3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
molecule tags Signaling protein
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
1NZLA 3UA6A 1OOTA 2X3XD 1YP5A 1O4QA 2QDLA 1KIKA 1TCEA 2L4KA 2AK5A 3PS5A 1D4TA 2DF6A 1KC2A 3ZL7C 2GGRA 1SSHA 2J05A 4OMLA 4X1VA 1CSZA 1R1PA 1SPSA 2YT6A 4AG1C 1U5SA 2PNAA 2DX1A 1H9OA 1JXMA 1LUIA 2O2OA 2PNBA 1CKAA 1LKKA 3I5SA 1A07A 2C9WA 2DM0A 1X6BA 3VS4A 5IBMA 1RLPC 1WQUA 4AFUC 1I3ZA 2W10A 4QSYA 2HDXA 2DM1A 2YUOA 2YDLA 2HDVA 1NG2A 2DL8A 2LQWA 1F1WA 3A98A 4HVVA 3QWYA 1N5ZA 5I22A 2ABLA 1AYCA 3EG0A 1UTIA 3WA4A 4DGXA 2CS0A 1H8KA 3EG3A 4A4BA 2ETZA 2KRNA 3IN8A 2OJ2A 4OHLA 2DCRA 1O41A 4XZ0A 1R1QA 1I07A 2DL4A 1HCSB 4J9FA 4FBNA 1YN8A 3M0PA 2C0OA 4LE9A 1PWTA 1G2BA 4J9GA 2DL3A 3S8NA 1GBQA 2L0AA 3K2MA 4FL2A 3S9KA 3OP0A 1M3AA 2P4RA 4JZ3A 2RVFA 1M30A 2EBPA 2J6OA 1AWJA 3KFVA 4D8DA 1O4OA 1M27A 2JTEA 2LNHB 2CT4A 1X27A 2RMOA 2A08A 2EPDA 2KGTA 1M61A 2LCTA 1NYGA 2VWFA 2J06A 2EW3A 2EL8A 2GBQA 3BUOB 2MCNA 2CSQA 1A81A 4F5BA 2KNBB 3O5ZA 5DC4A 1A1CA 1IS0A 1OPLA 4LN2A 1O43A 5FW9A 2KR3A 1E7OA 2J7IA 2O31A 3I35A 3QWXX 2EO6A 1M8MA 2FO0A 1VYTA 3M0TA 4K44A 3GQIB 4H1OA 2O9VA 3M0UA 4K45A 2SRCA 2KXDA 2RQWA 2C0IA 2DBKA 1JO8A 2EYYA 2M0YA 4Y92A 1K4US 2LX7A 3NPFA 2D8HA 4HCKA 1FYNA 1X43A 1X0NA 4ORZA 3GXXA 1I1JA 5EEQA 1LKLA 2AUGA 2OZOA 5BO4A 2DVJA 2L3TA 4CC7A 1JYRA 1GCQC 2KT8A 1UE9A 2B86A 1FYRA 1JEGA 2KNOA 1CKBA 1KFZA 5EC7A 1GBRA 3GBQA 1K1ZA 2EO3A 2FG0A 1SPKA 4TZIA 3VS6A 1GRIA 2CH4W 3NHNA 2PLDA 4L1BB 2ECDA 3VRYA 2RF0A 2DL7A 2CSIA 1U06A 1RI9A 3H0FA 1NYFA 2OI3A 1B47A 2EOBA 4JEGA 2LMJA 1T3LA 4AFZC 1UDLA 2EGCA 1BFIA 1JXOA 1O4CA 2LNXA 2CDTA 3EG2A 2LZ6B 3VS5A 2ECZA 2B3OA 1YNZA 4F16A 3EAZA 3BUMB 1MV0B 2JT4A 4F59A 1WA7A 1BK2A 1SHGA 1FU6A 3PE0A 2KYBA 2DLYA 3R6NA 5D0JA 3VRQA 4A63B 4F14A 1NEGA 1QG1E 5IXFA 4HVUA 3N7YA 1MUZA 4D8KA 3VS1A 2NUZA 4GBQA 2HEQA 1CSYA 1LUNA 1JQQA 2Y3AB 4OMOA 4DEYA 1BFJA 1BKMA 5I6VA 2DA9A 4ROJA 4LUDA 1W70A 5AXIA 2LP5A 2CIAA 3OVEA 3BUWB 2DLZA 4E6RA 1P13A 3IQLA 