1QUS | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	322
structure length	312
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 reveals a lysozyme-like catalytic domain with an EF-hand. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
total genus	110
structure length	312
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1qusA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1qusA02

1DPWA 5APFA 1LZTA 1JIYA 3TXIA 3A8ZA 3AZ7A 3ZVQA 1TEWA 1YROA 4DYGA 7LYZA 2WARA 5KXWA 4LZTA 1GBSA 3FE0A 4WO9A 1YIKA 1UIEA 4NWEA 4RLMA 3WVXA 1FKQA 2EIZC 4H9CA 1LZ8A 5LAGA 132LA 4B49A 4H9HA 3EO5A 3WPLA 1JUGA 1LZAA 4WLDA 1HF4A 4XJHA 1GF7A 2MEDA 1VATA 4NGJA 1AT6A 1FKVA 1C46A 2CJLA 4ETBA 2BLYA 3WPKA 4NSJA 4OWCA 1RI8B 3HFMY 4HJYA 194LA 2HUBA 2MEBA 1RE2A 4CFOA 1Z55A 2XBRA 1B7NA 1D6QA 5B1GA 2GV0A 4HTKA 5APCA 3WXTA 4H93A 1B5VA 2DQHY 2YBNA 1DPXA 5LXWA 1B5WA 4PJ2C 3QE8A 1UUZC 4Z3MA 5LVIA 3CT0A 1D0LA 4G4HA 1IY3A 2D4IA 2X0AA 3MGWA 1LMOA 2NWDX 1H87A 4WM6A 1JSFA 1IP2A 1IR9A 2DQGY 3OK0A 5LYZA 2DQDY 5D5FA 3EMSA 4H8XA 5T3FA 5KY1A 2H9KA 3A3RX 2BQEA 1UIHA 1NDMC 1JKCA 2DBTA 4HTNA 2BQBA 3AB6A 1LJ3A 3BKVA 1QQYA 5LINA 1HEOA 5I53A 4B4IA 4OWBA 1HNLA 5I54A 4OWEA 1J1XY 1HFYA 4NG1A 2FYDA 1DI5A 1RJCB 1B0DA 1N4FA 1LAAA 3A90A 4CFPA 1CNSA 1GB6A 1LKSA 2LYZA 1GFEA 4TUNA 2BLXA 4C5FA 4HJVA 1B7MA 1GFGA 1REZA 1EQ4A 1LMTA 4NGIA 5A3ZA 4MR1A 1IORA 1XGQC 1NKHA 4U3XB 4II8A 1EL1A 1H6MA 2HEDA 3A96A 3CB7A 4XJGA 1QSWA 1IWWA 2Z2EA 4ET8A 5KXKA 1HMLA 1LHLA 5M1YA 1VDPA 1LJKA 1LSBA 1ZVYB 2A7FA 2DQEY 3N9EA 4WL6A 5C6LA 4H9AA 1CJ6A 1OUCA 1YL0X 2ZIKA 5F9XA 1GF6A 5IELA 4LYBA 1GE4A 1IOTA 3A3QA 9LYZA 1W6ZA 5I4XA 2DQCY 1LZ4A 5LA8A 1AKIA 4WM2A 4NHPA 4NGWA 1JJ0A 5KXMA 1CKHA 5DLAA 6LYZA 3TMVA 3M3UA 4DDBA 2YBIA 1DZBX 2BQIA 4ETCA 2HU1A 2AUBA 2Z19A 1LSMA 4NGZA 2MEEA 4NSHA 5KXPA 2BQMA 5C6IA 4ML7A 4W96A 2LZ2A 2G4NA 4NEBA 1J1PY 4NSIA 1REYA 1GF4A 1GBZA 1ZMYL 2Q0MX 1MLCE 1CJ8A 1XGTC 2EQLA 2CDSA 4XJDA 1LHJA 1UCOA 1LJEA 4WLYA 1LZ6A 1LZGA 1B7SA 3RW8A 4HV1A 4E3UA 4LFPA 4YEOA 1DKKA 193LA 1LYSA 3GXRA 