2LQNA

Solution structure of crkl
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MSSARFDSSDRSAWYMGPVSRQEAQTRLQGQRHGMFLVRDSSTCPGDYVLSVSENSRVSHYIINSLPNRRFKIGDQEFDHLPALLEFYKIHYLDTTTLIEPAPRYPSPPMGSVSAPNLPTAEDNLEYVRTLYDFPGNDAEDLPFKKGEILVIIEKPEEQWWSARNKDGRVGMIPVPYVEKLVRSSPHGKHGNRNSNSYGIPEPAHAYAQPQTTTPLPAVSGSPGAAITPLPSTQNGPVFAKAIQKRVPCAYDKTALALEVGDIVKVTRMNINGQWEGEVNGRKGLFPFTHVKIFDPQNPDENE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Domain organization differences explain Bcr-Abl's preference for CrkL over CrkII.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Crk-like protein
total genus 52
structure length 303
sequence length 303
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
A PF07653 SH3_2 Variant SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 2lqnA02
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 2lqnA03
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 2lqnA01
2IUGA 2IZVA 2RMXA 2DLYA 2HEQA 4HVWA 2BBUA 2LJ1A 1SHGA 1AOJA 2AOBA 1WIEA 5D0JA 2FEIA 5DC9A 2XMFA 3H0HA 4Z88A 2OZOA 4H1OA 1O4IA 5I6VA 2EGEA 2KRSA 1I07A 1BLKA 3HIZB 4AG1C 2EYZA 2C0TA 3R6NA 5IXFA 1PICA 1GHUA 4EIKA 1LCKA 2DL7A 2KROA 4JPBW 2ABLA 3U23A 3BUOB 2DMOA 1RPYA 1M3AA 4P9ZA 2M51A 5CDWA 2RSYA 2EO3A 1W70A 1FYNA 1JO8A 4FL2A 1F2FA 3K2MA 2DVJA 2PZ1A 4F5BA 1CKBA 1HJDA 1CSYA 2RQWA 2D8JA 1KIKA 1WX6A 2O31A 2EOBA 1OEBA 3PSKA 2JM9A 5L23A 1NEGA 2PLEA 3PQZA 3M0UA 2MQIA 4OHEA 1X2QA 4LN2A 2E5KA 3MXCA 4RTWA 1RJAA 1AZEA 2O2OA 2V1QA 2KEAA 2CT4A 1FU5A 3IN8A 2GE9A 4OHHA 4F5AA 3VS5A 2RN8A 4NWGA 4CC7A 1OO3A 1PHTA 1OOTA 4JE4A 1TZEE 2DX0A 3VS0A 2RQVA 2AK5A 1O45A 1WDXA 1UDLA 3BUNB 2NWMA 4AFQC 5J3XA 3VRZA 1LUNA 4TZIA 1V1CA 1O4LA 1O4NA 3M0RA 1H9OA 1QWFA 1PRMC 2AZVA 1H3HA 4GL9E 2A28A 2CUBA 2DRMA 1SHDA 2LCTA 1Z3KA 3PSJA 1CSZA 2MOXA 1K0XA 1UE9A 3S8OA 1ZUUA 4H34A 5HKZA 2EW3A 4Z8AA 1GBRA 4AFZC 2RF0A 2DBKA 5HCKA 1RQQC 3CD3A 3EG0A 2VIFA 1CKAA 2IUIA 2GQIA 3IN7A 1O42A 4WCIA 5IBMA 3SHWA 3GBQA 1QKWA 2PLDA 1R1SA 4E68A 4LUDA 1BFJA 3OV1A 3OVEA 2GNCA 3N8MA 1K9AA 1T0HA 4R0KA 2L3SA 1O41A 1LCJA 2ROTA 2FPFA 3N84A 1UG1A 1UURA 1ABOA 1IS0A 1A08A 1OPKA 4U1PA 1A1CA 1E6GA 3NPFA 3TL0A 3IQLA 2M0YA 5HKYA 1GL5A 