4D8KA

Crystal structure of a sh3-sh2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (lck) from homo sapiens at 2.36 a resolution
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
NLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a SH3-SH2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) from Homo sapiens at 2.36 A resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Tyrosine-protein kinase Lck
total genus 32
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4d8kA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4d8kA02
1MV0B 2EYXA 1TUDA 1P13A 4OMLA 1CJ1A 1Z3KA 2PLDA 4X1VA 4H34A 1O43A 2VWFA 4J9HA 3OB2B 1BB9A 2EYWA 2O31A 1ZUUA 3N7YA 1R1QA 2NUZA 1WA7A 2OZOA 4FBNA 1BFIA 3M0QA 3TSZA 3EACA 2CSQA 4RTUA 1OO3A 2ECDA 1ZLMA 1QKWA 1RLPC 1O46A 1H8KA 1OV3A 1ZUYA 2DX1A 2KR3A 4KRTA 1K76A 3UF4A 4ESRA 1O47A 1UTIA 1X6CA 3JV3A 3EGUA 4HVVA 4J9IA 2VKNA 4RTWA 2O9SA 4CC7A 1JWOA 1RUWA 1H92A 4JJDA 2LCTA 2LP5A 2CREA 3VS3A 2HMHA 4P9ZA 1PHTA 1SSHA 4AFQC 2CDTA 1K4US 1YP5A 2HSPA 1AYDA 3VS5A 3CWGA 2DF6A 1UJYA 2EQIA 4EIKA 3PS5A 2YU7A 3H0FA 1O4MA 2Y1MA 2KRNA 3CQTA 4HXJA 2KEAA 2LNHB 4LNPA 1O4EA 4Y92A 5EEQA 4LUEA 3SHWA 2J6OA 2RQTA 1O42A 2EU0A 1BKMA 2KNBB 1NYGA 2B3OA 3IMDA 1W1FA 2HCKA 4GPLB 4OHLA 1KIKA 4E93A 1ARKA 2L3PA 2W10A 1LKKA 1K9AA 2JXBA 5D0JA 2DNUA 1GBRA 2ROTA 1WI7A 2RQUA 2L3TA 3CD3A 2LCSA 1AOTF 4FL3A 4RTYA 4ZNXA 2GSBA 2K79A 4K45A 2CT4A 3QWXX 3H0HA 5GJVB 2KRSA 1NLOC 1SPSA 1AVZC 3PVQA 4DEYA 1QLYA 2IUIA 4JZ4A 1TUCA 3S8NA 3PE0A 4JE4A 3VRQA 2LQNA 2OJ2A 1A1EA 3BUOB 1SEMA 1T0JA 1FHSA 3M7FA 1GFDA 2AZVA 3M0PA 3UATA 1FU6A 3OV1A 1FMKA 1O4BA 2K7AB 2HUWA 5AXIA 3S9KA 1H3HA 2AZSA 2FCIA 4TZIA 1SRLA 4AFZC 2C0TA 3PQZA 1BBZA 1O4GA 2MCNA 2A08A 1JYUA 1FBVA 2KROA 3M0TA 1YN8A 1RQQC 1FU5A 1KA7A 2KBTA 1WQUA 2JT4A 4GBQA 1BFJA 1OPLA 1G83A 4CC4B 2A36A 2AK5A 5L23A 1I1JA 2DE0X 1K0SA 2JM9A 2RQWA 2LJ0A 1PRMC 4RTTA 4LUDA 1O49A 2ED0A 4J9DA 4WCIA 1CSZA 5I6VA 2ENMA 2O88A 4A63B 1M30A 2K2MA 2EYZA 5DC4A 4F17A 1D4TA 1AYCA 1Z9QA 2HEQA 1O4QA 2EGAA 2IZVA 1XA6A 2X3WD 3VS2A 2RPNA 1LUNA 5EELA 3FJ5A 1BMBA 1EFNA 