1QDTA

2.1 a resolution structure of escherichia coli lytic transglycoyslase slt35 in complex with calcium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of calcium in the EF-hand of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 is important for stability.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qdtA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qdtA02
1HEMA 2HEAA 2WARA 1UBZA 4Z3MA 1EQ4A 1B7NA 4X3BA 4B1AA 4DDAA 1H87A 4E3UA 2HEFA 3W6DA 1HEPA 1ZVYB 4FJRA 3TXFA 4DD9A 1OUBA 1LZRA 1HFZA 1XEIA 4IATA 1PS5A 1DPWA 4PGJB 3A96A 1GB2A 4OOOA 1GF4A 1RE2A 3TXDA 5A3ZA 1JIYA 1VFBC 1W08A 1LZ8A 4C5FA 2LYZA 2LZ2A 1YKYX 3IJVA 3TXGA 1F10A 4DD1A 4ETEA 4WM4A 5I4XA 4H8XA 1IY4A 4IJ4A 3M3UA 1QDRA 1RCMA 1UICA 1UIBA 1LZCA 2BLXA 3FE0A 1JSEA 1F6RA 4MR1A 5M1YA 4H93A 5L9JA 1IR9A 1YKZX 1OUCA 1B5XA 1IR8A 1J1PY 1UACY 5HNCA 1IOSA 2BQFA 1IIZA 3A3RX 3FI7A 4G4HA 2EPEA 3A6CY 4J1BA 5LVJA 3W6CA 3WU8A 1GF0A 1IVMA 1HEOA 2CDSA 1HEWA 2Z39A 2IHLA 3W6FA 3WVYA 5HLLA 3TMVA 1GBXA 2C8OA 4L41A 4H8YA 1A2YC 1YILA 2BPUA 4D9ZA 2I25L 1UIFA 5J7CA 1JISA 1GFTA 2MECA 1LHLA 1QQYA 2FYDA 2XTHA 4N0JA 1GBWA 2BQLA 3IWRA 4NSIA 4LT1A 5B59A 1B5VA 3LZTA 1GBOA 1IX0A 4CFPA 4WOAA 1JTTL 1FBIX 1GB3A 1WTNA 2XJWA 4WM3A 5APCA 1LSAA 2MEHA 1JSFA 1YAPA 4WO9A 1IP4A 4B4JA 2BQEA 1GFGA 3WL2A 1GD6A 4ETDA 1B7SA 1WQQA 5LVGA 1GB6A 1REZA 2H5ZA 1FKQA 5EBHA 1JTOL 2DQCY 1LMNA 4P2EA 1JJ0A 4RLNA 3TXEA 1GEVA 5KXZA 1T3PA 4II8A 1F6SA 1F0WA 3ZVQB 1B0DA 4TSBA 3ATOA 3TXIA 1OUGA 3J4GA 1GFKA 2F2NA 3CT5A 3K3TA 4H94A 1J1XY 1G7MC 1IWZA 3G3AB 5T3FA 5LVIA 1JPOA 1HMLA 4NSHA 1LMAA 2HU1A 3P65A 4TTDA 3B0KA 4HPEA 4CGEA 4BADA 4GCCA 3LZ2A 5DN5A 194LA 3WXUA 1BB5A 4LYMA 1IWWA 1YAOA 3P64A 4CJ2A 4YEMA 1LZ1A 2AUBA 1NBYC 1GFAA 1WVUA 1HFYA 2RSCA 5APEA 1GE2A 1HSWA 3B0IA 3LYTA 2CGIA 4LYBA 4XJBA 1UIGA 5LXWA 1UIHA 1OUDA 2BQNA 1GBYA 1KXWA 2DKVA 3A8ZA 1YKXX 1LJ4A 3G3BB 3AZ5A 1HSXA 1XEJA 1GDWA 3N9AA 1MLCE 3B72A 3QNGA 3IJUA 5K7OA 3A95A 2D4IA 4W94A 2ZIKA 1LZYA 1JJ1A 2YBHA 4HV2A 4J7VA 3W6AA 4DYGA 1LZGA 1IP2A 1OUIA 2H9KA 