The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
316
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structure length |
294
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Chain Sequence |
DSTDETPASYNLAVRRAAPAVVNVYNRGLNEIRTLGSGVIMDQRGYIITNKHVINDADQIIVALQDGRVFEALLVGSDSLTDLAVLKINATGGLPTIPINARRVPHIGDVVLAIGNPYNLGQTITQGIISATGRIGLNPTGRQNFLQTDASINPGNGGALVNSLGELMGINTLSFDKSNDGETPEGIGFAIPFQLATKIMDKLIRDGRVIRGYIGIGGREQGIVVNEVSPDGPAANAGIQVNDLIISVDNKPAISALETMAQVAEIRPGSVIPVVVMRDDKQLTLQVTIQEYPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
OMP peptides activate the DegS stress-sensor protease by a relief of inhibition mechanism.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase/hydrolase activator
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source organism |
Escherichia coli
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molecule keywords |
DegS protease
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total genus |
57
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structure length |
294
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sequence length |
316
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chains with identical sequence |
B, C
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ec nomenclature |
ec
3.4.21.107: Peptidase Do. |
pdb deposition date | 2009-02-24 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00089 | Trypsin | Trypsin |
A | PF00595 | PDZ | PDZ domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Trypsin-like serine proteases | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Trypsin-like serine proteases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KQB A; 5EXL A; 2CN0 H; 3RXP A; 1OWE A; 2THF B; 1NRR H; 4Y79 A; 2HE4 A; 1QTF A; 2P95 A; 3S69 A; 2HAL A; 2ZDA H; 4FUJ A; 5JB9 S; 2FPZ A; 1O2J A; 2GCT C; 1MZA A; 3U8O H; 1QR3 E; 2K1Z A; 1L4Z A; 1P01 A; 2XW9 A; 2DMZ A; 4KFW A; 3EGH C; 1K1O A; 1NS3 A; 1SLU B; 1V2U T; 3M5M A; 1O5A B; 2W3I A; 1YP9 A; 1PQ8 A; 1YPG H; 1H9H E; 4FU9 A; 2WYG A; 3QO6 A; 2L4T A; 3PMB B; 3DOR A; 1RTF B; 1UK2 A; 5T6D A; 2AIP A; 3HK3 B; 2VNT A; 3PV2 A; 1LVO A; 2PKA B; 6LPR A; 3GSL A; 1MBM A; 