4D8KA

Crystal structure of a sh3-sh2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (lck) from homo sapiens at 2.36 a resolution
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
NLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a SH3-SH2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) from Homo sapiens at 2.36 A resolution
rcsb
molecule keywords Tyrosine-protein kinase Lck
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 32
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4d8kA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4d8kA02
2CDTA 2EPDA 2EYXA 1SHBA 1X27A 3TKZA 1BB9A 1ZX6A 4AFSC 5FWCA 1QWEA 3IMJA 2LCTA 1PRMC 5FWBA 4A4CA 2KRMA 3TL0A 3BUNB 2EYVA 2DX1A 3QWXX 1AZGB 5EHPA 3REBB 4JE4A 1TUDA 1QKXA 2JTEA 2YUQA 2DLYA 2AKKA 2EKXA 5GJVB 2D0NA 4K2RA 2HEQA 1MILA 3QWYA 3A98A 2LP5A 2W10A 1X0NA 3CXLA 1H9OA 1UURA 1I3ZA 2DVJA 4OHEA 1O48A 5IHIA 1O4OA 1AYDA 5IXBA 1K76A 3EGUA 1CWDL 1O4EA 2Y3AB 1AOJA 1BHFA 1U3OA 2DX0A 1YVHA 2KR3A 1N5ZA 1I0CA 2DE0X 2J6KA 1ZLMA 1R1QA 4OHLA 2V1RA 1O42A 1LCKA 1MUZA 3VRZA 3C7IA 2PNBA 3PQZA 1KSWA 1ZBJA 2LQNA 1O4KA 2IUIA 4EY0A 2JS2A 1T0HA 1GCPA 3PSJA 2K2MA 1O4FA 3OB1B 2EGCA 1UHFA 3ULRB 1UDLA 2B86A 4TZIA 2ABLA 2FRYA 4U1PA 4F5BA 3MXYA 3GXXA 2ROLA 2DJQA 3BKBA 1SRMA 2YUNA 4J9DA 3EACA 2ESWA 5GJWB 1JXOA 5I11A 5GJHA 3MXCA 4EIHA 2DBKA 3NGPA 2KNOA 2O31A 4E68A 1ZFPE 2L6KA 2LNWA 3RBBB 1IO6A 1YN8A 1YWPA 2CS0A 5IBSA 1VYTA 1WLPB 5I22A 4FSSA 1WXUA 2KE9A 1M61A 2GQIA 1O46A 4XZ0A 4E6RA 3BUMB 1A1EA 1OEBA 1CSZA 2L2PA 2KROA 3IN7A 2HDVA 1SHDA 2H46E 4F5AA 3KFVA 3M0RA 2H8HA 1R1SA 2BBUA 2EO3A 1A1BA 1H3HA 2BTTA 2L3PA 1GFDA 1AWJA 2F2XA 2OI3A 2ENMA 1Y1UA 5GJIA 1UHCA 1RLQC 1NYFA 4DEYA 3PSKA 2LCSA 4RTYA 4HCKA 3M0SA 1U06A 5IXFA 4Z89A 1K0SA 4J9IA 4HXJA 5L23A 1M3CA 4F59A 1X2QA 1P13A 2F2VA 2C0IA 1LKLA 1R1PA 4ZNXA 2AOBA 2RQWA 1I1JA 2QMSA 4NWFA 1SSHA 3S8NA 1E6GA 2YUPA 2ECDA 