1O44A 1TCEA 1FYNA 1AYAA 1KFZA 2FPEA 3THKA 2YUNA 2MRKA 1YCSB 4FSSA 2YSXA 4E68A 2ETZA 2DBKA 1AWJA 3VROA 4WWQA 2C0OA 4M4ZA 1LCKA 1S1NA 2KYMA 1NZLA 2RSYA 4K44A 2DM0A 2CS0A 2C9WA 3GBQA 4K2RA 5IHNA 3T04A 4J9BA 2QDLA 1Z9ZA 4DGXA 2YDLA 1GCPA 3PSJA 2DCRA 3CBLA 1BLJA 2KGTA 5CDWA 4J9GA 1RJAA 5IHKA 1RI9A 2L6KA 1GCQC 4IIOA 2CUDA 1I0CA 2JW4A 3TSWA 4OMQA 4D8DA 2EL8A 3IN7A 5IBSA 2DL3A 1N5ZA 1W6XA 1ZX6A 2KE9A 1A1CA 5ECAA 3REBB 1KC2A 1X2KA 1ZSGA 2A28A 3H41A 1D4WA 1X6GA 2F2VA 2DLPA 2CIAA 3QWYA 2KT8A 2AUGA 3ZNIA 4JGHA 4OHIA 4DGPA 1WYXA 2AOBA 3OP0A 1FBZA 4LE9A 2JM8A 1SHAA 2AOAA 2DMOA 4NWFA 3S8LA 1KSWA 1MV3A 2HDXA 1VYUA 1HCSB 2PNBA 2L3QA 2IUGA 1WXUA 1UHFA 5DC0B 2E5KA 2IIMA 1NRVA 1SRMA 4J9EA 1A81A 4AFUC 1UJ0A 1O4FA 4Z88A 1E7OA 5DF6A 2JMAA 1U06A 4XZ0A 3ZL7C 1TG0A 2DX0A 1PNJA 2PTKA 1OPKA 1QADA 1AEYA 2DL5A 3VS6A 2KXCA 1HJDA 2PNIA 3BKBA 2J05A 2YUOA 2FPFA 2EKHA 4OHDA 2OI3A 3VS4A 1LKLA 2KRMA 1YVLA 2CI9A 2KYBA 1GL5A 1GHUA 4DEXA 1UDLA 1SHDA 1MW4A 2L2PA 3M0SA 1LUIA 3NMZC 3PJPA 2LQWA 2VVKA 5HCKA 4FL2A 3GXXA 1RLQC 3N8MA 1KA6A 1FYRA 2GTJA 2D8JA 2BZ8A 1O4KA 1H9OA 4LN2A 2DL8A 4Z89A 2GE9A 1BHFA 4EY0A 2AKLA 1A1AA 2XP1A 1LUKA 3HHMB 1NM7A 2EO3A 2W0ZA 1M8MA 2ESWA 3VS1A 1WDXA 4F14A 2O9VA 5EHPA 2RVFA 1O4IA 1O4OA 4ROJA 3OVEA 2FO0A 1NZVA 2SRCA 2P4RA 2MC1A 1CWEA 1PKSA 1SKJA 1HSQA 3VRNA 5DC9A 2FG0A 2DRMA 5GJWB 2J6KA 1ABOA 1NEGA 1IJRA 2MQIA 3US4A 1X69A 2ED1A 1T3LA 2KXDA 2LMJA 2K9GA 1SHBA 2YT6A 3RNJA 2A37A 2B86A 4F16A 2K6DA 2MRJA 2D1XA 3MXCA 1QWFA 1AZEA 1A07A 1AYBA 1Y57A 5IH2A 2DL7A 1KJWA 4HVWA 2L3SA 1O4HA 1O4NA 2JS0A 1TZEE 2XMFA 2J7IA 2V1RA 1M3AA 1MUZA 3EG2A 2PLEA 4J9CA 4RUGA 2PZ1A 4P9VA 1YWOA 2DVJA 1WX6A 3HCKA 1IO6A 4AFSC 1JU5A 4GL9E 1BKLA 4EIHA 1E6HA 2FRWA 1BLKA 5IXBA 2JYQA 1B3QA 4CC3A 4OMNA 3UA7A 1F1WA 2LJ1A 1A0NB 3O5ZA 1SPKA 3C7IA 5I22A 2RN8A 3LH5A 2FEIA 2DLZA 2LNWA 2YUQA 2CBLA 2EGEA 3EG0A 2BZXA 4RTXA 1OOTA 1T3SA 1UE9A 3H0IA 2KT1A 2GGRA 2CSIA 2GNCA 1LUMA 1YNZA 1RPYA 5IBMA 1AWOA 2FPDA 5EC7A 1G2BA 1J3TA 1D1ZA 2QMSA 4AG1C 2EYVA 2G6FX 3VGOA 1A08A 1XOVA 1YWPA 3IQLA 3A98A 4OHEA 2EYYA 2YSQA 3TVTA 2RMOA 4HCKA 1M61A 