3QWYA

Ced-2
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
170
structure length
170
Chain Sequence
GFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
molecule tags Signaling protein
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 35
structure length 170
sequence length 170
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
A PF07653 SH3_2 Variant SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwyA02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwyA01
2DMOA 1HCTB 3VS1A 5I11A 3QWXX 2CH4W 1JU5A 3I9QA 1QWEA 2K79B 2RMXA 2B86A 2DE0X 2CI8A 2F2WA 1BFIA 2GTJA 1M27A 3JV3A 2C9WA 1J3TA 1O45A 4J9IA 1M8MA 1CKBA 2HBWA 4GPLB 2EYXA 4D8KA 1O43A 1BLKA 5IBMA 1MUZA 2GNCA 1SRMA 1T0JA 2RQRA 4JZ3A 1GBRA 1Y57A 2GBQA 4OMQA 4KRTA 4CC7A 3GXWA 3S9KA 2HUWA 3VS4A 4J9CA 2GSBA 3HIZB 1RJAA 1QKXA 4E68A 1SKJA 1OV3A 2EPDA 4J9GA 2BZ8A 2O9VA 4HVVA 2JYQA 2HCKA 2KNOA 1O46A 1X6GA 2CIAA 1U5SA 1WFWA 2QDLA 1UGVA 1BHHA 3I5SA 2E5KA 5AXIA 5J3XA 1ZUKA 3H0IA 2L3QA 1SPRA 4FBNA 1ABQA 1CSZA 5DC0B 1CWDL 4IIOA 2DBMA 3OP0A 4K44A 1O4AA 2DF6A 1KC2A 2EYVA 1O4RA 2YUNA 1OPLA 2ECDA 1MW4A 1AYDA 3OV1A 1CWEA 1X27A 3I5RA 1H9OA 1E7OA 1KA7A 4GWFA 2RPNA 1O47A 4GLMA 3CD3A 1UJYA 2ROLA 3IN8A 5EHRA 5HKZA 5FW9A 5IH2A 1TG0A 1GFDA 1LUIA 2LQWA 1K76A 4J9DA 1YN8A 1X6CA 4JPBW 2JTEA 2MQIA 1A81A 1YNZA 1T0HA 2JT4A 4CC2A 1ZBJA 3PSJA 3BUWB 1TZEE 2JM9A 1M3CA 2LCTA 2FRWA 4RTWA 4XZ0A 4LNPA 1IJRA 2NUZA 3EHRA 2ECZA 1O4QA 3PS5A 1AVZC 2V1RA 4XZ1A 2JS2A 1TUCA 1W6XA 2F2XA 1M30A 3EGUA 3N84A 1VYTA 2BTTA 2K7AA 3EHQA 3RBBB 2FPEA 2IUGA 4X1VA 2XP1A 5EELA 3N8MA 5GJVB 4OHHA 1QWFA 4AG1C 1O4DA 3PLFB 1O4JA 2CT3A 2PLEA 1WQUA 2PNBA 1W1FA 2KK6A 4DEXA 3KFJA 3PSKA 1UTIA 4Z88A 4F5AA 3SEMA 2CUDA 2X3WD 3VS3A 2DNUA 1AEYA 4H1OA 4AFZC 2EGCA 2IUHA 2RF0A 1SSHA 1K9AA 2J05A 2L2PA 3TKZA 2CUBA 1R1SA 1ZUUA 1AWJA 3C0CA 3O5ZA 5EC7A 5HKYA 1WI7A 1X2QA 2JW4A 2KRSA 3VS2A 1HCSB 1RPYA 2A36A 2K3BA 1YVHA 2L3TA 2HDAA 3UATA 2HMHA 1BM2A 1SHGA 4DGXA 1BG1A 1X43A 3MXCA 1BHFA 1SRLA 3C7IA 1WDXA 3HCKA 1FYNA 2A08A 2QMSA 4P9ZA 1NYGA 5AULA 1HSQA 2L4KA 3BUOB 1VYVA 4J9EA 1AZGB 