1QUS | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	322
structure length	312
Chain Sequence	MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 reveals a lysozyme-like catalytic domain with an EF-hand. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
molecule keywords	LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
total genus	110
structure length	312
sequence length	322
ec nomenclature	ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date	1999-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13406	SLT_2	Transglycosylase SLT domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.350	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Bacterial muramidase	1qusA01
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1qusA02

2H5ZA 1E8LA 1KXYA 3KAMA 1CJ6A 1IO5A 1GBYA 1C7PA 3AB6A 2W1LA 5LA8A 1FKQA 1NDMC 1B7NA 2ZIJA 5II3A 1IORA 5HMVA 5B59A 5JENB 5KKJA 1GB6A 5D5CA 3WVXA 1NF5A 3RU5A 4HV1A 3B72A 1B7PA 2YBLA 3P65A 1KXXA 5LIOA 4BADA 1XEIA 4WLYA 4WLTA 5EBHA 5L9JA 3G3AB 4NGLA 3EBAB 2MECA 1BB4A 1I20A 1OP9B 1GFTA 2I26L 3AW6A 194LA 1YAMA 1LZ6A 4GN3A 1XFPL 1REMA 4U3XB 4YEOA 3VWOA 5C6LA 4B1AA 2D4KA 4MSTA 1LHKA 3LYOA 4QY9A 4EMNA 1D6PA 1W6ZA 1WVUA 2B5ZA 1DZBX 1NMMA 1D0MA 4G49A 4WG1A 5KXWA 1C10A 4HTQA 6LYTA 3TXGA 5B07A 3OJPA 5AMYA 1EQEA 1KIQC 1CKHA 4N9RA 4ZFPA 1LZYA 2BQNA 4TWSA 5FHWA 4H93A 1XGTC 1BVKC 1LJ4A 2G4QA 1LSZA 1UIFA 1J1PY 5APCA 3B0IA 2C8PA 3QE8A 1IWWA 4H9IA 193LA 4H8ZA 2HTXA 3TXFA 1BB6A 1IWXA 1GF6A 1LAAA 2YBHA 4NGZA 1WTMA 1ZVYB 5FEKA 1WQQA 1LZ4A 3LHMA 3AGHA 1VFBC 4PGJB 4B0DA 1DQJC 4PHIA 4WL7A 1IWVA 3AZ7A 1UIGA 2FYDA 4ETEA 1IP6A 1FLQA 1GPQC 1FLWA 2W1XA 1DPWA 1WTNA 4NGVA 4WO9A 1GXV2 1LZ5A 1QUSA 2BQGA 1F6SA 1HEOA 4KPMA 1GAZA 1JSEA 2Z18A 3AZ6A 4GCEA 5LVGA 4B49A 1BWIA 1IOCA 4OOOA 3N9CA 2A7DA 4WM3A 3F6ZA 2MEDA 1UICA 1JWRA 5KXYA 1BGIA 1OUHA 2Y8PA 1YKYX 5LVIA 4NSGA 5I4XA 2G4PA 3LN2A 1VAUA 2DQIY 4LFXA 1LZBA 1IC4Y 1HC0A 4UWVA 4DDAA 1A2YC 3B0OA 4WM5A 1D0LA 1YAPA 1GF5A 1LMPA 2ZILA 2ZYCA 1VDPA 1G7MC 1B7LA 1UBZA 1VDTA 2EKSC 3TXDA 1GWDA 4Z41A 5IELA 5F16A 6LYZA 1XSFA 1YKXX 5DL9A 4HPEA 5LYZA 2LYOA 4B4EA 