2CI9A 3UYOA 1KA6A 2LJ3A 1SRLA 5FWCA 2JS0A 1O4NA 2YUPA 1O4FA 1UUSA 1Y0MA 2RQUA 1JWOA 3LH5A 1SPRA 2L2PA 3UATA 3VS7A 1YVLA 2H5KA 2AKKA 1Y1UA 2QMSA 3REBB 5DC0B 5IH2A 3CBLA 4Z89A 1E6HA 4OHDA 1AOJA 1A1BA 1IO6A 2IIMA 2KXCA 1O4GA 1J3TA 1UFFA 2KT1A 3CXLA 4EIKA 1O4AA 2EKXA 5L23A 1TUDA 1CJ1A 2VVKA 1UJ0A 3EHRA 3N8MA 2EU0A 4M4ZA 4J9HA 1AYBA 2DRKA 1T3SA 2ENMA 3M0RA 2LNWA 1UJYA 2GTJA 1GCQA 1UURA 4FSSA 2RMXA 2ED0A 2KYMA 1MV3A 3M0SA 1SHFA 2DBMA 2DNUA 2IUIA 1RQQC 2KK6A 2PNIA 4IIOA 4RTXA 1K9AA 2OAWA 2L6KA 1QKWA 3BUXB 1WXTA 2RQTA 1BMBA 1RUWA 4F5AA 4DEXA 2HCKA 2GSBA 2PLEA 3PSJA 1HSQA 4H34A 2EYZA 2JMCA 3EG1A 5CDWA 2JXBA 1A09A 3RBBB 1AB2A 2V1RA 2XMFA 2KE9A 2YUNA 5DF6A 4WWQA 4KRTA 4WCIA 2SHPA 1U3OA 1UUEA 4RTVA 4NWGA 1AD5A 1IJRA 3TL0A 2ROLA 1WFWA 2KRSA 4J9EA 3KFJA 1GL5A 1CWDL 2IUGA 1GFCA 4EY0A 1W6XA 1Z9QA 2BZXA 2X3WD 2HUWA 1T0JA 2YUQA 1O42A 1VA7A 2JM8A 2BZYA 2RSYA 2KBTA 2LJ0A 1MILA 2D1XA 1SKJA 1UG1A 1SHAA 4IIMA 3MXYA 3BUNB 2DMOA 4EIHA 5DC9A 2MIOA 2IUHA 4JZ4A 2Y1MA 1G83A 1SEMA 1ZLMA 2CT3A 2EGAA 1BF5A 3I9QA 1A0NB 2EVRA 1FHSA 1ZX6A 2BTTA 2DRMA 3RNJA 5KAZA 1BKLA 5IHNA 1FBZA 1RJAA 5HKYA 4K2RA 1Z9ZA 1O4HA 1BM2A 2HBWA 2CBLA 1WLPB 1UGVA 2LQNA 1D1ZA 1PRLC 2VIFA 1NM7A 4OMNA 4RUGA 4CC3A 1D4WA 1O47A 1SHDA 2L3PA 3IMJA 2MK2A 1YCSB 1ZUUA 1A1AA 4GPLB 4OHEA 1KJWA 4JJDA 1X69A 1BBZA 2CI8A 4U17A 1O4IA 4QT7A 4AG2C 5I11A 1NRVA 1ZBJA 2RPNA 2FPEA 1B07A 2W0ZA 1BLJA 3OB1B 1OEBA 3TVTA 4AFQC 1JU5C 4J9DA 3T04A 4JJBA 4JE4A 3SEMA 1ABOA 1X6GA 3H41A 3VS0A 1HJDA 1EFNA 2DX0A 2BZ8A 1AEYA 3PJPA 1AWWA 2MRJA 1CSKA 3H0HA 2J6KA 1PKSA 2K3BA 2DJQA 4RTYA 1FBVA 1RPYA 3H0IA 2CUBA 1NLPC 2SEMA 2DE0X 1WX6A 3NMZC 3THKA 2XP1A 1O4MA 1OO4A 1QADA 1O4RA 3CD3A 1CWEA 3OB2B 3ZNIA 1PICA 1AOTF 2Y1NA 4DGPA 4R0KA 1QWFA 1TG0A 3TSWA 2F2XA 2PZ1A 3PVLA 1R1SA 2D0NA 1LCKA 2K79A 5HKWA 2C0TA 3EGUA 2L3SA 1X6CA 4JGHA 3FJ5A 2A36A 4J9IA 5ECAA 1FU5A 3REAB 2CREA 2GE9A 1ABQA 1HD3A 1A08A 1QLYA 2H8HA 3CQTA 1BHFA 4J9BA 1O48A 5HKZA 4E68A 1LUKA 4NWFA 2F2VA 2CUDA 3VS2A 