2FO0A 2J6FA 2DCRA 1CKBA 1O44A 1RQQC 4H34A 3I35A 4XZ1A 2LJ3A 1Y0MA 2RQUA 1BKLA 2PTKA 3HIZB 2D8JA 2J7IA 1O4CA 1RLPC 1UTIA 2GE9A 1YWOA 4HVVA 2C0TA 2K3BA 4J9FA 4OMLA 1AYAA 3WA4A 2HDXA 2MK2A 4JZ3A 1F2FA 1WIEA 2GGRA 2KRSA 1SKJA 2K7AA 2L4KA 1WI7A 2CSIA 2DYBA 4P9ZA 1OPLA 4OHDA 2RQTA 1IS0A 1SPKA 4OMPA 3VS3A 3BUWB 4GPLB 4X6SA 4A4BA 5EC7A 2FPEA 1VYUA 5IH2A 1ZSGA 2L3TA 2M51A 1BG1A 2RMOA 3I9QA 1O4JA 2MOXA 1A07A 1AD5A 1LCJA 2AK5A 4L1BB 2X3WD 5HCKA 1PNJA 2IUHA 2O9SA 1UJ0A 4KRTA 4J9CA 4RTVA 1KA7A 4WCIA 1E6HA 4JZ4A 2M0YA 1AWXA 3GBQA 1D1ZA 2RVFA 3VRYA 2JT4A 2DRMA 2LMJA 2RPNA 1HCTB 5HKYA 1A1CA 3THKA 2MC1A 2K6DA 5D0JA 1M27A 3I5SA 1O4MA 1LUIA 1KFZA 1MV0B 4RTTA 1LUMA 1O4NA 4FBNA 2ED1A 3O5ZA 1YVLA 2CSQA 3PS5A 3N8MA 1BBZA 2KXCA 3IMDA 2DRKA 1HD3A 2IIMA 2AZVA 2GTJA 3CBLA 1NG2A 3M0TA 3NPFA 5IHKA 2VIFA 1NM7A 3OB2B 2K79A 1CJ1A 4NWGA 3NMZC 2AOAA 1SRLA 1FU6A 1O4AA 4JJBA 4HVUA 4J9GA 2ROTA 2GTOA 4JJDA 1H8KA 1O4RA 1GRIA 3REAB 3VS4A 1KIKA 3EHQA 1AYBA 5DC0B 1BFIA 1UUSA 1KJWA 2KK6A 4LE9A 1O4HA 3KFJA 3H0HA 1K9AA 2L0AA 1UE9A 2DL8A 1YP5A 4ROJA 1H92A 1RUWA 1O4PA 1OO4A 3S8LA 1BM2A 1Y57A 1AB2A 1M8MA 2ETZA 2EKHA 1CKAA 1JEGA 1Z3KA 3UYOA 5HKZA 2RORA 1BU1A 4EIKA 2JXBA 3TSZA 2HDAA 2KRNA 1QADA 3FJ5A 1O4GA 1ZUKA 1PHTA 2JM9A 2RF0A 3EG1A 2Y1MA 1K4US 1VYVA 2DL7A 2IZVA 2PNAA 1UJYA 1AEYA 2YUOA 1X6GA 2DA9A 3I5RA 1TZEE 4LN2A 2ECZA 2EGAA 1A09A 1AWWA 4GL9E 2JMAA 2CT3A 5AXIA 1G2BA 1OPKA 1M3BA 1O4BA 3TSWA 3VRPA 1Z9QA 1JQQA 2CH4W 2EBPA 2OAWA 3PLFB 1M27C 2RN8A 1O4IA 2JMCA 2LQWA 4CC3A 2JYQA 2RNAA 2VVKA 1ZUYA 2SHPA 2DM1A 2CUBA 3N84A 4OMNA 3VS7A 3UF4A 3C0CA 1X6CA 1W1FA 2BZXA 1SEMA 1B07A 2PLEA 1WDXA 4FL2A 4D8KA 1AYCA 1RPYA 1NLOC 1WXTA 2A08A 4CC4B 2Y1NA 4K45A 2NUZA 1G83A 4AG2C 2LX7A 1PICA 2DL3A 1KC2A 2H5KA 2DF6A 4P9VA 1B3QA 2KYBA 2VWFA 3EHRA 1SHFA 1BKMA 5AULA 1JO8A 2DNUA 2EO6A 1AVZC 2O2OA 5CDWA 5IHNA 4IIMA 1MV3A 2FEIA 1NZVA 1CSYA 4OHHA 2DLZA 5EG3B 