4H9EA 4DC4A 5C6LA 5KXTA 4ET9A 1OUFA 1LZ5A 1LYSA 1BWIA 1O23A 1G7JC 4XJIA 135LA 1ZVHL 1LJGA 1LSDA 2DQDY 1REXA 4HTKA 1LYYA 4WG7A 5HNLA 1RFPA 3A92A 5FEKA 5KY1A 1IO5A 1LHHA 1NQIA 3HBHA 1LMCA 3EXDA 4KT3A 4WMGA 1WQMA 4YM8A 5KXXA 1IWYA 4DT3A 1GAYA 4HTNA 4LT0A 5D5FA 1CKGA 2I6ZA 4LYZA 5KXLA 4J1AA 1D0KA 4AGAA 2BQAA 1GFVA 5DN4A 5I4WA 2Y8PA 2HEBA 4WM5A 4WM6A 3ZVQA 4DD7A 1A4VA 4XJFA 3EO5A 4H91A 5B06A 3F6ZA 5KXMA 1B7LA 4HTQA 1G7LC 1QTKA 4LYTA 2ZILA 2BLYA 4LFPA 4I8SA 1CJ7A 4LZTA 2MEAA 4QEQA 2W1XA 1GDXA 1UIAA 1YIKA 1GEZA 2H9JA 4R6CA 1NBZC 3WYHA 7LYZA 5KXSA 5L3HA 5B1FA 1RI8B 1LSNA 1JEFA 1LSYA 3BKVA 1LZEA 1FLWA 4XJHA 5LYMA 1GF6A 3LYOA 1D0MA 3N9EA 1GB8A 5IDDA 1XFPL 2DQEY 1GB5A 3AW7A 4H9AA 5LA5A 3WU7A 3AGIA 1LZDA 8LYZA 4XJDA 1XGQC 4LYCA 3VWOA 1LSBA 5KXOA 1CKCA 3OK0A 1J1OY 1CJ6A 1BGIA 1FN5A 1KXXA 1XGPC 208LA 1LSCA 2ZWBA 3WU9A 1YL1X 3CSRA 4G49A 3CSQA 1OUAA 5I4YA 4PRQA 1B5YA 1WTMA 1AM7A 1LYOA 4NGOA 5F9XA 1UIEA 1NWGA 3TXBA 1LHMA 2XBRA 5ILCA 5KXPA 1LSFA 1DXJA 4OW1A 1IP7A 1B7PA 4NHSA 1EL1A 4HJZA 4WLDA 2YDGA 1GE3A 1BHZA 1JWRA 1DQJC 3RNXA 3P4ZA 1GPQC 1SLYA 2DQFC 3A34A 3CT0A 3AGHA 2HECA 5LA8A 3WVXA 1MELL 2XBSA 1KIPC 1UC0A 2MEIA 4WM2A 1BQLY 3N9CA 1DI5A 5E4PA 1C7PA 1IP5A 1WQRA 3WULA 5C6JA 5KJ9A 3LN2A 2BQKA 2DQIY 5IHGA 1C46A 4NGKA 193LA 1N4FA 1LJEA 5B05A 4ANRA 1B7MA 1EQEA 3ULRA 2MEFA 3LHMA 1LSPA 4XENA 5KXWA 153LA 2NWDX 2ZQ4A 1BWJA 2ZNWY 4H9BA 1C10A 1LZBA 5KXYA 6LYZA 5D5CA 2BQBA 4KXIA 3CB7A 1LJJA 3WW5A 4NGLA 1LSGA 134LA 4ETAA 4NWEA 1QUTA 5KKIA 1G7IC 4TX7A 1LZSA 1NHEA 1YAQA 3W6EA 2ZQ3A 1LMOA 2FBBA 4YF2A 1UUZC 5AMYA 1DZBX 2BQIA 1LZ9A 2MEDA 4PJ2C 3WUMA 1ALCA 4NG8A 1GF9A 1OP9B 3A93A 4YEOA 1NF5A 4G4BA 1DPXA 4GN4A 2BQJA 5C6IA 2DQJY 1HF4A 2MEEA 3GXRA 5F14A 1HHLA 4O34A 5LVKA 1G7HC 4ETCA 6LYTA 4RDSA 1SQ2L 1OUJA 2F4GA 1GBZA 4GCDA 4NHTA 2BQCA 4C3WA 4Z46A 1TBYA 1JKBA 1GBSA 1QIOA 4J0LA 2ZIJA 2DQHY 2Z38A 2YSSC 5FHWA 1GFEA 4HSFA 1TEWA 5F16A 2YVBA 5HMVA 4AXTA 1Z55A 3AZ6A 1VDSA 4XADA 2EKSC 4NGVA 5KXRA 1RJCB 3AZ7A 3J6KA 2YBLA 4G4CA 1HERA 1LHJA 1YL0X 2IFFY 3HBDA 1T6VL 