2OCS A; 1IQE A; 1DY8 A; 3PM3 A; 4OEO A; 4NZL A; 4IGD A; 5GCH F; 3BG8 A; 3PTB A; 3P6Z B; 1O2P A; 1OP0 A; 2GDE H; 3SOR A; 1TPA E; 1BMN H; 2OXS A; 4AZ2 B; 3ZZ9 A; 1V1T A; 1HV7 A; 3SJI A; 2ZHD A; 1GBT A; 1Q3P A; 1D3P B; 4NA8 A; 2GZ7 A; 1SOT A; 2BDB A; 3VB3 A; 2XCF A; 3TIU A; 1THR H; 5F8Z A; 1V5L A; 2PA1 A; 3GCH C; 2I4S A; 2JH6 D; 1P06 A; 6EST A; 4K1E A; 1OPH B; 1DWB H; 2BZA A; 1XVO A; 3AW1 A; 4X0W U; 4I8L A; 4AB9 A; 5GJ4 B; 2Q3G A; 2GZ9 A; 5AHG H; 3ATL A; 3A8A A; 2BY9 X; 2F9B H; 1DPO A; 2KAI A; 2P8O B; 1O3B A; 3T29 A; 3PS4 A; 1GCT B; 2YTW A; 3A87 A; 4XBD A; 2GT7 A; 1CBW C; 1GL0 E; 2XWA A; 1TIO A; 3KNX A; 4TYD A; 4Q80 A; 4Y0Z E; 1Y8T A; 4X1R U; 2A2X H; 2NU0 E; 5HFB A; 3MH6 A; 1P04 A; 1Y59 T; 1G2M A; 3SUF A; 7EST E; 2FI5 E; 3OY5 U; 1TGC A; 1C9P A; 4ZKR U; 1G36 A; 2FES H; 5DP3 A; 3AAU A; 2VJ1 A; 3GYL B; 3OY6 U; 5A0A E; 1KTS B; 2OPG A; 2RG3 A; 4Q6H A; 3GY3 A; 1GMD F; 3RXO A; 1H9I E; 2UUF B; 4B73 A; 1O0D H; 1NFY A; 1T31 A; 3BPU A; 1QQU A; 5F67 A; 1V3X A; 1B0E A; 4UFD H; 2I6V A; 2GV6 A; 1O2V A; 1H1B A; 2B7D H; 1BIT A; 1AND A; 3GY2 A; 4OS7 A; 1NRS H; 1C2F A; 2RA3 A; 1W14 U; 3CP7 A; 2ZU4 A; 4OS1 A; 1VIT F; 2BB4 A; 5GND A; 1C2H A; 2PUX B; 1SQT A; 2FDA A; 2Y7X A; 2IN2 A; 4XBC A; 4MPV A; 2LC7 A; 1ARC A; 2YUY A; 3CEN A; 4X2W A; 9EST A; 1FI8 A; 3LDX H; 2UZC A; 1RRK A; 2QXG A; 1QJ6 B; 1AWH B; 2QXI A; 2D92 A; 4Q6S A; 3GDU A; 3VXE H; 3DIW A; 1V2S T; 5AVD A; 1I16 A; 2LPR A; 3P8F A; 4I7Y H; 1TE0 A; 1QHR B; 2GX4 A; 3W95 A; 4DIH H; 2M0T A; 4GCH F; 2H5C A; 3RXE A; 1XUF A; 3SO3 A; 3MU5 A; 2M10 A; 2ZEC A; 3IWM A; 2FX6 A; 2ZTZ A; 3BEI B; 1TNJ A; 1NRP H; 1TB6 H; 1O2O A; 1HAV B; 1S0Q A; 5EYZ A; 2BDI A; 4MQA A; 3U98 H; 2PKT A; 2TGA A; 3G01 A; 5EPY A; 3QJM A; 1BA8 B; 5FX6 A; 1SGC A; 4NZQ A; 3UNS A; 1WOF A; 1KXA A; 2FOF A; 1OOK B; 5F8T A; 2FS8 A; 2SGE E; 3WY8 A; 4FVB A; 1UTL M; 5LPF A; 2PTC E; 2ULL A; 4KTS A; 1AN1 E; 1RGW A; 5FAH A; 1BTP A; 3HPM A; 2OTV A; 7KME H; 1FN6 A; 1SGI B; 1TRY A; 5EPN A; 1K32 A; 3UOP A; 4BAK B; 2A0Q B; 4E7N A; 1GHA F; 1OP8 A; 1LO6 A; 1FY8 E; 2D90 A; 1TGS Z; 3ZZB A; 2A4R A; 1PYT D; 1SOZ A; 2FOA A; 1FC6 A; 1W0Y H; 3EGK H; 1QGF A; 4NGA H; 2GCT B; 1GMC G; 1GJA B; 5E1Y A; 2YT8 A; 2GKV E; 2D26 C; 4IS5 A; 3TIT