3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
2EQIA 2OJ2A 1GCQC 1PRMC 4D8DA 4HVVA 1U06A 2DRKA 1VA7A 3VS2A 2ESWA 1PHTA 3QWXX 1AD5A 4OMOA 1LUKA 3C7IA 2FPEA 5ECAA 1X27A 1SPKA 4A4BA 2HEQA 1G83A 3TSZA 4EIHA 1B47A 1LCJA 1PWTA 3VS4A 1AB2A 1O4JA 3FJ5A 1BMBA 1AYDA 2HDAA 1O41A 3REAB 3M0RA 3M0UA 1M3AA 3I5SA 3VRQA 4OMNA 1O4PA 1A08A 1D4TA 2IZVA 3EAZA 2LP5A 1SPRA 5I22A 1NZVA 3HCKA 1IO6A 3PVLA 2YT6A 5FWCA 4HVWA 1J3TA 1WIEA 2RQVA 3HHMB 4AFZC 4JE4A 4Z89A 1SPSA 1HSQA 2LZ6B 4RTZA 4K45A 2ETZA 1X43A 1UG1A 2Y3AB 4U1PA 1FYNA 4LN2A 2K7AA 3EG3A 3M0QA 3VGOA 1S1NA 1M27C 2FPDA 2EW3A 2M51A 1JU5C 1QWFA 3M0PA 1E7OA 2NWMA 3RBBB 1GFDA 2KK6A 1BLJA 1U5SA 3GXWA 1WA7A 3ZNIA 1T3LA 1UDLA 3EHQA 2CT4A 2BTTA 1AEYA 1NEGA 2CH4A 4GBQA 2RF0A 2DE0X 1Y1UA 1UURA 4NWFA 4Z88A 2K79A 4RTXA 1JEGA 1G2BA 1Z9ZA 2FCIA 1O4FA 1AVZC 1CSZA 1BG1A 2AOAA 3IMDA 4E93A 5HCKA 5IXFA 1LUMA 1O4IA 3BUOB 2JMCA 3JV3A 4R0KA 3VS3A 1QKWA 1LKKA 1O4NA 5DC4A 2EKHA 3SEMA 2DRMA 4K2RA 1O4RA 2KBTA 1ZSGA 1WDXA 1Y0MA 5IH2A 3ULRB 2AZVA 2KGTA 1H8KA 1M8MA 2L4KA 1SEMA 3MXYA 5GJIA 1MUZA 2ROTA 1BHHB 3CQTA 3WA4A 2DL8A 2EYZA 4QT7A 2J06A 2DM1A 2OI3A 2CBLA 4AFQC 2D0NA 5GJVB 2LNWA 1H3HA 3TSWA 1PKTA 2AK5A 1Z9QA 4JJCA 2CIAA 2RNAA 1A1AA 4J9IA 4RTYA 3BUNB 4DGPA 5I6VA 5AXIA 1GRIA 1KFZA 1A81A 1WI7A 1WQUA 4LUEA 1NZLA 1O45A 3CXLA 4FL2A 2O9SA 1UUSA 2Y1NA 3HIZB 3N7YA 2EL8A 2GTJA 1NLOC 1XA6A 1ZUUA 5CDWA 1UECA 3EHRA 2X3WD 1E6GA 3M0TA 1M27A 1O4DA 1VYVA 2FEIA 1SHAA 2HDVA 5KAZA 1PRLC 1CWEA 2M0YA 1KA6A 1SSHA 2CH4W 1JWOA 2PNBA 1CSYA 2Y1MA 2OAWA 1NG2A 3PFVA 4DGXA 5EC7A 3S8LA 3ZL7C 2O2OA 1GFCA 1O4CA 2C0OA 4J9CA 2DL7A 3VRRA 2CDTA 1FHSA 4J9EA 2XP1A 5EHRA 4A4CA 1GHUA 3PSJA 2HSPA 1FBZA 2ED1A 1I3ZA 3H0FA 1AYAA 1AWJA 1TZEE 4OMLA 4OHHA 2MRKA 1CKAA 2DX1A 2F2XA 1K0SA 1I1JA 1M30A 1Y57A 2SHPA 4FL3A 5AULA 5BO4A 2RMXA 1V1CA 1RLPC 2LJ1A 2YUQA 1BU1A 2O88A 2JS0A 1M61A 4XZ1A 1UJ0A 2A28A 1O4QA 2B86A 4Z8AA 3UF4A 1MV3A 2A08A 2ED0A 2L3SA 2KE9A 1LUNA 2PLEA 4K44A 3H0HA 2YSQA 2AUGA 1OV3A 2DJQA 2FO0A 2V1RA 1UHCA 4RTTA 