2J6FA 1UECA 1WI7A 4RTWA 1VYVA 2KRMA 2NWMA 1KSWA 1O4DA 2YU7A 4GLMA 2DL5A 1I0CA 4HVWA 5FWBA 3JV3A 1YVHA 4Z8AA 5J3XA 2O88A 1BU1A 3VS3A 1NZVA 3M0QA 1AOUF 2JYQA 4JJCA 1NEBA 1YWOA 4CC2A 4XZ1A 5IBSA 4P9VA 2RQVA 2EQIA 2FPFA 2MOXA 4LUEA 1F2FA 5EHPA 2FRWA 3PSKA 4AFSC 4OHHA 1Y57A 1BHHA 1QCFA 3S8OA 4RTUA 5EELA 2LCSA 1WIEA 2AZVA 5GJVB 3EACA 2GNCA 2JM9A 1AYAA 2A28A 4FL3A 4P9ZA 5EG3B 1V1CA 5EHRA 2A37A 1YWPA 4OMPA 2JMAA 2ED1A 1HCTB 1ZUYA 3PQZA 4OMQA 1O4EA 3TSZA 2L3QA 1JU5A 2MRKA 2EYWA 4U1PA 3PFVA 1TUCA 4GWFA 3VRRA 2PTKA 2EYXA 1LUMA 2V1QA 4JPBW 2RN8A 3M7FA 2H46E 1ARKA 1M3BA 1VYUA 2IZVA 2EKHA 1PRMC 3PVQA 2JW4A 1QKXA 1QWEA 2M51A 2K79B 1PNJA 2K2MA 4K11A 4A4CA 2O9SA 2RORA 4E93A 1GHUA 3VRPA 3VRNA 1KA7A 3US4A 1XOVA 2FPDA 3NGPA 3VGOA 1BG1A 1NLOC 1OO3A 1ZUKA 4X6SA 1B3QA 2KROA 1K0XA 1AWOA 1UHFA 2EYVA 2CH4A 2F2WA 2DILA 3OV1A 3GXWA 1GCPA 1XA6A 4RTZA 4CC4B 2K9GA 1O4KA 1OV3A 1OPKA 1WDXA 1O4JA 1Z3KA 3HHMB 3EHQA 2AOBA 1BB9A 2E5KA 1RLQC 2G6FX 5IXBA 5GJWB 3VRZA 2K7AA 4J9CA 3CWGA 1UHCA 4GL9E 3TKZA 2RQRA 2EGEA 1ZSGA 2JS2A 4OHIA 3UA7A 2HSPA 2RNAA 2LJ1A 5IHKA 1E6GA 2DLPA 2I0NA 2GTOA 3S8LA 1BHHB 5AULA 3BKBA 1BLKA 4OMMA 2K6DA 1WYXA 3HCKA 1K0SA 5GJIA 4Z88A 3UF4A 1TZEE 1MW4A 2BBUA 4HXJA 1PKTA 1W1FA 1JYUA 2ESWA 1O46A 2FCIA 1ZFPE 3I5RA 2CRHA 3PLFB 2FRYA 1O4BA 3MAZA 1O45A 2HMHA 1PHTA 1GFDA 3MXCA 2YSQA 3N84A 1SRMA 1AYDA 5HCKA 3U23A 3HIZB 2YSXA 4ZNXA 1WXBA 4F17A 1LCJA 1AZGB 1A1EA 2MC1A 1SHBA 1O4PA 5GJHA 1O49A 4RTTA 1AZEA 3C7IA 1O44A 1AVZC 3ULRB 3IMDA 2AKLA 1M27C 2VKNA 1X2QA 2FEIA 5IHIA 2AOAA 2ROTA 2CR4A 2MQIA 3IN7A 2KEAA 1K76A 2OQ1A 2DYBA 1X2KA 1WXUA 1S1NA 2HDAA 1FMKA 4ESRA 3SHWA 1H3HA 1AWXA 4LNPA 1JYQA 3C0CA 1O4LA 2K7AB 2AZSA 1T0HA 3VROA 2GQIA 2D8JA 1H92A 1M3CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JRKA 2QDLA 1TCEA 1YIJT 2L4KA 2DIQA 1D4TA 2DF6A 1KC2A 2FVUA 2J05A 3ASKA 1R1PA 3FJPA 4N4HA 2P0PA 2DX1A 3L2ZA 3OYNA 1LUIA 2O2OA 3SB2A 2PNBA 1LKKA 2COZA 4C8QD 2C9WA 3OYCA 2IPOB 3I56Q 4AFUC 2DM1A 2GCXA 