3PVLA 1WQUA 3US4A 2P4RA 2C9WA 1BF5A 2ED0A 2KYMA 2CRHA 1BHHB 1HCSB 3HCKA 2YDLA 1TG0A 2OJ2A 2HMHA 5I6VA 4E93A 4J9HA 2EYZA 4CC7A 2EOBA 2DBMA 4OHIA 3HHMB 2CREA 2FRWA 2HCKA 3EG0A 5BO4A 1TCEA 2RQVA 4LUEA 2J05A 1QKWA 3TVTA 4DEXA 1UFFA 1GFCA 3H0FA 1LUNA 3EG2A 2JM8A 3BUXB 2SRCA 1TUCA 1RI9A 2KT8A 1JYUA 2EQIA 3BUOB 5ECAA 4JEGA 2HUWA 2AUGA 4GBQA 2EU0A 2E5KA 3NHNA 1ZUUA 2J6OA 1O41A 2QDLA 3UATA 5EEQA 4M4ZA 3VROA 1BLKA 2LJ1A 2GNCA 2A28A 2EGEA 4A63B 1A81A 1AWOA 1SPSA 1NZLA 2F2WA 1HSQA 4RTWA 1YNZA 1JYRA 4OMQA 1OV3A 2HSPA 3SHWA 2YU7A 4CC2A 3MAZA 4ESRA 1CSKA 2D8HA 1M30A 2MIOA 1O43A 2W0ZA 1X43A 4GLMA 4LNPA 1D4WA 3VRQA 3ZNIA 5IBMA 3S8OA 4AFUC 1I07A 2DL4A 2KT1A 1BK2A 4RTXA 1T3SA 3S9KA 3M0PA 2NWMA 1FU5A 3M0QA 3CD3A 2J06A 4HVWA 1O4QA 4Y92A 4QT7A 4OMOA 4ORZA 2CT4A 4JJCA 4RTUA 4AFZC 4JGHA 1JXMA 1M3AA 2JW4A 1LUKA 2V1QA 3VRNA 1PWTA 1NEGA 1YCSB 2DLPA 1KA6A 2B3OA 5EHRA 1T3LA 2L3QA 2FPFA 1NEBA 1O47A 2K79B 1RJAA 1O45A 4RTZA 1WA7A 1CWEA 3VS1A 1VA7A 1BMBA 5DC4A 1NRVA 1A0NB 1GCQA 1MW4A 2G6FX 1SHGA 1WXBA 3OP0A 3PFVA 4LUDA 4Z8AA 3GQIB 1OOTA 1PKTA 2EYYA 2D1XA 2MRJA 1A1AA 3VRRA 2XMFA 2SEMA 2JS0A 1JU5A 1W6XA 2EW3A 1FHSA 2DM0A 3M0UA 1HJDA 4U17A 3OVEA 1SPRA 1X69A 1AOUF 4DGPA 2CI8A 2DMOA 4H1OA 2FPDA 2I0NA 1ABQA 4J9EA 1FYRA 3PVQA 2CIAA 3N7YA 5J3XA 2LNXA 1QCFA 2BZYA 4J9BA 2OZOA 3LH5A 1J3TA 2XP1A 3VS0A 3IQLA 2HBWA 1UG1A 1GBQA 4D8DA 1PKSA 1PRLC 5EELA 3M7FA 3R6NA 3VS5A 3EAZA 1QWFA 2EL8A 2KNBB 2CI9A 2C0OA 4FL3A 2YT6A 2PZ1A 4Z88A 4JPBW 3K2MA 1U5SA 1ARKA 3OV1A 2CH4A 1E7OA 2L3SA 1QG1E 2FG0A 3VS6A 1NLPC 2LZ6B 2FCIA 2MRKA 1LKKA 5DC9A 1QLYA 1UGVA 2LNHB 2A36A 1GL5A 1OO3A 2DL5A 1NYGA 2RSYA 2KBTA 4X1VA 1X6BA 1SHAA 3IN8A 1WX6A 4OMMA 3U23A 1O49A 2VKNA 1FMKA 3CWGA 1EFNA 1Z9ZA 1K1ZA 2KGTA 1B47A 3H0IA 4F14A 3CQTA 1XOVA 1BFJA 2O88A 2BZ8A 2AKLA 1ABOA 4R0KA 2OQ1A 4WWQA 4K44A 4AG1C 3VGOA 3SEMA 2CBLA 2O9VA 2AZSA 4K11A 5FW9A 1WYXA 2YSQA 2CR4A 3PJPA 