1QUS | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	322
structure length	312
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 reveals a lysozyme-like catalytic domain with an EF-hand. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
total genus	110
structure length	312
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1qusA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1qusA02

3WPLA 3WUMA 2BQAA 4TSBA 4DDCA 1LZ4A 2ZWBA 2I6ZA 5DLAA 1IP1A 2CJLA 1HHLA 2B5ZA 1XGRC 2HEBA 4NHPA 4NGKA 3LYOA 1MELL 2FYCA 4WLXA 4ZIXA 4OOTA 3WW5A 4FJRA 1LHLA 3WUAA 1LYZA 1IP6A 1D0LA 4UWVA 4W94A 3T6UA 1LZ9A 2I26L 1BWIA 1DPWA 2Z38A 4NG8A 4WO6A 4XN6A 4Z46A 1LSMA 1NBZC 4LYBA 5IHGA 4J1AA 4XADA 3P4ZA 5I4WA 1IC5Y 1LHKA 2ZYCA 3RNXA 1UIDA 2Z2EA 1LJHA 3WXUA 3FI7A 1T3PA 1WQMA 1B7QA 4HJZA 1CKHA 5KXOA 4XENA 1OQMA 2H9JA 3AB6A 1A2YC 3A91A 1GFVA 3WXTA 1LCNA 3N9EA 5F14A 4DT3A 4YEOA 1LZ5A 1OUHA 1LZ8A 1JPOA 2Z39A 1LYYA 4DD9A 5HQ1A 1GB3A 5EBHA 5KKJA 2G4QA 1JIYA 4H91A 1HELA 4DC4A 2F2NA 1I56A 1GBWA 1GE1A 3CSRA 3AZ7A 1DPXA 208LA 4WLDA 1JTOL 5LAGA 1FKVA 1CKGA 4NSGA 4CFOA 2H9KA 3B0IA 5C6LA 5KXTA 4ANRA 4RDSA 5L9JA 133LA 5LIOA 132LA 4H90A 5D5CA 4RW1A 2DQCY 5ILFA 1CJ7A 1LJ3A 1KXXA 3A34A 1B5YA 3WW6A 1N4FA 2LYOA 4H94A 4GCDA 4H8XA 4OWAA 2FBDA 5KXKA 3AGIA 1JWRA 1BVKC 4H92A 2HEDA 3IJVA 4OWCA 4Z3MA 135LA 1IOSA 4N5RA 1WQNA 2FBBA 4WM3A 4ETBA 4H1PA 1C7PA 4GLAA 4M6DA 4ETAA 1JJ0A 1B9OA 1G7JC 2RSCA 4ETDA 1BHZA 1IWUA 194LA 2Z2FA 3EMSA 4LT0A 1OUCA 2VB1A 3WPKA 4GN3A 2LZ2A 3TXFA 1LMPA 4C5FA 1JITA 4AGAA 1C10A 1DI5A 4RLNA 3A90A 1B7LA 5FEKA 1IWVA 3RU5A 3BKVA 1LTMA 1KIRC 1LZYA 3W3EA 4LFPA 3W6AA 2DQEY 1CJ9A 1E8LA 1LZSA 1GF5A 4CFPA 1CKFA 1YAOA 4IATA 1B5ZA 4NG1A 4II8A 2Y8PA 2HU1A 3ATNA 1REXA 4XJDA 4NHSA 6LYZA 1IP3A 4WG1A 4WM4A 3TMXA 1FBIX 1LHHA 2XJWA 2F4AA 1QUSA 1B5WA 2W1YA 4NGOA 4UWUA 2WARA 4LGKA 