4D8KA

Crystal structure of a sh3-sh2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (lck) from homo sapiens at 2.36 a resolution
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
NLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure of a SH3-SH2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) from Homo sapiens at 2.36 A resolution
rcsb
molecule keywords Tyrosine-protein kinase Lck
total genus 32
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4d8kA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4d8kA02
1AVZC 3M7FA 1YVHA 4AFZC 5HKWA 5GJVB 1BU1A 2CUDA 2YSXA 1OO3A 4FSSA 1JXMA 5IHKA 1O48A 2PLDA 2RQRA 1NG2A 2DLPA 2K2MA 2P4RA 1K76A 1I07A 1HD3A 2KT8A 1G83A 2YUQA 1MV3A 4QT7A 2GGRA 3TSZA 1G2BA 1NYGA 4JJCA 3PS5A 2YUPA 5KAZA 1TUCA 2IUGA 2BTTA 1FBZA 2ED1A 2E5KA 2EYZA 2OI3A 2I0NA 4GL9E 1TUDA 2KYBA 3O5ZA 1QKWA 2V1QA 2Y1NA 4X1VA 2PTKA 2FCIA 4JJDA 3H0HA 2D8JA 1GFCA 2DCRA 1A1AA 1JYRA 4OHHA 4JGHA 2HDAA 4F17A 2KNOA 1KA7A 1NLPC 1SRMA 4U17A 1M27C 4LN2A 4RTVA 3I5RA 3EG3A 1T3LA 2LNHB 1CSYA 2JT4A 1SKJA 2EYWA 1YP5A 3RNJA 1SHAA 1HCSB 1R1QA 1OPLA 4RTTA 3OVEA 1WXBA 3PVQA 1GCQC 1OPKA 4E6RA 4JZ3A 2C0OA 2MIOA 2RQTA 1F2FA 3EGUA 1O4IA 5EC7A 2BZXA 2J6FA 4CC2A 1WQUA 4ORZA 3VRPA 4J9EA 1ZX6A 4JPBW 2JM8A 2A08A 1MV0B 4P9VA 1ZSGA 1YVLA 2B3OA 4J9DA 4ESRA 1FBVA 4LE9A 1B47A 1FYNA 5I6VA 2HBWA 1XOVA 1Y1UA 1BLKA 2AZVA 1LUIA 1JU5A 1X69A 5IBMA 3VS0A 2EYXA 2D1XA 2K7AB 1NRVA 2F2VA 3PE0A 5IXFA 1GHUA 2GBQA 2K79B 2CI9A 2NWMA 1O47A 4K44A 1V1CA 1M3BA 2J6KA 4FL3A 2O31A 4D8DA 1WXTA 4Z88A 1Y0MA 1VYVA 1K0XA 1O4BA 2W10A 2DL8A 2HUWA 3CBLA 4JE4A 1JYQA 3JV3A 4WWQA 1E7OA 2KRSA 4XZ0A 2LJ0A 1NEGA 2O9SA 1I1JA 1AOUF 2KXDA 2DNUA 1A0NB 1SHGA 2Y1MA 1BFIA 1FU6A 5ECAA 1E6HA 1H8KA 2JS0A 1A07A 1BFJA 2DJQA 2FPFA 1O44A 1O4FA 4J9CA 1BHHB 1O4EA 4GPLB 1LKKA 1UHCA 1WLPB 1WIEA 1O4AA 3REAB 3MAZA 1ABOA 1UDLA 2HDVA 1UE9A 