1BK2A 1BG1A 2KT1A 1O4MA 1K1ZA 2QDLA 2CI8A 2MRJA 1U5SA 3FJ5A 2JS0A 3RBBB 2RVFA 1GCPA 1BKMA 2LCSA 1ZUYA 2KE9A 1TCEA 2PNAA 2PNIA 2KYMA 2GSBA 2LMJA 1A09A 3QWXX 3UF4A 3EAZA 4E93A 1MV0B 1UJ0A 2KGTA 1O4BA 1YWOA 1X43A 1FMKA 1W1FA 2CH4W 2DNUA 3REBB 3VROA 5BO4A 3UA7A 1LKKA 3BUWB 1VYTA 1BMBA 3MXYA 4X1VA 1O4GA 4J9BA 1MW4A 2DILA 1PKTA 2L3TA 2XP1A 1TUCA 1UTIA 2HDAA 4OMMA 4A63B 1JU5A 2BTTA 2YU7A 1FBZA 1KJWA 2DL8A 1M3CA 1YCSB 3I5RA 4L1BB 3CXLA 1JU5C 1RLQC 2GBQA 3PS5A 1JYRA 2ED1A 2YSQA 1O4HA 1Y57A 2RPNA 3VRYA 1H8KA 2CSIA 3CQTA 5EEQA 1MILA 1G2BA 2X3WD 3UATA 3LH5A 2B86A 1WA7A 1ARKA 3M0SA 1ZLMA 4JZ4A 2JT4A 1BHFA 2DLPA 2O88A 2MRKA 2LX7A 1NM7A 5HKWA 2NUZA 4GPLB 1JQQA 2AKLA 4GWFA 1OPLA 1SEMA 3UYOA 4IIMA 4QSYA 3EACA 1VYUA 1S1NA 1PRLC 2H46E 2K3BA 2A08A 1O47A 1HSQA 2IUHA 2FG0A 1K0SA 2CI9A 1YVHA 2K7AA 1PKSA 2W0ZA 4P9VA 1A0NB 3BKBA 2Y3AB 3VS6A 4D8DA 1GRIA 3TSZA 3US4A 1O49A 4K45A 4XZ0A 2QMSA 3MAZA 3VS7A 1KA7A 2O9SA 1GBQA 1FHSA 2EGCA 2A36A 2KNBB 2DX1A 3I35A 2HCKA 1AYAA 1R1PA 1NZLA 2EYYA 4J9FA 1SRMA 2YSXA 1W6XA 1WXUA 3EHRA 1SRLA 1CSKA 2DL4A 3VS1A 2FRWA 2KT8A 2L2PA 1H92A 1Z9ZA 4RTVA 2BZYA 3QWYA 3N7YA 2J05A 4GBQA 1NYGA 4DEYA 1RLPC 1UHFA 4CC4B 1BF5A 1LKLA 4RTZA 1AZGB 2L4KA 2KXCA 4NWFA 3VRPA 2EYVA 2ESWA 4K44A 2DRKA 2BZXA 2YUPA 2RORA 4D8KA 2ETZA 2J06A 3NGPA 4RTXA 2RMOA 1M30A 4ORZA 1X6CA 1JXMA 2JXBA 1AB2A 2C0IA 1QKXA 3M0TA 4OMQA 3GQIB 1O4PA 1WYXA 2LNHB 5EC7A 2LQWA 3H41A 1FYRA 1JWOA 1NZVA 4FBNA 2H8HA 1Y0MA 1U06A 2J6OA 1WQUA 3OP0A 2FRYA 4OMPA 5GJWB 1M61A 1AYCA 2CBLA 1SHBA 1JYQA 2FPDA 4DGPA 1T3SA 1UUEA 2J6KA 2OJ2A 4KRTA 2CT3A 1SHFA 2MIOA 1JYUA 2RNAA 2CR4A 3VGOA 4AFSC 2MK2A 1KSWA 1E6HA 2K6DA 3T04A 2D0NA 5GJIA 1E7OA 5GJHA 1UECA 1G83A 3VRNA 1BKLA 1GFDA 4RTTA 1NG2A 3S8LA 2GGRA 4JJBA 4LUEA 2DBMA 1GCQA 1O4DA 4OHIA 1A07A 1B47A 1NEBA 1UJYA 2J7IA 3VRQA 1D1ZA 1GCQC 1B07A 1ABQA 2I0NA 2YT6A 4JZ3A 2ROLA 1HCTB 1AVZC 3VS2A 1KFZA 1SPRA 4LE9A 1JXOA 4EY0A 1NLOC 1YWPA 4F59A 3HCKA 4HVUA 1X6GA 3KFVA 2RQUA 1XOVA 5DC0B 2KNOA 2K79A 1X69A 2CIAA 3JV3A 1Y1UA 2DL3A 3IMDA 1BLJA 1O4EA 1BB9A 4ESRA 1X27A 2FO0A 2LQNA 1QCFA 1O4CA 1I1JA 3A98A 2L3PA 1ZBJA 2EYXA 2EQIA 2YUQA 3PJPA 3C7IA 2DCRA 3WA4A 1TG0A 1VYVA 2LNXA 4OMLA 1I0CA 