5LYTA 1J1PY 5KXRA 2X0AA 1GF0A 5DN4A 3LHMA 1QDTA 134LA 1B7MA 1PS5A 5FELA 1F6RA 1YKXX 1DKKA 2AUBA 2W1MA 5I5QA 1REMA 1VDQA 1NHEA 1GF9A 4KT3A 1QTEA 3AYQA 1VDPA 2XBRA 4L41A 5IELA 1QQYA 1IC7Y 5I4YA 4TUNA 3QY4A 4H8ZA 1H6MA 5AMYA 2BQMA 4WL6A 1LJFA 3D9AC 1DKJA 6LYTA 1IVMA 3TMUA 3EXDA 1GDWA 5KXLA 3HFMY 4NGLA 4DYGA 1BWHA 2ZIKA 4RW2A 5LVGA 1EQ4A 4TWSA 2D4JA 4XJHA 5HMJA 1HF4A 2HECA 2XBSA 5T3FA 1LJ4A 3WL2A 4DDAA 2MECA 1KIQC 4N8ZA 4NGZA 1AKIA 1OUDA 1LZDA 3A93A 3N9CA 4DD2A 1DI3A 1GE3A 1XGQC 154LA 4R0FA 4BADA 4DD0A 3CB7A 1FLQA 1VEDA 1F0WA 4Z98A 5FDJA 4NWEA 5F16A 1IY3A 3AZ5A 4O34A 1XFPL 1XEJA 4NHQA 2HEEA 1TBYA 5KKIA 4H9BA 3WPJA 4QGZA 2MEGA 4QDNA 1GXV2 4BS7A 3CSQA 1WVUA 5B59A 4B1AA 1LMOA 1HEPA 1GB5A 2BLYA 5M1YA 1IIZA 1IOTA 1GBZA 2YSSC 5DM9A 1GFAA 1YIKA 4R6CA 1HC0A 3WU9A 1MLCE 1G7MC 1LAAA 1IX0A 193LA 1WQRA 1GFTA 4N1EI 4B0DA 1WQPA 3EBAB 1LJNA 3CT5A 4WMGA 1LZAA 2C8PA 2MEBA 4HJYA 4NGIA 3AZ4A 2DKVA 1LHJA 1Z55A 4B4JA 4PGJB 1IWZA 2PC2A 5F9UA 4LT3A 5L3IA 4LFXA 5LAFA 5I4XA 5FCPA 1IWXA 4GCEA 4YEMA 1TEWA 5KXYA 3SP3A 1HEWA 1JHLA 2I25L 1P2CC 1OP9B 1JEFA 2Z19A 3HBEX 2YVBA 4NWHA 3TXDA 1GFEA 4HSFA 1IR7A 4DDBA 2HUBA 2Q0MX 5FSTA 5I54A 5B07A 1FLYA 1LJJA 1NBYC 1RI8B 2F30A 2DQDY 1GEZA 1LSFA 1QIOA 1UC0A 3M18B 3N9AA 1GFRA 1OUGA 1GBSA 4LT2A 5HLLA 2ZNXY 4QY9A 1IP4A 2EIZC 5LVJA 4M4OA 1OUAA 2CDSA 1LJEA 1UUZC 5ILCA 2BQDA 3A94A 1BB5A 1LSAA 1T6VL 2MEEA 3A3RX 1GF3A 1BWJA 1RFPA 4TSCA 1GHLA 1D9UA 2LHMA 1G7LC 1UCOA 1WVVA 2ZQ3A 5LA8A 1LMQA 1LSZA 1PZYA 4CJ2A 2BQNA 1FLUA 1NF5A 1HEQA 3RZ4A 1BB3A 3P68A 4H93A 1GFUA 2Z18A 1UIBA 1ALCA 4NFVA 4HV2A 4HPIA 1QDRA 4ZFPA 4OWEA 1IOQA 3A95A 4NGYA 8LYZA 1GWDA 3IWRA 4B4EA 4KL7A 1W6ZA 2DQFC 2BLXA 2BQOA 5KXZA 4D9ZA 5KJ9A 4J7VA 3TXIA 3LZ2A 4G9SA 4G4CA 2ZIJA 1CKCA 3LYMA 2G4NA 2BQGA 2EQLA 3A3QA 1LSYA 1YL0X 4G4HA 2ZYPA 4HV1A 1KIPC 3J4GA 4ETEA 1UIAA 1B5UA 4TTDA 4NGJA 1JKCA 1OUBA 