2J06A 2GQIA 1GCPA 2ETZA 1O4IA 1PHTA 3OVEA 1XOVA 1LCJA 1LKKA 1O4FA 1SPKA 1UFFA 2CSIA 2KYMA 2EKXA 1JXOA 1O4PA 2K79A 1Z9ZA 4F14A 4AFQC 2ENMA 4RTUA 2VKNA 3EG0A 2EO6A 1B47A 4F59A 1WXTA 3M0QA 2K9GA 4E93A 4QSYA 1BK2A 3BUXB 1O4OA 4CC3A 4L1BB 2O2OA 2VWFA 3SHWA 4OMMA 1O4BA 2YSXA 4J9HA 2LCSA 3VS0A 2LMJA 3IQLA 2CSQA 1O4HA 2CT4A 3H0FA 1BMBA 2OQ1A 3PVLA 4J9BA 3NMZC 2C0TA 1A09A 1YP5A 4HCKA 4NWFA 1JXMA 5BO4A 1G83A 2KBTA 1OO3A 2BZXA 1PRLC 4DEYA 3MXYA 1P13A 2LJ0A 3EG1A 1QADA 1UG1A 1GL5A 2CRHA 3BUNB 1UJ0A 4EIKA 1SHBA 3PFVA 4EY0A 2DYBA 2FG0A 1GCQC 3PQZA 1WIEA 2PNIA 2SRCA 1YVLA 3S8LA 4JJBA 2J6KA 2FEIA 1O4EA 2DM0A 1UECA 4RUGA 1FYRA 1O4NA 4NWGA 4H34A 1BF5A 1TCEA 2LNHB 1X69A 2KT1A 2CR4A 2LX7A 3VS5A 2AK5A 2J6OA 5IHIA 5EHPA 1BU1A 2C0OA 1FBVA 5IBSA 3S8NA 3T04A 3VRRA 1ZX6A 2KROA 1MV3A 4IIMA 1KSWA 1UURA 5GJIA 2ABLA 1UUSA 1E6GA 3H0HA 2DL4A 4OHIA 2KXDA 2C0IA 2AZVA 5EEQA 1NM7A 2RSYA 2G6FX 2LJ1A 2KEAA 3EG2A 2MRKA 1JQQA 1FHSA 1NEBA 1H92A 2O31A 3M0UA 1XA6A 5I22A 2DLPA 4P9VA 1A08A 1W70A 2ROTA 1AOTF 4J9FA 3UYOA 2DL7A 1CKAA 1Y0MA 1BLJA 2H8HA 2L3PA 1U3OA 3REAB 3PJPA 4ESRA 2AUGA 2YUQA 3REBB 4OMPA 1QG1E 4FSSA 5GJWB 1O42A 1ZUYA 1YWOA 1GBQA 3EG3A 2EVRA 3A98A 2LQNA 1FU5A 2L6KA 3EACA 1WA7A 3KFVA 3UA6A 3NPFA 1KFZA 1WLPB 2RVFA 1VYUA 1GCQA 1SPSA 4F5BA 1HD3A 2HSPA 2DM1A 1UHCA 3OB1B 3TSWA 1U06A 2AOBA 3IN7A 3R6NA 3VRZA 2KT8A 2FRYA 2RQTA 1JYRA 1O4KA 2IUIA 4AFUC 2OAWA 1ZFPE 2O88A 2X3XD 4JJCA 3LH5A 3VRYA 3I35A 2D8HA 4OMNA 2PLDA 4E6RA 3H41A 2J6FA 3M0RA 4LUEA 4A63B 3VS7A 1KA6A 1ZSGA 1I3ZA 1MILA 2L0AA 1A1EA 1AOJA 2RQUA 4OMLA 3OB2B 1CSYA 2K6DA 2KXCA 1WYXA 2FPDA 1OO4A 1AB2A 2H5KA 3VRNA 2RMOA 3NGPA 4HVWA 3GBQA 1O41A 2HDXA 2K2MA 5IHKA 2SHPA 4JZ4A 4ZNXA 1ZLMA 4LN2A 3EAZA 4X6SA 5DC9A 1I07A 5HCKA 1PICA 3CBLA 3ULRB 4F17A 2DRKA 4JGHA 1LUKA 1QCFA 2O9SA 1WX6A 4RTXA 5IHNA 1BKLA 2KNBB 4LUDA 1H3HA 3PE0A 4A4CA 3CXLA 3VGOA 1NG2A 4F16A 1O44A 3NHNA 4QT7A 3CWGA 2CBLA 2LP5A 1JEGA 4JEGA 3PVQA 4M4ZA 1JYQA 2BZYA 4R0KA 1JWOA 2EYWA 2LJ3A 2RNAA 1AWOA 2KE9A 2J7IA 4A4BA 3THKA 1TUDA 3MAZA 2B3OA 1AWWA 2ED1A 3GQIB 2DVJA 2EGEA 2MK2A 1NZLA 4RTTA 2EBPA 