3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Caenorhabditis elegans
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
1FU5A 1Y57A 3PJPA 3M0SA 1O4NA 5FWCA 2JYQA 3BUWB 5AXIA 5DC4A 4NWGA 2CT4A 2KRSA 4FBNA 1K0XA 3WA4A 2DMOA 2RQTA 3RNJA 2YDLA 4AFSC 5IH2A 1AYDA 4NWFA 1IS0A 1WYXA 1AOJA 3TSZA 1UG1A 1LUKA 1M3BA 1X27A 4RTYA 1PICA 4FL2A 5BO4A 1BM2A 1G83A 2LZ6B 4J9DA 1HD3A 4R0KA 3HCKA 2IUHA 2EW3A 3KFVA 2B3OA 2MCNA 2DL5A 1O4QA 2AZSA 4CC4B 1F1WA 3BUNB 3K2MA 2FCIA 4GLMA 2KYMA 3QWXX 1GCQA 4LUEA 1QWFA 5IHKA 1X0NA 5L23A 1WXUA 4OMMA 1T0JA 1T3LA 1J3TA 2GTJA 1VYTA 3IQLA 4K2RA 2KT1A 4Z88A 3EGUA 2DBMA 3SHWA 2PTKA 1MUZA 1X6GA 2ROTA 1JU5C 2DE0X 1VYUA 1NLOC 3GXXA 4IIMA 1IO6A 1NEGA 1M61A 4OHDA 1NEBA 1BU1A 4JGHA 4WWQA 3VGOA 2OAWA 2P4RA 4E6RA 1CJ1A 4DGXA 1LUNA 4AG1C 5I6VA 1PWTA 5DF6A 2FRYA 4JJDA 2HDVA 2A36A 1B3QA 1AB2A 5GJHA 1E7OA 5I11A 4U1PA 1NLPC 3MXYA 2ABLA 1M3AA 4KRTA 4F59A 1SRLA 1KA6A 4QSYA 5EC7A 4HXJA 1GHUA 2A08A 2K9GA 3NHNA 2J6FA 2JMCA 2PLDA 3MAZA 2JS2A 3I9QA 2C9WA 4XZ0A 3VS0A 1N5ZA 1OPLA 1A81A 1CWEA 1QCFA 2GBQA 1JYQA 3N7YA 3PVQA 2K79A 1A1BA 1R1PA 2L0AA 2FO0A 4GL9E 1W1FA 3PE0A 4AFUC 2EBPA 3FJ5A 3GXWA 3S8LA 4HCKA 2ETZA 1UUEA 1RJAA 4P9ZA 1O4PA 3VRNA 4JJBA 2CH4A 2LMJA 2YSXA 2DL3A 3OVEA 2O31A 1RLPC 5HCKA 3TSWA 3I35A 1MV0B 1W70A 2MRJA 1A0NB 2X3XD 3PLFB 2KE9A 1WX6A 2AK5A 1YN8A 3PFVA 1WIEA 3BUOB 2L3TA 4E68A 1OV3A 1OEBA 1TUCA 1WI7A 2LQNA 2BTTA 1AWOA 1HCSB 3H0IA 2YUOA 1BG1A 3CXLA 4OHHA 1YCSB 3THKA 4GWFA 2ESWA 2DLPA 1U3OA 1MILA 1A1AA 2DCRA 2CR4A 1QLYA 1YNZA 2MOXA 1KJWA 2M51A 1BK2A 3PSKA 1Y1UA 4EIHA 1BHHB 1SHDA 2H8HA 2SRCA 3VS7A 1AZEA 1T3SA 5EEQA 2EO6A 2FG0A 1SHAA 4FL3A 2L3QA 5IBMA 4AFZC 2J6OA 4QT7A 2IIMA 1AOUF 1LUIA 1JQQA 1M27C 1PHTA 1Z9QA 1WQUA 2KRMA 2FPFA 2RN8A 5HKYA 2M0YA 1A07A 2NUZA 2DJQA 1CSZA 4EY0A 