4DC4A 3GXKA 1LJFA 1E8LA 1KIRC 1LCNA 1NBYC 1NHEA 1LZCA 2B5ZA 4NHQA 1WQMA 1KIPC 4ANRA 3D9AC 1A4VA 4HJZA 4LT0A 4H9BA 1LZRA 3LYMA 1C08C 5E9RA 1LSAA 1DQJC 1FDLY 2F2NA 1JJ1A 4DD2A 1NDGC 1LJHA 4P2EA 1V7SA 3AYQA 4GN4A 5DM9A 5C6JA 4OW1A 1YANA 1PS5A 4LT3A 1B7QA 4ZEEA 1IVMA 2Z12A 4HPEA 3P68A 3WU9A 134LA 1REMA 2MEAA 4G9SA 3J6KA 3K3TA 2Z37A 1YL1X 2Z39A 1B7PA 1LZ9A 4H8ZA 4MSTA 3BKHA 4Z98A 1GFAA 5KXLA 1GE1A 2DKVA 2PC2A 3FI7A 1XGUC 4PGJB 1HSXA 2ZYPA 4QEQA 1LKRA 1SQ2L 4NGVA 5KJ9A 4WMGA 1LJGA 4YENA 5K7OA 1TBYA 3WULA 1TDYA 4HSFA 2CWIA 3AGGG 3CSRA 1O23A 1YAMA 2D4JA 1D9UA 1EQEA 3RNXA 2FBBA 1DXJA 1G7IC 1BB4A 1LZSA 1GB2A 3CQLA 4NSGA 1G7JC 1HERA 1HEMA 3WW6A 1JITA 2LHMA 4YOPA 1JISA 1IOCA 2Y8PA 3AZ6A 3A6CY 5E4PA 1GHLA 4KPMA 4BS7A 3A6BY 4LT1A 4GLAA 5KXTA 1INUA 1I56A 1NMMA 1IOQA 1XFPL 1XGPC 1IP5A 1UIBA 1JTPL 1HSWA 1IC4Y 4G4CA 3TXDA 5KKIA 1GE2A 2BQNA 1IO5A 3B72A 4H8YA 5L9JA 4BAFA 4NY5A 2MECA 3W6CA 1IC5Y 4DD1A 5HQ1A 3P65A 1GBWA 3EXDA 2CGIA 3HBHA 3OJPA 1REXA 1CJ7A 1GB7A 3A95A 4H92A 4LGKA 1LZBA 4NFVA 5FCPA 1YAOA 3AGHA 5ILCA 1GFTA 1TCYA 4DWXA 4PRUA 1YILA 4WM1A 3WXUA 5FHWA 1LSFA 4N5RA 3WW5A 4HP0A 4DD0A 4WM4A 4DDCA 3A67Y 1JHLA 1BWIA 1F6SA 1T6VL 3N9CA 1LHIA 4H91A 4B0DA 5B59A 135LA 5KXOA 3B0IA 1OUFA 4UWNA 1LHKA 4WLXA 1GDXA 1JJ3A 3AGIA 5HMJA 1KIQC 4QY9A 1LJ4A 2I26L 1GB5A 1XGRC 2ZYCA 1IWZA 4DDAA 4CJ2A 5I4YA 2H9JA 5I4WA 2YBHA 3A92A 3P4ZA 1GAYA 1B9OA 4RLNA 1LZYA 1WQOA 4ZIXA 1IP4A 1IWTA 1BB3A 1QIOA 2LZTA 4KT3A 3ZEKA 1CKGA 3RT5X 1C10A 1GDWA 4TX7A 3G3AB 5DN5A 4LYOA 5KKJA 5LVJA 1AZFA 2H5ZA 2XBSA 2VB1A 4I0CA 5APEA 4OWHA 1GF3A 1WVUA 3W6FA 5I5QA 3RU5A 1HENA 4TSBA 5HNLA 5JENB 4R6CA 1B7OA 1BQLY 4J7VA 4NHSA 1LZNA 4PRQA 1F6RA 2HU3A 2BQKA 1MELL 3HBDA 1LOZA 2BQHA 5D5CA 4LYMA 1HEWA 1WQRA 4LT2A 2YSSC 2IHLA 1LSCA 1YAPA 4TTDA 1XEKA 1LTMA 1JWRA 2C8PA 3IWRA 1UA6Y 153LA 3ULRA 1KXYA 1OUHA 1F10A 1FLUA 1AT5A 4J0LA 1GXXA 1GWDA 1UIGA 4UWUA 2LYMA 4N9RA 1BVXA 3EBAB 2HEEA 1FN5A 3KAMA 4B1AA 5ILFA 4H1PA 1JSEA 4WLTA 4ETEA 1KXWA 5B1FA 3LZTA 2Z18A 3G3BB 2BAAA 3VWOA 4GCEA 5APDA 3P64A 2D6BA 1AM7A 207LA 