The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
91
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sequence length |
251
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structure length |
251
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Chain Sequence |
QPGLAELRRRVQEAGVPQTPQPLTDAFLLRFLRARDFDLDLAWRLMKNYYKWRAECPELSADLRPRSILGLLKAGYHGVLRSRDSTGSRVLIYRIAYWDPKVFTAYDVFRVSLITSELIVQEVETQRNGVKAIFDLEGWQVSHAFQITPSVAKKIAAVLTDSFPLKVRGIHLINEPVIFHAVFSMIKPFLTEKIKDRIHLHGNNYKSSMLQHFPDILPREYGGKEFSMEDICQEWTNFIMKSEDYLSSISE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Impaired alpha-TTP-PIPs interaction underlies familial vitamin E deficiency
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
Alpha-tocopherol transfer protein
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| total genus |
91
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| structure length |
251
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| sequence length |
251
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-02-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00650 | CRAL_TRIO | CRAL/TRIO domain |
| A | PF03765 | CRAL_TRIO_N | CRAL/TRIO, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Alpha-tocopherol transfer | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p | CRAL-TRIO lipid binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M8Z A; 1R5L A; 3B74 A; 3W67 A; 4OMJ A; 3B7Q A; 1OIZ A; 4CJ6 A; 2D4Q A; 4J7P A; 3PEG A; 3B7N A; 3HY5 A; 1OLM E; 4TLG A; 4J7Q A; 3B7Z A; 4FMM A; 1OIP A; 3P7Z A; 4OMK A; 3W68 A; 3PG7 A; 3HX3 A; 1O6U A; 2E2X A; 1AUA A; 1OLM A; 4UYB A; 3Q8G A; 4CIZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SXJ A; 1S5L H; 3LW5 H; 3IEC A; 4W7Y A; 1IY2 A; 1BCC J; 2DNA A; 4TLF A; 1NU1 E; 3MGN A; 2X49 A; 4PD4 H; 4HLQ A; 1D0L A; 1Y9B A; 2K88 A; 1YE9 A; 4AUW A; 3AEB C; 1Q3B A; 3D6Y A; 3L72 D; 1NTM J; 3SWF A; 4B3S M; 3GRV A; 