2J7IA 1ZUYA 1I0CA 1X6CA 4P9ZA 2GQIA 1OPLA 3TKZA 1UJYA 3EG1A 4AFUC 1QLYA 2AKKA 1NEBA 2EGAA 3EACA 2P4RA 2F2WA 2PTKA 2FPFA 3EGUA 4JPBW 5DC9A 2GE9A 1ZLMA 2I0NA 1KA7A 2D1XA 4GL9E 1R1PA 2EYWA 4H34A 2KRSA 2KYBA 1UE9A 2EGEA 2DLZA 2EO6A 1U3OA 3H41A 3CWGA 1O47A 2DL5A 4HVUA 5D0JA 1GL5A 1P13A 2YUNA 3PE0A 1A0NB 3BUWB 1O4OA 3IQLA 1W70A 1RPYA 1IS0A 1E6HA 4LNPA 1BHFA 1CWDL 1B07A 2LQWA 3PVQA 1NRVA 1GBQA 1RI9A 1TUDA 1Z3KA 4FBNA 5HKYA 2GTOA 2CT3A 1SHBA 4U17A 1FU5A 1MW4A 1BLKA 2C0IA 4GPLB 2K2MA 3OV1A 1LCKA 2EO3A 1ABQA 2W10A 4OMPA 3MXCA 1AZGB 1BBZA 2JXBA 1CSKA 3UA6A 1NYGA 1WYXA 2KT8A 2CSQA 2L3TA 2JM9A 4ORZA 4RTVA 2CSIA 1AOJA 1OPKA 2A37A 2LNHB 3I35A 1KC2A 4GWFA 1YNZA 1B3QA 2K79B 1OO3A 2GBQA 1O44A 2BZXA 2H46E 4JEGA 3VRPA 4DEXA 1YVLA 5FW9A 1LKLA 2FRWA 1UHFA 3BKBA 3CBLA 1X69A 3SHWA 3KFJA 4J9FA 3R6NA 2C0TA 2XMFA 3QWYA 3VS7A 3M7FA 1TG0A 1M3CA 3TVTA 1CKBA 3A98A 2J6KA 4F5AA 1ZFPE 3S8NA 2HCKA 4RTUA 4JJDA 1AYCA 2CUDA 1UTIA 3M0SA 2LJ3A 1A09A 1T0HA 2J05A 2KXCA 3PQZA 2KEAA 2RORA 1OO4A 5GJHA 1EFNA 2ECDA 2F2VA 1X2QA 5IBSA 2EYYA 2J6FA 2IUGA 3VRZA 3OB1B 4ESRA 1SRLA 4P9VA 1W6XA 3LH5A 1JYRA 4FSSA 2LCTA 1K76A 4JGHA 2VKNA 2JW4A 1WLPB 1ZBJA 5J3XA 1QADA 2ABLA 5IHKA 2PNAA 1BKMA 2L0AA 2K6DA 1ZUKA 2MOXA 1OEBA 4ROJA 1AWXA 1VYTA 2MK2A 2EYXA 1T3SA 2DYBA 4AG2C 2GNCA 3NMZC 1A1BA 4F59A 1WXTA 3C0CA 2JM8A 2KRMA 4RUGA 1O48A 1FMKA 2DBMA 3BUMB 3KFVA 4J9HA 4TZIA 1A1CA 1HCTB 1O46A 1BM2A 2HBWA 4X6SA 2IIMA 4GLMA 2JTEA 4OMMA 1NYFA 1NM7A 1MV0B 1W1FA 1YWPA 1YWOA 1O4GA 1WXBA 3BUXB 3PS5A 4E68A 2DNUA 1AOUF 5HKZA 1AYBA 1GCPA 1A07A 2L6KA 1AZEA 3PJPA 2HMHA 3OVEA 1JXOA 1KJWA 1YCSB 1ABOA 3NGPA 2LNXA 4HCKA 4NWGA 1QKXA 2QMSA 3EG0A 4J9BA 1WX6A 2AZSA 2YSXA 5DC0B 3IN8A 4J9DA 3N8MA 2SEMA 2G6FX 4OHIA 4XZ0A 2CREA 2FRYA 2DBKA 2EGCA 4EIKA 4J9GA 1MILA 1O42A 4CC2A 5HKWA 2LQNA 2MIOA 5IHNA 1H9OA 1LUIA 1UUEA 2RPNA 2E5KA 5GJWB 4D8KA 4F16A 2RVFA 1BK2A 2ENMA 2KXDA 2KNBB 2RQTA 1D1ZA 2EU0A 4RTWA 4E6RA 4F5BA 2PNIA 1BKLA 2EVRA 2MCNA 3VRNA 2ROLA 5IHIA 1AOTF 3O5ZA 3EG2A 2YU7A 2RMOA 1T0JA 