2ENMA 1O49A 4OMPA 1ABQA 2G6FX 1GL5A 3ZNIA 1SRMA 3NGPA 2EGEA 1K4US 1H9OA 2EQIA 2HDXA 1QADA 2YSQA 1K76A 2F2WA 5GJVB 2NWMA 4JJCA 1JWOA 4JPBW 4RUGA 3PVLA 2J6KA 3OB2B 2KNBB 1BFIA 2ED1A 2K7AA 3OV1A 3US4A 3O5ZA 1HSQA 1WLPB 4K44A 1O4JA 2DA9A 1FHSA 3QWYA 4DEYA 1O4DA 1D1ZA 2RORA 1AZGB 3UA7A 1JEGA 2PLEA 2KBTA 3C7IA 1RI9A 4H1OA 4J9CA 4AG2C 1O45A 4JEGA 3VS5A 1ZX6A 4ESRA 1K1ZA 1BLJA 1NYFA 2XP1A 4E93A 1UTIA 2DX1A 4ROJA 4J9IA 1O4BA 5CDWA 2EYXA 2C0IA 2C0TA 1YWOA 1ZBJA 1YVHA 1AVZC 1V1CA 2DLYA 1GCPA 2V1QA 4WCIA 1YP5A 3VS1A 1JYUA 2EYVA 2MC1A 2YU7A 1X2KA 2CH4W 1GFDA 3BKBA 4J9FA 1M8MA 2I0NA 2DL8A 3EG1A 4F16A 2AOBA 3IN8A 1A08A 1O43A 5IHIA 1ZLMA 4OHLA 3R6NA 2B86A 2XMFA 2YUNA 1BF5A 2KYBA 1O44A 2HUWA 2LJ3A 1ZSGA 3MXCA 4M4ZA 1UDLA 1R1SA 3T04A 1BMBA 3S8OA 2BZ8A 4D8DA 1AOTF 1BFJA 1XA6A 2PNBA 1KFZA 1LKKA 2V1RA 5HKZA 1O4RA 4K11A 4DEXA 3C0CA 2RQVA 5FWBA 1WA7A 2DNUA 4F5BA 2LJ0A 2F2XA 2DRMA 2O9VA 1ABOA 4ZNXA 2H46E 4OHEA 1BBZA 3UF4A 1H8KA 1SHGA 2H5KA 5IBSA 4X1VA 1O4OA 3BUMB 2EGAA 3EG3A 5FW9A 1S1NA 2LX7A 4LN2A 1CKAA 5I22A 1BKLA 2RMXA 1O48A 1RLQC 2RVFA 4AFQC 1OO4A 4LUDA 2EVRA 1MV3A 1IJRA 2CREA 5EELA 1NM7A 3UATA 1U5SA 2SEMA 4HVWA 2CIAA 4RTVA 4ORZA 5IHNA 2QMSA 1O41A 1BHFA 4JE4A 1UECA 1LCKA 4D8KA 2JTEA 2AKLA 1AYCA 3N8MA 2Y3AB 2FRWA 1ZUUA 5IXFA 2OZOA 5J3XA 1SHFA 4Z8AA 4F14A 3JV3A 4RTXA 3UA6A 2RNAA 1FYNA 1SEMA 4OMQA 3REBB 1D4WA 1SPRA 2GTOA 4RTUA 5D0JA 1D4TA 1KSWA 2EKHA 4J9GA 3NPFA 3RBBB 2OQ1A 1RPYA 2AUGA 2LCSA 1GCQC 2O88A 2O9SA 2BZXA 1NYGA 2DYBA 4A4CA 1VYVA 2HCKA 2HSPA 1O42A 2EYZA 2Y1MA 3ZL7C 1AYAA 1KIKA 3BUXB 4IIOA 3IMDA 3CBLA 1FYRA 1UJ0A 1PKTA 3M0QA 4EIKA 2JT4A 4OHIA 4DGPA 1X43A 1WXBA 1Y0MA 1U06A 2A28A 1NZLA 1AWWA 5GJIA 3CQTA 1NZVA 3TL0A 2DLZA 1JXMA 4LE9A 2L3SA 4OMLA 3VS4A 3VROA 2EU0A 2GGRA 2CS0A 2RF0A 3EHQA 2ECZA 1AEYA 2LNHB 