The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
210
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structure length |
210
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Chain Sequence |
AFKNDDQKSAYALGASLGRYMENSLKEQEKLGIKLDKDQLIAGVQDAFADKSKLSDQEIEQTLQAFEARVKSSAQAKMEKDAADNEAKGKEYREKFAKEKGVKTSSTGLVYQVVEAGKGEAPKDSDTVVVNYKGTLIDGKEFDNSYTRGEPLSFRLDGVIPGWTEGLKNIKKGGKIKLVIPPELAYGKAGVPGIPPNSTLVFDVELLDVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional studies of FkpA from Escherichia coli, a cis/trans peptidyl-prolyl isomerase with chaperone activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkpA
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| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
66
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| structure length |
210
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| sequence length |
210
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2003-08-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00254 | FKBP_C | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
| A | PF01346 | FKBP_N | Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KAD A; 4W9P A; 4JFL A; 2ZR4 A; 4TW8 A; 4GGQ A; 3O5F A; 1NMV A; 3EY6 A; 2MLY A; 2RUD A; 3GPK A; 1JVW A; 1PIN A; 4N19 A; 4IQC A; 4ODM A; 3KAF A; 2PPN A; 4W9Q A; 1ZK6 A; 2UZ5 A; 3NTP A; 4ODL A; 2DG4 A; 1B6C A; 3FAP A; 2FKE A; 1N1A A; 3NRK A; 4LAX A; 4U85 A; 2XP8 A; 2N87 A; 1J4H A; 2MLZ A; 1W26 A; 4MSP A; 1L1P A; 2MLX A; 2ZR5 A; 1FAP A; 1D6O A; 2F2D A; 1Q6U A; 3O5M A; 3PRD A; 3O5R A; 3B7X A; 3O5I A; 3ODK A; 4TW7 A; 2XPA A; 5HTG A; 1FKD A; 1YW5 A; 2PPO A; 5HUA A; 2KE0 A; 1F8A B; 3I6C A; 1D7H A; 3OOB A; 4G50 A; 4JFM A; 2PPP A; 3O5E A; 5DIU A; 4IQ2 A; 1BL4 A; 5HW8 A; 2DG3 A; 1FKF A; 2L2S A; 2Q5A A; 2KI3 A; 2VN1 A; 3KZ7 A; 1FKH A; 2AWG A; 4FN2 A; 2MF9 A; 4DZ2 A; 5HKG A; 1ROT A; 3O5D A; 4TW6 A; 3O5L A; 3O5G A; 4QIB A; 4LAV A; 1JNT A; 3H9R B; 4DRM A; 1HXV A; 1KT1 A; 2M08 A; 4G2P A; 3UI4 A; 2XP3 A; 3O5P A; 4TNS A; 3TDB A; 2PBC A; 1Q6I A; 1NSG A; 1FKI A; 3WH0 A; 4ODN A; 3O5K A; 2ZQS