5HKZA 1PKTA 1WXTA 1NEBA 1UECA 3I9QA 2K7AA 2CI8A 4IIMA 2K3BA 1PRLC 1B07A 5FWBA 1ZUKA 2GQIA 1O41A 1QG1E 1M27A 3VRPA 3PLFB 3IN8A 1PWTA 2ABLA 3PFVA 1O4PA 5J3XA 2EW3A 3EG1A 1O4JA 2AKKA 3NGPA 1UG1A 4CC2A 4U17A 2DA9A 1A1BA 1O48A 1GRIA 1UUEA 1B47A 3I5RA 1BU1A 2MK2A 3K2MA 3UA6A 2LNXA 2K79B 5AULA 2RMXA 2OAWA 3WA4A 1GBQA 2LZ6B 4J9FA 3HIZB 2JMCA 1T0HA 2YUPA 3ULRB 1BM2A 2LX7A 2Y3AB 1CKBA 1A09A 4Z8AA 1Y0MA 1X6BA 2JTEA 1MILA 3BUNB 1UHCA 1BK2A 3RBBB 1OO4A 4E6RA 4JPBW 3CXLA 1BG1A 1WFWA 1HCTB 3VS0A 2CH4W 1CSYA 4HVUA 2D8HA 1OEBA 1UGVA 1JU5C 1O4DA 2VIFA 1X27A 2J06A 2EKXA 4GWFA 4K11A 1NYFA 1QWEA 2J6FA 1NG2A 1R1PA 2SEMA 3BUWB 4QSYA 4R0KA 4OMMA 2H8HA 2CH4A 4JZ3A 1M3CA 2GTOA 1VYVA 1ZFPE 2RORA 1CSKA 2DLYA 2EPDA 3I35A 2F2WA 1YVHA 2EO6A 3I5SA 3BUMB 2RQRA 3N84A 4F59A 2PNAA 1W70A 2DYBA 3EHRA 2HDAA 4GLMA 2SHPA 3KFVA 4F5AA 3IMJA 1U5SA 1X0NA 2DL4A 2EVRA 1CWDL 1I3ZA 1UUSA 2H5KA 1JQQA 1VYTA 3M0UA 3VRYA 2DM1A 3TL0A 1JYQA 3EHQA 4RTZA 1PICA 5EHRA 1V1CA 1E6GA 3REAB 1AOJA 1X43A 1AZGB 4OMOA 1BHHB 2IUHA 2BBUA 1VA7A 3GQIB 1JYRA 2CRHA 2KNOA 2RF0A 3R6NA 4OHHA 5FWCA 4OMPA 1M27C 4X6SA 5GJIA 1AWWA 3OB1B 1ABQA 2Y1NA 4JJCA 2ECZA 1NLPC 2EGCA 2C0IA 3MXYA 3BUXB 1SPRA 4ORZA 1GCQA 2DRKA 5IXFA 2H46E 2CT3A 1QCFA 1WXBA 1IS0A 4D8KA 1BF5A 5KAZA 1I07A 3NHNA 4AG2C 5IHIA 1JO8A 3EAZA 4F5BA 5HKYA 2CUBA 2HDVA 4QT7A 4U1PA 5EG3B 1JXOA 2D0NA 2DBMA 2BZYA 2LJ3A 3EG3A 5FW9A 1LCJA 2JS2A 2NWMA 1U3OA 1O4AA 5BO4A 1AOUF 2MOXA 2FRYA 2DJQA 2F2XA 1WIEA 1HD3A 3SEMA 4RTVA 3S8OA 5GJHA 1SHGA 5I11A 1GFCA 1O4CA 2V1QA 3U23A 3VRRA 2OQ1A 4NWGA 2L0AA 2GBQA 1QKXA 3C0CA 2KK6A 3M0RA 1F2FA 3NPFA 1X2QA 4JJBA 1O4LA 1UURA 2EBPA 1SHFA 1O4RA 1AB2A 2MIOA 2O2OA 3TKZA 2M51A 4L1BB 2BTTA 2X3XD 1AWXA 3GXWA 2HBWA 1Y1UA 5HKWA 3VS7A 1K1ZA 2RNAA 2L4KA 3KFJA 1CKAA 1JXMA 1UFFA 2CR4A 2I0NA 1BHHA 2DILA 4JEGA 2RQVA 1R1SA 1M3BA 1O45A 4H1OA 1AD5A 1ZBJA 2EOBA 4XZ1A 2ROLA 4A4CA 4A4BA 3UYOA 2M0YA 3PVLA 1K0XA 3MAZA 3VRZA 3PSKA 1WLPB 1JEGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UB4A 1TUDA 1IGQA 4J9HA 1YHQQ 2O31A 1BFIA 1WA7A 3M0QA 3TSZA 3GNGA 2DK3A 5D6YA 2P0KA 2K4YA 2ECDA 