2C0OA 1O4KA 1ZFPE 2CI8A 2CUBA 5DC0B 1RQQC 2YT6A 2JMAA 2FPEA 2VKNA 1AWXA 2SHPA 2FPDA 2D8JA 2KEAA 2K2MA 2EPDA 2KXCA 1PRMC 4J9HA 2DL7A 1CKBA 1AD5A 1CSKA 1AWJA 2CBLA 3CWGA 5DC9A 1SSHA 1QG1E 4TZIA 1O4EA 1FBZA 2DF6A 5HKWA 1BLKA 2IZVA 4K45A 2RSYA 4GBQA 1E6HA 4F17A 3A98A 1SPKA 1X6BA 4JZ3A 4RTZA 2RQUA 1JU5A 2W10A 2MIOA 3GQIB 4GPLB 2EO3A 1M30A 2KR3A 1O4IA 1O4HA 1KC2A 2K79B 2OJ2A 1SPSA 2BBUA 1GBQA 1RUWA 2HEQA 1Z3KA 2LCTA 2EL8A 1E6GA 2HDAA 3REAB 1TCEA 2X3WD 3S8NA 2F2VA 5GJWB 3EG0A 2KRNA 1GBRA 3TKZA 4JZ4A 1GRIA 4FSSA 1QWEA 1I1JA 2D8HA 4P9VA 1FMKA 2JXBA 1NRVA 1ZUYA 4A63B 1WXTA 1BB9A 2MRKA 3KFJA 3VRPA 4RTWA 1Z9ZA 5IXBA 3I5RA 2W0ZA 2DX0A 2EOBA 1UJYA 2CSIA 1HJDA 2EYYA 3U23A 1H92A 1MW4A 3PS5A 1H3HA 2CT3A 3HIZB 3SEMA 1UUSA 2RPNA 3S9KA 1I0CA 1SHBA 1CSYA 1CWDL 1W6XA 4A4BA 2JW4A 1WFWA 1FBVA 2VIFA 1A1CA 2CSQA 2DVJA 1KA7A 2PNAA 2J7IA 5ECAA 1A09A 3HHMB 2HMHA 4X6SA 2BZYA 3VS3A 3H0HA 1BHHA 1X69A 1BKMA 4RTTA 1UE9A 5AULA 2GSBA 5EHPA 1UURA 1X6CA 2KROA 1VA7A 1TZEE 4CC3A 2VWFA 2RQRA 2J05A 3VS2A 1M3CA 4F5AA 2ROLA 3NMZC 3H41A 2AKKA 2GQIA 2EYWA 3EHRA 2QDLA 1TG0A 1UHFA 3VRZA 3M7FA 2K7AB 2A37A 2KXDA 1FU6A 1O4CA 2CRHA 1A1EA 2LNWA 1M27A 2EKXA 2D0NA 1K0SA 3VRYA 2KT8A 1G2BA 2L2PA 4LNPA 4J9BA 2CI9A 3OP0A 1JYRA 3H0FA 2JM9A 3VRQA 1O4LA 3EACA 1OPKA 4OMOA 2DM0A 2DRKA 1O4GA 4CC2A 2L4KA 4HVVA 2FEIA 1SKJA 2VVKA 3VS6A 1NG2A 1LKLA 1P13A 2ECDA 1UHCA 1O4AA 1LUMA 2IUIA 3EAZA 4OMNA 1X2QA 3UYOA 1GFCA 4CC7A 2KK6A 1O4MA 1JXOA 1WDXA 3VRRA 1XOVA 3LH5A 1O47A 2DBKA 2JS0A 3OB1B 1I07A 1K9AA 1PKSA 2IUGA 2ED0A 1OO3A 3EG2A 1AYBA 4U17A 1B07A 1LCJA 2Y1NA 2LP5A 3CD3A 5EHRA 2L3PA 1TUDA 2CDTA 1O46A 2MQIA 3M0UA 1YVLA 1F2FA 3PSJA 3M0PA 3M0RA 2RMOA 2YUPA 2K3BA 2RQWA 1EFNA 2GE9A 2LNXA 4L1BB 3IN7A 2KNOA 3TVTA 1ZUKA 2CUDA 3I5SA 5EG3B 1I3ZA 2DL4A 1QKWA 5KAZA 2L6KA 1OOTA 