3AYQA 4TX7A 2ZQ3A 4P2EA 4J1AA 1IP4A 1JTPL 1ZV5L 1B5VA 1DXJA 1HSWA 1CJ8A 3AZ4A 3HBDA 2DQEY 2ZNWY 1LYYA 3AGIA 2F4AA 1F0WA 4N0JA 4B4IA 5KXTA 1VEDA 5LVKA 3RZ4A 3W3EA 4YENA 1LHJA 1J1XY 4LFPA 1OQMA 4ETBA 2F2NA 2IFFY 3M18B 1IOTA 2YSSC 1IIZA 1IP7A 1G7JC 2BQIA 4O34A 5DM9A 3TMVA 5KXOA 1BVXA 4KT3A 2BQDA 1LKSA 4TSCA 1INUA 4OOTA 5I4YA 3A90A 1XGPC 4QDNA 4ML7A 4ETAA 5KXLA 1GBXA 2HEFA 4H8XA 4DWXA 1BHZA 2BQCA 1G7IC 1IR9A 1VDQA 3TXHA 3QY4A 1GE2A 134LA 1IX0A 3K3TA 4WLDA 4XADA 5HMJA 1C45A 4C3WA 5IHGA 5KY1A 3TXJA 5LVJA 4YF2A 4LT3A 4HJYA 1GFGA 5FSTA 1UIHA 4C5FA 4LYOA 1DKKA 1JTOL 4KXIA 5I5QA 1NBZC 5D5FA 5LA5A 1T6VL 1CKGA 1QDRA 2YVBA 5HLLA 4NEBA 1B5YA 1NHEA 3CSRA 1RCMA 1I56A 5ILFA 1LYZA 7LYZA 3ATNA 3CT1A 4RLMA 1BB3A 3ULRA 3G3BB 1HEPA 2H9KA 1LZEA 2AUBA 4GCCA 3WMKA 2YBNA 5C6JA 4DD1A 3WW5A 4TTDA 2DQGY 1JTTL 1YL1X 5B06A 2IHLA 1TCYA 4CFOA 4HTNA 5LYTA 2I6ZA 2Z2FA 3TMXA 1AKIA 1DI3A 5KXRA 4WM6A 3W6DA 5KXSA 1LZ9A 4RW2A 4XJGA 5M1YA 1G7LC 4NHSA 1HMKA 1YROA 1LHHA 1QQYA 4H9FA 4GN5C 4MCKA 3EO5A 4H9AA 1C43A 3TMWA 1GFJA 5KJ9A 4NY5A 2I25L 4ET8A 4XENA 4J1BA 3J4GA 1JITA 5KKIA 1WQNA 3LYMA 2W1MA 1ALCA 1UA6Y 208LA 4XJDA 4W96A 3RW8A 1GE1A 1C08C 1RE2A 3HBEX 4H9CA 4NIJA 1LMQA 1B7SA 1GF7A 1OUCA 1TAYA 2BQEA 1LSYA 3A34A 3D3DA 3WPLA 1D9UA 2D91A 4NHIA 5I4WA 1JHLA 4NGYA 2YBJA 2BQJA 1BWHA 1N4FA 1HF4A 1EL1A 3ZVQA 1OUIA 1EQ5A 3TXBA 1NDGC 1GB7A 3IJUA 4NGKA 2F4GA 153LA 1YKZX 4IATA 3TXIA 4DDCA 2PC2A 1MELL 5LAGA 1IP1A 1GBOA 1CJ7A 4HSFA 4PRUA 2Z37A 5I54A 4H9EA 4DD0A 3CT0A 4A7DA 5FCPA 1C46A 4RLNA 1LSBA 1JKBA 2Q0MX 2LZTA 1MLCE 3A6CY 1JKAA 2EPEA 4YOPA 2MEBA 2ZNXY 1B5WA 4II8A 4OWEA 4B4JA 1GF0A 1YIKA 5KXKA 1REZA 1VATA 4HTKA 4ET9A 5B1GA 1GFEA 1JISA 5LAFA 4OW1A 135LA 1UIDA 5L3IA 1G7HC 1UIAA 1LSCA 1LJ3A 2YBIA 1QTKA 4NHPA 5DN4A 4LT2A 4G4HA 4NG1A 1WVVA 2VB1A 3GXRA 3TXEA 3TMUA 2HEAA 4PRQA 1RFPA 1YAQA 1A4VA 1LTMA 1GHLA 2BQLA 4LYBA 1LZSA 3CT5A 5HQ1A 4NGOA 3WVYA 5E4PA 3IWRA 1OUEA 1GXXA 2DQAA 1LPIA 2HECA 1IOQA 3FI7A 1JSFA 1OUFA 1V7SA 1B7MA 3T36A 1GD6A 4NSHA 3RNXA 132LA 3W6BA 1B7RA 4WOAA 3N9EA 2DKVA 2BQFA 3W6CA 5LINA 133LA 1HEMA 1AM7A 2MEAA 1B5UA 1HELA 1OUJA 1UUZC 3CB7A 5FDJA 1QUTA 3P68A 