1Z5C A; 3TGU E; 1USE A; 2HFE D; 5CCG D; 3U1C A; 1LTJ C; 2AEM A; 1SQX D; 3G4S P; 3SYL A; 2WPQ A; 3HE5 B; 2QPA A; 4KHP M; 4WWI A; 2P67 A; 4XGI A; 4O9B A; 1YYC A; 1NU1 D; 3L28 A; 1VQ1 A; 2VF8 A; 3B5N C; 2VII A; 1ORY B; 1KIL B; 2BJW A; 1JQJ C; 4D6T J; 4DBG B; 3I51 A; 2JXN A; 4ZKU A; 1SQX K; 2IBZ E; 2WSF J; 5KJ7 D; 2ZAM A; 3MTU E; 2F5Q A; 1NU1 K; 1FZA A; 1UIX A; 5GKN A; 3W67 A; 2WTY A; 1RF1 C; 4MGH A; 3CWB E; 2Y0E A; 1L4A A; 4EIW A; 1LTM A; 4PD4 D; 1OLM E; 5E79 E; 1VEK A; 3F92 A; 3FRI A; 1URQ B; 3AED C; 4CPG A; 3AEE C; 1USD A; 2JJL A; 2BJV A; 2JDI H; 3U59 A; 1R4G A; 2XGN A; 1ZW0 A; 5AW4 B; 3D71 A; 1Z59 A; 2AXT H; 1E5W A; 2VRS A; 1DGB A; 1SXJ C; 2XZF A; 3U60 A; 1GL6 A; 1RH5 B; 1FNN A; 4DV0 M; 1OKS A; 3DOA A; 1W5C E; 5KQD A; 5KKZ B; 1LTA C; 4F2L A; 1JY2 O; 4L75 A; 1SXJ E; 2JKV A; 4LJ4 A; 1IFN A; 1GK4 A; 1VQN P; 1GTW A; 2C99 A; 2R5D A; 5B5E H; 3P7Z A; 3VKG A; 4WY4 D; 5EP4 A; 4W5W A; 3A98 B; 4I5S A; 2I7N A; 3HD7 A; 2J7O A; 2ZXE B; 3I4V A; 5KQ8 A; 4L6V 6; 3H1L D; 2KHH A; 2KEB A; 2KSE A; 3FWN A; 4IBE A; 4DV3 M; 2J7N A; 1TTE A; 1OFH A; 1IO4 A; 1QYR A; 4DR2 M; 2QA4 P; 3MK6 A; 4QNR A; 1OFI A; 1AQT A; 2D2C B; 3VFD A; 3H1L G; 1LTB C; 3B8E B; 1KYI A; 3TWK A; 4MGZ E; 4JI7 M; 2WSC J; 1XXH B; 3H4M A; 3H6P A; 5BU5 A; 3KQG A; 3GRY A; 2O01 N; 1JB0 F; 3TDK A; 4M8Z A; 1QUT A; 1RE4 C; 4LFA M; 1OIZ A; 2WZJ A; 1N73 B; 4JBZ A; 5FLX S; 1OQY A; 2FXO A; 2JR8 A; 4LC1 A; 1IXZ A; 3NXS A; 4BRY A; 4C7N A; 4IFD K; 1DH3 A; 3IHP A; 5EP1 A; 2G5G X; 3HE4 B; 3QYE A; 2KLU A; 1PJT A; 5AW0 B; 3HJQ A; 1N7S A; 4NRV A; 2B87 A; 1N34 M; 2WSF H; 1QVG O; 3HTK B; 1XTG B; 1BCC D; 2XND H; 2LWX A; 3B9P A; 1L0N E; 1DGH B; 1X9V A; 2DAE A; 2Y9Z A; 1U7J A; 3LQQ A; 1NHL A; 2W6J H; 1JUN A; 1BCC G; 4JYA M; 1L4A D; 3T1Y M; 2O25 A; 1NTM D; 3SAV A; 1KMI Z; 2J59 M; 3H4J A; 1JCD A; 1ZRT E; 1HR0 M; 1S2E A; 4D6T E; 5JI2 E; 3E21 A; 2NPS A; 1HNX M; 1LNQ A; 1YBK A; 1HVV A; 2IFM A; 2B3T A; 3S1K A; 4P16 A; 1NTM G; 4DV7 M; 4UB8 