A; 1EST A; 1EAX A; 1FY1 A; 1B5G H; 1WBG B; 3Q76 A; 3A85 A; 2WPM S; 1ZTK A; 4CRA A; 1IHT H; 4ABI A; 1IOE A; 3MH4 A; 1UJV A; 3MWI U; 3RXA A; 1ARB A; 1ANC A; 1XX9 A; 4EDJ A; 2GP9 B; 4MNW A; 4CR5 A; 3T62 A; 5PTP A; 3CH8 A; 4Q3H A; 1O31 A; 3M5N A; 4FUH A; 2QG1 A; 1ZOK A; 4X1Q U; 1YLD A; 2L4S A; 2BD4 A; 2W3K A; 3ATM A; 3CC0 A; 5E11 A; 4Y76 A; 2KA9 A; 1A0H B; 3PO1 C; 4Y10 E; 3P92 A; 1HAX B; 1PPZ A; 3TPI Z; 1A3E H; 3UFA A; 1GI8 B; 2BMG B; 3A89 A; 3VB5 A; 2ZHQ H; 1CT2 E; 1Y3U A; 4M7G A; 3SV9 A; 5J4S A; 4E05 H; 3BTW E; 2ZTX A; 1OX1 A; 2BDH A; 3M3T A; 3MH5 A; 1ZR0 A; 2H9T H; 2WIN I; 6GCH F; 1J17 T; 1Z86 A; 4R0I A; 4BXS A; 4ZHA A; 5T6G A; 4AYY B; 1P11 E; 3O8R A; 3F9F A; 4KKD A; 2ZF0 H; 2PR3 A; 3D65 E; 3CBZ A; 1N99 A; 3M5L A; 1D9I A; 4NA9 H; 2BZ6 H; 3IG6 B; 1DVA H; 1GQ5 A; 1PQ7 A; 4E7R G; 4K8Y A; 1QJ1 B; 1CHO F; 5HXF A; 5AFZ H; 2FYR A; 4UFG H; 1QJ7 B; 5FCR A; 1E38 B; 2LOB A; 4ABA A; 1DM4 B; 2OSG A; 2ZFT A; 3K1R A; 2VWO A; 1XUJ A; 1S5S A; 1C2D A; 1CBW B; 1GGD C; 1V2T T; 3MO6 A; 4RSP A; 2BY7 X; 2FO9 A; 2J2U A; 2ODY B; 2VVC A; 2FNE A; 1C1U H; 1EAW A; 2VWR A; 3QDO A; 3WKL A; 1PPG E; 3VPK A; 1ZLR A; 3SV6 A; 3MHW U; 1GI0 A; 2ZGB H; 5GPI B; 5A09 A; 1AFE H; 3PMJ A; 1DAN H; 4FUE A; 5EOD A; 1F5K U; 2W7R A; 2CV3 A; 1Y3V A; 2A32 A; 3ZVG A; 4HOP B; 1JXP A; 4TY6 A; 2CF9 H; 2VWN A; 5TCC A; 4AG1 A; 4AOR A; 2FI3 E; 4LK4 A; 1LPK B; 4YOG A; 3TNT A; 1HXF H; 2LNC A; 1GVZ A; 2PDZ A; 1ZMN A; 1OWJ A; 1THS H; 2XC4 A; 2C8Z B; 1HAP H; 3MO9 A; 2GZV A; 2P59 A; 3RM2 H; 3ZZ8 A; 3M7U A; 1MC7 A; 1HAV A; 4J1Y A; 5DP7 A; 4ZKS U; 3S9A A; 2OC0 A; 4XE4 A; 1ELC A; 1GI5 A; 2BD2 A; 2JRE A; 1XZ9 A; 1BML A; 1NY2 2; 1W13 U; 3MU8 A; 3PV4 A; 2HOB A; 2VZ5 A; 2ZCL P; 4GUX A; 5EZ0 A; 1TX7 A; 1W3C A; 2ZDN A; 1OBY A; 4JOK A; 2O2T A; 2FOE A; 2XTT B; 1VGC C; 1BRA A; 2GCH F; 1LHD H; 4ISI H; 1NU7 B; 5FXL A; 2F9O A; 1EPT B; 4HTC H; 2BM2 A; 3HGP A; 1N7E A; 2QN5 T; 2ALV A; 4Q7Z A; 4YZU A; 2DJT A; 3O8B A; 1O2M A; 4P0C A; 1P9U A; 1C5P A; 1X45 A; 2DB5 A; 4NNM A; 1ELE E; 2BDY A; 3MNS A; 4ISN A; 3GOV B; 1Q31 A; 2SNV A; 1C1T A; 5EW1 H; 4DII H; 1E35 B; 2VIN A; 1IAU A; 1WAY B; 1QNJ A; 4LZ1 H; 2FE5 A; 2ZU1 A; 1C5W B; 3ZZ4 A; 1N7T A; 1O2X A; 5DP5 A; 1G9O A; 1CA0 C; 4ABH A; 3Q3X