1LHMA 3AJNA 2DQAA 1JSFA 4LYTA 4GCBA 3B6LA 1F6SA 1H87A 1RE2A 1LPIA 3J6KA 4OOOA 2Z37A 2BQIA 1IP2A 4GLVA 5F81A 1LZ6A 1IR8A 2MEHA 4KPMA 1LZ1A 2C8OA 2MEIA 1XSFA 1B7OA 1NWGA 2DQIY 3TXKA 2BPUA 1F10A 1GF6A 1GFHA 2BQFA 3QE8A 4J0LA 1GB7A 4CHXA 4XJBA 1VDTA 4GCFA 3KAMA 1BB7A 4MR1A 4ZEEA 1XGPC 4HJVA 2HTXA 3FE0A 4WO9A 3VWOA 3WUNA 4GCCA 4YM8A 1IWTA 3TXHA 1GB6A 1I20A 1JUGA 1YKZX 5A3EA 4RLMA 3EO5A 5DL9A 3G3AB 4WG7A 1B7RA 2BQJA 1XEKA 3OK0A 5APDA 2YBMA 3RW8A 3CQLA 3LN2A 1IOCA 1YAQA 1I1ZA 4LYCA 1JTPL 1IR9A 2LYZA 1AT6A 3TXJA 4WM2A 3TXBA 1BB6A 4XJFA 1JKDA 1HEMA 4LYZA 3W6DA 1GPQC 4ETCA 2D6BA 3LYTA 1INUA 1LJIA 1B0DA 1XEIA 4YF2A 1C43A 1KXWA 4H9EA 4PRUA 1CNSA 1IWYA 1JJ3A 1LMAA 4H9FA 1HMLA 2N5ZA 1GB2A 4LYOA 1GE0A 4W96A 1LMTA 3HBDA 3ZVQB 4LYMA 4GN5C 4HTNA 4NHTA 3RT5X 5K7OA 1AM7A 1ZVHL 5E4PA 3WU7A 3AGHA 1HENA 1GD6A 5B1FA 5L3HA 1YANA 3W6CA 4X3BA 5II3A 3WH1A 1UA6Y 3WMKA 4BAFA 1GDXA 3ZEKA 1G7IC 4I8SA 3E3DA 5KY1A 1CJ8A 2EPEA 1GBYA 2ZILA 1GF7A 2YBIA 4J1BA 5LXWA 1DZBX 1BVXA 4TX7A 1QTKA 4B4IA 5DN5A 2DQHY 1A4VA 5LYMA 1HEOA 2D4KA 4EOFA 1YROA 3P64A 1ZVYB 1DI4A 2DBTA 2BQLA 2A7FA 2EKSC 2YBNA 4XJGA 1UBZA 3A6BY 2FYDA 2W1LA 3F6ZA 5B1GA 1B7SA 1G7HC 5HNLA 2BQBA 1B7PA 2BQEA 3W6EA 1REZA 4G4BA 3GXRA 3A8ZA 1FLWA 3WYHA 1D6PA 207LA 1YL1X 1LMNA 2YBJA 1IY4A 4NSJA 2BQCA 3LYZA 1HSWA 1LZGA 1DQJC 3AW6A 5APFA 1IP5A 4H9CA 4DD3A 1LZBA 1XGTC 2BAAA 1LSDA 4PRQA 1LYOA 5APEA 1NDGC 5HMVA 5LYZA 4H8YA 9LYZA 4EMNA 1TDYA 3ATOA 4MSTA 5HNCA 3CT0A 1LSPA 5A3ZA 1QSWA 1D0KA 1VAUA 4OW1A 1AT5A 4LZTA 1VFBC 2DQGY 3D3DA 3AZ6A 1RCMA 1IO5A 4N0JA 1QUTA 1C08C 3WU8A 1TCYA 1YAPA 4WM6A 4MCKA 1HMKA 1LZCA 1NQIA 3MGWA 4GN4A 4NGVA 1LJGA 4WM1A 5D5FA 4CGEA 1YQVY 3B0OA 3GXKA 2HEAA 1FDLY 5KXXA 4C3WA 5LVKA 3QNGA 2MEFA 2YBLA 1J1XY 1BB4A 4ML7A 4N9RA 4WL7A 3WVYA 2GV0A 1GFGA 2MEDA 3P65A 4PPOA 4NSIA 1LSNA 1OUFA 3G3BB 1ZMYL 1FN5A 4G49A 1GBXA 1UICA 