H; 1JR3 A; 2PGD A; 2QSI A; 1QDT A; 4R4M A; 1NSF A; 5EQT A; 1SQV J; 2N1T A; 2X4A A; 1P84 E; 5EXT A; 4U7J A; 1NTM K; 3CMA P; 3HHZ A; 4D6T D; 3LCV B; 2QG4 A; 2RH0 A; 4JQ0 D; 4DR5 M; 1LWU B; 5B66 H; 5AVQ B; 5ITR A; 4B3M M; 5C1B A; 4DR6 M; 1NOH A; 4UB6 E; 2RGH A; 1XHB A; 3UGJ A; 3HD7 D; 3SWY A; 4A3V B; 3CGW A; 3U5Z B; 4F1I A; 3H1K J; 4W7Z A; 4GRI A; 4X65 M; 2P1J A; 2K47 A; 3L29 A; 4J7Q A; 3NMD A; 3SMP A; 3VK8 A; 1NNJ A; 1VDF A; 4IBB A; 1JCC A; 2VF7 A; 5IT9 S; 2WSC H; 1HT1 E; 1KIL A; 1NTZ J; 1BDD A; 4CIZ A; 3RK3 C; 5KLI C; 2KNA A; 3TPZ A; 4N3Y B; 4H0L B; 3KS8 A; 1IM2 A; 3Q1M A; 3SAW A; 2DXI A; 5JI3 E; 4MN4 C; 5APV A; 2QBY B; 3UZU A; 2KOG A; 1X22 A; 3RGS A; 2Y0Q A; 3VN0 A; 4TUW A; 1Z56 A; 3M9H A; 3THG A; 3L73 J; 4QOZ C; 1J1E C; 4LFC M; 2LVO C; 2LVQ D; 4LFB M; 2DZN B; 2KB7 P; 1CI6 A; 1IY1 A; 2E75 C; 3QH9 A; 3GP1 A; 1JY3 N; 4LRT A; 2NPS C; 2IZ1 A; 5BU8 B; 3Q8X A; 2J58 A; 2QIW A; 3Q5P A; 2G8Y A; 1R5L A; 1JB0 J; 1YJ9 P; 4G4N A; 4ANR A; 4OVN F; 1JNM A; 3P8C D; 5IRE B; 3RK2 C; 3HWS A; 1N7S D; 2KZS A; 2CFO A; 1TF0 B; 3WHK A; 2L09 A; 2KXE A; 3AEA C; 2SPZ A; 3MJ5 A; 2OTL P; 3U6E A; 4IBK A; 3GLI A; 3SYK A; 3TWM A; 1NJF A; 3MZW B; 1JR3 E; 2P2U A; 3H1J G; 2FFD A; 5KLV E; 2HG5 D; 3M0D C; 1KYO H; 2EKK A; 1VDD A; 4IL6 X; 1Q7Y Q; 1V92 A; 2V1C A; 1QEX A; 3NTN A; 2M3E A; 1R2Y A; 2BAS A; 4M9X A; 3G9R A; 3IG8 A; 4JYB A; 1KFM A; 4X66 M; 3BRT B; 1TH2 A; 2UXC M; 4I6M C; 3OA7 A; 5IWA M; 2DI0 A; 3VKH A; 1JTH B; 4N78 E; 3NBX X; 1JR3 D; 1TH4 A; 1H0T B; 2M5Z A; 2R45 A; 2P5T A; 1KIL C; 2FE8 A; 2N1T D; 3A3Y B; 3A0B H; 1N36 M; 3IR9 A; 3L71 J; 1GU5 A; 1W5S A; 2V7Q J; 1IFM A; 1KIL E; 3HU3 A; 4YTP C; 4M3L A; 3A5T A; 1OVV A; 4XE5 B; 2UXD M; 4U3F D; 1T43 A; 3L75 J; 1S9K E; 1EDI A; 2X8A A; 2N35 A; 5H2F E; 1N73 A; 1SFC D; 3TNU B; 3SMS A; 3ABV C; 3KP1 E; 4U3F G; 4GIT A; 1KYO D; 1URQ C; 1S5L X; 2A5Y B; 3A0B E; 4DR4 M; 2E74 D; 2AHM A; 3H1I E; 2FYU D; 4FVM A; 1L2B A; 4OGQ D; 1P3Q Q; 4EIJ A; 1S72 P; 