3LWHA 5DLQE 1BI3A 1O46A 1M2VB 3S3OA 2HAXA 1OV3A 1X6CA 4JJNK 1YJ9Q 1M1GA 2DVEA 3CC4A 2O9SA 1XTDA 4CC7A 1H92A 3UDCA 2LP5A 3VS3A 5GAN2 1D1AA 2CDTA 5D7UA 5I2MA 1YP5A 3VS5A 1K9MR 3OMCA 2EQIA 4XQ3A 4EIKA 1YI2A 3H0FA 2Y1MA 2KRNA 2KEAA 2LNHB 2YXYA 1YIJQ 3NTKA 3MEVA 3C95A 1O4EA 5EEQA 3QSUA 3OYDA 4M7DF 4M7DC 1TOVA 2KNBB 1D0YA 1NYGA 4QVZA 3S6WA 2RI5A 2FVUA 4GPLB 4Z02A 1ARKA 1PM3A 2L3PA 2JXBA 2ZCFB 2BIVA 3G6EA 3CC4T 1GBRA 2ROTA 2E41A 1WI7A 1Q81C 2QK0A 2LCSA 4FL3A 4RTYA 2EAYA 2K79A 2DZ9A 1R0BG 3H0HA 2KRSA 4ZGDB 3EH2A 1QLYA 2IUIA 2GF7A 1YI2T 1N8RR 1M5Q1 1VQ8T 3VRQA 1Y96B 1Y7XA 4X9DA 1A1EA 4OGCA 1FHSA 1FU6A 2K7AB 4P5NA 2GCXA 5AXIA 4M78G 1OULA 1F1BB 5IT9E 2XD0A 1WQ7A 1SRLA 2FCIA 3QIIA 3CXCP 1BBZA 1V29B 2MCNA 1VQ5Q 1FBVA 2KROA 1WNLA 5CKDA 2DTOA 1FU5A 1KA7A 1BFJA 1OPLA 1G83A 3QKJA 3QUIA 3MCAB 1LOJA 2DPPB 1K0SA 4IUVA 5FRMA 2JM9A 1IREB 1O49A 3CCQQ 1PCXA 5GAOq 4WCIA 2O88A 3BDUA 4PJJA 4C92E 1W4SA 2HL3A 1WZOA 1FXXA 1AYCA 2HEQA 4LDWA 1I4K1 1BMBA 1FYNA 1KD1C 1EIFA 4M7DE 1YCSB 3CC7T 2ETZA 2DBKA 1AWJA 4PNOA 1LCKA 2RSYA 1VQPT 2CS0A 2HQEA 1N6AA 5IHNA 4HKEA 4E7IA 3CD6T 1Y96A 3CPWA 4E2FB 2YRDA 5DM7R 2JJ9A 1RJAA 3BDLA 4IIOA 3JCMP 2JW4A 2QEXT 4J8OA 5DY9A 5GMKh 1B34B 4KGVB 1QW1A 1A1CA 2DD5A 3LH0A 2XI9A 3SB2A 1KC2A 1X2KA 3ZNIA 2KMTA 1FBZA 4LE9A 3PT9A 3WXMB 1SHAA 1V76A 1KHCA 3MP6A 1PD1A 2E1HA 3CC2A 1VQNT 2E5KA 2IIMA 1NRVA 2M9UA 4N4IA 4XZ0A 1OPKA 3VS6A 1HJDA 1BIBA 4O5VA 2KVQG 2YUOA 2FPFA 4OHDA 1LKLA 1GHUA 1GL5A 4DEXA 2ZPHB 1SHDA 2EIFA 2L2PA 2K5LA 4FL2A 2GTJA 4MZPA 1O4KA 2DL8A 4Z89A 2GE9A 2OTJQ 2QGGA 2XP1A 1NM7A 4LXCA 5M9OA 3CMAQ 4IUPA 5EHPA 2QQBA 3JCMX 1O4OA 3OVEA 2E70A 2LT4A 3INZA 5GAOm 3SD4A 1JB0E 5GJWB 1B34A 3TQ7P 3US4A 1X69A 7AT1B 1T3LA 3A8MB 4BY6B 2B86A 1OX9A 4M77G 2MRJA 3MXCA 3OBWA 3QZ9B 1Y57A 1KJWA 2DERA 2DKGA 2JS0A 1VIEA 3CCVQ 1VQ7A 2WSFE 2XMFA 2J7IA 2V1RA 1MUZA 4KUIA 4J9CA 3OYIA 4C8QF 4C8QC 4P9VA 2M02A 4M7DD 2O01E 3NTIA 3HCKA 1JU5A 3JCMb 5GAN7 4L6V5 4GY5A 4BI4A 2DLZA 2BKDN 4E7JA 2EGEA 3EG0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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