2L3TA 2YUOA 2CRHA 2CREA 3BKBA 2EGCA 4OMNA 2JM9A 1W1FA 1WA7A 5D0JA 5AULA 1ZFPE 2CIAA 1M3AA 4HVUA 1X6CA 2BBUA 2JMAA 1RQQC 1YWOA 1UG1A 2DF6A 4AFSC 5FWBA 2BZ8A 3EHRA 2KROA 4ZNXA 1O4KA 4CC4B 1O4RA 3WA4A 2LJ1A 1H3HA 4NWGA 1BF5A 5IBSA 4J9GA 3EHQA 5EHRA 1GBRA 2DYBA 1LKLA 3TSWA 2RSYA 2EGEA 2EU0A 2L3QA 2FO0A 2QMSA 3CD3A 1AWOA 5GJIA 2KRNA 3A98A 4AG1C 3CXLA 1N5ZA 2VVKA 3UF4A 3OB2B 2SEMA 4AFQC 2C0TA 1AEYA 1GRIA 4ROJA 2DL4A 2L3SA 2J7IA 1AZGB 1JXOA 1BKMA 2AKLA 2DLYA 3REBB 4E93A 4IIMA 2IUIA 1QKXA 1WYXA 3LH5A 1T0HA 3M0RA 1O4CA 2EQIA 1SRLA 2PZ1A 4LUEA 2RMOA 2BZYA 4J9HA 1QG1E 5HKYA 2LQNA 5IHIA 1O4OA 3UA7A 4OMQA 4OHDA 1D1ZA 1SPRA 2EKXA 2L2PA 2RQUA 1NYFA 4DGXA 2OQ1A 3IMJA 3GXWA 2DRKA 4RTXA 2MC1A 2G6FX 1SPSA 1SHDA 4A4CA 1W6XA 2JYQA 2EL8A 4QSYA 2CDTA 1X27A 1OEBA 5DC4A 2DL3A 3KFVA 2KEAA 2O9VA 2EBPA 1M27A 3CQTA 1UUEA 2PNAA 1SSHA 1O43A 3R6NA 3VRYA 1O4MA 4Z89A 1NLOC 1KSWA 4J9FA 4K11A 1BB9A 1X2QA 3NGPA 3UA6A 4HVVA 2B86A 1UECA 1PNJA 4JZ4A 2K7AA 2DX0A 3IMDA 2RN8A 1QWEA 1GCQA 1HSQA 2CSQA 2DVJA 1BLJA 1T0JA 2K79A 4X6SA 1X6BA 4Z8AA 3OP0A 4JEGA 4OMMA 2L6KA 4U1PA 1GCPA 1PWTA 2SHPA 1M3CA 1QWFA 2MOXA 2HSPA 3ZNIA 2ROTA 4DEYA 5DC9A 1R1SA 1OOTA 4F14A 1T3SA 2IIMA 2JMCA 3I9QA 1O42A 2LNXA 3UATA 2ROLA 1O4NA 4D8KA 2IZVA 1Z3KA 4GBQA 1RUWA 1B3QA 1ABQA 1M8MA 3S8OA 3BUXB 1TG0A 2KBTA 3TKZA 1UURA 1A1EA 2ECDA 4R0KA 2CSIA 4RTWA 4OMOA 1BHHA 2DBMA 1WXUA 2RVFA 1PRLC 2AUGA 3EG0A 1U06A 4K2RA 3US4A 1A81A 2LJ3A 1PRMC 2GQIA 1RLQC 1CWEA 4AFUC 2EYVA 2EGAA 1O4PA 2D8HA 3M0PA 4Y92A 1BBZA 3H0FA 4OHLA 3GQIB 2GTJA 1BMBA 1O49A 2KT1A 3HHMB 2DL5A 1JO8A 2YSQA 2AZSA 1Y57A 1SEMA 1CKAA 2A36A 4HXJA 1K4US 2DM1A 3VRNA 4A4BA 2FRWA 1Z9QA 1SHFA 1O46A 1ZLMA 2GE9A 1WFWA 3BUOB 5J3XA 2PLEA 2H46E 1E6GA 3IQLA 2JS2A 2KXCA 1CSZA 3FJ5A 3I5SA 1TZEE 2EYYA 3HCKA 2JTEA 1S1NA 1FHSA 1JQQA 2JW4A 3C7IA 1Z9ZA 3EAZA 4J9IA 3PLFB 3VRQA 2LX7A 2KE9A 5FWCA 2DX1A 3S8NA 1LUMA 