1QUT | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	322
structure length	312
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 reveals a lysozyme-like catalytic domain with an EF-hand. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
total genus	108
structure length	312
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1qutA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1qutA02

1B5UA 2AUBA 1RCMA 1OUJA 2PC2A 3A3RX 1REXA 1I56A 1LZ9A 1BB6A 2BQMA 1AKIA 5F81A 4NHQA 5APFA 3J6KA 3RW8A 4HTKA 1WQQA 1LZCA 5I4XA 1B7PA 1IP3A 1JJ1A 2Z37A 2YSSC 3A94A 3W6EA 3WVXA 2B5ZA 2MEGA 3AZ7A 1TAYA 2HUBA 5D5CA 1LHLA 1IO5A 1LJFA 2I26L 4BAFA 1AM7A 4H94A 4QEQA 4WL7A 4LYZA 1LCNA 1NF5A 5KXYA 3ULRA 1DQJC 1LZAA 2CDSA 1GF7A 4RLNA 4Z98A 193LA 4QY9A 5KXMA 4LFXA 5I4YA 2IHLA 1EQEA 2D6BA 1LJKA 1NDGC 1RI8B 1WVUA 1FN5A 5ILFA 1REZA 1LHMA 2D4KA 4LT1A 1WQRA 3P66A 5F16A 4CHXA 4OWHA 1LPIA 2MEAA 5KXOA 3TXFA 4W94A 1QTEA 5LA8A 1DI5A 2LZ2A 4G9SA 1WQPA 4ET9A 1GEZA 5A3EA 1GDWA 4TWSA 4R6CA 4D9ZA 5KXLA 1GE1A 3K3TA 2C8OA 4NGKA 5KXTA 1QTKA 3EO5A 3LZ2A 3CT0A 1B7SA 2Z39A 4B1AA 5J7CA 4BADA 1IWWA 5LYTA 4WO9A 4OWBA 1VFBC 4NGJA 4NGLA 2G4NA 1LZTA 3WXTA 3WPLA 1GB7A 1FLYA 2BQDA 5DM9A 1DKKA 4LFPA 5LVKA 2DKVA 2HEAA 3HBHA 4ML7A 4PRQA 2YBIA 1B9OA 3A67Y 3A8ZA 4XJIA 1HERA 1A4VA 1D9UA 1D0MA 1GFKA 2Z19A 2W1MA 1DPXA 3A92A 1XSFA 1B5ZA 3P65A 1NBZC 4DD7A 4YENA 1YKXX 3AGGG 4OWAA 1GFVA 1B7OA 1LZ6A 1DPWA 1QDTA 1LSBA 3WYHA 1CKDA 1IP5A 1N4FA 1INUA 1CKGA 4NHPA 3ZVQA 1YL0X 1LHJA 208LA 5APCA 3GXRA 1JUGA 5I5QA 1IR8A 3MGWA 4LYMA 1LMPA 1GEVA 2BQNA 2BPUA 3IJUA 4H9HA 4L41A 3WW5A 5I4WA 3LN2A 1HHLA 1YILA 207LA 1NQIA 3B0OA 3WL2A 1GDXA 1LZDA 2ZYCA 5B1GA 2H5ZA 1C43A 4KXIA 4BAPA 5L3HA 4AXTA 4B4EA 4ZEEA 1KXYA 1QDRA 5KXSA 1LKSA 1YAPA 5E4PA 1J1XY 1VATA 