1QUS | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	322
structure length	312
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
publication title	Crystal structure of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 reveals a lysozyme-like catalytic domain with an EF-hand. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus	110
structure length	312
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1qusA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1qusA02

2CDSA 1IC5Y 1DPXA 4UWNA 2BQBA 4WM2A 2Z18A 4MR1A 1QTKA 3A95A 5KXZA 3WU9A 3ZVQB 4D9ZA 3A34A 4QY9A 1KXXA 2A7DA 1HC0A 2FYCA 5KXYA 4H9IA 1UIEA 1GEVA 3WMKA 1LSZA 3BKHA 2HEAA 2ZIKA 4HJYA 1HFXA 1LZ5A 4XJBA 5F9XA 1FLWA 3CT1A 4DT3A 1IVMA 2W1XA 1WQPA 2DQIY 1HENA 1BB3A 1LSDA 1OUCA 3FI7A 4LFXA 1EQ5A 2DQHY 3A6CY 4W94A 1I56A 5LVKA 1BB5A 133LA 4J7VA 4N8ZA 4WM5A 1LSFA 2FBBA 5LINA 1NKHA 1IO5A 1IY3A 2H9JA 1DKJA 1V7SA 3WU8A 2MEDA 3WXTA 2BQAA 1GXV2 1C43A 2DQJY 3B6LA 5DM9A 3SP3A 5FDJA 1GB9A 1LZTA 4NHSA 4HV2A 3A6BY 9LYZA 1LJJA 3QY4A 1LMTA 1KIPC 1QIOA 1B7MA 1YKYX 3ATNA 1HEMA 3TXHA 1OUHA 3EMSA 4CJ2A 4ETDA 1BHZA 1I20A 1FLYA 1XSFA 2BQGA 1IOSA 3A92A 2YBHA 1N4FA 2BQNA 4LZTA 1DQJC 3CT5A 1IWUA 5LIOA 2DQCY 1B5WA 1IWVA 3KAMA 4N9RA 5D5FA 4B4EA 2YDGA 1QUSA 2HU3A 1MELL 1C45A 1ZVHL 2HEEA 2HECA 4N1CC 1GB6A 1LKSA 1HSXA 1DI3A 3TMXA 3ATOA 2HEBA 4J1BA 1JSFA 1YL0X 1VDTA 193LA 1VAUA 1GE3A 1TBYA 4ETEA 5L3IA 1EQEA 1LZCA 2B5ZA 4M6DA 1GF6A 2BQMA 1F10A 1SLYA 1FLUA 1IP1A 3D9AC 3OJPA 4G4CA 3IJUA 3WVYA 1NQIA 4Z46A 1GAYA 4HP0A 5FELA 3W6EA 1LJIA 1LZDA 4NHIA 1T3PA 1JKCA 1C08C 1WVVA 1LYYA 4I0CA 1XGTC 1LZRA 5KKIA 1JHLA 3P4ZA 4W96A 5B06A 4GCDA 1NBYC 4H91A 3W6DA 4NY5A 4ET9A 2LYZA 4NSJA 5I5QA 1JJ3A 2ZILA 8LYZA 1HEWA 3LZTA 4II8A 1OUBA 1HMLA 3N9CA 4CFOA 1QSWA 4AXTA 5C6JA 3LYOA 3J4GA 1QTEA 1LMNA 4LYOA 1LSGA 5KXOA 4I8SA 3LYZA 4H9CA 4LFPA 5B1GA 1GFUA 1C10A 4GN4A 4LYZA 3RW8A 2BQLA 2G4NA 2D4IA 1WTNA 1BGIA 1LJKA 4ANRA 1VDQA 207LA 1IR8A 2Y8PA 5KXSA 153LA 4DDBA 3TXEA 2DBTA 2DKVA 3WW6A 4NSIA 1F6SA 4B0DA 4WO6A 1HEPA 1JIYA 2XBSA 1D0KA 1IORA 5I4XA 1LTMA 