2LCSA 2CUBA 4TZIA 1BM2A 5I11A 3VS7A 1KJWA 3S9KA 2MCNA 4A63B 3N8MA 1IO6A 2HMHA 2DLZA 3PJPA 2DMOA 5IHNA 1BKLA 1JYUA 1PICA 1AYCA 4HCKA 2Y3AB 2O2OA 3PQZA 3IN7A 4OMPA 2ED0A 1K9AA 2D0NA 4M4ZA 1EFNA 1U5SA 3S8LA 3C0CA 1UTIA 3VRZA 1H9OA 3EG1A 5HCKA 1FU5A 4RTUA 3HIZB 3VS1A 2K3BA 1ZUUA 3M0QA 1UFFA 3PFVA 1AYAA 2A37A 3OB1B 1BG1A 1JEGA 2ENMA 1TCEA 4LNPA 3TVTA 1I3ZA 2FRYA 5CDWA 4HVWA 1F1WA 2GNCA 2EO6A 3N7YA 1ZBJA 1JWOA 2RQVA 2GSBA 3KFJA 2MK2A 1SPKA 2L0AA 5L23A 4DEXA 2MRKA 4XZ1A 2K6DA 1AYDA 3QWXX 2OJ2A 1ZUKA 2EVRA 2RPNA 3VS5A 1MILA 1W70A 5DF6A 2RNAA 4LUDA 1A1CA 3M0SA 4P9ZA 1WI7A 2VIFA 2EW3A 2DBKA 3VROA 3M0TA 5IXBA 1QCFA 1NZLA 2EKHA 2YUNA 3VRRA 1O41A 3GXXA 2K9GA 3M0UA 1LUNA 2DILA 1K1ZA 1NM7A 1K0SA 1CWDL 2CBLA 3MXYA 3H41A 3H0IA 3NMZC 1O4HA 1YNZA 2GTOA 4RTYA 1P13A 2EOBA 2CR4A 1AWJA 2ABLA 4WCIA 2RQWA 3VS6A 2YU7A 1NZVA 2EO3A 2FPDA 1H92A 4H1OA 3EG2A 2XMFA 1OO4A 2RORA 3MXCA 1KC2A 2C0IA 2KNBB 1FMKA 1WDXA 3SEMA 4NWFA 1D4WA 1RI9A 1AYBA 5HKZA 2HDXA 2PNBA 2CT3A 4F5BA 2EPDA 1RJAA 2L3PA 1UJYA 4RUGA 2L4KA 1UUSA 2LNWA 2J6OA 1NEBA 2OAWA 2FEIA 2H5KA 3VGOA 2CH4A 1AOTF 5GJWB 3NHNA 3IN8A 5BO4A 1VA7A 2DL7A 2W0ZA 2XP1A 4FL2A 1ARKA 4JJBA 1KA6A 4E68A 2YT6A 1FYRA 2A28A 2CT4A 4L1BB 3PSKA 1RPYA 5IH2A 1CJ1A 1UJ0A 4GWFA 3N84A 2PNIA 1AWXA 3T04A 1O45A 3TL0A 1J3TA 2F2XA 1LCKA 1A1BA 1PHTA 1LUKA 1VYUA 1YCSB 2F2WA 2KR3A 1WX6A 4F16A 3I35A 2CI8A 2J06A 1HCTB 4EY0A 2DA9A 1RLPC 1JU5C 4GLMA 3ZL7C 4EIHA 1X2KA 1IS0A 2LCTA 5EELA 3BUNB 1UHFA 3UYOA 1O4LA 4AG2C 5FW9A 3BUWB 1VYTA 2KK6A 4CC3A 1KFZA 1X0NA 1AOJA 4DGPA 2LZ6B 1YWPA 1GBQA 2HEQA 1O4QA 3THKA 2H8HA 4OMLA 3VS2A 1KIKA 3CWGA 5EG3B 2X3XD 1QADA 1IJRA 1CKBA 5EEQA 4RTZA 1PKSA 4FBNA 1X6GA 4CC7A 2CS0A 1U3OA 2FG0A 4J9BA 3BUMB 2AKKA 5DC0B 2KGTA 1D4TA 2LMJA 2LP5A 3GBQA 1GL5A 3U23A 1MW4A 1OV3A 1R1PA 1M61A 4OHEA 3NPFA 5I22A 1A08A 2KYMA 1UGVA 2ECZA 2V1RA 1O4DA 1XA6A 2MQIA 1AB2A 1MUZA 