The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
89
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sequence length |
251
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structure length |
251
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Chain Sequence |
QPGLAALRRRAREAGVPLAPLPLTDSFLLRFLRARDFDLDLAWRLLKNYYKWRAECPEISADLHPRSIIGLLKAGYHGVLRSRDPTGSKVLIYRIAHWDPKVFTAYDVFRVSLITSELIVQEVETQRNGIKAIFDLEGWQFSHAFQITPSVAKKIAAVLTDSFPLKVRGIHLINEPVIFHAVFSMIKPFLTEKIKERIHMHGNNYKQSLLQHFPDILPLEYGGEEFSMEDICQEWTNFIMKSEDYLSSISE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of human alpha-tocopherol transfer protein bound to its ligand: Implications for ataxia with vitamin E deficiency
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN (Alpha-tocopherol transfer protein)
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
89
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| structure length |
251
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| sequence length |
251
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-10-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00650 | CRAL_TRIO | CRAL/TRIO domain |
| A | PF03765 | CRAL_TRIO_N | CRAL/TRIO, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Alpha-tocopherol transfer | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p | CRAL-TRIO lipid binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HX3 A; 4M8Z A; 3PEG A; 1OIZ A; 1R5L A; 4UYB A; 3B74 A; 2D4Q A; 3W68 A; 1OIP A; 4CJ6 A; 3Q8G A; 4J7Q A; 1OLM E; 4J7P A; 1O6U A; 4OMK A; 3P7Z A; 3B7Q A; 3HY5 A; 4CIZ A; 4OMJ A; 4TLG A; 1AUA A; 3B7Z A; 1OLM A; 3B7N A; 4FMM A; 3W67 A; 3PG7 A; 2E2X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JOC A; 3LCU A; 3GF3 A; 3FUU A; 4LJ8 A; 4WVZ A; 3KQG A; 1OFI A; 3FUT A; 1XHB A; 3HTK A; 2A06 D; 3FGA D; 1GK6 A; 4KLN A; 4KJM A; 4Y99 C; 1G2C A; 2UUA M; 2OTL P; 3L28 A; 3R4Y A; 4JI6 M; 2DXI A; 3HJQ A; 4NRV A; 2OOB A; 1KIL D; 3ZQJ A; 4IL6 X; 1H0T B; 3VKG A; 1M57 D; 3KZI E; 5KJ7 A; 1TTE A; 2ZVO B; 1GZL A; 4KHX A; 2CUZ A; 3ITK A; 4Z8X A; 5KPZ A; 4G6Z A; 2K88 A; 2C98 A; 4DUZ M; 2WSC J; 2WVR A; 2YMK A; 4JF7 