1QUS | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	322
structure length	312
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 reveals a lysozyme-like catalytic domain with an EF-hand. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
total genus	110
structure length	312
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1qusA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1qusA02

1J1XY 2BLYA 1LZRA 1B7PA 3FE0A 5KJ9A 5ILCA 1UIGA 1XGQC 4OWHA 4CHXA 2CWIA 4N5RA 2EPEA 4UWUA 2LZ2A 4O34A 5APEA 3RZ4A 1IP3A 3D3DA 4DYGA 1LSMA 1YILA 1ZV5L 1LTMA 2FYDA 1CKFA 3CSQA 4NFVA 4DD7A 3WU8A 1EL1A 2ZQ4A 1IWZA 2N5ZA 1DQJC 1WQOA 4XADA 5KXWA 4WG1A 4B4JA 134LA 4NGYA 5KKJA 1LJFA 1VDPA 2Z2FA 4NG1A 1EQ5A 1GF3A 1LZ6A 1QDRA 4NHQA 1LSNA 3TMWA 1QUSA 2RSCA 4WL7A 5HQ1A 1H6MA 3A67Y 3E3DA 4DD2A 4XJGA 1LZNA 5E9RA 5LIOA 4HSFA 5J7CA 1GF5A 1VDTA 4H8XA 4J0LA 1DI4A 1BVXA 1GB9A 4L41A 1LYZA 5DN5A 5LXWA 3P66A 1O23A 1IX0A 5I5QA 1LHMA 4WM3A 1JISA 1JSEA 1UIDA 5HNCA 153LA 1XEKA 5B07A 1OUDA 4NHTA 2DQEY 4PHIA 4XJBA 1LZ5A 4HV2A 4NEBA 1GFRA 2W1MA 3VWOA 4ETAA 3F6ZA 1AZFA 5B05A 1LMAA 1C10A 2HU3A 1V7SA 1YANA 2BQKA 2BQHA 2D4JA 2F2NA 3N9EA 3P68A 4GCBA 4OWAA 2EQLA 5APFA 4H93A 3W6DA 1IWXA 1A2YC 1T6VL 2F4AA 1JTTL 3TXGA 3TXEA 4NSHA 3B0OA 9LYZA 4M4OA 3RW8A 4NWEA 5II3A 2D91A 1NBYC 2ZWBA 2EIZC 2ZNXY 1B5YA 1JHLA 1B7RA 4GLAA 1JEFA 1LYYA 1UUZC 1YAPA 4KPMA 2MECA 4J1AA 1UIHA 4WM6A 2ZILA 4HPEA 1LMTA 2DQAA 4H91A 1RFPA 1OUGA 1BB3A 1WTMA 3N9AA 4PRQA 5KXLA 8LYZA 1GFEA 5C6LA 1PS5A 1NHEA 4MSTA 3WPKA 4N9RA 2ZNWY 4TTDA 1GBXA 2HEEA 5KXTA 1UIEA 2DQCY 1XEIA 1HEOA 1QUTA 4B1AA 3RNXA 1GAZA 1JKCA 2Z37A 1HEPA 2IFFY 2Z39A 4ET9A 1LHHA 1IP5A 3TXKA 1J1OY 1LMQA 4HJYA 1DPWA 4II8A 4WL6A 1LJ4A 1GB8A 1LJIA 3WVXA 4DWXA 1HERA 4YF2A 1NMMA 4ET8A 1VATA 3QE8A 193LA 2H9JA 1BB6A 1UCOA 4H8ZA 3P4ZA 4NSGA 1VAUA 1WQNA 2I6ZA 5KXYA 1LJNA 1IOQA 1B5WA 4ANRA 1D9UA 1JTPL 2DQGY 2FYCA 2FBDA 4NIJA 4AGAA 5F14A 1NDGC 4LYTA 4WOAA 1IP1A 5DL9A 1IEEA 1LSCA 132LA 4DT3A 1GB0A 1LYOA 1GB7A 4DD1A 3EMSA 5EBHA 5KXOA 1KIPC 3TXBA 2XTHA 2MEEA 1MELL 