A; 1IHS H; 1TGB A; 5JBC S; 1FN8 A; 3TGK E; 2AER H; 1LPG B; 4EST E; 4I32 A; 2FOB A; 3BTQ E; 1Z6E A; 1KLI H; 1A5G H; 4ZUH A; 3RC5 A; 1GHV H; 5DJ7 A; 2RRM A; 1ZHP A; 2QA9 E; 3FP6 E; 1L1G A; 1ZPZ A; 1G3D A; 3GY5 A; 1X5N A; 1SSX A; 2EDV A; 2NU1 E; 3ZVB A; 2Z3C A; 1DSU A; 1A2C H; 2FOD A; 3BG4 B; 2ZFR H; 1CGI E; 1V2N T; 3A81 A; 3QN7 A; 1OWK A; 1UTP A; 2VWM A; 3UNR A; 4DCD A; 3MU0 A; 1Q3X A; 3SQH E; 1HAI H; 4ZKN U; 1GHB F; 1HPG A; 2LA8 A; 5EQQ A; 1U3B A; 1TGN A; 5E0G A; 3BTE E; 2OBQ A; 1AY6 H; 2OLG A; 5EQS A; 3ZZC A; 1SQO A; 2HRV A; 1GL1 A; 3PYH A; 2VH6 A; 3URC A; 5FPS A; 3FVF B; 5E2P A; 3M3S A; 5T6F A; 1SFI A; 3PO1 B; 1CT4 E; 5I46 H; 5LGO A; 4WJG 2; 2I1N A; 3F68 H; 5EGM A; 1Z1J A; 1FON A; 4WWY A; 4ASH A; 5TJX A; 3JXT A; 1Y3Y A; 4UFF H; 1WCZ A; 1A5H A; 1NES E; 3SHU A; 3M7Q A; 2PWX A; 3VB4 A; 2OQS A; 3KQE A; 4GSO A; 1LHF H; 1UJU A; 1S6H A; 2FX4 A; 3ATI A; 4B74 A; 3MYW A; 3KF2 A; 1ZYO A; 1FPH H; 4CR9 A; 4HFP B; 4ZKO U; 3ZV9 A; 1BBR E; 4HOP A; 3BTM E; 1MAX A; 3T5F H; 1GBK A; 2JET B; 4Z8J A; 1DLE A; 4Q2Q A; 4MNX A; 1R6J A; 2ZZU H; 1T32 A; 4K1S A; 5HF4 A; 1A3B H; 5FB8 C; 1GGD B; 3PB1 E; 3RXJ A; 1V5Q A; 3A7T A; 1BE9 A; 1ESB A; 2BD3 A; 1O3L A; 3A88 A; 1GBJ A; 4SGA E; 1C5T A; 1EOL A; 1LDT T; 5FCK A; 1PFX C; 3L33 A; 3ZVF A; 1WG6 A; 1P2K A; 4JK6 A; 1Q2W A; 1QQ4 A; 1ELA A; 4J2Y B; 1T8O A; 2BD8 A; 3SUG A; 1EOJ A; 1OYT H; 3LGT A; 2P3F H; 1SHY A; 2V3O H; 3GYM A; 2REY A; 1T4V H; 3EDX B; 1UJ1 A; 3ZVA A; 1F2S E; 1O3D A; 2FOC A; 2W7U A; 3E3T A; 1N8O C; 2Z9J A; 2D1J A; 4XOJ A; 2H9H A; 4NMV A; 1L1J A; 1HAG E; 4Q2K A; 2MHO A; 3ELA H; 3NWU A; 4AGK A; 3ID1 A; 2GV7 A; 5HYO A; 1NTE A; 1UM7 A; 4TY7 A; 8EST E; 1A0L A; 1EPT A; 4D9R A; 1ZOM A; 1YCP M; 2QYI A; 3RDZ A; 1FLE E; 1WUN H; 1BB0 B; 3M37 A; 4ISO A; 5B6O A; 3S9C A; 1ACB E; 2O8L A; 4K6Y A; 1YBW A; 4NA7 A; 2A1D B; 1LKB A; 3U69 H; 2YNB A; 2FMJ A; 3K65 B; 3LNY A; 3AXA A; 2PV9 B; 4NFE A; 4SGB E; 1CHG A; 3A8C A; 4F49 A; 4NMP A; 4K60 A; 1AD8 H; 1QLC A; 3E90 B; 5C1U A; 3O8C A; 3I78 A; 3SUE A; 1GPZ A; 1O36 A; 1O2W A; 2AMP A; 5JB8 S; 1VAE A; 1C2J A; 1TQ7 B; 2JH0 D; 3URE A; 2BHG A; 5GIB A; 2EEI A; 5A2P A; 2F9P A; 1TPP A; 2GVF A; 2VIQ A; 4Q7Y A; 1HJA C; 5I25 A; 2L97 A; 1GI2 A; 2OUA A; 