1D0LA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
322
structure length
314
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
total genus 112
structure length 314
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0lA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0lA02
4QGZA 3QE8A 1AM7A 4J7VA 1DI4A 1OUGA 2YDGA 1CKHA 5LIOA 1KIRC 133LA 1SQ2L 2C8OA 4ETCA 1YROA 1LJEA 9LYZA 5IELA 1XEIA 4WLTA 1B5WA 2X0AA 1WQPA 4NSGA 4LGKA 1GFKA 3A90A 1DPXA 1EQ4A 1LZ4A 4GN4A 1FLUA 4DD0A 1TBYA 4OWAA 4U3XB 1B7OA 4YENA 4BAPA 3LN2A 1LYYA 1LSFA 5FSTA 1TAYA 3RU5A 4IATA 4WLDA 1UIDA 5KXLA 5LVGA 5I4WA 1QQYA 208LA 1LSYA 4DD2A 2BQHA 3OJPA 2Z2EA 2DQCY 1LHHA 2YBHA 1LOZA 5KXPA 1FBIX 4A7DA 1D6PA 2HECA 5APCA 1BWHA 1UACY 4CHXA 1IP5A 1BWJA 1C7PA 5KXYA 2N5ZA 3W6EA 1AT6A 4H9BA 1HSWA 1CJ9A 5L3HA 4EMNA 2H9KA 5C6LA 5HQ1A 3HFMY 5F9XA 2DQHY 4H9IA 4KXIA 3B0KA 134LA 1LMNA 3AGIA 4M6DA 4XJIA 2BPUA 3GXKA 1UCOA 3EO5A 2MEIA 1F6RA 1GBYA 3B0OA 1IR7A 2DQAA 2MEBA 1JKDA 5FDJA 3FE0A 1GF8A 3AGHA 1UIBA 1YKZX 1B7RA 2HEAA 1HMLA 1YAMA 4FDYA 1GFUA 5DL9A 3W6AA 3OK0A 1LAAA 5KKJA 2W1YA 1KIPC 3WVXA 1B5YA 1B5ZA 2DBTA 4XJFA 4PGJB 4ZFPA 2MEGA 1HFXA 3D9AC 4LT0A 1V7TA 4B4JA 4DD7A 3CSZA 1RI8B 1LMCA 1VEDA 2DQFC 4G4CA 3GXRA 3EBAB 5A3ZA 1JEFA 1GE1A 4CFOA 4ZIXA 1XFPL 5FHWA 2I6ZA 2CGIA 3SP3A 3A67Y 4DDAA 4NWEA 1HSXA 1LJNA 3RNXA 4CJ2A 4W96A 1CKDA 3CT5A 4H9CA 4RLNA 1REMA 1OUAA 1LZSA 4H8ZA 3AJNA 3N9CA 4H9AA 1IWWA 1GB5A 2G4NA 3T36A 3RZ4A 1C43A 2D4IA 4OOOA 1OUDA 1XGQC 3TXFA 4NEBA 2I25L 4LT2A 1IWVA 1OUCA 4IJ4A 5KXNA 1G7LC 4NHPA 1LMAA 4OWCA 153LA 1YILA 1HEWA 2FYDA 1FKQA 1F6SA 1GXV2 1GB3A 1LJGA 3HBDA 4BAFA 1YAOA 4H9HA 5DLAA 1JISA 3WU8A 5B07A 1HEQA 4H94A 4WLYA 5LAGA 2YBIA 5LYZA 4ETDA 1KXYA 2EPEA 1IC5Y 1LSDA 1IORA 1FDLY 4LYZA 2BQBA 5LVJA 4WL7A 1F10A 3D3DA 1SLYA 1YL0X 3A8ZA 1GF7A 1IOSA 2BLYA 1NBZC 4PRQA 1BB6A 1JWRA 2GV0A 5E4PA 2Z12A 1CKGA 3VWOA 4LFPA 1OUBA 2BQNA 5FEKA 4H1PA 3A34A 3A95A 1GF5A 4WM2A 3QNGA 1ZMYL 4WMGA 2W1LA 4DDBA 2BQEA 135LA 4TSBA 1I1ZA 4BADA 4AGAA 1DI5A 