3WULA 2MEEA 1JISA 4WLXA 1JJ3A 5HQ1A 4LYCA 1VAUA 5APDA 1IEEA 2ZIKA 4EOFA 1JIYA 1HF4A 4B0DA 4H8YA 4YM8A 1LSPA 1BB5A 1EL1A 1IC5Y 1JTOL 4NIJA 5KY1A 3B0IA 1IR7A 5LAFA 1JKBA 4ANRA 1V7SA 4PHIA 4E3UA 4PPOA 4MCKA 8LYZA 3AZ5A 4KL7A 1WVVA 4X3BA 1UIHA 1ZMYL 1F6SA 5L3IA 5KXXA 5LINA 1IVMA 3A6CY 1ZVYB 3TXIA 1B5YA 4RDSA 4WG1A 3TMUA 4II8A 3N9EA 3W6BA 1YL1X 1DI3A 2BQBA 5DN5A 3CSZA 2HEEA 1B7MA 5LVIA 4LYTA 5FDJA 3WU7A 3LYTA 3TXHA 9LYZA 2X0AA 5FSTA 3WW6A 4HSFA 2BQEA 4N5RA 3AGIA 4YOPA 5HMVA 1BWIA 2H9JA 1GFEA 3WVYA 1BB3A 1UIBA 2EQLA 1LJ4A 1UCOA 3ZVQB 5HNCA 1GF8A 4CGEA 3P68A 2Q0MX 1F6RA 3N9CA 2W1YA 4GN5C 4HJVA 1LSMA 3A96A 5LAGA 1TEWA 1EQ4A 1QSWA 1XGUC 4Z46A 2Z2EA 5M1YA 5FCPA 1BVKC 4XJHA 2MEIA 3W6AA 4ZIXA 1B7QA 3HFMY 4FDYA 4OW1A 4WM6A 1GF6A 1W6ZA 1XFPL 4AGAA 1LJHA 1IR9A 1B2KA 1JSFA 4IJ4A 1LZ4A 1AZFA 4ETAA 2DQEY 1H87A 4NEBA 5KXNA 4ETBA 1JSEA 1RFPA 2DQIY 4FJRA 2VB1A 1Z55A 1KXXA 4DDAA 4ZFPA 1IWXA 1F0WA 4G4CA 1LZ8A 3TMWA 4NGYA 1LMNA 1GB9A 2HEBA 153LA 1C08C 5B05A 1A2YC 4WG7A 4DC4A 3IWRA 1BWJA 4J7VA 1GFGA 1NKHA 1BWHA 2FYDA 1HC0A 2CJLA 1IP7A 1OUDA 5C6IA 5FHWA 1IWUA 2MEBA 4R0FA 1C10A 3WU8A 4UWVA 1RE2A 1IC4Y 1GFUA 2BLYA 1XGPC 2D4JA 2G4QA 3CSRA 4WO6A 1BB7A 2N5ZA 1GBYA 4QDNA 3AJNA 3AW7A 3VWOA 1T6VL 3CT5A 1D6PA 3WH1A 5APEA 1LZNA 3W3EA 3A91A 3WMKA 1OUFA 5KKJA 1TCYA 2CWIA 4WL6A 1HFZA 4EMNA 4GCDA 1GE4A 4LT0A 1B7LA 1GB2A 4GCBA 4B49A 1C45A 1QSAA 1BVXA 5E9RA 5KXWA 4WMGA 2MEFA 1JTPL 4HPIA 4NSIA 5KXKA 2F4GA 4IATA 5KJ9A 2FYCA 4XADA 4DD0A 4N1EI 1JKAA 4H9IA 4WM1A 4KPMA 5T3FA 5I53A 4CFPA 1YROA 1OUHA 1GHLA 3KAMA 3WXUA 4G4HA 2F30A 5B06A 4M6DA 5KKIA 5B59A 1LJGA 4H92A 1LJNA 1LYYA 3AW6A 2GV0A 3P64A 4GLVA 1C46A 2RSCA 1LYSA 1C7PA 194LA 1GBXA 1OUCA 4TX7A 2ZQ4A 4WM5A 3W6DA 1AT5A 1LJJA 1LSDA 1IP6A 1SLYA 2HTXA 3AGHA 3IJVA 5DL9A 5II3A 1UIAA 