1QDRA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycosylase slt35
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdrA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdrA02
2F30A 4WLDA 1FKVA 4ZFPA 3WL2A 5L9JA 1IP7A 1HMKA 3ATNA 2BQJA 4EMNA 2BQAA 3G3BB 3AZ6A 4N5RA 5KXLA 2YDGA 1JPOA 1LZ4A 1IWYA 1JISA 1YANA 4TUNA 5FELA 1GF6A 4WM6A 4QY9A 4XADA 4HV2A 4NHTA 1FLYA 2C8PA 4YENA 3OK0A 1HENA 2F4GA 1F10A 1B9OA 2HU1A 2LYOA 2ZNWY 1YKXX 3WULA 1QDTA 1ZVYB 4WL6A 1B5WA 1KXXA 1LSEA 1GFKA 5D5CA 5E9RA 1LZ9A 2I6ZA 1IIZA 1IORA 2W1MA 2YBNA 1IOSA 5LXWA 4N8ZA 5LA8A 4NHPA 2HU3A 1B0DA 2ZWBA 4GCDA 3LZ2A 1GBXA 4DC4A 3A3RX 5JENB 1GFJA 5LVIA 4LT1A 1IP2A 4NGIA 2B5ZA 3ZEKA 3T36A 4H9EA 4DD1A 3W6BA 4DD7A 4ET8A 5AMYA 4LT3A 5D5FA 1SLYA 1LZAA 1GF8A 4UWVA 3T6UA 3TXKA 1TDYA 1LAAA 1TEWA 4H9AA 4LYCA 5II3A 3WYHA 1JSEA 3P4ZA 4YOPA 2Z39A 5ILFA 2Z18A 3W6DA 2G4PA 3A67Y 4OWCA 2BQEA 6LYTA 1LYSA 4C5FA 4PGJB 3J4GA 4TX7A 4WM4A 4H8ZA 1IVMA 1BGIA 1GFTA 1NDGC 3HBEX 1PZYA 1VDQA 1BB4A 1LSPA 1BB5A 1GE4A 2ZIJA 4NGKA 1GE1A 4DD3A 2HEAA 3BKHA 1GB5A 1KIPC 1CKCA 1GBYA 2BLXA 5LVKA 3A3QA 4H8XA 2FYCA 5K7OA 4NSHA 4WM1A 1GFUA 1UACY 1D6PA 1LSFA 3CT0A 4Z98A 3EMSA 5LINA 1LZTA 4WLYA 5I4WA 1GB2A 1YQVY 1P2CC 4Z3MA 3TXBA 5B1FA 3RW8A 3A8ZA 2DBTA 1GDWA 5IHGA 4H90A 193LA 1OUDA 4IATA 3FE0A 4WG7A 4D9ZA 3VWOA 4XJFA 2CGIA 5HMVA 2D4IA 1GF3A 3A34A 1LJFA 1LSYA 2I26L 3TXFA 1HEPA 132LA 1OUIA 4NGYA 2Y8PA 135LA 2ZYPA 153LA 4H9IA 1HEQA 2Z19A 1QTEA 1XGPC 1F0WA 1LSCA 1UIFA 4WG1A 1NWGA 1LHJA 1QUTA 2BQLA 4ET9A 4R6CA 4NHSA 1IP5A 3WW6A 5KXMA 4NIJA 1N4FA 5KXRA 2BPUA 5B07A 1KXYA 1EQEA 1JKBA 3IJUA 1A2YC 1CJ7A 2A7DA 2YBIA 3EXDA 4NGJA 1JJ3A 1QUSA 1NQIA 2HTXA 1RFPA 4XJHA 3W3EA 1IOCA 3LYTA 1IO5A 4LT2A 1GF0A 5LAFA 5LVHA 2BQMA 1GE3A 1LYZA 154LA 2Z2EA 1LJEA 2MEIA 1BHZA 1C7PA 4H91A 1JJ0A 1GAYA 3RZ4A 1CJ9A 1WTMA 1HERA 1XEIA 1JITA 4H1PA 3WPJA 4ETBA 4GCBA 2DQHY 1YL1X 5B05A 1LMCA 4XJDA 3P64A 4H9HA 4OOTA 2ZQ4A 4J7VA 4DDCA 5L3HA 4RLNA 2X0AA 1REZA 4B1AA 3A6BY 4GCFA 