2ZQ3A 3LZ2A 1LSPA 1B7RA 1OUJA 1LYZA 2BQCA 4CGEA 3RZ4A 1ALCA 1HMKA 1QSAA 3TXFA 4GCCA 1HFXA 1UIDA 3WH1A 1VFBC 3A34A 3WL2A 4LYCA 2FYCA 4FDYA 4PPOA 1XEIA 4RW2A 1D6PA 3N9AA 2BQJA 5HLLA 1CKFA 1GFUA 3ATNA 3ZVQB 1B5YA 4ZFPA 1IR8A 1GFKA 2I6ZA 2YVBA 4GN3A 2BQGA 3TXEA 4CHXA 5L3IA 5L3HA 1QDTA 2MEGA 1LJJA 4IATA 4WO6A 4Z46A 2ZNXY 4QDNA 1C7PA 1GBYA 4EMNA 1GB3A 5KXSA 3WU7A 1VEDA 2ZIJA 5FDJA 3WU8A 3LHMA 2W1LA 1GE3A 1LSEA 4I8SA 4NGOA 1I1ZA 6LYTA 2DQFC 1LZEA 1F0WA 2MEFA 4NGKA 1KXXA 4M4OA 1HC0A 1WQPA 1QTKA 5LVHA 1LHHA 1IP7A 1C45A 4A7DA 1LMCA 1GB8A 4ET9A 1CJ9A 2BQFA 4UWVA 3LYZA 1QUSA 1HEQA 2F30A 2YBJA 3W6EA 3M18B 4GCFA 4HPIA 1BWJA 4L41A 1WQQA 4GCBA 4KL7A 1IEEA 2HEAA 1B5XA 4NWHA 4NHIA 5B06A 1OQMA 4FJRA 5LAFA 2BQOA 4H9IA 4O34A 5F81A 1GF5A 1B5UA 2W1YA 1B2KA 1HHLA 3WUNA 3TMWA 4BADA 1NF5A 1GPQC 1G7MC 1WVVA 2W1XA 3TXJA 1GFHA 4YF2A 5LVKA 1RCMA 2N5ZA 2ZWBA 3IJUA 4GCDA 5KXYA 1LHMA 4DT3A 1FLWA 3CT1A 1IY4A 3W3EA 2D91A 2HEFA 2EKSC 4ETAA 1IWXA 1JKBA 1VDTA 4C3WA 5LA5A 1W08A 2BPUA 5FSTA 3IJVA 4XN6A 4DD3A 4J1AA 4Z41A 5KXRA 4LFXA 1NBZC 3WUAA 1VAUA 1UIAA 1GFVA 5LVGA 1XEJA 1YQVY 4MCKA 2D4KA 1SLYA 4H90A 1IOSA 1LSZA 1B7LA 2XTHA 1P2CC 2Z2FA 1ZVHL 4OWAA 2HECA 3A93A 4X3BA 1WTNA 3CSZA 1LZDA 1JTTL 1IIZA 1DI4A 3QY4A 4PHIA 2DQAA 3AW7A 4HTQA 4AGAA 1T3PA 1GXV2 2LYOA 1A2YC 1UIFA 1D0KA 1GEZA 1HEPA 1BB5A 4YM8A 5B05A 1FLYA 1LMQA 1IP3A 3AW6A 3WVYA 5HMVA 2MEIA 1YKZX 4XJIA 2YDGA 1RFPA 4WOAA 3WPJA 1B5ZA 1OUBA 1G7LC 1GFRA 4W94A 1UICA 5II3A 3WUMA 5DN4A 3ATOA 3T6UA 3W6BA 5FEKA 1GD6A 4NG8A 1WQNA 3P66A 3W6DA 3TXHA 1IWYA 1NWGA 1QDRA 1GF8A 4B4EA 4H94A 3F6ZA 1WTMA 2ZILA 1CKDA 3TMXA 1GEVA 3TXGA 8LYZA 5J7CA 3TXKA 5LYTA 4BAPA 154LA 1GF9A 1UBZA 4ETDA 3CT5A 1LSNA 3W6AA 4AXTA 4WG7A 1BGIA 1LYYA 4WM5A 4DD7A 2YBMA 2BQDA 2ZNWY 4H9FA 4KXIA 1OUAA 3B6LA 208LA 3TXBA 1LSDA 2HTXA 1BVKC 1YKXX 5KXNA 4WL7A 3AJNA 5IHGA 5AMYA 1IP1A 2W1MA 1IX0A 2RSCA 3WYHA 1HELA 3J4GA 1IP6A 1JEFA 4YEMA 5LYMA 1GF0A 3T36A 1GBXA 1LJNA 5F9UA 2BQLA 3WMKA 4XJBA 1LSGA 2G4PA 1CKCA 4N1EI 1VDSA 4J1BA 4NHTA 1DI3A 2F4GA 1LZ1A 1LMPA 1ZV5L 