6LYTA 1ALCA 2G4QA 5APFA 1JJ1A 5HMVA 5KXZA 2BQKA 4IASA 1DPWA 1BB3A 1IEEA 1LSBA 4B0DA 2MEAA 4B4EA 1B7PA 1BB7A 1WQNA 4NIJA 3WUNA 5FCPA 2BQOA 1IWZA 1JSEA 1CJ7A 1LJ3A 3AZ4A 1B5XA 1LYOA 1TDYA 1LMTA 2ZNWY 2G4PA 4GLAA 5LA8A 2EKSC 3TMXA 2IHLA 3TXJA 2LYMA 4OW1A 1IP4A 1GB7A 2LZTA 4HSFA 4TX7A 1D0LA 1BHZA 1ZV5L 2MEFA 2Z38A 1REZA 8LYZA 5ILCA 1C46A 1LZEA 2LYZA 1H87A 1OQMA 1GE3A 3LYTA 4G4BA 2DQGY 2LYOA 1HENA 1FLQA 4XJBA 1QUSA 3TXBA 2EQLA 4NG1A 1TCYA 2BQFA 4GN3A 3P64A 1LJFA 1C10A 3BKHA 4NFVA 5KXMA 3B6LA 1W08A 4NSHA 4I8SA 2MECA 3G3AB 5HNLA 1I56A 1XEJA 3N9AA 1FKVA 4DD1A 1HC0A 1QSWA 1IR8A 4NSJA 4N1CC 5KJ9A 1OUIA 1PS5A 1G7IC 1GBXA 1VFBC 2WARA 2XBRA 3TXKA 4Z3MA 3ATNA 1VDPA 1UBZA 2FBBA 4XYYA 1GB6A 3WVYA 1GBZA 1JTOL 1QTKA 2BQJA 2ZQ4A 2ZWBA 1XGPC 4LT1A 5C6IA 1LSCA 2DQDY 2ZNXY 1LZ1A 4WLXA 1LTMA 2H9JA 3WU9A 4OWEA 5IDDA 3LZ2A 1UUZC 1QDTA 2NWDX 4KL7A 5I54A 1BWIA 4H8YA 4LYMA 5C6JA 4NGZA 1GXXA 2MEHA 1IP2A 1HEOA 3B0IA 1KIQC 3TXEA 3WW6A 1HF4A 4QY9A 1JUGA 1NMMA 4RW2A 1G7JC 3G3BB 1GD6A 4LZTA 1JKAA 1LZ6A 2FYCA 1GBOA 3CQLA 1JKCA 3T6UA 3WPJA 5AMYA 1B0DA 2F4GA 1OUHA 1I20A 5HNCA 2ZILA 1GFAA 4H90A 3A3RX 1OUEA 4J1AA 1BVKC 3AW7A 2YSSC 3WXUA 4X3BA 1XSFA 4GCEA 1LPIA 3W6BA 1MLCE 2BQCA 1LMOA 4NG8A 3CT0A 1A4VA 1DKKA 2A7FA 1GF9A 4TSCA 1GE2A 1HFYA 1LSNA 1GF6A 2A7DA 1IC7Y 3A96A 3EMSA 4GLVA 1UIHA 4OWBA 4B49A 4DT3A 4ML7A 1KXWA 2ZYCA 4J0LA 1GAYA 4WM4A 1OUJA 3AB6A 6LYZA 2ZIKA 4GCCA 3A92A 5HLLA 1GB8A 4NHTA 4PHIA 1GFJA 4HTKA 4H92A 5JENB 2Z19A 1LMPA 5B1FA 5APDA 1B5UA 1DZBX 4GN5C 4WO6A 1D0MA 4W94A 4AXTA 1LSGA 207LA 4ET9A 4LFXA 1HERA 3W6CA 1JITA 3FI7A 3CT1A 1JTPL 1NQIA 3AZ6A 4NHQA 4XN6A 3A6CY 4UWVA 1YKXX 1LZGA 2HUBA 4ZEEA 4WOAA 4YEMA 1VDTA 1DI3A 1H6MA 1WTMA 3LYOA 3QY4A 1REXA 3AZ5A 4EOFA 3AGGG 1IWYA 5T3FA 5LVIA 1IY3A 1IP7A 1JJ3A 2DKVA 1WTNA 2HEEA 4OWHA 3WMKA 4RW1A 1C08C 1B7MA 3ATOA 4WG1A 1BGIA 1NKHA 5DM9A 1O23A 5L9JA 5LA5A 2YBLA 3IWRA 4HPEA 2BQMA 3P65A 4DC4A 2BQIA 5LINA 2HEDA 4HV2A 1A2YC 3F6ZA 1FN5A 4HJVA 2YVBA 4UWUA 2CJLA 4HP0A 4HJZA 1IP1A 1GB2A 1NHEA 