1LJGA 2MEHA 1QSAA 1B5ZA 2Z2EA 1GWDA 4GN5C 5LVIA 3EO5A 1HFYA 3A92A 4OW1A 4NSIA 2AUBA 2YBJA 1GXV2 1IORA 5D5FA 4ETDA 1UIBA 4R6CA 3AB6A 4H9HA 1NKHA 3W6CA 1LHKA 3CT5A 3TXFA 3LYOA 1G7IC 5B1GA 4E3UA 1GD6A 4B0DA 4DD9A 1B7NA 1LSFA 3AZ6A 3LZTA 4WG7A 4HTNA 1JTOL 2YBMA 5F16A 5KXRA 1VDQA 1IR7A 3M18B 2G4PA 4DDCA 2YBHA 1IOTA 1IR9A 5FELA 3ZEKA 4TSBA 2HU1A 4WM1A 1B5UA 2HEDA 1CKDA 1LJJA 2A7DA 2Z18A 2IHLA 2BQOA 1XGTC 1OUBA 4DDAA 4N8ZA 4XJIA 3BKHA 3WXTA 4TWSA 4IJ4A 1HEWA 3WULA 4GN4A 5FDJA 3A94A 4B4EA 5I4WA 1XSFA 1LZ1A 1D6QA 1XFPL 2BQCA 4I0CA 3CQLA 4RDSA 4TSCA 1OUHA 1IOSA 1DXJA 1RI8B 4WLXA 4X3BA 3A8ZA 4W94A 1OP9B 1JITA 1F10A 4NHSA 3W3EA 1IWYA 1GPQC 3QNGA 2B5ZA 4WLYA 5F9XA 4YEMA 4C3WA 2YDGA 3GXKA 1HENA 3CSZA 4LGKA 5L3HA 5I4YA 1LZCA 3AZ5A 5L3IA 1BVKC 2BPUA 1LZBA 1V7TA 4CFPA 1B9OA 4PRUA 4OWCA 5LYMA 4Z3MA 1LOZA 1P2CC 2ZIKA 3IJUA 1YROA 1CJ7A 2ZYCA 4P2EA 3TXHA 1IIZA 4C5FA 1GB6A 4LFPA 1DZBX 4BADA 1CJ8A 1DKJA 3LYTA 4IASA 1UBZA 3D9AC 3RU5A 1LMCA 2DQJY 4LYZA 3WMKA 1VDSA 1XGPC 4QGZA 3OK0A 5F9UA 3TMUA 4CFOA 4DC4A 1G7HC 5FHWA 4GCEA 1OUIA 4GCFA 2W1LA 2HEFA 3KAMA 2W1YA 5LAFA 1G7LC 2DBTA 4G49A 1LPIA 5JENB 3P65A 1REMA 208LA 3WH1A 2H5ZA 2LYZA 4LZTA 5LAGA 1UICA 2BAAA 4LYCA 7LYZA 1BWIA 1CNSA 1LSAA 1TCYA 1AKIA 1LHLA 4WM5A 3N9CA 4LT1A 1LZTA 1LHJA 1GFGA 3OJPA 1GE3A 4H9BA 1GB3A 5DLAA 1IWWA 1JSFA 2LZTA 1I1ZA 1YAQA 2BQFA 5KXZA 4NY5A 3AZ4A 1DKKA 5LVHA 1RE2A 1A4VA 1D0LA 4NGZA 4OOOA 1W6ZA 3AGHA 2HTXA 3A91A 5HMVA 1WVUA 4WLTA 1FN5A 1IC4Y 4NGLA 5KXMA 3WL2A 1LJ3A 1RJCB 1UACY 5KXKA 1LSEA 2BQAA 1EQEA 2F4GA 2MEFA 3QY4A 2DQDY 4IATA 4FDYA 1BB7A 4PPOA 4GCCA 2ZQ3A 4ZEEA 1D0KA 1HFZA 1SQ2L 1GDXA 1NBZC 1TEWA 4H1PA 3WW5A 1GFHA 2HEAA 1OUCA 1GF6A 4GN3A 3W6EA 2CJLA 1GF4A 4R0FA 2MEBA 1AT5A 4J1BA 154LA 4NG8A 1T3PA 4H9IA 4NSJA 2C8OA 1F0WA 1NWGA 5LYTA 1YAOA 4WM4A 4J7VA 4XN6A 2MEGA 1LAAA 4NGIA 3T36A 3WYHA 1BHZA 1HMLA 1LSBA 2BQBA 1HELA 1KIRC 1WVVA 3B72A 4NGKA 4XYYA 5KY1A 3A93A 1YL1X 2YBLA 4B4IA 1IP7A 4ETEA 2PC2A 3ULRA 1JUGA 5ILFA 5I54A 1VEDA 1C08C 133LA 1GB5A 1LZAA 1GXXA 4PGJB 3WPJA 3AZ7A 4GCDA 1XGUC 1GFJA 1D0MA 