1G7JC 2DKVA 2G4QA 3B0KA 4LYBA 4DWXA 4FDYA 4A7DA 3B72A 4J1AA 4NY5A 1BWHA 2CWIA 2RSCA 3ATOA 4PRQA 1ZV5L 4AXTA 4NFVA 1HF4A 4DD0A 1YKZX 4OW1A 4BAPA 4HSFA 1LJKA 4HTQA 3SP3A 1IP1A 1GD6A 1LZSA 7LYZA 1GFAA 3LYOA 2XTHA 1LZGA 3CSZA 1B5VA 3AW7A 4GN5C 1NBYC 4CFOA 1LMQA 5KXYA 1LHKA 1VATA 1BVKC 2YVBA 3AB6A 5I4XA 1B5YA 3ZVQA 1RCMA 4OWEA 1XGUC 2DQEY 1C45A 1HFXA 3N9CA 5IDDA 2BQNA 4J1BA 3WU7A 1T3PA 4E3UA 1LCNA 3TMWA 1V7TA 5DLAA 2HEBA 4HJVA 5KXXA 1DI4A 1HFYA 3LZTA 2W1LA 4LZTA 5FSTA 5KKJA 3EBAB 4XJGA 4X3BA 4NGWA 5FDJA 5HQ1A 1LHMA 1J1PY 5KXWA 1GB9A 3M3UA 1IP4A 1ALCA 3WXTA 1IWZA 1GBSA 1HSWA 2D91A 3D9AC 1REMA 4NGOA 4WO9A 4ETDA 1G7LC 1T6VL 194LA 1JTPL 1WTNA 1IWVA 4RLMA 3TXIA 1KIRC 1KIQC 1PS5A 4WL7A 1BB7A 1LYYA 5HNLA 4ZIXA 1UIHA 5KXPA 3CT5A 5DN5A 4WM5A 5KXTA 3TXHA 1XGQC 2F2NA 4NHQA 4NSJA 1LJ3A 2EIZC 1BB6A 4M4OA 2HEDA 3LYZA 3WUAA 5APCA 1LHIA 4XN6A 4HJYA 5C6JA 1HEOA 5KJ9A 5LYTA 1QSWA 2BQGA 1IP6A 3BKVA 2MEBA 1GFRA 1GWDA 4OOOA 1IX0A 1B5XA 4RW1A 5C6LA 2VB1A 1D0MA 5T3FA 1OUJA 4KT3A 1LZRA 3OJPA 4AGAA 1OUGA 1D6QA 4NGLA 3CT1A 4RW2A 1GXV2 1D0LA 3N9EA 4QGZA 1B7MA 4DDAA 5L3IA 1WQRA 4N0JA 1LSZA 2EKSC 5B1GA 4TTDA 4LFPA 3WUNA 4I0CA 2F4AA 1TCYA 1OQMA 1XFPL 1HNLA 3AZ7A 3LYMA 4QEQA 3WPLA 1LZNA 2YBLA 1OUAA 133LA 2D6BA 4N9RA 1IC4Y 3MGWA 4KXIA 5F9XA 1RI8B 1W08A 1FLWA 1IOTA 4YEOA 1OUFA 1XEJA 4XENA 5M1YA 2LZ2A 2Q0MX 5B06A 1FKQA 4ANRA 5APDA 1V7SA 4NWEA 3AGGG 1JKCA 3HBDA 4CFPA 1CNSA 1TBYA 4W96A 1IR8A 1GB8A 3GXRA 4DT3A 1C08C 5KKIA 2W1XA 1D9UA 3TXGA 2CJLA 4NWHA 1YAOA 3QY4A 2BQCA 1GAZA 1UIEA 1B7NA 1CJ6A 1IWTA 3B0IA 4LYMA 1BWJA 4WO6A 1GE0A 3WMKA 5J7CA 1IWWA 1GHLA 1BWIA 1IY4A 1LJGA 1NBZC 1Z55A 5I5QA 1I1ZA 5FCPA 1LSMA 1BQLY 4PJ2C 1OUEA 2CDSA 5B59A 1GE2A 3AGIA 1NF5A 1DI5A 3A95A 1MLCE 1LJ4A 2DQFC 1LZBA 2ZNXY 4WLTA 4Z46A 1YILA 3WXUA 4MCKA 5LVGA 2YSSC 5I53A 8LYZA 5LVJA 1NMMA 1LZYA 1VDPA 2Z37A 1J1OY 1YKYX 1GPQC 2DQJY 3CSRA 1GB6A 2MEAA 4HP0A 3WPKA 4B0DA 2MEGA 1HEWA 4PPOA 1UCOA 3CQLA 1JUGA 1W6ZA 1GDXA 2MEDA 3AYQA 2BAAA 4H8YA 4HTNA 