4H9BA 1B5XA 1REXA 4UWUA 3AJNA 3N9AA 1BB5A 4PJ2C 1B0DA 2LYZA 2MEGA 1AZFA 5KXNA 2YBMA 3M3UA 1IP5A 1F6RA 1LYSA 4LYTA 1LZTA 1JPOA 4YM8A 1LJFA 3ZEKA 1UACY 1YAOA 4R0FA 3D9AC 2HUBA 1GDXA 4ANRA 3A8ZA 1BWJA 1AT5A 1EQ4A 4H9HA 2MEIA 3WULA 1LZAA 2Z19A 4GCFA 1FLUA 1NWGA 4FJRA 4NGJA 5LYMA 1B9OA 1NKHA 1TBYA 1LKRA 1FN5A 1GBSA 4Z98A 5F14A 2NWDX 2BQAA 4RDSA 2FBDA 4NGWA 4AXTA 1IWUA 1KXWA 4DD7A 2DQJY 4H1PA 4OWCA 5DN5A 4H90A 4XJIA 4GLAA 4WMGA 1ZMYL 2HU1A 4MR1A 4TUNA 3IJVA 1LZNA 1GB5A 4NG8A 1QIOA 4CJ2A 5F9XA 1UIBA 4H92A 5K7OA 1GF3A 1IP2A 1LSNA 2FYCA 4WG7A 4WM1A 1GB0A 5B05A 3A67Y 1W08A 1JJ3A 4WM2A 4L41A 2DBTA 5DLAA 2BQOA 1UC0A 1GFKA 3CSQA 3WUNA 3WU9A 2Z12A 1REYA 4X3BA 4ZEEA 4HV2A 5I53A 3WL2A 1O23A 1OUBA 4NSIA 4XJBA 4GN4A 5J7CA 4NHQA 3WXTA 1GEZA 4GCBA 4TSBA 2DQFC 1LCNA 4EOFA 1F10A 3TXKA 5F9UA 1LMCA 4OWHA 1LHLA 1CNSA 1RI8B 1B2KA 4AGAA 1P2CC 1XGUC 1RJCB 2D4JA 2DQDY 4H91A 9LYZA 1DI5A 1LHMA 2MEFA 5A3ZA 4LGKA 4GCDA 1H87A 1LSEA 4G9SA 4OWBA 1QSAA 1HMLA 4WO6A 1HFYA 1OUDA 5IDDA 1IY3A 3A91A 3W6EA 3WXUA 3WH1A 1KIRC 2A7FA 2D6BA 2X0AA 2N5ZA 2CGIA 1KIPC 2BAAA 3QNGA 1DI4A 5HNLA 1HEWA 1LJNA 1HSXA 3EXDA 4NWHA 2FBBA 3A92A 4H8YA 1WQPA 3ZVQB 1I1ZA 2XJWA 1GEVA 1HFZA 1LZCA 3GXKA 4XYYA 1FKVA 2HEEA 3AW7A 1OUGA 1B7OA 1HENA 3SP3A 1B7QA 1GE0A 1OUAA 5C6IA 2WARA 1IR7A 5B1FA 2F30A 1GB8A 2LYMA 4OWAA 4IASA 4FDYA 1IWTA 2ZYPA 2D4IA 4WLXA 2ZWBA 2HEDA 1GF9A 2W1YA 4J7VA 2EIZC 2XBSA 1H6MA 5KXZA 4DD2A 1WQMA 1TDYA 3AZ5A 3LYTA 4CHXA 1QDTA 5A3EA 3ATOA 1LJGA 1LSDA 1GE4A 1XEKA 4BAPA 5L3HA 1LMAA 1IP3A 5HNCA 4N8ZA 8LYZA 1GDWA 4LYZA 1XEJA 3AGGG 5T3FA 1JJ0A 4NFVA 4N1EI 1IWZA 4DYGA 1HHLA 1LOZA 1HNLA 1YANA 1XGRC 1LSAA 1LJJA 2GV0A 3A96A 1GBWA 3A93A 4ETCA 4D9ZA 1HEQA 1GE3A 4DC4A 1NBYC 3W6AA 3A3RX 1LSPA 4XN6A 2MEHA 3FE0A 4M4OA 1LMNA 4LZTA 1LYOA 4BS7A 2EQLA 3A95A 5KXPA 3LZ2A 5APFA 3P66A 1PS5A 4N5RA 4LYMA 3WU7A 3A6BY 2HU3A 4GLVA 3WPJA 1YQVY 2CDSA 3HBHA 4HP0A 1HFXA 3MGWA 5KXMA 1JUGA 1LSFA 1T3PA 3A94A 3J6KA 3RT5X 1YL0X 1BQLY 2HEBA 3LZTA 3B6LA 5APEA 1IC5Y 1J1OY 1GF8A 4H94A 4ZIXA 1LZGA 3P64A 1TEWA 1GFUA 1CKCA 4YEMA 1D0KA 1UCOA 2YDGA 4I8SA 4WM4A 154LA 3EMSA 2RSCA 2BQHA 3LYZA 1GB9A 1GB2A 1LSMA 4LT0A 