5D5CA 1C43A 4WMGA 4H94A 1I20A 4A7DA 4NGJA 3MGWA 2LYMA 1GDWA 1OUJA 2XBSA 4PJ2C 4RLNA 1QSWA 4WLDA 4BAFA 1UA6Y 4LT0A 3ATNA 2XBRA 4MR1A 5I53A 2LYOA 1H87A 2GV0A 1JJ3A 1GBOA 4H9EA 1C45A 1LZ9A 1ALCA 1LSZA 4H9CA 1HFXA 1DPXA 2Z12A 1YL0X 2DQHY 1NDMC 5DM9A 1FLYA 5B1FA 4B49A 4QY9A 1GE1A 2HEBA 3B6LA 4ETBA 2YVBA 1IWTA 3WPLA 5HNLA 1GHLA 4QDNA 2D6BA 1MLCE 2DKVA 3EBAB 6LYTA 1GFTA 3A3QA 4H8YA 3WVYA 2EKSC 3TXIA 5LINA 4NGWA 1LZGA 4LYOA 5HLLA 4HTKA 5KKIA 4XJFA 4OWBA 5IELA 1LMPA 2BQDA 2YSSC 1LJKA 5I4XA 1HC0A 1IO5A 1LZ8A 1FLWA 4Z46A 3LZ2A 1B0DA 3A34A 2G4QA 4N1CC 2MEAA 1WQMA 2HUBA 3G3BB 4YOPA 5E4PA 1LSYA 1XEJA 3J4GA 4QEQA 3T6UA 1GBZA 1PZYA 1YQVY 1LSDA 1SLYA 3TMXA 2BQIA 3LHMA 1JJ0A 1IVMA 1OQMA 1HMKA 4Z41A 4TX7A 4CGEA 5LYZA 5LA8A 4XJDA 3TXDA 5A3ZA 1ZVHL 4LT3A 4H90A 1LZSA 5APCA 5HMJA 5KXPA 4G4BA 4N1EI 1VFBC 2MEIA 3W6AA 3AGIA 1CKCA 1GFAA 3CB7A 4OWEA 1GBWA 1BB4A 3ZVQA 135LA 2HECA 2BQMA 4YM8A 1B5XA 1HSXA 3FI7A 1LZYA 4NGVA 4YENA 3WU9A 3IWRA 5FSTA 4TUNA 1KXYA 1LZEA 2CDSA 3AYQA 4YEOA 1GBYA 4N0JA 1G7JC 3TXJA 4RW2A 3HBEX 1OUFA 1KXXA 5C6IA 4H92A 1FKQA 4XJHA 1GB2A 1LKRA 4FJRA 1GF0A 2I26L 1WQPA 4HPIA 5AMYA 2F30A 1CKHA 5B59A 4CJ2A 5FEKA 5IHGA 1CJ9A 1FLUA 2YBNA 1GBSA 1LMOA 1FKVA 1GFUA 3ZVQB 3P64A 4ETCA 1IR8A 4LYBA 2G4NA 1INUA 1GE0A 1LCNA 1WTNA 2CGIA 2WARA 1QQYA 4NHPA 2D4KA 2C8PA 2A7FA 1GEZA 3WUMA 1IOCA 1GF9A 2W1XA 1IC5Y 1QTKA 5M1YA 1IP4A 1GAYA 2MEDA 3AJNA 4RW1A 2X0AA 4ZIXA 1C46A 2D4IA 4WO9A 1LZDA 1OUAA 4I8SA 1F6SA 1FDLY 1GFVA 1LJEA 1LJHA 1BWHA 4GLVA 4UWVA 3HBDA 5F81A 1JKDA 2LHMA 4H9FA 4BS7A 1LHIA 4NHIA 6LYZA 3A95A 5C6JA 1IP6A 5FCPA 1QIOA 1NF5A 1BQLY 3A3RX 4Z98A 2XJWA 4G9SA 5LVGA 1YKXX 1IP2A 2BLXA 1AT6A 2BQLA 3A90A 3IJVA 5A3EA 3BKVA 1REYA 1HHLA 1CJ6A 2NWDX 2VB1A 3ATOA 3AGGG 1RCMA 5APDA 1E8LA 2I25L 3CT1A 1C7PA 4WO6A 3A96A 2BQJA 5LVJA 3B0KA 4LFXA 1JIYA 4WM2A 5B06A 5IDDA 3WUAA 1B7LA 1TAYA 1FLQA 2Q0MX 5LVKA 4HP0A 194LA 1HNLA 3TMVA 3B0IA 1YAMA 3W6BA 2DQFC 1LKSA 1ZMYL 1YKZX 3LYZA 4NGOA 1DI3A 1BGIA 4KL7A 1J1PY 1QDTA 5DN4A 1HSWA 3G3AB 1BB5A 1LZ4A 5L9JA 1I56A 2Y8PA 4D9ZA 3HFMY 1GE2A 1IWVA 