The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
204
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structure length |
204
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Chain Sequence |
TDKDKLSYSIGADLGKNFKNQGIDVNPEAMAKGMQDAMSGAQLALTEQQMKDVLNKFQKDLMAKRTAEFNKKADENKVKGEAFLTENKNKPGVVVLPSGLQYKVINSGNGVKPGKSDTVTVEYTGRLIDGTVFDSTEKTGKPATFQVSQVIPGWTEALQLMPAGSTWEIYVPSGLAYGPRSVGGPIGPNETLIFKIHLISVKKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Mip, a prolylisomerase from Legionella pneumophila
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Legionella pneumophila
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| molecule keywords |
PROTEIN (MACROPHAGE INFECTIVITY POTENTIATOR PROTEIN)
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| total genus |
64
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| structure length |
204
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| sequence length |
204
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| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2000-07-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00254 | FKBP_C | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
| A | PF01346 | FKBP_N | Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MPH A; 5DIU A; 4ODN A; 2KFW A; 4DRK A; 4J4O A; 4LAY A; 4ODK A; 4DRP A; 4MSP A; 1JVW A; 3EY6 A; 4J4N A; 2DG3 A; 4ODP A; 3O5I A; 4TW7 A; 3I6C A; 4FAP A; 2VCD A; 3O5E A; 1FKK A; 3O5G A; 4G50 A; 1J4R A; 3O5P A; 2MF9 A; 2MLY A; 4MGV A; 2M2A A; 3MDY B; 1W26 A; 3KCE A; 1D7I A; 1L1P A; 3JYM A; 4G2P A; 2PPN A; 1FJD A; 2LGO A; 2XP4 A; 4NNR A; 3OOB A; 4ODO A; 5DIV A; 2MLZ A; 1N1A A; 4LAV A; 2N87 A; 4QT2 A; 1BL4 A; 1BKF A; 1J4H A; 1JNS A; 2FAP A; 2ZQS A; 4DT4 A; 1B6C A; 1FKS A; 4W9Q A; 2AWG A; 4LAW A; 3TDB A; 4ODL A; 2PV3 A; 2M1I A; 2RQS A; 4GIV A; 3NI6 A; 2D9F A; 1D7J A; 4TYO A; 5HW7 A; 1NMW A; 2KR7 A; 1FKF A; 3IHZ A; 3TCZ A; 3O5Q A; 4JFK A; 1ROT A; 4FN2 A; 1QPL A; 2KI3 A; 2LKN A; 3TC5 A; 5HW8 A; 4C02 B; 3H9R B; 3IK8 A; 4DH0 A; 4DZ2 A; 2F21 A; 1FD9 A; 3O5R A; 2XP7 A; 3O5J A; 4DRM A; 2KGJ A; 3WH0 A; 1D6O A; 3KAF A; 4JFI A; 3NTP A; 1QZ2 A; 3PRB A; 3UQI A; 1FAP A; 2UZ5 A; 2ZR5 A; 1TCO C; 2PV1 A; 5HT1 A; 4DZ3 A; 4ODQ A; 5B8I C; 4O2T A; 2RSE A; 3JYJ A; 3PA7 A; 1R9H A; 1Q6I A; 5HUA A; 1M5Y A; 3KAC A; 3B09 A; 2KE0 A; 2PPP A; 3CGM A; 2PPO A; 5D75 A; 1EYM A; 3JXV A; 4TX0 