5E9RA 4DDBA 1LZDA 1WQOA 5ILCA 3WU8A 1DKJA 1CKFA 1JKCA 4PPOA 1GAYA 4WL6A 2XTHA 1IEEA 1GFHA 2ZQ4A 1LZRA 4N1CC 1GB3A 4Z46A 5APDA 4NHTA 1IWYA 1LMOA 4CFPA 1QSWA 1V7TA 1GBZA 4QEQA 4W94A 3CQLA 2BLXA 3P4ZA 3T6UA 1AT6A 1LJIA 1SLYA 3CSZA 4XJFA 4KL7A 1PZYA 1B5ZA 1GF4A 2MEEA 1GFRA 3WUMA 1FDLY 4G4BA 1CKDA 2DQCY 1Z55A 1IR8A 1VDSA 1BB7A 1IY4A 5KXXA 4LT1A 1LJEA 4M6DA 207LA 1LZ1A 1SQ2L 1GFAA 5LVHA 4ETDA 4NGIA 4HJZA 1IC7Y 4G4CA 4NWEA 3W6FA 4IJ4A 3BKHA 4BAFA 4I0CA 1XGQC 1IVMA 1DPXA 2H9JA 4RW1A 4QGZA 3WYHA 1HERA 1LHIA 4E3UA 2BPUA 1LJKA 3HFMY 2BQKA 2CJLA 1UIEA 1LMTA 1FBIX 2XBRA 2DQHY 3WW6A 4J0LA 1LJHA 4Z3MA 2G4NA 5LXWA 4R6CA 2BLYA 1JEFA 4DD3A 1CJ9A 1D6QA 4LYCA 2BQBA 3B0KA 2C8OA 1JIYA 1QTEA 2Z39A 1ZVHL 3OK0A 3WPKA 4HJVA 4CGEA 1JJ1A 3E3DA 1WQRA 2BQMA 1GFVA 2CWIA 1IOSA 2LHMA 2LZ2A 1YILA 2ZIKA 2Z2EA 4NSJA 1LSGA 3BKVA 4XJHA 1FLYA 1NQIA 5FELA 1LZ8A 2Z38A 5F81A 3WUAA 3A3QA 4DD9A 4DT3A 1JKDA 4HPIA 4UWNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2ZTCA 1KXYA 3KAMA 5LA8A 209LA 1IORA 5KKJA 1GB6A 2MH8A 3WVXA 1QT3A 4HV1A 5C18A 1L21A 1HNWM 1L60A 1IXRC 5L9JA 4WP2A 2C96A 2XFTA 4Q7JA 1CV4A 4DV7M 4DR7M 2B6ZA 3CDTA 3GUIA 2I26L 171LA 1VDLA 4U3XB 2KW0A 1LPYA 1F4IA 3IG5A 4KLNA 1LHKA 1W6ZA 3AOGA 2ANVA 1DZBX 2JA2A 2J5YA 5KXWA 1C10A 3HT9A 4IBJA 6LYTA 175LA 3TXGA 3CTWB 3J2PB 2CWBA 3QAUA 3MHVC 4TWSA 5FHWA 3D8BA 2CRUA 1UIFA 5KPRA 1NSFA 3A42A 1PQIA 3C81A 3SHFA 4RF1A 3W0FA 1GF6A 1ZVYB 4BLCA 3ZCBB 3AZ7A 1UIGA 4OO9A 3SBBC 4EPFA 1FLQA 1DPWA 122LA 3WHKA 2CV0A 2B6XA 1HEOA 4GCEA 4WURA 1EE8A 2OOBA 1K82A 3N9CA 2RB2X 1IY1A 2K9DA 1UICA 4KHPM 2DQIY 2DHRA 1KNIA 4LCBA 2KNVA 1A2YC 3B0OA 2OU0X 1LMPA 1PQDA 1Z5AA 1L90A 2Z4SA 1VG5A 5LYZA 3ILKA 4G3OA 4TX7A 2ANXA 2ZQ3A 1L58A 1IP4A 4J1AA 3SB7A 1DXJA 2LHCA 1ZAEA 1G06A 3AGIA 3VDUA 2F4AA 4N0JA 5KXTA 3GLGB 3RZ4A 4YENA 4LF5M 1J1XY 1QSBA 2F2NA 4NC6A 4B7GA 3C82A 228LA 3M18B 4O34A 1IP7A 2GQFA 3TMVA 3U61A 1BVXA 1DYEA 3C3EA 4L16A 4OOTA 4QDNA 4ML7A 4H8XA 1R2ZA 1G7IC 3PXGA 115LA 4TUWA 1VDQA 1GE2A 3F9LA 1CV0A 4IBFA 2RAYX 3U5ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QUSA

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