1QQYA 1QUTA 1LSNA 3GXKA 4WLXA 4NGJA 3T36A 1IWXA 1BB4A 3LZ2A 4L41A 4NWHA 1LMCA 1Z55A 4GCFA 1GEZA 1B5UA 3B0OA 1IP3A 1GFEA 1YAOA 4H9FA 4H9HA 1GF0A 1YKXX 5FCPA 1DI4A 1VDPA 1YQVY 2PC2A 1GDWA 1JKBA 1GPQC 1G7HC 3BKVA 1LYOA 2BLXA 4OWCA 5LYTA 5APEA 4NGIA 4WLDA 5E4PA 3WUNA 1GF9A 5HMJA 1IWZA 4QEQA 3G3AB 1OUFA 5A3EA 1IX0A 1OUGA 1WQQA 2NWDX 4NGYA 4ZIXA 1JEFA 1FKQA 4GCBA 1B2KA 1YILA 3E3DA 4LT2A 4N5RA 2Z2FA 2H9KA 4GLAA 1INUA 2ZNXY 4G4HA 4H8ZA 1F0WA 3A90A 1XEKA 1XEJA 2Z2EA 5KXMA 1UIDA 1XGRC 4DDCA 4ETBA 4C3WA 4RW2A 3ZVQA 1YKZX 2I26L 4OWEA 5DL9A 5LXWA 1BQLY 1B7OA 1UICA 1IP4A 3OK0A 5LVJA 1GE1A 1IWYA 2MEBA 5APCA 1B7RA 1BWJA 1YL1X 1MLCE 2LZTA 4DD3A 1J1XY 1ZV5L 1VDSA 1YANA 2I6ZA 1IP7A 4UWUA 4HJVA 2HEDA 1LZGA 1IR7A 1YAQA 4BADA 2BQOA 4FJRA 1UIGA 1J1OY 5DN5A 4WL7A 2EKSC 4H9BA 1GAZA 4WL6A 4H94A 1V7TA 3CB7A 208LA 1LHHA 1LSPA 1GE2A 2D91A 1JISA 3RT5X 1C7PA 1GF7A 4G49A 4NHPA 1CKCA 1LZ6A 4LT1A 1LJNA 4TSBA 4YF2A 4Z3MA 2MEEA 1ZMYL 1LJHA 3MGWA 4NHTA 1LMPA 2MEIA 5FHWA 1GF5A 4PRUA 1JSEA 1RI8B 1NMMA 1NF5A 1LJ3A 1W08A 5JENB 1ALCA 1CKDA 5FSTA 3A96A 1G7JC 3W6AA 4B1AA 2G4QA 3N9EA 1QDTA 5I53A 1B0DA 1HF4A 4A7DA 4YEMA 3TXDA 3WYHA 4NGOA 1XGPC 5LVHA 1LJ4A 1CJ8A 3P66A 3D3DA 5F16A 1LZ1A 2D4JA 1YAMA 2ZYCA 4GLVA 4NHQA 1GBXA 1KXYA 3WL2A 1LKRA 3VWOA 4OWHA 1LZBA 4ET8A 1G7LC 3TXGA 2F30A 1LMOA 2BQDA 4BAFA 5HLLA 3CSRA 4YENA 5KXLA 2HTXA 4YM8A 1GFTA 5ILCA 1DZBX 4OWBA 4RLMA 1GB2A 1LSCA 1SQ2L 5II3A 4WM4A 4TTDA 1LOZA 1OUEA 2C8PA 4NIJA 3QE8A 3WPLA 2BQKA 5HNLA 5APDA 3AYQA 5L9JA 5I54A 1UA6Y 1B5YA 1CKHA 1HNLA 1LSAA 1G7MC 1FBIX 7LYZA 1D6PA 135LA 2ZQ3A 1J1PY 2Z38A 4HV1A 4BS7A 2W1YA 1BVXA 1LSEA 1HERA 1OP9B 2MEFA 4GCEA 1VFBC 5LAGA 5E9RA 2DQDY 4NSHA 1XFPL 4ETCA 1LZSA 3B0KA 1LYSA 2F4AA 3AB6A 2W1LA 1FLQA 3T6UA 3WPJA 4DC4A 5KKJA 3TMWA 4B4IA 3P65A 1IIZA 4WG1A 1LAAA 1LZ8A 3TXJA 1VATA 4UWVA 3EBAB 1YROA 2LHMA 2YBIA 1A2YC 1WQMA 3A8ZA 4XENA 4H8XA 1E8LA 3AZ4A 5A3ZA 4ML7A 4CGEA 4HTKA 1GB8A 5FEKA 1LMAA 2BQJA 1VEDA 2D6BA 3AZ6A 1B5VA 5D5CA 3J6KA 1HFYA 3A94A 4KT3A 5LVIA 5IHGA 5ILFA 1P2CC 6LYZA 2IHLA 4DWXA 4LT3A 1GWDA 4CFPA 2YBLA 5B05A 4X3BA 