4OHIA 4EIKA 2M0YA 2VKNA 2YDLA 2AOAA 1O4JA 3VS3A 2RF0A 1CSKA 2SRCA 2AOBA 2DE0X 2IUHA 3EACA 1I0CA 1A09A 4F59A 4H34A 2AK5A 2KRMA 1PKTA 2FPEA 3PVLA 4KRTA 2CH4W 1O4GA 5EHPA 2ESWA 3VS4A 1BHFA 2NUZA 5GJHA 4IIOA 2C9WA 2X3WD 3K2MA 2MRJA 1SHBA 2DM0A 1AD5A 1X43A 1LCJA 2DRMA 2M51A 2RMXA 3RBBB 2QDLA 4F5AA 2OZOA 1BK2A 1ZUYA 1QLYA 2VWFA 3OV1A 1AWWA 2ETZA 4K45A 2J05A 1M30A 3SHWA 1GFDA 1YN8A 1HJDA 1AZEA 2LQWA 3QWYA 3PSJA 2HCKA 1B07A 3ULRB 2JXBA 5AXIA 2O88A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J7FA 4AFZC 4M77B 5GJVB 3LLRA 4M77G 1OO3A 4II1A 3CCVQ 1NG2A 3EGXA 1G83A 1UGSB 4QT7A 4JJCA 1FBZA 2CKKA 5CO7A 4IUQA 2V1QA 2Y1NA 1D1BA 4M75E 4X1VA 3JCMb 2DCRA 1JYRA 2KNOA 1SRMA 2Y4XA 2V8JA 4NL2A 1ZBXA 2MI6A 3EG3A 4BY6B 2DETA 1Q81R 2EYWA 3RIRA 4DBQA 3RNJA 1HCSB 4XK8E 3N5BB 1WXBA 3PVQA 4PJOD 4E6RA 4JZ3A 3T9NA 4FU6A 5LJ5h 2X4YA 3EGUA 1G5VA 3VRPA 2D0QB 4JPBW 4P9VA 4XTXA 4ESRA 4LE9A 1XOVA 5GAMh 3G6ET 2ZPFB 1VQ6Q 3GIBA 2EQMA 2K7AB 2NWMA 1O47A 4K44A 5KCOA 4C5EA 4PNOA 1Y0MA 2Z0WA 4PJLA 5HK0A 1O4BA 2W10A 5D6XA 2DL8A 2HUWA 4EMKC 1E7OA 2KRSA 4XZ0A 3BFMA 4XAXB 2DNUA 3QZ5B 1A0NB 4GLKA 3EFOB 2FZGB 2LNVA 2Y1MA 2QTXA 2QDYB 4ZN3A 1H8KA 4A4KA 2JS0A 1M4ZA 1BFJA 2DJQA 4E7SA 4J9CA 3S3NA 1WLPB 3HHTB 4TVRA 1ABOA 1YJWA 2OTLT 2PUKB 2CRHA 3HKSA 2RHYA 4HCCA 2JM9A 5D0JA 5HY6A 2WSCE 4MDXA 2DTOA 1Q82U 2BBUA 4M78E 2KDSA 2ATCB 5CAIA 3OS2A 1UG1A 4AFSC 5FWBA 3EHRA 2KROA 4CC4B 2C06A 2LJ1A 3HRSA 1H3HA 3RERA 3JCMQ 5IBSA 3CMAT 1VQKT 1GBRA 4M75B 4M75G 2EGEA 2QMSA 1YIJA 1JJ2S 1AWOA 5GJIA 3EGDA 3A98A 4C0GA 1N5ZA 3G7ZA 4C0ZA 1GRIA 3CCQA 4A54A 1H641 2AKLA 4PFPA 4E93A 2F5TX 2IUIA 4JS5A 1LPLA 2XK0A 3UA7A 4BE1A 2LRQA 2EKXA 1NYFA 2CZ6B 4QKUA 3IMJA 2CZ7B 2JVVA 1YJNQ 4A4CA 4QSYA 1OEBA 1VQNT 3FIFA 2DL3A 3KFVA 4IURA 2V8KA 1VQ4T 1PD1A 3M58A 3R6NA 1VQLQ 1X2QA 1WPYA 3NGPA 3UA6A 3CCSA 2VV5A 1TOVA 1WHMA 2DX0A 1VUBA 2CSQA 1HSQA 2DVJA 3OYDA 