1LTMA

Accelerated x-ray structure elucidation of a 36 kda muramidase/transglycosylase using warp
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
320
structure length
309
Chain Sequence
EPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Accelerated X-ray structure elucidation of a 36 kDa muramidase/transglycosylase using wARP.
pubmed rcsb
molecule tags Glycosyltransferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords 36 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
total genus 111
structure length 309
sequence length 320
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1997-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1ltmA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ltmA02
1GFKA 1BWJA 1LPIA 2XTHA 1IR7A 3HBHA 1KXYA 5B06A 3WU9A 207LA 4NGLA 1XEIA 4WM2A 3E3DA 1GBZA 1HSXA 4H8XA 4LZTA 4B4IA 1XFPL 4G9SA 1XEKA 4HPEA 1WVUA 1BB7A 1CKCA 1LKRA 2F2NA 2YSSC 3WUAA 3WUMA 1IP3A 3CT1A 2X0AA 4NG8A 1INUA 1GBWA 4WLDA 2W1LA 2DQAA 4C3WA 3AJNA 1LSGA 1REXA 1JTPL 1AZFA 1GAZA 1REZA 2BPUA 4XENA 3B0IA 2BQCA 4NGZA 2LZTA 4NG1A 1LSFA 4EMNA 4M6DA 3BKVA 6LYTA 1GE2A 4DYGA 5HMJA 1WQOA 1B5VA 3TXDA 1TDYA 4XJGA 1BVXA 2F4AA 1VDPA 3IJVA 3CSRA 3CSQA 3AGIA 1DI4A 1O23A 1OUHA 1FN5A 2BQAA 4WLXA 5E9RA 4B4JA 4DC4A 1GB7A 1LYYA 2VB1A 3WVYA 1GDWA 2C8OA 4O34A 4A7DA 3AGGG 1QUTA 2YDGA 3J6KA 1IIZA 4EOFA 1HFZA 5HLLA 1C45A 1GD6A 1NF5A 4OOTA 2LYZA 4XJFA 1JSEA 3MGWA 1VDQA 2HEDA 1QDTA 4GCCA 4G4BA 1GXV2 2MEHA 2H9KA 1FLUA 2IFFY 3D3DA 1LHMA 1IP6A 5IELA 1IVMA 1LZYA 2ZIKA 1PS5A 1UIDA 1A4VA 1OUFA 2PC2A 4Z41A 2BLYA 3CT0A 2HEFA 2LZ2A 1HEQA 1RJCB 2Z38A 4TSBA 1GE4A 1YAQA 3TXFA 4LFXA 1AT6A 5ILCA 2EKSC 1JJ0A 4LT1A 4MSTA 4NWHA 1LMOA 2XBRA 1LZ5A 4ET9A 1AT5A 3ATOA 5FEKA 1QIOA 1CJ6A 2F4GA 5B07A 2HU1A 1GF4A 2DQGY 3KAMA 4AGAA 1IP5A 2HTXA 5F9XA 3TMUA 132LA 4N8ZA 3W6BA 3EO5A 1UCOA 1IOQA 3A3RX 4ML7A 4ET8A 4YF2A 1HERA 1CJ7A 1XGPC 1JEFA 5LVKA 1KIRC 4GLAA 3WPLA 1LMTA 3W6EA 3WXUA 1RE2A 2EQLA 2BAAA 1GBYA 2D91A 3A34A 4IJ4A 4WG7A 1F6SA 1IP1A 3K3TA 1AM7A 4MCKA 3RZ4A 4WL7A 1F0WA 1KXWA 4WM3A 3D9AC 1IP4A 3AYQA 4LT3A 1WVVA 1SQ2L 3A6CY 5FSTA 4B4EA 