1RCMA 4H9EA 1GBZA 4HPEA 1LHLA 1LZNA 4OOTA 4PGJB 5B1FA 1GHLA 2FYDA 1EQ4A 4ZEEA 4PPOA 4YEOA 5KXNA 4XJDA 4G4BA 2DQFC 2Z19A 3P64A 2LZ2A 3M18B 4XN6A 5IDDA 1B7QA 3WVXA 6LYTA 5F9UA 2BQEA 4NEBA 1IY4A 1NDMC 1PS5A 1BWIA 5LVGA 3FE0A 4RLNA 1JTPL 1TCYA 4KPMA 4TWSA 3LN2A 3HFMY 2RSCA 4M4OA 4EOFA 1NHEA 1GBOA 2DQGY 3WUMA 5LYMA 1AKIA 2BQCA 3RZ4A 1AZFA 1A4VA 1LSBA 1HMKA 4NGZA 4BAPA 3RNXA 2YBNA 2IFFY 1HFZA 1WQRA 3B72A 5HQ1A 5I4YA 1JJ1A 1IP2A 4NGWA 5F14A 1D0LA 1RJCB 2YBMA 1GFGA 1RFPA 1UIHA 2DQEY 3AGIA 3AJNA 4KL7A 4OWAA 4PHIA 4MSTA 1JPOA 1IEEA 2MECA 154LA 1I1ZA 5APFA 1GBWA 3LYMA 4NGVA 4Z41A 1WQOA 5HNCA 1GE0A 1B7PA 4CHXA 1GB5A 2XBRA 1AT6A 3EXDA 4HJZA 1LHMA 1C46A 4G9SA 3AGHA 3W6CA 1LCNA 1GB7A 3AW7A 1FN5A 2ZNWY 2LYOA 1TAYA 4ETAA 1GBYA 4WO9A 1CKGA 1FKVA 1GF8A 3CSZA 4C5FA 4XADA 2LYMA 1CJ7A 3A3QA 1TDYA 3TMVA 1KIRC 2C8OA 5T3FA 4U3XB 4DD7A 5LYZA 3HBEX 2XTHA 3LHMA 4H8YA 4J0LA 3WH1A 1GFRA 4WG7A 1DPWA 1JTTL 1GF4A 4GN5C 4N0JA 1B5XA 1UUZC 5B59A 1TEWA 3CT0A 5KXPA 1HEOA 2FBDA 2YVBA 4HTNA 4H1PA 3W6BA 2F4GA 2Z12A 1LHKA 3ZEKA 2H5ZA 1LHJA 2MEHA 1GD6A 1HEQA 1OQMA 4QGZA 4DDAA 1REZA 1XGQC 2X0AA 3GXRA 4DD9A 1YIKA 2WARA 4OOOA 1DKKA 1FDLY 1OUIA 1YAPA 4R6CA 2D4KA 4XYYA 1DXJA 4GN3A 4YOPA 5L3HA 3A91A 4O34A 1OUAA 5LA8A 1EL1A 4FDYA 4IJ4A 4TX7A 1B7NA 3WPKA 4XJHA 4KXIA 4LT0A 3WU7A 2DQAA 3LYTA 4H93A 3RU5A 1BB6A 1B7LA 1UBZA 2F2NA 2Z37A 1GB0A 4LYCA 1HSWA 1DI5A 1GFHA 2MEAA 4J1AA 1GE4A 2A7FA 1KIQC 3P68A 5EBHA 2VB1A 2BQFA 2HU1A 1BWHA 5KXKA 1F6RA 1LSYA 1JWRA 4ZFPA 5DLAA 3W3EA 1LJFA 2BQIA 4WLYA 2N5ZA 4B4JA 1GDXA 5LAFA 4DYGA 4PRQA 5KXXA 3TXKA 3CSQA 3AW6A 1UIAA 3QNGA 3A93A 5C6LA 3TMUA 1REMA 1CJ6A 1LPIA 1IWWA 4LYMA 5K7OA 5KXTA 1LZEA 3G3BB 3IJVA 4TUNA 1QDRA 2W1MA 4XJIA 1PZYA 1LZ9A 1IP6A 1UC0A 4LGKA 1ZVYB 3WXUA 1JTOL 4HTQA 1UIBA 1JKDA 4NGKA 1HELA 4HSFA 4H90A 1LJEA 1JKAA 1WTMA 1IR9A 3ULRA 5AMYA 4XJFA 2I25L 2EQLA 1NBZC 3IWRA 1XEIA 3WUAA 3TXFA 2ZWBA 4DD0A 4P2EA 194LA 1JITA 5KXWA 3B0IA 1B7SA 5F81A 1OUJA 5KXRA 1KXWA 1LZYA 4NSGA 2GV0A 2YBJA 2G4PA 2Z39A 5KJ9A 1GFKA 1GF3A 2EIZC 4IATA 4WM6A 4Z98A 4H92A 1BVKC 1LHIA 1LYZA 4OW1A 5M1YA 4RDSA 