1OUEA 4EMNA 4DDBA 1GE4A 1NQIA 1HF4A 1LSGA 1QTEA 1ZVYB 4HJVA 1GF8A 4KT3A 4NWHA 4U3XB 3AW7A 5LA5A 3WU7A 3LN2A 4G4HA 1IY4A 1UC0A 2DQIY 1IWUA 1W08A 1REZA 2Z19A 3GXRA 4UWNA 1AM7A 4RLMA 4DD0A 3RT5X 4ZFPA 1HEQA 3A6CY 1CKGA 4MCKA 3AW6A 5T3FA 4DD3A 1YKYX 1B7OA 1IY3A 1LMNA 1JWRA 1KXWA 1G7MC 4OOTA 4M6DA 1TBYA 1UIFA 1DI5A 3LYMA 1LSPA 1GEVA 1JKBA 1JPOA 2ZYPA 3HBHA 1B7SA 4HV1A 4H9AA 1Z55A 3SP3A 2H9KA 2BQNA 4HJZA 1JKAA 4AXTA 4KXIA 2Z38A 1D6PA 1TDYA 1REXA 1B5VA 5KXNA 3W6FA 4EOFA 4XENA 2BQEA 3WW6A 1WQRA 3CSRA 2YBIA 3K3TA 1B7MA 1JJ1A 4LT2A 2FBBA 1HEMA 1IC7Y 5K7OA 4W96A 1B2KA 4BAPA 3M3UA 1BWJA 207LA 3EXDA 1F6RA 2ZIJA 3J6KA 3WXUA 4HTQA 4G4CA 2BQGA 1WQQA 1FBIX 1UIAA 4ML7A 3CT0A 3WUNA 1N4FA 1KIQC 1EQ4A 1LYSA 3A6BY 5KXSA 1XGRC 4LYMA 5KXXA 1GFKA 1YIKA 1B7QA 1GF7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1XNQM 2BLYA 1G8PA 4LZJA 5ILCA 1I4WA 1UIGA 3U61A 4NSRA 2EPEA 3PDSA 4DYGA 1GLNA 1ZV5L 2OPFA 3HDEA 2FS1A 2KNAA 3C80A 1IWZA 5KXWA 1LYGA 2XEPA 134LA 4FW9A 177LA 1EQ5A 1GF3A 1LZ6A 3GUJA 1CUQA 2XFTA 4DD2A 1NHWC 1AIPC 5DYIA 3U61B 4R3DA 1VDTA 228LA 167LA 1DI4A 4LCBA 4L41A 3P66A 3SAVA 1IX0A 1LHMA 4WM3A 1JSEA 1UIDA 2MH8A 153LA 1TH2A 4PHIA 3U6MA 2KRUA 3F6ZA 1QT6A 1L88A 2D4JA 2EQLA 2WZJA 3NBXX 4B7HA 1Y8GA 2F4AA 3B0OA 122LA 3RW8A 165LA 4NWEA 2APLA 4JI0M 1DGGA 248LA 2EIZC 1T43A 1LYYA 1UUZC 4KPMA 1L85A 2ZILA 4HPEA 1LMTA 4H91A 1L1TA 3J80S 1WTMA 8LYZA 1NHEA 4MSTA 1GBXA 3HU8A 3PFIA 1XEIA 2DQCY 2DAGA 1L10A 4B1AA 1J09A 1D2NA 2J7OA 2Z37A 2G3QA 4I7RA 4ET9A 1LMQA 1J7KA 1C1KA 4L15A 1C6GA 1DPWA 1JTMA 4II8A 2JY8A 4XBOA 3GUNA 2QSFX 5EP2A 1PM5A 1VATA 4DV5M 3QE8A 2H9JA 1ZWNA 3I4YA 2RB0X 2I6ZA 1VEGA 2RBOA 3GULA 4A3VB 4UN2B 4Z8XA 4NIJA 2FYCA 4ARPA 1ZYTA 1C6KA 1IEEA 1XEPA 2YR0A 1LYOA 3QYBA 1QT3A 3EMSA 2DZNB 3C7ZA 3KS8A 1LJGA 2LZMA 178LA 2C9OA 2MEHA 1B5ZA 2Z2EA 4OO9A 226LA 3EO5A 1OIPA 3U5ZB 2AUBA 1IORA 3GRVA 5E26A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QUSA

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Chord Diagram

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