4FL6A 2LQWA 3FRNA 4AT1B 1N9SA 3QWYA 4HVVA 1JJ2P 5I22A 2ABLA 2LNVA 3EG0A 3MP8A 4DGXA 5LJ3j 3MP1A 1YITA 1BI1A 5CKEA 3CMAA 3JCMJ 2DAQA 2LDMA 2DCRA 3KUFA 4J8OA 1I07A 1HK9A 5GAMe 3OYDA 1YN8A 1D09B 3OW2P 4QVZA 2ZAEA 1KD1R 4C0DC 1Q81R 4C8QF 1TSFA 5GANd 1M3AA 5DM7R 2E10A 2P4RA 2J6OA 5IT9E 4YTLA 3KFVA 3M54A 2RMOA 4EMGA 4PJOB 2EPDA 5CKFA 2LCTA 1KHCA 1PSEA 2ATCB 4XTWA 2EL8A 2GBQA 2CSQA 1UGSB 4MDXA 2QTXA 4A54A 4LN2A 5FW9A 2KR3A 4X34A 1C0MA 1V29B 3CCJA 1IREB 2EO6A 2FO0A 4E7ZA 3M0TA 4H1OA 4JLGA 2SRCA 1M1KU 3M58A 4FYVB 1KG1A 1VQ8Q 1X43A 1BCOA 2AUGA 2K5LA 3I56T 4M77D 2GFUA 5GAMd 3CD6A 5GAOl 4XTVA 1JEGA 2KNOA 2VGMA 5EC7A 1GBRA 3CMET 1U1SA 1SPKA 2HZYA 4L1BB 4MZMA 2E12A 2QASA 3JCMP 2VV5A 2OI3A 1T3LA 2BIVA 4AFZC 4N0AC 1M90R 1BFIA 1WNLA 1O4CA 5GMKe 2LNXA 3EG2A 5CKDA 2JTFA 2LZ6B 4D6WA 3CBOA 3SWNC 3PMIA 2B3OA 1Q86C 4F59A 4GLKA 1BK2A 2F69A 4BY6B 3T9NA 4C92D 4F14A 4LDVA 4M77F 1MUZA 1V76A 2XDDA 3VS1A 1M2VB 4XU3A 4PJOA 2HEQA 3P8DA 1LUNA 3WVEB 4J7IA 3GNFB 1WPYA 3CCRA 3RMSA 1W70A 1R0BG 2LP5A 2CIAA 3EH1A 1KQSS 3IQLA 1OI1A 4C8QB 2LJ3A 2GFAA 1SRLA 1N8RC 3JCMg 1JWOA 3EGXB 1SPRA 2L2PA 2H5KA 3M5AA 3REBB 5DC0B 1VQ8T 2X4XA 4Z89A 3A8MB 4X9CA 1J3TA 4C92F 2E3IA 1YJWA 3JCMb 2I2LA 2EU0A 3N8MA 1T3SA 2RK2A 3MCAB 4MZTA 4FT2A 1UJYA 1BKBA 2MWOA 2ED0A 1MV3A 2LX9A 3M0SA 5KH6A 2DNUA 1MMGA 2LVMA 3UT1A 2OAWA 3BUXB 1WXTA 3FEOA 2GSBA 5FROA 1UGPB 1YHQA 2CZ6B 1AB2A 2V1RA 4WWQA 4WCIA 1Q95G 1U3OA 4RTVA 4NWGA 4E7IA 1Y7XA 2FZCB 3PGGA 3CCLQ 5GAN7 1QVPA 3JCMh 1LNXA 1CWDL 4KUDK 1GFCA 2E41A 2QEXQ 3BDLA 1XNIA 2H3JA 4PJLA 2X3WD 2EIFA 2YUQA 1I81A 3CPWS 2JM8A 2RSYA 2O4XA 2D1XA 2CGHA 3OQ5A 2ZPBB 2Y1MA 2DETA 1SEMA 4C8QA 2EGAA 1NE8A 1FHSA 4KGVB 2DRMA 3MPUB 1RJAA 4K2RA 1Z9ZA 4M77B 2CBLA 2DPPB 3CCEA 2LQNA 3LYVA 1Q86U 3Q1JA 1NM7A 3QYGB 4OMNA 4CC3A 1D4WA 1SHDA 2L3PA 4M7DG 5D6WA 1W2BA 3E9FA 5I11A 1NRVA 5A2QE 2RPNA 3JCMf 2W0ZA 3LYIA 1UGRB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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