1HHLA 2BQGA 2G4PA 3W6DA 8LYZA 1HEOA 3WMKA 1OUJA 1G7IC 1DKJA 1YKYX 3TXGA 1OP9B 4BADA 1GF5A 2MEGA 1YKXX 2A7DA 4H8ZA 1J1PY 2YBHA 4TTDA 1CKHA 4ZEEA 3F6ZA 1LZ9A 1I56A 1JITA 1FLWA 1T3PA 4H9IA 5KXSA 1GWDA 4CHXA 1BB6A 4WOAA 1T6VL 4IATA 4WO9A 5KKJA 1LZ6A 1KIPC 5KJ9A 1LMNA 4HV1A 4UWNA 153LA 4N0JA 134LA 2H5ZA 2W1MA 5IDDA 1LJIA 3G3AB 3LYOA 3EXDA 1HENA 1JSFA 1LMAA 4YOPA 5HNLA 3FE0A 3GXRA 1CKDA 2BQFA 2LYOA 2AUBA 4HJYA 4HPIA 4TWSA 2YVBA 4D9ZA 1B0DA 3RW8A 4NGJA 4YEMA 1G7JC 1LSZA 1PZYA 1UC0A 4HJZA 4J0LA 1NBYC 2C8PA 1LSAA 3WPKA 4DDCA 3CT5A 3BKHA 4YENA 2EPEA 3CB7A 4PRUA 5LINA 5E4PA 4H9FA 1IWWA 1GHLA 4WMGA 1CJ8A 3ATNA 1EL1A 1G7LC 1WTMA 1HEMA 3WH1A 154LA 1NBZC 4HV2A 4NWEA 1A2YC 5T3FA 2D4JA 1LZEA 1JKBA 4TSCA 4QGZA 3RU5A 1OUCA 1GF0A 1IP2A 3TXHA 1KXXA 5ILFA 5APFA 4WM6A 1OUAA 5HNCA 1LHJA 3A3QA 1CKGA 3FI7A 4I0CA 5FHWA 3A91A 4H90A 4KPMA 1LSNA 4DD7A 3P66A 4NGYA 5IHGA 3WYHA 4HJVA 3ULRA 4N1CC 4HTNA 3LHMA 4H9AA 1C08C 1HSWA 3W3EA 5C6IA 5KXKA 4M4OA 1XGRC 4NSJA 4GCEA 1D6QA 4J7VA 3TMXA 3P68A 1SLYA 1UUZC 5KXYA 4NSHA 1J1OY 1D0MA 1D0LA 2XBSA 5LVHA 1DI5A 1BB4A 1LJFA 4B49A 2WARA 4BAPA 3A92A 1GFEA 1HEWA 5A3EA 1GF6A 4RW2A 1LJGA 1JKAA 1V7SA 2FYCA 7LYZA 1LZBA 1J1XY 4U3XB 1B7NA 1UICA 5KXNA 1JUGA 2Z2EA 1JKDA 1GEVA 2I26L 2D4IA 1REMA 4NGWA 4DT3A 1RFPA 2NWDX 1IWZA 1GFJA 2B5ZA 3WU7A 2DBTA 2IHLA 2HEBA 4KL7A 3WUNA 4II8A 1FKVA 1JKCA 1B5WA 1LCNA 1WQPA 3HBEX 4HTQA 1YANA 1LZDA 2DQHY 2MEEA 4NY5A 1GB6A 4Z46A 3OJPA 5LXWA 1ZVYB 3CSZA 1JJ3A 3WXTA 1EQ5A 1LJNA 2BQDA 1EQ4A 1LZ4A 3A67Y 4XJBA 1UIFA 5DM9A 1UBZA 1GFAA 1HFYA 2MECA 3LN2A 2LHMA 4WLYA 1QSWA 3P65A 5HQ1A 4WL6A 3RNXA 4G4CA 4LT2A 4P2EA 5KXOA 1KIQC 3N9CA 1XGUC 4OWCA 1YAPA 2CWIA 1GE0A 3WULA 1VAUA 4DDAA 1LYOA 4XJDA 1DQJC 1YKZX 3B0KA 2CJLA 1EQEA 2F30A 1LOZA 4RLNA 4XADA 1YILA 1DI3A 3LYMA 1NMMA 1LHHA 1TBYA 4QDNA 1GBXA 3WVXA 1H87A 1B5YA 2BQHA 4HSFA 3WW5A 1GFHA 2MEFA 1I1ZA 5KXRA 1W6ZA 1XGTC 4UWVA 2BQMA 5DN4A 5KKIA 5KXZA 1MLCE 3WL2A 1H6MA 2N5ZA 193LA 5I54A 1IWXA 2ZILA 4OWEA 3TMWA 5HMVA 1B7QA 1FBIX 1JISA 1JTOL 1GAYA 4OWAA 3QNGA 3EBAB 1WQNA 3A95A 4PHIA 4ANRA 3QY4A 1YAOA 4WLTA 3WU8A 4E3UA 2Z2FA 1B5UA 1IOTA 2Z18A 1LJEA 