2DX1A 3TSZA 2EU0A 4RTZA 1AYBA 2YSQA 2JMCA 2LNXA 1GFCA 2EGAA 1M3BA 1AZEA 3VRPA 2HDVA 3N7YA 2DJQA 1T3SA 2M0YA 1BB9A 2D8JA 1PWTA 1A1BA 2EYZA 1NYFA 4Z89A 3US4A 2JXBA 1O4GA 5IXFA 1GHUA 4FL3A 4OHEA 1BFJA 5IXBA 1SHAA 1LKLA 1ABOA 2H46E 1O4LA 1E6HA 1D4WA 4DGPA 2Y3AB 1YWPA 1LCKA 2W10A 1LUMA 2VIFA 2RN8A 4JJDA 1BBZA 3UA7A 1X2KA 2P4RA 1UHFA 2ESWA 1IS0A 2AKLA 3GXXA 1NRVA 2CREA 3M7FA 4HXJA 3VRQA 1H8KA 5DF6A 4OHDA 1R1QA 5DC4A 1F2FA 3VROA 2CH4A 1NEGA 2W0ZA 2CDTA 5GJHA 1N5ZA 1HJDA 2DL3A 3U23A 2MIOA 1VA7A 4U1PA 2I0NA 1YCSB 2JM8A 3TL0A 2MCNA 2D1XA 4RTVA 1AOUF 3ZL7C 5KAZA 4GL9E 4WWQA 2DILA 2DA9A 2DLYA 4K11A 2CI9A 1AD5A 4U17A 1R1PA 1Z3KA 5I6VA 2OI3A 1Y1UA 5EG3B 1JO8A 3M0SA 4JE4A 1K1ZA 1PRMC 5FWBA 1MV0B 1BKMA 2DBKA 2YU7A 2MC1A 1A1CA 1A1AA 2VVKA 1CJ1A 1CSKA 2AZSA 1BHHB 2Y1MA 5D0JA 1O4CA 1D1ZA 1SHFA 3HHMB 1S1NA 2YDLA 1NLOC 2EQIA 2FO0A 2PNAA 1B3QA 1FU6A 4TZIA 2KRNA 2EOBA 2PTKA 4AG2C 2HEQA 3VS6A 2JMAA 2DLZA 1FMKA 3TVTA 3UF4A 4OHLA 2RORA 1K4US 2XMFA 2LNWA 2JS0A 1PNJA 4K45A 1RI9A 2RQWA 1AYAA 2A37A 1K0XA 1ARKA 1PKSA 1B07A 2A28A 3BKBA 1UUEA 1PKTA 1K0SA 1O4MA 3WA4A 1O49A 3K2MA 1D4TA 1LUNA 1QKWA 1OEBA 2M51A 4RTYA 1RUWA 1A0NB 1FBZA 1WXBA 2FCIA 1GRIA 2L3SA 2EYYA 4EIHA 2KYBA 5CDWA 3M0PA 1QLYA 2GTOA 2D0NA 2KGTA 2DL5A 1UDLA 5L23A 1JU5C 2KR3A 2K7AB 2BBUA 1X0NA 3CQTA 2EL8A 4D8DA 1M3AA 1UE9A 1NZVA 4ROJA 1M27C 1X6BA 2DX0A 4OMOA 4AFSC 1F1WA 3IMJA 5ECAA 1I0CA 1JYUA 4ORZA 5FWCA 2AOAA 1OPKA 2EKHA 4K2RA 1Z9QA 2PZ1A 4LE9A 4Z8AA 2Y1NA 2NWMA 2FPFA 2YUPA 1G2BA 1KIKA 3IMDA 2KRMA 1O48A 4GBQA 2CS0A 2YUOA 1M61A 1RLPC 2IIMA 1AWXA 3ZNIA 2MRJA 2DRMA 2IZVA 3BUMB 1T3LA 5HKWA 1V1CA 3QWYA 3RNJA 2OZOA 2EO3A 3M0TA 2YT6A 1I1JA 4HVUA 2RQVA 1IO6A 3S8OA 1AYCA 2V1QA 3FJ5A 4WCIA 1SEMA 2DL8A 2MOXA 2AKKA 1NLPC 2ED0A 2F2VA 2GGRA 1EFNA 1KJWA 1OOTA 2LZ6B 4Y92A 4CC4B 1RQQC 2SEMA 1SHDA 2DCRA 2GE9A 4FL2A 1RLQC 1A07A 2OJ2A 2EW3A 1WXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QK0A 1SKUB 5I11A 2JTMA 2VV5A 1VQ9T 1JU5A 3V8JA 1M1GA 2CZ7B 2GTJA 3SD4A 3JV3A 4PJOC 1M27A 5GAMe 5GAN7 5CO7A 3L42A 4IUQA 2FL7A 2CZ0B 2LRQA 5C6SA 1M8MA 2HBWA 1JJ2A 