1T0JA 4X6SA 4EDUA 4Z8AA 3DLMA 4QVDA 5KH6A 1RI0A 5CKHA 1M3CA 2SHPA 4E7JA 4M78A 2ROTA 4DEYA 4KGVB 4F14A 1VIEA 2LNXA 4XU1A 3QYGB 4PFOA 5GAOn 4NOYA 3RKXA 3FEOA 3CC2Q 1SKUB 3OY9A 2YRDA 2KBTA 1UURA 1SF9A 1RL2A 1QMCA 2CSIA 4V2SA 4R55A 3EG0A 2CP6A 1U06A 3US4A 2DO3A 1A81A 2GQIA 5IAYA 2RH2A 2LRAA 3SD4A 4LDYA 4LDWA 3C12A 2WSFE 3EH2A 1JB0E 4IKFA 4M78G 2BKDN 4M7DE 4OHLA 2QQ9A 2GTJA 3OYEA 3CEYA 3HHMB 2DL5A 3AT1B 1VQ7T 4LD9K 2YSQA 2X4JA 1K4US 2A36A 4HXJA 2DM1A 1Z9QA 4FL6A 5J3XA 3LGFA 5LJ5f 3NTIA 3SB2A 2JNGA 2H46E 4NL3A 3IQLA 3MO8A 1VQOT 3HCKA 1S1NA 3PLFB 5GAMf 4J9IA 1Q81C 2IPOB 2FYKA 4PJOF 1VQ7A 1YHQA 2DEUA 3X26B 5I11A 1KJWA 1I4K1 2COZA 3OYNA 1HK9A 5IHNA 2RO0A 2QK0A 2O2OA 1D0YA 3PQZA 4OMPA 1YBYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1AVZ C;  3M7F A;  1YVH A;  4AFZ C;  5HKW A;  5GJV B;  1BU1 A;  2CUD A;  2YSX A;  1OO3 A;  4FSS A;  1JXM A;  5IHK A;  1O48 A;  2PLD A;  2RQR A;  1NG2 A;  2DLP A;  2K2M A;  2P4R A;  1K76 A;  1I07 A;  1HD3 A;  2KT8 A;  1G83 A;  2YUQ A;  1MV3 A;  4QT7 A;  2GGR A;  3TSZ A;  1G2B A;  1NYG A;  4JJC A;  3PS5 A;  2YUP A;  5KAZ A;  1TUC A;  2IUG A;  2BTT A;  1FBZ A;  2ED1 A;  2E5K A;  2EYZ A;  2OI3 A;  2I0N A;  4GL9 E;  1TUD A;  2KYB A;  3O5Z A;  1QKW A;  2V1Q A;  2Y1N A;  4X1V A;  2PTK A;  2FCI A;  4JJD A;  3H0H A;  2D8J A;  1GFC A;  2DCR A;  1A1A A;  1JYR A;  4OHH A;  4JGH A;  2HDA A;  4F17 A;  2KNO A;  1KA7 A;  1NLP C;  1SRM A;  4U17 A;  1M27 C;  4LN2 A;  4RTV A;  3I5R A;  3EG3 A;  1T3L A;  2LNH B;  1CSY A;  2JT4 A;  1SKJ A;  2EYW A;  1YP5 A;  3RNJ A;  1SHA A;  1HCS B;  1R1Q A;  1OPL A;  4RTT A;  3OVE A;  1WXB A;  3PVQ A;  1GCQ C;  1OPK A;  4E6R A;  4JZ3 A;  2C0O A;  2MIO A;  2RQT A;  1F2F A;  3EGU A;  1O4I A;  5EC7 A;  2BZX A;  2J6F A;  4CC2 A;  1WQU A;  4ORZ A;  3VRP A;  4J9E A;  1ZX6 A;  4JPB W; 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