A; 1URQ B; 1NHW C; 5APT A; 4LC1 A; 1HBW A; 3MUD C; 2DW3 A; 2KXP B; 1VQO P; 2DKL A; 4OVN F; 2C5R A; 2F5P A; 1CSB A; 1EDK A; 2O01 H; 2LVQ D; 1Q81 Q; 3RGU A; 2Q1K A; 1ZXG A; 2POH A; 1RF0 A; 1JB0 F; 4MGK E; 5E6J A; 2GM4 A; 1N32 M; 3PP5 A; 1RF1 C; 1BGY J; 2A45 G; 3K2L A; 1GL2 D; 4WB4 A; 4GHL A; 3M0D C; 1WRG A; 4KHP M; 3HGI A; 2HPC A; 4M0D A; 4D81 A; 2YKQ A; 3V2P A; 4Q7J A; 4AQY M; 1QDT A; 1GJT A; 1L0L E; 3I4V A; 1GL6 A; 1Q82 Q; 4DR6 M; 3QAU A; 1PJJ A; 2WPV B; 2KS1 B; 5KQ8 A; 3L4F A; 2IFM A; 1J1E C; 3HU3 A; 2CHG A; 2A5Y B; 2QEN A; 3AFH A; 3L72 E; 3RL0 B; 1N7S C; 5DFL A; 3BAT A; 4XA4 A; 5GTH E; 4LRS A; 1SLQ A; 4CPG A; 4UB6 H; 3GQ3 A; 4BBA A; 2BNK A; 4Z6Y A; 1BCC G; 2XSZ D; 2C9L Y; 3RGP A; 4I7Z B; 2H88 C; 2PP6 A; 3CCL P; 5ITY A; 1Y9B A; 5APW A; 5C39 A; 1FZC B; 2K9D A; 3QYB A; 1UII A; 4QHT A; 1JQJ C; 2JZ0 A; 2N9B A; 2V7Q J; 4HLQ A; 2UXC M; 1G1I A; 2EA0 A; 3UK6 A; 5CCG C; 4DR1 M; 3AE7 C; 3FYD A; 4NPF X; 2FXO A; 3U60 A; 2MJ5 B; 3GLF B; 1R2Y A; 1Z59 A; 2WSE F; 2BJW A; 2X4A A; 3TDK A; 2LVN C; 4FCV A; 2QP9 X; 1L0L D; 1MUU A; 1JR3 A; 5KPT A; 3SFZ A; 3QH9 A; 1E5W A; 4IJE A; 4PDI A; 2Q5U A; 5AW7 B; 2DI0 A; 1Q3B A; 1IN8 A; 3B5N A; 1G3I A; 1VEK A; 4IFM A; 1SQQ J; 2PFX A; 1AJY A; 1BVS A; 5CJ4 A; 1Z5C A; 4GKJ M; 3L72 D; 2EJS A; 2A06 G; 4OVZ B; 3GLG E; 2XV5 A; 4HH2 A; 3VFD A; 3CMA P; 4PT5 A; 3IFM A; 1LP1 A; 4NXN M; 3AEE C; 3A45 A; 5FTK A; 1NU1 K; 4JYB A; 5KAF E; 3BXW A; 2A45 I; 4LJ5 A; 1T2K C; 5AVX B; 1KC8 Q; 3SWK A; 4DV0 M; 1IC2 A; 5KLV E; 4R4M A; 2NPS D; 2RN0 A; 4B7H A; 3MJ5 A; 1JY3 P; 1FJG M; 1IFY A; 1XNR M; 1KIL A; 3U6C A; 3T1H M; 1PPJ E; 1DV0 A; 1SS1 A; 1JM0 A; 2H7H A; 1KYO D; 1BDC A; 4JXJ A; 1NTK G; 4O9B A; 4PCZ A; 3C3E A; 3CCE P; 1HGZ A; 3VMA A; 1PP9 G; 1S3J A; 2VQE M; 2V1C A; 2YNM D; 4W7Z A; 2E76 D; 2ERC A; 2WZ7 A; 3S9O A; 1KN7 A; 3T6P A; 1AVY A; 2Y0E A; 3G6E P; 1GD2 E; 4PDG A; 1G41 A; 1JEK A; 2M5Z A; 3H1K J; 5EP1 A; 3H1I J; 4B3M M; 1GAB A; 4BLC A; 2UU9 M; 3LQQ A; 2CHV A; 2L91 A; 3FWN A; 4IL6 H; 5C1B A; 1NSF A; 5EXS A; 1XTC C; 3GLM A; 3DOA A; 4MN4 C; 2YQZ A; 3O6Q B; 3M6A A; 3SYK A; 3M9Q A; 1SQX E; 4LY6 A; 1RE4 A; 4G4R A; 1J1D C; 4CIS A; 2Q9I A; 1ZV1 A; 2FXM A; 3CPW O; 5KLV D; 