1O4LA 2IUGA 1GHUA 1BHHA 1UECA 2YSXA 2MQIA 1GCQC 4IIOA 1FBVA 1D4TA 3PE0A 2K9GA 3GXWA 1X2KA 1WFWA 3JV3A 5DF6A 2GSBA 4AFQC 2EVRA 5HKWA 2PLDA 1IJRA 2RQRA 3EG3A 1V1CA 2K7AB 3RNJA 1AOTF 4F16A 1K0XA 1O4DA 3T04A 3H41A 2KXDA 1JU5C 1UUEA 1XA6A 3UA7A 5KAZA 2A37A 2DILA 1F1WA 1A08A 1JWOA 2RMXA 2PNIA 3VS2A 1T0JA 1BLJA 2GBQA 2MCNA 1FBZA 1JYQA 2EYWA 2LJ0A 4DGXA 1AZEA 1S1NA 4RUGA 4F17A 3UA6A 1GBRA 3ZL7C 2X3XD 4GWFA 4QSYA 2KEAA 1W70A 1FYNA 2CUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EPDA 2ZGWA 1KC8U 1X27A 1VQMT 1BB9A 4AFSC 1QWEA 3CCSQ 2LCTA 4A4CA 3TL0A 3EG9B 2EJGA 3BW1A 3AT1B 1W2BA 3OYBA 2EYVA 3CC4A 2NUTA 2DXCA 3G6ET 1JB0E 2A0FB 4ZGDB 2EKXA 2AKKA 5GJVB 2D0NA 1KG1A 4K2RA 2HEQA 1KQ2A 2WSCE 3QWYA 1MILA 3LGLA 2W10A 1VQPA 1AYDA 3HFOA 4M7AE 1YJ9Q 3M59A 3GLXA 2DE0X 2J6KA 4OHLA 1O42A 3SWNB 2RHUA 1KQ1A 2FVUA 3E2UA 1VQLT 3C7IA 1X01A 2VASA 2ZPHB 2HAXA 1WHJA 1ZBJA 2X4JA 3PQZA 4JJNK 4OF1A 2DXBA 1O4FA 3V8LA 3LYVA 4TZIA 1TUGB 2FRYA 3BKBA 2K5LA 5GJHA 3MXCA 4EIHA 2DBKA 2KNOA 2O31A 1U1SA 5LJ3d 2L6KA 4M7AD 4M75F 2CS0A 3MJXA 3SFMA 4J5YA 1VQ5A 4D6WA 2KE9A 4EMKA 1N8RU 4C92E 5CK9A 1OEBA 5KYXA 2HDVA 3HRUA 4PFPA 1QMCA 3KFVA 2H8HA 1Q7YR 2FL7A 1H3HA 1I8FA 3CCUQ 1MMAA 1HYOA 1AWJA 1K73R 4M78D 5CKEA 2PUKB 1BI1A 2YLCA 3OS5A 4PL6A 1VQ4A 2DAQA 1K0SA 2X35A 4E2FB 3BE3A 3OQ5A 4ZNXA 2RQWA 2E6NA 1SSHA 3S8NA 1E6GA 2YUPA 3GP8A 4M7DD 4XTVA 2E5QA 3NFCA 5L8RE 1CKBA 3CCMA 2RI5A 4IUQA 4LDYA 3MP1A 3CCVQ 1VQ6T 1RADB 4OMLA 2QEXT 3SDZA 1RAEB 2P0QA 3NTKA 1SKJA 4E7HA 2K7AA 1NBEB 2CSIA 2DYBA 2E3IA 1OPLA 4OMPA 5EC7A 2FPEA 2RJEA 3LW5E 2DERA 5FRNA 1AHJB 5GAOr 5GAN6 1AD5A 2AK5A 1PNJA 2OTLT 2O9SA 1UJ0A 4J9CA 1Q82R 2M0YA 2O01E 3I56Q 3LWHA 2RVFA 3VRYA 4IUPA 2DRMA 5IAYA 1M90R 5HKYA 4N4IA 2KI7A 2MC1A 2K6DA 3I5SA 4M77B 1O4NA 1SSFA 2CSQA 2WACA 4B9XA 4M75B 1VQMA 2Y4YA 1BIBA 3EGXA 5GANf 3TEEA 4XTZA 1HD3A 2DKGA 2IIMA 2ZCFB 4RKUE 5IHKA 1NM7A 1Q7YU 1CJ1A 4NWGA 