4CC3A 5EG3B 4J9GA 2JM8A 3THKA 1PNJA 4JJDA 2A37A 1HCSB 3PLFB 1SPSA 2ECZA 1ZFPE 2VKNA 2JW4A 3CWGA 1T0JA 2EYWA 4CC2A 2F2XA 1O4OA 2HBWA 2CS0A 2OQ1A 3I5SA 1WXTA 2CH4A 4X6SA 2EBPA 3M0PA 2CDTA 2C0OA 1O4FA 2F2WA 3I9QA 4J9HA 2DLZA 3NHNA 3PVQA 2O9VA 2KRMA 5FWBA 1A1AA 2L3QA 2JTEA 1QLYA 2KBTA 1A81A 5I22A 2J6FA 1BHHA 1O4AA 1D4TA 4FSSA 4OMOA 1IO6A 2EL8A 1YVLA 3PE0A 1PWTA 1O4RA 1O43A 4M4ZA 2VWFA 1O4QA 1VA7A 2LJ3A 3BUXB 1AWJA 2DM1A 1BM2A 3ULRB 3S8NA 2P4RA 1UHCA 2GTJA 1T3LA 3BUMB 1NLPC 3S9KA 4RUGA 2K79B 2YDLA 2Y1MA 1GFCA 1P13A 4DEXA 2AOAA 2LJ0A 1AYBA 1UUSA 2FCIA 1TUDA 2JYQA 4EIHA 4RTUA 2Y1NA 4F16A 4OHLA 3VRRA 3OB2B 1I3ZA 2DJQA 1O4JA 3CBLA 4A4CA 1X2KA 5EELA 1M27A 1RI9A 4K11A 4JJCA 1MV3A 1M27C 2JMCA 2LZ6B 1WI7A 1X6BA 1LUIA 2V1RA 1QADA 1ZX6A 4F14A 2OAWA 1NYFA 1R1QA 2EKHA 3RNJA 2EPDA 2DE0X 1B3QA 2KR3A 1X0NA 2HDXA 2RQTA 2HSPA 5IBSA 1M3BA 2HMHA 2KRNA 3VS4A 5DC4A 2SEMA 2PNBA 2YUOA 4JGHA 3TKZA 1YN8A 3EG2A 1O48A 2JMAA 3PVLA 2DA9A 2AKKA 2DL5A 2KK6A 1BHHB 1IJRA 3NMZC 2C9WA 3PFVA 3ZL7C 4AG2C 4AFUC 1N5ZA 4U17A 1ZSGA 2D8HA 1AYDA 5EHRA 1BFIA 1LUKA 2K7AB 1SSHA 2K2MA 4DGXA 2SRCA 1SPKA 2EGAA 3REAB 2EU0A 2L6KA 1O44A 1F1WA 2BZ8A 2OI3A 2DM0A 5IXBA 2KYBA 1AWXA 1CWEA 1WFWA 5AXIA 1NRVA 2LP5A 2VVKA 1A1BA 2K9GA 1AEYA 2ED0A 2SHPA 5EHPA 1M8MA 4ROJA 4E6RA 4HXJA 2CRHA 4FL3A 2GTOA 1WLPB 2H5KA 1KC2A 2L0AA 2DYBA 1FU6A 3TSWA 3HHMB 4J9EA 1BBZA 1BU1A 1OO4A 2CREA 1LUMA 1Z9QA 4Z89A 1JEGA 1WXBA 4LNPA 3SEMA 1AWOA 1O4KA 2F2VA 2EKXA 3OB1B 1MUZA 1U3OA 3H0IA 2EO6A 1ZUKA 5FW9A 2AUGA 2B3OA 4K2RA 3GXWA 4OHDA 4GLMA 4ZNXA 1AWWA 1J3TA 3H0FA 1YNZA 1K76A 2CSQA 2PTKA 2X3XD 4Y92A 5FWCA 3TVTA 3EGUA 1CJ1A 1QG1E 2LNWA 3O5ZA 4HCKA 4IIOA 1A1EA 5DF6A 4A4BA 4J9DA 3C0CA 1D4WA 5ECAA 2D1XA 2EVRA 2HUWA 5IHNA 2RQRA 3UA6A 1EFNA 3KFJA 1XA6A 4J9IA 4F17A 4OMNA 5IHIA 2HDVA 2ECDA 1O46A 4QT7A 2G6FX 5KAZA 5IH2A 2CUDA 2MCNA 5IHKA 1QWEA 4RTYA 1YP5A 2AZSA 1CWDL 1KA6A 2KXDA 1FBVA 3VS3A 1SHAA 3M7FA 2JS2A 1AD5A 2W10A 4HVVA 1OV3A 5AULA 3ZNIA 1K4US 3EHQA 3GXXA 3IMJA 3M0QA 1SKJA 4WWQA 3EG3A 4J9CA 5GJVB 1AOUF 2FPEA 4XZ1A 2ENMA 4JEGA 1HD3A 1AOTF 1RUWA 2DF6A 1UFFA 3EG1A 2IIMA 2YUNA 2MC1A 5I11A 1UGVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LJ5h 