A; 5DIT A; 2VN1 A; 5HW6 A; 3GPK A; 1EQ3 A; 1Q6H A; 1Q6U A; 3IKG A; 1JNT A; 2ITK A; 1FKT A; 3PRD A; 1F40 A; 4TW6 A; 1YW5 A; 4W9O A; 2M08 A; 1FKD A; 3ODK A; 2XPA A; 3KAD A; 4N19 A; 4U84 A; 2RUD A; 4BF8 A; 2F2D A; 2IF4 A; 2L2S A; 1A7X A; 2JZV A; 2LJ4 A; 1FKR A; 1ROU A; 1F8A B; 2MNT A; 3O5D A; 3UI5 A; 2K8I A; 1D7H A; 1ZK6 A; 1YAT A; 2KO7 A; 1C9H A; 1FKG A; 1P5Q A; 3LUO A; 2PBC A; 2PV2 A; 2ZQU A; 1Q1C A; 2F4E A; 3O5L A; 4LAX A; 3O5O A; 3O5K A; 4U86 A; 4U85 A; 5HKG A; 3CGN A; 2XP9 A; 1FKB A; 1NSG A; 4W9P A; 2ZR6 A; 1KT0 A; 4JFJ A; 2MLX A; 4ITZ A; 5HTG A; 1J6Y A; 1ZCN A; 2RUR A; 2ZR4 A; 4JYS A; 4R0X A; 3KAI A; 4QIB A; 1KT1 A; 4DRI A; 4DRH A; 3UQB A; 4TW8 A; 3VAW A; 2FKE A; 2Q5A A; 2XPB A; 2ZQT A; 4DIP A; 3KZ7 A; 5GPG A; 1FKL A; 1FKI A; 2OFN A; 1U79 A; 2DG4 A; 4DRO A; 1FKJ A; 5HWC A; 5J6E A; 3IKD A; 2XP3 A; 4TNS A; 2DG9 A; 2LPV A; 2RUC A; 1HXV A; 5HWB A; 3KAH A; 3KAB A; 3NRK A; 2Y78 A; 4IQC A; 4DRQ A; 2RUQ A; 5BXJ A; 1FKH A; 2XP5 A; 1PIN A; 4IQ2 A; 4JFL A; 4QT3 A; 3RFW A; 5I98 A; 3O5M A; 3O5F A; 3UI4 A; 4DRN A; 4DRJ A; 2ZQV A; 1T11 A; 2XP8 A; 1Y0O A; 4GGQ A; 4IPX A; 4JFM A; 4ODR A; 2XP6 A; 4ODM A; 3RGC A; 3UI6 A; 1PBK A; 3UF8 A; 1J4I A; 3KAG A; 3UQA A; 3FAP A; 3B7X A; 1QPF A; 1NMV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DTO A; 1ZUQ A; 2IW5 A; 3A0R A; 3HPL C; 4K0K B; 1GKF A; 4TWK A; 3L9D A; 4TW7 A; 3O5I A; 1EHN A; 1FPO A; 2MF9 A; 1KKC A; 1QLN A; 3KCE A; 5EBW C; 5DEZ A; 3WKZ A; 3UO3 A; 3STL C; 4UVA A; 4DV3 O; 2A0L A; 3OGC C; 3B8S A; 4DV6 O; 2IBZ H; 4BWA A; 5CA0 B; 5KX5 A; 1FXK B; 4PEL A; 3AK1 A; 2FKX A; 1R6T A; 4JI3 B; 3CP1 A; 1SER A; 4K3A A; 2G8Z A; 1GO3 F; 3OE7 G; 4DK0 A; 2AWG A; 3G6M A; 4G28 B; 5L3D A; 4HNA A; 4IT6 A; 3S3W A; 1EBO A; 3BHP A; 3QO7 A; 4AIL C; 3VOU A; 1YCI A; 4JF3 A; 3B4S A; 5EZY A; 3KZI Z; 3CHF A; 1B06 A; 1G8M A; 3FYE B; 4GKK O; 5EC2 C; 3AK3 A; 3H9R B; 2EIM B; 3CCL V; 4Z2I A; 4ZPW R; 3OTF A; 2E5L O; 1W9P A; 2KGJ A; 3UT5 B; 2PV1 A; 4HBE A; 1PM9 A; 2DSZ A; 3JYJ A; 2CH7 A; 1HR0 O; 3PA7 A; 2X6A A; 3ZHS A; 3ZX6 A; 1HNX O; 1EN6 A; 3VQV A; 2DN9 A; 5J2U A; 2A3Q A; 2WLM A; 3JAL B; 4O4I A; 1FKT A; 1NKD A; 4BF8 A; 3CSX A; 2F2D A; 2JZV A; 4U7O A; 4PA9 A; 2LW1 A; 4UCU A; 5D5P A; 1XDC A; 1Q1C A; 4DRX A; 3O5O A; 4LFC O; 1XHG A; 3OUS A; 3BMB A; 4UCO A; 3OA5 A; 2RUR A; 1TA8 A; 2FKE A; 2ZQT A; 4B3S O; 2HLD G; 1WB7 A; 1H2G A; 5GON A; 5JH7 A; 3DSQ A; 1LUV A; 3IC9 A; 2OWO A; 4I55 A; 1YIT V; 1IBL B; 3IKD A; 5J6E A; 4NTX A; 1IVS A; 1THZ A; 3WU2 Z; 1GOI A; 1OCO C; 4FLV A; 1N32 B; 1X6L A; 1JJO A; 3RM4 A; 4YJ3 B; 4UCV A; 5JJN B; 4DXW A; 3CCQ V; 4ODM A; 3ALG A; 3CH9 A; 2ADP A; 1J4I A; 1EZJ A; 1S5H C; 4ABM A; 3ZRW A; 1QQC A; 3CD6 V; 4ODN A; 4GCZ A; 2DSU A; 4MNM A; 3ZCC A; 5JVD A; 1Q7Y W; 2A7W A; 1IX5 A; 2WA3 A; 4J80 A; 2MLY A; 5CBF A; 5GPR A; 3W4R A; 1PNM A; 4HZ3 A; 1L8D A; 3ZRV A; 3D3I A; 2XP4 A; 4UCR A; 1N1A A; 5IJ0 B; 2ITD C; 5C8Y B; 2WM0 A; 3E22 B; 2UXN A; 4KFM A; 5IY5 B; 2LGW A; 1ZLZ A; 5CB4 B; 1YHQ V; 1XRE A; 4EB6 A; 4KUM A; 3WQV A; 1AR1 B; 1OWQ A; 1OCZ B; 1VQ5 V; 2P7T C; 4FN2 A; 1H2S B; 2Y69 B; 1L1F A; 2F21 A; 5KHI A; 2PN0 A; 1M1K W; 4JTD B; 3OR7 C; 4R50 A; 2EIK B; 3CGM A; 3FFQ A; 2FTK A; 4Z2W A; 1GTO A; 2PY5 A; 1Z2G A; 4TX0 A; 4CS2 A; 3ZED A; 4W4K A; 1QNM A; 1HNZ O; 5FPO A; 2D2C B; 1ZBK A; 1Z5W A; 2LQT A; 1KKD A; 2KQX A; 5LHG A; 1BS3 A; 2KB1 A; 1SQP H; 2PZS A; 2ZXW B; 1YI2 V; 2ZQU A; 4HBN A; 3MDS A; 5HFL A; 3AS3 A; 4FVM A; 4DR5 O; 1VMG A; 4JFJ A; 5HTG A; 4JYC A; 4D7S A; 4CH5 A; 1NH2 B; 3RBZ A; 1HKM A; 3TGU H; 3MAQ A; 2NNU A; 4JYA O; 1E44 A; 1HJV A; 2ZDI C; 5KA5 A; 1FKI A; 2XAH A; 1WAZ A; 5LP6 A; 2DG9 A; 2LPV A; 4IL6 Z; 4WBN B; 1J5E B; 5IE9 A; 3QTC A; 3KAB A; 4JZG A; 5J9P C; 1KYO F; 1VF6 A; 3N2G B; 3K0G A; 4LR3 A; 1VQ6 V; 3ZMZ A; 4QE7 A; 1K33 A; 5BR8 B; 2H3O A; 5CA3 A; 1NWS A; 1SZX A; 3WD3 A; 4JI1 B; 3JAT A; 3B7X A; 4MPK A; 2A3C A; 1ZAU A; 4L8J A; 2XND G; 3FAV A; 4EFE A; 2CUG A; 3A0B Z; 1SET A; 2BSK B; 3OW2 U; 1BZK A; 4JI6 B; 2EZP A; 3L75 H; 1FXV A; 1XIL A; 4X9Q A; 3O65 A; 4ODO A; 2JEU A; 4X88 A; 4DUZ B; 5JQG B; 4WKH A; 2YIB D; 5DF0 A; 2AHY A; 4LAW A; 5LXT B; 4DV4 B; 3DC6 A; 4JZ2 A; 1QR9 A; 3E8F A; 3B9E A; 2XAG A; 2HEP A; 1OGB A; 3E8G A; 3ZN1 A; 3ABU A; 4JFK A; 3I56 V; 1SQV H; 3CZ8 A; 3CYO A; 3ART A; 1FD9 A; 3BFR A; 1QZ2 A; 3EXA A; 1TCO C; 5B8I C; 1XQ8 A; 1JX9 A; 1V55 B; 3UCS C; 2Y4T A; 1RSO A; 3AG2 C; 3CCM V; 3TJT A; 4J42 A; 4J7J A; 2PPO A; 2EZO A; 2ZR3 A; 3ALF A; 1JR9 A; 1SZT A; 5LOV B; 1HKJ A; 2PGG A; 1PV0 A; 1XL6 A; 3WG7 B; 1XNR B; 4L3N A; 4MNJ A; 1DGS A; 2YXH A; 1MSD A; 5EYP B; 3UI5 A; 1D7H A; 4X20 A; 3G4S V; 5DIU A; 1FKG A; 1AI6 A; 4LAX A; 5LHI A; 1NSG A; 4FLT A; 2ZR6 A; 2MLX A; 5KA6 A; 4JI7 B; 1S0V A; 3WIJ A; 1FYJ A; 4ZKI A; 3ARX A; 4LF5 B; 4PA7 A; 4EEQ A; 2E76 B; 5JCO A; 5LYJ A; 3A0H Z; 3ABK B; 5LA6 A; 1YF2 A; 3ZHU A; 3CX5 F; 1Y67 A; 4GKJ O; 4B3R B; 1N33 O; 4OX9 