The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
157
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structure length |
151
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Chain Sequence |
QAIPMTLRGAEKLREELDFLKSVRRPEIIAAIAEAREHGDLKENAEYHAAREQQGFCEGRIKDIEAKLSNAQVIDVTKMPNNGRVIFGATVTVLNLDSDEEQTYRIVGDDEADFKQNLISVNSPIARGLIGKEEDDVVVIVEFEVIKVEYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the GreA transcript cleavage factor from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GREA PROTEIN
|
| molecule tags |
Transcription regulation
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
52
|
| structure length |
151
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| sequence length |
157
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1995-05-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01272 | GreA_GreB | Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-term |
| A | PF03449 | GreA_GreB_N | Transcription elongation factor, N-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ETN A; 2P4V A; 3GTY X; 1GRJ A; 2PN0 A; 2F23 A; 3BMB A; 2EUL A; 3GU0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CE2 A; 4UV9 A; 3VQY A; 2AZ0 A; 1FXV A; 2QJ1 A; 1R6K A; 3CYO A; 1F4M A; 2LW7 A; 3J80 N; 4Z1M G; 4W5U A; 3LNM B; 3OMI B; 3KAC A; 4AY1 A; 1YSC A; 4YHH O; 1LQ0 A; 4Q20 A; 2IJK A; 4XDL A; 1SQV H; 3E83 A; 3GVM A; 4WFG A; 3JAR A; 3HKD B; 3AG3 B; 4EB6 A; 2XOK G; 1FKS A; 4DR3 B; 2RQS A; 4FMT A; 2WSS G; 3W4R A; 1GUV A; 1Y76 B; 4MVZ A; 1VQN V; 4JI8 B; 5IJ0 A; 4K0K B; 1ZWI C; 3ZHR A; 4FIP C; 1SQB H; 1O6I A; 1JNE A; 4KUM A; 4I55 A; 3GWK C; 1M57 C; 1HNZ O; 1HKI A; 1DTO A; 3OMA B; 4LF5 B; 5FNV B; 5LGT A; 4CC6 A; 2GHY A; 1KT1 A; 2Q7H A; 4U3F H; 1D2D A; 1K9M W; 4LGX A; 3CP1 A; 5KUK A; 4JI5 O; 3EFF K; 5FLX N; 1XNR O; 2RQ6 A; 4ZI7 B; 1IBK B; 1YCI A; 4O2B A; 3ABM C; 1BQZ A; 3QF7 A; 5JJJ B; 3NXS A; 1VF6 C; 2R72 A; 3JXV A; 3ODK A; 4WCE V; 1OZ0 A; 3TK1 A; 4JYA B; 2CE4 A; 1FKR A; 4GX1 A; 2QM7 A; 1YI2 V; 5A9G A; 3K5M A; 5KAF Z; 1NH2 D; 2Q0O C; 3S3W A; 4LF4 O; 4ODQ A; 3E2E A; 1VQP V; 1EHN A; 3ALG A; 4QNH B; 2RUR A; 1FKI A; 4NZC A; 2XP4 A; 4TNS A; 3K03 A; 3IHZ A; 1GH6 A; 5LMN B; 4P8V A; 1XHG A; 5JCO A; 1AR5 A; 3EVK A; 4JGS A; 5DED A; 2OTJ V; 2QR4 A; 3AG4 C; 4JYC A; 3Q4H A; 3U10 A; 3B9D A; 1BHA A; 3JAW A; 3OEE G; 3RYC B; 1IBM B; 4LF7 B; 2ITC C; 5BMV B; 3UO2 A; 1V54 B; 2QTS A; 1HJV A; 2ESC A; 1QR9 A; 5E79 Z; 3CWB H; 1AI7 A; 4YJ3 B; 3SGI A; 1XNQ B; 1YW5 A; 4NXM B; 2FAP A; 3IK8 A; 4IQ2 A; 2OIE A; 2D3O W; 3W7S A; 4LH7 A; 1TGO A; 3JSL A; 1GPF A; 4Q22 A; 3E8G A; 3L74 H; 3O5M A; 2F2D A; 3SYQ A; 2L35 A; 5J2T A; 1KUQ A; 4PEL A; 2BOC C; 4PJ0 Z; 5GTI Z; 4DUZ O; 4FFB A; 4UV8 A; 5JVD B; 3HB3 B; 4NB5 A; 3RN4 A; 3X2Q B; 4GKK B; 4H44 B; 4XAK A; 5IDJ A; 5EC1 C; 3ARZ A; 1X59 A; 4DR4 B; 3E86 A; 2X6A A; 3T1Y B; 1F8A B; 1XRV A; 3CCL V; 4O4H B; 1F40 A; 1R1B A; 2V1D A; 3L75 H; 4O4L A; 2OFN A; 2E76 B; 4B3M O; 1N36 B; 1G4Y B; 1FJG B; 3ZBH A; 1FKL A; 2HKO A; 2CAZ C; 4DV7 B; 4IT5 A; 3ABL C; 5CBH A; 3RYH B; 2DSV A; 1FS0 G; 2QM4 A; 1K5S A; 1XHZ A; 1XMQ O; 3K06 A; 5CBF A; 4NTY A; 1U97 A; 2CTR A; 1AI5 A; 3CCE V; 5LXT A; 4JAA A; 4FN2 A; 5DEZ A; 1URF A; 1G6U A; 1L1F A; 1H2L A; 3T1H B; 1AI4 A; 1YF2 A; 1OCR C; 5BXJ A; 4I4T A; 3RVY A; 3SYO A; 2X7R B; 1XL6 A; 3K0D A; 3ZRW B; 4Z2J A; 2JK5 C; 4LF8 O; 2JGD A; 3FD9 A; 2UXD O; 3W7W A; 1OJH A; 1LNQ A; 3SPG A; 4I0X A; 2P06 A; 3T4D A; 1RFY A; 5D5Q A; 4DV3 B; 2ZNI A; 2F21 A; 2B1G A; 2LJ4 A; 1BKF A; 1JX9 A; 3MHH C; 1S76 D; 1MOF A; 1SQP H; 4J42 A; 4YY3 O; 2WA3 A; 1J4I A; 4DRQ A; 3K59 A; 2Q4P A; 1M57 B; 4N21 A; 4ZIB A; 4JI7 O; 3OGC C; 5K1X A; 3AG1 B; 2QDO A; 3AEI A; 4LWS B; 3H1J H; 5L3F A; 1WNS A; 2QWN B; 1FKJ A; 3N27 A; 4GX5 A; 4TV8 A; 3F5W C; 4O2A B; 1LG2 A; 4AHC A; 2K9P A; 2UUB B; 4QPK A; 1Q5O A; 3ABM B; 4MT8 A; 2DN9 A; 1X6N A; 1P4R A; 4RUF A; 4F6R B; 4DRK A; 2YEV A; 4HAM A; 2XT9 A; 1V9P A; 1HKJ A; 4BIO A; 1FFQ A; 3C3S A; 2H3O A; 2VRZ A; 3SYA A; 4FK5 C; 5EZY A; 3R66 A; 5K1P A; 3P30 A; 5JCO C; 3OTO O; 1BHB A; 2ZIM A; 1QR8 A; 5EYP B; 3QG5 A; 2YIB A; 5IT9 N; 4GX0 A; 2YI9 A; 1SQQ H; 3JYM A; 1MG1 A; 4QZV B; 3BMB A; 4CBC A; 3G6B A; 2DWE