4LUDA 2KR3A 2K3BA 2DILA 1BFJA 2CUBA 1O4KA 3CD3A 1N5ZA 1PNJA 4A63B 2OZOA 2LX7A 1TCEA 2VVKA 5IBMA 2W0ZA 1JYUA 1O4HA 1IJRA 1RQQC 4K11A 1O4BA 3THKA 1R1QA 2BBUA 1R1SA 2MQIA 2HUWA 2IUHA 2JS2A 2K7AB 1SRMA 1QCFA 2LCSA 2DA9A 2EOBA 1UFFA 3H0IA 1YVHA 1RLQC 3N84A 1TUCA 3TL0A 2KT1A 2YUOA 1WXUA 2SRCA 3VS5A 1RJAA 2RSYA 1SHFA 1PKSA 1X6BA 4QSYA 2EPDA 4WWQA 2CS0A 4KRTA 2VWFA 1HJDA 2JT4A 3VRYA 2JMAA 5L23A 1FU6A 1VYUA 1FYRA 4Y92A 1O49A 1D4WA 4X1VA 5EELA 1KIKA 1BFIA 2KROA 4JZ4A 4L1BB 4CC7A 3MAZA 2KRNA 2MC1A 3UA7A 4AG1C 2GGRA 2O9VA 1F1WA 2DL3A 1I07A 1M3BA 3US4A 3NHNA 1ARKA 3RNJA 2CRHA 2L3PA 2LJ0A 1BF5A 1K1ZA 1WFWA 2AOBA 2YDLA 1O43A 2IUIA 1NLPC 4OHEA 2EKXA 1X0NA 2RQUA 3GBQA 4F17A 1K4US 3VS0A 3IN7A 3OB2B 2RN8A 4HXJA 2DL4A 4JJBA 4LE9A 1H92A 2V1QA 4EY0A 2DLPA 2ECZA 3PSKA 1JXMA 1PICA 2NUZA 2BZYA 2DMOA 1K9AA 2CI9A 1FBVA 1GCQA 3S8OA 1JQQA 2OQ1A 1YN8A 3REBB 1ZX6A 2EYVA 4H1OA 2A36A 1O4MA 2KNOA 2X3XD 1JYQA 2DLYA 4OHDA 4CC4B 5EHPA 1BHHA 3UYOA 5EEQA 3S9KA 2LMJA 4IIOA 2AKLA 4F14A 2B3OA 2EBPA 1O4EA 2JYQA 2DVJA 3K2MA 2MRJA 2RQWA 2H5KA 2L2PA 2GSBA 2K9GA 4M4ZA 2C9WA 4CC3A 1AWOA 1SHDA 3VS6A 1F2FA 5EG3B 3PLFB 4AFSC 4DEYA 1UGVA 4OMQA 4WCIA 3UATA 1BB9A 2H8HA 1CJ1A 3GXXA 2CR4A 2DF6A 2YUPA 1GBRA 4ZNXA 1X6GA 3VROA 1QG1E 5IXBA 3U23A 3T04A 1K0XA 2FG0A 2PLDA 1A1EA 4JZ3A 1XOVA 2D8HA 3IMJA 2HDXA 1HCSB 1JU5A 2DM0A 3GQIB 3VS1A 4IIMA 2D8JA 3NPFA 2VIFA 2L3QA 5DF6A 1O4AA 4OHLA 1AWWA 2PZ1A 1JO8A 1QWEA 1SKJA 1OOTA 2J6OA 2CI8A 5FWBA 2DCRA 1KSWA 1HD3A 1SHGA 5I11A 3OP0A 2BZ8A 2DX0A 1RUWA 1YP5A 2RQRA 1O4LA 2KYMA 3I9QA 3I5RA 1X2KA 2QDLA 2O31A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYYA 4DA4A 2EQIA 1RAAB 1D1AA 1W4SA 3MO8A 2DRKA 3QDFA 5ECAA 4M7DC 1SPKA 1G83A 4XU1A 3VU3C 1B47A 1PWTA 3VS4A 1O4JA 2O4XB 1O41A 2V8KA 3M0RA 1R0BG 2DJZA 4M77A 4XTZA 1O4PA 1O75A 9ATCB 3EAZA 2KMTA 5A0LA 4A4KA 1J3TA 4AFZC 1SPSA 2QTVA 4RTZA 4K45A 1EZZB 4E2FB 4U1PA 1YIJT 3EG3A 1YJ9T 1EIFA 3CCUQ 3ZBDA 5DY9A 1QWFA 3TCJA 3RBBB 1IGQA 4PJJA 3CPWS 4DBRA 2KK6A 1U5SA 2LRQA 1WA7A 