5L9JA 5LYMA 3QY4A 1VDSA 132LA 4HTQA 1W08A 2YBNA 2WARA 1NDMC 2BQHA 4RW1A 3T36A 3TXKA 5AMYA 4W96A 1GF0A 3CT1A 3AB6A 4H9CA 1GE0A 2YDGA 3CB7A 4NHTA 1FLUA 1XEIA 4DWXA 4YEOA 3LHMA 2Z2FA 3B0KA 2MECA 1GB8A 2I6ZA 4O34A 4M4OA 1BB4A 1LMTA 1UIEA 5K7OA 4H8ZA 1JTTL 3ATOA 3B6LA 4WOAA 4NG1A 1JITA 1LMQA 3TXDA 5ILCA 4HJZA 4XJGA 1BGIA 4H9EA 5A3ZA 1G7HC 2FBDA 2LYZA 1KIQC 1GF4A 1LJEA 2DQGY 2FBBA 4GCCA 4I0CA 2YBMA 1QUSA 133LA 1RJCB 3WUAA 1HMLA 3SP3A 4ETEA 1B5WA 4PGJB 1YIKA 4HP0A 1LSEA 1GD6A 1REYA 4H91A 4IASA 1GB3A 1GB5A 1MLCE 3G3AB 3RT5X 2BQJA 1B5XA 3D3DA 6LYZA 2BLXA 1LZSA 2D91A 4OWCA 1FBIX 4DD2A 1D0KA 3RU5A 3FE0A 5LVHA 1IY3A 4I8SA 1GBZA 1LSAA 1IY4A 1YAOA 3A95A 3TMXA 7LYZA 2W1XA 5LXWA 1UC0A 4DDBA 4OOTA 6LYTA 4NHIA 4GN4A 2LYMA 4NFVA 2G4PA 4C5FA 1XGRC 1IP4A 4QGZA 2DQFC 3CSQA 4Z3MA 1LSNA 1YANA 154LA 1GF9A 1IP2A 5FEKA 5B07A 4DYGA 2LZTA 1CJ7A 1IC7Y 1OUAA 3A90A 2XJWA 1GPQC 1O23A 1IIZA 4GN3A 1JJ0A 4PRUA 1H6MA 1UIDA 4TTDA 3CQLA 3RNXA 3N9AA 3TXEA 5F9XA 3ATNA 1IOQA 5JENB 5LVGA 2Z12A 1LHKA 1OUGA 5B1FA 1HEWA 5KXPA 4DD9A 3M3UA 4U3XB 2DQJY 1UIGA 1CJ9A 1DI4A 5IDDA 1GFAA 1GWDA 2HU1A 1LZBA 5FELA 1LTMA 1XEKA 2ZILA 4PJ2C 3FI7A 1IWVA 1GAZA 2XTHA 4B4JA 2HEFA 1IOSA 1HEMA 1QIOA 5DN4A 3TXBA 3OJPA 4H90A 1JEFA 2HEDA 1OUEA 2EIZC 1IORA 2ZIJA 3GXKA 2A7DA 4N8ZA 1JKCA 4KT3A 1GXXA 1VDPA 3A6BY 1D0LA 1IP1A 1LKRA 1TBYA 134LA 1MELL 1VDQA 1VEDA 2BQOA 2EKSC 3EXDA 4NWEA 3T6UA 1UICA 2EPEA 5C6LA 1WQNA 5HLLA 3F6ZA 2BQCA 3LZTA 5LIOA 1LSGA 3BKHA 3EMSA 2YBJA 1GFJA 1LZEA 4P2EA 5IELA 1LAAA 4XN6A 1XGQC 4H9AA 3E3DA 2MEDA 1LZYA 3G3BB 1YAQA 1GAYA 1IWZA 4HPEA 1OUIA 1LMAA 2DQHY 1JPOA 4WLYA 1J1OY 4TUNA 1FLQA 2BQIA 1GFHA 3HBDA 1LYOA 1HFXA 1BHZA 4HTNA 5LYZA 1UUZC 1LMOA 2BQAA 1LZ5A 4H9FA 4LGKA 1DZBX 1KIRC 1LJ3A 2BQFA 3A34A 4LT3A 4NGZA 3QNGA 2BQKA 1LSCA 