C; 4QT3 A; 2B1I A; 2KO7 A; 3AG4 B; 3O5D A; 4HNA A; 5J9P C; 4JFM A; 2WM0 A; 1SQF A; 3FAP A; 1ITX A; 3ZN0 A; 1ZU8 A; 4P8W A; 2V7Q G; 5HBF A; 3GPK A; 3SR2 C; 2VQF B; 4LF6 B; 4LAX A; 4CH5 A; 5JH8 A; 3K9S A; 3O5L A; 4J10 A; 4ML4 A; 1QHT A; 2EIN C; 2PN0 A; 3PRB A; 2QM8 A; 1YAT A; 5ITZ A; 3HKD A; 5B8I C; 4R8C A; 2Q5A A; 1NVP B; 3KAI A; 4DR5 B; 1HNW O; 3CCS V; 1B04 A; 1GN3 A; 2ZM6 O; 4DR7 O; 1GOI A; 5LL6 Y; 1BL4 A; 3N2K B; 1L8D A; 1VQ4 V; 2ZD9 A; 1IBL O; 5FNV A; 1ZL8 B; 3OTF A; 1NS1 A; 2ZR3 A; 4F4L A; 1WLE A; 1IZ3 A; 4AIL C; 2XP5 A; 1MSD A; 5CN0 A; 5DN6 G; 4J4N A; 1VMG A; 1SZX A; 3B8N A; 1F23 A; 2IF4 A; 2XAJ A; 3APO A; 3E8F A; 4ICG A; 4J7J A; 3S3X A; 1VQ9 V; 3JYJ A; 3WKZ A; 3RT3 C; 2WLM A; 1M93 A; 4MNJ A; 1YTF B; 4TYO A; 1K9T A; 3KZ7 A; 2Y69 C; 3CGM A; 4JI3 B; 3EY6 A; 3CRR A; 3EHB B; 4B3S O; 4UB6 Z; 4NKG B; 3ASO C; 4X1K A; 3O5G A; 1S3J A; 1OCR B; 3QO5 A; 4FM1 A; 3JAR B; 1HDJ A; 2A3A A; 2LGQ A; 1E9L A; 4EB6 B; 1JCH B; 4BWA A; 4OGQ B; 4P2Z A; 4MNM A; 1L0N H; 4IIJ B; 5KA5 A; 1P5Q A; 5JJN B; 1JND A; 1Y74 A; 5DIU A; 1YIJ V; 1IXM A; 2ETN A; 2ADQ B; 3CPW U; 3RYC A; 2OCC C; 1K4D C; 5LMU B; 2K8I A; 3DGE A; 1DF4 A; 2HJD A; 2E75 B; 3BXW A; 4NXN B; 4YJ3 A; 4MVR A; 3KAG A; 2FL4 A; 4UVA A; 3QNE A; 3CD6 V; 4ODO A; 1QU7 A; 1E6Z A; 1NKD A; 3OEH G; 3OMN B; 1IDS A; 1MZE A; 4KQZ A; 4BAY A; 1K34 A; 3K57 A; 5J6E A; 1N0J A; 2P7T C; 4O2B B; 4P9P A; 4PD4 F; 5L3E A; 2GTS A; 1TCO C; 3E35 A; 1R3J C; 4LNU B; 4UUJ C; 1NZ6 A; 4IHJ B; 1YEW A; 4U85 A; 4R50 A; 2HHH O; 5JVD A; 3CHD A; 3B09 A; 4CH3 A; 4ODM A; 4D7S A; 5EBM C; 4ZOL A; 5KMG B; 1NU1 H; 1US6 A; 2V4D A; 1N33 O; 2O92 A; 4JTD B; 1RM1 C; 1XBL A; 2YI8 A; 3P32 A; 4I9Q A; 3I55 V; 1PV0 A; 1QVF U; 2Z5U A; 3UQI A; 1XIL A; 3AS1 A; 2QWR B; 3Q4H B; 1OCZ C; 3RYH A; 3JAW B; 1BT8 A; 1H0I A; 3J7A U; 1I08 A; 3L72 H; 1CPY A; 4R7C A; 1W9P A; 3WD4 A; 1XOU A; 3LDC A; 4DR6 O; 3LUO A; 5H6R A; 1WJZ A; 1OWQ A; 3J81 N; 3ZRW A; 2QA4 V; 1LG1 A; 1VQ7 V; 4PA7 A; 3NRK A; 4CH4 A; 2EIN B; 4H0L B; 1PIN A; 2AXT Z; 2A7W A; 4DUY O; 1QNM A; 3MHS C; 3SYC A; 2LW1 A; 4UCV A; 5J2T B; 3TXQ A; 2YIC