4RLMA 1IP6A 1VATA 2D6BA 4HPIA 4NGJA 5F81A 1YAQA 2F4AA 4WM1A 5EBHA 3KAMA 1C45A 1LCNA 3WU7A 1DKJA 1YKYX 2FBDA 1B2KA 4PPOA 1DQJC 4N9RA 5I4YA 5K7OA 1GE0A 1LZ8A 4GCBA 4N5RA 4NGVA 5E9RA 5II3A 1UIEA 5KKIA 4ETEA 5B59A 1LMQA 1D9UA 3TXGA 1N4FA 1AT5A 1XGTC 4DD3A 1LKRA 7LYZA 2BQGA 2PC2A 1LJIA 4N0JA 1NDMC 2Z2FA 5DN5A 2B5ZA 1IVMA 2EIZC 1LSPA 1NF5A 1WVVA 1LHIA 1Z55A 2F30A 1LYZA 5LYTA 1D0KA 1IR9A 1PZYA 1RFPA 1QIOA 1GB9A 4H93A 3CB7A 4DWXA 3AW6A 1HHLA 4HJYA 2RSCA 4NSIA 4QDNA 4RDSA 1BB4A 3WW5A 1JTTL 1UC0A 2CWIA 3A91A 2W1XA 2H5ZA 4NHSA 1GF0A 2BQAA 2IFFY 1AKIA 1RJCB 3LYZA 1LSZA 4G4HA 4DDCA 1IWXA 2LZ2A 1RE2A 4Z98A 4PJ2C 1HNLA 1LZDA 1GEVA 1B9OA 3B72A 5D5FA 5F9UA 4XJDA 3BKVA 1YIKA 3LZTA 1IP3A 4NWHA 4XADA 1LZRA 4QEQA 1VDSA 1FLYA 1B7QA 4G9SA 5KXKA 4UWNA 3WPKA 1JKBA 1GWDA 4YM8A 3CSRA 1GF4A 1XGUC 1OP9B 1RCMA 1CKCA 1QSAA 3K3TA 4R0FA 3TMUA 4D9ZA 1ZVYB 4WM3A 4N1EI 5J7CA 1JPOA 1CKFA 1F0WA 1JJ0A 4H91A 2ZQ3A 5ILFA 1BB5A 1LZNA 4I0CA 2XJWA 1G7HC 1UIGA 4H8XA 4L41A 1AZFA 1DXJA 4TTDA 1J1PY 4XENA 2YBNA 1UA6Y 1B7NA 5HMJA 5I53A 4NGOA 1YAPA 3ZEKA 1LYSA 4CFPA 1HFZA 1LJKA 1XEKA 1IOTA 1EQEA 1NWGA 5I5QA 1GFEA 2LHMA 3J6KA 4NGWA 5LYMA 4BS7A 1GFHA 2CDSA 2BQLA 2C8PA 3M3UA 1QTEA 3P66A 4P2EA 5KXWA 1LZCA 4LYTA 1WQOA 3A6BY 4R6CA 2YBMA 3CSQA 5B06A 4FJRA 2D4KA 1GAZA 5F16A 1WQQA 1LJHA 1GDWA 1LZBA 4H9EA 4LYBA 4NGKA 4Z41A 2F2NA 1LHMA 2YBJA 1LZYA 2DQJY 1GB0A 4XJGA 2HEFA 4WM5A 3A94A 1QUTA 1INUA 1GFRA 1GPQC 1T6VL 2Q0MX 4G49A 4PRUA 1GF3A 1LSEA 5LVKA 2BAAA 4HV1A 1IO5A 3TMVA 1YQVY 1NBYC 4ETAA 1GE4A 1E8LA 3W6DA 3ZVQB 2D4JA 1GBWA 1EQ5A 4LYOA 4DYGA 1JSFA 4KPMA 4MSTA 3TMWA 2XTHA 1LJJA 1IIZA 5KXSA 1IWTA 3TXIA 4C3WA 5F14A 1GHLA 5M1YA 1LSAA 4M4OA 132LA 2D91A 1P2CC 1JIYA 2I26L 3A3QA 1VAUA 5I4XA 1LJ4A 4H9FA 1CNSA 2VB1A 4XJHA 5A3EA 3IJVA 1IY4A 3TXDA 1EL1A 3WPLA 1LZTA 5LXWA 5KY1A 1D6QA 2DQEY 2HTXA 3HBEX 4HTNA 2HEBA 1GDXA 3RW8A 4ET8A 1JHLA 3E3DA 4TUNA 4CGEA 3WUAA 194LA 2MEEA 3LHMA 1UICA 4NGLA 3AZ7A 4DD9A 3ZVQA 1YANA 193LA 1UIFA 1LHKA 3A93A 1FLWA 1OUFA 3N9EA 4NY5A 3TXHA 