2YHTA 1N8RC 2LQKA 5GAOn 2EYXA 4FW1A 3CBMA 2OAUA 1YJNQ 4KRTA 3VS4A 4KUIA 4J9CA 2GSBA 4PJOE 2VB6A 1RJAA 2CP2A 4C8QD 1MNDA 1SKJA 2EPDA 4PK4A 2P0KA 1O46A 1YHQT 1BHHA 2QDLA 3I5SA 2E5KA 5J3XA 4HCCA 1QP3A 1SPRA 4FBNA 5M9OA 1CWDL 2RB6A 3I56Q 2DBMA 3OP0A 1BKBA 1O4AA 2EYVA 3JCMV 2YUNA 2CP3A 1AYDA 4C5EA 1ZSZA 3WVEB 1KHIA 2Y4YA 1KA7A 4GWFA 2ROLA 5EHRA 1D3BB 5FW9A 1EX4A 1TG0A 4Q5WA 1K76A 4JPBW 2JTEA 1A81A 3JB9J 5GAMh 1IZ6A 1QMCA 1ZBJA 2QEXT 1M1KU 2DTHA 2DZ9A 2LCTA 3QZ5B 4RTWA 4LNPA 3OYFA 4M7DD 1O4QA 2JS2A 1TUCA 2F2XA 1KQSS 3VJPA 3N84A 3LGFA 3EHQA 3LYIA 5GJVB 4M7AC 1QVFS 1NZ9A 1O4JA 2CT3A 4PL6A 1W1FA 1UGSB 1M1KC 3NTHA 1OU9A 2OTJQ 4PLIA 2CUDA 2X3WD 2BUDA 3MKDA 2QXFA 3QUIA 5KYNA 3M54A 2J05A 3JCMQ 5LJ3g 2CUBA 4M7AE 3TKZA 3O5ZA 4M78C 1X2QA 2PVOB 1YVHA 2LNVA 1BM2A 1PD0A 3RKWA 1BHFA 1YIJA 3J81E 2PUOB 3CPWA 4P9ZA 3QJYA 3BUOB 4ZN3A 3VYGA 2L4KA 2DEQA 4M78E 1AZGB 2ETZA 2OTLQ 1O4IA 4C0GA 3OVEA 3I55T 1O4FA 1UFFA 3CPWP 2P84A 2ENMA 4RTUA 2Y4XA 5KYXB 3ZEHA 4E93A 2YRCA 2XD0A 4B9XA 3GIBA 4QSYA 4EMHA 1ZSZC 3BUXB 1O4OA 2O2OA 5CKEA 2L8DA 2YSXA 2YLBA 4J9HA 1IRXA 2LMJA 4N0AA 4C5HA 1O4HA 1BMBA 2OQ1A 3CCRT 1A09A 2F5TX 3NMZC 4NWFA 4HCKA 5D7UA 3RERA 4FYWB 3CBOA 2BZXA 3CCUQ 3VKIA 1UG1A 2PU9B 2RK2A 4EIKA 1VQ6A 4MMKA 3CCVQ 2PNIA 2FEIA 2DM0A 2GQVA 3OYLA 2V8KA 5LJ5f 3S3NA 2KT1A 3HKSA 1RAIB 2LX7A 2E6ZA 3VS5A 2J6OA 1RAHB 5IHIA 5EHPA 3UWNA 1VQ9A 3T04A 2VYTA 3QPHA 2KROA 3L2QA 1UURA 1D3BA 2ABLA 1E6GA 3HRUA 2HQHA 1M4ZA 1Y7XA 2CS7A 3LH0A 3JSCA 3G4SQ 4PJJA 1FHSA 4CI0C 1XA6A 2YWWA 2FZGB 3DKMA 1A08A 1W70A 2ROTA 4J9FA 1YBYA 2RJDA 3REAB 3PJPA 4ESRA 2AUGA 2YUQA 3TREA 1QG1E 4FSSA 1O42A 4NL2A 1YWOA 2LQNA 1YHQA 2L6KA 1KFZA 3I56T 1XNIA 1IGQA 2HKQB 3JB9G 1SPSA 4F5BA 2HSPA 5CKFA 2E4HA 3EAEA 2AOBA 2MPXC 2EQKA 3MJXA 3EH2A 3VRZA 2KT8A 4AFUC 2K3YA 2X4WA 4QVZA 2D8HA 4N4HA 3GP8A 2LT1A 1JJ2S 2J6FA 4Z02A 3G6ET 1AOJA 3FLGA 3OB2B 1CSYA 3RUXA 3NTKA 4FM4B 5CQXA 2H5KA 2QEXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2MCN A;  2D1X A;  4RTV A;  1AOU F;  3ZL7 C;  5KAZ A;  4GL9 E;  4WWQ A;  2DIL A;  2DA9 A;  2DLY A;  4K11 A;  2CI9 A;  