A; 1ZB5 A; 1B3Q A; 1PL4 A; 2FB5 A; 3FKS G; 4FFB B; 1FAF A; 2IH1 C; 2Q69 A; 3D3Q A; 1UR8 A; 1FKB A; 2F93 B; 4DV1 O; 3IKG A; 2VWJ A; 4BW5 A; 4LWS A; 1Q81 W; 4LH6 A; 4OPA A; 3ABU A; 1VF5 B; 3WU2 Z; 4O4L B; 4ABM A; 5KHH A; 4JI4 O; 2IW5 A; 5KHI A; 5CA0 B; 2UXC O; 3JD4 A; 4DV0 B; 4X62 O; 5GPG A; 3IC7 A; 4O2A A; 1XHX A; 1Y0O A; 3IGA C; 1K4C C; 4RUE A; 4WFH A; 4C02 B; 2ZQU A; 1NR1 A; 2ZXW C; 1JMK C; 1UR9 A; 4DT4 A; 1JJ2 U; 2WPD G; 1FKG A; 1DK1 A; 4MTO A; 3ZX6 A; 3OOB A; 2Y69 B; 1VQL V; 4FPP A; 4DV6 B; 4ZPW R; 4PDM A; 3JD3 A; 3O5K A; 4TT3 G; 1XDC A; 5E1A C; 2JGD B; 4TV9 A; 5B1B C; 4E4E A; 1PD3 A; 2HR3 A; 4J11 A; 2X0L A; 4CZZ A; 4Z2H A; 3VAW A; 2EZP A; 4WBN A; 3ZS8 C; 5B5E Z; 4LFB B; 2PPO A; 3HKC A; 1J5E O; 1CEZ A; 2WA4 A; 1DLB A; 2ZE7 A; 3O9O A; 2LP7 A; 4LFC B; 4FZ0 A; 1LL4 A; 2KSD A; 5DIV A; 4J9Z B; 4S3K A; 4DRO A; 2OCC B; 1Q6U A; 3P3P A; 3OE7 G; 3K5N A; 3MDY B; 2N04 A; 3I5D A; 4TW6 A; 3BHP A; 4ODP A; 4LFA B; 4TV8 B; 4FFK A; 4A5U B; 5B3S C; 3UI4 A; 4B7K A; 1EQ3 A; 4DR1 O; 1Q6I A; 3W7X A; 5KHJ A; 2ADP A; 3ETQ A; 4OX9 B; 2XP6 A; 3G4S V; 3CC2 V; 2CGN A; 5IWA B; 1HNX B; 1ZL8 A; 2YS8 A; 4F6E A; 4DRP A; 4JV5 B; 2DSU A; 4W9O A; 5EZY B; 2MNT A; 4RAI A; 2PY5 A; 3WQV A; 3UQB A; 3RM8 A; 4L72 B; 3HKB B; 4RQE A; 4LAY A; 1ZK6 A; 1FXK A; 3M99 B; 4X20 B; 3UCS C; 3OR6 C; 3JD1 A; 1AR1 B; 1HKK A; 4QIW F; 5KX5 A; 4HNA B; 5IYZ B; 4YHH B; 1OCZ B; 2E5L B; 3A0B Z; 4JFK A; 3GTY X; 4BW9 A; 4DRX B; 4FLW A; 3KZI Z; 2PI5 A; 4UXN A; 3QO8 A; 5BXZ A; 5ITZ B; 1FXH A; 1Z5V A; 2YDE A; 1B06 A; 1JCH A; 3M7M X; 3ARS A; 2HEP A; 3MD0 A; 1PBK A; 4IIJ A; 1HNZ B; 4DRM A; 3CCQ V; 1FFR A; 5BY1 A; 4G50 A; 4HBN A; 1SF9 A; 2HFE C; 3C3T A; 5C8Y A; 2DQ3 A; 1BZK A; 1KKC A; 1SA0 B; 4AQY O; 2QKS A; 1VQ6 V; 1R6T A; 4HAR A; 3EXA A; 4PHZ A; 4H37 A; 4JI5 B; 2H94 A; 2M08 A; 1XNR B; 1ZCN A; 3AG1 C; 1KP3 A; 1GKF A; 4MTX A; 2F66 C; 4NYK A; 1LL7 A; 2ZCE A; 4DK1 A; 3LUT B; 3ARY A; 2PV2 A; 4PA9 A; 2B5U A; 3BAB A; 4PA6 A; 3ZMS A; 2UXN A; 4KHP O; 2P90 A; 5BR8 O; 1WAW A; 3CC7 V; 1W59 A; 4MW8 A; 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