1GFTA 2MEDA 1WVUA 2Z39A 154LA 1UIAA 2BLXA 1NDGC 2Y8PA 4E3UA 1YL1X 5KXXA 1IOQA 1KXXA 1B5VA 5APEA 5DN4A 4Z46A 4WO9A 1B7LA 4NGYA 4NGIA 3P68A 5LAFA 4B4IA 1W6ZA 1J1OY 3WXTA 4GCFA 5KXRA 1CJ6A 3LYMA 5LVHA 2BQDA 5KXOA 1VDQA 2DQIY 2ZIJA 3EXDA 4HTQA 1LKSA 1MELL 4MR1A 1HEPA 4OOTA 4WG7A 5FELA 1IOCA 4ETBA 1LZAA 3M18B 3P4ZA 4LYCA 1T3PA 3WUMA 5D5CA 4C5FA 2XBSA 3WYHA 1TEWA 4WM6A 4B1AA 2AUBA 4O34A 1ZVHL 3J4GA 4GCDA 5B1GA 1IX0A 1HEMA 1IWUA 3HBHA 2HU1A 2Z37A 1LZ5A 4LT3A 3W3EA 3WL2A 4WL6A 1LHLA 1REYA 4MCKA 4ANRA 1LZ9A 3WH1A 5IHGA 4NHIA 1HMKA 3RT5X 2ZYPA 3W6FA 3IJUA 4YEOA 2Z18A 1BVXA 4YF2A 4N8ZA 1LSMA 1B7SA 4II8A 3ULRA 5B05A 3WULA 1CJ8A 1WQRA 1WQMA 4KT3A 1BQLY 1GBSA 1IC4Y 1V7SA 4TWSA 5KXTA 3AYQA 5L3IA 4YOPA 2HU3A 4J1BA 1GFGA 1GEZA 1HELA 1J1XY 1GFVA 1LHJA 2W1MA 3MGWA 1G7MC 1XGRC 1QDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B7NA 3QE8A 2JP7A 3SB6A 3FTFA 1ZWNA 1OVJA 2C8OA 5IELA 1YROA 1PQMA 2DAIA 1WJ7A 182LA 1L95A 4BLCA 3NY9A 4OWAA 3LN2A 1LSFA 5FSTA 1TAYA 4MGIE 3U6LA 3AFHA 3VDUA 2H5XA 1G0GA 1UIDA 3T38A 3U6MA 2QQ8A 1LSYA 3OJPA 3RE8A 3T15A 2DQCY 3MJ5A 2Z2EA 5KXPA 3CGWA 1FBIX 5ITTA 4MGHA 176LA 2XLJA 3HT8A 4YXAC 3GO8A 3C8QA 1L80A 1P64A 5L3HA 4GIPA 3GPXA 1L53A 1OV5A 165LA 1OIPA 3HX3A 1PQKA 1NVMA 2DZLA 2BPUA 1UCOA 3EO5A 2FFJA 1F6RA 2XSZA 4NRWA 1L37A 1IR7A 5FDJA 1DYGA 1CV1A 1CV3A 1UIBA 3VKGA 1QUGA 1XXHA 4XK8F 1GFUA 2JY8A 3GRUA 1L55A 1B5YA 1B5ZA 2DBTA 1QTBA 4IBJA 4PGJB 4MH0E 196LA 1HFXA 4DV0M 4LT0A 1V7TA 3DMXA 3DN6A 1LMCA 1G41A 2DQFC 4ZIXA 4LF8M 8CATA 3UMMA 1XFPL 5FHWA 3U6SA 3RNXA 4CJ2A 1G0LA 1CKDA 4W96A 211LA 4RLNA 4P16A 1LZSA 3J7AS 3N9CA 2G4NA 3T36A 4G4NA 4OOOA 1ZURA 4EKSA 3TXFA 1C66A 2I25L 3GUMA 4RF1A 2EA0A 1IWVA 1OUCA 3OE8A 2FNAA 4DV1M 4LG2A 1LMAA 153LA 1J09A 1YILA 228LA 1F6SA 1GXV2 1SSYA 1CX6A 1G0PA 4BAFA 1CV5A 1GO5A 4MGKE 3KOWE 1L72A 5LYZA 3HGIA 236LA 4R3DA 2CP8A 2LH0A 1F10A 4NOOB 4WL7A 206LA 1OVKA 3AOEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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