1M2VB 2DE0X 4F7UA 4M7AC 1BI1A 3CCJT 3EGDA 1JEGA 2FCIA 3JCMf 4EMKC 2VGNA 4Z02A 2AOAA 3IMDA 4E47A 3QJYA 4R55A 2E10A 1VQ6A 2DFUA 2CP7A 4FW2A 1IREB 4N4IA 4OF1A 4R0KA 3O8VA 4R56A 4PJOD 2EKHA 3LLRA 5CKHA 3QDRB 2VV5A 1NPRA 2KBTA 2VASA 3QZ5B 1ZSGA 3JCMX 4BY6C 2COWA 2KGTA 4QVZA 1M8MA 8AT1B 2MK5A 1MUZA 3FDRA 1BHHB 2OI3A 1D1BA 3RESA 2D0NA 3PIOA 4CRIA 5LL6S 2YRVA 2QG9B 4PLLA 1TH7A 3TSWA 1Z9QA 4M77G 1VQ5A 4JJCA 3L2ZA 2RNAA 3BUNB 4E7SA 1D3BA 3JCMg 3EG9A 1WI7A 1WQUA 4LUEA 2DZCA 1O45A 2H3JA 2LVMA 2O9SA 3HIZB 1YIJQ 1YJ9Q 5CDWA 1E6GA 3M0TA 4DBQA 2FEIA 5KAZA 1PRLC 2FHDA 1UGRB 2CH4W 2PNBA 1G5VA 1KHIA 3G71A 3PFVA 2CP5A 2DL7A 4FYWB 4M7DD 4XU0A 3QG1A 5EHRA 8ATCB 5GAN8 3CCJQ 1SG5A 1AYAA 4OMLA 4C92E 2HL3A 5AULA 3QXEB 2YUQA 2LJ1A 4II1A 2O88A 4XZ1A 1PSEA 2A28A 4X34A 4Z8AA 1Q7YU 4C0DB 3UF4A 1MV3A 3EFSA 2B8AA 4XAXB 2FO0A 1NJIR 1UHCA 3CCLT 3MEAA 2J7IA 1ZUYA 1YHQA 1I4K1 1OPLA 2GQIA 4HCBA 3TKZA 1M1FA 1UJYA 4JLIA 1BYMA 1R77A 4OB0B 1IHVA 3L2WA 3OYFA 4QQGA 3EACA 2PTKA 3EGUA 2FPFA 4JPBW 4XTVA 2PVGB 5KYXB 4GL9E 2KRSA 4VUBA 2EGEA 1G3WA 3OYBA 1WPYA 3CCEQ 3DB3A 3AT1B 5HK0A 3QYHB 3BUWB 2E41A 1W70A 2ATCB 2JTFA 3F70A 5CVIA 1BHFA 5HKYA 3PVQA 1TOVA 2GTOA 2CT3A 1FU5A 1BLKA 4FYVB 3OV1A 1LCKA 2L89A 4OMPA 1BBZA 2MI6A 3QJ6A 1OPKA 3I35A 1H3ZA 2K79B 1QW1A 2H46E 4JEGA 1YVLA 1Q86R 2K5FA 1WJRA 4QVDA 3R6NA 3G4ST 4QVCA 3L2QA 3M7FA 5FRMA 5FU6B 2J6KA 5KYYA 4HT9A 2NUPA 1F1BB 4ZGEB 3CCLQ 3M0SA 2J05A 3PQZA 2KEAA 1WHLA 1EFNA 2ECDA 1X2QA 5IBSA 2IUGA 3X25B 2EJ9A 4P9VA 1SRLA 1VQMA 4ANJA 4FSSA 4JGHA 2MPXC 5GMKj 4M75A 1ZBJA 3FIFA 1QADA 3L1AA 2WSFE 1QVPA 3ER0A 1VYTA 5GANf 1RAHB 2CS7A 3BDLA 1A1BA 1WXTA 1M4ZA 3C0CA 2KRMA 3CC7A 2XG8D 2HL5C 4J9HA 3CD6A 1Y7XA 4ZGDB 1O46A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2EQI A;  2OJ2 A;  1GCQ C;  1PRM C;  4D8D A;  4HVV A;  1U06 A;  2DRK A;  1VA7 A;  3VS2 A;  2ESW A;  1PHT A;  3QWX X;  1AD5 A;  4OMO A;  1LUK A;  3C7I A;  2FPE A;  5ECA A;  1X27 A;  1SPK A;  4A4B A;  2HEQ A;  1G83 A;  3TSZ A;  4EIH A;  1B47 A;  1LCJ A;  1PWT A;  3VS4 A;  1AB2 A;  1O4J A;  3FJ5 A;  1BMB A;  1AYD A;  2HDA A;  1O41 A;  3REA B;  3M0R A;  3M0U A;  1M3A A;  3I5S A;  3VRQ A;  4OMN A;  1O4P A;  1A08 A;  1D4T A;  2IZV A;  3EAZ A;  2LP5 A;  1SPR A;  5I22 A;  1NZV A;  3HCK A;  1IO6 A;  3PVL A;  2YT6 A;  5FWC A;  4HVW A;  1J3T A;  1WIE A;  2RQV A;  3HHM B;  4AFZ C;  4JE4 A;  4Z89 A;  1SPS A;  1HSQ A;  2LZ6 B;  4RTZ A;  4K45 A;  2ETZ A;  1X43 A;  1UG1 A;  2Y3A B;  4U1P A;  1FYN A;  4LN2 A;  2K7A A;  3EG3 A;  3M0Q A;  3VGO A;  1S1N A;  1M27 C;  2FPD A;  2EW3 A;  2M51 A;  1JU5 C;  1QWF A;  3M0P A;  1E7O A;  2NWM A;  3RBB B;  1GFD A;  2KK6 A;  1BLJ A;  1U5S A;  3GXW A;  1WA7 A;  3ZNI A;  1T3L A;  1UDL A;  3EHQ A;  2CT4 A;  2BTT A;  1AEY A;  1NEG A;  2CH4 A;  4GBQ A;  2RF0 A;  2DE0 X;  1Y1U A; 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 1RLQ C;  3N84 A;  1TUC A;  3TL0 A;  2KT1 A;  2YUO A;  1WXU A;  2SRC A;  3VS5 A;  1RJA A;  2RSY A;  1SHF A;  1PKS A;  1X6B A;  4QSY A;  2EPD A;  4WWQ A;  2CS0 A;  4KRT A;  2VWF A;  1HJD A;  2JT4 A;  3VRY A;  2JMA A;  5L23 A;  1FU6 A;  1VYU A;  1FYR A;  4Y92 A;  1O49 A;  1D4W A;  4X1V A;  5EEL A;  1KIK A;  1BFI A;  2KRO A;  4JZ4 A;  4L1B B;  4CC7 A;  3MAZ A;  2KRN A;  2MC1 A;  3UA7 A;  4AG1 C;  2GGR A;  2O9V A;  1F1W A;  2DL3 A;  1I07 A;  1M3B A;  3US4 A;  3NHN A;  1ARK A;  3RNJ A;  2CRH A;  2L3P A;  2LJ0 A;  1BF5 A;  1K1Z A;  1WFW A;  2AOB A;  2YDL A;  1O43 A;  2IUI A;  1NLP C;  4OHE A;  2EKX A;  1X0N A;  2RQU A;  3GBQ A;  4F17 A;  1K4U S;  3VS0 A;  3IN7 A;  3OB2 B;  2RN8 A;  4HXJ A;  2DL4 A;  4JJB A;  4LE9 A;  1H92 A;  2V1Q A;  4EY0 A;  2DLP A;  2ECZ A;  3PSK A;  1JXM A;  1PIC A;  2NUZ A;  2BZY A;  2DMO A;  1K9A A;  2CI9 A;  1FBV A;  1GCQ A;  3S8O A;  1JQQ A;  2OQ1 A;  1YN8 A;  3REB B;  1ZX6 A;  2EYV A;  4H1O A;  2A36 A;  1O4M A;  2KNO A;  2X3X D;  1JYQ A;  2DLY A;  4OHD A;  4CC4 B;  5EHP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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