4HV1A 1LZ5A 1OUBA 4UWUA 3ULRA 4O34A 4ML7A 1B7SA 5KXNA 4B4EA 5E4PA 1EL1A 1FBIX 1CKDA 1LPIA 2HEFA 1WQOA 3WVYA 1DPWA 1INUA 1IWUA 1JWRA 4W94A 1VDTA 2Z38A 4B4JA 1LZDA 2BLYA 4KPMA 4PRUA 2MEHA 1EQ4A 4FJRA 4TSBA 4H93A 1QIOA 5C6IA 4NSGA 5LYZA 1DQJC 1AT6A 4MR1A 1LZ6A 1ZMYL 3RNXA 4EOFA 1LMPA 5DM9A 5A3ZA 5DL9A 1QDRA 1EQ5A 1CKGA 1JJ1A 1YAMA 4U3XB 3W6EA 1LHLA 1REXA 2I25L 1FLQA 4H9CA 4OWHA 1GF5A 5LIOA 1AKIA 1LJNA 2H9KA 4LT0A 3WW5A 3CB7A 1C46A 1HMLA 3G3AB 1LZCA 1LSNA 4C3WA 1H6MA 2ZILA 4XJIA 5I54A 4DDBA 5I4YA 2BQDA 1G7MC 1LSAA 4KL7A 1JEFA 3TXDA 2XBSA 1LJJA 1LZ8A 2HECA 3QNGA 1GF7A 1LJHA 2HUBA 1HHLA 4WM2A 1C43A 1DKJA 1BVXA 2W1YA 1LKSA 3B0OA 1REYA 1LYOA 1AT5A 3GXKA 4DD2A 1GFVA 1WVUA 1JSFA 3HBHA 3KAMA 2HEEA 1IC5Y 3P65A 4N1CC 3TMUA 2Z12A 1B7PA 1YAPA 2WARA 5KY1A 1GB0A 3D3DA 4H92A 4H9FA 4G4CA 2H9JA 6LYZA 3E3DA 4GN3A 1J1XY 4H94A 4B4IA 1XEKA 4NSIA 1GBOA 3HFMY 1QQYA 9LYZA 4LGKA 2BQKA 4RDSA 1LSGA 1F6RA 2BQBA 1B7QA 134LA 2GV0A 5IELA 5LYMA 1LMNA 5EBHA 3TXJA 2ZYCA 2G4NA 3W6AA 4GLVA 4ETEA 3LN2A 1UA6Y 2PC2A 4MSTA 1IP3A 1IR7A 1ZVHL 4N1EI 4TSCA 4J0LA 1AZFA 2LYZA 2N5ZA 3ZVQB 1UBZA 5LA5A 2YBJA 4WLXA 3A92A 3A6CY 1GBWA 4B49A 3N9AA 2EPEA 3RT5X 2YBHA 4UWNA 2DQDY 1LMOA 4BADA 4G4BA 4LYZA 1UIBA 4P2EA 1HEMA 4HPIA 3A96A 1MELL 1JKDA 1OUHA 1RE2A 1HELA 3AGHA 5A3EA 2EQLA 4CHXA 1LMTA 4DYGA 5APFA 1FLUA 3K3TA 1HSXA 1AM7A 2XJWA 3A94A 4R0FA 1GFEA 1IEEA 4PHIA 1UIDA 2BQFA 2FYDA 3WUMA 2NWDX 1UIGA 4LYOA 5HLLA 4LYTA 3AZ5A 4NHIA 4QDNA 5KXOA 3J6KA 4BAFA 2YBMA 2DQCY 2FBDA 1YROA 3P66A 5F16A 1H87A 1F6SA 2Z2FA 1GF4A 1LJIA 2XBRA 1XGTC 4NGVA 3B6LA 4NG8A 1QTKA 4GLAA 1A4VA 1LTMA 3TMVA 1I20A 2IFFY 4H9BA 1JHLA 3QE8A 3FI7A 1G7HC 1IY3A 4NEBA 1GEVA 1GBZA 4TWSA 4BS7A 3TXEA 3LHMA 1CKFA 3WU9A 4OWAA 4YM8A 1TAYA 1WQPA 1NKHA 1IOQA 1LOZA 4HJZA 1B2KA 1CKHA 1JIYA 1YAQA 2A7FA 1OP9B 2ZQ3A 3AW6A 4G4HA 1FN5A 2H5ZA 4G9SA 1DPXA 1LZ1A 5LAGA 4CGEA 5KXSA 5F81A 1GEZA 1LMAA 5DN4A 1WVVA 1NDMC 1VEDA 1FDLY 1RJCB 3EO5A 4IJ4A 208LA 4CJ2A 3AJNA 3IJVA 4HPEA 1HFZA 1HC0A 