1QUS | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	322
structure length	312
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 reveals a lysozyme-like catalytic domain with an EF-hand. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
molecule keywords	LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus	110
structure length	312
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1qusA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1qusA02

1IWWA 5KKJA 2RSCA 1JKCA 1TAYA 4I8SA 2I26L 1LZYA 5FSTA 2FYCA 4NIJA 5I4XA 3AZ7A 1OUHA 1J1PY 3WYHA 1UIDA 1GF8A 1DKJA 2D4KA 2YVBA 1JSFA 1YROA 4G4HA 2YBNA 1VAUA 1GBWA 4NHQA 4IJ4A 2ZQ4A 4GLAA 2MEAA 2DQIY 1FKQA 1IC5Y 4N1CC 4WLXA 1OUFA 4WM1A 4HTQA 3AGHA 1REZA 1IO5A 2BQLA 4XADA 1HEWA 4B1AA 1BB4A 1IORA 3B0IA 2Q0MX 4H8XA 4NFVA 1GEZA 1EQ4A 3CT5A 2EQLA 1IC7Y 1LJIA 1YKXX 3LN2A 1LJ4A 4GN3A 4R6CA 4WO9A 5D5CA 3RW8A 4OWAA 1O23A 1TCYA 2ZIKA 4FDYA 4OOOA 4QEQA 4DD3A 1B5YA 2W1LA 3ATOA 1IP7A 1LZBA 1HSWA 2CJLA 1WVUA 1JTPL 4MCKA 1IOSA 1VATA 4NSHA 1C10A 1JPOA 1LJKA 1LZSA 1TBYA 5FHWA 3A91A 3WUNA 4M6DA 4U3XB 4PRUA 4GCFA 5KXPA 3BKHA 3FI7A 5EBHA 1XEJA 9LYZA 2A7DA 1WQMA 3K3TA 4WLYA 2BQAA 4NSJA 2CWIA 5DL9A 3W6DA 4QGZA 2MEFA 1RFPA 1NWGA 4PJ2C 1B5ZA 3IJVA 1LSBA 3B6LA 3P4ZA 4NWHA 4B4JA 5KKIA 133LA 4Z98A 3W6EA 1FKVA 2H9JA 5LA5A 4H8ZA 1C46A 1IEEA 4WL7A 3D3DA 4TSCA 4GCDA 1LZNA 1XSFA 2GV0A 1GB5A 1BWJA 1LYYA 1XGUC 5LVGA 3RT5X 1WQPA 2I25L 2YBLA 2YBJA 5F14A 4GCCA 2D4IA 1OUJA 1QTEA 5I4YA 5F9XA 4CGEA 4OOTA 4NGZA 1IP4A 1P2CC 1DPWA 2HECA 4N8ZA 4G9SA 1HEOA 1LZ9A 2F4GA 2LYMA 4GCBA 5KXXA 5A3EA 4ETEA 1UCOA 1KIRC 1WTNA 1YANA 154LA 1HFXA 1GHLA 1IR7A 1YQVY 1QUTA 4MSTA 4RDSA 1LZRA 1GBYA 2FYDA 4OWEA 5JENB 1C08C 1TEWA 4NSIA 4QDNA 3WMKA 2Z18A 1WQOA 1CKHA 1XGQC 4H9EA 1WVVA 4H1PA 2CGIA 4TTDA 4Z3MA 1CJ6A 4ZEEA 3WUMA 4BAPA 1GXXA 1HMLA 1QDRA 1VDQA 4LZTA 1BWIA 2BQNA 4YF2A 1GF9A 3CQLA 1G7IC 4ETBA 1LHHA 1IY3A 4TUNA 3TXDA 1DZBX 4HJZA 5DM9A 4X3BA 1ZMYL 2Z12A 5F16A 1FDLY 2ZYCA 1AZFA 1CJ7A 4IASA 3WUAA 1GAZA 3LYOA 5KXSA 1SQ2L 1A4VA 1WQNA 5LYTA 4WL6A 1ZVYB 2BPUA 