A; 4O2T A; 5HT1 A; 1PBK A; 3UQB A; 1J6Y A; 2KO7 A; 3JXV A; 2PV1 A; 1U79 A; 2RUQ A; 5BXJ A; 1R9H A; 3IKD A; 3TCZ A; 4QT3 A; 1T11 A; 2RUC A; 5GPG A; 2JZV A; 3IKG A; 2LJ4 A; 3O5O A; 1FKL A; 5HWB A; 1TCO C; 3UI5 A; 3UF8 A; 5J6E A; 1QPL A; 4ITZ A; 4JFK A; 2ZQU A; 4JFJ A; 2MNT A; 1D7I A; 2KR7 A; 2LGO A; 4J4N A; 4DRO A; 4U84 A; 2LKN A; 2RSE A; 4ODP A; 1QZ2 A; 1EQ3 A; 1YAT A; 2KGJ A; 1J4R A; 2XP7 A; 3JYJ A; 4DRI A; 4DRK A; 3KAB A; 3RFW A; 2XP5 A; 5I98 A; 5HW6 A; 4DRJ A; 4ODK A; 3LUO A; 3IHZ A; 1A7X A; 5B8I C; 2K8I A; 4QT2 A; 3CGM A; 1FKS A; 3CGN A; 4ODQ A; 3IK8 A; 2ITK A; 1FJD A; 4LAY A; 2LPV A; 4ODO A; 3KAI A; 3PRB A; 3O5J A; 4IPX A; 1Y0O A; 2F21 A; 1D7J A; 1ZCN A; 1FKG A; 4U86 A; 4FAP A; 1F40 A; 1QPF A; 1BKF A; 3KCE A; 2DG9 A; 2F4E A; 2M2A A; 4DZ3 A; 2MPH A; 2FAP A; 1P5Q A; 3MDY B; 1FD9 A; 4DRP A; 1NMW A; 1FKR A; 4DRN A; 3KAH A; 3KAG A; 2KFW A; 3VAW A; 2IF4 A; 4MGV A; 4C02 B; 1Q6H A; 1ROU A; 4NNR A; 3UQI A; 4DIP A; 5DIT A; 1M5Y A; 2D9F A; 4BF8 A; 2VCD A; 4DT4 A; 3TC5 A; 3UQA A; 3B09 A; 2XPB A; 1C9H A; 2XP6 A; 4DRH A; 3KAC A; 4JFI A; 2ZQT A; 4JYS A; 4ODR A; 5D75 A; 3RGC A; 4DH0 A; 1FKJ A; 3PA7 A; 1Q1C A; 2RQS A; 2ZQV A; 1EYM A; 5HW7 A; 2PV3 A; 1FKB A; 3JYM A; 4GIV A; 2XP9 A; 5HWC A; 3NI6 A; 2XP4 A; 3O5Q A; 1FKT A; 2RUR A; 2M1I A; 4J4O A; 1J4I A; 2ZR6 A; 4TYO A; 5DIV A; 4R0X A; 3UI6 A; 4DRQ A; 4TX0 A; 4LAW A; 4W9O A; 2Y78 A; 1JNS A; 1KT0 A; 2PV2 A; 2OFN A; 1FKK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MLY A; 2L6L A; 4DUZ B; 3EVK A; 3WIJ A; 3D8C A; 4I9W A; 4XDK A; 2PPN A; 3FAP A; 3M8A A; 4PD4 F; 3CZ8 A; 4S3J A; 1M9N A; 5HBF A; 1L1P A; 4AQY B; 4OGQ B; 1SZX A; 3R66 A; 3B8S A; 4NR1 A; 5EC1 C; 5EIB C; 2OTL V; 1ORQ C; 1EZV H; 3FB7 C; 5LHG A; 2WK2 A; 1NH6 A; 4KUM A; 1VQM V; 2VRZ A; 5C93 A; 4OX9 B; 2DPE A; 3KCX A; 1E1R G; 3N2K A; 1FPO A; 4IL6 Z; 4UCS A; 2GV9 A; 3JAR A; 1Y67 A; 1LG2 A; 5L3F A; 1Q3E A; 2CGN A; 4LF7 O; 3UI4 A; 1ZL8 A; 4DV6 O; 1FXK B; 1OV9 A; 2PI6 A; 4MNJ A; 2W6J G; 1LL7 A; 3OUF A; 4I4T B; 1W1Y A; 1P4R A; 1H2N A; 5KAI Z; 5HWB A; 1E6P A; 1XEQ A; 3PR9 A; 5IY5 C; 4JFJ A; 4UFZ A; 3CSX A; 5FPO A; 1J5E O; 3W7S A; 3AK1 A; 3GVM A; 1B06 A; 3RYH B; 4DRI A; 4NXN O; 3ARU A; 1YSC A; 3AS3 A; 4DRJ A; 2ZNJ A; 4JI8 O; 1K92 A; 4ODQ A; 4ODO A; 4WK9 A; 2UXD B; 1GN3 A; 4IIJ A; 5IJ0 B; 3WG7 B; 4MTF A; 4PV1 B; 1FKG A; 3WB2 A; 4FAP A; 1SA0 B; 1RD6 A; 2M2A A; 2Y69 B; 2PY5 A; 1NMW A; 2PI4 A; 1FKR A; 4DRN A; 2KFW A; 1XHX A; 4PI2 A; 5LXT A; 2QTO A; 2UUC B; 1FYJ A; 1AP6 A; 4LH7 A; 3OR6 C; 5IJ9 A; 1Z5V A; 2MW2 B; 1QBZ A; 2Q7H A; 5JQG A; 2NNU A; 4JYS A; 1CTN A; 2QM8 A; 1SER A; 1M56 B; 2CTR A; 4XDL A; 4X1K B; 1HKK A; 3ASO B; 1BGY H; 4GKJ B; 5DIV A; 3CHC A; 2A3E A; 1GOI A; 2N05 A; 5JJN B; 1JNS A; 3K3W A; 2QTS A; 1S77 D; 3UO3 A; 1Q43 A; 4IT5 A; 4K0K O; 1LJY A; 4GGQ A; 3OT7 A; 4Z2J A; 3HKE A; 2P22 C; 4WBN B; 4DR2 B; 1JQ0 A; 4X20 B; 1VQP V; 2B1I A; 1N1A A; 1NR1 A; 1YDX A; 4Z2L A; 1M5I A; 5JVD B; 3PRD A; 2AXT Z; 1YF2 A; 4TW7 A; 3SDL A; 3HKB B; 4JYB A; 3ETD A; 4X65 B; 4LFB B; 3SJA C; 3O5E A; 4MTG A; 1K73 W; 1FKH A; 1BZK A; 2MF9 A; 3SYQ A; 4DV4 B; 1ROT A; 4LCU C; 4W4L A; 4K35 A; 3WU2 Z; 3SYC A; 5LMU B; 3E22 B; 1KQS U; 1KT1 A; 4FJC C; 3AG2 C; 4JAA A; 4FLW A; 1B3Q A; 2GSM B; 2ZXW B; 4U7N A; 5KMG A; 1FXK C; 3E8H A; 5LBQ A; 4BW5 A; 5K1X A; 4DV5 B; 2BTQ A; 3GWK C; 3D36 C; 3OMI B; 2ZE5 A; 3WKZ A; 3ZN0 A; 4WCE V; 5D5P A; 2KR7 A; 4I55 A; 4ZKI A; 2WLH A; 3WD2 A; 2XP5 A; 2HLD G; 4QT2 A; 1FKS A; 3QVN A; 5FNV A; 2W6I G; 1ZAU A; 4ZPT R; 3WD4 A; 1OCR B; 4MVO A; 1WP7 A; 3BHP A; 3SPG A; 5KUM A; 3S3W A; 3X2Q C; 4HNA A; 2B5U A; 3JAL A; 3L75 H; 4B3S O; 1IXM A; 3CC4 V; 4PDL A; 2Y69 C; 1MZF A; 2HJF C; 4J41 A; 3EHB B; 4OPH A; 3K0G A; 2DT2 A; 3CRQ A; 3I56 V; 4MTO A; 4KP4 A; 3BXW A; 1WAW A; 3B2E E; 4DV1 B; 3RGC A; 2CH7 A; 4WFB V; 1PD3 A; 2QSA A; 2WLK A; 1LQ0 A; 2QGN A; 3VQV A; 1Q8I A; 2RDC A; 1M56 C; 2Y4T A; 1YJW V; 4J4O A; 2M1I A; 5CB4 B; 2YIC A; 3UI6 A; 3CRR A; 4LAW A; 3ASO C; 1VF6 A; 1SQV H; 1KB9 F; 1SS3 A; 3TGU H; 5B66 Z; 4HYO A; 3WQV A; 4IHJ A; 1PNK A; 1Y76 A; 1K7D A; 4H44 B; 4WFE A; 2DYR B; 3VQX A; 2P90 A; 5CA1 A; 4MVM A; 1XNR O; 2FKE A; 1G1X B; 3BVO A; 1AVM A; 3IGA C; 4LAX A; 1YVW A; 1H2G A; 1J4H A; 2QDO A; 5B3S B; 5B5E Z; 2F93 B; 3GB7 C; 3K03 A; 