4WOAA 4NG1A 1GB7A 4XJBA 1LSBA 5FHWA 1CJ8A 3A90A 3WVXA 4YF2A 1NHEA 2LZTA 3A91A 4GCEA 2FBBA 2D4JA 1KXWA 1LZEA 1UUZC 1B5UA 1XSFA 5KXKA 1JTTL 4ZEEA 4L41A 207LA 3W6CA 4I8SA 1QSAA 1DKKA 1IC7Y 1YIKA 1SQ2L 3P68A 1GF9A 5KXZA 4M6DA 1WQNA 3W6FA 3IWRA 1I56A 1D0KA 2DQIY 1WQMA 3F6ZA 4GCCA 4IASA 3WH1A 1VDSA 2ZIKA 2DQGY 2D4KA 3WU8A 4LFXA 1O23A 1BB3A 1JKAA 1B7LA 2AUBA 2MECA 4YEMA 5HNCA 4XYYA 5F9UA 2MEEA 1DZBX 4DD9A 1E8LA 5ILCA 1IWXA 2BQHA 2C8OA 1B5ZA 1LHHA 3TMXA 1IR9A 1GXXA 5F14A 5FEKA 2LYMA 1GB3A 2MEFA 4II8A 4Z41A 2BQOA 1B7RA 1UICA 4WM3A 4ETCA 1DXJA 2IHLA 1G7IC 1GFGA 1WQQA 2DQAA 3A93A 2LHMA 3CSQA 1GFHA 1VAUA 1XGRC 3AZ4A 3M18B 4NGZA 4OWBA 1LSDA 1C10A 1OUCA 1VFBC 2BQIA 1UC0A 4GN4A 1LKRA 4ETAA 4HTKA 4WMGA 1DI3A 1JTOL 5HMJA 1B7OA 1UIAA 3RU5A 5APEA 1YL0X 4G49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LZMA 2J7NA 1PJIA 4ZFPA 4N5RA 5KXLA 1LI2A 2UUBM 2EUCA 3U6OA 1L98A 2B72A 1QANA 3KSXA 4HV2A 1L71A 4NXNM 4NHTA 1GLNA 3OE9A 1T6OA 2HU1A 2LYOA 2ZANA 3LZMA 8CATA 3VFDA 1P46A 2EA0A 1DYFA 2DWMA 1L53A 5LXWA 175LA 3B74A 1B0DA 1D2WA 3KOZE 4GCDA 3LZ2A 3TWLA 1GBXA 4DC4A 1L41A 1XJUA 2LHCA 4NGIA 4PJZA 3T36A 1E94E 3DFZA 4DD1A 4DQ5A 4DD7A 1OJLA 213LA 1TEWA 2ZAOA 4H9AA 5KPRA 1T97A 3P4ZA 2K0BX 3FADA 2Z18A 1C67A 164LA 5BR8M 1XB2B 4L4UA 1IXSA 4LZJA 1NY6A 2F5QA 5EP4A 3SBAA 1BGIA 2LVQD 3HBEX 1VDQA 1N36M 3GRUA 3BKHA 3K8ZA 1L75A 1DYCA 1T8AA 2Z4RA 1NHGC 2JZ1A 4Z98A 3EMSA 4WLYA 1L50A 1YQVY 3TXBA 2XEPA 1HQYE 4B7GA 2QPAA 1SXJE 2Y0TA 215LA 3VWOA 2CGIA 4JI0M 1LJFA 1LSYA 3BBZA 3TXFA 4LJ4A 3VW7A 1OUIA 2XLJA 1L34A 3AOGA 3GLGA 1HEQA 2ZTCA 4IBBA 1C6HA 1XGPC 1UIFA 2F4VM 261LA 4M9ZA 2V6ZM 4ET9A 1IP5A 155LA 1N4FA 2QARC 5B07A 3PDSA 2WZJA 1YSYA 1CJ7A 1ZMUA 4NGJA 1JJ3A 1G59A 3HJ8A 2LBCA 1RFPA 3MMPA 3W3EA 3NY9A 4LT2A 256LA 3IECA 4DR7M 1GE3A 3F9LA 2KHHA 3U6LA 4YY3M 1JJ0A 1WR1B 4H91A 4DR5M 3U6MA 1JITA 4DR6M 4OU7A 163LA 3FKEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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