4FJRA 4YENA 1B7SA 1VDPA 4MR1A 4PGJB 4UWVA 1XGPC 1LYSA 1C43A 1KIQC 1GB0A 1IP1A 1KIPC 208LA 1JJ0A 1OQMA 4G4CA 5LIOA 3TXEA 1LSFA 4NHIA 2BQOA 4DC4A 3AZ6A 5APCA 4WG1A 5HLLA 1BHZA 1IWVA 4LYTA 1GBXA 1GXV2 1DI3A 4GCEA 1MELL 207LA 1D0MA 5APDA 3LZ2A 3RZ4A 1IP2A 1IWYA 4NG1A 4ET8A 1V7SA 3RU5A 3F6ZA 3MGWA 4W96A 1GF6A 1CNSA 4ETCA 1XGRC 1B7OA 1F0WA 1NMMA 4NHPA 5LYZA 2IHLA 5D5FA 1IOTA 4WM5A 4TSBA 1E8LA 1FLWA 4H9HA 1LSNA 3WPLA 1YILA 1ZVHL 1RI8B 1CKGA 4H90A 6LYTA 5LYMA 1LZEA 3WVYA 1EL1A 4J7VA 1AT5A 3W6CA 4LT2A 132LA 1GWDA 1YKZX 4NHSA 5ILFA 5HQ1A 1HC0A 1OUCA 4KPMA 5KXRA 1REYA 3TXKA 5B1FA 4CFPA 4WM4A 4DDBA 1KXWA 2H5ZA 5T3FA 1LSDA 1LZ4A 3B0KA 1JWRA 3ATNA 1IWXA 3IJUA 4L41A 4OWCA 5B06A 1LHKA 3ZEKA 4B4IA 1JJ1A 1B5VA 4WLDA 4PRQA 4ETDA 4N1EI 1HHLA 1XGTC 1B7MA 2HEEA 5E9RA 5F9UA 4II8A 2LZ2A 3AGGG 3WXTA 1LHJA 1LJFA 1INUA 5KXWA 1OUGA 4HPEA 1LZGA 1UIEA 1GDWA 1RCMA 1LZ8A 4LT1A 1VDSA 1JJ3A 4LFPA 2BLYA 1D6PA 3HFMY 4DWXA 5HMVA 2DQGY 1B5WA 1LOZA 1Z55A 4YEMA 2LHMA 1G7MC 1LJEA 4NSGA 4LT3A 1LSEA 1F6RA 4HSFA 4NGLA 3TXHA 6LYZA 1XEKA 1HEMA 5APEA 1QIOA 4J1BA 4WG7A 5B07A 1JITA 1LMCA 5II3A 3RNXA 1HF4A 4LT0A 4LYZA 4EMNA 1LCNA 1JKDA 2BQKA 1D0KA 1GBSA 4NGIA 1OUIA 3TXIA 4B0DA 3SP3A 1N4FA 5FCPA 2ZILA 4YEOA 4XJBA 1FLQA 1B7PA 4BADA 1QSWA 1I20A 2LYZA 5FEKA 2EKSC 2G4QA 4I0CA 4YOPA 1BB5A 2BQHA 1B0DA 3TMXA 2XBSA 3W6BA 2HTXA 4LYOA 4N0JA 4A7DA 4KXIA 2H9KA 4D9ZA 1GEVA 1GE0A 5E4PA 3E3DA 3QY4A 3A6BY 3G3BB 3M18B 4H93A 4N5RA 4XJGA 1LSAA 4DDCA 1XEIA 5L9JA 4J0LA 1GF3A 1LTMA 2DKVA 4XENA 1W6ZA 1NDGC 2F4AA 5LVKA 4WM3A 1F6SA 1YAMA 2G4NA 1HERA 2C8OA 4UWNA 4ZFPA 2BQBA 5KXYA 4Z41A 2DQHY 1HEQA 2PC2A 3P65A 1OUEA 2DQFC 5LVIA 4H91A 1KXXA 3TXFA 1T3PA 3GXKA 1GE3A 2XBRA 2W1YA 4RLNA 2FBBA 3AW7A 1LZCA 1NKHA 4BAFA 1LHMA 1GB2A 4DD7A 4DDAA 3BKVA 4C5FA 1LSCA 2DBTA 2NWDX 3ULRA 2EPEA 2F2NA 5M1YA 2ZNXY 1IP5A 3W6FA 5K7OA 2HUBA 1V7TA 1CJ8A 2XTHA 1QUSA 5KXLA 1BVKC 3HBHA 2Z19A 1D0LA 1JIYA 2ZIJA 4KL7A 4WO6A 4NG8A 4AXTA 1QDTA 5LA8A 1GF5A 4R0FA 5LAFA 4H9IA 1UIGA 1LZTA 2N5ZA 2YBIA 4TWSA 1IWTA 5I53A 4ANRA 1IP3A 1B5UA 1YIKA 1H87A 4WLTA 1FLYA 1LMTA 1PS5A 