1CJ6A 4G4BA 5LVJA 1LMCA 3EBAB 4NSJA 2XBSA 3LYZA 4NG8A 4MSTA 1XEJA 1YAMA 2ZYPA 1GXV2 4HV1A 1PS5A 3AZ4A 3B72A 4NY5A 4UWNA 3W6CA 5IHGA 2HECA 4NGIA 4WLTA 1OUBA 4XENA 1LOZA 1IOTA 1HNLA 4LZTA 4ET8A 5I54A 5F9UA 3RZ4A 3P4ZA 4ETDA 1D6QA 1GBSA 5EBHA 3M18B 2HU3A 4HV2A 1NHEA 3A3QA 1LSZA 1LJIA 4NWHA 3ZEKA 1LHIA 4N0JA 4NGWA 4YEMA 4GCFA 1DKJA 4XYYA 1QUTA 1LSYA 2YBHA 2Z18A 1T3PA 3AZ6A 1EQ5A 1HEPA 5HNLA 4DD3A 1LYZA 1UACY 2C8PA 2BQGA 2CGIA 4YF2A 3OK0A 5DLAA 1NMMA 1ZVHL 1B5VA 1CKHA 1HENA 2Y8PA 4J0LA 1BQLY 3TXJA 1F10A 4C3WA 4CFOA 2D4IA 2YBLA 1HELA 3QE8A 1LHHA 1P2CC 3A93A 4J1BA 4GLAA 3HBEX 4GCEA 4ETCA 1HEOA 1IWYA 1XGTC 2DQCY 5HMJA 4RW2A 3WUMA 2NWDX 3BKVA 1WQOA 2IFFY 3D9AC 1LZRA 4NGVA 1LSFA 2DQAA 2YVBA 3W6FA 4OOOA 1NWGA 2XBRA 2DBTA 4LYOA 1GE2A 1OQMA 1GFRA 2ZNWY 1JWRA 3WPKA 1UBZA 1E8LA 4B4IA 1J1PY 4WLDA 1CKCA 5D5FA 4WM3A 1FKVA 2LYOA 4RLMA 2BQLA 4NGOA 4H93A 5F14A 4WM2A 1LZGA 4BS7A 4G49A 1HEQA 1PZYA 4XJBA 2W1LA 1FDLY 4H9BA 3TMVA 1HMKA 1ALCA 1CKFA 4XJDA 1FLWA 2Z38A 5KXZA 4CJ2A 2F4AA 1CNSA 4LYBA 3WUNA 1B7RA 1LZ1A 4DDCA 3WU9A 2ZNXY 5KXRA 4Z41A 1G7MC 1I20A 1HSXA 1GB0A 4UWUA 4LT2A 1YQVY 4NHSA 4DD1A 2MEHA 1FKQA 2BAAA 4HJYA 1UIFA 1GBOA 1UA6Y 4N1CC 1B7NA 4J1AA 4XJFA 3TXGA 1NBYC 4H1PA 4DT3A 2ZQ3A 1AT6A 135LA 1GB6A 1WTMA 5C6JA 1DXJA 1JKDA 4A7DA 1SQ2L 4NSHA 1WTNA 1GE3A 1G7LC 1JHLA 1ZV5L 2LHMA 4N9RA 1YKZX 1B0DA 2A7FA 5LA5A 1G7JC 1QQYA 1WQMA 1CJ8A 2F2NA 1TDYA 3LYMA 1GBWA 1HSWA 2ZWBA 1GFTA 1IOCA 3LYOA 1IWTA 1REMA 3J4GA 4TSCA 1HFYA 1VDTA 4NSGA 1GF3A 1IX0A 3WPJA 1OP9B 2DQDY 1V7TA 1GF5A 2H9KA 3AYQA 2I25L 4MR1A 1KXWA 4OWEA 1YKYX 4TSBA 1KIPC 1I1ZA 4H8XA 1G7IC 4WM4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3LW5F 5FTNA 4DV2M 1P2RA 1AKIA 1OYUA 4L16A 1WJ7A 1YE9A 1DGFA 3HHZA 3GLHA 1IFYA 1NHBA 1L80A 2Z37A 3SYKA 3W6EA 