1UGVA 1ARKA 2PZ1A 4XZ1A 2AZVA 1QKXA 2EGCA 1B47A 2JM8A 2PNIA 1T0HA 2LQWA 2YUQA 3N84A 1YWPA 1HCTB 2LJ1A 2D1XA 2MK2A 4Y92A 1PNJA 1R1QA 3M0TA 2OI3A 1PRLC 2K6DA 4J9EA 4Z89A 3ULRB 2O2OA 3IMJA 2DM1A 4HVUA 1UFFA 2KGTA 2HBWA 1JO8A 3GBQA 1O4FA 4H34A 2DILA 2GNCA 2J06A 3PQZA 2AOAA 2E5KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PJPA 3CCVQ 3E1SA 3M0SA 3EFOB 3MKDA 1VQ8T 4M78D 2QQAA 2QK0A 4NWGA 4FBNA 4J6XA 2RQTA 2MMPA 2LCCA 4C0DB 4NWFA 1WYXA 1Q81U 5DM7R 1D0ZA 1PICA 1X27A 3OSVA 4GY5A 5LJ5h 2MCNA 2DL5A 2NLUA 1O4QA 1F1WA 1NJIU 2EYQA 4GLMA 3QYHB 6AT1B 1GCQA 5L23A 3JCMQ 4OMMA 1T3LA 4C92D 2BUDA 2CKKA 2DVEA 3EGUA 3SHWA 1YJNQ 1X6GA 4BB7A 2H3JA 1WQ7A 5GANf 3G6EQ 3HKSA 4XU0A 1IO6A 4JRPA 4OHDA 3VGOA 2YLCA 1LOJA 1LUNA 2KSSA 2HDVA 2P0KA 2X4XA 5I11A 1LJOA 1NZ9A 2ZCFB 4F59A 1SRLA 4KH1B 2OX7A 4QSYA 2K9GA 3LX7A 3NHNA 1D1AA 3I9QA 1ZSZC 3PVQA 1TOVA 1UEBA 2HNIA 5GANg 1K8AR 3JAME 2V26A 1OZ2A 4FSXA 4C92A 1G3YA 3GXWA 1VQPQ 1UUEA 1RJAA 1K73U 4FU6A 3VRNA 2CH4A 2LMJA 2DL3A 1YITT 3OVEA 4M77G 1RLPC 2AT1B 4GLKA 2MRJA 1MV0B 4D6WA 3ZEHA 2AK5A 3HSBA 3PFVA 1X75C 1WIEA 3EFRA 4HT8A 1WI7A 2A3LA 5CIUA 2O4XB 3FDRA 3CCMQ 2MI6A 1IHWA 1HCSB 3H0IA 1BG1A 4OHHA 1YCSB 3OYLA 3THKA 1KD1R 2QQRA 2ESWA 1G5VA 1U3OA 4GWFA 4BI4A 5IT9E 3ZFJA 2LRAA 1QLYA 1KJWA 4M7DD 1IRXA 4UC4A 1BHHB 2H8HA 3OW2P 4IURA 2L3QA 2J6OA 2M1HA 1YFNA 4PFZA 1Q86U 2LNVA 1OU9A 2RN8A 5HKYA 4ELZC 4XU3A 3JCMb 3A8LB 3KUFA 5KH6A 4FM4B 1ABQA 1GL5A 1X01A 3LYVA 2D6FA 4JRQA 2EGEA 3EGDB 2EQIA 2HDXA 4JPBW 2KNBB 2XDPA 2ED1A 3US4A 1ACMB 3O5ZA 1HSQA 1QVFA 1N9RA 4K44A 1O4JA 2DA9A 1FHSA 1ZA1B 4DEYA 5A0GA 4ZGJB 2GFAA 2KBTA 1O45A 4M7DA 3VS5A 1ZX6A 1K1ZA 1KQSA 4EMKC 3C4SA 4E93A 5CDWA 3UDCA 2C0TA 1ZBJA 2DLYA 1QCNA 4WCIA 3OYEA 1YP5A 2EYVA 3CCLQ 2YU7A 2CH4W 1EIFA 2KAFA 3EG1A 4OHLA 5IHIA 2YUNA 