1RJCB 2HEBA 2YSSC 5LXWA 4Z46A 2DQCY 1LAAA 3HBDA 135LA 2MEBA 4OW1A 4H9CA 1GE4A 4W94A 2BQFA 1QTKA 3N9CA 2MEDA 4PHIA 1GF7A 1SLYA 1BVXA 3A96A 3LZTA 5DN5A 3CT1A 3T6UA 3WPJA 1GFHA 4LYCA 1CJ9A 2Z2FA 2Z2EA 2Z38A 3AYQA 4XJHA 1YL0X 1GFGA 1NQIA 1YAQA 2MEEA 1WTMA 4CFOA 3A92A 1PZYA 1VFBC 2HEAA 1CKCA 4PPOA 1LMAA 1LZ6A 4GN5C 1LJNA 3TMUA 1GFRA 2EIZC 1D9UA 2BQJA 1JTTL 1HFZA 3P66A 5A3ZA 3AZ5A 3W3EA 2HU1A 1UIHA 1LZ1A 4NWEA 2YBHA 1TDYA 2D4JA 4H8YA 2HEDA 3A95A 4WMGA 3CSQA 3TXJA 3WPKA 4HTKA 5I4WA 2YBMA 1LPIA 1REMA 3J4GA 4NGOA 1BB6A 4ML7A 1CKFA 1HSXA 3A6CY 3WL2A 4DD0A 1LZ5A 1LSYA 5B05A 2I6ZA 1LMQA 1B7NA 1GFVA 1LKSA 5I54A 1GB8A 2DQAA 2DQDY 3QE8A 1LZAA 4NGKA 3P68A 1DI4A 2LZTA 1GFKA 3B0OA 4LYMA 1GD6A 1BQLY 1VDTA 2W1XA 4HP0A 1GF0A 3J6KA 1LSMA 2BQDA 153LA 3WU8A 4CJ2A 1B9OA 5F81A 1G7LC 1BWHA 4KT3A 3GXRA 1FLUA 1IP6A 1MLCE 3A93A 3D9AC 4H9AA 3TMWA 1BB3A 2AUBA 4NGJA 3ZVQA 1UACY 1FN5A 2Y8PA 4E3UA 1CKDA 3G3AB 4XJDA 1GF4A 1B7QA 5DN4A 1HFYA 5AMYA 3WU7A 2G4PA 2BQEA 5KXNA 4HV1A 3A3QA 1LSPA 1KXYA 2B5ZA 4DD1A 1GFAA 3W6AA 5KJ9A 5KXKA 2Z37A 4H9BA 1UC0A 4BS7A 2F30A 3HBEX 3LYTA 3EMSA 5C6JA 3AB6A 4N9RA 5KXOA 3EBAB 1IVMA 1GE1A 5KXTA 1GB3A 4HJYA 1XFPL 1C45A 1LJ3A 2C8PA 1LHLA 1VEDA 1GFTA 4XYYA 4WOAA 1I1ZA 1WQQA 4HTNA 4HV2A 4UWUA 4NY5A 1HELA 5IHGA 194LA 3TXBA 1UIBA 3LYMA 4EOFA 1GB6A 1GFEA 4ET9A 1QSAA 4YM8A 4C3WA 1LZDA 4XN6A 1AKIA 2XJWA 4G49A 1LJHA 3AJNA 3M3UA 3AW6A 3QNGA 1OUAA 1JUGA 1W08A 1OP9B 5KY1A 1BGIA 1GB7A 3A67Y 1H6MA 2BQIA 1OUDA 2IFFY 3LYZA 1LMOA 3A90A 3FE0A 5C6IA 1I56A 5L3IA 1DKKA 5B1GA 1HENA 1DPXA 1GDXA 1YKYX 3CSRA 4WM6A 3WU9A 1LMNA 1LKRA 1D6QA 1YAOA 1BB7A 1JKBA 2BQGA 2MECA 1NHEA 4HJVA 4B4EA 4O34A 1IIZA 2FBDA 4H94A 3LHMA 2Z39A 1LYZA 2WARA 1IOCA 1AT6A 1NDMC 2MEIA 3WULA 2YDGA 3WH1A 3VWOA 2BLXA 2BQCA 1IX0A 1LSGA 1G7JC 1B7RA 5C6LA 4NHTA 4B49A 1GBZA 1QQYA 2MEHA 1DXJA 3A94A 1B2KA 3TXGA 1UICA 1NBYC 1DQJC 1GFUA 2VB1A 3KAMA 5IDDA 3T36A 5HNCA 4QY9A 1LJJA 5J7CA 1T6VL 1JHLA 4DD2A 1WQRA 4DT3A 3N9EA 4HPIA 3A3RX 5LVHA 4RLMA 1IWUA 1UIAA 1LMPA 2BAAA 1OUBA 4LFXA 1REXA 3CT0A 5IELA 1LHIA 1ALCA 1ZV5L 2D6BA 2ZYPA 3WVXA 