2DQJY 1D6QA 4LT1A 4N1CC 4HTQA 1IWWA 1NMMA 2NWDX 1DXJA 1EQEA 1LZTA 5I53A 3IJUA 4NSHA 1W08A 1WTMA 4PJ2C 4WOAA 4OWHA 1ZV5L 3BKHA 1HNLA 7LYZA 1OUIA 1IEEA 4HP0A 4NGWA 1LSGA 1WQOA 2HEFA 2YDGA 1V7SA 3CSZA 4U3XB 2BQKA 1GFKA 2ZNWY 2F4GA 5IDDA 1BQLY 1JTTL 1KXYA 5KXPA 4B49A 4ET9A 3OJPA 4E3UA 1VATA 4QEQA 3TXGA 1UACY 4FDYA 5LINA 4IJ4A 4Z41A 1JKBA 4DWXA 5KXWA 1GFJA 5J7CA 5C6JA 1CJ6A 4BAPA 1GB8A 4HTKA 1OUJA 3K3TA 3ZVQA 1B5VA 1LZNA 3P66A 4H9IA 4AXTA 1HFXA 2LZTA 1GE4A 2XTHA 3B0KA 4NY5A 153LA 1WTNA 1LMCA 1NDMC 4XJIA 1V7TA 1GAZA 5KXNA 5B05A 4KXIA 1JJ1A 4H9AA 3A67Y 5F9XA 1RJCB 1GXXA 2BQHA 1B2KA 4A7DA 5C6IA 3A6CY 1LJKA 1HSXA 3WVXA 1OUEA 1YILA 3TMVA 1TAYA 4DD1A 1GB9A 1LKSA 4DD7A 3CT1A 1HFYA 1EQ5A 1GBOA 4YOPA 1LZRA 1UIEA 4WM5A 5JENB 1NKHA 2HU3A 1SLYA 4H9HA 1REYA 1LYSA 2IFFY 1LSBA 3AW7A 1GB0A 5E9RA 4YENA 2YBHA 4ET8A 1J1OY 2D91A 2Z12A 3A92A 2ZQ4A 1GF8A 4UWNA 1UIHA 4I0CA 1IP7A 1LZEA 1GF4A 1YAMA 3LZTA 1B5XA 5LVHA 2W1XA 1CKDA 4HPEA 1AZFA 1IORA 1C46A 3T36A 3TMWA 1FKQA 1LOZA 1LKRA 1WQQA 3WULA 5KXMA 3M3UA 5LVIA 3ULRA 1HFZA 1LSCA 3W6BA 1LHIA 5KXSA 4NIJA 1VDSA 4OWBA 1QSAA 1LSEA 1GE2A 1GAYA 1GEVA 1SQ2L 2CGIA 4PHIA 3B72A 4NHIA 1UIFA 5FHWA 5B06A 2H5ZA 3A96A 3TXEA 3AGGG 2G4PA 3HBHA 4P2EA 5LA5A 1IC4Y 1O23A 1JSEA 1B7NA 2CWIA 2MEAA 4WLYA 4NEBA 1C45A 2A7DA 2D4IA 4WLTA 1D0MA 2IHLA 4XYYA 1UIGA 1YKYX 2LYMA 1JISA 1JKAA 1HERA 1EL1A 1XGUC 5APCA 3W6FA 4IASA 1BGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3WPLA 1LZ4A 2KHHA 2ZWBA 3C8RA 1L17A 2I6ZA 2GQFA 1XGRC 5FLXS 3PDSA 1EIJA 3KXEC 1D0LA 1MN3A 1CU2A 4XN6A 3AV0A 1D2NA 5KPZA 1R2ZA 2Z2EA 3FI7A 1T3PA 1WQMA 1B7QA 4HJZA 1CKHA 3WXTA 3A91A 1DYAA 1EFUB 1LCNA 2IGCA 3W67A 2QSFX 3QYEA 4DT3A 4YEOA 1LZ5A 1Q39A 2Z39A 1LYYA 5HQ1A 3L27A 5EBHA 3GQ3A 5KKJA 1LV7A 237LA 2A5YB 3A98B 4YY3M 160LA 3C82A 1I56A 3CSRA 3HJQA 1ZMUA 4PDIA 1FKVA 1CKGA 4NSGA 4PDGA 168LA 