2DAG A; 2QSI A; 4H13 C; 1X37 A; 5AVW B; 4D80 A; 2EKF A; 4DV1 M; 3TYY A; 1DH3 A; 3V2N A; 1PGP A; 2R65 A; 3P32 A; 4DV4 M; 1PPJ D; 1I4W A; 1L4A D; 2IDB A; 1N73 C; 3N4X A; 2PGD A; 2QJP C; 4XE5 B; 1X9V A; 3PVS A; 5AW1 B; 2M60 A; 3ILK A; 5EP2 A; 1FZE A; 1E79 H; 3KOY E; 3S4R A; 1WT6 A; 2FYU K; 1YSY A; 5AW6 B; 1OLM A; 1HJ0 A; 3O8Z A; 2LH0 A; 1YI2 P; 1DGH B; 1VPC A; 1IFD A; 1SP4 A; 2E74 D; 4DR5 M; 2QZ4 A; 1NVM A; 1QAM A; 4NPE A; 3U1C A; 1T3J A; 1L0L G; 3Q8G A; 2Z7J A; 1NO1 A; 2ZAN A; 3GO8 A; 4WY4 B; 2WSF J; 3FRI A; 1KB9 H; 3OW2 O; 4OW0 A; 4LG2 A; 1HT2 E; 3BBZ A; 4KO8 A; 3I04 M; 1N77 A; 3AE3 C; 3MP7 B; 1USD A; 5APQ A; 1MFZ A; 1SQX D; 3CD6 P; 4RF0 A; 2N1T D; 3JCU H; 3G4S P; 1MX0 A; 3L72 G; 2VF7 A; 3UMM A; 5LMU M; 3KVW A; 1NNJ A; 2KDL A; 1LJ2 A; 1PRB A; 3LVW A; 3TK1 A; 4WUR A; 2OQ4 A; 4H0L C; 1LWU B; 2FYN C; 1NTZ J; 1CW5 A; 3AEB C; 1YIJ P; 1RHZ B; 2K9Y A; 2DHY A; 3RBX A; 2W83 C; 4RO0 A; 4DBG B; 1SQP J; 3AE1 C; 1IN4 A; 3HUS B; 3E7K A; 2GNO A; 3GLH E; 1NO4 A; 2FOI C; 1LTJ B; 4QOS A; 1NJF A; 2KZU A; 1W2B O; 2I7N A; 2QJK B; 1IK7 A; 1S3S A; 2CWB A; 1L8Q A; 5FTL A; 1SQB J; 2Q7C A; 4MGZ E; 1NJI Q; 3HTK B; 2ZT9 D; 3RK2 C; 1MZ9 A; 2LVO C; 2JY5 A; 3L26 A; 1URQ C; 1Q86 Q; 3GMA A; 2R4E A; 2NRG A; 1G2C B; 4KOD A; 2LXB A; 2CRU A; 4LF8 M; 2FBW C; 2HCB A; 5APU A; 3LW5 H; 3H4J A; 4MGI E; 2WT7 B; 5CCH D; 2NPS A; 1R2Z A; 2UUB M; 2YMY A; 2P58 A; 1IY2 A; 2HOD A; 1VL2 A; 5CBO A; 3SAU A; 4UB8 H; 3PH0 A; 5B5E E; 3V2Q A; 1L2C A; 1CZQ A; 2WMM A; 1LTT C; 1L2P A; 1J1E B; 1RQV A; 1ZV8 A; 3NWL A; 5CMZ A; 1QL1 A; 1TGU A; 1PGQ A; 5FTN A; 2IZ1 A; 2WWW A; 1FAV A; 3H1L J; 1L0N D; 2ZTC A; 2CV2 A; 1HTL C; 4PJ0 E; 3HU2 A; 1U7M A; 4U3F J; 1KQS O; 1L0N K; 5DNY A; 5KLV G; 5JI3 E; 1GDT A; 3RL0 C; 2HPC B; 3SAS A; 1IFJ A; 2GUS A; 1QAN A; 1PPJ G; 1Q3C A; 4L4U A; 1WJ7 A; 1NAF A; 4OGQ B; 3LMM A; 3UIA A; 2WSC H; 2O5R A; 5ITQ A; 4DJG A; 2K0B X; 1FZC C; 5BR8 M; 1IY1 A; 2CE7 A; 3K92 A; 3SMS A; 3MTU E; 1SVF A; 2YO2 A; 1CUK A; 1GTW A; 2HG5 D; 4AW4 A; 5ITT A; 1FC2 C; 2E75 C; 3U6L A; 2LR2 A; 3GPX A; 3H1J E; 4BRY A; 1F4I A; 2QHO B; 1L4A A; 4D82 A; 5AVZ B; 3L75 J; 3R8F A; 3VK7 A; 3B7N A; 1FZF A; 1VQL P; 1OKS A; 1JMM A; 4DR4 M; 