1VDTA 4QEQA 2DQDY 5APEA 3ZVQB 3A6BY 3ZEKA 5F81A 4HP0A 4OWBA 1UIAA 4H91A 4N1EI 1GB8A 5M1YA 2ZWBA 1LJ4A 2YBIA 4WG1A 3T36A 1CNSA 1IC4Y 4B0DA 2A7FA 4WM1A 4DDBA 1B5XA 4I8SA 2GV0A 5KXXA 5FDJA 2H9JA 4LFPA 1GF3A 1LMCA 4YEOA 3WPJA 3TMVA 1Z55A 1LJJA 4GN3A 4WO6A 2HEAA 1LHLA 2YBLA 3ZVQA 1QUSA 4GCBA 1JTTL 1IOCA 1TAYA 2DQFC 2BQIA 4KT3A 1HEPA 2YBJA 1G7MC 1NWGA 4NEBA 4RDSA 1FDLY 1GFVA 2HEEA 5D5CA 1GPQC 4PJ2C 4R0FA 1OUIA 1UIBA 1IY3A 4DD9A 3LZTA 4ETBA 4NGVA 4KXIA 5F16A 1FKQA 4LYTA 4H1PA 2G4QA 1WTNA 5B05A 1B5ZA 5JENB 1LJ3A 1GB0A 1IWUA 2D6BA 1D0KA 1VFBC 1GFTA 1GFGA 1OUEA 4GN5C 4RW1A 4J1BA 1WQRA 1NDGC 1UIHA 4ETAA 1QQYA 4W94A 3TXIA 1BGIA 1VEDA 2Z19A 2BQKA 5B1FA 5C6JA 1DKKA 5LAFA 1JJ1A 4NGOA 1B2KA 1HNLA 1F10A 2FBBA 2D4KA 1GB2A 1LSYA 4NSIA 4H9HA 1UIEA 1GE3A 2ZYCA 4G49A 4DD2A 1JHLA 5C6LA 2DQIY 4HTKA 5LVJA 1D9UA 5LA8A 5LIOA 3A94A 1QTKA 5B1GA 4ZFPA 4TX7A 1LZGA 2ZNXY 1IP7A 3AW7A 4ETDA 1JPOA 4GCDA 1OQMA 3AGHA 1LSPA 1HFXA 1LYZA 5APDA 1LMQA 1AKIA 3B6LA 1DPXA 1N4FA 1NQIA 1UIGA 2BQLA 1C46A 2ZNWY 4YM8A 133LA 2DQEY 5APCA 1LZAA 1LZSA 1YL1X 4LGKA 2HECA 2BLXA 3M3UA 1G7HC 2EIZC 1XSFA 1B7RA 3AZ4A 1P2CC 4H9BA 1GE1A 1B7PA 2FBDA 1HMKA 4H92A 3W6FA 4ETEA 1GFUA 1XEJA 5II3A 3RT5X 135LA 1LHKA 1HC0A 1CKFA 1IR8A 4H8YA 2MEBA 3HFMY 5DN5A 2ZQ4A 2ZIJA 3IJUA 4CGEA 2Z37A 2Y8PA 4WM4A 2W1XA 3LZ2A 2CDSA 4OOOA 3M18B 2Z39A 5L9JA 3AB6A 1IWTA 5D5FA 2I25L 4QY9A 3VWOA 3J4GA 4NHQA 1LZTA 5EBHA 5KXWA 4NGKA 3W6AA 1HELA 1BB3A 1NHEA 1LMPA 4NFVA 5DLAA 3AW6A 1RI8B 4CFPA 1HMLA 3A96A 5L3HA 5KXPA 1QDRA 1LZ1A 1YAMA 2DQJY 4H9CA 2G4NA 4TUNA 1REYA 4GCFA 4XJHA 5I53A 5B59A 1GEZA 1LZCA 2I6ZA 1LZRA 4BS7A 2RSCA 1LSBA 3N9AA 1GBSA 4PRQA 1BWIA 1YIKA 1IWVA 1LSCA 4H93A 1LSEA 3TXBA 5LA5A 1ZMYL 4CJ2A 3AZ6A 4N5RA 1LAAA 3P4ZA 3AZ5A 1FLQA 1ZVHL 3G3BB 4W96A 1YQVY 2XJWA 1LZ8A 5LVGA 208LA 4XN6A 1GB5A 3LYZA 1C10A 1LJKA 5K7OA 3SP3A 1IOSA 2BQOA 4L41A 1D6PA 4R6CA 2YBNA 2YBMA 1FLYA 4DD1A 3A8ZA 5F14A 1W08A 2DQCY 4G4HA 1UA6Y 1LSMA 4LYZA 1LKSA 1TCYA 1CJ9A 1IC7Y 2ZQ3A 4NSGA 4Z98A 1LSDA 1IY4A 1C43A 4ETCA 3CQLA 1F6RA 2HU3A 4DD3A 5LAGA 4NHPA 4PGJB 5F9UA 3TXJA 5DL9A 3AZ7A 4NIJA 5A3ZA 1LYSA 4FJRA 4PPOA 5I4XA 