1SG5A 1D3BB 2DLYA 4CI0C 1SHGA 2VYTA 4M78D 1AOJA 2R57A 4EMKC 1C1AA 1O4IA 3CPFA 5I6VA 3URGA 1BLKA 3HIZB 2EYZA 1YHQT 1PICA 1GHUA 4M75A 1LCKA 2PUOB 1V29B 3PIPA 5EG2A 4BI8B 2DMOA 3CC7A 1M3AA 6AT1B 4M7AF 1RPYA 4P9ZA 2M51A 3VUBA 1FYNA 4C8QF 4FYXB 3OQ5A 1CSYA 2D8JA 1KIKA 2JVVA 3QYHB 3CCVQ 2LCLA 1NEGA 1QVGA 3M55A 1R0BG 3M0UA 1YI2T 2MQIA 1X2QA 2E5KA 2YLBA 4RTWA 3CMEA 2O2OA 2KEAA 1FU5A 2GE9A 4OHHA 2A7YA 3VS5A 4CC7A 4ANJA 1PHTA 2DERA 3P8HA 2DX0A 2QQSA 3JB9I 3JAME 2AK5A 3OS0A 1WDXA 2X9HA 2XDPA 2Y4YA 2NWMA 4AFQC 3VRZA 4C8QC 1BIBA 2XIDA 1N8RR 4TZIA 1O4LA 1O4NA 2AZVA 4ZGEB 2DRMA 4J7IA 3CC7T 1Z3KA 3JCMX 4F7UG 2BUDA 1K73R 1K0XA 1UE9A 1ZUUA 3DKMA 4Z8AA 5HCKA 3OBYA 1TXQA 1WQWA 2GF7A 2IUIA 1O42A 4WCIA 3DB3A 4FT2A 3OV1A 2YRDA 5GMKh 3LLRA 3OYBA 1Q82R 4NS5A 1O41A 1G3YA 1KC8C 3N84A 1IS0A 1A08A 1R0CB 4OB2B 1D1CA 2G3RA 3NPFA 5GAN7 4M7AB 3IQLA 5HKYA 1QMCA 2AT1B 1KD1R 1K1ZA 2CI8A 3FJ5A 2JS0A 4MZMA 1GCPA 2PQWA 1TCEA 2DXUA 2KYMA 2P4TA 1A09A 2EJ9A 3GNFB 1MV0B 3RIRA 1UJ0A 2WSFE 5LJ5d 1YWOA 2CP7A 1XNIA 2CH4W 1M90C 1U1TA 4J9BA 1MW4A 2IPOB 4OB0B 1WQ7A 3OYIA 2L3TA 1Q81R 3PT9A 1JU5A 4OMMA 1QW1A 3EH2A 5GAMg 1M3CA 3DB4A 3I5RA 3PS5A 2X4XA 1O4HA 1IGUA 2RPNA 2CSIA 2K5LA 1G2BA 2B86A 5IN1A 5CVIA 5FROA 2MRKA 2BE7D 4XU0A 1NM7A 2LVMA 1OPLA 1SEMA 5C0MA 4QSYA 2BIVA 5GAN3 4J6YA 3CCRA 1Q7YU 1PG5B 3G71Q 2DKGA 5GMKm 1BYMA 1A0NB 3BKBA 2Y3AB 2XK0A 3M59A 3G7ZA 3CC4T 3QSUA 4KBMB 2O9SA 4JLIA 1GBQA 1R8OB 1FHSA 3VUZA 2A36A 3I35A 1M1KR 2M9UA 3BDLA 2RJCA 4N4GA 1NZLA 2YSXA 1SRMA 2ZPFB 1LNXA 3CCSQ 1SF9A 2FRWA 2L2PA 1Z9ZA 2RHZA 2BZYA 4CC4B 2XHCA 4NL3A 2PVGB 2WSCE 2KXCA 1VQOQ 2RORA 1ZA2B 3NGPA 5KYNA 2RMOA 1X6CA 2HMAA 1KC8R 1QKXA 4M75B 5KYYB 5EC7A 1YCYA 4DOVA 5AYFA 3H41A 1FYRA 2H8HA 2J6OA 4C92F 1YJWA 5KYUA 3S3MA 1JYQA 1KQSP 2K4YA 4M78A 4C8QG 3NTKA 3OYGA 4JJNK 1SHFA 3HKSA 2X51A 3VGOA 2MK2A 3UDCA 3EH1A 4QQGA 4A54A 1E7OA 3VYGA 4XTUA 2EAYA 1GFDA 4RTTA 4QVCA 2COWA 3JCMb 2HQXA 1YIJQ 3CCEQ 4JJBA 2DBMA 1GCQA 2V8KA 3CCLA 3OS2A 4C5EA 1D0ZA 1M90R 4FL6A 2E3HA 2ATCB 3VRQA 3A8MB 1VQLA 1B34B 2ROLA 3G6EA 1KFZA 1UGRB 3SDZA 4E47A 1NLOC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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