4FWDA 2MEGA 3AZ7A 1TAYA 260LA 2HUBA 1LHLA 4BAFA 1LJFA 4QEQA 1L19A 4LYZA 1XMOM 4ITQA 189LA 3MMPA 3GUOA 1DQJC 4I7TA 4Z98A 193LA 3QWLA 1EQEA 1LJKA 1WVUA 4LJ8A 2RB0X 4JI3M 2MROB 1P46A 3OE9A 4LT1A 5F16A 3HH6A 4OWHA 1OQYA 1L55A 1LPIA 4DJHA 5KXOA 3TWLA 3TXFA 2UXDM 1QAOA 4G9SA 4ET9A 1V92A 2C9CA 1L37A 2V1CA 4PCZA 2H1RA 1QT6A 4R6CA 3CGWA 3LZ2A 3CT0A 3GLGB 170LA 1L63A 4QHSA 1IWWA 1XXHE 163LA 4NGJA 1DYAA 3WPLA 5DM9A 1DKKA 2DKVA 141LA 3E46A 2LC9A 3KS8A 1D9UA 2OE7X 1L2DA 1DPXA 1XSFA 1SXJA 1C62A 4DD7A 4YENA 1YKXX 3G3VA 243LA 1B7OA 258LA 1LSBA 1CKDA 1N4FA 2DAIA 1QSBA 208LA 2CEAA 3GXRA 3HGIA 3GQ4A 1J5EM 2BPUA 3ODUA 3KOYE 191LA 4L41A 3LN2A 1HHLA 1L98A 1NQIA 4MGIE 1LYIA 1LZDA 2ZYCA 1C69A 3DN1A 1C43A 3FUXA 4AXTA 4W53A 5LMUM 3WULA 1VATA 5DYIA 2M5ZA 1JISA 1JJ3A 1N77A 223LA 4LYCA 5APDA 1OVKA 1KFVA 1JTOL 4NIJA 1AIPC 3B0IA 1IR7A 1QTHA 1JKBA 4ANRA 3LCVB 4E3UA 1Z5BA 3U6CA 1HT2E 1VDDA 1CUQA 1UIHA 226LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GQ5 A;  4ARQ B;  4EKQ A;  2KRU A;  2ZNW Y;  1C6Q A;  3WPK A;  3T1Y M;  1L17 A;  3IG8 A;  3TL4 X;  2FNA A;  2XQO A;  4NGO A;  3T15 A;  4H93 A;  5F14 A;  1PZY A;  3TMV A;  2KHH A;  1HMK A;  2I7N A;  1ALC A;  1CKF A;  4XJD A;  4LGM A;  5KXZ A;  1JR3 A;  230L A;  1L71 A;  5KXR A;  4I4L A;  4Z41 A;  2W82 A;  1GB0 A;  1YQV Y;  2LWX A;  2DZL A;  1GBO A;  1W5S A;  1ZMW A;  5ITU A;  4H1P A;  2ZQ3 A;  1DXJ A;  4A7D A;  3RGS A;  2LHM A;  1NHW C;  3HH5 A;  3AJI B;  1QQY A;  1WQM A;  1CJ8 A;  1L2B A;  2Z4R A;  1P6Y A;  1GBW A;  3LYO A;  3J4G A;  1HFY A;  1L64 A;  1VDT A;  1LYD A;  4FWH A;  3SMP A;  1V7T A;  2H9K A;  4ARP A;  4DV5 M;  1KXW A;  1YKY X;  4H8X A;  2ERC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QUTA

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