2BAAA 3AZ5A 1BB7A 3WW5A 132LA 1IP5A 2EPEA 2ZIJA 3F6ZA 1H6MA 3A3RX 4WM3A 4B49A 4WMGA 3WULA 3A67Y 4RW1A 1LZAA 4H9AA 1H87A 2CJLA 5J7CA 1GFAA 4GCCA 2XJWA 4E3UA 1WQNA 4NG1A 1LMQA 4MCKA 1O23A 5DN4A 1B5ZA 1D0MA 1REXA 1B9OA 1UACY 1JJ0A 1LSMA 1NWGA 3K3TA 1IC7Y 1T6VL 2Q0MX 1HHLA 1IOCA 1NDGC 5B07A 4NFVA 4NGLA 1LZ4A 1IOTA 1AT5A 2AUBA 2YSSC 3N9AA 1UIFA 2HUBA 3M3UA 4IASA 1CJ9A 1GB3A 1GFJA 3TXBA 1GFVA 4DD2A 4NG8A 4TSCA 3EO5A 3TXIA 1IC4Y 3AGGG 4NWEA 4DD1A 1CKFA 2ZQ4A 1GBSA 4XJGA 1D6QA 4PJ2C 2ZYPA 3W6FA 4EMNA 3HBDA 1IWTA 1REYA 5C6IA 2CGIA 4LYBA 4WOAA 5IELA 2BQHA 5I4WA 1GXXA 1G7IC 3HBHA 1OUDA 1XGUC 5LA5A 3AZ7A 2BLYA 5HMVA 4WLTA 4LYTA 1RE2A 1JUGA 1UCOA 2CWIA 2BPUA 4HPIA 1AM7A 2MEGA 4QDNA 2HEFA 1LJGA 1QSAA 4R0FA 5KY1A 1CNSA 1IOQA 1WVUA 134LA 4N1EI 4WM1A 3CQLA 1D9UA 4AGAA 1W6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4GKJM 1IC5Y 3AFHA 234LA 1QTKA 4K5YA 2DZNB 1HC0A 4H9IA 1TF0B 3WMKA 4HJYA 2HEAA 3DNAA 4I7LA 5F9XA 4DT3A 1IVMA 4NOOB 7CATA 3JR5A 1WQPA 1I4WA 3FADA 3FI7A 2F32A 4L16A 1EQ5A 3A6CY 1PJTA 5LVKA 1LYEA 4N8ZA 192LA 4WM5A 1L64A 3GLHB 1IO5A 3WU8A 1PJSA 161LA 2L78A 3WXTA 1GXV2 3T38A 1C43A 1GB9A 4FW9A 4IAPA 1LJJA 1IBKM 3ATNA 3TXHA 1XB2B 3MK6A 3CTWB 4CJ2A 1VDLA 2F5PA 1IOSA 1NNUC 3A92A 2BQNA 1L75A 4TUWA 4QHSA 1GLNA 2DENA 1B5WA 2YDGA 1D2YA 1C45A 3J80S 1GB6A 1DI3A 3KW6A 4JI6M 4J1BA 3HT6A 1YL0X 3CDVA 5EJCA 3KVWA 3UMMA 2OO9A 1QANA 1Z6TA 3PNVA 6LZMA 1GE3A 1YE9A 5L3IA 185LA 1EQEA 1LZCA 4M6DA 1GF6A 1ZWNA 2XFSA 1PGYA 1IP1A 1FLUA 1QT8A 4HP0A 1ZV1A 5FELA 3W6EA 5DYIA 4NHIA 2F5QA 226LA 1C08C 1WVVA 1XGTC 4W96A 1QTVA 1Y8GA 1I6SA 1IN6A 1S3SA 5I5QA 4L78A 2RB0X 2JP7A 8LYZA 1OUBA 1HMLA 1L85A 223LA 2QHOB 4AXTA 1L71A 4GH9A 1WTHA 5C6JA 5ITXA 1QTEA 2OEAX 1LMNA 3SFZA 1NV9A 3H4MA 1KYIA 4CJ6A 1C10A 2R65A 2K9DA 4G4RA 2D4IA 4ANRA 1VDQA 3AL0C 2Y8PA 1T8FA 4W55A 2A4TA 2DBTA 1Q3CA 2M5ZA 3AJIB 5FTMA 1G0MA 1NY6A 1JR3D 2AHMA 2E5LM 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QUSA

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Chord Diagram

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