3QXEB 2ROTA 1K73U 2IG0A 4HT9A 1H8KA 3REAB 3EHQA 1LJOA 1KJWA 2KK6A 4LE9A 1O4HA 2X9HA 3KFJA 3H0HA 1YHQA 2L0AA 2RM4A 4ROJA 1RUWA 1O4PA 4MMKA 2MWPA 3CBPA 1VQOT 4P5NA 2EKHA 1QVPA 1JEGA 3OYEA 2RORA 1BU1A 4EIKA 2QA4T 2XK0A 3ME9A 7AT1B 1QADA 3FJ5A 1BYMA 1ZUKA 1O4GA 1VYVA 2DL7A 4KT0E 4M78G 2LRQA 2IZVA 2YUOA 1X6GA 1JJ2S 3I5RA 3OYKA 5GAN3 3CCJQ 1AWWA 2QXFA 4Q5WA 4GL9E 3JSCA 5LJ5f 3VRPA 2CH4W 3M57A 3RERA 2QQSA 2JYQA 4M7DG 2VVKA 1ZUYA 3OSVA 2P0KA 3LGFA 4N4HA 5GANe 5A0GA 3N84A 3HL8A 3M9QA 1VIEA 2DZ9A 4KH0B 3UF4A 3JB9H 4A4FA 3JCMf 1W1FA 4ELZC 5DLOA 3I55T 1Q82U 4D8KA 2K3YA 3M58A 4K45A 2NUZA 2LX7A 2QAZA 1KC2A 1B3QA 3EHRA 3MO8A 1BKMA 3VU3C 1W4SA 5GAOn 3VJPA 2XIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1WXB A;  3OP0 A;  3PFV A;  4LUD A;  4Z8A A;  3GQI B;  1OOT A;  1PKT A;  2EYY A;  2D1X A;  2MRJ A;  1A1A A;  3VRR A;  2XMF A;  2SEM A;  2JS0 A;  1JU5 A;  1W6X A;  2EW3 A;  1FHS A;  2DM0 A;  3M0U A;  1HJD A;  4U17 A;  3OVE A;  1SPR A;  1X69 A;  1AOU F;  4DGP A;  2CI8 A;  2DMO A;  4H1O A;  2FPD A;  2I0N A;  1ABQ A;  4J9E A;  1FYR A;  3PVQ A;  2CIA A;  3N7Y A;  5J3X A;  2LNX A;  1QCF A;  2BZY A;  4J9B A;  2OZO A;  3LH5 A;  1J3T A;  2XP1 A;  3VS0 A;  3IQL A;  2HBW A;  1UG1 A;  1GBQ A;  4D8D A;  1PKS A;  1PRL C;  5EEL A;  3M7F A;  3R6N A;  3VS5 A;  3EAZ A;  1QWF A;  2EL8 A;  2KNB B;  2CI9 A;  2C0O A;  4FL3 A;  2YT6 A;  2PZ1 A;  4Z88 A;  4JPB W;  3K2M A;  1U5S A;  1ARK A;  3OV1 A;  2CH4 A;  1E7O A;  2L3S A;  1QG1 E;  2FG0 A;  3VS6 A;  1NLP C;  2LZ6 B;  2FCI A;  2MRK A;  1LKK A;  5DC9 A;  1QLY A;  1UGV A;  2LNH B;  2A36 A;  1GL5 A;  1OO3 A;  2DL5 A;  1NYG A;  2RSY A;  2KBT A;  4X1V A;  1X6B A;  1SHA A;  3IN8 A;  1WX6 A;  4OMM A;  3U23 A;  1O49 A;  2VKN A;  1FMK A;  3CWG A;  1EFN A;  1Z9Z A;  1K1Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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