1YJ9T 2KYBA 5HK3A 3G71Q 3FIFA 3MXCA 4M4ZA 2FB7A 1R1SA 2VGMA 3S8OA 1MMGA 1YJWA 1WHLA 4XTUA 4M7AD 4A53A 1XA6A 2PNBA 3A5ZB 2MF2A 4XTYA 2RQVA 3L42A 4E7LA 4ZNXA 5IBSA 4OHEA 3UF4A 1G3WA 1SHGA 1H8KA 2H5KA 1K9MR 2QQSA 5GAOq 1VQKQ 1S1NA 1BKLA 2RMXA 3JB9D 2RVFA 2YLBA 4IKFA 4QVZA 1D3BA 4RTVA 5IHNA 5D6YA 1M8VA 1O41A 4BE2A 1BHFA 5CKEA 1AYCA 1LCKA 3RR6A 4AMCA 1ZUUA 1SHFA 4L59A 1AT1B 2NUTA 1Q81R 3UWNA 3JV3A 3Q1JA 2RNAA 4E47A 4M7AA 4RG8A 3G4ST 1D4TA 4J9GA 1KK7A 2K57A 4BUGA 4OB1B 5I2SA 1NJIR 2BZXA 1I81A 1N6AA 1NYGA 3OMCA 4C5GA 1VYVA 2HCKA 3V7RA 1RAHB 2JOYA 3UPUA 3ZL7C 2D9TA 4LDUA 2XKOC 2Y4XA 3IMDA 1FYRA 1VQNT 4F7UF 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1FU5 A;  1Y57 A;  3PJP A;  3M0S A;  1O4N A;  5FWC A;  2JYQ A;  3BUW B;  5AXI A;  5DC4 A;  4NWG A;  2CT4 A;  2KRS A;  4FBN A;  1K0X A;  3WA4 A;  2DMO A;  2RQT A;  3RNJ A;  2YDL A;  4AFS C;  5IH2 A;  1AYD A;  4NWF A;  1IS0 A;  1WYX A;  1AOJ A;  3TSZ A;  1UG1 A;  1LUK A;  1M3B A;  1X27 A;  4RTY A;  1PIC A;  4FL2 A;  5BO4 A;  1BM2 A;  1G83 A;  2LZ6 B;  4J9D A;  1HD3 A;  4R0K A;  3HCK A;  2IUH A;  2EW3 A;  3KFV A;  2B3O A;  2MCN A;  2DL5 A;  1O4Q A;  2AZS A;  4CC4 B;  1F1W A;  3BUN B;  3K2M A;  2FCI A;  4GLM A;  2KYM A;  3QWX X;  1GCQ A;  4LUE A;  1QWF A;  5IHK A;  1X0N A;  5L23 A;  1WXU A;  4OMM A;  1T0J A;  1T3L A;  1J3T A;  2GTJ A;  1VYT A;  3IQL A;  4K2R A;  2KT1 A;  4Z88 A;  3EGU A;  2DBM A;  3SHW A;  2PTK A;  1MUZ A;  1X6G A;  2ROT A;  1JU5 C;  2DE0 X;  1VYU A;  1NLO C;  3GXX A;  4IIM A;  1IO6 A;  1NEG A;  1M61 A;  4OHD A;  1NEB A;  1BU1 A;  4JGH A;  4WWQ A;  3VGO A;  2OAW A;  2P4R A;  4E6R A;  1CJ1 A;  4DGX A;  1LUN A;  4AG1 C;  5I6V A;  1PWT A;  5DF6 A;  2FRY A;  4JJD A;  2HDV A;  2A36 A; 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