2F2D A; 1OZ0 A; 3UT5 A; 1XUQ A; 5LOV B; 2QWR B; 1QHT A; 2MK3 A; 1K5Q A; 3K58 A; 3BY6 A; 1D7H A; 1R3I C; 2X0L A; 4O4L B; 2GUZ B; 4X8A A; 4DUY O; 2AWG A; 4DZ2 A; 2DT3 A; 4R50 A; 3W7U A; 1UR9 A; 4Q6G A; 2IH1 C; 3OGC C; 3H1H H; 4J9Z B; 4I50 B; 3O5K A; 1LUW A; 4EKW A; 1VP7 A; 1R9H A; 1XMQ O; 1FKL A; 1NWR A; 1PP9 H; 3DC6 A; 1ENV A; 1PL0 A; 2KGJ A; 1KP3 A; 2CTP A; 4TV8 A; 2W0X A; 1HP8 A; 2Q68 A; 1RSO A; 4FMT A; 4BW9 A; 2ITK A; 4LAY A; 2XAJ A; 2YS8 A; 4X1I A; 2RN9 A; 2XAS A; 5C8Y A; 1R6K A; 1F7Y A; 1HNW B; 5EBM C; 4AIL C; 1OCR C; 1YZB A; 1FJG O; 4KL1 A; 4DZ3 A; 4P2Z A; 4LF4 O; 1FD9 A; 2AZ2 A; 4DV7 B; 2IF4 A; 3T1Y B; 3S3X A; 4J9Y B; 3UQA A; 1TUB B; 1H0G A; 3RYI A; 2XAQ A; 1ZB5 A; 1MSW D; 1KKD A; 2EJR A; 3VQW A; 5ITZ A; 1W9P A; 2VWJ A; 4UUJ C; 1EN4 A; 4LH6 A; 3JYM A; 1NQT A; 4LF5 O; 2M7W A; 2PYJ A; 4BIO A; 2PV2 A; 4B7E A; 2IM9 A; 2Q5Z A; 4PDV A; 5H5N A; 3T1C A; 2LFR A; 4MPK A; 3EXA A; 4DXW A; 4B3T B; 2B31 A; 3NTP A; 1B6C A; 3NRK A; 1AI6 A; 2WSS G; 3O5R A; 3LUT B; 4YJ2 B; 1UPG A; 5B3S C; 3ZHR A; 4JAU A; 5CA0 A; 3OTO B; 1WPB A; 3ABK C; 4YY3 O; 5HW8 A; 1U96 A; 2F95 B; 3K79 A; 1XNQ B; 4KHP B; 1FKF A; 1OGB A; 3JAT B; 3K59 A; 2P67 A; 2W0F C; 4WKF A; 5IYZ B; 4DRM A; 4S3K A; 4WIW A; 2M08 A; 1COW G; 1EN5 A; 1Q6I A; 2IH3 C; 2F4V B; 1K34 A; 1I7F A; 4X88 A; 5IDJ A; 4GKK O; 4Q7N A; 5HT1 A; 1PBK A; 2JK5 C; 2G8Z A; 3U10 A; 4JI7 B; 2UXC O; 2QWO B; 5CBG A; 3B77 A; 3PN1 A; 3RYF B; 3O5O A; 4P8X A; 2Q7E A; 3ARY A; 4X9Q A; 4R7C A; 2XHB A; 2HVJ C; 3FAV A; 4YIP A; 4U3J A; 3SJB C; 1K33 A; 1IDS A; 4N21 A; 4RQF A; 5J9P C; 4JYC A; 1YTF D; 3FYE B; 3CRM A; 5A2Q N; 4IPX A; 2R9R B; 4X1Y B; 1E9L A; 2PGG A; 4XDJ A; 3CJH A; 3ZHV A; 4FVM A; 1YIT V; 5LMN B; 4ZPV R; 2Y4U A; 3FB8 C; 4DW0 A; 2CK3 G; 1H2K A; 4KQZ A; 3VAW A; 1FFX B; 4DUZ O; 1DF4 A; 1M5Y A; 2XOK G; 2WLI A; 2LO1 A; 3JSL A; 4HBN A; 3NXS A; 1E6R A; 2UUB B; 3WD1 A; 5LP6 B; 3AG4 B; 1NKD A; 3LSQ A; 5LA6 B; 5D75 A; 2P5O A; 5KHJ A; 4AQY O; 3H9V A; 1FKB A; 4FLV A; 3ZMT A; 3MD0 A; 1US6 A; 2BOB C; 4L8J A; 3CXC U; 3NI6 A; 2YIB D; 4WJX A; 4OX9 O; 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