4LT0A 1HF4A 3A90A 5J7CA 2LYMA 1WQQA 3QE8A 4GN4A 4X3BA 3T6UA 5FCPA 1IWYA 4H9EA 1UACY 5I4YA 2FYDA 1VATA 3TXKA 1C7PA 3TXEA 1GBOA 3P64A 4DD0A 1B9OA 4LYMA 1JWRA 4DWXA 2BQNA 2MEDA 4FDYA 3N9EA 4J1AA 4AXTA 2MEAA 1GB9A 2ZYPA 1IR9A 4NHTA 1IC5Y 1BWHA 4C5FA 4LYOA 2BQBA 5LVIA 1BQLY 1LHIA 2Q0MX 4MR1A 1GF8A 4IASA 1ALCA 1BVKC 1XGQC 2Z12A 4N9RA 4XJIA 3IWRA 3OK0A 5FELA 5AMYA 4NHSA 4RLMA 5I4WA 5I5QA 1QTEA 4BAFA 1VDSA 1LTMA 2MEIA 4ZIXA 1DPWA 4OW1A 1YROA 1NKHA 4NGIA 5LYTA 3A93A 4LYBA 4H94A 4LYCA 3LYTA 5KXLA 1TEWA 194LA 1JIYA 1GB3A 1DZBX 4WM5A 1BHZA 1LJHA 1B7MA 4CFOA 1I20A 1GXXA 1ZV5L 5LYMA 1B7LA 1B7SA 4OWHA 1E8LA 1RCMA 5KY1A 1MELL 1OUGA 2CGIA 1B7OA 1YL0X 1NDMC 3WW6A 4XYYA 1OUBA 2W1YA 3B72A 2BQEA 1DXJA 3B0OA 1IORA 4NHIA 1GDXA 4B1AA 5KXMA 2HUBA 4UWUA 1IO5A 1GF9A 1LZNA 1IEEA 1QSAA 4GLVA 5L3IA 6LYZA 3HBDA 1V7TA 4Z3MA 3EMSA 1IX0A 9LYZA 2BQJA 3W6CA 1BB5A 1GF7A 3GXKA 5LYZA 5KXTA 2DKVA 1WQMA 1GFRA 1OUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LPIA 1Q3CA 1KXYA 4AKGA 1XEIA 3I51A 3E3DA 4LZTA 4B4IA 4H8XA 1QAMA 3TWLA 3L64A 4G9SA 3WUAA 2LHCA 2J7NA 1W5SA 4LJ8A 1D2NA 3PBLA 4UN2B 2X0AA 4NG8A 1INUA 1GBWA 2QB0B 4AQNA 4C3WA 1L59A 1LSGA 2OU9A 1L96A 5I14A 1L82A 4I7QA 6LZMA 176LA 2BQCA 1L32A 2LZTA 4M6DA 1L50A 3DKEX 4DYGA 1G71A 220LA 1B5VA 2F4AA 1VDPA 4DUYM 224LA 1L54A 4EXMA 241LA 3E4RA 1LYYA 3WVYA 4A7DA 1GDWA 2C8OA 2HCBA 3TWMA 1QT4A 3C58A 2GNOA 4FW9A 1QUTA 1L63A 3THGA 1IIZA 1L17A 1G59A 1VG5A 1CV0A 1HFZA 1C45A 4OOTA 1AUAA 1LYGA 114LA 3B7ZA 1JSEA 1K3XA 1FNNA 1L34A 2HEDA 4ARPA 4I7NA 227LA 3ILKA 2MEHA 1FLUA 1LHMA 1QAOA 2M5ZA 1NY6A 2YR0A 5LMNM 1L52A 2PC2A 158LA 1G0LA 3E46A 1RJCB 4TSBA 1YAQA 1NVMA 4IBFA 5FEKA 1QIOA 4LZMA 2F4GA 143LA 1GF4A 4AGAA 1ZMVA 3HGIA 1IP5A 2HTXA 3TMUA 1UCOA 1IOQA 3LQRA 4ML7A 3GQ3A 3C82A 3HH3A 3DMVA 2KXEA 1QTHA 4LRTA 1RE2A 3HHZA 2OQ4A 2MR9A 4AKHA 4MCKA 4WL7A 1F0WA 3SASA 170LA 1KXWA 1DGHB 4LT3A 3F9LA 4B4EA 8LYZA 3A6CY 3W6DA 1L92A 1HEOA 2FE8A 1OUJA 1YKYX 4EKRA 2Z7JA 2XFTA 1ZV1A 2XH9A 1CKHA 4GRIA 223LA 2LHGA 3C7ZA 1GWDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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