4RDSA 4EIWA 5LIOA 3VK7A 1KXXA 1XNQM 3GRVA 2HAKA 1C62A 4H94A 3AGIA 4ARPA 4LF7M 2DI0A 1N77A 113LA 4N5RA 4B3MM 4OVZB 157LA 1L19A 4WM3A 1PRBA 1SXJC 1PQMA 3UGJA 1XEPA 3KS8A 176LA 1G7JC 1BHZA 5C1BA 3IHPA 2Z2FA 2I7NA 3EMSA 205LA 4C5FA 4RLNA 2G3QA 3RU5A 1L62A 2B6TA 1GF5A 4GKKM 4LFCM 4IATA 5EP3A 2L2DA 231LA 4X65M 2LVNC 3ATNA 4YX7C 4NHSA 1OTRA 3HKPA 4MB7A 3W68A 4WM4A 169LA 1FBIX 2F4AA 4LZMA 4EJ4A 3KS4A 3L2XA 3UONA 4W58A 2X0AA 4NRVA 1GF0A 1QDTA 4WURA 2VF7A 1CV4A 5FELA 1ORYB 1F6RA 4HLQA 2OE7X 2QZ4A 2XZUA 3B9PA 1QTEA 2XBRA 5ITXE 5IELA 1L74A 1IC7Y 4TUNA 3QY4A 198LA 1SXJA 4WL6A 1LJFA 1DKJA 1IVMA 3ILKA 5GKNA 1L85A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3WPL A;  1LZ4 A;  2ZWB A;  3C8R A;  1L17 A;  2I6Z A;  1XGR C;  3PDS A;  1D0L A;  1CU2 A;  4XN6 A;  2Z2E A;  3FI7 A;  1T3P A;  1WQM A;  1B7Q A;  4HJZ A;  1CKH A;  3WXT A;  3A91 A;  1DYA A;  1LCN A;  2IGC A;  4DT3 A;  4YEO A;  1LZ5 A;  2Z39 A;  1LYY A;  5HQ1 A;  5EBH A;  5KKJ A;  237L A;  160L A;  3C82 A;  1I56 A;  3CSR A;  1FKV A;  1CKG A;  4NSG A;  168L A;  4RDS A;  5LIO A;  1KXX A;  1C62 A;  4H94 A;  3AGI A;  4ARP A;  113L A;  4N5R A;  157L A;  1L19 A;  4WM3 A;  1PQM A;  1XEP A;  176L A;  1G7J C;  1BHZ A;  2Z2F A;  3EMS A;  205L A;  4C5F A;  4RLN A;  3RU5 A;  1L62 A;  2B6T A;  1GF5 A;  4IAT A;  231L A;  3ATN A;  4YX7 C;  4NHS A;  4WM4 A;  169L A;  1FBI X;  2F4A A;  4LZM A;  4EJ4 A;  3L2X A;  3UON A;  4W58 A;  2X0A A;  1GF0 A;  1QDT A;  1CV4 A;  5FEL A;  1F6R A;  2OE7 X;  1QTE A;  2XBR A;  5IEL A;  1L74 A;  1IC7 Y;  4TUN A;  3QY4 A;  198L A;  4WL6 A;  1LJF A;  1DKJ A;  1IVM A;  1L85 A;  1GDW A;  4NGL A;  5LVG A;  4RW2 A;  1EQ4 A;  2D4J A;  2HEC A;  1L08 A;  1CU5 A;  2MEC A;  1L82 A;  3A93 A; 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1QUSA

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