3L27 A; 3JR4 A; 4GHA A; 3KP0 E; 1NGM B; 1NJI Q; 2G3Q A; 1CUK A; 1L0L E; 1SQV D; 2FYU G; 1R6B X; 1F4I A; 5KKZ C; 3WU2 H; 1DGH A; 4GKG A; 3AJI B; 3LID A; 3PP5 A; 2R44 A; 4BXL A; 2NQ8 C; 1GZL A; 1NTK J; 4Z8X A; 4NRW A; 2RMZ A; 3GLI E; 1SQV G; 2OO9 A; 2ZYD A; 1AVO A; 2FYU K; 1OAO C; 2E76 D; 1SQP J; 1EDL A; 4ZNC A; 2BWB A; 5APQ A; 1JY2 P; 4L4U A; 3H1K D; 3G6E P; 2I8D A; 4PDI A; 1QLE D; 2LXC B; 1ZN5 A; 1SQV K; 4JI4 M; 2FFJ A; 1VQL P; 4GC5 A; 4QHS A; 4Q7J A; 2D2C C; 1VQ7 P; 3AE1 C; 4BB9 A; 3H1K G; 2R62 A; 2B9B A; 2LH0 A; 2Z4S A; 3M6A A; 1NTZ D; 3L70 J; 1S4X A; 2CPS A; 1PGP A; 3F89 A; 3KDS E; 2A06 D; 2Q6Q A; 3V6I A; 3A2A A; 1Q81 Q; 1LTS C; 2K9J B; 3VOP A; 2JWA A; 4QMA A; 2APL A; 2R5B A; 3PLN A; 1LWU A; 1QL2 A; 1VF5 D; 2R3S A; 4I81 A; 3T1H M; 1NTZ G; 3UMM A; 4I7Z B; 2OGU A; 2A06 G; 2C0W A; 1XXH E; 3L26 A; 1SLQ A; 1BE3 J; 3U6S A; 3D8B A; 8CAT A; 1GL2 A; 2Z5H A; 1FZC A; 3U5Z A; 1N73 C; 3S4R A; 3GPY A; 3L73 D; 1BGY E; 2RGO A; 4NL4 H; 2A45 I; 3HX3 A; 1N2D C; 4N6J A; 3H1H J; 4P17 A; 2KZU A; 2QP9 X; 1NTZ K; 3BBZ A; 4KLN A; 4LF4 M; 1EZV D; 1Z5A A; 1LGH B; 4RNA A; 4G4Q A; 3CXH H; 2XZR A; 3L73 G; 2H8P D; 4GDO A; 1YQ4 C; 2ZVO B; 4TLG A; 1JO5 A; 3K2L A; 3TGU J; 1WR1 B; 1EZV G; 2ZYG A; 3GHG B; 3SAS A; 1VQ4 P; 1NH4 A; 3W0F A; 2C9L Y; 2PFX A; 3CF0 A; 3GLH B; 3V4W A; 3CCL P; 3EFG A; 1NY5 A; 2QBY A; 2I7P A; 2E43 A; 2OYI B; 2W27 A; 2QSF X; 4RJT A; 3QYB A; 1NAF A; 3L71 E; 4HH2 A; 2HPC A; 1IFP A; 3CME P; 1FDI A; 1U7M A; 4H13 D; 5APX A; 1NJG A; 3I5C A; 3ZC7 B; 2ZTD A; 2MJ5 B; 2QEX P; 1LP1 B; 2PRR A; 4YXD C; 4CHT B; 3CWB J; 1WHC A; 3B74 A; 1NVM A; 2D7G A; 2DWN A; 3L71 D; 1Q2N A; 1GDT A; 4YHH M; 3CXH D; 4L8R C; 2ITA A; 1MKM A; 3CCE P; 2XKM A; 1LWU C; 2YXQ B; 3V76 A; 1PPJ D; 4NOO B; 5GTI H; 2C9C A; 1DEE G; 3D6Z A; 1WXQ A; 1LJ2 A; 3AV0 A; 3L75 D; 2QZ4 A; 4NPD A; 1DGF A; 2POH A; 2KNZ A; 4LGD E; 1KQS O; 3BRV B; 1PPJ G; 1QZM A; 1LTJ A; 1GVN A; 4IFM A; 1FJG M; 2NRG A; 2O1K A; 4IL6 H; 2JWD