1IOCA 4NHIA 2BAAA 1B5UA 4TUNA 3QE8A 4OOTA 4OWCA 2ZNXY 5LVHA 4CHXA 1GF3A 3ATNA 1DKJA 4KL7A 1IWXA 1D6QA 1HNLA 1INUA 1LMTA 1XGRC 3RW8A 1NDGC 1GWDA 4NSJA 1WQOA 1BB7A 4N8ZA 1LHKA 2BQMA 2DBTA 3CT1A 3LYMA 4HPIA 2HTXA 3BKHA 2X0AA 4QGZA 1VDTA 5DM9A 1KXYA 4XJGA 3TXKA 1JKDA 1GF7A 1LJIA 4PHIA 1UCOA 2F4AA 1B7QA 4NHPA 1GB9A 1IEEA 1FLQA 3HFMY 4NEBA 2W1LA 4B49A 1V7TA 1IOQA 1D0LA 3M18B 3ZEKA 4ZFPA 2LYOA 1IWTA 4B0DA 2BQHA 3TXJA 1JHLA 1LJ3A 1UIDA 2Q0MX 1LMPA 2N5ZA 3W3EA 1XEKA 2W1YA 1LKRA 2DQAA 1QUSA 1AT5A 1REYA 3AGGG 3HBEX 5DLAA 5L3IA 1LTMA 1GHLA 1P2CC 2Z2EA 2CWIA 3AW6A 1GXV2 4NGIA 5HQ1A 1LSZA 3WMKA 1GE0A 1W6ZA 1LZ4A 4H9HA 2G4NA 4NIJA 1LAAA 4HP0A 4MSTA 154LA 1E8LA 1BWHA 4M6DA 3AJNA 2GV0A 2BQDA 2HEDA 1WVVA 1QDTA 4N5RA 4HV1A 1H6MA 4RLMA 3W6BA 5APFA 5FCPA 2B5ZA 4A7DA 3MGWA 1YAMA 1GE1A 2MEBA 5KXKA 1LZTA 4GN3A 1VATA 4NWHA 1LKSA 1HMKA 4H1PA 3CSZA 4TSCA 1GE4A 4NSGA 1B7RA 2G4PA 1LHIA 1XSFA 1VDQA 5FDJA 4IASA 2FBDA 1VEDA 4Z98A 5LIOA 1IOTA 1LSEA 4H92A 4I0CA 4BS7A 4TWSA 1AT6A 4NGJA 4DWXA 4H9IA 1HENA 3WUNA 4WLXA 1B5WA 3EBAB 5F9UA 3TMXA 4N9RA 4BAPA 1D6PA 3KAMA 4LT3A 2ZYCA 1GB7A 1B5ZA 1BVKC 1GF5A 1GFJA 1I1ZA 3RU5A 4NGWA 2F30A 4QY9A 4NGYA 4RW2A 1JKAA 1YROA 2W1MA 1YANA 5A3EA 1HC0A 4WL6A 4EOFA 1GB0A 5I54A 1FLUA 1NKHA 5HMJA 1OUEA 1KIQC 1LZ6A 1VDPA 2G4QA 2LZTA 5IELA 1ZMYL 3A6BY 5I5QA 4N1EI 5I53A 5II3A 3WXTA 1NMMA 1IP6A 1DI3A 1GAZA 1WQNA 3D3DA 4ZEEA 1UA6Y 1OQMA 3A94A 1JTPL 4H9FA 4NHQA 5FELA 2YBNA 1IP3A 4N1CC 4YENA 2C8PA 3AB6A 5KKJA 3P68A 1LMQA 2D4JA 2Z18A 1BB3A 1GFRA 2D4KA 3TXHA 2EQLA 2HEEA 4GCBA 4NY5A 3WH1A 3E3DA 1ZV5L 4H8ZA 1DI4A 3CQLA 3AYQA 4OWBA 1CKHA 1GFHA 1IC4Y 1BB6A 1DKKA 1JITA 1HEQA 4WM1A 4HJVA 1LJFA 3LYZA 4NFVA 4HJYA 5B1GA 4Z41A 4H9CA 2ZYPA 5B07A 1CJ9A 1LZAA 132LA 1XGTC 1C45A 2BQOA 4G9SA 4WLYA 3TMWA 1C08C 1FKVA 1GXXA 4W96A 5LYTA 1B7OA 1NDMC 4GN5C 4LGKA 4DD3A 1CJ8A 5E9RA 1OUHA 2I26L 4WG1A 1IWUA 4LYOA 4UWNA 4ETBA 1FDLY 2LHMA 3AZ4A 4GCFA 1HFXA 1C43A 2EIZC 2HU3A 4FDYA 4LFXA 1CKDA 4PPOA 3QY4A 4YOPA 1IC5Y 4OWEA 3SP3A 4EMNA 3WPKA 4QDNA 3RZ4A 4ZIXA 1IR7A 