1AD5 A;  4U17 A;  1R1P A;  1Z3K A;  5I6V A;  2OI3 A;  1Y1U A;  5EG3 B;  1JO8 A;  3M0S A;  4JE4 A;  1K1Z A;  1PRM C;  5FWB A;  1MV0 B;  1BKM A;  2DBK A;  2YU7 A;  2MC1 A;  1A1C A;  1A1A A;  2VVK A;  1CJ1 A;  1CSK A;  2AZS A;  1BHH B;  2Y1M A;  5D0J A;  1O4C A;  1D1Z A;  1SHF A;  3HHM B;  1S1N A;  2YDL A;  1NLO C;  2EQI A;  2FO0 A;  2PNA A;  1B3Q A;  1FU6 A;  4TZI A;  2KRN A;  2EOB A;  2PTK A;  4AG2 C;  2HEQ A;  3VS6 A;  2JMA A;  2DLZ A;  1FMK A;  3TVT A;  3UF4 A;  4OHL A;  2ROR A;  1K4U S;  2XMF A;  2LNW A;  2JS0 A;  1PNJ A;  4K45 A;  1RI9 A;  2RQW A;  1AYA A;  2A37 A;  1K0X A;  1ARK A;  1PKS A;  1B07 A;  2A28 A;  3BKB A;  1UUE A;  1PKT A;  1K0S A;  1O4M A;  3WA4 A;  1O49 A;  3K2M A;  1D4T A;  1LUN A;  1QKW A;  1OEB A;  2M51 A;  4RTY A;  1RUW A;  1A0N B;  1FBZ A;  1WXB A;  2FCI A;  1GRI A;  2L3S A;  2EYY A;  4EIH A;  2KYB A;  5CDW A;  3M0P A;  1QLY A;  2GTO A;  2D0N A;  2KGT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2DMO A;  1HCT B;  3VS1 A;  5I11 A;  3QWX X;  2CH4 W;  1JU5 A;  3I9Q A;  1QWE A;  2K79 B;  2RMX A;  2B86 A;  2DE0 X;  2CI8 A;  2F2W A;  1BFI A;  2GTJ A;  1M27 A;  3JV3 A;  2C9W A;  1J3T A;  1O45 A;  4J9I A;  1M8M A;  1CKB A;  2HBW A;  4GPL B;  2EYX A;  4D8K A;  1O43 A;  1BLK A;  5IBM A;  1MUZ A;  2GNC A;  1SRM A;  1T0J A;  2RQR A;  4JZ3 A;  1GBR A;  1Y57 A;  2GBQ A;  4OMQ A;  4KRT A;  4CC7 A;  3GXW A;  3S9K A;  2HUW A;  3VS4 A;  4J9C A;  2GSB A;  3HIZ B;  1RJA A;  1QKX A;  4E68 A;  1SKJ A;  1OV3 A;  2EPD A;  4J9G A;  2BZ8 A;  2O9V A;  4HVV A;  2JYQ A;  2HCK A;  2KNO A;  1O46 A;  1X6G A;  2CIA A;  1U5S A;  1WFW A;  2QDL A;  1UGV A;  1BHH A;  3I5S A;  2E5K A;  5AXI A;  5J3X A;  1ZUK A;  3H0I A;  2L3Q A;  1SPR A;  4FBN A;  1ABQ A;  1CSZ A;  5DC0 B;  1CWD L;  4IIO A;  2DBM A;  3OP0 A;  4K44 A;  1O4A A;  2DF6 A;  1KC2 A;  2EYV A;  1O4R A;  2YUN A;  1OPL A;  2ECD A;  1MW4 A;  1AYD A;  3OV1 A;  1CWE A;  1X27 A;  3I5R A;  1H9O A;  1E7O A;  1KA7 A;  4GWF A;  2RPN A;  1O47 A;  4GLM A;  3CD3 A;  1UJY A; 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