3ZV8 A; 1IQG A; 3SU2 A; 2F91 A; 1A46 H; 1XKB C; 1Z8G A; 1NRO H; 1ELF A; 2GMT C; 5E6P B; 1SL3 A; 2WPH S; 5L6N H; 1ZHM A; 1TON A; 3GCT G; 3GY4 A; 4I33 A; 4IBL H; 3I1E A; 4Q2N A; 2Z9G A; 1P0S H; 3Q3K A; 2NU2 E; 2J4I A; 2VGC C; 2ZI2 H; 3OX7 U; 2EDP A; 1K1P A; 1UHP A; 1GI1 A; 1O2H A; 1TBR H; 1ELV A; 4Z33 A; 3RC6 A; 1P2J A; 2QKT A; 4X6O A; 1VZQ H; 1CE5 A; 1FDP A; 1GJD B; 4X1N U; 3VB7 A; 1GJ4 H; 1QAU A; 1JIR A; 2UUK B; 2VIP A; 1GVK B; 3STI A; 2I0L A; 1K1L A; 4NNL A; 2OIN A; 3T25 A; 4CRF A; 2G52 A; 2QIQ A; 1LHE H; 3FZD A; 3KQC A; 3RU4 E; 4BAQ B; 2ZU2 A; 4DJZ B; 3FP8 E; 1EXF A; 4NSV A; 3QK1 A; 1P1E A; 4NXR A; 4NIW A; 2R2M B; 3ZZ6 A; 2P3W A; 1LQE A; 4QT8 C; 3ZVD A; 1P02 A; 5CHA C; 1LQD B; 4DOQ A; 2BQW B; 2TIO A; 1DWD H; 2QGR A; 3VFE A; 5JBT A; 5HEY A; 3E0N B; 4FUC A; 1NTP A; 2STB E; 1UTM A; 2ZGH A; 4D8N A; 3SJ8 A; 3UNQ A; 1VJ9 U; 4TWW A; 2KAW A; 2C8Y B; 1W12 U; 1L2E A; 1KEF A; 1KTT B; 1EAI A; 1O2S A; 2I6S A; 2ASU B; 3WKM A; 3SUZ A; 2K20 A; 2KQF A; 5J4Q A; 5GDS H; 2F9V A; 2F9N A; 2C8X B; 4XBB A; 3QE1 A; 1C1Q A; 1FUJ A; 4ABE A; 4KP0 A; 2B9L A; 2BQ6 B; 2BLV A; 3HPK A; 2Q1J A; 1AVG H; 1JRT A; 2G2L A; 1ZTL A; 4JCN A; 5DP9 A; 2KOH A; 1M9U A; 1UTJ A; 1T8N A; 4JOE A; 1F0T A; 2C8W B; 1JOU B; 2SGQ E; 3KCG H; 3BTT E; 3RLE A; 1TA2 A; 5C5O A; 4A6L A; 3H7T A; 1RZX A; 1O2G H; 2C93 B; 2ZDL A; 3ZYE A; 5GXP A; 1TNL A; 2H2Z A; 2BD9 A; 1ESA A; 2PSY A; 1UJD A; 3R69 A; 2KJK A; 1BMM H; 5IYT A; 3U8T H; 2PHB A; 1PQ5 A; 3ZRT A; 3P8G A; 2IOT A; 2PW8 H; 1BTH H; 5CMX H; 3ZVC A; 1P3E A; 1QAV B; 1VCP A; 1K1I A; 1GHX H; 1FC9 A; 2B5T B; 3PV5 A; 1TPS A; 3HAT H; 3VXF H; 4L8N A; 1SGQ E; 2G4T A; 2AGI X; 4KFV A; 4Y6D A; 1BT7 A; 1ELT A; 1O2Z A; 3DJ1 A; 4WYU A; 1C5L H; 4X8U H; 1BJV A; 4RI0 A; 2XC0 A; 4CBO A; 1UEQ A; 4FGM A; 1HJ8 A; 1O3E A; 5JYI A; 1QB9 A; 1AIX H; 1W7G H; 4I31 A; 1ZRB A; 1GDU A; 3UR9 A; 5B6L A; 1C5Y B; 1TAB E; 3HGN A; 1P2Q A; 1JRS A; 1SGE E; 1GJ9 B; 4K76 A; 5FBE A; 2QC2 A; 1AMH A; 3A82 A; 3RXL A; 1ANE A; 1TFX A; 1DIC A; 2JIK A; 1GJB B; 1F5L A; 4X2Y A; 3BTG E; 4X2V A; 3RXG A; 3QGN B; 2Q6G A; 3DT0 H; 1RTL A; 1N8O B; 1NZQ H; 4OS2 A; 1FZZ A; 1IHJ A; 4NWL A; 4RKJ B; 3T28 A; 2TGD A; 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