1EQ5A 2A7FA 2DQGY 4PRUA 1JKCA 207LA 2LYMA 4NG1A 4DDCA 1BB4A 1CKFA 2YBJA 4GLVA 5APDA 3WW6A 4DD2A 3D9AC 3OJPA 4M4OA 1XGUC 1REMA 1QTEA 4BAFA 2Z37A 1LYZA 1QSWA 1JJ3A 2CJLA 1LJHA 5DL9A 1TDYA 1IWVA 1B9OA 4U3XB 2Z19A 4WLTA 9LYZA 4H90A 4NGZA 2PC2A 4WL7A 4B4EA 1AKIA 1D9UA 2BQGA 1HELA 1GF8A 2VB1A 3WPJA 1I56A 1JUGA 1KIRC 4RW1A 3T6UA 1V7SA 3EMSA 4DD0A 3A91A 1I20A 5KXNA 2A7DA 2FYCA 133LA 3TMUA 4XYYA 4DDBA 2YBMA 3A67Y 3P66A 1IY3A 3GXKA 1GFUA 4GCEA 4OWAA 5ILFA 4XN6A 1LSMA 4OWHA 2HUBA 5FSTA 1LZNA 5JENB 1FLYA 2Z2FA 1TAYA 4LT2A 3WUAA 1TCYA 1LPIA 3B0OA 1BVXA 1IP1A 1LJKA 1QSAA 1YQVY 1LCNA 4MCKA 5LAFA 1PZYA 3RT5X 1AZFA 1CNSA 4KPMA 1LJNA 2Z12A 4R0FA 1IORA 4WO6A 1B2KA 4UWUA 1IC7Y 2D6BA 5LYZA 5LAGA 4ET8A 1WQPA 2YBIA 4B4IA 4CFOA 3T36A 1LOZA 2D91A 3A3QA 4ML7A 3WPLA 2MEGA 5LINA 3B6LA 4UWVA 1VAUA 3A90A 4GLAA 5F81A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G1VA 2WARA 1UBZA 3HJSA 1EQ4A 3JAMS 3GLHB 2HEFA 3I4YA 1KY1A 1HFZA 1XEIA 3ZC7B 4RF1A 1B6IA 1DPWA 3B7NA 1L12A 4PGJB 1GF4A 3TXDA 4JYAM 1QTHA 1JIYA 5ITXA 1JQJC 3GUPA 3SAUA 1OAIA 102LA 1L54A 2LYZA 1OV5A 2LZ2A 3IJVA 1NJGA 4DD1A 2HWJA 3GLGA 1QDRA 1UIBA 1L24A 4L15A 1F6RA 3HU9A 4CJ6A 1QT8A 4MR1A 5M1YA 3L2AA 4LFAM 1SG9A 5DNYA 2OU0X 2VQEM 1J1PY 1L08A 4ARQB 1L39A 3A6CY 3WU8A 1IVMA 123LA 1HEOA 2CDSA 3WVYA 5ITXE 1A2YC 3U6MA 2XZUA 2BPUA 147LA 5J7CA 2MECA 4FWDA 2IGCA 1GBWA 2BQLA 3GLGE 3IWRA 4LJ4A 2CV0A 2DZNB 2K47A 3LZTA 4WOAA 4IJFA 3E4RA 3CDOA 217LA 4JI0M 5APCA 1N77A 3F8VA 2VIIA 4B4JA 2BQEA 1E32A 5EP2A 4QNMA 3WL2A 1GD6A 1WQQA 170LA 139LA 233LA 3TXEA 3ZQJA 259LA 1GEVA 4K0KM 4DJHA 5KXZA 1C6GA 2O5RA 1XJUA 2ZAMA 3C8RA 3ZVQB 4TSBA 2B73A 1L38A 1L86A 4H94A 1T97A 1ZYTA 2BJWA 2LXEA 2LHCA 2JY6B 1C62A 3FE3A 1JR3D 2HU1A 3P65A 3B0KA 1C69A 4GHAA 4LYMA 3G3WA 1IQPA 5EP1A 4PT5A 1WVUA 2RB1X 3ILKA 2RSCA 4LYBA 3T6PA 180LA 3KOXE 1IFYA 3B7QA 1HJPA 1LJ4A 1YKXX 2QARC 1HSXA 1GDWA 2OOAA 1MLCE 3QNGA 3AL0C 3V2WA 4W94A 4HV2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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