A; 1ZXG A; 1C1K A; 1XNR M; 4PD4 I; 1PJS A; 3VMZ A; 3L75 G; 4X62 M; 1NTK E; 4OMJ A; 2CEA A; 2G3A A; 1ZME C; 2O01 F; 1DO0 A; 4BWN A; 5DJU B; 3RL0 B; 1PGQ A; 3C3E A; 2WVR A; 1ZV1 A; 1H6U A; 4LGY A; 4H0L C; 2DAM A; 4NSR A; 1HGZ A; 1I4W A; 2JY8 A; 2W83 C; 2WPV B; 3VDP A; 3FXE A; 2CE7 A; 2Q2E B; 3KVW A; 5TJH A; 1KQL A; 1AVY A; 3V2P A; 1GL2 D; 1NTK D; 4ASV A; 4ZKP A; 1GJT A; 2L7I A; 3IG5 A; 3TNU A; 4OWF A; 4LJA A; 4MB7 A; 1K73 Q; 3L70 E; 1TDH A; 4I8O A; 1R5S A; 2K0B X; 4JV5 M; 1SQP D; 3OJA B; 1DIP A; 2W6A A; 1TDZ A; 1G2C B; 1KB9 I; 4WBA A; 3VYI A; 2WPR A; 1QQW A; 2KXP B; 1BE3 E; 1SQP G; 4XFJ A; 1NTK K; 2KRU A; 4IBF A; 3H1H E; 3VMX A; 4UN2 B; 5FTL A; 2UUC M; 2PAJ A; 3L70 D; 2ZAO A; 4RF0 A; 4OX9 M; 1VQ8 P; 4LJ7 A; 4M9S A; 1FU1 A; 2CHG A; 3FKE A; 4JXJ A; 1SQP K; 4H44 D; 3KS4 A; 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3AOE A; 1G3I A; 4HL4 A; 4JI5 M; 1WJ7 A; 1PJI A; 5DNY A; 4AI6 A; 3DZD A; 1KB9 E; 1ZV8 A; 2JY6 B; 2JNH A; 3WUV A; 3KOW E; 2LVN C; 1CZQ A; 4EOT A; 1GJS A; 4L78 A; 4DV1 M; 4DOJ A; 1SXJ D; 3V2R A; 3GF3 A; 1DO2 A; 1EDK A; 3GQ4 A; 2KNV A; 1GMJ A; 3FUU A; 3FTF A; 2OQ4 A; 1IBK M; 4PV1 B; 1E9R A; 4DT0 A; 1NVO A; 4B7F A; 4I7Z C; 2W90 A; 1DEB A; 3SWK A; 2QQ8 A; 3U1A A; 3U6O A; 4MM3 B; 2EUC A; 3VP9 A; 2GQF A; 2B89 A; 1FZG A; 1W2E A; 3J27 B; 2BCC E; 2L4E A; 5KLV J; 5ITY A; 5KTB A; 3PG7 A; 1RHZ B; 4DUZ M; 4L76 A; 3K9P A; 3L25 A; 3GHG C; 2AEJ A; 3LCU A; 2DAI A; 2WMM A; 1GW3 A; 3QAU A; 2LBC A; 2MH8 A; 2WPS A; 3H32 B; 2JY7 A; 7CAT A; 3GQ3 A; 4LY6 A; 2OYI C; 1FZF A; 3N7N A; 5BPV A; 1IN6 A; 1P84 H; 1OZH A; 3GLH E; 4XA4 A; 3QWL A; 3R4Y A; 5LMU M; 3AOE C; 2KLV A; 5H37 D; 1FC2 C; 2L4F A; 2WSE F; 4IFF A; 4UB6 H; 2R4J A; 4EI2 A; 1I94 M; 1G2C A; 1X79 B; 4K3A A; 4ZMD A; 4NC6 A; 3J2P B; 1L0N D; 1X8Y A; 3LQR A; 3HHY A; 3MUD C; 5FSW A; 3A45 A; 3L35 A; 1JEK A; 3D70 A; 1L0N G; 4DV4 M; 1ZRT D; 1KQF B; 3L74 E; 3M0D A; 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