1HMKA 1NBZC 1HNLA 4NGVA 4NGWA 3WW5A 1J1OY 4J1AA 5HMJA 1F10A 4OWHA 3TMVA 3AGIA 1B5XA 1IY4A 134LA 4WM2A 5KXMA 1JKAA 1LJGA 1IR8A 1RE2A 3A34A 3EXDA 5LAGA 4RW2A 1J1XY 1JTOL 1LSZA 3ZVQB 1GE2A 3CSZA 5KXZA 4ZIXA 7LYZA 2HEFA 4AGAA 1YL1X 4M4OA 1UIFA 1IWZA 2X0AA 1GPQC 2LYOA 2A7FA 3WW6A 4OWBA 1HEPA 5L3HA 2W1MA 2BQMA 2MEGA 1G7HC 1FBIX 1GBOA 5ILCA 1JEFA 2DQJY 3WXUA 4NGYA 1LYOA 1UBZA 4H9FA 5B59A 3EO5A 4LGKA 1JISA 4LYBA 4NEBA 4G4BA 3B72A 5APFA 5DLAA 1GAYA 193LA 2CDSA 3IWRA 1C7PA 1YAPA 4XJFA 1UUZC 4ETAA 3N9AA 1IR9A 2DQEY 4H92A 3P64A 4RW1A 5FDJA 4CHXA 1IC4Y 1EQ5A 5HNLA 1EQEA 1GB9A 1GFJA 1JSEA 3A8ZA 3OJPA 4GLVA 3CB7A 5LINA 3AZ4A 1A2YC 2HU3A 4IATA 5I5QA 1IOQA 1DI5A 2ZNWY 4GN4A 8LYZA 5LVJA 4TX7A 4XJIA 1UA6Y 2ZWBA 1NF5A 2D91A 2ZQ3A 4DD9A 5FELA 4DYGA 4P2EA 1B7LA 3OK0A 1AM7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1IWWA 3L2AA 2RSCA 4I8SA 1LZYA 259LA 5I4XA 1L99A 3C9PA 4AI6A 234LA 4W51A 4DV3M 1OVJA 2ZQ4A 1L49A 2CV2A 1X37A 4GLAA 1CV1A 3DN8A 1OUFA 1TF0B 1SXJA 1IO5A 150LA 1HEWA 4EKSA 1BB4A 4FCVA 4H8XA 4NFVA 120LA 2GQFA 1L51A 4GN3A 2B70A 1H6UA 5D5CA 2XH9A 2ZIKA 1IBLM 1QZEA 1B5YA 1L43A 4EKPA 4X62M 1VATA 4R71A 4NSHA 3FYDA 1JPOA 2G3QA 4KLNA 3SAUA 4PRUA 4GCFA 5KXPA 3I01M 1QTHA 5I14A 1PQOA 1GVNA 113LA 4WLYA 4FCTA 3MHVC 1NY6A 4OO9A 2BQAA 4YXAC 2CWIA 4PJ2C 4NXMM 3IJVA 1L58A 1L60A 2OEAX 4NWHA 133LA 4Z98A 3HU1A 1FKVA 1L01A 3F92A 2DI0A 5LA5A 4H8ZA 1DO2A 1C46A 244LA 4ARPA 1QTZA 3PDSA 1L10A 1N33M 2RBOA 3D3DA 4GCDA 2Z4RA 1LZNA 2RH1A 2CUZA 1XSFA 1IXSA 1BWJA 3FUXA 1LYYA 5LVGA 3RT5X 2YBJA 1IN4A 2D4IA 139LA 3GLHA 1OWZA 4G9SA 1L85A 5DYIA 5A3EA 4ETEA 3KFUG 1KIRC 1UCOA 114LA 1WTNA 1HFXA 4LGYA 3BBZA 2RBPA 1P2LA 1QUTA 2RBQA 4MSTA 1OVKA 1TEWA 4QDNA 5KPRA 2KXEA 3WMKA 1WQOA 4H9EA 200LA 3GP1A 245LA 1WVVA 2XSZA 4I7NA 2CGIA 1C6JA 1D9WA 4IBKA 2L4EA 1AIPC 1DGGA 2QSFX 4LZTA 1SG9A 1CU6A 3VKHA 213LA 2BQNA 1EIJA 3PBLA 1LHHA 5KO3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QUSA

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Chord Diagram

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