3CC2 P; 3EWK A; 3H1H E; 1ZME C; 1SQX G; 3J2P B; 1KQL A; 3CWB E; 3TSI A; 2YR0 A; 2W90 A; 3KOW E; 5JI2 E; 2KOG A; 2L4F A; 4D6T E; 2D7G A; 4LFA M; 1YUB A; 3U60 B; 4LFB M; 3GG2 A; 2L5G B; 1R6B X; 1L1T A; 1KYO I; 3V2R A; 2G5G X; 2GUV A; 2KSE A; 2QEX P; 1XB2 B; 3RL0 g; 2YFQ A; 2GQF A; 4L73 A; 2P67 A; 2BWE A; 2LWX A; 2R4J A; 3M06 A; 4I4L A; 1SQV E; 5ITR A; 3T1Y M; 2J5U A; 1R4G A; 3B5N B; 2E42 A; 1T3T A; 2KZJ A; 1BCC E; 2Y0D A; 1N7S D; 1FE6 A; 4A3V B; 4RNA A; 3H1J D; 1LP1 B; 2V7Q H; 1K3X A; 4LGM A; 3PG7 A; 3SYL A; 1IN5 A; 1OVR A; 3FE3 A; 3H1H D; 4GIF A; 4M9Z A; 1OIP A; 4CJ6 A; 1X79 B; 1AA0 A; 1WXQ A; 1DD3 A; 3A2A A; 1OJL A; 4GKK M; 4UB6 E; 5CCG D; 1SFC A; 3IAO A; 4D6T D; 1HJP A; 2FKW B; 1VQ5 P; 1ZMU A; 3WHK A; 3CCM P; 3FTD A; 2KZI A; 1NU1 J; 5L8R J; 1T6O A; 1DGF A; 1V34 A; 3C1L A; 1YJ9 P; 2D2C D; 2KNC A; 3NXS A; 1IFP A; 5CCH A; 3MMP A; 3PXG A; 2R44 A; 2LNH C; 1I94 M; 1GLN A; 2XZR A; 1SQV D; 5ITX E; 1X22 A; 2UXD M; 3GHG A; 1BCC D; 2C9C A; 2OTJ P; 2KNA A; 1VQ1 A; 1FNN A; 2ZYA A; 3CC4 P; 1CI6 B; 2HHH M; 2HYN A; 4AUW A; 1GO5 A; 4L8R C; 2OYI A; 1AV1 A; 4B7G A; 4L74 A; 4IBK A; 4AG6 A; 3SSU A; 2Q2E B; 1NTM E; 3U6P A; 3G3Z A; 1HNW M; 1OAI A; 3IG5 A; 1N33 M; 1T2K D; 2WSS H; 3G71 P; 1QAO A; 1JTH A; 4LRT A; 1IXS A; 4RF1 A; 1M1J A; 1H89 A; 2O3J A; 1NTK E; 1HNX M; 3RE8 A; 3BRV B; 2HR3 A; 3P8M C; 3QYE A; 5KO3 A; 1PP9 E; 1DGG A; 1DEB A; 4GT1 A; 1ZMW A; 3NFQ A; 2UUC M; 4WY4 C; 3GRR A; 3CXH I; 1P84 H; 1T3U A; 4JPZ B; 3KDS E; 1EZV E; 4JI7 M; 2K1A A; 3SC3 A; 3TGU J; 3L71 J; 4H0L B; 2FYN B; 1VQ8 P; 3HE4 A; 2DZN B; 3J7A S; 1NH4 A; 3MUD A; 2KP8 A; 2KNV A; 3L74 E; 3J81 S; 4GIT A; 1HF9 A; 2OYH B; 1QQW A; 2KLV A; 3WUU A; 2DZO B; 3CX5 H; 3HKP A; 3L73 E; 1N8R Q; 4PD4 I; 5EXX A; 3PJS K; 1LWU C; 1EDI A; 4NSO B; 4GOE A; 1RE3 C; 2FYU J; 4I8O A; 1NTM D; 4CHT B; 3HUS C; 2FE8 A; 1W5T A; 3RK2 B; 1L1Z A; 3BCC J; 1SXJ D; 2R3S A; 1Q90 D; 2KEB A; 1J09 A; 1LTJ C; 1NKZ B; 4TLG A; 3T15 A; 3A7O A; 4JN6 A; 1EFU B; 2QJK C; 2QA4 P; 3JR5 A; 4XBO A; 4H13 D; 2CV1 A; 2P7J A; 4JQ0 D; 2KRU A; 3H1J G; 4IL6 E; 1IXZ A; 1NTK D; 1FJP A; 3HHZ A; 4P16 A; 4X65 M; 4LLH A; 1NTK K; 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