O; 1EQ3 A; 1RFY A; 4UUJ C; 4DRP A; 2CTP A; 4MSP A; 1M56 C; 4DR6 O; 2XTA A; 4JI0 O; 5B1B B; 5IYB O; 1FAF A; 4X1Y B; 3HKB A; 4DV0 B; 2VWK A; 4X62 B; 3NR7 A; 1SQF A; 5IJ9 B; 2R72 A; 4U3J B; 1V54 C; 1MAB G; 4UCT A; 4O4J A; 1W1V A; 1W59 A; 2ZQS A; 5LGN A; 3L70 H; 2ZR2 A; 3QF7 A; 2NR5 A; 4NZC A; 4ODL A; 2YXL A; 1T5E A; 4NTW A; 1MOF A; 4NXN O; 1CPY A; 1KFW A; 2CTR A; 1K34 A; 4BW5 A; 1QPL A; 2LKN A; 4JTA B; 3BPZ A; 1B04 A; 1K5Q A; 3ARZ A; 1VEW A; 1H0I A; 1D6O A; 3UQI A; 2OT5 A; 1Q86 W; 5HFM A; 1S76 D; 4ODQ A; 4FLX A; 3CRA A; 4X89 A; 3PN1 A; 3QVN A; 1MA1 A; 2DYS C; 2ZM6 B; 3B77 A; 4MTF A; 1B3Q A; 3ETE A; 3O9O A; 1NJI W; 3ZHQ A; 1E15 A; 4X1I A; 1D2D A; 2NN4 A; 4W9O A; 1YEW A; 2JGD B; 1WNS A; 4X66 B; 1IXB A; 2XAJ A; 4FFB A; 2WLL B; 4KQZ A; 1F8A B; 2DT1 A; 4O2B B; 4MTG A; 2RDC A; 3JD2 A; 4C7U A; 3UKM A; 4U86 A; 3ZS8 C; 4XBF A; 2WLI B; 1O9H A; 3ASO C; 2Q6A A; 1IBM B; 4TV9 A; 3SJA C; 2WLN A; 4YY3 B; 2X6B A; 4Q7N A; 1KB9 F; 1QCE A; 3KZ7 A; 4ZHQ A; 2GV9 A; 2IJI A; 3SYQ A; 3CME V; 2UU9 B; 3A2F A; 4AQY O; 4UCS A; 2XP3 A; 4JI2 O; 3EFF K; 2YI9 A; 2DOS A; 2DWE C; 3H01 A; 3G71 V; 4FIP C; 1H2L A; 1MMM A; 3UI4 A; 2NLJ C; 2XP8 A; 1CEZ A; 4DRO A; 1TFV A; 1Y4M A; 1URF A; 5LMU O; 1GN2 A; 3JXV A; 1NH6 A; 1NMV A; 2CE4 A; 4JI5 B; 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4KP4 A; 4DRK A; 1HNX B; 3I55 V; 1JVW A; 3AS2 A; 4MVM A; 1F23 A; 3O5E A; 4P8X A; 1AJQ A; 4GT1 A; 3RYC B; 5LL6 Y; 3AG4 C; 2E75 B; 1WNO A; 1UPG A; 1D7I A; 2IJK A; 2LJ2 A; 5DIV A; 3TXS A; 2QKC A; 1O9G A; 1ZBW A; 3H1J H; 3UT5 A; 3ARP A; 4PTM A; 2EBO A; 3CCU V; 3M99 B; 4UB6 Z; 4LFC B; 3FY1 A; 3ASN C; 4LF6 O; 4NXM O; 1COW G; 3JAL A; 3SJQ C; 2DMX A; 1FFR A; 1VQN V; 2RQ6 A; 4B3S B; 4G27 B; 3RYI B; 4LWS B; 1ROT A; 2IJH A; 1ARO P; 1PD3 A; 1AVM A; 3CC7 V; 1MZE A; 4E4E A; 1DK1 A; 2X6C A; 2A9H A; 1FAP A; 4OPA A; 5JCO C; 3DXR B; 4BW9 A; 4CC5 A; 3AQU A; 1RM1 B; 2Y0I A; 3K59 A; 1XBL A; 3HR0 A; 3LUT B; 1DLB A; 4R7C A; 4IT4 A; 5CBH A; 1KP3 A; 4LCU C; 1AI5 A; 2F95 B; 3CWB H; 2IH1 C; 3X2Q B; 3IKG A; 1WP7 A; 2ITK A; 2YIA A; 4X1K B; 1NQT A; 3HKC A; 4UB8 Z; 2ILM A; 2GUZ B; 4LF9 O; 1U96 A; 4N21 A; 2FYU H; 4IHJ B; 3SPI A; 1ROU A; 2BCC H; 2W6J G; 1BT8 A; 4YJ3 A; 2AOS A; 3O5K A; 4LFB O; 1WJZ A; 4I4T A; 4ICG A; 5JJE B; 3K58 A; 2F4V O; 1ZCN A; 2ZR4 A; 2B5U B; 5IYZ B; 3CHD A; 3UO2 A; 2Q5A A; 3RFR A; 3CRQ A; 1Q5O A; 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