2HEBA 2Z38A 1PZYA 1QUTA 3E3DA 1J1OY 1I20A 4WM3A 3D3DA 1LMAA 1OUEA 2XJWA 1EQ5A 3B0KA 5HNCA 4N8ZA 4NIJA 4DD9A 4N1CC 4XYYA 1OUDA 1JTOL 4D9ZA 3LYOA 4XENA 4EOFA 5FELA 2MEHA 1BB7A 2YBLA 1OUGA 4HV2A 1VDQA 1YKYX 5KXZA 4WG1A 1DKJA 4QGZA 1GFJA 1LYOA 2A7DA 2FBDA 5IDDA 4IASA 5DL9A 5B07A 3LN2A 4M6DA 3AZ5A 2I25L 5F16A 4N0JA 1IR7A 4GLVA 3TMUA 5A3EA 1LJIA 4XADA 4NGYA 1OP9B 1BHZA 4RDSA 4XJFA 3LYTA 4RW1A 1IC7Y 1IWUA 1LPIA 4B4JA 3B0OA 5F14A 5EBHA 4G4BA 1LMNA 1OUIA 3A91A 1YAQA 1IWVA 1D0MA 1NQIA 1QTEA 1TAYA 1BB6A 1GB0A 4TSCA 1GE0A 1XSFA 1V7TA 4R0FA 1GBOA 3HBEX 1JKDA 2BQAA 4GN5C 4OOTA 2G4QA 2DQJY 3A94A 4OOOA 4LYZA 1UC0A 2EPEA 5LIOA 2C8OA 3SP3A 1JKAA 1C43A 1LSYA 2DQIY 3CSQA 4NGLA 1FLQA 2F4AA 2ZQ4A 4LYTA 3QNGA 4IJ4A 3AZ4A 4TWSA 1UACY 133LA 5KXXA 1G7HC 2IFFY 1HFZA 1GB9A 1GAZA 1LZ5A 1BWHA 4G49A 4H9EA 1JPOA 1FBIX
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1DPWA 4KODA 5APFA 2FOIC 3ZVQA 2WSCF 1L17A 3GLGA 1UFZA 2DWMA 1L01A 1SXJE 3MMPA 3FE0A 1YIKA 4NWEA 248LA 1FKQA 1P3QQ 2WZJA 4I7JA 4H9CA 4B49A 1T8AA 1VDDA 4H9HA 4RKUF 262LA 3C82A 4NSRA 4WLDA 1CTWA 2RGOA 1HF4A 253LA 4XJHA 1GF7A 2MEDA 1VATA 4NGJA 1QTBA 1C6CA 5GKNA 4AI6A 3K8ZA 1AT6A 3SAVA 4OWCA 155LA 2MEBA 3QAUA 1Z55A 1B7NA 3WXTA 2VDBB 3CGWA 2DQHY 1L36A 3QE8A 2JWSA 1L18A 2D4IA 2X0AA 3MGWA 2NWDX 4YXAC 1H87A 1L95A 1HT1E 1L53A 1IR9A 3OK0A 5LYZA 5D5FA 2Y20A 3SATA 3I51A 2BQEA 185LA 1P36A 3FRIA 3DN3A 2BQBA 4MGIE 2R6FA 1LJ3A 250LA 1QQYA 1HEOA 5I53A 4B4IA 4DBGB 5I54A 1L20A 4OW0A 2FYDA 142LA 3EIHA 4BBAA 1N4FA 3RGSA 1GB6A 252LA 1KW5A 4TUNA 4HJVA 3SAUA 3K92A 110LA 1GFGA 1KY1A 3HDFA 3FTCA 4LF9M 4U3XB 4QOSA 115LA 2D7EA 1LHLA 3PVSA 1LJKA 5C6LA 4DR4M 4ARMB 1T8GA 2EKKA 4WL6A 1T3TA 1YL0X 5F9XA 1L8QA 1L64A 4P17A 9LYZA 1W6ZA 5I4XA 5LA8A 2UUBM 1JJ0A 1L28A 3AOGA 4NGWA 4LFBM 5DLAA 3M3UA 4FWGA 2YBIA 1DYCA 2Z19A 1ZV1A 1L15A 1IBLM 3HZJA 1G71A 3C8SA 1G59A 2R45A 2H5XA 2G4NA 3W0FA 4NSIA 4I7SA 2Q0MX 4I7OA 1CJ8A 1LHJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QUSA

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