 2MEFA 4AGAA 1IP4A 1LMAA 2LHMA 4R0FA 2H5ZA 3TXEA 3AW7A 1AM7A 1LHJA 4G49A 3AW6A 4WG7A 1E8LA 4U3XB 3J4GA 1EL1A 1LZCA 4UWNA 1IWUA 1GFHA 1GB8A 1EQ4A 4OWAA 1HEPA 3LYTA 1XEIA 2FYDA 1JKCA 1HEMA 5A3ZA 4LFXA 4M4OA 1LSZA 1LSBA 3WUMA 1FN5A 3ULRA 1UIEA 3HBEX 5L3HA 1F10A 2BPUA 1LSEA 1GE2A 4C3WA 2I26L 4GLAA 4LT2A 2IHLA 1GFVA 2HECA 4NHTA 1GF8A 5KXMA 1OUDA 4YEMA 2DQFC 1GFGA 1LMNA 2BQGA 3A96A 1EQEA 1GAYA 4LYMA 1YAOA 4LT0A 4NGYA 1IR9A 2BQCA 1BVXA 4OW1A 1YROA 208LA 4B4IA 1Z55A 2XJWA 3TMUA 3WULA 1JJ1A 4NG8A 2MEBA 1VDTA 3AGIA 1KIRC 4NSHA 1OUIA 3LYZA 3RW8A 1FBIX 4QEQA 4XYYA 4LZTA 1C7PA 1OUAA 1RI8B 4ML7A 4DDCA 2D4KA 1IO5A 3EMSA 3TXGA 2C8OA 4G9SA 5FEKA 1HHLA 1LAAA 4LFPA 4B0DA 1C43A 2W1YA 4NHIA 1IOTA 4NGLA 4PJ2C 4CHXA 1F0WA 2BQAA 3CB7A 1GFAA 4H8XA 4KT3A 5D5FA 1LSDA 2G4QA 1JIYA 1LJKA 5HNLA 3EXDA 1DQJC 1HEWA 2D4IA 2DQCY 3LYMA 1XEJA 2BQIA 4WLDA 4FJRA 3MGWA 5FDJA 1VATA 3CT0A 1LHHA 1B2KA 1PS5A 5L3IA 4N9RA 2ZNXY 4TUNA 1CKDA 1P2CC 4J7VA 1LTMA 1QDRA 1B5WA 1GAZA 1GBSA 1J1OY 1W08A 3LYOA 1FLQA 5APDA 1HC0A 2Z18A 3B0OA 4ETBA 5LVKA 2HU1A 1UC0A 2YVBA 1WTMA 4J1BA 1VFBC 2DQIY 1IP7A 5C6LA 1IP3A 4IATA 3HBHA 1VDSA 1UA6Y 1KIQC 2Y8PA 1I56A 1IP1A 1DPWA 3QE8A 1CJ7A 4DD9A 1QTEA 1LMOA 4RLNA 4LT3A 5II3A 2EIZC 1AT5A 3W6DA 3RT5X 3LN2A 4HP0A 1HERA 4NSIA 4WG1A 3TXHA 2BQBA 1YIKA 2LYMA 3ATOA 1GFKA 2RSCA 1B9OA 2HU3A 1LHLA 5KJ9A 3TXJA 1W6ZA 1GF6A 4BAFA 4EOFA 4WM2A 1RE2A 1B0DA 4WM3A 4GCEA 1DZBX 2ZQ3A 2H9KA 4Z41A 1B7PA 1LKRA 1N4FA 3P4ZA 1WQRA 1LZGA 4HV2A 1JKAA 4RLMA 1DI5A 5KXWA 2A7FA 1BGIA 132LA 1GBYA 1UUZC 4NHSA 3BKHA 4PPOA 1NDMC 2ZILA 2MEDA 1GF7A 3A94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OVZB 1L06A 2WSFF 1VG5A 2F5OA 1Q02A 1RFPA 1V92A 3MJ5A 3L29A 1K82A 2F2NA 3PNVA 1J5EM 1B5XA 1LZNA 4JI2M 8CATA 1GD6A 2ZYPA 2R62A 3LVWA 4FCVA 4FWHA 1GE1A 2R46A 2ZIKA 1L0JA 137LA 3SHGB 2GV0A 2LYOA 4P16A 3NYAA 1T3TA 3QY4A 1LYDA 200LA 1QT7A 1YKZX 2Z2FA 4KPMA 2C9CA 1L49A 4GCDA 2D4JA 4I7KA 4G4OA 226LA 153LA 1P56A 3TE6A 5IELA 3A8ZA 5EP3A 1I1ZA 1LJGA 1OJLA 1B5ZA 1LPYA 4LDLA 1LZ6A 4W58A 2OOBA 1HENA 1QT3A 3CSQA 4IBEA 1HFZA 2DQAA 4IBGA 4EKQA 5KKJA 1IOCA 1HQYE 3WXUA 1BWJA 1L38A 1UIBA 4Z3MA 3A90A 1KSFX 5DN4A 1L26A 1L48A 3T1HM 1XGUC 139LA 3OE6A 1P2LA 4FW9A 1NNJA 2BQKA 3IWRA 3U6CA 3UZUA 5IDDA 5T3FA 2LYZA 1JHLA 1B7LA 1C6KA 184LA 1L72A 2BQLA 1NNUC 4B4EA 2EPEA 2NTHA 2LBCA 3A98B 1N36M 4HTKA 3LCVB 1CKGA 4HPIA 1JTPL 1LZRA 5H37D 3GLFA 3JR6A 4G4BA 2F5QA 2BLYA 4B49A 3OE9A 4H9FA 4WM4A 2DHYA 4LF7M 1NY6A 2Y21A 2LVNC 107LA 238LA 1TDHA 1NVMA 3FUWA 2G3QA 2BQFA 3HDFA 4NGZA 4M6DA 3T36A 1T6HA 1IP2A 1UACY 4DQ7A 1PM5A 3HFMY 1B5VA 201LA 1FKVA 3ZEKA 3WU7A 3DFZA 1LZ1A 1QDTA 2EKFA 1L03A 3B72A 1C1KA 2CRUA 1AT6A 1XWIA 4IAPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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